Development of microsatellite loci and population genetics of the catfish Pimelodus yuma (Siluriformes: Pimelodidae)

Pimelodus yuma (formerly Pimelodus blochii) is a freshwater fish, endemic to the Colombian Magdalena-Cauca and Caribbean basins that experiences habitat disturbances resulting from anthropogenic activities. Due to the lack of information about the population genetics of this species, this study developed 14 species-specific microsatellite loci to assess the genetic diversity and population structure of samples from the lower section of the Cauca River. The studied species showed genetic diversity levels higher than the average values reported for Neotropical Siluriformes and significant inbreeding levels as was described for some congeners. Furthermore, P. yuma comprises two coexisting genetic groups that exhibit gene flow along the lower section of the Cauca River. This information constitutes a baseline for future monitoring of the genetic diversity and population structure in an anthropic influenced sector of the Magdalena-Cauca basin.(AU)

Pimelodus yuma (anteriormente Pimelodus blochii) es un pez dulceacuícola endémico de las cuencas colombianas Magdalena-Cauca y Caribe que experimenta alteraciones del hábitat como resultado de actividades antropogénicas. Debido a la falta de información sobre la genética poblacional de esta especie, este estudio desarrolló 14 loci microsatélites especie-específicos para evaluar la diversidad genética y la estructura poblacional de muestras de la sección baja del río Cauca. La especie estudiada mostró niveles de diversidad genética más altos que los valores promedio reportados para Siluriformes neotropicales y niveles de endogamia significativos como se describió para algunos congéneres. Además, P. yuma comprende dos grupos genéticos coexistentes que exhiben flujo de genes a lo largo de la sección baja del río Cauca. Esta información constituye una línea base para futuros monitoreos de la diversidad genética y la estructura poblacional en un sector de influencia antrópica de la cuenca Magdalena-Cauca.(AU)

Development of microsatellite loci and population genetics of the catfish Pimelodus yuma (Siluriformes: Pimelodidae)

Pimelodus yuma (formerly Pimelodus blochii) is a freshwater fish, endemic to the Colombian Magdalena-Cauca and Caribbean basins that experiences habitat disturbances resulting from anthropogenic activities. Due to the lack of information about the population genetics of this species, this study developed 14 species-specific microsatellite loci to assess the genetic diversity and population structure of samples from the lower section of the Cauca River. The studied species showed genetic diversity levels higher than the average values reported for Neotropical Siluriformes and significant inbreeding levels as was described for some congeners. Furthermore, P. yuma comprises two coexisting genetic groups that exhibit gene flow along the lower section of the Cauca River. This information constitutes a baseline for future monitoring of the genetic diversity and population structure in an anthropic influenced sector of the Magdalena-Cauca basin.(AU)

Pimelodus yuma (anteriormente Pimelodus blochii) es un pez dulceacuícola endémico de las cuencas colombianas Magdalena-Cauca y Caribe que experimenta alteraciones del hábitat como resultado de actividades antropogénicas. Debido a la falta de información sobre la genética poblacional de esta especie, este estudio desarrolló 14 loci microsatélites especie-específicos para evaluar la diversidad genética y la estructura poblacional de muestras de la sección baja del río Cauca. La especie estudiada mostró niveles de diversidad genética más altos que los valores promedio reportados para Siluriformes neotropicales y niveles de endogamia significativos como se describió para algunos congéneres. Además, P. yuma comprende dos grupos genéticos coexistentes que exhiben flujo de genes a lo largo de la sección baja del río Cauca. Esta información constituye una línea base para futuros monitoreos de la diversidad genética y la estructura poblacional en un sector de influencia antrópica de la cuenca Magdalena-Cauca.(AU)

In-depth transcriptome reveals the potential biotechnological application of Bothrops jararaca venom gland

Lack of complete genomic data of Bothrops jararaca impedes molecular biology research focusing on biotechnological applications of venom gland components. Identification of full-length coding regions of genes is crucial for the correct molecular cloning design. Methods: RNA was extracted from the venom gland of one adult female specimen of Bothrops jararaca. Deep sequencing of the mRNA library was performed using Illumina NextSeq 500 platform. De novo assembly of B. jararaca transcriptome was done using Trinity. Annotation was performed using Blast2GO. All predicted proteins after clustering step were blasted against non-redundant protein database of NCBI using BLASTP. Metabolic pathways present in the transcriptome were annotated using the KAAS-KEGG Automatic Annotation Server. Toxins were identified in the B. jararaca predicted proteome using BLASTP against all protein sequences obtained from Animal Toxin Annotation Project from Uniprot KB/Swiss-Pro database. Figures and data visualization were performed using ggplot2 package in R language environment. Results: We described the in-depth transcriptome analysis of B. jararaca venom gland, in which 76,765 de novo assembled isoforms, 96,044 transcribed genes and 41,196 unique proteins were identified. The most abundant transcript was the zinc metalloproteinase-disintegrin-like jararhagin. Moreover, we identified 78 distinct functional classes of proteins, including toxins, inhibitors and tumor suppressors. Other venom proteins identified were the hemolytic lethal factors stonustoxin and verrucotoxin. Conclusion: It is believed that the application of deep sequencing to the analysis of snake venom transcriptomes may represent invaluable insight on their biotechnological potential focusing on candidate molecules.(AU)

Draft genome sequence of phenol degrading Acinetobacter sp. Strain V2, isolated from oil contaminated soil

We report here the draft genome sequence of Acinetobacter sp. Strain V2 isolated from the oil contaminated soil collected from ENGEN, Amanzimtoti, South Africa. Degradation of phenolic compounds such as phenol, toluene, aniline etc. at 400 ppm in 24 h and oil degrading capability makes this organism an efficient multifunctional bioremediator. Genome sequencing of Acinetobacter spp. V2 was carried out on Illumina HiSeq 2000 platform (performed by the Beijing Genomics Institute [BGI], Shenzhen, China). The data obtained revealed 643 contigs with genome size of 4.0 Mb and G + C content of 38.59%.(AU)

Draft genome sequence of a caprolactam degrader bacterium: Pseudomonas taiwanensis strain SJ9

Pseudomonas taiwanensis strain SJ9 is a caprolactam degrader, isolated from industrial wastewater in South Korea and considered to have the potential for caprolactam bioremediation. The genome of this strain is approximately 6.2 Mb (G + C content, 61.75%) with 6,010 protein-coding sequences (CDS), of which 46% are assigned to recognized functional genes. This draft genome of strain SJ9 will provide insights into the genetic basis of its caprolactam-degradation ability.(AU)

Atrofia progressiva de retina associada a mutação no gene PRCD - método de detecção genética em cães / Atrofia progesiva de retina asociada con la mutación en el gen PRCD-metodo de detección genética en los caninos / Progressive retinal atrophy caused by a PRCD gene mutation-genetic-based detection method in dogs

Nos cães, a atrofia progressiva de retina é uma doença causada por uma mutação pontual no gene PRCD, que leva à cegueira no seu estágio final. Na Argentina, o diagnóstico é realizado atualmente por meio de exame clínico e de eletrorretinografia. Essa enfermidade apresenta herança recessiva, com portadores assintomáticos capazes de transmitir a mutação para os seus filhotes, o que evidencia a necessidade de um diagnóstico por meio de teste genético, que permita a detecção precoce de portadores e doentes. No presente trabalho, descreve-se uma técnica para a detecção genética da APR-PRCD, por meio de método de sequenciamento, que determina a sucessão de nucleotídeos na região de PRCD onde se localiza a mutação. Foram utilizadas amostras de suabe bucal de dezoito cães (quinze poodles e três cockers) com atrofia de retina diagnosticada por exame clínico. Como controle foram utilizadas amostras de dez animais das mesmas raças, que não possuíam alterações oftalmológicas.

Canine progressive retinal atrophy is a disease caused by a mutation in the PRCD gene, which progresses toward end-stage blindness. In Argentina, the current method of diagnosis is by clinical examination and electroretinography. The fact that this condition is a recessive trait, with unaffected carriers that can transmit the mutation to their offspring, highlights the importance of a genetic screening procedure to detect carriers and affected individuals. This paper shows a PRA-PRCD genetic test based on sequencing the nucleotides around the PRCD mutation, allowing the most accurate diagnosis. Oral swab samples from eighteen dogs (fifteen poodles and three cockers) clinically diagnosed with retinal atrophy were studied. The control group consisted of ten animals of the same breeds without ophthalmic diseases.

La atrofia progresiva de retina en los perros es una enfermedad causada por una mutación puntual en el gen PRCD que conduce en su estadio final a la ceguera. En Argentina el diagnóstico se realiza actualmente a través el examen clínico y la electroretinografía. Presenta herencia recesiva, con portadores asintomáticos capaces de trasmitir la mutación a sus crías, esto torna necesario el desarrollo de un test genético para realizar la detección temprana de portadores y afectados. En el siguiente trabajo se describe una técnica para la detección genética de APR-PRCD a través del método de secuenciación, que determina la sucesión de nucleótidos en la región de PRCD que contiene la mutación. Se emplearon muestras de hisopado bucal provenientes de dieciocho caninos (quince caniches y tres cockers) con atrofia de retina diagnosticada clínicamente y como control se estudiaron muestras de diez animales de las mismas razas sin enfermedad oftalmológica.

Atrofia progressiva de retina associada a mutação no gene PRCD - método de detecção genética em cães / Atrofia progesiva de retina asociada con la mutación en el gen PRCD-metodo de detección genética en los caninos / Progressive retinal atrophy caused by a PRCD gene mutation-genetic-based detection method in dogs

Nos cães, a atrofia progressiva de retina é uma doença causada por uma mutação pontual no gene PRCD, que leva à cegueira no seu estágio final. Na Argentina, o diagnóstico é realizado atualmente por meio de exame clínico e de eletrorretinografia. Essa enfermidade apresenta herança recessiva, com portadores assintomáticos capazes de transmitir a mutação para os seus filhotes, o que evidencia a necessidade de um diagnóstico por meio de teste genético, que permita a detecção precoce de portadores e doentes. No presente trabalho, descreve-se uma técnica para a detecção genética da APR-PRCD, por meio de método de sequenciamento, que determina a sucessão de nucleotídeos na região de PRCD onde se localiza a mutação. Foram utilizadas amostras de suabe bucal de dezoito cães (quinze poodles e três cockers) com atrofia de retina diagnosticada por exame clínico. Como controle foram utilizadas amostras de dez animais das mesmas raças, que não possuíam alterações oftalmológicas.(AU)

Canine progressive retinal atrophy is a disease caused by a mutation in the PRCD gene, which progresses toward end-stage blindness. In Argentina, the current method of diagnosis is by clinical examination and electroretinography. The fact that this condition is a recessive trait, with unaffected carriers that can transmit the mutation to their offspring, highlights the importance of a genetic screening procedure to detect carriers and affected individuals. This paper shows a PRA-PRCD genetic test based on sequencing the nucleotides around the PRCD mutation, allowing the most accurate diagnosis. Oral swab samples from eighteen dogs (fifteen poodles and three cockers) clinically diagnosed with retinal atrophy were studied. The control group consisted of ten animals of the same breeds without ophthalmic diseases.(AU)

La atrofia progresiva de retina en los perros es una enfermedad causada por una mutación puntual en el gen PRCD que conduce en su estadio final a la ceguera. En Argentina el diagnóstico se realiza actualmente a través el examen clínico y la electroretinografía. Presenta herencia recesiva, con portadores asintomáticos capaces de trasmitir la mutación a sus crías, esto torna necesario el desarrollo de un test genético para realizar la detección temprana de portadores y afectados. En el siguiente trabajo se describe una técnica para la detección genética de APR-PRCD a través del método de secuenciación, que determina la sucesión de nucleótidos en la región de PRCD que contiene la mutación. Se emplearon muestras de hisopado bucal provenientes de dieciocho caninos (quince caniches y tres cockers) con atrofia de retina diagnosticada clínicamente y como control se estudiaron muestras de diez animales de las mismas razas sin enfermedad oftalmológica.(AU)