Comparison of different diagnostic modalities for isolation of Mycobacterium Tuberculosis among suspected tuberculous lymphadenitis patients / Comparação de diferentes modalidades de diagnóstico para isolamento de Mycobacterium tuberculosis entre pacientes com suspeita de linfadenite tuberculosa

Abstract Tuberculosis is a communicable disease with high morbidity and mortality rates in developing countries. The study's primary objective is to compare conventional methods such as acid-fast bacillus (AFB) culture and microscopy with rapid diagnostic methods. The secondary objective is to compare histopathological and microbiological findings in suspected patients with tubercular lymphadenitis. A total of 111 samples (August 2018 to September 2019) of lymph nodes were processed for AFB microscopy, AFB cultures, drug-susceptibility testing (DST), histopathology, and Xpert Mycobacterium Tuberculosis (MTB)/resistance to Rifampin (RIF) assays. Out of 111 lymph node samples, 6 (5.4%) were positive for AFB smear microscopy, 84 (75.6%) were positive for AFB culture, 80 (70.7%) were positive on Gene Xpert, and 102 (91.8%) were indicative of tuberculosis for histopathology studies. Mycobacteria growth indicator tube (MGIT) culture positivity was 84 (75.6%) higher than solid Lowenstein-Jensen (LJ) culture 74 (66.6%). Positive cultures underwent phenotypic DST. Two cases were Multidrug-resistant (MDR) on DST, while three cases were Rifampicin resistant on Gene Xpert. The sensitivity of Genexpert was (62%) against the conventional AFB culture method. The poor performance of conventional lymphadenitis diagnostic methods requires early and accurate diagnostic methodology. Xpert MTB/RIF test can help in the treatment of multidrug-resistant TB cases. Nonetheless, rapid and conventional methods should be used for complete isolation of Mycobacterium tuberculosis.

Resumo A tuberculose é uma doença transmissível com altas taxas de morbimortalidade nos países em desenvolvimento. O objetivo principal do estudo é comparar métodos convencionais, como cultura de bacilo álcool-ácido resistente (BAAR) e microscopia, com métodos de diagnóstico rápido. O objetivo secundário é comparar os achados histopatológicos e microbiológicos em pacientes com suspeita de linfadenite tubercular. Um total de 111 amostras (agosto de 2018 a setembro de 2019) de gânglios linfáticos foi processado ​​para microscopia de AFB, culturas de AFB, teste de susceptibilidade a drogas (DST), histopatologia e Xpert Mycobacterium tuberculosis (MTB)/ensaios de resistência à rifampicina (RIF). Das 111 amostras de linfonodos, 6 (5,4%) foram positivas para baciloscopia de AFB, 84 (75,6%) foram positivas para cultura de AFB, 80 (70,7%) foram positivas para o GeneXpert e 102 (91,8%) foram indicativas de tuberculose para estudos histopatológicos. A positividade da cultura do tubo indicador de crescimento de micobactérias (MGIT) foi 84 (75,6%), maior que a cultura sólida de Lowenstein-Jensen (LJ), 74 (66,6%). As culturas positivas foram submetidas a DST fenotípico. Dois casos eram multirresistentes (MDR) ao DST, enquanto três casos eram resistentes à rifampicina no GeneXpert. A sensibilidade do GeneXpert foi 62% contra o método convencional de cultura AFB. O fraco desempenho dos métodos convencionais de diagnóstico de linfadenite requer metodologia de diagnóstico precoce e precisa. O teste Xpert MTB/RIF pode ajudar no tratamento de casos de tuberculose multirresistente. No entanto, métodos rápidos e convencionais devem ser usados ​​para o isolamento completo do Mycobacterium tuberculosis.

Temporal association between antibiotic use and resistance in Gram-negative bacteria / Associação temporal entre o uso de antibióticos e resistência em bactérias gram-negativas

The β-lactam/lactamase inhibitors (BLBLIs) combination drugs are considered an effective alternative to carbapenems. However, there is a growing concern that the increased use of BLBLIs may lead to increased resistance. This study determined the temporal association between the consumption of BLBLI and the antimicrobial resistance in Gram-negative bacteria. In this retrospective study, electronic data on the Gram-negative bacterial isolates, including A. baumannii, P. aeruginosa, E. coli, and K. pneumoniae from in-patients and susceptibility testing results were retrieved from the medical records of the clinical laboratory. A linear regression and cross-correlation analysis were performed on the acquired data. Increasing trends (p<0.05) in the consumption of BIBLI and carbapenem with a median use of 27.68 and 34.46 DDD/1000 PD per quarter were observed, respectively. A decreased trend (p=0.023) in the consumption of fluoroquinolones with a median use of 29.13 DDD/1000 PD per quarter was observed. The resistance rate of K. pneumoniae was synchronized with the BIBLI and carbapenem consumptions with a correlation coefficient of 0.893 (p=0.012) and 0.951 (p=0.016), respectively. The cross-correlation analysis against the consumption of BIBLI and meropenem resistant K. pneumoniae was peaked at 0-quarter lag (r=951, p=0.016). There was an increasing trend in the consumption of BLBLI and carbapenems. The increasing trend in the rates of resistance to piperacillin/tazobactam, in line with the increasing consumption of BLBLI, suggests that BLBLI has to be used with caution and cannot be directly considered as a long-term alternative to carbapenems.

Os medicamentos combinados de β-lactâmicos / inibidores da lactamase (BLBLIs) são considerados uma alternativa eficaz aos carbapenêmicos. No entanto, existe uma preocupação crescente de que o aumento do uso de BLBLIs pode levar ao aumento da resistência. Este estudo determinou a associação temporal entre o consumo de BLBLI e a resistência antimicrobiana em bactérias gram-negativas. Neste estudo retrospectivo, os dados eletrônicos sobre as bactérias gram-negativas isoladas, incluindo A. baumannii, P. aeruginosa, E. coli e K. pneumoniae de pacientes internados e os resultados dos testes de suscetibilidade foram recuperados dos registros médicos do laboratório clínico. Uma regressão linear e análise de correlação cruzada foram realizadas nos dados adquiridos. Foram observadas tendências crescentes (p < 0,05) no consumo de BIBLI e carbapenem com uma mediana de uso de 27,68 e 34,46 DDD/1000 PD por trimestre, respectivamente. Foi observada uma tendência de diminuição (p = 0,023) no consumo de fluoroquinolonas com uma mediana de uso de 29,13 DDD/1000 PD por trimestre. A taxa de resistência de K. pneumoniae foi sincronizada com os consumos de BIBLI e carbapenem com coeficiente de correlação de 0,893 (p = 0,012) e 0,951 (p = 0,016), respectivamente. A análise de correlação cruzada contra o consumo de BIBLI e K. pneumoniae resistente ao meropenem atingiu o pico no intervalo de 0 quarto (r = 951, p = 0,016). Houve uma tendência de aumento no consumo de BLBLI e carbapenêmicos. A tendência crescente nas taxas de resistência a piperacilina/tazobactam, em linha com o consumo crescente de BLBLI, sugere que BLBLI deve ser usado com cautela e não pode ser considerado diretamente como alternativa de longo prazo aos carbapenêmicos.

Temporal association between antibiotic use and resistance in Gram-negative bacteria / Associação temporal entre o uso de antibióticos e resistência em bactérias gram-negativas

The β-lactam/lactamase inhibitors (BLBLIs) combination drugs are considered an effective alternative to carbapenems. However, there is a growing concern that the increased use of BLBLIs may lead to increased resistance. This study determined the temporal association between the consumption of BLBLI and the antimicrobial resistance in Gram-negative bacteria. In this retrospective study, electronic data on the Gram-negative bacterial isolates, including A. baumannii, P. aeruginosa, E. coli, and K. pneumoniae from in-patients and susceptibility testing results were retrieved from the medical records of the clinical laboratory. A linear regression and cross-correlation analysis were performed on the acquired data. Increasing trends (p<0.05) in the consumption of BIBLI and carbapenem with a median use of 27.68 and 34.46 DDD/1000 PD per quarter were observed, respectively. A decreased trend (p=0.023) in the consumption of fluoroquinolones with a median use of 29.13 DDD/1000 PD per quarter was observed. The resistance rate of K. pneumoniae was synchronized with the BIBLI and carbapenem consumptions with a correlation coefficient of 0.893 (p=0.012) and 0.951 (p=0.016), respectively. The cross-correlation analysis against the consumption of BIBLI and meropenem resistant K. pneumoniae was peaked at 0-quarter lag (r=951, p=0.016). There was an increasing trend in the consumption of BLBLI and carbapenems. The increasing trend in the rates of resistance to piperacillin/tazobactam, in line with the increasing consumption of BLBLI, suggests that BLBLI has to be used with caution and cannot be directly considered as a long-term alternative to carbapenems.(AU)

Os medicamentos combinados de β-lactâmicos / inibidores da lactamase (BLBLIs) são considerados uma alternativa eficaz aos carbapenêmicos. No entanto, existe uma preocupação crescente de que o aumento do uso de BLBLIs pode levar ao aumento da resistência. Este estudo determinou a associação temporal entre o consumo de BLBLI e a resistência antimicrobiana em bactérias gram-negativas. Neste estudo retrospectivo, os dados eletrônicos sobre as bactérias gram-negativas isoladas, incluindo A. baumannii, P. aeruginosa, E. coli e K. pneumoniae de pacientes internados e os resultados dos testes de suscetibilidade foram recuperados dos registros médicos do laboratório clínico. Uma regressão linear e análise de correlação cruzada foram realizadas nos dados adquiridos. Foram observadas tendências crescentes (p < 0,05) no consumo de BIBLI e carbapenem com uma mediana de uso de 27,68 e 34,46 DDD/1000 PD por trimestre, respectivamente. Foi observada uma tendência de diminuição (p = 0,023) no consumo de fluoroquinolonas com uma mediana de uso de 29,13 DDD/1000 PD por trimestre. A taxa de resistência de K. pneumoniae foi sincronizada com os consumos de BIBLI e carbapenem com coeficiente de correlação de 0,893 (p = 0,012) e 0,951 (p = 0,016), respectivamente. A análise de correlação cruzada contra o consumo de BIBLI e K. pneumoniae resistente ao meropenem atingiu o pico no intervalo de 0 quarto (r = 951, p = 0,016). Houve uma tendência de aumento no consumo de BLBLI e carbapenêmicos. A tendência crescente nas taxas de resistência a piperacilina/tazobactam, em linha com o consumo crescente de BLBLI, sugere que BLBLI deve ser usado com cautela e não pode ser considerado diretamente como alternativa de longo prazo aos carbapenêmicos.(AU)

Enterotoxigenic methicillin resistant Staphylococcus aureus contamination in salted fish from Gwadar Balochistan / Contaminação de Staphylococcus aureus resistente à meticilina enterotoxigênica em peixes salgados de Gwadar Balochistan

Staphylococcus aureus is an important foodborne pathogen associated to food intoxication and other multiple infections in human being. Its presence in salted food is a serious issue due to its salt tolerance potential. A study was conducted to analyze the presence of enterotoxins producing drug resistance S. aureus in salted sea fish from Gwadar. Freshly persevered samples (n=50) of salted fish were subjected to analyze the presence of S. aureus using 16S rRNA and Nuc genes primers. The isolates were then evaluated for drug resistance and enterotoxins producing potential using specific primers for MecA (methicillin resistance gene), (SEA) staphylococcal enterotoxin A and (SEB) staphylococcal enterotoxin B genes. Total 13/50 (26%) of the samples were found positive for the presence of S. aureus, preliminary confirmed with biochemical profiling and finally with the help of target genes presence. The isolates were found showing 100% resistant to methicillin, which were molecularly confirmed by the presence of MecA gene present in genome. The isolates 5/13 (38%) were positive for SEA and 3/13 (23%) for SEB genes, whereas 2/13 (15%) were confirmed having both SEA and SEB genes in its genome. It was also confirmed that all the isolates were capable to form biofilm over the glass surfaces. It was concluded that the study confirmed the presence of enterotoxigenic methicillin resistance Staphylococcus aurous (MRSA) in salted fish product, that poses gross food safety concern. Preventive and control measures are necessary to handle this serious food safety concern.

Staphylococcus aureus é um importante patógeno de origem alimentar associado à intoxicação alimentar e outras infecções múltiplas em seres humanos. Sua presença em alimentos salgados é um problema sério devido ao seu potencial de tolerância ao sal. Um estudo foi realizado para analisar a presença de enterotoxinas produtoras de resistência a drogas S. aureus em peixes salgados do mar de Gwadar. Amostras recém-perseveradas (n = 50) de peixes salgados foram submetidas à análise da presença de S. aureus usando os primers dos genes 16S rRNA e Nuc. Os isolados foram então avaliados quanto à resistência a drogas e potencial de produção de enterotoxinas usando primers específicos para os genes MecA (gene de resistência à meticilina), (SEA) enterotoxina A estafilocócica e (SEB) enterotoxina B estafilocócica genes. Um total de 13/50 (26%) das amostras foi considerado positivas para a presença de S. aureus, confirmadas preliminarmente com perfis bioquímicos e finalmente com a ajuda da presença de genes-alvo. Os isolados foram encontrados com 100% de resistência à meticilina, os quais foram confirmados molecularmente pela presença do gene MecA no genoma. Os isolados 5/13 (38%) foram positivos para SEA e 3/13 (23%) para genes SEB, enquanto 2/13 (15%) foram confirmados tendo os genes SEA e SEB em seu genoma. Também foi verificado que todos os isolados foram capazes de formar biofilme sobre as superfícies de vidro. Concluiu-se que o estudo confirmou a presença de Staphylococcus aurous resistente à meticilina enterotoxigênica (MRSA) em produtos de peixe salgado, o que representa uma grande preocupação para a segurança alimentar. Medidas preventivas e de controle são necessárias para lidar com essa grave preocupação com a segurança alimentar.

Molecular analysis of Panton-Valentine Leucocidin (pvl) gene among MRSA and MSSA isolates / Análise molecular do gene Panton-Valentine Leucocidin (pvl) entre isolados de MRSA e MSSA

The present study was conducted in order to determine the frequency of pvl gene among the pathogenic and healthy population isolates of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Methicillin Sensitive Staphylococcus aureus (MSSA). For this purpose, nasal swab samples were collected from the healthy individuals (to be used as controls, all the samples were collected irrespective of the sex and age factors), the pathogenic samples were collected from different patients suffering from skin &soft tissue infections caused by S. aureus (to be used as test samples).Both of these population samples were analyzed for the presence of pvl gene. S.aureus were identified through conventional microbiological identification procedures. In the case of normal samples, 70 nasal swabs were collected and only 33 (47%) proved to be S. aureus while 20 pathogenic samples were collected and all (100%) were cleared as S. aureus. For further distribution of samples into MRSA and MSSA, antibiotic susceptibility pattern was checked by using the standard protocols of Kirby-Bauer disc diffusion method. Two antibiotic discs Oxacillin (OX: 1ug) and cefoxitin (FOX: 30ug) were used. Among healthy population, MRSA was found to be 79% (n=26) and MSSA were present as 21% (n= 7). Among pathogenic strains 100% MRSA was detected where n= 20. Detection of pvl gene among the MRSA and MSSA isolates was done by using the uniplex PCR followed by gel electrophoresis. MRSA and MSSA of normal healthy population carried 49% and 7% pvl gene respectively. While, pathogenic MRSA samples carried 46% pvl gene among them. Potentially alarming percentage of pvl gene is present among the normal healthy individuals which indicates a future threat and a major health concern.

O presente estudo almejou determinar a frequência do gene PVL entre os isolados patogênicos e saudáveis da população de Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) e Staphylococcus aureus sensível à meticilina (MSSA). Para este propósito, amostras de swab nasal foram coletadas de indivíduos saudáveis (utilizadas como controle, todas as amostras foram coletadas independentemente do sexo e idade), e de diferentes pacientes com infecções de pele e tecidos moles causadas por S. aureus (utilizadas como amostras de teste). Ambas as amostras populacionais foram analisadas quanto à presença do gene PVL. S.aureus foram identificados através de procedimentos convencionais de identificação microbiológica. No caso de amostras normais, 70 swabs nasais foram coletados e apenas 33 (47%) provaram ser S. aureus, enquanto 20 amostras patogênicas foram coletadas e todas (100%) foram eliminadas como S. aureus. Para distribuição posterior de amostras em MRSA e MSSA, o padrão de suscetibilidade a antibióticos foi verificado a partir dos protocolos padrão do método de difusão de disco de Kirby-Bauer. Foram utilizados dois discos de antibióticos Oxacilina (OX: 1ug) e cefoxitina (FOX: 30ug). Entre a população saudável, MRSA foi encontrado em 79% (n = 26) e MSSA estava presente em 21% (n = 7). Entre as cepas patogênicas, 100% de MRSA foi detectado onde n = 20. A detecção do gene PVL entre os isolados de MRSA e MSSA foi feita usando a PCR uniplex seguida de eletroforese em gel. MRSA e MSSA da população saudável normal carregavam 49% e 7% do gene PVL, respectivamente. Enquanto as amostras patogênicas de MRSA carregavam 46% do gene PVL entre elas. Uma porcentagem potencialmente alarmante do gene PVL foi detectada entre os indivíduos saudáveis normais, o que indica uma ameaça futura e um grande problema de saúde.

Enterotoxigenic methicillin resistant Staphylococcus aureus contamination in salted fish from Gwadar Balochistan / Contaminação de Staphylococcus aureus resistente à meticilina enterotoxigênica em peixes salgados de Gwadar Balochistan

Staphylococcus aureus is an important foodborne pathogen associated to food intoxication and other multiple infections in human being. Its presence in salted food is a serious issue due to its salt tolerance potential. A study was conducted to analyze the presence of enterotoxins producing drug resistance S. aureus in salted sea fish from Gwadar. Freshly persevered samples (n=50) of salted fish were subjected to analyze the presence of S. aureus using 16S rRNA and Nuc genes primers. The isolates were then evaluated for drug resistance and enterotoxins producing potential using specific primers for MecA (methicillin resistance gene), (SEA) staphylococcal enterotoxin A and (SEB) staphylococcal enterotoxin B genes. Total 13/50 (26%) of the samples were found positive for the presence of S. aureus, preliminary confirmed with biochemical profiling and finally with the help of target genes presence. The isolates were found showing 100% resistant to methicillin, which were molecularly confirmed by the presence of MecA gene present in genome. The isolates 5/13 (38%) were positive for SEA and 3/13 (23%) for SEB genes, whereas 2/13 (15%) were confirmed having both SEA and SEB genes in its genome. It was also confirmed that all the isolates were capable to form biofilm over the glass surfaces. It was concluded that the study confirmed the presence of enterotoxigenic methicillin resistance Staphylococcus aurous (MRSA) in salted fish product, that poses gross food safety concern. Preventive and control measures are necessary to handle this serious food safety concern.(AU)

Staphylococcus aureus é um importante patógeno de origem alimentar associado à intoxicação alimentar e outras infecções múltiplas em seres humanos. Sua presença em alimentos salgados é um problema sério devido ao seu potencial de tolerância ao sal. Um estudo foi realizado para analisar a presença de enterotoxinas produtoras de resistência a drogas S. aureus em peixes salgados do mar de Gwadar. Amostras recém-perseveradas (n = 50) de peixes salgados foram submetidas à análise da presença de S. aureus usando os primers dos genes 16S rRNA e Nuc. Os isolados foram então avaliados quanto à resistência a drogas e potencial de produção de enterotoxinas usando primers específicos para os genes MecA (gene de resistência à meticilina), (SEA) enterotoxina A estafilocócica e (SEB) enterotoxina B estafilocócica genes. Um total de 13/50 (26%) das amostras foi considerado positivas para a presença de S. aureus, confirmadas preliminarmente com perfis bioquímicos e finalmente com a ajuda da presença de genes-alvo. Os isolados foram encontrados com 100% de resistência à meticilina, os quais foram confirmados molecularmente pela presença do gene MecA no genoma. Os isolados 5/13 (38%) foram positivos para SEA e 3/13 (23%) para genes SEB, enquanto 2/13 (15%) foram confirmados tendo os genes SEA e SEB em seu genoma. Também foi verificado que todos os isolados foram capazes de formar biofilme sobre as superfícies de vidro. Concluiu-se que o estudo confirmou a presença de Staphylococcus aurous resistente à meticilina enterotoxigênica (MRSA) em produtos de peixe salgado, o que representa uma grande preocupação para a segurança alimentar. Medidas preventivas e de controle são necessárias para lidar com essa grave preocupação com a segurança alimentar.(AU)

Antibacterial and bacteriostatic potential of coelomic fluid and body paste of Pheretima posthuma (Vaillant, 1868) (Clitellata, Megascolecidae) against ampicillin resistant clinical bacterial isolates

Abstract Pheretima posthuma (Vaillant, 1868), a native earthworm of Pakistan and Southeast Asia, has wide utilization in vermicomposting and bioremediation process. In this study, P. posthuma coelomic fluid (PCF) and body paste (PBP) was evaluated as antibacterial agent against ampicillin (AMP) resistant five Gram positive and four Gram negative clinical isolates. The antibacterial effect of different doses (i.e. 25-100 µg/ml) of PCF and PBP along with AMP and azithromycin (AZM) (negative and positive controls, respectively) were observed through disc diffusion and micro-dilution methods. All nine clinical isolates were noticed as AMP resistant and AZM sensitive. Antibacterial effects of PCF and PBP were dose dependent and zone of inhibitions (ZI) against all clinical isolates were between 23.4 ± 0.92 to 0 ± 00 mm. The sensitivity profile of PCF and PBP against clinical isolates was noticed as 44.44 and 55.56%, respectively. Both PCF and PBP showed bacteriostatic (BTS) action against S. aureus, S. pyogenes, K. pneumonia, N. gonorrhoeae. Moreover, the cumulative BTS potential of PCF and PBP against all isolates was 66.67 and 55.56%, respectively. The MICs of PCF and PBP were ranged from 50-200 µg/ml against selected isolates. The bacterial growth curves indicated that PCF and PBP inhibited the growth of all isolates at their specific MIC concentrations. However, PBP has better antibacterial potential compared to PCF against selected isolates. Therefore, it is concluded that both PCF and PBP of P. posthuma possess antibacterial and BTS potential against ampicillin resistant clinical isolates. This organism might be considered as a second choice of antibacterial agents and can further be utilized in pharmaceutical industries for novel drug manufacturing by prospecting bioactive potential agents.

Resumo Pheretima posthuma (Vaillant, 1868), uma minhoca nativa do Paquistão e sudeste da Ásia, tem ampla utilização em processos de vermicompostagem e biorremediação. Neste estudo, o fluido celômico de P. posthuma (PCF) e a pasta corporal (PBP) foram avaliados como agente antibacteriano contra cinco isolados clínicos Gram-positivos e quatro Gram-negativos resistentes à ampicilina (AMP). O efeito antibacteriano de diferentes doses (ou seja, 25-100 µg / ml) de PCF e PBP juntamente com AMP e azitromicina (AZM) (controles negativo e positivo, respectivamente) foi observado por meio de métodos de difusão em disco e microdiluição. Todos os nove isolados clínicos foram notados como resistentes a AMP e sensíveis a AZM. Os efeitos antibacterianos de PCF e PBP foram dependentes da dose e a zona de inibição (ZI) contra todos os isolados clínicos foi entre 23,4 ± 0,92 a 0 ± 00 mm. O perfil de sensibilidade do PCF e PBP contra isolados clínicos foi observado como 44,44% e 55,56%, respectivamente. Tanto o PCF quanto o PBP mostraram ação bacteriostática (BTS) contra S. aureus, S. pyogenes, K. pneumonia, N. gonorrhoeae. Além disso, o potencial BTS cumulativo de PCF e PBP contra todos os isolados foi de 66,67% e 55,56%, respectivamente. Os MICs de PCF e PBP variaram de 50-200 µg / ml contra isolados selecionados. As curvas de crescimento bacteriano indicaram que o PCF e o PBP inibiram o crescimento de todos os isolados em suas concentrações específicas de MIC. No entanto, PBP tem melhor potencial antibacteriano em comparação com PCF contra isolados selecionados. Portanto, conclui-se que tanto o PCF quanto o PBP de P. posthuma possuem potencial antibacteriano e BTS contra isolados clínicos resistentes à ampicilina. Esse organismo pode ser considerado como uma segunda escolha de agentes antibacterianos e pode ainda ser utilizado nas indústrias farmacêuticas para a fabricação de novos medicamentos por meio da prospecção de agentes com potencial bioativo.

Characterization of wheat-Thinopyrum bessarabicum genetic stock for stripe rust and Karnal bunt resistance

Abstract Utilization of modern breeding techniques for developing high yielding and uniform plant types ultimately narrowing the genetic makeup of most crops. Narrowed genetic makeup of these crops has made them vulnerable towards disease and insect epidemics. For sustainable crop production, genetic variability of these crops must be broadened against various biotic and abiotic stresses. One of the ways to widen genetic configuration of these crops is to identify novel additional sources of durable resistance. In this regard crops wild relatives are providing valuable sources of allelic diversity towards various biotic, abiotic stress tolerance and quality components. For incorporating novel variability from wild relatives wide hybridization technique has become a promising breeding method. For this purpose, wheat-Th. bessarabicum amphiploid, addition and translocation lines have been screened in field and screen house conditions to get novel sources of yellow rust and Karnal bunt resistant. Stripe rust screening under field conditions has revealed addition lines 4JJ and 6JJ as resistant to moderately resistant while addition lines 3JJ, 5JJ, 7JJ and translocation lines Tr-3, Tr-6 as moderately resistant wheat-Thinopyrum-bessarabicum genetic stock. Karnal bunt screening depicted addition lines 5JJ and 4JJ as highly resistant genetic stock. These genetic stocks may be used to introgression novel stripe rust and Karnal bunt resistance from the tertiary gene pool into susceptible wheat backgrounds.

Resumo A utilização de técnicas modernas de melhoramento para o desenvolvimento de tipos de plantas uniformes e de alto rendimento, em última análise, estreitando a composição genética da maioria das culturas. A composição genética restrita dessas plantações tornou-as vulneráveis a doenças e epidemias de insetos. Para uma produção agrícola sustentável, a variabilidade genética dessas culturas deve ser ampliada contra vários estresses bióticos e abióticos. Uma das maneiras de ampliar a configuração genética dessas culturas é identificar novas fontes adicionais de resistência durável. A esse respeito, os parentes selvagens das culturas estão fornecendo fontes valiosas de diversidade alélica para vários componentes de qualidade e tolerância ao estresse abiótico e biótico. Para incorporar a nova variabilidade da ampla técnica de hibridização de parente selvagem tornou-se um método de reprodução promissor. Para esse efeito, trigo-Th. As linhas anfiploides, de adição e translocação de bessarabicum foram selecionadas em condições de campo e de casa de tela para obter novas fontes de ferrugem amarela e resistência ao bunt de Karnal. A triagem de ferrugem em faixas em condições de campo revelou as linhas de adição 4JJ e 6JJ como resistentes a moderadamente resistentes, enquanto as linhas de adição 3JJ, 5JJ, 7JJ e as linhas de translocação Tr-3, Tr-6 como estoque genético de trigo-Thinopyrum bessarabicum moderadamente resistente. A triagem Karnal bunt descreveu as linhas de adição 5JJ e 4JJ como estoque genético altamente resistente. Esses estoques genéticos podem ser usados para introgressão da nova ferrugem e resistência ao bunt de Karnal do pool genético terciário em origens de trigo suscetíveis.

Influence of adjuvants added to teflubenzuron spray on resistant and susceptible strains of the soybean looper Chrysodeixis includens (Lepidoptera: Noctuidae) / Influência da adição de adjuvantes à calda de pulverização de teflubenzuron em linhagens resistentes e suscetíveis da lagarta falsa-medideira Chrysodeixis includens em soja (Lepidoptera: Noctuidae)

ABSTRACT: The soybean looper (SBL), Chrysodeixis includens (Walker, [1858]) (Lepidoptera: Noctuidae), is a soybean and cotton pest in South America countries. Field-evolved resistance of SBL to inhibitors of chitin biosynthesis has been reported in Brazil; however, this mode of action is still widely used against SBL. On this basis, we conducted laboratory bioassays to investigate if adjuvants (Nimbus®, TA 35®, Break-Thru® S 240, and Rizospray Extremo®) added to the teflubenzuron spray increase the mortality of SBL strains (resistant, heterozygous, and susceptible to chitin biosynthesis inhibitors). Using chromatography analysis, we also evaluated the amount of teflubenzuron on soybean leaves when applied alone or in combination with adjuvants. In laboratory bioassays, the biological activity of teflubenzuron increased against the susceptible SBL strain when adjuvants were added. In contrast, no relevant effects of adjuvants added to the teflubenzuron spray against heterozygous and resistant SBL larvae were detected. In leaf bioassays, even leaves from the upper third part of the plants containing a significantly higher amount of teflubenzuron (3.4 mg/kg vs 1.7 and 0.6 mg/kg); the mortality of SBL strains was similar when teflubenzuron was applied alone or in mixture with adjuvants. Our findings indicated that adjuvants added to teflubenzuron spray do not provide a substantial increase in the mortality of SBL strains resistant to chitin biosynthesis inhibitors. Therefore, it is necessary to reduce the use of this mode-of-action insecticide against SBL and to give preference to other insecticides or control tactic.

RESUMO: A lagarta falsa-medideira, Chrysodeixis includens (Walker, [1858]) (Lepidoptera: Noctuidae), é uma praga da soja e do algodão nos países da América do Sul. A resistência de C. includens a inibidores da biossíntese de quitina tem sido relatada no Brasil. Entretanto, esse modo de ação ainda é amplamente utilizado para controle de C. includens. Com base nisso, conduzimos bioensaios em laboratório para investigar se adjuvantes (Nimbus®, TA 35®, Break-Thru® S 240 e Rizospray Extremo®) adicionados à calda inseticida de teflubenzuron aumentam a mortalidade de linhagens de C. includens (resistentes, heterozigotos e suscetíveis a inibidores da biossíntese de quitina). Usando análise cromatográfica, também avaliamos a quantidade de teflubenzuron em folhas de soja quando aplicado isolado ou em combinação com adjuvantes. Em bioensaios de laboratório, a atividade biológica do teflubenzuron aumentou para a linhagem suscetível quando os adjuvantes foram adicionados à calda inseticida. Em contraste, nenhum efeito relevante de adjuvantes adicionados ao teflubenzuron foi detectado para os heterozigotos e resistentes. Em bioensaios de folhas, mesmo naquelas do terço superior das plantas, as quais apresentaram uma maior deposição de teflubenzuron (3,4 mg/kg vs 1,7 e 0,6 mg/kg); a mortalidade das linhagens de C. includens foi semelhante quando o teflubenzuron foi aplicado isolado ou com adjuvantes. Nossos resultados indicam que os adjuvantes adicionados ao teflubenzuron não fornecem um aumento substancial na mortalidade de linhagens de C. includens resistentes aos inibidores da biossíntese de quitina. Portanto, é necessário reduzir o uso desse modo de ação para o manejo de C. includens e dar preferência a outros inseticidas ou tática de controle.

Antimicrobial and toxicological evaluation of Origanum vulgare: an in vivo study / Avaliação antimicrobiana e toxicológica de Origanum vulgare: um estudo in vivo

Origanum vulgare has been of great interest in academia and pharma industry due to its antioxidant, antifungal and antitumor properties. The present study aimed to find the anti-MRSA potential and in vivo toxicity assessments of O. vulgare. O. vulgare extract was used to monitor anti-MRSA activity in mice. Following MRSA established infection in mice (Mus musculus), treatment with O. vulgare was continued for 7 days. Autopsies were performed and re-isolation, gross lesion scoring and bacterial load in various organs were measured. Additionally, blood sample was analysed for hematological assays. Toxicity assessment of O. vulgare potential as medicine was done at 200 mg/kg and 400 mg/kg by evaluating liver and kidney functions. Bacterial load and gross lesion in lungs and heart were significantly low compared to positive control following O. vulgare treatment. Likewise, O. vulgare treated groups had hematological, neutrophil and TLC values similar to control groups. Increased AST, ALP and total bilirubin along with marked hepatocellular degeneration and distortion around the central vein, inflammatory cell infiltration, and cytoplasmic vacuolization of hepatic cells was observed at higher dose. It is concluded that crude extract of O. vulgare may contain beneficial secondary metabolites and in future may be explored for curing infectious diseases.

Origanum vulgare tem despertado grande interesse na academia e na indústria farmacêutica devido às suas propriedades antioxidantes, antifúngicas e antitumorais. O presente estudo teve como objetivo encontrar o potencial anti-MRSA e avaliações de toxicidade in vivo de O. vulgare. O extrato de O. vulgare foi usado para monitorar a atividade anti-MRSA em camundongos. Após infecção estabelecida por MRSA em camundongos (Mus musculus), o tratamento com O. vulgare foi continuado por 7 dias. As autópsias foram realizadas e o reisolamento, pontuação das lesões grosseiras e carga bacteriana em vários órgãos foram medidos. Além disso, a amostra de sangue foi analisada para ensaios hematológicos. A avaliação da toxicidade do potencial de O. vulgare como medicamento foi feita com 200 mg / kg e 400 mg / kg, avaliando as funções hepática e renal. A carga bacteriana e as lesões graves nos pulmões e no coração foram significativamente baixas em comparação com o controle positivo após o tratamento com O. vulgare. Da mesma forma, os grupos tratados com O. vulgare apresentaram valores hematológicos, de neutrófilos e de TLC semelhantes aos grupos de controle. Aumento de AST, ALP e bilirrubina total juntamente com degeneração hepatocelular marcada e distorção ao redor da veia central, infiltração de células inflamatórias e vacuolização citoplasmática de células hepáticas foram observados em doses mais altas. Conclui-se que o extrato bruto de O. vulgare pode conter metabólitos secundários benéficos e, no futuro, pode ser explorado para a cura de doenças infecciosas.

Antimicrobial and toxicological evaluation of Origanum vulgare: an in vivo study / Avaliação antimicrobiana e toxicológica de Origanum vulgare: um estudo in vivo

Origanum vulgare has been of great interest in academia and pharma industry due to its antioxidant, antifungal and antitumor properties. The present study aimed to find the anti-MRSA potential and in vivo toxicity assessments of O. vulgare. O. vulgare extract was used to monitor anti-MRSA activity in mice. Following MRSA established infection in mice (Mus musculus), treatment with O. vulgare was continued for 7 days. Autopsies were performed and re-isolation, gross lesion scoring and bacterial load in various organs were measured. Additionally, blood sample was analysed for hematological assays. Toxicity assessment of O. vulgare potential as medicine was done at 200 mg/kg and 400 mg/kg by evaluating liver and kidney functions. Bacterial load and gross lesion in lungs and heart were significantly low compared to positive control following O. vulgare treatment. Likewise, O. vulgare treated groups had hematological, neutrophil and TLC values similar to control groups. Increased AST, ALP and total bilirubin along with marked hepatocellular degeneration and distortion around the central vein, inflammatory cell infiltration, and cytoplasmic vacuolization of hepatic cells was observed at higher dose. It is concluded that crude extract of O. vulgare may contain beneficial secondary metabolites and in future may be explored for curing infectious diseases.(AU)

Origanum vulgare tem despertado grande interesse na academia e na indústria farmacêutica devido às suas propriedades antioxidantes, antifúngicas e antitumorais. O presente estudo teve como objetivo encontrar o potencial anti-MRSA e avaliações de toxicidade in vivo de O. vulgare. O extrato de O. vulgare foi usado para monitorar a atividade anti-MRSA em camundongos. Após infecção estabelecida por MRSA em camundongos (Mus musculus), o tratamento com O. vulgare foi continuado por 7 dias. As autópsias foram realizadas e o reisolamento, pontuação das lesões grosseiras e carga bacteriana em vários órgãos foram medidos. Além disso, a amostra de sangue foi analisada para ensaios hematológicos. A avaliação da toxicidade do potencial de O. vulgare como medicamento foi feita com 200 mg / kg e 400 mg / kg, avaliando as funções hepática e renal. A carga bacteriana e as lesões graves nos pulmões e no coração foram significativamente baixas em comparação com o controle positivo após o tratamento com O. vulgare. Da mesma forma, os grupos tratados com O. vulgare apresentaram valores hematológicos, de neutrófilos e de TLC semelhantes aos grupos de controle. Aumento de AST, ALP e bilirrubina total juntamente com degeneração hepatocelular marcada e distorção ao redor da veia central, infiltração de células inflamatórias e vacuolização citoplasmática de células hepáticas foram observados em doses mais altas. Conclui-se que o extrato bruto de O. vulgare pode conter metabólitos secundários benéficos e, no futuro, pode ser explorado para a cura de doenças infecciosas.(AU)

Detection and Antimicrobial Resistance Profile of Enteropathogenic (EPEC) and Shigatoxigenic Escherichia coli (STEC) in Conventional and Organic Broiler Chickens

Enteropatogenic Escherichia coli (EPEC) and shigatoxigenic E. coli (STEC), are generally poultry and poultry product isolate and can cause serious human infections. Many strains may become resistant to various antimicrobials, which can hinder the treatment of bacterial diseases. Organic farming seeks to avoid the selection and frequency of antimicrobial-resistant bacteria. This study aims to verify the resistance of EPEC and STEC from organic and conventional (industrial) broiler isolates to antimicrobials. All isolates were submitted to disk diffusion test with tetracycline, gentamicin, enrofloxacin, ceftriaxone and amoxicillin + clavulanate (TET, GEN, ENO, CTX, AMC) and PCR to detect specific virulence genes for EPEC and STEC. A total of 297 E. coli strains were isolated, 213 from conventional. In organic broiler, 84 strains were isolated. The strains from the conventional broiler isolates were resistant to five antimicrobials tested: TET 48.82% (104/213), ENO 28.17% (60/213), CTX 15.49% (33/213), GEN 14.55% (31/213), and AMC 7.04% (15/213), and 9.86% (21/213) were considered multidrug-resistant. Organic chicken strains were resistant to four of the antimicrobials tested: TET 35.7% (30/84), ENO 9.5% (8/84), CTX 2.4% (2/84), GEN 4.8% (4/84). Of the strains from the organic broiler chicken isolates, only 1.2% (1/84) was considered multidrug-resistant. No EPEC and STEC were found in the organic chicken samples. The multidrug resistance was characterized in 9.52% (2/21) of the EPEC and 4.76% (1/21) of the STEC. The study demonstrated the absence of EPEC and STEC strains in organic broilers and carcasses and a lower frequency of multiresistant strains compared to conventional breeding.(AU)

Gut dysbiosis, inflammation and type 2 diabetes in mice using synthetic gut microbiota from diabetic humans / Disbiose intestinal, inflamação e diabetes tipo 2 em camundongos usando microbiota intestinal sintética de humanos diabéticos

The study was aimed to assess impact of high fat diet (HFD) and synthetic human gut microbiota (GM) combined with HFD and chow diet (CD) in inducing type-2 diabetes (T2D) using mice model. To our knowledge, this is the first study using selected human GM transplantation via culture based method coupled dietary modulation in mice for in vivo establishment of inflammation leading to T2D and gut dysbiosis. Twenty bacteria (T2D1-T2D20) from stool samples of confirmed T2D subjects were found to be morphologically different and subjected to purification on different media both aerobically and anerobically, which revealed seven bacteria more common among 20 isolates on the basis of biochemical characterization. On the basis of 16S rRNA gene sequencing, these seven isolates were identified as Bacteroides stercoris (MT152636), Lactobacillus acidophilus (MT152637), Lactobacillus salivarius (MT152638), Ruminococcus bromii (MT152639), Klebsiella aerogenes (MT152640), Bacteroides fragilis (MT152909), Clostridium botulinum (MT152910). The seven isolates were subsequently used as synthetic gut microbiome (GM) for their role in inducing T2D in mice. Inbred strains of albino mice were divided into four groups and were fed with CD, HFD, GM+HFD and GM+CD. Mice receiving HFD and GM+modified diet (CD/HFD) showed highly significant (P<0.05) increase in weight and blood glucose concentration as well as elevated level of inflammatory cytokines (TNF-α, IL-6, and MCP-1) compared to mice receiving CD only. The 16S rRNA gene sequencing of 11 fecal bacteria obtained from three randomly selected animals from each group revealed gut dysbiosis in animals receiving GM. Bacterial strains including Bacteroides gallinarum (MT152630), Ruminococcus bromii (MT152631), Lactobacillus acidophilus (MT152632), Parabacteroides gordonii (MT152633), Prevotella copri (MT152634) and Lactobacillus gasseri (MT152635) were isolated from mice [...].(AU)

O estudo teve como objetivo avaliar o impacto da dieta rica em gordura (HFD) e da microbiota intestinal humana sintética (GM) combinada com HFD e dieta alimentar (CD) na indução de diabetes tipo 2 (T2D) usando modelo de camundongos. Para nosso conhecimento, este é o primeiro estudo usando transplante de GM humano selecionado através do método baseado em cultura acoplada à modulação dietética em camundongos para o estabelecimento in vivo de inflamação que leva a T2D e disbiose intestinal. Vinte bactérias (T2D1-T2D20) de amostras de fezes de indivíduos T2D confirmados verificaram ser morfologicamente diferentes e foram submetidas à purificação em meios diferentes aerobicamente e anaerobicamente, o que revelou sete bactérias mais comuns entre 20 isolados com base na caracterização bioquímica. Com base no sequenciamento do gene 16S rRNA, esses sete isolados foram identificados como Bacteroides stercoris (MT152636), Lactobacillus acidophilus (MT152637), Lactobacillus salivarius (MT152638), Ruminococcus bromii (MT152639), Klebsiella aerogenides (MT152640), Bacteroides fragilis (MT152909), Clostridium botulinum (MT152910). Esses sete isolados foram, posteriormente, usados como microbioma intestinal sintético (GM) por seu papel na indução de T2D em camundongos. Linhagens consanguíneas de camundongos albinos foram divididas em quatro grupos e foram alimentadas com CD, HFD, GM + HFD e GM + CD. Camundongos que receberam a dieta modificada com HFD e GM + (CD / HFD) mostraram um aumento altamente significativo (P < 0,05) no peso e na concentração de glicose no sangue, bem como um nível elevado de citocinas inflamatórias (TNF-α, IL-6 e MCP-1) em comparação com os ratos que receberam apenas CD. O sequenciamento do gene 16S rRNA de 11 bactérias fecais obtidas de três animais selecionados aleatoriamente de cada grupo revelou disbiose intestinal em animais que receberam GM. Cepas bacterianas, incluindo Bacteroides gallinarum (MT152630), Ruminococcus [...].(AU)

Inhibition potential of Caryocar brasiliense on methicillin-resistant Staphylococcus pseudintermedius isolated from the ocular surface of dogs with ophthalmopathies / Potencial de inibição do Caryocar brasiliense sobre Staphylococcus pseudintermedius resistente à meticilina isolado da superfície ocular de cães com oftalmopatias

The indiscriminate use of antibiotics has contributed to the emergence of multiresistant bacteria. Faced with this, the search for antibiotics from plants has proven to be a promising alternative. The objective of this work was to isolate and identify Staphylococcus sp. resistant to methicillin of the ocular surface of dogs with ophthalmopathies and to evaluate its susceptibility to alcoholic extract of the bark and hexane extract of the pulp of Caryocar brasiliense. Biological material was collected from the ocular surface of 21 dogs presenting ophthalmopathies. We isolated 64 S. pseudintermedius, among these, 4 isolates were identified as methicillin-resistant S. pseudintermedius (MRSP). The alcoholic extract of C. brasiliense peel was able to inhibit the bacterial growth of MRSP isolates at a concentration of 2.2%. Thus, the extract from the C. brasiliense peel has antimicrobial potential and represents an alternative in the control of MRSP.

O uso indiscriminado de antibióticos tem contribuído para o surgimento de bactérias multirresistentes. Diante disso, a busca por antibióticos a partir de plantas tem se mostrado uma alternativa promissora. O objetivo deste trabalho foi isolar e identificar Staphylococcus sp. resistente à meticilina da superfície ocular de cães com oftalmopatias e avaliar sua susceptibilidade ao extrato alcoólico da casca e ao extrato hexânico da polpa de Caryocar brasiliense. O material biológico foi coletado da superficie ocular de 21 cães com oftalmopatia. Isolaram-se 64 S. pseudintermedius; entre esses, quatro isolados foram identificados como S. pseudintermedius resistente à meticilina (MRSP). O extrato alcoólico da casca de C. brasiliense foi capaz de inibir o crescimento bacteriano dos isolados de MRSP na concentração de 2,2%. Dessa forma, o extrato da casca de C. brasiliense possui potencial antimicrobiano e representa uma alternativa no controle de MRSP.

Sensibilidade de bactérias causadoras de mastite bovinaaextratos de plantas nativas do cerrado / Sensitivity of bacteria causing bovine mastitis toextractsofnative plants of the cerrado / Sensibilidad de bacterias causantes de mastitis bovinaaextractos de plantas nativas en cerrado

A mastite bovina é a doença mais onerosa da produção leiteira e é caracterizadapelainflamação da glândula mamária. O tratamento da doença, sem o controle adequado, geramicrorganismos resistentes. Desta forma o uso de fitoterápicos tem se tornado uma fontedepesquisa como possível alternativa, como as plantas nativas do cerrado Dedaleiro (Lafoensiapacari), Jatobá (Hymenaea sp.) e Barbatimão (Stryphnodendron adstringens). No presentetrabalho, bactérias isoladas de vacas com mastite subclínica foram identificadas por testesbioquímicos. Posteriormente foram feitos testes de antibiograma e pesquisa por genesderesistência a antibióticos, por fim foi realizado o teste para avaliação da sensibilidadeaosextratos das plantas do cerrado. Foram identificados Staphylococcus aureus (S.aureus), Enterobacter sp. e Escherichia coli (E. coli). Entre os isolados de S. aureus, foramencontrados resistentes a meticilina (MARS), bem como resistentes à vancomicina (VARS). Foram encontrados isolados produtores de beta-lactamases de espectro extendido(ESBL)para Entreobacter sp. e E. coli. Os extratos, principalmente de Stryphnodendron adstringenseLafoensia pacari, são uma alternativa para a terapêutica antimicrobiana.(AU)

Bovine mastitis is the most costly disease of dairy production and is characterizedbyinflammation of the mammary gland. The treatment of the disease, without adequate control, generates resistant microorganisms. In this way, the use of herbal medicines has becomeasource of research as a possible alternative, such as the native plants of the cerrado Dedaleiro(Lafoensia pacari), Jatobá (Hymenaea sp.) and Barbatimão (Stryphnodendron adstringens). In the present work, bacteria isolated from cows with subclinical mastitis were identifiedthrough biochemical tests. Subsequently, antibiogram tests and research for antibioticresistance genes were carried out, finally the test was carried out to evaluate the sensitivitytoextracts of cerrado plants. Staphylococcus aureus (S.aureus), Enterobacter sp. andEscherichia coli (E. coli). Among the S. aureus isolates, methicillin resistant (MARS) as well as vancomycin resistant (VARS) were found. Extended spectrum beta-lactamases (ESBL)producing isolates were found for Entreobacter sp. and E. coli. The extracts, mainly from Stryphnodendron adstringens and Lafoensia pacari, are an alternative for antimicrobial therapy.(AU)

La mastitis bovina es la enfermedad más costosa de la producción lechera y se caracterizaporla inflamación de la glándula mamaria. El tratamiento de la enfermedad, sin uncontrol adecuado, genera microorganismos resistentes. De esta forma, el uso de fitoterápicos sehaconvertido en fuente de investigación como posible alternativa, como las plantas nativas del cerrado Dedaleiro (Lafoensia pacari), Jatobá (Hymenaea sp.) y Barbatimão (Stryphnodendronadstringens). En el presente trabajo se identificaron mediante pruebas bioquímicas bacteriasaisladas de vacas con mastitis subclínica. Posteriormente se realizaron pruebas deantibiograma e investigación de genes de resistencia a antibióticos, finalmente se realizólaprueba para evaluar la sensibilidad a extractos de plantas de cerrado. Staphylococcus aureus(S. aureus), Enterobacter sp. y Escherichia coli (E. coli). Entre los aislamientos de S. aureus, se encontraron resistentes a la meticilina (MARS) y resistentes a la vancomicina (VARS). Seencontraron aislamientos productores de betalactamasas de espectro extendido (ESBL) paraEntreobacter sp. y E. coli. Los extractos, principalmente de Stryphnodendron adstringensyLafoensia pacari, son una alternativa para la terapia antimicrobiana.(AU)

Comparison of different diagnostic modalities for isolation of Mycobacterium Tuberculosis among suspected tuberculous lymphadenitis patients

Abstract Tuberculosis is a communicable disease with high morbidity and mortality rates in developing countries. The study's primary objective is to compare conventional methods such as acid-fast bacillus (AFB) culture and microscopy with rapid diagnostic methods. The secondary objective is to compare histopathological and microbiological findings in suspected patients with tubercular lymphadenitis. A total of 111 samples (August 2018 to September 2019) of lymph nodes were processed for AFB microscopy, AFB cultures, drug-susceptibility testing (DST), histopathology, and Xpert Mycobacterium Tuberculosis (MTB)/resistance to Rifampin (RIF) assays. Out of 111 lymph node samples, 6 (5.4%) were positive for AFB smear microscopy, 84 (75.6%) were positive for AFB culture, 80 (70.7%) were positive on Gene Xpert, and 102 (91.8%) were indicative of tuberculosis for histopathology studies. Mycobacteria growth indicator tube (MGIT) culture positivity was 84 (75.6%) higher than solid Lowenstein-Jensen (LJ) culture 74 (66.6%). Positive cultures underwent phenotypic DST. Two cases were Multidrug-resistant (MDR) on DST, while three cases were Rifampicin resistant on Gene Xpert. The sensitivity of Genexpert was (62%) against the conventional AFB culture method. The poor performance of conventional lymphadenitis diagnostic methods requires early and accurate diagnostic methodology. Xpert MTB/RIF test can help in the treatment of multidrug-resistant TB cases. Nonetheless, rapid and conventional methods should be used for complete isolation of Mycobacterium tuberculosis.

Resumo A tuberculose é uma doença transmissível com altas taxas de morbimortalidade nos países em desenvolvimento. O objetivo principal do estudo é comparar métodos convencionais, como cultura de bacilo álcool-ácido resistente (BAAR) e microscopia, com métodos de diagnóstico rápido. O objetivo secundário é comparar os achados histopatológicos e microbiológicos em pacientes com suspeita de linfadenite tubercular. Um total de 111 amostras (agosto de 2018 a setembro de 2019) de gânglios linfáticos foi processado para microscopia de AFB, culturas de AFB, teste de susceptibilidade a drogas (DST), histopatologia e Xpert Mycobacterium tuberculosis (MTB)/ensaios de resistência à rifampicina (RIF). Das 111 amostras de linfonodos, 6 (5,4%) foram positivas para baciloscopia de AFB, 84 (75,6%) foram positivas para cultura de AFB, 80 (70,7%) foram positivas para o GeneXpert e 102 (91,8%) foram indicativas de tuberculose para estudos histopatológicos. A positividade da cultura do tubo indicador de crescimento de micobactérias (MGIT) foi 84 (75,6%), maior que a cultura sólida de Lowenstein-Jensen (LJ), 74 (66,6%). As culturas positivas foram submetidas a DST fenotípico. Dois casos eram multirresistentes (MDR) ao DST, enquanto três casos eram resistentes à rifampicina no GeneXpert. A sensibilidade do GeneXpert foi 62% contra o método convencional de cultura AFB. O fraco desempenho dos métodos convencionais de diagnóstico de linfadenite requer metodologia de diagnóstico precoce e precisa. O teste Xpert MTB/RIF pode ajudar no tratamento de casos de tuberculose multirresistente. No entanto, métodos rápidos e convencionais devem ser usados para o isolamento completo do Mycobacterium tuberculosis.

Fixation of pfcrt chloroquine resistance alleles in Plasmodium falciparum clinical isolates collected from unrest tribal agencies of Pakistan

Abstract Plasmodium falciparum resistance to Chloroquine (CQ) is a significant cause of mortality and morbidity worldwide. There is a paucity of documented data on the prevalence of CQ-resistant mutant haplotypes of Pfcrt and Pfmdr1 genes from malaria-endemic war effected Federally Administered Tribal Areas of Pakistan. The objective of this study was to investigate the prevalence of P. falciparum CQ-resistance in this area. Clinical isolates were collected between May 2017 and May 2018 from North Waziristan and South Waziristan agencies of Federally Administrated Trial Area. Subsequently, Giemsa-stained blood smears were examined to detect Plasmodium falciparum. Extraction of malarial DNA was done from microscopy positive P. falciparum samples, and P. falciparum infections were confirmed by nested PCR (targeting Plasmodium small subunit ribosomal ribonucleic acid (ssrRNA) genes). All PCR confirmed P. falciparum samples were sequenced by pyrosequencing to find out mutation in Pfcrt gene at codon K76T and in pfmdr1 at codons N86Y, Y184F, N1042D, and D1246Y. Out of 121 microscopies positive P. falciparum cases, 109 samples were positive for P. falciparum by nested PCR. Pfcrt K76T mutation was found in 96% of isolates, Pfmdr1 N86Y mutation was observed in 20%, and 11% harboured Y184F mutation. All samples were wild type for Pfmdr1 codon N1042D and D1246Y. In the FATA, Pakistan, the frequency of resistant allele 76T remained high despite the removal of CQ. However, current findings of the study suggest complete fixation of P. falciparum CQ-resistant genotype in the study area.

Resumo A resistência do Plasmodium falciparum à cloroquina (CQ) é uma causa significativa de mortalidade e morbidade em todo o mundo. Há uma escassez de dados documentados sobre a prevalência de haplótipos mutantes CQ-resistentes dos genes Pfcrt e Pfmdr1 da guerra endêmica da malária em áreas tribais administradas pelo governo federal do Paquistão. O objetivo deste estudo foi investigar a prevalência de resistência a CQ de P. falciparum nesta área. Isolados clínicos foram coletados entre maio de 2017 e maio de 2018 nas agências do Waziristão do Norte e do Waziristão do Sul da Área de Ensaio Administrada Federalmente. Posteriormente, esfregaços de sangue corados com Giemsa foram examinados para detectar Plasmodium falciparum. A extração do DNA da malária foi feita a partir de amostras de P. falciparum positivas para microscopia, e as infecções por P. falciparum foram confirmadas por nested PCR (visando genes de ácido ribonucleico ribossômico de subunidade pequena de Plasmodium (ssrRNA)). Todas as amostras de P. falciparum confirmadas por PCR foram sequenciadas por pirosequenciamento para descobrir a mutação no gene Pfcrt no códon K76T e em pfmdr1 nos códons N86Y, Y184F, N1042D e D1246Y. De 121 microscopias de casos positivos de P. falciparum, 109 amostras foram positivas para P. falciparum por nested PCR. A mutação Pfcrt K76T foi encontrada em 96% dos isolados, a mutação Pfmdr1 N86Y foi observada em 20% e 11% abrigou a mutação Y184F. Todas as amostras eram do tipo selvagem para o códon N1042D e D1246Y de Pfmdr1. No FATA, Paquistão, a frequência do alelo resistente 76T permaneceu alta apesar da remoção de CQ. No entanto, as descobertas atuais do estudo sugerem a fixação completa do genótipo resistente a CQ de P. falciparum na área de estudo.

Thermo-resistant enzyme-producing microorganisms isolated from composting

Abstract Organo-mineral fertilizers supplemented with biological additives are an alternative to chemical fertilizers. In this study, thermoresistant microorganisms from composting mass were isolated by two-step procedures. First, samples taken at different time points and temperatures (33 days at 52 ºC, 60 days at 63 ºC, and over 365 days at 26 ºC) were pre-incubated at 80 oC for 30 minutes. Second, the microbial selection by in vitro culture-based methods and heat shock at 60 oC and 100 oC for 2h and 4h. Forty-one isolates were able to grow at 60 °C for 4h; twenty-seven at 100 °C for 2h, and two at 100 °C for 4h. The molecular identification by partial sequencing of the 16S ribosomal gene using universal primers revealed that thirty-five isolates were from eight Bacillus species, one Brevibacillus borstelensis, three Streptomyces thermogriseus, and two fungi (Thermomyces lanuginosus and T. dupontii). Data from amylase, phytase, and cellulase activity assays and the enzymatic index (EI) showed that 38 of 41 thermo-resistant isolates produce at least one enzyme. For amylase activity, the highest EI value was observed in Bacillus licheniformis (isolate 21C2, EI= 4.11), followed by Brevibacillus borstelensis (isolate 6C2, EI= 3.66), Bacillus cereus (isolate 18C2, EI= 3.52), and Bacillus paralicheniformis (isolate 20C2, EI= 3.34). For phytase, the highest EI values were observed for Bacillus cereus (isolate 18C2, EI= 2.30) and Bacillus licheniformis (isolate 3C1, EI= 2.15). Concerning cellulose production, B. altitudinis (isolate 6C1) was the most efficient (EI= 6.40), followed by three Bacillus subtilis (isolates 9C1, 16C2, and 19C2) with EI values of 5.66, 5.84, and 5.88, respectively, and one B. pumilus (isolate 27C2, EI= 5.78). The selected microorganisms are potentially useful as a biological additive in organo-mineral fertilizers and other biotechnological processes.

Resumo Os fertilizantes organo-minerais suplementados com aditivos biológicos são uma alternativa aos adubos químicos. Neste estudo, microrganismos termoresistentes foram isolados de compostagem por procedimentos de duas etapas. Inicialmente, as amostras tomadas em diferentes períodos e temperaturas (33 dias a 52 ºC, 60 dias a 63 ºC e mais de 365 dias a 26 ºC) foram pré-incubadas a 80 oC por 30 minutos. Posteriormente, a seleção microbiana foi conduzida por métodos baseados em cultura in vitro e choque térmico a 60 oC e 100 oC por 2h e 4h. Quarenta e um isolados foram capazes de crescer a 60 °C por 4h; vinte e sete a 100 °C por 2h e dois a 100 °C por 4h. A identificação molecular por sequenciamento parcial do gene ribossomal 16S usando primers universais revelou que trinta e cinco isolados eram de oito espécies de Bacillus, um Brevibacillus borstelensis, três Streptomyces thermogriseus e dois fungos (Thermomyces lanuginosus e T. dupontii). Os dados dos ensaios de atividade de amilase, fitase e celulase e o índice enzimático (IE) mostraram que 38 dos 41 isolados termorresistentes produziram pelo menos uma enzima. Para a atividade da amilase, o maior valor de IE foi observado em Bacillus licheniformis (isolado 21C2, IE = 4,11), seguido por Brevibacillus borstelensis (isolado 6C2, IE = 3,66), Bacillus cereus (isolado 18C2, IE = 3,52) e Bacillus paralicheniformis (isolado 20C2, IE = 3,34). Para a fitase, os maiores valores de IE foram observados para B. cereus (isolado 18C2, IE = 2,30) e B. licheniformis (isolado 3C1, IE = 2,15). Em relação à produção de celulose, B. altitudinis (isolado 6C1) foi o mais eficiente (IE = 6,40), seguido por três Bacillus subtilis (isolados 9C1, 16C2 e 19C2) com valores de IE de 5,66, 5,84 e 5,88, respectivamente, e um B. pumilus (isolado 27C2, IE = 5,78). Pode-se inferir que os microrganismos selecionados são potencialmente úteis como aditivos biológicos em fertilizantes organo-minerais e outros processos biotecnológicos.

Do fall armyworms Metaflumizone resistante populations affect the activity of Trichogramma pretiosum?

Abstract The possible interference of resistant pests populations to insecticides in natural enemies in the action thas not been clarified yet. Thus, this study aimed to evaluate Trichogramma pretiosum Riley (Hymenoptera: Trichogrammatidae) performance on Spodoptera frugiperda (J. E. Smith) (Lepidoptera: Noctuidae) eggs with resistance frequency to the Metaflumizone over six generations of product exposure. Egg cards (2.0 x 7.0 cm) containing eggs from two populations of S. frugiperda, (resistant to Metaflumizone and the other susceptible), were exposed to T. pretiosum females for 24 hours in free-choice and no-choice testing in three generations (G1, G4, and G6). A completely randomized experimental design was used with 25 replications, each consisting of an egg card (experimental unit) containing 20 eggs. The parameters evaluated were: parasitism (%), emergence (%), sex ratio, number of emerged parasitoids per egg and males/females longevity. ANOVA and Tukey test (P 0.05) were applied on the results. Results showed a reduction in parasitism [41.0% (G1) and 28.4% (G4)], egg emergence (17.5%) and parasitoids/egg [16.2 (G4) and 17.2 (G6)] in eggs originating from the population with resistance frequency. Females emerging from G6 populations eggs without exposure to Metaflumizone had greater longevity (3.5 days more) than the resistant population. The sex ratio and male longevity were not affected. The results indicate a reduction in T. pretiosum activity if S. frugiperda populations have some frequency of resistance to Metaflumizone.

Resumo A possível interferência de populações de pragas resistentes na ação de inimigos naturais ainda não foi esclarecida. Assim, este trabalho teve como objetivo avaliar o desempenho de Trichogramma pretiosum Riley (Hymenoptera: Trichogrammatidae) em ovos de Spodoptera frugiperda (J. E. Smith) (Lepidoptera: Noctuidae) com frequência de resistência à Metaflumizona ao longo de seis gerações de exposição ao produto. Cartelas (2,0 x 7,0 cm) com ovos de duas populações de S. frugiperda, (resistente à Metaflumizona e outra suscetível), foram expostas às fêmeas de T. pretiosum por 24 horas em condições de livre escolha e sem chance de escolha por três gerações (G1, G4 e G6). O delineamento experimental foi inteiramente casualizado com 25 repetições, sendo cada repetição composta por uma cartela (unidade experimental) contendo 20 ovos. Os parâmetros avaliados foram: parasitismo (%), emergência (%), razão sexual, número de parasitoides emergidos por ovo e longevidade de machos e fêmeas. ANOVA e teste de Tukey (P 0,05) foram aplicados aos dados coletados. Os resultados mostraram redução do parasitismo [41,0% (G1) e 28,4% (G4)], emergência de ovos (17,5%) e parasitoides/ovo [16,2 (G4) e 17,2 (G6)] em ovos oriundos da população com frequência de resistência. As fêmeas emergidas de ovos da população G6 sem exposição à Metaflumizona, tiveram maior longevidade (3,5 dias a mais) do que a população exposta ao inseticida. A razão sexual e a longevidade de machos não foram afetadas. Os resultados indicam uma redução na atividade de T. pretiosum se as populações de S. frugiperda apresentarem alguma frequência de resistência à Metaflumizona.

Influence of adjuvants added to teflubenzuron spray on resistant and susceptible strains of the soybean looper Chrysodeixis includens (Lepidoptera: Noctuidae) / Influência da adição de adjuvantes à calda de pulverização de teflubenzuron em linhagens resistentes e suscetíveis da lagarta falsa-medideira Chrysodeixis includens em soja (Lepidoptera: Noctuidae)

The soybean looper (SBL), Chrysodeixis includens (Walker, [1858]) (Lepidoptera: Noctuidae), is a soybean and cotton pest in South America countries. Field-evolved resistance of SBL to inhibitors of chitin biosynthesis has been reported in Brazil; however, this mode of action is still widely used against SBL. On this basis, we conducted laboratory bioassays to investigate if adjuvants (Nimbus®, TA 35®, Break-Thru® S 240, and Rizospray Extremo®) added to the teflubenzuron spray increase the mortality of SBL strains (resistant, heterozygous, and susceptible to chitin biosynthesis inhibitors). Using chromatography analysis, we also evaluated the amount of teflubenzuron on soybean leaves when applied alone or in combination with adjuvants. In laboratory bioassays, the biological activity of teflubenzuron increased against the susceptible SBL strain when adjuvants were added. In contrast, no relevant effects of adjuvants added to the teflubenzuron spray against heterozygous and resistant SBL larvae were detected. In leaf bioassays, even leaves from the upper third part of the plants containing a significantly higher amount of teflubenzuron (3.4 mg/kg vs 1.7 and 0.6 mg/kg); the mortality of SBL strains was similar when teflubenzuron was applied alone or in mixture with adjuvants. Our findings indicated that adjuvants added to teflubenzuron spray do not provide a substantial increase in the mortality of SBL strains resistant to chitin biosynthesis inhibitors. Therefore, it is necessary to reduce the use of this mode-ofaction insecticide against SBL and to give preference to other insecticides or control tactic.

A lagarta falsa-medideira, Chrysodeixis includens (Walker, [1858]) (Lepidoptera: Noctuidae), é uma praga da soja e do algodão nos países da América do Sul. A resistência de C. includens a inibidores da biossíntese de quitina tem sido relatada no Brasil. Entretanto, esse modo de ação ainda é amplamente utilizado para controle de C. includens. Com base nisso, conduzimos bioensaios em laboratório para investigar se adjuvantes (Nimbus®, TA 35®, Break-Thru® S 240 e Rizospray Extremo®) adicionados à calda inseticida de teflubenzuron aumentam a mortalidade de linhagens de C. includens (resistentes, heterozigotos e suscetíveis a inibidores da biossíntese de quitina). Usando análise cromatográfica, também avaliamos a quantidade de teflubenzuron em folhas de soja quando aplicado isolado ou em combinação com adjuvantes. Em bioensaios de laboratório, a atividade biológica do teflubenzuron aumentou para a linhagem suscetível quando os adjuvantes foram adicionados à calda inseticida. Em contraste, nenhum efeito relevante de adjuvantes adicionados ao teflubenzuron foi detectado para os heterozigotos e resistentes. Em bioensaios de folhas, mesmo naquelas do terço superior das plantas, as quais apresentaram uma maior deposição de teflubenzuron (3,4 mg/kg vs 1,7 e 0,6 mg/kg); a mortalidade das linhagens de C. includens foi semelhante quando o teflubenzuron foi aplicado isolado ou com adjuvantes. Nossos resultados indicam que os adjuvantes adicionados ao teflubenzuron não fornecem um aumento substancial na mortalidade de linhagens de C. includens resistentes aos inibidores da biossíntese de quitina. Portanto, é necessário reduzir o uso desse modo de ação para o manejo de C. includens e dar preferência a outros inseticidas ou tática de controle.