Comparative Study on the Predominance of Lactobacillus spp. and Escherichia Coli in Healthy vs Colibacillosis Diseased Broilers

This study aims to identify relative proportions of beneficial and pathogenic bacteria in the gut of broilers and risk factors that may be contributing to the development of colibacillosis disease in broiler farms of District Kasur, Punjab, Pakistan. For this, 10 healthy and 10 colibacillosis affected broiler farms were surveyed for ileum and blood sample collection along with data regarding farm management, antibiotic use and hygiene practices. Lactobacillus and Escherichia coli number was estimated using Miles and Misra method and colibacillosis was confirmed by Congo red dye assay. Lactobacillus and E. coli were identified biochemically. For risk factors analysis chi-square analysis was performed to find any significant association between the health status of the farm and risk factors. Results showed during disease and healthy conditions Lactobacillus and Escherichia coli counts differ significantly (p<0.05). E. coli counts (106-108 to 107-109) increased (p<0.05) about three folds and Lactobacillus counts decrease (106-108 to 105-107) about four folds in disease conditions. Risk factor analysis showed colibacillosis disease was significantly associated (p<0.05) with non-vaccinated flocks, natural ventilation systems, rodent presence and the lack of outfit disinfection or change by workers when moving between different houses. It is concluded that E. coli and Lactobacillus work antagonistically to each other. However, further research is necessary to determine the exact mechanisms by which E. coli and Lactobacillus influence the development of colibacillosis. While Lactobacillus as probiotic may help with prevention, good hygiene and management practices are still crucial in preventing the spread of disease.(AU)

Aborto em bovinos e bubalinos: causas específicas e inespecíficas / Abortion in cattle and buffaloes: specific and non-specific causes

O aborto é caracterizado como a expulsão do feto sem viabilidade para fora do ambiente uterino da progenitora durante o período que vai do 42° dia a o 260° dia. São descritos diversos fatores infecciosos e não infecciosos como etiologia para o aborto. Dentre os infecciosos, destacam-se as infecções por bactérias, vírus, protozoários e fungos. Enquanto as causas não infecciosas englobam falhas de manejo nutricional, intoxicações e medicamentos que ocasionalmente podem levar à morte fetal. Essa mortalidade fetal é causa importante de perdas reprodutivas na cadeia produtiva de animais domésticos, especialmente bovinos e bubalinos. Ambas as espécies participam da produtividade econômica no Brasil e compartilham de diversas doenças que são causas de aborto. Nesse contexto, o objetivo desta revisão foi reunir e discorrer sobre as principais informações concernentes às possíveis etiologias do aborto, sejam elas de origem infecciosa ou não infecciosas nas espécies bovinas e bubalinas no Brasil.

Abortion is characterized as the expulsion of the non-viable fetus outside the mother's uterine environment during the period between the 42nd day to the 260th day. Several infectious and non-infectious factors are described as etiology for miscarriage. Among the infectious, infections by bacteria, viruses, protozoa, and fungi stand out, while non-infectious causes include failures in nutritional management, poisoning, and medications that occasionally can lead to fetal death. This fetal mortality is an important cause of reproductive losses in the production chain of domestic animals, especially cattle and buffaloes. Both species participate in economic productivity in Brazil and share several diseases that are causes of abortion. In this context, this review aimed to gather and discuss the main information concerning the possible etiologies of abortion, whether of infectious or non-infectious origin in bovine and buffalo species in Brazil.

Spatial distribution and evaluation of risk factors for bovine neosporosis in Rondônia, Brazil / Distribuição espacial e avaliação dos fatores de risco para neosporose bovina em Rondônia, Brasil

Neospora caninum is an important worldwide parasite responsible for causing abortion in animals. Due to limited information on the occurrence of infection by this parasite in the state of Rondônia, Brazil, this study aimed to determine the seroprevalence and identify the risk factors associated with the infection in slaughtered cattle, from 19 municipalities distributed in seven microregions of the state. A total of 494 samples were obtained and subjected to anti-N. caninum antibodies, using the Indirect Immunofluorescence Reaction technique. Antibodies were detected in 5.06% (25/494) of the samples, in 30.30% (10/33) of farms, in nine municipalities located in four microregions of Rondônia. Of all the animals analyzed, 4.81% of the females (20/416) and 6.41% of the males (05/78) were seropositive for the parasite, with "abortion in the last 12 months" being considered an important risk factor for the occurrence of infection (OR = 9.54; p = 0.01). The present study points out the prevalence of anti-N. caninum antibodies in 5.06% of slaughtered animals and abortion as the main risk factor associated with infection by N. caninum, thus contributing to the elucidation of the epidemiology of this protozoan in Rondônia, Brazil.

Neospora caninum é um importante parasito, responsável por causar aborto em animais e distribuído mundialmente. Devido às informações limitadas sobre a ocorrência da infecção por esse parasito no estado de Rondônia, Brasil, este estudo teve como objetivo determinar a soroprevalência e identificar os fatores de risco associados à infecção em bovinos abatidos, oriundos de 19 municípios, distribuídos em sete microrregiões do estado. Um total de 494 amostras foi obtido e submetido à pesquisa de anticorpos anti-N. caninum, por meio da técnica de reação de imunofluorescência indireta. Os anticorpos foram detectados em 5,06% (25/494) das amostras, em 30,30% (10/33) das propriedades rurais, de nove municípios, localizados em quatro microrregiões de Rondônia. De todos os animais analisados, 4,81% das fêmeas (20/416) e 6,41% dos machos (05/78) foram soropositivos para o parasito, sendo o "aborto nos últimos 12 meses" considerado um importante fator de risco para a ocorrência da infecção (OR = 9,54; P = 0,01). O presente estudo aponta a prevalência de anticorpos anti-N. caninum em 5,06% dos animais abatidos e o aborto como o principal fator de risco associado à infecção por N. caninum, contribuindo assim para a elucidação da epidemiologia desse protozoário em Rondônia, Brasil.

Evaluation in vitro of the virulence of two entomopathogenic heterorhabditid nematodes in the control of Stomoxys calcitrans (Diptera: Muscidae) larvae in byproducts of the sugar and alcohol industry / Avaliação in vitro da virulência de dois nematoides entomopatogênicos heterorhabditídeos no controle de larvas de Stomoxys calcitrans (Diptera: Muscidae) em subprodutos da indústria sucroalcooleira

Stomoxys calcitrans causes losses to livestock, mainly to cattle. This study aimed to determine the pathogenic potential of Heterorhabditis bacteriophora HP88 and H. baujardi LPP7 against S. calcitrans larvae after being exposed to byproducts of the sugar and alcohol industry. The efficacy of EPNs on stable fly larvae was evaluated in bioassays with vinasse at three temperatures (16, 25 and 35 °C) and concentrations (0, 50 and 100%), as well as in relation to larva age (4, 6 and 8 days) in filter cake and EPNs concentration (100, 300 and 500 IJs/larva) in sugarcane bagasse. H. bacteriophora showed higher efficacy than H. baujardi at all temperatures. Vinasse did not have a negative effect on the virulence of H. bacteriophora. The age of fly larvae did not affect the mortality rates caused by the EPNs. In bagasse, H. bacteriophora presented higher mortality rates than the control group. It is concluded that EPNs can be a potential component in integrated strategies of stable fly control and outbreak prevention in areas of sugar and alcohol production.(AU)

Stomoxys calcitrans causa perdas à agropecuária, principalmente na bovinocultura. Este estudo objetivou verificar o potencial patogênico de Heterorhabditis bacteriophora HP88 e H. baujardi LPP7 para larvas de S. calcitrans, após serem expostos a subprodutos da indústria sucroalcooleira. A eficácia dos NEPs sobre larvas da mosca-dos-estábulos foi avaliada em bioensaios com vinhaça em três temperaturas (16, 25 e 35 °C) e concentrações (0, 50 e 100%), bem como em relação à idade da larva (4, 6 e 8 dias) em torta de filtro e concentração de NEPs (100, 300 e 500 JIs/larva) em bagaço de cana-de-açúcar. H. bacteriophora apresentou maior eficácia do que H. baujardi em todas as temperaturas. O vinhoto não apresentou efeito negativo sobre a virulência de H. bacteriophora. A idade das larvas não influenciou no aumento ou diminuição da mortalidade dos NEPs. Em bagaço de cana, H. bacteriophora apresentou taxas de mortalidade superiores à do grupo controle. Conclui-se que os NEPs podem ser um potencial componente em estratégias de controle integrado e prevenção de surtos da mosca-dos-estábulos, em áreas de produção de açúcar e álcool.(AU)

Herd-level based seroprevalence and associated factors for Toxoplasma gondii in cows in the state of Paraíba, Northeastern Brazil / Soroprevalência em nível de rebanho e fatores associados para Toxoplasma gondii em vacas no estado da Paraíba, Nordeste do Brasil

We aimed to determine the herd and animal levels seroprevalence and associated factors for Toxoplasma gondii infections in cattle from the state of Paraíba, Northeastern Brazil. Herds (n = 434) and cows aged ≥ 24 months (n = 1,895) were randomly selected, and serum samples were tested with the immunofluorescence antibody test (IFAT) using as cutoff of 64. Of the 434 farms investigated, 197 had at least one seropositive cow (prevalence of 49.0%; 95% CI = 44.3%-53.8%), and the prevalence at animal level was 18.0% (95% CI = 5.3%-21.1%). The antibody titers ranged from 64 to 1024, with the most frequent titers being 64 (10.8%) and 128 (3.7%). The risk factors identified were property located in Sertão region (odds ratio [OR] = 3.07), property located in Agreste/Zona da Mata regions (OR = 2.00), animal purchasing (OR = 2.68), herd size of 34-111 animals (OR = 2.91) and herd size > 111 animals (OR = 6.97). The results suggest the wide distribution of T. gondii infections in cattle throughout the state of Paraíba, and the risk factors identified are not possible to correct.(AU)

Objetivou-se determinar a soroprevalência do rebanhos e de animais e os fatores associados à infecção por Toxoplasma gondii em bovinos do estado da Paraíba, Nordeste do Brasil. Rebanhos (n = 434) e vacas com idade ≥ 24 meses (n = 1.895) foram selecionados aleatoriamente, e as amostras de soro foram testadas com o teste de imunofluorescência (RIFI), usando-se como ponto de corte 64. Das 434 fazendas investigadas, 197 tiveram pelo menos uma vaca soropositiva (prevalência de 49%; IC 95% = 44,3%-53,8%), e a prevalência em nível de animais foi de 18% (IC 95% = 5,3%-21,1%). Os títulos de anticorpos variaram de 64 a 1024, sendo os títulos mais frequentes 64 (10,8%) e 128 (3,7%). Os fatores de risco identificados foram na propriedade localizada na região do Sertão ("odds ratio" [OR] = 3,07), na propriedade localizada na região do Agreste/Zona da Mata (OR = 2,00), na compra de animais (OR = 2,68), no tamanho do rebanho de 34-111 animais (OR = 2,91) e no tamanho do rebanho > 111 animais (OR = 6,97). Os resultados sugerem a ampla distribuição de infecções por T. gondii em bovinos em todo o estado da Paraíba, e os fatores de risco identificados não são passíveis de correção.(AU)

Diversity of Eimeria (Apicomplexa: Eimeriidae) species and risk factors associated in natural infecting calves at the Southern Agreste Microregion in the State of Pernambuco, Brazil / Diversidade de espécies de Eimeria (Apicomplexa: Eimeriidae) e fatores de risco associados à infecção natural em bezerros na microrregião sul do agreste no estado de Pernambuco, Brasil

Eimeria species have importance to calves because of the economic losses. The aim of this study was to identify the species of Eimeria that affect calves and the risk factors associated with its natural infection. Fecal samples (387) were collected from dairy farms in the southern Agreste of Pernambuco. The feces were evaluated using the Gordon & Whitlock technique and were cultured in 2.5% potassium dichromate for sporulation of oocysts. Odds ratio (OR) were calculated to assess risk factors. Eimeria spp. were detected in 50.65% (196/387) of the samples. Eleven species were identified, being Eimeria bovis (26.64%; 548/2057), Eimeria zuernii (19.69%; 405/2057) and Eimeria ellipsoidalis (14.49%; 298/2057) those more frequent. Small herds (OR = 1.93), calves aged up to six months (OR = 2.12), absence of manure pit (OR = 7.52), fortnightly cleaning (OR = 4.71), collective calf pens (OR = 3.26), manual milking (OR = 2.16) and absence of veterinary care (OR = 2.28) were considered to be risk factors. The data revealed pathogenic species in more than 50% of the farms. Thus, the importance of adopting sanitary measures to reduce the spread of these protozoa in herds should be done, because of economic losses associated with its infection.(AU)

Espécies do gênero Eimeria possuem grande importância para os bezerros devido às perdas econômicas. O objetivo deste estudo foi identificar as espécies de Eimeria que acometem bezerros e os fatores de risco associados à infecção. Amostras fecais (387) foram coletadas de animais de fazendas leiteiras do Agreste Meridional de Pernambuco. As fezes foram avaliadas pela técnica de Gordon & Whitlock e realizada cultura em dicromato de potássio 2,5% para esporulação dos oocistos. Odds ratio (OR) foi calculada para avaliar os fatores de risco. Eimeria spp. foram detectadas em 50,65% (196/387) das amostras analisadas. Foram identificadas onze espécies, sendo E. bovis (26,64%; 548/2057), E. zuernii (19,69%; 405/2057) e E. ellipsoidalis (14,49%; 298/2057) as mais frequentes. Pequenos rebanhos (OR = 1,93), bezerros com idade de até seis meses (OR = 2,12), ausência de esterqueira (OR = 7,52), limpeza quinzenal (OR = 4,71), bezerreiros coletivos (OR = 3,26), ordenha manual (OR = 2,16) e ausência de assistência veterinária (OR = 2,28) foram considerados fatores de risco. Os dados revelaram espécies patogênicas em mais de 50% das propriedades. Dessa forma, ressalta-se a importância da adoção de medidas sanitárias, visando à diminuição da propagação desses protozoários nos rebanhos, e perdas econômicas associadas à infecção.(AU)

Ovine Eimeria infections in southern Brazil ­ prevalence and risk factors / Infecções por Eimeria em ovinos do sul do Brasil ­ prevalência e fatores de risco

Eimeria infections are common in sheep industry worldwide, however information about their epidemiology is scarce in southern state of Rio Grande do Sul, Brazil. Therefore, a cross-sectional study was carried out to determine the prevalence, species characterization, and associated risk factors between Eimeria species and sheep flocks. Fecal samples from 428 sheep from 21 farms were tested for the presence of oocysts. The overall prevalence of Eimeria spp. was 68.69% and was significantly affected by age of the sheep, with highest prevalence in animals under 18 months of age. Eight Eimeria species were identified. Eimeria ovinoidalis (85.71%) was the most common, followed by Eimeria crandallis (80.95%), Eimeria granulosa (78.95%), Eimeria ahsata (61.90%), Eimeria faurei (42.86%), Eimeria bakuensis (38.10%), Eimeria punctata (14.29%), and Eimeria pallida (9.52%). All herds were positive, with concomitant infections. Among management and husbandry practices; farm size, animal density, farming system, breeding objectives, and pasture system influenced the prevalence of Eimeria species. The infection was more prevalent on small farms with high animal density, in sheep raised for meat, semi-intensive system, and rotational grazing (p < 0.05). The wide distribution of this protozoan and the high frequency of pathogenic species show the importance and potential damage of coccidiosis in sheep flocks in Rio Grande do Sul.(AU)

As infecções por Eimeria são comuns na ovinocultura em todo o mundo, porém informações sobre sua epidemiologia são escassas no sul do estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Portanto, um estudo transversal foi realizado para determinar a prevalência, caracterização das espécies e fatores de risco associados entre espécies de Eimeria e rebanhos ovinos. Amostras fecais de 428 ovinos, de 21 fazendas, foram testadas para a presença de oocistos. A prevalência geral de Eimeria spp. foi 68,69%, sendo significativamente afetada pela idade dos ovinos, com maior prevalência em animais menores de 18 meses. Oito espécies de Eimeria foram identificadas; Eimeria ovinoidalis (85,71%) foi a mais comum, seguida por Eimeria crandallis (80,95%), Eimeria granulosa (78,95%), Eimeria ahsata (61,90%), Eimeria faurei (42,86%), Eimeria bakuensis (38,10%), Eimeria punctata (14,29%) e Eimeria pallida (9,52%). Todos os rebanhos foram positivos, com infecções concomitantes. Entre as práticas de manejo e criação; tamanho da fazenda, densidade animal, sistema de criação, objetivo de criação e sistema de pastagem tiveram influência sobre a prevalência de Eimeria spp. A infecção foi mais prevalente em pequenas propriedades com alta densidade animal, em ovinos destinados a produção de carne, sistema semi-intensivo de criação e pastejo rotacionado (p < 0,05). A ampla distribuição desse protozoário e a alta frequência de espécies patogênicas mostram a importância e os danos potenciais da coccidiose ovina nos rebanhos gaúchos.(AU)

Bradysia aff. impatiens and Bradysia aff ocellaris in the semi-hydroponic strawberry production system in Southern Brazil / Bradysia aff impatiens e Bradysia aff ocellaris em sistemas de produção semi-hidropônico de morango no Sul do Brasil

Soilless cultivation of strawberry is in expansion in Brazil due to factors like the reduction of phytosanitary problems and the possibility of extending the crop period, as well as the ergonometric facility for management of the culture. However, black fungus gnats (Sciaridae, Diptera) are ubiquitous pests in the greenhouse production system, causing direct and indirect damage to plants. ThIS study evaluated the occurrence of black fungus gnats species in semi-hydroponic cultivation of strawberry and to identify the species, as well as to describe the symptoms in infested plants. The research was developed in commercial productions of strawberry, in five municipalities (Arroio do Padre, Canguçu, Capão do Leão, Pelotas and Turuçu) during July to December 2017, where adult samples were collected twice a month, with petri dish traps containing water and neutral detergent placed inside the greenhouses between the plants. A total of 2030 adult gnats belonging to two species were collected. Bradysia aff. impatiens, accounted with 90.79% of the total, and Bradysia aff. ocellaris, accounted with 9.21%. In order to assist the correct determination of species, males of both species were identified and illustrated. With respect to the symptoms observed during the research, it was possible to verify since the wilted crown of plants to the death of plants, which were confirmed by the presence of larvae in the root system. As the occurrence of these insects is recent in strawberry, there is no pesticide registered in Brazil, so management strategies (cultural, physical, and sanitary) also are discussed.

O cultivo de morango sem solo está em expansão no Brasil, devido a fatores como a redução de problemas fitossanitários e a possibilidade de produção por um período maior, assim como a facilidade ergométrica para o manejo da cultura. No entanto, black fungus gnats (Diptera: Sciaridae) são pragas onipresentes no sistema de produção de estufas, causando danos diretos e indiretos às plantas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de espécies de black fungus gnats em cultivo de morango semi-hidropônico e identificar as espécies, assim como descrever os sintomas observados em plantas infestadas. O trabalho foi desenvolvido em produção de morango comercial, em cinco municípios (Arroio do Padre, Canguçu, Capão do Leão, Pelotas e Turuçu) durante Julho a Dezembro de 2017, onde os adultos foram coletados duas vezes por mês, com armadilhas de placa de Petri, contendo água e detergente neutro, as quais eram colocadas dentro das estufas entre as plantas. Um total de 2.030 mosquitos adultos pertencentes a duas espécies foram coletados. Bradysia aff. impatiens, com 90,79% do total, e Bradysia aff. ocellaris, com 9,21%. Para auxiliar na correta determinação das espécies, os machos de ambas as espécies foram identificados e ilustrados. Com relação aos sintomas observados durante o trabalho, foi possível verificar desde a coroa murcha até a morte das plantas, em que foram confirmados pela presença de larvas no sistema radicular. Como a ocorrência desses insetos é recente em morango, não há agrotóxico registrado no Brasil, então estratégias de manejo (cultural, físico e sanitário) também são discutidas.

Association of porcine circovirus infection with mycotoxicosis: a case report / Infecção por circovírus suíno associado a micotoxicose: relato de caso

Circovirus is widespread in pig farming, and mainly affects piglets increasing morbidity and mortality rates, being vaccination the most effective strategy to control one. However, for an effective vaccine response, certain factors must be considered, such as the adoption of good practices during the conservation and handling of vaccines, environmental challenges, nutritional and health status of the animals, and presence of immunosuppressive agents, such as mycotoxins, in the feed. Here, we describe a circovirus outbreak associated with mycotoxin immunosuppression that occurred in the piglets during the nursery phase at a commercial farm, which initiated with a sudden increase in the mortality of vaccinated piglets. Blood samples were collected and analyzed using RT-PCR, while the feed was subjected to mycotoxicological analysis. RT-PCR analysis revealed the presence of porcine circovirus type 2 (PCV-2) in the blood serum samples, thereby confirming the circovirus outbreak. The feed analysis revealed elevated levels of mycotoxins (deoxynivalenol, aflatoxins, and fumonisins), which were above the levels tolerated by the piglets during the nursery phase. Therefore, the contaminated feed was discarded, and a new ration was made available. Concurrently, the vaccination program was amended to normalize the mortality rate. The presence of mycotoxins in the feed could be the predisposed factor for piglet infection caused by PCV-2 and other diseases. This is an important aspect because the immunosuppressive effect of mycotoxins can alter the vaccine response, thereby making the piglets more susceptible to the diseases even after being vaccinated, although they should be immunologically protected.(AU)

O circovírus é muito difundido na suinocultura e atinge principalmente leitões, aumentando as taxas de morbi-mortalidade, sendo a vacinação a estratégia mais eficaz de controle. No entanto, para uma resposta vacinal eficaz, alguns fato-res devem ser considerados, como a adoção de boas práticas durante a conservação e manuseio de vacinas, desafios ambientais, estado nutricional e de saúde dos animais e presença de agentes imunossupressores, como micotoxinas, na ração. Descreveu-se um surto de circovírus associado à imunossupressão por micotoxinas que ocorreu em leitões durante a fase de creche em uma granja comercial, que começou com um aumento repentino na mortalidade de leitões vacinados. Amostras de sangue foram coletadas e analisadas por RT-PCR, enquanto a ração foi submetida à análise micotoxicológica. A análise de RT-PCR revelou a presença de circovírus suíno tipo 2 (PCV-2), confirmando assim o surto de circovírus. A análise da ração revelou níveis de micotoxinas (desoxinivalenol, aflatoxinas e fumonisinas) acima dos tolerados pelos leitões nesta fase. Portanto, o alimento con-taminado foi descartado e uma nova ração foi disponibilizada. Simultaneamente, o programa de vacinação foi alterado para normalizar a taxa de mortalidade. A presença de micotoxinas na ração pode ser o fator predisponente para infecção de leitões causada por PCV-2 e outras doenças. Esse é um aspecto importante, pois o efeito imunossupressor das micotoxinas pode alte-rar a resposta vacinal, tornando os leitões mais suscetíveis às doenças mesmo após vacinação.(AU)

Pseudomonas aeruginosa associated pulmonary infections and in vitro amplification virulent rhamnolipid (rhlR) gene

Abstract Background Pseudomonas aeruginosa is a common opportunistic pathogenic bacterium with the ability to develop a strong communication pathway by quorum sensing system and different virulent factors. Among the various important secretions of P. aeruginosa rhamnolipid is important biological detergent, believed to be involved in the development of the biofilm and intercellular communication. It readily dissolves the lung surfactants that are then easily catalyzed by the phospholipases and in this way is involved in the acute pulmonary infection. Objective research work was designed to investigate virulence and gene associated with virulence in P. aeruginosa responsible for pulmonary infections. Methods In current study polymerase chain reaction (PCR) was used for the detection of the rhlR (rhamnolipid encoding) gene of isolated strains. A number of assays were performed that ensured its virulent behavior. Disc diffusion method was used to check its antibiotic resistance. Isolated strains were resistant to a number of antibiotics applied. Result It was found that males are more prone to respiratory infections as compared to females. Male members with age of 44-58 and 59-73 are at a higher risk, while females with age of 44-58 are also at a risk of pulmonary infections. Antibiotic resistance was observed by measuring zone of inhibition in strains GCU-SG-M4, GCU-SG-M3, GCU-SG-M5, GCU-SG-M2, GCU-SG-M1 and GCU-SG-M6. GCU-SG-M2 was resistant to fluconazole (FLU), clarithromycin (CLR), cefixime (CFM) and Penicillin (P10). No zone of inhibition was observed. But it showed unusual diffused zone around the Ak and MEM antibiotic discs. rhl R gene and 16s rRNA gene were characterized and analyzed. Conclusion Findings from current study would help in raising awareness about antibiotic resistance of P. aeruginosa, and also the sequence of rhl R gene can be used as the diagnostic marker sequence to identify the virulent rhl R gene sequence from the samples when isolated from sputum of Pneumonia patients.

Resumo Antecedentes Pseudomonas aeruginosa é uma bactéria patogênica oportunista comum, com a capacidade de desenvolver uma forte via de comunicação pelo sistema de detecção de quorum e diferentes fatores virulentos. Entre as várias secreções importantes de P. aeruginosa rhamnolipid, há um importante detergente biológico, que se acredita estar envolvido no desenvolvimento do biofilme e na comunicação intercelular. Dissolve rapidamente os surfactantes pulmonares que são facilmente catalisados pelas fosfolipases e, dessa maneira, estão envolvidos na infecção pulmonar aguda. Objetivo O trabalho de pesquisa foi desenhado para investigar a virulência e o gene associado à virulência em P. aeruginosa responsável por infecções pulmonares. Métodos No presente estudo, a reação em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada para a detecção do gene rhlR (codificação ramnolipídeo) de cepas isoladas. Foram realizados vários ensaios que garantiram seu comportamento virulento. O método de difusão em disco foi utilizado para verificar sua resistência a antibióticos. As estirpes isoladas foram resistentes a vários antibióticos aplicados. Resultado Verificou-se que os homens são mais propensos a infecções respiratórias em comparação às mulheres. Membros do sexo masculino com idade entre 44 e 58 e 59 e 73 anos correm maior risco, enquanto mulheres com idade entre 44 e 58 anos também correm risco de infecções pulmonares. A resistência aos antibióticos foi observada medindo a zona de inibição nas cepas GCU-SG-M4, GCU-SG-M3, GCU-SG-M5, GCU-SG-M2, GCU-SG-M1 e GCU-SG-M6. O GCU-SG-M2 foi resistente ao fluconazol (FLU), claritromicina (CLR), cefixima (CFM) e penicilina (P10). Nenhuma zona de inibição foi observada. Mas se notou uma zona difusa incomum ao redor dos discos antibióticos Ak e MEM. Os genes rhl R e 16s rRNA foram caracterizados e analisados. Conclusão As conclusões do presente estudo ajudariam a aumentar a conscientização sobre a resistência a antibióticos de P. aeruginosa e, também, a sequência do gene rhl R pode ser usada como sequência de diagnóstico para identificar a sequência virulenta do gene rhl R das amostras quando isoladas do escarro de pacientes com pneumonia.

Pseudomonas aeruginosa associated pulmonary infections and in vitro amplification virulent rhamnolipid (rhlR) gene / Infecções pulmonares associadas a Pseudomonas aeruginosa e gene ramnolipídeo virulento (rhlR) da amplificação in vitro

Background: Pseudomonas aeruginosa is a common opportunistic pathogenic bacterium with the ability to develop a strong communication pathway by quorum sensing system and different virulent factors. Among the various important secretions of P. aeruginosa rhamnolipid is important biological detergent, believed to be involved in the development of the biofilm and intercellular communication. It readily dissolves the lung surfactants that are then easily catalyzed by the phospholipases and in this way is involved in the acute pulmonary infection. Objective: research work was designed to investigate virulence and gene associated with virulence in P. aeruginosa responsible for pulmonary infections. Methods: In current study polymerase chain reaction (PCR) was used for the detection of the rhlR (rhamnolipid encoding) gene of isolated strains. A number of assays were performed that ensured its virulent behavior. Disc diffusion method was used to check its antibiotic resistance. Isolated strains were resistant to a number of antibiotics applied. Result: It was found that males are more prone to respiratory infections as compared to females. Male members with age of 44-58 and 59-73 are at a higher risk, while females with age of 44-58 are also at a risk of pulmonary infections. Antibiotic resistance was observed by measuringzone of inhibition in strains GCU-SG-M4, GCU-SG-M3, GCU-SG-M5, GCU-SG-M2, GCU-SG-M1 and GCU-SG-M6. GCU-SG-M2 was resistant to fluconazole (FLU), clarithromycin (CLR), cefixime (CFM) and Penicillin (P10). No zone of inhibition was observed. But it showed unusual diffused zone around the Ak and MEM antibiotic discs. rhl R gene and 16s rRNA gene were characterized and analyzed. Conclusion: Findings from current study would help[...].

Antecedentes: Pseudomonas aeruginosa é uma bactéria patogênica oportunista comum, com a capacidade de desenvolver uma forte via de comunicação pelo sistema de detecção de quorum e diferentes fatores virulentos. Entre as várias secreções importantes de P. aeruginosa rhamnolipid, há um importante detergente biológico, que se acredita estar envolvido no desenvolvimento do biofilme e na comunicação intercelular. Dissolve rapidamente os surfactantes pulmonares que são facilmente catalisados pelas fosfolipases e, dessa maneira, estão envolvidos na infecção pulmonar aguda. Objetivo: O trabalho de pesquisa foi desenhado para investigar a virulência e o gene associado à virulência em P. aeruginosa responsável por infecções pulmonares. Métodos: No presente estudo, a reação em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada para a detecção do gene rhlR (codificação ramnolipídeo) de cepas isoladas. Foram realizados vários ensaios que garantiram seu comportamento virulento. O método de difusão em disco foi utilizado para verificar sua resistência a antibióticos. As estirpes isoladas foram resistentes a vários antibióticos aplicados. Resultado: Verificou-se que os homens são mais propensos a infecções respiratórias em comparação às mulheres. Membros do sexo masculino com idade entre 44 e 58 e 59 e 73 anos correm maior risco, enquanto mulheres com idade entre 44 e 58 anos também correm risco de infecções pulmonares. A resistência aos antibióticos foi observada medindo a zona de inibição nas cepas GCU-SG-M4, GCU-SG-M3, GCU-SG-M5, GCU-SG-M2, GCU-SG-M1 e GCU-SG-M6. O GCU-SG-M2 foi resistente ao fluconazol (FLU), claritromicina (CLR), cefixima (CFM) e penicilina (P10). Nenhuma zona de inibição foi observada. Mas se notou uma zona difusa incomum ao redor dos discos antibióticos Ak e MEM. Os genes rhl R e 16s rRNA foram caracterizados e analisados. Conclusão: As conclusões do presente estudo ajudariam a aumentar a conscientização sobre a resistência a antibióticos de, [...].

Pseudomonas aeruginosa associated pulmonary infections and in vitro amplification virulent rhamnolipid (rhlR) gene / Infecções pulmonares associadas a Pseudomonas aeruginosa e gene ramnolipídeo virulento (rhlR) da amplificação in vitro

Background: Pseudomonas aeruginosa is a common opportunistic pathogenic bacterium with the ability to develop a strong communication pathway by quorum sensing system and different virulent factors. Among the various important secretions of P. aeruginosa rhamnolipid is important biological detergent, believed to be involved in the development of the biofilm and intercellular communication. It readily dissolves the lung surfactants that are then easily catalyzed by the phospholipases and in this way is involved in the acute pulmonary infection. Objective: research work was designed to investigate virulence and gene associated with virulence in P. aeruginosa responsible for pulmonary infections. Methods: In current study polymerase chain reaction (PCR) was used for the detection of the rhlR (rhamnolipid encoding) gene of isolated strains. A number of assays were performed that ensured its virulent behavior. Disc diffusion method was used to check its antibiotic resistance. Isolated strains were resistant to a number of antibiotics applied. Result: It was found that males are more prone to respiratory infections as compared to females. Male members with age of 44-58 and 59-73 are at a higher risk, while females with age of 44-58 are also at a risk of pulmonary infections. Antibiotic resistance was observed by measuringzone of inhibition in strains GCU-SG-M4, GCU-SG-M3, GCU-SG-M5, GCU-SG-M2, GCU-SG-M1 and GCU-SG-M6. GCU-SG-M2 was resistant to fluconazole (FLU), clarithromycin (CLR), cefixime (CFM) and Penicillin (P10). No zone of inhibition was observed. But it showed unusual diffused zone around the Ak and MEM antibiotic discs. rhl R gene and 16s rRNA gene were characterized and analyzed. Conclusion: Findings from current study would help[...].(AU)

Antecedentes: Pseudomonas aeruginosa é uma bactéria patogênica oportunista comum, com a capacidade de desenvolver uma forte via de comunicação pelo sistema de detecção de quorum e diferentes fatores virulentos. Entre as várias secreções importantes de P. aeruginosa rhamnolipid, há um importante detergente biológico, que se acredita estar envolvido no desenvolvimento do biofilme e na comunicação intercelular. Dissolve rapidamente os surfactantes pulmonares que são facilmente catalisados pelas fosfolipases e, dessa maneira, estão envolvidos na infecção pulmonar aguda. Objetivo: O trabalho de pesquisa foi desenhado para investigar a virulência e o gene associado à virulência em P. aeruginosa responsável por infecções pulmonares. Métodos: No presente estudo, a reação em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada para a detecção do gene rhlR (codificação ramnolipídeo) de cepas isoladas. Foram realizados vários ensaios que garantiram seu comportamento virulento. O método de difusão em disco foi utilizado para verificar sua resistência a antibióticos. As estirpes isoladas foram resistentes a vários antibióticos aplicados. Resultado: Verificou-se que os homens são mais propensos a infecções respiratórias em comparação às mulheres. Membros do sexo masculino com idade entre 44 e 58 e 59 e 73 anos correm maior risco, enquanto mulheres com idade entre 44 e 58 anos também correm risco de infecções pulmonares. A resistência aos antibióticos foi observada medindo a zona de inibição nas cepas GCU-SG-M4, GCU-SG-M3, GCU-SG-M5, GCU-SG-M2, GCU-SG-M1 e GCU-SG-M6. O GCU-SG-M2 foi resistente ao fluconazol (FLU), claritromicina (CLR), cefixima (CFM) e penicilina (P10). Nenhuma zona de inibição foi observada. Mas se notou uma zona difusa incomum ao redor dos discos antibióticos Ak e MEM. Os genes rhl R e 16s rRNA foram caracterizados e analisados. Conclusão: As conclusões do presente estudo ajudariam a aumentar a conscientização sobre a resistência a antibióticos de, [...].(AU)

Phenotypic and molecular characterization of fluoroquinolone resistant Pseudomonas aeruginosa isolates in Palestine

Abstract Fluoroquinolones are important antimicrobial agents for the treatment of Pseudomonas infections. A total of 11 isolates of P. aeruginosa were collected from different clinical samples from different medical centers in the North West Bank-Palestine during 2017. In this study, resistance to fluoroquinolones and secretions of -lactamases were detected by phenotypic methods, while presence of -lactamase gene sequences and other virulence factors were detected by PCR technique. PCR product for gyrA, parC and parE genes were sequenced for further analyses. The phylogenetic analyses, population diversity indices and haplotypes determination were conducted using computer programs MEGA version 6, DnaSP 5.1001 and median-joining algorithm in the program Network 5, respectively. Results of this study showed that the MIC for ciprofloxacin and norfloxacin had a range of 32-256 µg/ml. In addition, all isolates carried either exoT or exoT and exoY genes, different -lactamase genes and 82% of these isolates harbored class 1 integrons. Analyses of the gyrA, parC and parE sequences were found to be polymorphic, had high haplotype diversity (0.945-0.982), low nucleotide diversity (0.01225-0.02001) and number of haplotypes were 9 for each gyrA and parE genes and 10 haplotypes for parC gene. The founder haplotypes being Hap-1 (18%), Hap-2 (27.3%) and Hap-6 (9.1%) for gyrA, parC and parE genes, respectively. Two of ParE haplotypes were detected as indel haplotypes. The Median-joining- (MJ) networks constructed from haplotypes of these genes showed a star-like expansion. The neutrality tests (Tajimas D test and Fus Fs test) for these genes showed negative values. Palestinian fluoroquinolone resistant P. aeruginosa strains showed high MIC level for fluoroquinolones, -lactamase producers, carried type III secretion exotoxin-encoding genes, most of them had integrase I gene and had high level of mutations in QRDR regions in gyrA, parC and parE genes. All these factors may play an important role in the invasiveness of these strains and make them difficult to treat. Isolation of these strains from different medical centers, indicate the need for a strict application of infection control measures in Medical centers in the North West Bank-Palestine that aim to reduce expense and damage caused by P. aeruginosa infections. Molecular analyses showed that Palestinian fluoroquinolone resistant P. aeruginosa haplotypes are not genetically differentiated; however, more mutations may exist in these strains.

Resumo Fluoroquinolonas são agentes antimicrobianos importantes para o tratamento de infecções por Pseudomonas. Um total de 11 bacilos isolados de P. aeruginosa foram coletados de diferentes amostras clínicas provenientes de diferentes centros médicos na Cisjordânia-Palestina durante o ano de 2017. Neste estudo, resistência a fluoroquinolonas e secreções de -lactamases foram detectadas por métodos fenotípicos, enquanto a presença de sequências do gene -lactamase e outros fatores de virulência foram detectados pela técnica de PCR (Proteína C-reativa). O produto de PCR para os genes gyrA, parC e parE foram sequenciados para análises posteriores. As análises filogenéticas, os índices de diversidade populacional e a determinação de haplótipos foram realizados utilizando os softwares MEGA versão 6, DnaSP 5.1001 e o algoritmo de junção de mediana do programa Network 5, respectivamente. Os resultados deste estudo mostraram que a MIC para ciprofloxacina e norfloxacina tinha um intervalo de 32-256 µg/ml. Além disso, todos os bacilos isolados carregavam genes exoT ou exoT e exoY, genes de -lactamase diferentes e 82% desses isolados continham integrons de classe 1. As análises das sequências gyrA, parC e parE foram consideradas polimórficas, com alta diversidade de haplótipos (0,945-0,982), baixa diversidade de nucleotídeos (0,01225-0,02001) e o número de haplótipos foi de 9 para cada gene de gyrA e parE e 10 haplótipos para o gene parC. Os haplótipos fundadores são Hap-1 (18%), Hap-2 (27,3%) e Hap-6 (9,1%) para os genes gyrA, parC e parE, respectivamente. Dois dos haplótipos parE foram detectados como haplótipos InDel. As redes Median-joining (MJ) construídas a partir de haplótipos desses genes mostraram uma expansão semelhante à de uma estrela. Os testes de neutralidade (teste D de Tajima e teste Fs de Fu) para esses genes apresentaram valores negativos. As cepas palestinas de P. aeruginosa resistentes a fluoroquinolonas mostraram alto nível de MIC para fluoroquinolonas, produtores de -lactamase, genes codificadores de exotoxina de secreção tipo III, a maioria deles tinha o gene integrase I e tinha alto nível de mutações nas regiões QRDR nos genes gyrA, parC e parE. Todos esses fatores podem desempenhar um papel importante na invasão dessas cepas e torná-las difíceis de tratar. O isolamento dessas cepas em diferentes centros médicos, indica a necessidade de uma aplicação estrita de medidas de controle de infecção em centros médicos da Cisjordânia-Palestina que visam reduzir despesas e danos causados por infecções por P. aeruginosa. As análises moleculares mostraram que os haplótipos de P. aeruginosa resistentes à fluoroquinolona palestina não são geneticamente diferenciados; no entanto, mais mutações podem existir nessas cepas.

Diversidade genética em Brucella canis: aplicação no desenvolvimento de vacinas / Diversidad genética en Brucella canis: aplicación en el desarrollo de vacunas / Genetic diversity in Brucella canis: application in vaccine development

La prevalencia de la brucelosis canina por B. canis, está aumentando a nivel mundial, al igual que los reportes en personas. La ausencia de vacunas y de programas de control, permiten predecir una rápida expansión de la enfermedad, con el consecuente impacto en la reproducción canina y en la Salud Pública. Por lo anterior, es urgente analizar candidatos vacunales que consideren las características genómicas de las cepas circulantes a nivel mundial, toda vez que se ha comprobado variabilidad genética, particularmente en genes asociados a factores de virulencia tales como proteínas de membrana externa y sistema de secreción tipo IV. La presencia de un conglomerado genético de cepas Latinoamericanas de B. canis debe ser considerado en estudios futuros de tal manera de generar productos vacunales sin limitaciones geográficas.(AU)

A prevalência da brucelose canina por B. canis está aumentando em todo o mundo, assim como os relatos em humanos. A falta de vacinas e programas de controle prevêem uma rápida disseminação da doença, com conseqüente impacto sobre a reprodução canina e a saúde pública. Portanto, é urgente analisar os candidatos a vacina que consideram as características genômicas das cepas que circulam pelo mundo, uma vez que a variabilidade genética foi comprovada, particularmente nos genes associados a fatores de virulência, como as proteínas da membrana externa e o sistema de secreção tipo IV. A presença de um grupo genético de linhagens latino-americanas de B. canis deve ser considerada em estudos futuros a fim de gerar produtos vacinais sem limitações geográficas.(AU)

Pseudomonas aeruginosa associated pulmonary infections and in vitro amplification virulent rhamnolipid (rhlR) gene / Infecções pulmonares associadas a Pseudomonas aeruginosa e gene ramnolipídeo virulento (rhlR) da amplificação in vitro

Background: Pseudomonas aeruginosa is a common opportunistic pathogenic bacterium with the ability to develop a strong communication pathway by quorum sensing system and different virulent factors. Among the various important secretions of P. aeruginosa rhamnolipid is important biological detergent, believed to be involved in the development of the biofilm and intercellular communication. It readily dissolves the lung surfactants that are then easily catalyzed by the phospholipases and in this way is involved in the acute pulmonary infection. Objective: research work was designed to investigate virulence and gene associated with virulence in P. aeruginosa responsible for pulmonary infections. Methods: In current study polymerase chain reaction (PCR) was used for the detection of the rhlR (rhamnolipid encoding) gene of isolated strains. A number of assays were performed that ensured its virulent behavior. Disc diffusion method was used to check its antibiotic resistance. Isolated strains were resistant to a number of antibiotics applied. Result: It was found that males are more prone to respiratory infections as compared to females. Male members with age of 44-58 and 59-73 are at a higher risk, while females with age of 44-58 are also at a risk of pulmonary infections. Antibiotic resistance was observed by measuring zone of inhibition in strains GCU-SG-M4, GCU-SG-M3, GCU-SG-M5, GCU-SG-M2, GCU-SG-M1 and GCU-SG-M6. GCU-SG-M2 was resistant to fluconazole (FLU), clarithromycin (CLR), cefixime (CFM) and Penicillin (P10). No zone of inhibition was observed. But it showed unusual diffused zone around the Ak and MEM antibiotic discs. rhl R gene and 16s rRNA gene were characterized and analyzed. Conclusion: Findings from current study would help in raising awareness about antibiotic resistance of P. aeruginosa, and also the sequence of rhl R gene can be used as the diagnostic marker sequence to identify the virulent rhl R gene sequence from the samples when isolated from sputum of Pneumonia patients.

Antecedentes: Pseudomonas aeruginosa é uma bactéria patogênica oportunista comum, com a capacidade de desenvolver uma forte via de comunicação pelo sistema de detecção de quorum e diferentes fatores virulentos. Entre as várias secreções importantes de P. aeruginosa rhamnolipid, há um importante detergente biológico, que se acredita estar envolvido no desenvolvimento do biofilme e na comunicação intercelular. Dissolve rapidamente os surfactantes pulmonares que são facilmente catalisados pelas fosfolipases e, dessa maneira, estão envolvidos na infecção pulmonar aguda. Objetivo: O trabalho de pesquisa foi desenhado para investigar a virulência e o gene associado à virulência em P. aeruginosa responsável por infecções pulmonares. Métodos: No presente estudo, a reação em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada para a detecção do gene rhlR (codificação ramnolipídeo) de cepas isoladas. Foram realizados vários ensaios que garantiram seu comportamento virulento. O método de difusão em disco foi utilizado para verificar sua resistência a antibióticos. As estirpes isoladas foram resistentes a vários antibióticos aplicados. Resultado: Verificou-se que os homens são mais propensos a infecções respiratórias em comparação às mulheres. Membros do sexo masculino com idade entre 44 e 58 e 59 e 73 anos correm maior risco, enquanto mulheres com idade entre 44 e 58 anos também correm risco de infecções pulmonares. A resistência aos antibióticos foi observada medindo a zona de inibição nas cepas GCU-SG-M4, GCU-SG-M3, GCU-SG-M5, GCUSG-M2, GCU-SG-M1 e GCU-SG-M6. O GCU-SG-M2 foi resistente ao fluconazol (FLU), claritromicina (CLR), cefixima (CFM) e penicilina (P10). Nenhuma zona de inibição foi observada. Mas se notou uma zona difusa incomum ao redor dos discos antibióticos Ak e MEM. Os genes rhl R e 16s rRNA foram caracterizados e analisados. Conclusão: As conclusões do presente estudo ajudariam a aumentar a conscientização sobre a resistência a antibióticos de P. aeruginosa e, também, a sequência do gene rhl R pode ser usada como sequência de diagnóstico para identificar a sequência virulenta do gene rhl R das amostras quando isoladas do escarro de pacientes com pneumonia.

Detection of Fur, AmoA and pvcAB genes in Aeromonas hydrophila isolated from aquatic organisms and impact on bacterial growth under different iron concentrations / Detecção dos genes Fur, AmoA e pvcAB em Aeromonas hydrophila isoladas de organismos aquáticos e o impacto da presença desses genes sobre o crescimento bacteriano com diferentes concentrações de ferro

Infection caused by Aeromonas brings great harm to fish farming. Among the factors associated with bacterial pathogenesis, iron uptake can contribute to the survival and virulence of bacteria within hosts. The aim of this study was to check the presence of genes related to iron uptake in Aeromonas hydrophila deriving from aquatic organisms in the São Francisco Valley and associate the presence of these genes with the ability to grow in media containing different concentrations of iron. The DNAs of 41 isolates were extracted and used in PCRs to verify the presence of the Fur, AmoA and pvcAB genes related to iron uptake. The growth of the isolates belonging to different genetic profiles was verified in culture media containing different iron concentrations. Two isolates were positive for the presence of the Fur gene, seven for the AmoA gene and two for the pvcAB gene. The growth test showed that the low availability of iron did not interfere in the growth of the isolates, nor in the isolate that did not contain any of the genes evaluated in this study, suggesting that the iron uptake's mechanisms of the tested isolates may be related to other genes and proteins.

Infecções causadas por Aeromonas trazem grandes prejuízos à piscicultura. Entre os fatores associados à patogênese bacteriana, a captação de ferro pode contribuir para a sobrevivência e a virulência das bactérias dentro dos hospedeiros. O objetivo deste estudo foi verificar a presença de genes relacionados à captação de ferro em Aeromonas hydrophila provenientes de organismos aquáticos do Vale do São Francisco e associar a presença desses genes com a capacidade de as bactérias crescerem em meios contendo diferentes concentrações de ferro. Os DNAs de 41 isolados foram extraídos e utilizados em PCRs para verificar a presença dos genes Fur, AmoA e pvcAB relacionados à captação de ferro. O crescimento dos isolados pertencentes a diferentes perfis genéticos foi verificado em meios de cultura contendo diferentes concentrações de ferro. Dois isolados foram positivos para a presença do gene Fur, sete para a do gene AmoA e dois para a do gene pvcAB. O teste de crescimento mostrou que a baixa disponibilidade de ferro não interferiu no crescimento dos isolados nem no isolado que não continha nenhum dos genes avaliados neste estudo, sugerindo que os mecanismos de captação de ferro dos isolados testados podem estar relacionados a outros genes e proteínas.

Phenotypic and molecular characterization of fluoroquinolone resistant Pseudomonas aeruginosa isolates in Palestine / Caracterização fenotípica e molecular de isolados de Pseudomonas aeruginosa resistentes a fluoroquinolonas na Palestina

Fluoroquinolones are important antimicrobial agents for the treatment of Pseudomonas infections. A total of 11 isolates of P. aeruginosa were collected from different clinical samples from different medical centers in the North West Bank-Palestine during 2017. In this study, resistance to fluoroquinolones and secretions of ß-lactamases were detected by phenotypic methods, while presence of ß-lactamase gene sequences and other virulence factors were detected by PCR technique. PCR product for gyrA, parC and parE genes were sequenced for further analyses. The phylogenetic analyses, population diversity indices and haplotypes determination were conducted using computer programs MEGA version 6, DnaSP 5.1001 and median-joining algorithm in the program Network 5, respectively. Results of this study showed that the MIC for ciprofloxacin and norfloxacin had a range of 32-256 µg/ml. In addition, all isolates carried either exoT or exoT and exoY genes, different ß-lactamase genes and 82% of these isolates harbored class 1 integrons. Analyses of the gyrA, parC and parE sequences were found to be polymorphic, had high haplotype diversity (0.945-0.982), low nucleotide diversity (0.01225-0.02001) and number of haplotypes were 9 for each gyrA and parE genes and 10 haplotypes for parC gene. The founder haplotypes being Hap-1 (18%), Hap-2 (27.3%) and Hap-6 (9.1%) for gyrA, parC and parE genes, respectively. Two of ParE haplotypes were detected as indel haplotypes. The Median-joining- (MJ) networks constructed from haplotypes of these genes showed a star-like expansion. The neutrality tests (Tajima's D test and Fu's Fs test) for these genes showed negative values. Palestinian fluoroquinolone resistant P. aeruginosa strains showed high MIC level for fluoroquinolones, ß-lactamase producers, carried type III secretion exotoxin-encoding genes, most of them had integrase I gene and had high level of mutations in QRDR regions in gyrA, parC and parE genes. All these factors may play an important role in the invasiveness of these strains and make them difficult to treat. Isolation of these strains from different medical centers, indicate the need for a strict application of infection control measures in Medical centers in the North West Bank-Palestine that aim to reduce expense and damage caused by P. aeruginosa infections. Molecular analyses showed that Palestinian fluoroquinolone resistant P. aeruginosa haplotypes are not genetically differentiated; however, more mutations may exist in these strains.

Fluoroquinolonas são agentes antimicrobianos importantes para o tratamento de infecções por Pseudomonas. Um total de 11 bacilos isolados de P. aeruginosa foram coletados de diferentes amostras clínicas provenientes de diferentes centros médicos na Cisjordânia-Palestina durante o ano de 2017. Neste estudo, resistência a fluoroquinolonas e secreções de ß-lactamases foram detectadas por métodos fenotípicos, enquanto a presença de sequências do gene ß-lactamase e outros fatores de virulência foram detectados pela técnica de PCR (Proteína C-reativa). O produto de PCR para os genes gyrA, parC e parE foram sequenciados para análises posteriores. As análises filogenéticas, os índices de diversidade populacional e a determinação de haplótipos foram realizados utilizando os softwares MEGA versão 6, DnaSP 5.1001 e o algoritmo de junção de mediana do programa Network 5, respectivamente. Os resultados deste estudo mostraram que a MIC para ciprofloxacina e norfloxacina tinha um intervalo de 32-256 µg/ml. Além disso, todos os bacilos isolados carregavam genes exoT ou exoT e exoY, genes de ß-lactamase diferentes e 82% desses isolados continham integrons de classe 1. As análises das sequências gyrA, parC e parE foram consideradas polimórficas, com alta diversidade de haplótipos (0,945-0,982), baixa diversidade de nucleotídeos (0,01225-0,02001) e o número de haplótipos foi de 9 para cada gene de gyrA e parE e 10 haplótipos para o gene parC. Os haplótipos fundadores são Hap-1 (18%), Hap-2 (27,3%) e Hap-6 (9,1%) para os genes gyrA, parC e parE, respectivamente. Dois dos haplótipos parE foram detectados como haplótipos InDel. As redes Median-joining (MJ) construídas a partir de haplótipos desses genes mostraram uma expansão semelhante à de uma estrela. Os testes de neutralidade (teste D de Tajima e teste Fs de Fu) para esses genes apresentaram valores negativos. As cepas palestinas de P. aeruginosa resistentes a fluoroquinolonas mostraram alto nível de MIC para fluoroquinolonas, produtores de ß-lactamase, genes codificadores de exotoxina de secreção tipo III, a maioria deles tinha o gene integrase I e tinha alto nível de mutações nas regiões QRDR nos genes gyrA, parC e parE. Todos esses fatores podem desempenhar um papel importante na invasão dessas cepas e torná-las difíceis de tratar. O isolamento dessas cepas em diferentes centros médicos, indica a necessidade de uma aplicação estrita de medidas de controle de infecção em centros médicos da Cisjordânia-Palestina que visam reduzir despesas e danos causados por infecções por P. aeruginosa. As análises moleculares mostraram que os haplótipos de P. aeruginosa resistentes à fluoroquinolona palestina não são geneticamente diferenciados; no entanto, mais mutações podem existir nessas cepas.

Phenotypic and molecular characterization of fluoroquinolone resistant Pseudomonas aeruginosa isolates in Palestine / Caracterização fenotípica e molecular de isolados de Pseudomonas aeruginosa resistentes a fluoroquinolonas na Palestina

Fluoroquinolones are important antimicrobial agents for the treatment of Pseudomonas infections. A total of 11 isolates of P. aeruginosa were collected from different clinical samples from different medical centers in the North West Bank-Palestine during 2017. In this study, resistance to fluoroquinolones and secretions of β-lactamases were detected by phenotypic methods, while presence of β-lactamase gene sequences and other virulence factors were detected by PCR technique. PCR product for gyrA, parC and parE genes were sequenced for further analyses. The phylogenetic analyses, population diversity indices and haplotypes determination were conducted using computer programs MEGA version 6, DnaSP 5.1001 and median-joining algorithm in the program Network 5, respectively. Results of this study showed that the MIC for ciprofloxacin and norfloxacin had a range of 32-256 µg/ml. In addition, all isolates carried either exoT or exoT and exoY genes, different β-lactamase genes and 82% of these isolates harbored class 1 integrons. Analyses of the gyrA, parC and parE sequences were found to be polymorphic, had high haplotype diversity (0.945-0.982), low nucleotide diversity (0.01225-0.02001) and number of haplotypes were 9 for each gyrA and parE genes and 10 haplotypes for parC gene. The founder haplotypes being Hap-1 (18%), Hap-2 (27.3%) and Hap-6 (9.1%) for gyrA, parC and parE genes, respectively. Two of ParE haplotypes were detected as indel haplotypes. The Median-joining- (MJ) networks constructed from haplotypes of these genes showed a star-like expansion. The neutrality tests (Tajima’s D test and Fu’s Fs test) for these genes showed negative values. Palestinian fluoroquinolone resistant P. aeruginosa strains showed high MIC level for fluoroquinolones, β-lactamase producers, carried type III secretion exotoxin-encoding genes, most of them [...].

Fluoroquinolonas são agentes antimicrobianos importantes para o tratamento de infecções por Pseudomonas. Um total de 11 bacilos isolados de P. aeruginosa foram coletados de diferentes amostras clínicas provenientes de diferentes centros médicos na Cisjordânia-Palestina durante o ano de 2017. Neste estudo, resistência a fluoroquinolonas e secreções de β-lactamases foram detectadas por métodos fenotípicos, enquanto a presença de sequências do gene β-lactamase e outros fatores de virulência foram detectados pela técnica de PCR (Proteína C-reativa). O produto de PCR para os genes gyrA, parC e parE foram sequenciados para análises posteriores. As análises filogenéticas, os índices de diversidade populacional e a determinação de haplótipos foram realizados utilizando os softwares MEGA versão 6, DnaSP 5.1001 e o algoritmo de junção de mediana do programa Network 5, respectivamente. Os resultados deste estudo mostraram que a MIC para ciprofloxacina e norfloxacina tinha um intervalo de 32-256 µg/ml. Além disso, todos os bacilos isolados carregavam genes exoT ou exoT e exoY, genes de β-lactamase diferentes e 82% desses isolados continham integrons de classe 1. As análises das sequências gyrA, parC e parE foram consideradas polimórficas, com alta diversidade de haplótipos (0,945-0,982), baixa diversidade de nucleotídeos (0,01225-0,02001) e o número de haplótipos foi de 9 para cada gene de gyrA e parE e 10 haplótipos para o gene parC. Os haplótipos fundadores são Hap-1 (18%), Hap-2 (27,3%) e Hap-6 (9,1%) para os genes gyrA, parC e parE, respectivamente. Dois dos haplótipos parE foram detectados como haplótipos InDel. As redes Median-joining (MJ) construídas a partir de haplótipos desses genes mostraram uma expansão semelhante à de uma estrela. Os testes de neutralidade (teste D de Tajima e teste Fs de Fu) para esses genes apresentaram valores negativos. As cepas palestinas de P. aeruginosa resistentes a fluoroquinolonas mostraram alto nível de MIC para [...].

Phenotypic and molecular characterization of fluoroquinolone resistant Pseudomonas aeruginosa isolates in Palestine / Caracterização fenotípica e molecular de isolados de Pseudomonas aeruginosa resistentes a fluoroquinolonas na Palestina

Fluoroquinolones are important antimicrobial agents for the treatment of Pseudomonas infections. A total of 11 isolates of P. aeruginosa were collected from different clinical samples from different medical centers in the North West Bank-Palestine during 2017. In this study, resistance to fluoroquinolones and secretions of β-lactamases were detected by phenotypic methods, while presence of β-lactamase gene sequences and other virulence factors were detected by PCR technique. PCR product for gyrA, parC and parE genes were sequenced for further analyses. The phylogenetic analyses, population diversity indices and haplotypes determination were conducted using computer programs MEGA version 6, DnaSP 5.1001 and median-joining algorithm in the program Network 5, respectively. Results of this study showed that the MIC for ciprofloxacin and norfloxacin had a range of 32-256 µg/ml. In addition, all isolates carried either exoT or exoT and exoY genes, different β-lactamase genes and 82% of these isolates harbored class 1 integrons. Analyses of the gyrA, parC and parE sequences were found to be polymorphic, had high haplotype diversity (0.945-0.982), low nucleotide diversity (0.01225-0.02001) and number of haplotypes were 9 for each gyrA and parE genes and 10 haplotypes for parC gene. The founder haplotypes being Hap-1 (18%), Hap-2 (27.3%) and Hap-6 (9.1%) for gyrA, parC and parE genes, respectively. Two of ParE haplotypes were detected as indel haplotypes. The Median-joining- (MJ) networks constructed from haplotypes of these genes showed a star-like expansion. The neutrality tests (Tajimas D test and Fus Fs test) for these genes showed negative values. Palestinian fluoroquinolone resistant P. aeruginosa strains showed high MIC level for fluoroquinolones, β-lactamase producers, carried type III secretion exotoxin-encoding genes, most of them [...].(AU)

Fluoroquinolonas são agentes antimicrobianos importantes para o tratamento de infecções por Pseudomonas. Um total de 11 bacilos isolados de P. aeruginosa foram coletados de diferentes amostras clínicas provenientes de diferentes centros médicos na Cisjordânia-Palestina durante o ano de 2017. Neste estudo, resistência a fluoroquinolonas e secreções de β-lactamases foram detectadas por métodos fenotípicos, enquanto a presença de sequências do gene β-lactamase e outros fatores de virulência foram detectados pela técnica de PCR (Proteína C-reativa). O produto de PCR para os genes gyrA, parC e parE foram sequenciados para análises posteriores. As análises filogenéticas, os índices de diversidade populacional e a determinação de haplótipos foram realizados utilizando os softwares MEGA versão 6, DnaSP 5.1001 e o algoritmo de junção de mediana do programa Network 5, respectivamente. Os resultados deste estudo mostraram que a MIC para ciprofloxacina e norfloxacina tinha um intervalo de 32-256 µg/ml. Além disso, todos os bacilos isolados carregavam genes exoT ou exoT e exoY, genes de β-lactamase diferentes e 82% desses isolados continham integrons de classe 1. As análises das sequências gyrA, parC e parE foram consideradas polimórficas, com alta diversidade de haplótipos (0,945-0,982), baixa diversidade de nucleotídeos (0,01225-0,02001) e o número de haplótipos foi de 9 para cada gene de gyrA e parE e 10 haplótipos para o gene parC. Os haplótipos fundadores são Hap-1 (18%), Hap-2 (27,3%) e Hap-6 (9,1%) para os genes gyrA, parC e parE, respectivamente. Dois dos haplótipos parE foram detectados como haplótipos InDel. As redes Median-joining (MJ) construídas a partir de haplótipos desses genes mostraram uma expansão semelhante à de uma estrela. Os testes de neutralidade (teste D de Tajima e teste Fs de Fu) para esses genes apresentaram valores negativos. As cepas palestinas de P. aeruginosa resistentes a fluoroquinolonas mostraram alto nível de MIC para [...].(AU)

Native isolates and the effect of aviary litter on the pathogenicity and virulence of entomopathogenic nematodes for the control of the lesser mealworm, Alphitobius diaperinus (Panzer) (Coleoptera: Tenebrionidae) / Isolados nativos e efeito da cama de aviário na patogenicidade e virulência de nematoides entomopatogênicos visando o controle do cascudinho de aviário, Alphitobius diaperinus (Panzer) (Coleoptera: Tenebrionidae)

Objetivou-se selecionar isolados nativos de nematoides entomopatogênicos (NEPs) e avaliar o efeito da cama de aviário na sua patogenicidade e virulência, visando o controle do cascudinho de aviário. Foram utilizados 18 isolados (Steinernema e Heterorhabditis) no teste de seleção e os três isolados mais virulentos foram utilizados no teste de concentrações (10, 20, 40, 50 juvenis infectantes (JIs)/cm²). O efeito da cama de aviário (nova e velha) foi avaliado sobre S. feltiae (IBCB-n 47), S. carpocapse (IBCB-n 02), H. bacteriophora e H. amazonensis (UEL 08). Os experimentos foram realizados em delineamento inteiramente casualizado. Os dados do teste de seleção e efeito da cama foram submetidos ao teste de médias Scott-Knott (P?0,05) e, do teste de concentrações à análise de regressão. Observou-se no teste de seleção para adultos, que os três isolados mais virulentos foram Heterorhabditis amazonensis (UEL 07), H. amazonensis (RSC 05) e Steinernema carpocapsae (IBCB-n 02) com 76,5; 73,5; 70% mortalidade respectivamente. Para larvas, Heterorhabditis sp. (NEPETT 11), S. feltiae (IBCB-n 47), H. amazonensis. (UEL 07) foram os mais virulentos e causaram 100; 96; 93,7% de mortalidade respectivamente. No teste de concentrações, a maior mortalidade em adultos (98%) e larvas (98%) foi observada para S. feltiae nas concentrações de 30 JIs/cm² e 50JIs/cm² respectiv

O cascudinho causa grande prejuízo para a avicultura. Seu controle é dificultado, devido ao hábito do inseto de viver em meio a cama de aviário. Por outro lado, os nematoides entomopatogênicos (NEPs) podem ser uma alternativa no controle destes insetos, pois são indicados contra pragas que vivem ou passam uma fase no solo. Desta forma objetivou-se selecionar isolados nativos de NEPs e avaliar o efeito da cama de aviário na sua patogenicidade e virulência, visando o controle do cascudinho de aviário. Foram utilizados 14 isolados nativos e dois isolados importados no teste de seleção e os três isolados mais virulentos foram utilizados no teste de concentrações (10, 20, 40, 50 juvenis infectantes (JIs)/cm²). Ambos experimentos foram realizados em delineamento inteiramente casualizado, sendo que os dados do teste de seleção foram submetidos a teste de média Scott-Knott (P ≤ 0,05) e o teste de concentrações à análise de regressão. O efeito da cama de aviário (nova e velha) foi avaliado sobre Steinernema feltiae (IBCB-n 47), Steinernema carpocapse (All), e Heterorhabditis amazonensis (UEL 08), e o ensaio foi conduzido em fatorial 2 x 3 (dois tipos de cama e três isolados), e os dados foram submetidos ao teste de médias Tukey (P ≤ 0,05). Observou-se no teste de seleção para adultos, que os três isolados mais virulentos foram Heterorhabditis amazonensis (UEL 07), H. amazonensis (RSC 05) e S. carpocapsae (All) com 76,5; 73,5; 70% mortalidade, respectivamente. Para larvas, os isolados Heterorhabditis sp. (NEPET 11), S. feltiae (IBCB-n 47), H. amazonensis (UEL 07), Heterorhabditis sp. (IBCB-n40) e H. amazonensis (UEL 08) foram os mais virulentos e diferiram estatisticamente. No teste de concentrações, a maior mortalidade em adultos (98%) e larvas (98%) foi observada para S. feltiae nas concentrações de 30 JIs/cm² e 50JIs/cm² respectivamente, e o isolado nativo avaliado (UEL 07) foi o que apresentou o pior desempenho. Com relação ao efeito da cama de aviário, observou-se que S. feltiae (IBCB-n 47) e S. carpocapse (All) causaram as maiores mortalidades, tanto em cama nova (60,7 e 58,7%) quanto em cama velha (80 e 74,7%) respectivamente sendo também superiores ao desempenho do isolado nativo (UEL 08)