Profiling and Functional Analysis of long non-coding RNAs in yak healthy and atretic follicles

Yak is the livestock on which people live in plateau areas, but its fecundity is low. Follicular development plays a decisive role in yak reproductive performance. As an important regulatory factor, the expression of long non-coding RNA (lncRNAs) in yak follicular development and its regulatory mechanism remains unclear. To explore the differentially expressed lncRNAs between healthy and atretic follicular in yaks. We used RNA-seq to construct lncRNA, miRNA, and mRNA expression profiles in yak atretic and healthy follicles, and the RNA sequence results were identified by qPCR. In addition, the correlation of lncRNA and targeted mRNA was also analyzed by Starbase software. Moreover, lncRNA/miRNA/mRNA networks were constructed by Cytoscape software, and the network was verified by dual-luciferase analysis. A total of 682 novel lncRNAs, 259 bta-miRNAs, and 1704 mRNAs were identified as differentially expressed between healthy and atretic follicles. Among them, 135 mRNAs were positively correlated with lncRNA expression and 97 were negatively correlated, which may be involved in the yak follicular development. In addition, pathway enrichment analysis of differentially expressed lncRNA host genes by Kyoto Genome Encyclopedia (KEGG) showed that host genes were mainly involved in hormone secretion, granulosa cell apoptosis, and follicular development. In conclusion, we identified a series of novel lncRNAs, constructed the lncRNA ceRNA regulatory network, and provided comprehensive resources for exploring the role of lncRNAs in yak ovarian follicular development.(AU)

Genome-Wide Association Study on Two Immune-Related Traits in Jinghai Yellow Chicken

This study was designed to discover molecular marker associated with the interferon INF-γ and avian influenza (AI) antibody titer traits in Jinghai Yellow chicken (Gallus gallus). Serum samples were taken from 400 female chickens and the INF-γ concentrations and AI antibody titer levels were measured. A genome-wide association study was carried out using specific-locus amplified fragment (SLAF) sequencing. Bioinformatics analysis was applied to detect single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with the two traits. After sequencing and quality control, 103,680 SLAFs and 90,961 SNPs were obtained. The 400 samples were divided into 10 subgroups to reduce the effects of group stratification. The Bonferroni adjusted P-value of genome-wide significance was set at 1.87E−06 according to the number of independent SNP markers and linkage disequilibrium blocks. A SNP that was significantly associated with INF-γ concentration was detected in the myomesin 1 (MYOM1) gene on chromosome 2, and another SNPthat was significantly associated with the AI antibody titer level was detected in an RNA methyltransferase gene (Nsun7), which was found to have an important biological function. We propose that MYOM1 and Nsun7 are valuable candidate genes that influence the disease resistance characters of chicken. However, in-depth investigations are needed to determine the essential roles of these genes in poultry disease resistance and their possible application in breeding disease resistant poultry.(AU)

Contributions of RNA-seq to improve in vitro embryo production (IVP)

In Vitro Embryo Production (IVP) is widely used to improve the reproductive efficiency of livestock animals, however increasing the embryo development rates and pregnancy outcomes is still a challenge for some species. Thus, the lack of biological knowledge hinders developing specie-specific IVP protocols. Therefore, the contributions of RNA-seq to generate relevant biological knowledge and improve the efficiency of IVP in livestock animals are reviewed herein.

Contributions of RNA-seq to improve in vitro embryo production (IVP)

In Vitro Embryo Production (IVP) is widely used to improve the reproductive efficiency of livestock animals, however increasing the embryo development rates and pregnancy outcomes is still a challenge for some species. Thus, the lack of biological knowledge hinders developing specie-specific IVP protocols. Therefore, the contributions of RNA-seq to generate relevant biological knowledge and improve the efficiency of IVP in livestock animals are reviewed herein.(AU)

Spatiotemporal expression pattern of alpha, beta, and gamma genes during BoHV-5 infection / Expressão temporal de genes alfa, beta e gama durante ainfecção pelo BoHV-5

Bovine herpesvirus 5 is an alphaherpesvirus that causes nonsuppurative meningoencephalitis in cattle. This disease occurs naturally in either outbreaks or isolated cases, and exhibits low morbidity and high lethality. Although previous studies elucidated crucial aspects involved in the pathogenesis of the disease, there is a paucity of information regarding the molecular events contributing to infection and replication of BoHV-5. The objective of the present study was to determine the in vitro gene expression pattern of BoHV-5 (e.g., alpha, beta, and gamma genes) and host cells genes (GAPDH and 18S) over time utilizing different quantities of inoculated virus. Three BoHV-5 genes (bICP0, UL9, US4) and one structural bovine cell gene had their expression accessed by real-time PCR. While the expression of BoHV-5 genes increased during the course of infection, GAPDH gene expression decreased in the host cells, evidencing the effect of viral infection on the expression of bovine cell genes. The 18S ribosomal RNA (rRNA) gene was constitutively expressed throughout BoHV-5 infection. Our data clearly demonstrates that GAPDH gene should not be used as a reference gene in studies of BoHV-5 infection because it was influenced by viral infection. However, 18S rRNA was constitutively expressed and, therefore, is recommended for normalization of BoHV-5 infection studies in bovine cells. The expression of viral genes transcripts was not altered by increasing number of viral particles added to the culture. All viral genes included here demonstrated the same expression pattern over time and there was no difference in the expression of viral genes among the various time points. Our data show important differences comparing to classical studies regarding herpesvirus alpha, beta, and gamma genes expression. More research is necessary to improve our understanding about the BoHV-5 biology during infection. Studies employing next-generation sequencing (i.e., RNA-seq), using both in vitro and in vivo models, would be the next logical step to grasp the virus and host cell's transcriptome changes over the course of infection.(AU)

Herpesvirus bovino 5 é um alfaherpesvírus causador de meningoencefalite não supurativa em bovinos. Esta doença possui ocorrência natural em surtos ou casos isolados, associadas a baixa morbidade e alta letalidade. Embora estudos anteriores tenham elucidado aspectos relacionados a patogenia da doença, há uma lacuna de conhecimento relacionado aos eventos moleculares que contribuem para a infecção e replicação do BoHV-5. O objetivo do presente estudo foi determinar a expressão gênica in vitro de genes virais (i.e., alfa, beta e gama) e das células hospedeiras (GAPDH e 18S) durante a infecção considerando diferentes momentos de infecção e quantidade de vírus utilizado. Três genes do BoHV-5 (bICP0, UL9, US4), um gene estrutural (GAPDH) e um gene constitutivo (18S) da célula bovina tiveram suas expressões avaliadas por PCR quantitativa (qPCR). Enquanto os genes virais tiveram sua expressão aumentada ao longo do tempo de infecção, o gene hospedeiro teve sua expressão diminuída, demonstrando a ação do vírus na expressão gênica de células bovinas in vitro. O gene constitutivo 18S teve sua expressão mantida durante todos os momentos do experimento. Nossos resultados claramente demonstraram que o GAPDH não deve ser usado como gene de referência em estudos com infecção por BoHV-5 pois é influenciado pela infecção viral. Entretanto, o 18S rRNA foi constitutivamente expresso e pode ser recomendado para normalização em células bovinas infectadas pelo vírus. A expressão de mRNA viral não foi alterada pela quantidade de vírus usada. Todos os genes virais demonstraram o mesmo padrão de expressão ao longo do tempo de infecção. Nossos resultados trazem importantes diferenças comparando aos estudos clássicos que avaliaram a expressão de genes alfa, beta e gama. Mais estudos são necessários para aumentar o conhecimento da biologia molecular do BoHV-5. Estudo utilizando sequenciamento de última geração (i.e., RNA-seq), usando modelos in vitro e in vivo, aparentam ser o próximo passo lógico para acessar as alterações do transcriptoma do hospedeiro e viral ao longo do curso da infecção.(AU)

Spatiotemporal expression pattern of alpha, beta, and gamma genes during BoHV-5 infection / Expressão temporal de genes alfa, beta e gama durante ainfecção pelo BoHV-5

Bovine herpesvirus 5 is an alphaherpesvirus that causes nonsuppurative meningoencephalitis in cattle. This disease occurs naturally in either outbreaks or isolated cases, and exhibits low morbidity and high lethality. Although previous studies elucidated crucial aspects involved in the pathogenesis of the disease, there is a paucity of information regarding the molecular events contributing to infection and replication of BoHV-5. The objective of the present study was to determine the in vitro gene expression pattern of BoHV-5 (e.g., alpha, beta, and gamma genes) and host cells genes (GAPDH and 18S) over time utilizing different quantities of inoculated virus. Three BoHV-5 genes (bICP0, UL9, US4) and one structural bovine cell gene had their expression accessed by real-time PCR. While the expression of BoHV-5 genes increased during the course of infection, GAPDH gene expression decreased in the host cells, evidencing the effect of viral infection on the expression of bovine cell genes. The 18S ribosomal RNA (rRNA) gene was constitutively expressed throughout BoHV-5 infection. Our data clearly demonstrates that GAPDH gene should not be used as a reference gene in studies of BoHV-5 infection because it was influenced by viral infection. However, 18S rRNA was constitutively expressed and, therefore, is recommended for normalization of BoHV-5 infection studies in bovine cells. The expression of viral genes transcripts was not altered by increasing number of viral particles added to the culture. All viral genes included here demonstrated the same expression pattern over time and there was no difference in the expression of viral genes among the various time points. Our data show important differences comparing to classical studies regarding herpesvirus alpha, beta, and gamma genes expression. More research is necessary to improve our understanding about the BoHV-5 biology during infection. Studies employing next-generation sequencing (i.e., RNA-seq), using both in vitro and in vivo models, would be the next logical step to grasp the virus and host cell's transcriptome changes over the course of infection.(AU)

Herpesvirus bovino 5 é um alfaherpesvírus causador de meningoencefalite não supurativa em bovinos. Esta doença possui ocorrência natural em surtos ou casos isolados, associadas a baixa morbidade e alta letalidade. Embora estudos anteriores tenham elucidado aspectos relacionados a patogenia da doença, há uma lacuna de conhecimento relacionado aos eventos moleculares que contribuem para a infecção e replicação do BoHV-5. O objetivo do presente estudo foi determinar a expressão gênica in vitro de genes virais (i.e., alfa, beta e gama) e das células hospedeiras (GAPDH e 18S) durante a infecção considerando diferentes momentos de infecção e quantidade de vírus utilizado. Três genes do BoHV-5 (bICP0, UL9, US4), um gene estrutural (GAPDH) e um gene constitutivo (18S) da célula bovina tiveram suas expressões avaliadas por PCR quantitativa (qPCR). Enquanto os genes virais tiveram sua expressão aumentada ao longo do tempo de infecção, o gene hospedeiro teve sua expressão diminuída, demonstrando a ação do vírus na expressão gênica de células bovinas in vitro. O gene constitutivo 18S teve sua expressão mantida durante todos os momentos do experimento. Nossos resultados claramente demonstraram que o GAPDH não deve ser usado como gene de referência em estudos com infecção por BoHV-5 pois é influenciado pela infecção viral. Entretanto, o 18S rRNA foi constitutivamente expresso e pode ser recomendado para normalização em células bovinas infectadas pelo vírus. A expressão de mRNA viral não foi alterada pela quantidade de vírus usada. Todos os genes virais demonstraram o mesmo padrão de expressão ao longo do tempo de infecção. Nossos resultados trazem importantes diferenças comparando aos estudos clássicos que avaliaram a expressão de genes alfa, beta e gama. Mais estudos são necessários para aumentar o conhecimento da biologia molecular do BoHV-5. Estudo utilizando sequenciamento de última geração (i.e., RNA-seq), usando modelos in vitro e in vivo, aparentam ser o próximo passo lógico para acessar as alterações do transcriptoma do hospedeiro e viral ao longo do curso da infecção.(AU)

Deep sequencing analysis of toad Rhinella schneideri skin glands and partial biochemical characterization of its cutaneous secretion

Animal poisons and venoms are sources of biomolecules naturally selected. Rhinella schneideri toads are widespread in the whole Brazilian territory and they have poison glands and mucous gland. Recently, protein from toads' secretion has gaining attention. Frog skin is widely known to present great number of host defense peptides and we hypothesize toads present them as well. In this study, we used a RNA-seq analysis from R. schneideri skin and biochemical tests with the gland secretion to unravel its protein molecules. Methods: Total RNA from the toad skin was extracted using TRizol reagent, sequenced in duplicate using Illumina Hiseq2500 in paired end analysis. The raw reads were trimmed and de novo assembled using Trinity. The resulting sequences were submitted to functional annotation against non-redundant NCBI database and Database of Anuran Defense Peptide. Furthermore, we performed caseinolytic activity test to assess the presence of serine and metalloproteases in skin secretion and it was fractionated by fast liquid protein chromatography using a reverse-phase column. The fractions were partially sequenced by Edman's degradation. Results: We were able to identify several classes of antimicrobial peptides, such as buforins, peroniins and brevinins, as well as PLA2, lectins and galectins, combining protein sequencing and RNA-seq analysis for the first time. In addition, we could isolate a PLA2 from the skin secretion and infer the presence of serine proteases in cutaneous secretion. Conclusions: We identified novel toxins and proteins from R. schneideri mucous glands. Besides, this is a pioneer study that presented the in depth characterization of protein molecules richness from this toad secretion. The results obtained herein showed evidence of novel AMP and enzymes that need to be further explored.(AU)

Transcriptomic analysis of differential gene expression reveals an increase in COX2 levels during in vitro canine herpesvirus infection / Análise transcriptômica da expressão gênica diferencial revela um aumento nos níveis de COX2 durante a infecção in vitro por herpesvirus canino

Canine herpesvirus (CaHV-1) affects canids worldwide, causing death in neonates and immunosuppressed hosts. Acute infection by CaHV-1 can cause reproductive, respiratory, and neurological problems in adult animals. Viral pathogenesis and host genes expressions during of CaHV-1infection are not clearly understood. In the present study, the transcriptome of canine kidney cell Mardin-Darby (MDCK) infected in vitro with canine herpesvirus was explored. For this, RNA sequencing (RNA-seq) of the samples in different moments during infection was carried out. Subsequently, the transcriptomic analysis genes related to cell activities and process involved to viral cycle infection were evaluated until 32h post-inoculation (pi). Among evaluated genes, was verified a significant and gradative increase of the prostaglandin-endoperoxide synthase 2 (PTGS2) or cyclooxygenase 2 (COX2) gene expression, throughout of infection, though differential gene expression analysis and validated by quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR). High COX2 expression is usually induced in response to inflammation, pathogens or activation of the immune system but can be a viral mechanism to favor viral replication. Thus, COX2 level increase can be a favorable factor for viral infection with Cahv-1 virus and the use of selective COX2 inhibitors may be beneficial for limiting the infection or clinical signs by causing interruption of the viral replication cycle during active infection. Additionally, the regulation genes expression differential verified in this study can contribute to determining important targets for inhibiting canine herpesvirus infection either by cellular or viral mechanisms.(AU)

O herpesvírus canino (CaHV-1) afeta os canídeos em todo o mundo, causando morte em neonatos e hospedeiros imunossuprimidos. A infecção aguda por CaHV-1 pode causar problemas reprodutivos, respiratórios e neurológicos em animais adultos. A patogênese viral e expressão de genes hospedeiros durante a infecção por CaHV-1 ainda não são bem compreendidos. No presente estudo, o transcriptoma de células de rim canino Madin-Darby (MDCK) infectadas in vitro com herpesvirus canino foi explorado. Para isso, foi realizado o sequenciamento de RNA (RNA-seq) de amostras coletadas em diferentes momentos durante a infecção. Subsequentemente, a análise transcriptômica dos genes relacionados à atividade celular e aos processos envolvidos no ciclo de infecção do vírus foram avaliadas até 32 horas após a inoculação (pi). Dentre os genes avaliados, constatamos uma elevação significativa e gradativa da expressão da Prostaglandina-endoperoxide sintase 2 (PTGS2) ou ciclooxigenase 2 (COX2), ao longo da infecção viral, foi verificada por análise de expressão gênica diferencial e validada por resultados de transcrição reversa por PCR quantitativo (RT-qPCR). O aumento da expressão de COX2 geralmente é induzida em resposta a inflamação, patógenos ou ativação do sistema imune, mas também pode ser um mecanismo para favorecer a replicação viral. Assim, o aumento do nível de COX2 pode ser um fator favorável à infecção viral pelo vírus CaHV-1 e o uso de inibidores seletivos da COX2 pode ser benéfico para limitar a infecção ou os sinais clínicos, causando a interrupção do ciclo de replicação viral durante a infecção ativa. Além disso, a regulação diferencial da expressão dos genes verificados neste estudo podem contribuir para determinar alvos importantes para inibir a infecção por herpesvírus canino, seja por mecanismos celulares ou virais.(AU)

Deep sequencing analysis of toad Rhinella schneideri skin glands and partial biochemical characterization of its cutaneous secretion

Background: Animal poisons and venoms are sources of biomolecules naturally selected. Rhinella schneideri toads are widespread in the whole Brazilian territory and they have poison glands and mucous gland. Recently, protein from toads secretion has gaining attention. Frog skin is widely known to present great number of host defense peptides and we hypothesize toads present them as well. In this study, we used a RNA-seq analysis from R. schneideri skin and biochemical tests with the gland secretion to unravel its protein molecules. Methods: Total RNA from the toad skin was extracted using TRizol reagent, sequenced in duplicate using Illumina Hiseq2500 in paired end analysis. The raw reads were trimmed and de novo assembled using Trinity. The resulting sequences were submitted to functional annotation against non-redundant NCBI database and Database of Anuran Defense Peptide. Furthermore, we performed caseinolytic activity test to assess the presence of serine and metalloproteases in skin secretion and it was fractionated by fast liquid protein chromatography using a reverse-phase column. The fractions were partially sequenced by Edman's degradation. Results: We were able to identify several classes of antimicrobial peptides, such as buforins, peroniins and brevinins, as well as PLA2, lectins and galectins, combining protein sequencing and RNA-seq analysis for the first time. In addition, we could isolate a PLA2 from the skin secretion and infer the presence of serine proteases in cutaneous secretion. Conclusions: We identified novel toxins and proteins from R. schneideri mucous glands. Besides, this is a pioneer study that presented the in depth characterization of protein molecules richness from this toad secretion. The results obtained herein showed evidence of novel AMP and enzymes that need to be further explored.(AU)

A importância dos estudos transcriptômicos de gametas e embriões para o avanço e consolidação da Produção In Vitro de Embriões (PIVE) em bubalinos na Amazônia / The importance of the transcriptomic studies of gametes and embryos for the advance and consolidation of In Vitro Production (IVP) in buffaloes in the Amazon

A produção de búfalos está se expandindo na Amazônia, sendo assim o uso de biotecnologias reprodutivas em programas de melhoramento genético tornou-se uma estratégia para melhorar a produtividade dos rebanhos sem a necessidade de aumentar as áreas de pastagens. A Produção In Vitro de Embriões (PIVE) é uma das biotecnologias disponíveis, a qual é contiuamente aperfeiçoada através da pesquisa de novos componentes para os meios de cultivo e da pesquisa de protocolos espécie específicos que resultem em maior número de embriões de boa qualidade. Contudo, a falta de informações sobre os requerimentos metabólicos de gametas e embriões têm dificultado a consolidação de protocolos de PIVE específicos para búfalos. Neste artigo discutimos as abordagens transcriptômicas que estão ajudando a preencher esta falta de informações, as limitações destas abordagens e os tópicos de pesquisa que ainda precisam ser investigados em búfalos.(AU)

Buffalo production is expanding in the Amazon region therefore the use of reproductive biotechnologies in breeding programs became a strategy to improve the herd productivity without a need for increasing pasture areas. In Vitro Production (IVP) is one of the available biotechnologies, which is continuously being improved through the research of novel components of culture media and the research of specie-specific protocols to obtain an increased number of good quality embryos. However, the lack of information about the metabolic requirements of gametes and embryos have delayed the consolidation of buffalos IVP specific protocols. Herein, we discussed the transcriptomic approaches that are helping to fill the lack of information, the limitations of these approaches and the research topics that still needs further investigations in buffaloes.(AU)

A importância dos estudos transcriptômicos de gametas e embriões para o avanço e consolidação da Produção In Vitro de Embriões (PIVE) em bubalinos na Amazônia / The importance of the transcriptomic studies of gametes and embryos for the advance and consolidation of In Vitro Production (IVP) in buffaloes in the Amazon

A produção de búfalos está se expandindo na Amazônia, sendo assim o uso de biotecnologias reprodutivas em programas de melhoramento genético tornou-se uma estratégia para melhorar a produtividade dos rebanhos sem a necessidade de aumentar as áreas de pastagens. A Produção In Vitro de Embriões (PIVE) é uma das biotecnologias disponíveis, a qual é contiuamente aperfeiçoada através da pesquisa de novos componentes para os meios de cultivo e da pesquisa de protocolos espécie específicos que resultem em maior número de embriões de boa qualidade. Contudo, a falta de informações sobre os requerimentos metabólicos de gametas e embriões têm dificultado a consolidação de protocolos de PIVE específicos para búfalos. Neste artigo discutimos as abordagens transcriptômicas que estão ajudando a preencher esta falta de informações, as limitações destas abordagens e os tópicos de pesquisa que ainda precisam ser investigados em búfalos.

Buffalo production is expanding in the Amazon region therefore the use of reproductive biotechnologies in breeding programs became a strategy to improve the herd productivity without a need for increasing pasture areas. In Vitro Production (IVP) is one of the available biotechnologies, which is continuously being improved through the research of novel components of culture media and the research of specie-specific protocols to obtain an increased number of good quality embryos. However, the lack of information about the metabolic requirements of gametes and embryos have delayed the consolidation of buffalo’s IVP specific protocols. Herein, we discussed the transcriptomic approaches that are helping to fill the lack of information, the limitations of these approaches and the research topics that still needs further investigations in buffaloes.

Genome-wide gene expression patterns in dikaryon of the basidiomycete fungus Pleurotus ostreatus

Dikarya is a subkingdom of fungi that includes Ascomycota and Basidiomycota. The gene expression patterns of dikaryon are poorly understood. In this study, we bred a dikaryon DK13 × 3 by mating monokaryons MK13 and MK3, which were from the basidiospores of Pleurotus ostreatus TD300. Using RNA-Seq, we obtained the transcriptomes of the three strains. We found that the total transcript numbers in the transcriptomes of the three strains were all more than ten thousand, and the expression profile in DK13 × 3 was more similar to MK13 than MK3. However, the genes involved in macromolecule utilization, cellular material synthesis, stress-resistance and signal transduction were much more up-regulated in the dikaryon than its constituent monokaryons. All possible modes of differential gene expression, when compared to constituent monokaryons, including the presence/absence variation, and additivity/nonadditivity gene expression in the dikaryon may contribute to heterosis. By sequencing the urease gene poure sequences and mRNA sequences, we identified the monoallelic expression of the poure gene in the dikaryon, and its transcript was from the parental monokaryon MK13. Furthermore, we discovered RNA editing in the poure gene mRNA of the three strains. These results suggest that the gene expression patterns in dikaryons should be similar to that of diploids during vegetative growth.(AU)

High-quality total RNA isolation from melon (Cucumis melo L. ) fruits rich in polysaccharides / Isolamento de RNA total de alta qualidade a partir de frutos de melão (Cucumis melo L. ) contendo altos níveis de polissacarídeos

Melon, a member of the family Cucurbitaceae, is the fourth most important fruit in the world market and, on a volume basis, is Brazils main fresh fruit export. Many molecular techniques used to understand the maturation of these fruits require high concentrations of highly purified RNA. However, melons are rich in polyphenolic compounds and polysaccharides, which interfere with RNA extraction. This study aimed to determine the most appropriate method for total RNA extraction from melon fruits. Six extraction buffers were tested: T1) guanidine thiocyanate/phenol/chloroform; T2) sodium azide/?-mercaptoethanol; T3) phenol/guanidine thiocyanate; T4) CTAB/PVP/?-mercaptoethanol; T5) SDS/sodium perchlorate/PVP/?-mercaptoethanol, and T6) sarkosyl/PVP/guanidine thiocyanate, using the AxyPrepTM Multisource Total RNA Miniprep Kit. The best method for extracting RNA from both mature and green fruit was based on the SDS/PVP/?-mercaptoethanol buffer, because it rapidly generated a high quality and quantity of material. In general, higher amounts of RNA were obtained from green than mature fruits, probably due to the lower concentration of polysaccharides and water. The purified material can be used as a template in molecular techniques, such as microarrays, RT-PCR, and in the construction of cDNA and RNA-seq data.(AU)

O melão pertencente à família Cucurbitaceae é o quarto fruto mais importante no mercado mundial e a fruta mais exportada pelo Brasil. Muitas técnicas moleculares utilizadas para compreender a maturação destes frutos requerem o uso de RNA altamente purificado e em alta concentração. Entretanto, o elevado nível de compostos polifenólicos e polissacarídeos nos frutos tornam a extração de RNA um desafio. Este trabalho teve por objetivo determinar o método mais adequado para extração de RNA total em frutos de melão. Seis diferentes tampões de extração foram testados: T1) tiocianato de guanidina/fenol/clorofórmio; T2) azida de sódio/?-mercaptoetanol; T3) fenol/tiocianato de guanidina, T4) CTAB/PVP/?-mercaptoetanol, T5) SDS/perclorato de sódio/PVP/?-mercaptoetanol e T6) sarcosil/PVP/tiocianato de guanidina associado com AxyPrep TM Multisource Total RNA Miniprep Kit. O melhor método para extração do RNA tanto de fruto verde quanto maduro foi o baseado no tampão SDS/PVP/?-mercaptoetanol, por gerar material íntegro e de qualidade em grande quantidade, associado à rapidez de execução. Em geral, maiores quantidades de RNA foram obtidas a partir de frutos verdes, provavelmente devido à baixa concentração de polissacarídeos e água. O material purificado poderá ser utilizado como molde em técnicas de estudos moleculares como microarrays, RT-PCR e bibliotecas de cDNA e RNAseq, pelo qual foi testado.(AU)

A importância da família dos fatores de crescimento endotelial vascular na reprodução

O ciclo estral da cadela difere de fêmeas de outras espécies e tem como protagonista principal o corpo lúteo, glândula endócrina transitória que secreta diversos fatores relacionados à sua manutenção e regressão. Um dos fatores chaves que regula a angiogênese é o VEGFA, fator de crescimento endotelial pertencente a uma ampla família. O objetivo do trabalho foi revisar a importância do VEGFA, de suas isoformas, seus receptores e dos fatores de crescimento na angiogênese, na reprodução e no corpo lúteo canino. Sobre as isoformas angiogênicas do VEGFA e sua estruturação em exons e introns, nada se achou na espécie canina. Sugerimos a estrutura das isoformas caninas homologas às do ser humano para posterior validação. Adicionalmente, identificamos a expressão de fatores angiogênicos durante o diestro não gestacional na espécie canina, através da técnica de RNA-seq. Para tal, foram utilizados corpos lúteos provenientes de 18 cadelas que passaram por ovariosalpingohisterectomia (OSH) nos dias 10, 20, 30, 40, 50 e 60 após a ovulação (p.o). Os corpos lúteos coletados foram utilizados para extração de RNA total a partir do protocolo de TRIZOL e posterior análise por RNA-seq, seguindo o protocolo TruSeq RNA Sample Preparation Guide, descrito por Illumina. Identificamos a expressão diferencial do VEGFA, VEGFC, VEGFD, VEGFR1, VEGFR2 e VEGFR3 nas comparações entre o período luteotrófico e regressão luteínica. Os dados demonstram maior expressão de fatores angiogênicos no dia 20 p.o, período relacionados à proliferação celular e manutenção da função do corpo lúteo canino.

The estrous cycle of bitches differs from that of other species and its main protagonist is the corpus luteum, a transient endocrine gland that secretes several factors related to its maintenance and regression. One of the main factors that regulate angiogenesis is VEGFA, an endothelial growth factor belonging to a large family. The aim of the study was to shed light on the importance of VEGFA, its isoforms and receptors in angiogenesis, reproduction and canine corpus luteum. The angiogenic isoforms of this growth factor have been investigated for its structure in exons and introns, and nothing has been found about this conformation in dogs. Here we suggest the structure of canine isoforms homologous to that of humans for further validation and we seek to identify the expression of angiogenic factors during non-gestational diestrus in the canine species, using the RNA-seq technique. For this purpose, corpus luteum of 18 bitches submitted to ovariosalpingohisterectomy (OSH) were used on days 10, 20, 30, 40, 50 and 60 after ovulation (p.o). The collected corpus luteum were used for extraction of total RNA using the TRIZOL protocol and subsequent analysis by RNA-seq, following the protocol TruSeq RNA Sample Preparation Guide, described by Illumina. We identified the differential expression of VEGFA, VEGFC, VEGFD, VEGFR1, VEGFR2 and VEGFR3 when comparing the luteotrophic and regression periods. The data demonstrate the active participation of angiogenic factors on day 20 post ovulation, a period related to cell proliferation and maintenance of canine corpus luteum function.

A procura por variantes genéticas funcionais da eficiência alimentar em bovinos Nelore

A eficiência alimentar (EA) em sistemas de produção de proteína animal é uma característica de grande importância, já que animais mais eficientes refletem diretamente em melhores índices de produtividade e sustentabilidade das cadeias produtivas. No entanto, a avaliação desta característica é complexa, lenta e onerosa, o que justifica a busca de abordagens mais eficazes para identificar animais quanto à EA. Uma possível estratégia é a identificação de marcadores moleculares que permitam a seleção de animais com melhor ou pior EA. Abordagens baseadas em estudos de associação ampla do genoma (GWAS) tem gerado bastante informações, porém na maioria das vezes os marcadores encontrados não são os responsáveis pelos efeitos fenotípicos (causais), o que faz com que a análise dos resultados seja especulativa utilizando-se genes presentes em grandes janelas cromossomais. Outro problema destes estudos é que as análises são realizadas a partir do DNA de qualquer célula, se perdendo a possibilidade de compreender a importância funcional e tecido-específica das variantes causais em determinado fenótipo. Assim este trabalho se organiza em capítulos, onde no primeiro foi analisado dados gerados a partir de RNA-seq de amostras de biópsia de fígado de animais de alta e baixa EA, com o objetivo de identificar variantes funcionais que regulem genes e vias biológicas relacionadas com o fenótipo estudado. Foi possível identificar 256 variantes (247 SNPs e 9 INDELs (inserções e deleções)) distribuído em 190 genes que regulam vias importantes da imunidade inata, o que leva a concluir que o sistema imune é uma das principais vias que regulam a eficiência animal, seja direta ou indiretamente. Dentre os principais achados está 4 variantes homozigóticas para animais de alta eficiência alimentar (AEA) nos genes CFH e CFH5, que são responsáveis pela fagocitose de micróbios e células danificadas que induzem à infecção, alterações nessas variantes podem levar a alterações das vias biológicas relacionadas a imunidades, causando perdas econômicas. No segundo capítulo, realizou-se análises de dados a partir de RNA-seq de diversos orgãos (adrenal, hipotálamo, pituitária, fígado, musculo), para identificação de variantes9 funcionais que podem ser reguladores centrais, suas interações biológicas com a característica de eficiência alimentar e por fim validar os resultados em uma população independente. Com esta pesquisa foi possível identificar 169 variantes expressos em comum nos cinco tecidos, sendo que essas variantes estão relacionadas principalmente com o MHC classe I. Também foram identificados um total de 144, 252, 413, 416 e 340 potenciais variantes funcionais (PVFs) apresentados no fígado, músculo, hipotálamo, hipófise e adrenal, que foram adjacentes a 223, 422, 694, 697 e 554 marcadores SNP apresentados no BovineHD (Illumina), respectivamente. Para realizar a validação e as previsões genômicas para o conjunto de validação, os marcadores SNP adjacentes ao PFV foram diferencialmente ponderados com base nos resultados obtidos com ssGWAS usando o conjunto de treinamento. Através dos dados obtidos e da metodologia aplicada, foi possível constatar que a precisão da predição aumentou de 31,03% para 40%, quando adicionados os dados das PVFs ponderados diferencialmente na matriz de predição. Através dos dados genômicos obtidos e utilizando a metodologia de identificação de PVFs e validação por ssGWAS, foi possível desenvolver um pipeline consistente que pode ser utilizada para a aprimorar os programas de melhoramento genético.

Feed efficiency (FE) in animal protein production systems is a feature of great importance, since more efficient animals reflect directly on better productivity and sustainability indexes of the production chains. However, the evaluation of this characteristic is complex, slow and costly, which justifies the search for more effective approaches to identify animals regarding FE. A possible strategy is the identification of molecular markers that allow the selection of animals with better or worse FE. Approaches based on studies of broad genome association (GWAS) have generated a lot of information, however in most cases the markers found are not responsible for the phenotypic (causal) effects, which makes the analysis of the results speculative using genes present in large chromosomal windows. Another problem of these studies is that the analyzes are performed from the DNA of any cell, losing the possibility of understanding the functional and tissue-specific importance of the causal variants in a given phenotype. Thus, this work is organized in chapters, where the first one analyzed data generated from RNA-seq from liver biopsy samples from animals of high and low FE, with the objective of identifying functional variants that regulate genes and biological pathways related to the studied phenotype. It was possible to identify 256 variants (247 SNPs and 9 INDELs (insertions and deletions)) distributed in 190 genes that regulate important pathways of innate immunity, which leads to the conclusion that the immune system is one of the main pathways that regulate animal efficiency, be it directly or indirectly. Among the main findings are 4 homozygous variants for highly efficient animals (HFE) in the CFH and CFH5 genes, which are responsible for the phagocytosis of microbes and damaged cells that induce infection, changes in these variants can lead to changes in biological pathways related to immunities, causing economic losses. In the second chapter, data analysis was performed using RNA-seq from several organs (adrenal, hypothalamus, pituitary, liver, muscle), to identify functional variants that can be central regulators, their biological interactions with the efficiency characteristic and finally to validate the results in an independent population. With this research it was possible to identify 169 variants expressed in common in the five tissues, and these variants are mainly related to MHC class I. A total of 144, 252, 413, 416 and 340 potential functional variants (PFVs) were also identified. in the liver, muscle, hypothalamus, pituitary and adrenal, which were adjacent to 223, 422, 694, 697 and 554 SNP markers presented in BovineHD (Illumina), respectively. To perform the validation and genomic predictions for the validation set, the SNP markers adjacent to the PFV were differentially weighted based on the results obtained with ssGWAS using the training set. Through the obtained data and the applied methodology, it was possible to verify that the precision of the prediction increased from 31.03% to 40%, when adding the data of the differently weighted PFVs in the prediction matrix. Through the genomic data obtained and using the methodology of identification of PFVs and validation by ssGWAS, it was possible to develop a consistent pipeline that can be used to improve the breeding programs.

Identificação de transcritos diferencialmente expressos por Pasteurella multocida em condições de privação de ferro / Identification of differentially expressed transcripts by Pasteurella multocida iron-starved condition

Ferro (Fe) é um elemento essencial e a capacidade de adquiri-lo in vivo têm sido descrita em diversos agentes patogênicos através de fatores de virulência. Análises de transcritos durante a privação de Fe tem sido descritos através da técnica de "microarray", entretanto a técnica de RNA-seq recentemente tem demonstrado resultados superiores. Neste trabalho, o isolado de Pasteurella multocida (Pm 16759) altamente patogênico em suínos foi cultivado em duas condições com diferentes concentrações de Fe (controle e privação) com o objetivo de analisar transcritos diferencialmente expressos. O RNA total das duas condições foi extraído e sequenciado através da plataforma de nova geração Ion Torrent. Os dados foram analisados no Software Ion Reporter(tm) e processados no programa Rockhopper. Foram obtidas 1.341.615 leituras com tamanho médio de 81pb, com 96% de alinhamento com o genoma de Pasteurella multocida subsp. multocida 3480 e 98,8% de acurácia. No mapeamento das leituras das duas condições, observou-se 2,652 transcritos e destes, 177 (6,7%) foram diferencialmente expressos, sendo 93 na condição controle (Fe+) e 84 na condição de privação (Fe-). Na condição de privação de Fe, o perfil de transcritos foram associados a função de transporte celular (fbp ABC, permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e proteína periplasmática de alta afinidade com Fe2+ ), reguladores transcricionais e proteínas hipotéticas. O perfil na condição controle (Fe+) apresentou transcritos diferencialmente expressos associados ao RNAs anti-sense (asRNA) e genes do metabolismo energético (fructose-1,6-bisfosfatase). O estudo comprovou que a restrição de Fe aumenta a expressão de genes envolvidos no transporte celular, reguladores transcricionais, proteínas hipotéticas e desconhecidas e permitiu ainda a identificação de novos genes como a permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e proteina periplasmática de alta afinidade com Fe2+ , que configuram uma possível via alternativa de absorção de Fe.(AU)

Iron (Fe) is an essential element and the ability to acquire it in vivo has been described in several pathogens as virulence factors. Global analyses of transcripts during iron deprivation have been described by microarray studies, however recently RNA-seq analysis showed superior results. The high pathogenic swine strain of Pasteurella multocida (BRMSA 1113) was grown in two conditions with different concentrations of Fe (control and deprivation) in order to analyze the differentially expressed transcripts. The total RNA of the two conditions was extracted and sequenced by new generation Ion Torrent plataform. Data were analyzed in Ion Reporter(tm) Software and processed in Rockhopper software. Sequence analysis shows 1,341,615 readings with median length of 81pb, with 96% of alignment to the reference genome Pasteurella multocida strain 3489, and 98.8% accuracy. Reads mapping to genome of P. multocida in these two conditions detected 2,652 transcripts, which 177 (6.7%) were differentially expressed, with 93 in the control condition (Fe+) and 84 provided with iron deprivation condition (Fe-). In condition (Fe-), differential expressed transcript profile were associated to function of cellular transport (fbpABC, high-affinity Fe2+/Pb2+ permease and periplasmic protein probably involved in hight-affinity Fe2+ ), transcptional regulators and hypothetical proteins. The control condition (Fe+) shows differential expressed transcripts profile associated to RNA anti-sense (asRNA) energetic metabolism genes (fructose-1,6-bisphosphatase). The study showed that the Fe restriction increases the expression of genes involved in cellular transport, transcriptional regulators, hypothetical and unknown proteins, and also allowed the identification of High-affinity Fe2+/Pb2+ permease e Periplasmic protein probably involved in high-affinity Fe2+, that constitute a possible alternative route for Fe absorption.(AU)

Identificação de transcritos diferencialmente expressos por Pasteurella multocida em condições de privação de ferro / Identification of differentially expressed transcripts by Pasteurella multocida iron-starved condition

Iron (Fe) is an essential element and the ability to acquire it in vivo has been described in several pathogens as virulence factors. Global analyses of transcripts during iron deprivation have been described by microarray studies, however recently RNA-seq analysis showed superior results. The high pathogenic swine strain of Pasteurella multocida (BRMSA 1113) was grown in two conditions with different concentrations of Fe (control and deprivation) in order to analyze the differentially expressed transcripts. The total RNA of the two conditions was extracted and sequenced by new generation Ion Torrent plataform. Data were analyzed in Ion Reporter(tm) Software and processed in Rockhopper software. Sequence analysis shows 1,341,615 readings with median length of 81pb, with 96% of alignment to the reference genome Pasteurella multocida strain 3489, and 98.8% accuracy. Reads mapping to genome of P. multocida in these two conditions detected 2,652 transcripts, which 177 (6.7%) were differentially expressed, with 93 in the control condition (Fe+) and 84 provided with iron deprivation condition (Fe-). In condition (Fe-), differential expressed transcript profile were associated to function of cellular transport (fbpABC, high-affinity Fe2+/Pb2+ permease and periplasmic protein probably involved in hight-affinity Fe2+ ), transcptional regulators and hypothetical proteins. The control condition (Fe+) shows differential expressed transcripts profile associated to RNA anti-sense (asRNA) energetic metabolism genes (fructose-1,6-bisphosphatase). The study showed that the Fe restriction increases the expression of genes involved in cellular transport, transcriptional regulators, hypothetical and unknown proteins, and also allowed the identification of High-affinity Fe2+/Pb2+ permease e Periplasmic protein probably involved in high-affinity Fe2+, that constitute a possible alternative route for Fe absorption.(AU)

Ferro (Fe) é um elemento essencial e a capacidade de adquiri-lo in vivo têm sido descrita em diversos agentes patogênicos através de fatores de virulência. Análises de transcritos durante a privação de Fe tem sido descritos através da técnica de "microarray", entretanto a técnica de RNA-seq recentemente tem demonstrado resultados superiores. Neste trabalho, o isolado de Pasteurella multocida (Pm 16759) altamente patogênico em suínos foi cultivado em duas condições com diferentes concentrações de Fe (controle e privação) com o objetivo de analisar transcritos diferencialmente expressos. O RNA total das duas condições foi extraído e sequenciado através da plataforma de nova geração Ion Torrent. Os dados foram analisados no Software Ion Reporter(tm) e processados no programa Rockhopper. Foram obtidas 1.341.615 leituras com tamanho médio de 81pb, com 96% de alinhamento com o genoma de Pasteurella multocida subsp. multocida 3480 e 98,8% de acurácia. No mapeamento das leituras das duas condições, observou-se 2,652 transcritos e destes, 177 (6,7%) foram diferencialmente expressos, sendo 93 na condição controle (Fe+) e 84 na condição de privação (Fe-). Na condição de privação de Fe, o perfil de transcritos foram associados a função de transporte celular (fbp ABC, permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e proteína periplasmática de alta afinidade com Fe2+ ), reguladores transcricionais e proteínas hipotéticas. O perfil na condição controle (Fe+) apresentou transcritos diferencialmente expressos associados ao RNAs anti-sense (asRNA) e genes do metabolismo energético (fructose-1,6-bisfosfatase). O estudo comprovou que a restrição de Fe aumenta a expressão de genes envolvidos no transporte celular, reguladores transcricionais, proteínas hipotéticas e desconhecidas e permitiu ainda a identificação de novos genes como a permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e [...](AU)

Expresión génica: una visión general de los métodos y aplicaciones en la pesquisa de cáncer / Gene expression: an overview of methods and applications for cancer research / Expressão gênica: uma visão geral dos métodos e aplicações na pesquisa do câncer

La expresión génica es el estudio de cómo el genotipo da lugar al fenotipo mediante la investigación de la cantidad de RNAm transcrito en un sistema biológico. Una gran cantidad de métodos fueron estandarizados para identificar variaciones en la expresión génica, incluyendo la hibridación sustractiva, differential display, análisis en serie de la expresión génica, la hibridación de microarrays, y la secuenciación por RNA-seq. La mayoría de las técnicas se han centrado en la investigación y diagnóstico del cáncer, produciendo una gran cantidad de datos, lo que permitió a entender la progresión del cáncer y las vías, descubrir y evaluar nuevas intervenciones de tratamiento, nuevas herramientas moleculares para el diagnóstico y el pronóstico, y analizar el tiempo de sobrevivencia en pacientes humanos y animales. De esta manera, las técnicas de expresión génica trajeron nuevas perspectivas importantes para el campo de la medicina veterinaria, y nuevas investigaciones centradas en oncología proporcionarán mucho más conocimiento acerca de las vías y la interacción de las células sanas y tumorales, mejorando las intervenciones diarias por los oncólogos y los clínicos.(AU)

Gene expression is the study of how the genotype gives rise to the phenotype by investigating the amount of transcribed mRNA in a biological system. A lot of methods have been standardized to identify the variation in gene expression, including subtractive hybridization, differential display, serial analysis of gene expression, microarray hybridization, and RNAseq sequencing. Most of techniques have been focused in cancer research and diagnosis, producing a huge amount of data, which allowed to understand the cancer progression and pathways, discover and evaluate new treatment interventions, new molecular tools for diagnosis and prognosis, and analyze the survival time in human and animal patients. In this way, gene expression techniques brought new important perspectives for the medical and veterinary fields, and further researches focusing oncology will provide much more knowledge concerning the pathways and interaction of healthy and tumor cells, improving the perspectives of the daily interventions by the oncologists and clinicians.(AU)

A expressão genética é o estudo de como o genótipo dá origem ao fenótipo a partir da investigação da quantidade de RNAm transcrito em um sistema biológico. Vários métodos já foram padronizados para identificar variações na expressão gênica, dentre eles a hibridização subtrativa, differential display, análise em série da expressão genética, hibridização de microarranjo, e sequenciamento por RNA-seq. A maioria das técnicas tem focado na pesquisa e diagnóstico do câncer, gerando enorme quantidade de dados, o que permitiu compreender a progressão do câncer e suas vias, descobrir e analisar novas intervenções terapêuticas, novas ferramentas moleculares para o diagnóstico e prognóstico, e analisar o tempo de sobrevivência em pacientes humanos e animais. Desta forma, as diferentes técnicas de expressão gênica trouxeram novas e importantes perspectivas para a área médica e veterinária, e novas pesquisas focadas em oncologia fornecerão muito mais conhecimento sobre as vias e interações entre células saudáveis e tumorais, melhorando as perspectivas das intervenções diárias pelos oncologistas e clínicos.(AU)

Expresión génica: una visión general de los métodos y aplicaciones en la pesquisa de cáncer / Gene expression: an overview of methods and applications for cancer research / Expressão gênica: uma visão geral dos métodos e aplicações na pesquisa do câncer

La expresión génica es el estudio de cómo el genotipo da lugar al fenotipo mediante la investigación de la cantidad de RNAm transcrito en un sistema biológico. Una gran cantidad de métodos fueron estandarizados para identificar variaciones en la expresión génica, incluyendo la hibridación sustractiva, differential display, análisis en serie de la expresión génica, la hibridación de microarrays, y la secuenciación por RNA-seq. La mayoría de las técnicas se han centrado en la investigación y diagnóstico del cáncer, produciendo una gran cantidad de datos, lo que permitió a entender la progresión del cáncer y las vías, descubrir y evaluar nuevas intervenciones de tratamiento, nuevas herramientas moleculares para el diagnóstico y el pronóstico, y analizar el tiempo de sobrevivencia en pacientes humanos y animales. De esta manera, las técnicas de expresión génica trajeron nuevas perspectivas importantes para el campo de la medicina veterinaria, y nuevas investigaciones centradas en oncología proporcionarán mucho más conocimiento acerca de las vías y la interacción de las células sanas y tumorales, mejorando las intervenciones diarias por los oncólogos y los clínicos.

Gene expression is the study of how the genotype gives rise to the phenotype by investigating the amount of transcribed mRNA in a biological system. A lot of methods have been standardized to identify the variation in gene expression, including subtractive hybridization, differential display, serial analysis of gene expression, microarray hybridization, and RNAseq sequencing. Most of techniques have been focused in cancer research and diagnosis, producing a huge amount of data, which allowed to understand the cancer progression and pathways, discover and evaluate new treatment interventions, new molecular tools for diagnosis and prognosis, and analyze the survival time in human and animal patients. In this way, gene expression techniques brought new important perspectives for the medical and veterinary fields, and further researches focusing oncology will provide much more knowledge concerning the pathways and interaction of healthy and tumor cells, improving the perspectives of the daily interventions by the oncologists and clinicians.

A expressão genética é o estudo de como o genótipo dá origem ao fenótipo a partir da investigação da quantidade de RNAm transcrito em um sistema biológico. Vários métodos já foram padronizados para identificar variações na expressão gênica, dentre eles a hibridização subtrativa, differential display, análise em série da expressão genética, hibridização de microarranjo, e sequenciamento por RNA-seq. A maioria das técnicas tem focado na pesquisa e diagnóstico do câncer, gerando enorme quantidade de dados, o que permitiu compreender a progressão do câncer e suas vias, descobrir e analisar novas intervenções terapêuticas, novas ferramentas moleculares para o diagnóstico e prognóstico, e analisar o tempo de sobrevivência em pacientes humanos e animais. Desta forma, as diferentes técnicas de expressão gênica trouxeram novas e importantes perspectivas para a área médica e veterinária, e novas pesquisas focadas em oncologia fornecerão muito mais conhecimento sobre as vias e interações entre células saudáveis e tumorais, melhorando as perspectivas das intervenções diárias pelos oncologistas e clínicos.

Substâncias obesogênicas alteram a expressão de RNAs longos não-codificadores de maneira transgeracional

A epidemia da obesidade é considerada uma crise mundial de Saúde Pública, tendo como fatores contribuintes o aumento da ingestão calórica, estilos de vida sedentários e/ou predisposições genéticas. Ainda que o balanço energético positivo seja uma das causas mais significativas da obesidade, pesquisas recentes relacionam a epidemia da doença à exposição precoce a produtos químicos desreguladores endócrinos (DEs) (do inglês, Endocrine-Disrupting Chemicals - EDCs). A Sociedade Endócrina define DEs como substâncias químicas exógenas, ou misturas de substâncias químicas, que interferem em qualquer aspecto da ação hormonal. Substâncias obesogênicas compõem um subconjunto de DEs que estimulam inadequadamente a adipogênese e o armazenamento de gordura direta ou indiretamente, aumentando o número e/ou o tamanho das células adiposas, ou interferindo na regulação hormonal do metabolismo, apetite e saciedade. A exposição a essas substâncias químicas durante o período intrauterino e/ou de lactação pode influenciar fortemente a predisposição tardia à obesidade. Os RNAs longos não-codificadores (lncRNAs) são caracterizados por desempenhar relevantes papéis regulatórios em diversos processos biológicos. Considerando a importância da nutrição materna para a regulação dos padrões epigenéticos da prole, o presente estudo visa elucidar os efeitos da exposição ancestral a substâncias obesogênicas na expressão de lncRNAs no tecido adiposo gonadal de camundongos. Os dados de RNA-Seq de 8 amostras de tecido adiposo gonadal de camundongos F4 adultos expostos ancestralmente a dimetilsulfóxido (DMSO) (0,1%) como grupo controle, ou ao DE TBT (50 nM) durante o desenvolvimento uterino e lactação, foram obtidos de estudo previamente realizado (NCBI - GEO Datasets - GSE105051). Após alinhamento e contagem das reads, foi realizada análise de expressão diferencial, e identificamos 74 lncRNAs diferencialmente expressos (p<0.05), visto que 22 apresentaram expressão aumentada no grupo TBT e 52 estavam mais expressos no grupo DMSO em relação ao TBT. As análises dos termos de ontologia gênica (do inglês Gene Ontology - GO) revelaram o enriquecimento dos processos relacionados ao metabolismo da glicose e11 à atividade do receptor ativado por Wnt. Sendo assim, nossos resultados sugerem que a regulação dos lncRNAs e de seus genes parceiros podem contribuir para o controle do processo de adipogênese.

The obesity epidemic is considered a global public health crisis. Increased caloric intake, sedentary lifestyles and/or genetic predisposition are all factors contributing to the epidemic. Although the positive energy balance is one of the most significant causes of obesity, recent research has linked early exposure to Endocrine-Disrupting Chemicals (EDCs) to the disease. The Endocrine Society defines EDCs as "exogenous chemicals, or mixtures of chemicals, that interfere with any aspect of hormonal action". Obesogenic substances make up a subset of EDCs that inadequately stimulate adipogenesis and fat storage directly or indirectly, increasing the number and/or size of fat cells, or interfering with the hormonal regulation of metabolism, appetite and satiety. Exposure to these chemicals during intrauterine and/or lactation periods can strongly influence the late predisposition to obesity. Long noncoding RNAs (lncRNAs) are characterized by playing important regulatory roles in several biological processes. Considering the importance of maternal nutrition to the regulation of epigenetic patterns in the offspring, the present study aimed at investigating the effects of ancestral exposure to obesogenic substances on the expression of lncRNAs in the gonadal adipose tissue of mice. RNA-seq data from 8 gonadal adipose tissue samples from adult F4 mice ancestrally exposed to dimethyl sulfoxide (DMSO) (0.1%) as a control group, or to EDC TBT (50 nM) during uterine development and lactation, were obtained from a previously conducted study (NCBI - GEO Datasets - GSE105051). After reading alignment and counting, differential expression analysis was performed, and we identified 74 differentially expressed lncRNAs were identified (p <0.05), as 22 showed increased expression in the TBT group and 52 were more expressed in the TBT group. The analysis of the GO terms revealed an enrichment for glucose metabolism and the activity of the receptor activated by Wnt. Therefore, our results suggest that the regulation of lncRNAs and their partner genes may contribute to the control of the adipogenesis process.