Detection of sapovirus in brazilian pig farms / Detecção de sapovírus em criações de suínos brasileiras

Sapoviruses (Caliciviridae) are considered important agents of gastroenteritis worldwide affecting animals and humans. In pig farming, the epidemiology is not completely understood because it can affect all stages of production, with symptomatic (diarrhea) or asymptomatic pigs. The aim of our study was to investigate Sapovirus occurrence in Brazilian pig farms. A total of 166 fecal samples of pigs, with different ages, from Minas Gerais, São Paulo, and Mato Grosso States were submitted to RT-PCR reactions and confirmed with nucleotide sequencing of Sapovirus RdRp gene. Six (3.61%) samples were positive and four had partial RdRp gene sequenced, putatively belonging to GVII.1 genogroup, also reported in swine herds in Brazil.

Sapovírus (Caliciviridae) são considerados importantes agentes causadores de gastroenterites em todo o mundo, afetando animais e humanos. Na suinocultura, sua epidemiologia ainda não foi totalmente esclarecida, pois pode afetar todas as fases da produção, com suínos sintomáticos (diarreia) ou assintomáticos. O objetivo do nosso estudo foi investigar a ocorrência de Sapovírus em granjas de suínos brasileiras. Um total de 166 amostras fecais de suínos, com diferentes idades, dos estados de Minas Gerais, São Paulo e Mato Grosso foram submetidas a reações de RT-PCR e confirmadas com sequenciamento de nucleotídeos do gene RdRp do Sapovírus. Seis (3,61%) amostras foram positivas e quatro delas tinham sequenciamento parcial do gene RdRp, supostamente pertencente ao genogrupo GVII.1, previamente relatado em rebanhos suínos no Brasil.

Detection of sapovirus in brazilian pig farms / Detecção de sapovírus em criações de suínos brasileiras

Sapoviruses (Caliciviridae) are considered important agents of gastroenteritis worldwide affecting animals and humans. In pig farming, the epidemiology is not completely understood because it can affect all stages of production, with symptomatic (diarrhea) or asymptomatic pigs. The aim of our study was to investigate Sapovirus occurrence in Brazilian pig farms. A total of 166 fecal samples of pigs, with different ages, from Minas Gerais, São Paulo, and Mato Grosso States were submitted to RT-PCR reactions and confirmed with nucleotide sequencing of Sapovirus RdRp gene. Six (3.61%) samples were positive and four had partial RdRp gene sequenced, putatively belonging to GVII.1 genogroup, also reported in swine herds in Brazil.(AU)

Sapovírus (Caliciviridae) são considerados importantes agentes causadores de gastroenterites em todo o mundo, afetando animais e humanos. Na suinocultura, sua epidemiologia ainda não foi totalmente esclarecida, pois pode afetar todas as fases da produção, com suínos sintomáticos (diarreia) ou assintomáticos. O objetivo do nosso estudo foi investigar a ocorrência de Sapovírus em granjas de suínos brasileiras. Um total de 166 amostras fecais de suínos, com diferentes idades, dos estados de Minas Gerais, São Paulo e Mato Grosso foram submetidas a reações de RT-PCR e confirmadas com sequenciamento de nucleotídeos do gene RdRp do Sapovírus. Seis (3,61%) amostras foram positivas e quatro delas tinham sequenciamento parcial do gene RdRp, supostamente pertencente ao genogrupo GVII.1, previamente relatado em rebanhos suínos no Brasil.(AU)

Caliciviruses in hospitalized children, São Luís, Maranhão, 1997-1999: detection of norovirus GII.12

Gastroenteritis is one of the most common diseases during childhood, with norovirus (NoV) and sapovirus (SaV) being two of its main causes. This study reports for the first time the incidence of these viruses in hospitalized children with and without gastroenteritis in São Luís, Maranhão. A total of 136 fecal samples were tested by enzyme immunoassays (EIA) for the detection of NoV and by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) for detection of both NoV and SaV. Positive samples for both agents were subjected to sequencing. The overall frequency of NoV as detected by EIA and RT-PCR was 17.6% (24/136) and 32.6% (15/46), respectively in diarrheic patients and 10.0% (9/90) in non-diarrheic patients (p 0.01). Of the diarrheic patients, 17% had fever, vomiting and anorexia, and 13% developed fever, vomiting and abdominal pain. Of the 24 NoV-positive samples, 50% (12/24) were sequenced and classified as genotypes GII.3 (n = 1), GII.4 (6), GII.5 (1), GII.7 (2), GII.12 (1) and GII.16 (1). SaV frequency was 9.8% (11/112), with 22.6% (7/31) in diarrheic patients and 4.9% (4/81) in nondiarrheic (p = 0.04) ones. In diarrheic cases, 27.3% had fever, vomiting and anorexia, whereas 18.2% had fever, anorexia and abdominal pain. One SaV-positive sample was sequenced and classified as GII.1. These results show a high genetic diversity of NoV and higher prevalence of NoV compared to SaV. Our data highlight the importance of NoV and SaV as enteropathogens in São Luís, Maranhão.(AU)

Ocorrência e caracterização molecular de calicivírus suínos

Infecções do trato gastrointestinal são frequentes em criações de suínos, gerando impacto negativo na produção devido aos problemas que causam, tais como a diminuição do consumo de alimento, redução do ganho de peso e elevada mortalidade. Pertencentes à família Caliciviridae, os gêneros Norovírus e Sapovírus são indicados como agentes etiológicos responsáveis por causar gastroenterites em espécies animais e em humanos, além do potencial zoonótico. Entretanto, relativamente pouco se sabe sobre a participação dos Calicivírus nas diarreias que ocorrem na suinocultura brasileira. Para auxiliar na elucidação deste tema, uma revisão sistemática com meta-análise foi desenvolvida neste trabalho. Como resultados desta revisão sistemática para Norovírus, tem-se que: (1) os genotipos GII- 18, GII-11 e o GII-4 são os mais comumente encontrados em suínos no mundo (apesar de também haver relatos de GII-1, GII-2, GII-3, GII-13, GII-19, GII-21 e GII- 23), que (2) não há correlação estatística entre a ocorrência do Norovírus em suínos com a ocorrência de diarreia e que (3) a idade adulta (acima de 70 dias) é a única que apresenta uma correlação com a ocorrência do vírus. Como resultados da revisão sistemática para Sapovírus, tem-se que (1) o genogrupo mais comum no mundo é o GIII (ainda que se tenha relato dos genogrupos GV, GVI, GVII, GVIII, GIX, GX e GXI), que (2) há correlação estatística entre a ocorrência do Sapovírus em suínos com a ocorrência de diarreia e que (3) as três faixas etárias avaliadas (maternidade, creche e adultos) apresentam correlação com a ocorrência do Sapovírus. O objetivo deste trabalho foi pesquisar a ocorrência de Norovírus e Sapovírus a partir de amostras fecais de suínos provenientes de diversas criações comerciais, utilizando-se a técnica de RT-PCR, tendo como alvo uma região do gene RpRd (para ambos os vírus) e do capsídeo (para Norovírus), seguido da determinação das respectivas sequências nucleotídicas e realização de inferências filogenéticas das mesmas. Das 166 amostras analisadas, houve a detecção do Sapovírus em 6 amostras fecais de suínos (com idade de até 70 dias de vida) criados nos estados de São Paulo e Minas Gerais, todas confirmadas pelo sequenciamento do gene RdRp. Quatro dessas amostras agruparam-se com as amostras suínas de Sapovírus do genogrupo GX ao se realizar a inferência filogenética. A confirmação do genogrupo através do gene VP1 não foi possível. Nenhuma amostra apresentou-se positiva para Norovírus.

Infections of the gastrointestinal tract are frequent in pig farms, resulting in a negative impact on production due to the problems they cause, such as decreased feed intake, reduced weight gain and high mortality. Belonging to the Caliciviridae family, the genera Norovirus and Sapovirus are indicated as etiological agents responsible to cause gastroenteritis in animals and humans, besides the zoonotic potential. However, relatively little is known about the participation of Caliciviruses in diarrhea that occurs in Brazilian pig farming. To assist in the elucidation of this subject, a systematic review and meta-analysis were performed in this paper. The results of this systematic review for Norovirus were that (1) the genotypes that are most commonly found in pigs in the world are GII-18, GII-11 and GII-4 (although there are also reports of GII-1, GII-2, GII- 3, GII-13, GII-19, GII-21 and GII-23), that (2 )there is no statistical correlation between the occurrence of Norovirus in swine with the presence of diarrhea and that (3) adults (over 70 days old) is the only age group that correlates with the occurrence of the virus. The results of the systematic review for Sapovirus show that (1) the most common genogroup in the world is GIII (although GV, GVI, GVII, GVIII, GIX, GX and GXI have been reported), that (2) there is a statistical correlation between the occurrence of Sapovirus in swine and the occurrence of diarrhea and (3) the three age groups evaluated (farrowing, nursery and adults) are correlated with the occurrence of Sapovirus. This project aims to investigate the occurrence of Norovirus and Sapovirus from swine fecal samples from several commercial farms, using RT-PCR, targeting a region of the RpRd gene (for both viruses) and of the capsid (for Norovirus), followed by the determination of the respective nucleotide sequences and phylogenetic analysis. Of the 166 samples analyzed, Sapovirus was detected in 6 fecal samples from pigs (aged up to 70 days) created in the states of São Paulo and Minas Gerais, all confirmed by sequencing of the RdRp. After phylogenetic inference, four of these samples clustered with the Sapovirus swine samples of the GX strain. Confirmation of genogroup through the VP1 gene was not possible. Norovirus strains were not detected.

Detection and phylogenetic analysis of porcine enteric calicivirus, genetically related to the Cowden strain of sapovirus genogroup III, in Brazilian swine herds

Sapovirus of the Caliciviridae family is an important agent of acute gastroenteritis in children and piglets. The Sapovirus genus is divided into seven genogroups (G), and strains from the GIII, GVI and GVII are associated with infections in swine. Despite the high prevalence in some countries, there are no studies related to the presence of porcine enteric sapovirus infections in piglets in Brazil. In the present study, 18 fecal specimens from piglets up to 28 days were examined to determine the presence of sapovirus genome by RT-PCR assay, using primers designed to amplify a 331 bp segment of the RNA polymerase gene. In 44.4 percent (8/18) of fecal samples, an amplified DNA fragment was obtained. One of these fragments was sequenced and submitted to molecular and phylogenetic analysis. This analysis revealed high similarity, with nucleotides (87 percent) and amino acids (97.8 percent), to the Cowden strain, the GIII prototype of porcine enteric calicivirus. This is the first description of sapovirus in Brazilian swine herds.(AU)

O sapovírus classificado na família Caliciviridae é um importante causador de gastroenterite aguda em crianças e leitões. O gênero Sapovirus é dividido em sete genogrupos (G), sendo que as estirpes dos GIII, GVI e GVII estão associadas com infecção em suínos. Apesar da alta prevalência da infecção em alguns países, ainda não existem estudos referentes à presença do calicivírus entérico suíno nos rebanhos brasileiros. No presente estudo 18 amostras de fezes de leitões com até 28 dias foram avaliadas pela RT-PCR para a presença do genoma do sapovírus, utilizando os primers desenvolvidos para amplificar um segmento de 331 pb do gene da RNA polimerase viral. Em 44,4 por cento (8/18) das amostras foi amplificado um fragmento de DNA. Um desses amplicons foi seqüenciado e pela análise molecular e filogenética foi verificada similaridade de 87 por cento em nucleotídeos e 97,8 por cento em aminoácidos com a estirpe Cowden, protótipo do GIII. Esta é a primeira descrição do sapovírus em rebanhos suínos brasileiros.(AU)

DETECTION OF SAPOVIRUS IN BRAZILIAN PIG FARMS / DETECTION OF SAPOVIRUS IN BRAZILIAN PIG FARMS

Sapoviruses (Caliciviridae) are considered important agents of gastroenteritis worldwide affecting animals and humans. In pig farming, the epidemiology is not completely understood because it can affect all stages of production, with symptomatic (diarrhea) or asymptomatic pigs. The aim of our study was to investigate Sapovirus occurrence in Brazilian pig farms. A total of 166 fecal samples of pigs, with different ages, from Minas Gerais, São Paulo, and Mato Grosso States were submitted to RT-PCR reactions and confirmed with nucleotide sequencing of Sapovirus RdRp gene. Six (3.61%) samples were positive and four had partial RdRp gene sequenced, putatively belonging to GVII.1 genogroup, also reported in swine herds in Brazil.

Sapoviruses (Caliciviridae) are considered important gastroenteritis worldwide affecting animals and humans. In pig farming, the epidemiology has not completely understood, because can affect all stages of production, with symptomatic (diarrhea) or asymptomatic pigs. The aim of our study was investigated Sapovirus occurrence in Brazilian pig farms. A total of 166 fecal samples of pigs, with different ages, from Minas Gerais, São Paulo and Mato Grosso States were submitted to RT-PCR reactions and confirmed with nucleotide sequencing of Sapovirus RdRp gene. In total, six (3.61%) samples were positive and four of them had partial RdRp gene sequenced, putatively belonging to GVII.1 genogroup, also previously reported in swine herds in Brazil.

Animal caliciviruses / Calicivírus animal

The caliciviruses were included in Picornaviridae family, and only in 1979 they were classified as Caliciviridae members. There are four genera included in this family: Vesivirus, Lagovirus, Norovirus and Sapovirus. Its genome consists of a single-stranded poly-adenylated RNA molecule with positive polarity. The Vesivirus genus includes viruses that cause vesicular disease in feline (FCV), swine (VESV) and cetacean and piniped (SMSV). Lagoviruses include the European brown hare syndrome virus (EBHSV) and Rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV) which infects hare and rabbits causing hepatic disease. The noroviruses, previously named, Norwalk-like virus, are the main cause of nonbacterial human gastroenteritis in some European countries, United States and Japan. The natural hosts of this virus are the man, bovine, swine, and rats. Sapovirus infects human and swine, especially the young. In human the infection is normally a mild diarrhea. In swine it has been described intestinal villous atrophy and diarrhea in experimental infected piglets. Despite the high genetic variability of sapoviruses, recombination between strains from different genogroups or genotypes was already verified, which suggests the zoonotic potential of the disease.

Os calicivírus eram classificados como membros da família Picornaviridae e somente em 1979 foi proposta a criação da família Caliciviridae. Nessa família estão incluídos quatro gêneros: Vesivirus, Lagovirus, Norovirus e Sapovirus sendo o genoma constituído de uma molécula de RNA fita simples, linear, de polaridade positiva, poliadenilado na extremidade 3. O gênero Vesivirus compreende vírus causadores de doenças vesiculares em felinos (FCV), suínos (VESV) e cetáceos e pinípedes (SMSV). Os lagovírus incluem o European brown hare syndrome virus (EBHSV) e o Rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV) que acometem lebres e coelhos causando doença hepática. Os norovírus, anteriormente denominados Norwalk-like virus, são considerados os mais importantes causadores de gastroenterite não-bacteriana em seres humanos adultos e crianças em países da Europa, nos Estados Unidos e Japão. Os hospedeiros naturais dos norovírus são os seres humanos, bovinos, suínos e ratos. Os sapovírus são descritos em seres humanos e suínos, e principalmente os indivíduos jovens são acometidos. Em seres humanos a infecção pelos sapovírus se manifesta como uma diarréia moderada e em suínos já foi verificada atrofia das vilosidades intestinais e diarréia em leitões experimentalmente infectados com a estirpe padrão Cowden. Apesar da grande variabilidade genética descrita nos sapovírus, já foram descritas recombinaç

Animal caliciviruses / Calicivírus animal

The caliciviruses were included in Picornaviridae family, and only in 1979 they were classified as Caliciviridae members. There are four genera included in this family: Vesivirus, Lagovirus, Norovirus and Sapovirus. Its genome consists of a single-stranded poly-adenylated RNA molecule with positive polarity. The Vesivirus genus includes viruses that cause vesicular disease in feline (FCV), swine (VESV) and cetacean and piniped (SMSV). Lagoviruses include the European brown hare syndrome virus (EBHSV) and Rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV) which infects hare and rabbits causing hepatic disease. The noroviruses, previously named, Norwalk-like virus, are the main cause of nonbacterial human gastroenteritis in some European countries, United States and Japan. The natural hosts of this virus are the man, bovine, swine, and rats. Sapovirus infects human and swine, especially the young. In human the infection is normally a mild diarrhea. In swine it has been described intestinal villous atrophy and diarrhea in experimental infected piglets. Despite the high genetic variability of sapoviruses, recombination between strains from different genogroups or genotypes was already verified, which suggests the zoonotic potential of the disease.

Os calicivírus eram classificados como membros da família Picornaviridae e somente em 1979 foi proposta a criação da família Caliciviridae. Nessa família estão incluídos quatro gêneros: Vesivirus, Lagovirus, Norovirus e Sapovirus sendo o genoma constituído de uma molécula de RNA fita simples, linear, de polaridade positiva, poliadenilado na extremidade 3’. O gênero Vesivirus compreende vírus causadores de doenças vesiculares em felinos (FCV), suínos (VESV) e cetáceos e pinípedes (SMSV). Os lagovírus incluem o European brown hare syndrome virus (EBHSV) e o Rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV) que acometem lebres e coelhos causando doença hepática. Os norovírus, anteriormente denominados Norwalk-like virus, são considerados os mais importantes causadores de gastroenterite não-bacteriana em seres humanos adultos e crianças em países da Europa, nos Estados Unidos e Japão. Os hospedeiros naturais dos norovírus são os seres humanos, bovinos, suínos e ratos. Os sapovírus são descritos em seres humanos e suínos, e principalmente os indivíduos jovens são acometidos. Em seres humanos a infecção pelos sapovírus se manifesta como uma diarréia moderada e em suínos já foi verificada atrofia das vilosidades intestinais e diarréia em leitões experimentalmente infectados com a estirpe padrão Cowden. Apesar da grande variabilidade genética descrit

Classificação molecular de sapovírus suíno e dinâmica da infecção de diferentes estirpes em suínos livres de patógenos específicos

O sapovírus (SaV) foram primeiramente associados a surtos de gastroenterite em crianças. Mais recentemente os SaV tem sido associados a surtos de diarreia em indivíduos de todas as idades. A descrição desses surtos vem também se tornando mais frequente independentemente dos testes diagnósticos utilizados. Em suínos, a frequência dos SaVs é elevada em diversos países, e é sabido que o vírus circula nos rebanhos suínos de todo o mundo. A alta identidade relativa de estirpes de SaV suíno com SaV humano, sugere que o suíno possa ser um reservatório do vírus humano, caracterizando assim uma zoonose, e também que recombinaçoes entre estirpes de SaV humano e suíno possam ocorrer. No presente estudo, foram conduzidos dois trabalhos com o objetivo de esclarecer aspectos ainda obscuros da patogenia e classificação dos SaV. O primeiro estudo, teve por objetivo organizar a classificação dos SaV suínos, utilizando como base os SaV humanos, cuja antigenicidade já é conhecida para algumas estirpes. Desse modo, a classificaçao foi realizada com base no gene da VP1. Uma vez que o gene da polimerase (RpRd) viral é o mais comunmente utilizado para o diagnóstico, a classificação do gene da VP1 foi comparada à filogenia obtida com o gene da RpRd, concluindo que para os SaV suínos, ambos os genes podem ser utilizados para a classificação em genogrupos. Com a classificaçao estabelecida, foi possível verificar que todos os genogrupos de SaV suíno circulam em todo o mundo. No segundo estudo, leitões livres de patógenos específicos (SPF) foram inoculados com estirpes de SaV suíno (GVII e GVIII) e uma estirpe de SaV humano (GI.2). As estirpes claramente mostraram diferentes padrões na dinâmica da infecção, incluindo eficiência na replicação e capacidade de invadir outros orgáos fora do trato gastrointestinal. A estirpe de SaV humano não se replicou nos animais, sugerindo que o suíno não é um reservatório do vírus humano e que provavelmente recombinações com estirpes de SaV humano e suíno sejam improváveis de ocorrer uma vez que para o fenômeno seja necessário a infecção concomitante com ambas as estirpes. Em nenhum dos grupos de leitões inoculados houve associação entra infecção por SaV e o desenvolvimento de sinais clínico. Em resumo, com o presente trabalho, uma classificação pode ser estabelecida para os SaV suino e importantes aspectos da dinamica da infecção em suínos foram esclarecidos