A simple dynamic to promote the improvement of good manufacturing practices at a school cafeteria of Belo Horizonte, Brazil / Uma simples dinâmica para melhorar as boas práticas em uma cantina escolar de Belo Horizonte, Brasil

A strategy to improve good manufacturing practices was applied at a school cafeteria (Belo Horizonte, Brazil). The Quality Signal in Food Services (SQUAN) consists of a strategy to evaluate the degree of compliance of food services to good practices, which includes classifying your sectors into different traffic-based colors. Inspections were performed in all cafeteria sectors for three months. Items evaluated were classified as "compliant" or "noncompliant" with the Resolution 216 from Brazilian Health Surveillance Agency. Sectors with 80-100% of compliance were assigned the "Green Signal"; 60-80% "Yellow Signal"; and less than 60% "Red Signal". The present study aimed at evaluating whether the SQUAN was a good strategy to improve school's cafeteria overall hygiene. Meat and side dish, salad, and dessert sectors displayed an improvement of 87%, 12%, and 35% regarding compliance to good practices, respectively. The salad sector reached the "Yellow Signal", but the remaining sectors reached the "Green Signal" and remained there until the end of the study. To our knowledge, until this time no study proposes the use of traffic-light-based colors as an educational means for implementing good manufacturing practices in food service. In conclusion, SQUAN was an effective strategy to improve hygienic/sanity conditions at a cafeteria.(AU)

Uma estratégia para melhorar as boas práticas de fabricação foi aplicada em uma cantina escolar (Belo Horizonte, Brasil). O Sinal de Qualidade em Unidades de Alimentação e Nutrição (SQUAN) consiste em uma estratégia para avaliar o nível de conformidade de serviços de alimentação às boas práticas, o que inclui classificar seus setores em diferentes cores baseadas no sinal de trânsito. Inspeções foram realizadas em todos os setores da cantina durante três meses. Os itens avaliados foram classificados como "conformes" ou "não conformes" de acordo com a Resolução 216 da Agência Nacional de Vigilância Sanitária. Os setores com 80- 100% de conformidade receberam o "Sinal Verde"; 60-80% "Sinal Amarelo"; e menos de 60% "Sinal Vermelho". O presente estudo teve como objetivo avaliar se o SQUAN foi uma boa estratégia para melhorar a higiene geral da cantina escolar. Os setores de carnes e acompanhamentos, saladas e sobremesas apresentaram melhora de 87%, 12% e 35% quanto ao cumprimento das boas práticas, respectivamente. O setor de saladas atingiu o "Sinal Amarelo", mas os demais setores atingiram o "Sinal Verde" e permaneceram assim até o final do estudo. De nosso conhecimento, até o momento nenhum estudo propõe o uso de cores baseadas em semáforos como meio educacional para a implementação de boas práticas em serviços de alimentação. Diante do exposto, o SQUAN foi uma estratégia eficaz para melhorar as condições higiênico-sanitárias em um refeitório.(AU)

Naringenin attenuates cerebral ischemia/reperfusion injury by inhibiting oxidative stress and inflammatory response via the activation of SIRT1/FOXO1 signaling pathway in vitro

Purpose: To explore the protection of naringenin against oxygen-glucose deprivation/reperfusion (OGD/R)-induced HT22 cell injury, a cell model of cerebral ischemia/reperfusion (I/R) injury in vitro, focusing on SIRT1/FOXO1 signaling pathway. Methods: Cytotoxicity, apoptosis, reactive oxygen species (ROS) generation, malondialdehyde (MDA) content, 4-hydroxynonenoic acid (4-HNE) level, superoxide dismutase (SOD), glutathione peroxidase (GSH-Px) and catalase (CAT) activities were measured by commercial kits. Inflammatory cytokines levels were determined by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). The protein expressions were monitored by Western blot analysis. Results: Naringenin significantly ameliorated OGD/Rinduced cytotoxicity and apoptosis in HT22 cells. Meanwhile, naringenin promoted SIRT1 and FOXO1 protein expressions in OGD/R-subjected HT22 cells. In addition, naringenin attenuated OGD/R-induced cytotoxicity, apoptosis, oxidative stress (the increased ROS, MDA and 4-HNE levels, and the decreased SOD, GSH-Px and CAT activities) and inflammatory response (the increased tumor necrosis factor-α, interleukin [IL]-1ß, and IL-6 levels and the decreased IL-10 level), which were blocked by the inhibition of the SIRT1/FOXO1 signaling pathway induced by SIRT1-siRNA transfection. Conclusion: Naringenin protected HT22 cells against OGD/R injury depending on its antioxidant and anti-inflammatory activities via promoting the SIRT1/FOXO1 signaling pathway.

Habitat selection by Asiatic black bear (Ursus thibetanus) in Siran and Kaghan Valleys, Pakistan

Abstract Asiatic black bear is present in variety of habitats like broad-leaves and coniferous forests, extending form sea level to 4300m elevation and change their habitat for food purpose seasonally. The present study was conducted at Kaghan and Siran Valleys, District Mansehra, Khyber Pakhtunkhwa, Pakistan to assess habitat of black bear. Line transect method was used for observation of bear signs. Twelve meter circular radius plots were selected for the concern vegetations i.e. (trees, shrubs and herbs) and three to six plots were placed in each transect. At the result of sign survey, thirteen different categories of bear signs were recorded and encounter rate was calculated for each sign. A total of 1858 signs were observed during field surveys. Total (81%) coniferous species were recoded among trees, with the highest appearance of Pinus wallichiana (34.22%) and Spruce spp (27.76%), similarly broad leaves trees (18.56%) were also recoded from habitat plots. Most of the signs were encountered in bushy areas, whereas high number of Viburnum Spp (60.29%) was present. It is indicated that black bear prefers blend of Coniferous Trees, Viburnum and Ferns Species; probably because these plants provide enough food, protection, and meticulous shelter because more than 80% of habitat composed of these three species. Currently habitat destruction and increase in human population are the up-growing issues for wild animals (especially Asiatic black bear), which is highly sensitive to such problems. High levels of conservation efforts are recommended for the protection of black bear habitat and to avoid human interference in their territory.

Resumo O urso-negro asiático está presente em uma variedade de habitats, como folhas largas e florestas de coníferas, estendendo-se do nível do mar até 4.300 m de altitude e mudando seu habitat para fins alimentares sazonalmente. O presente estudo foi conduzido nos vales Kaghan e Siran, distrito de Mansehra, Khyber Pakhtunkhwa, Paquistão, para avaliar o habitat do urso preto. O método de transecto linear foi usado para a observação de sinais do urso. Parcelas de raio circular de 12 m foram selecionadas para a vegetação de preocupação, ou seja, árvores, arbustos e ervas, e 3 a 6 parcelas foram colocadas em cada transecto. No resultado da pesquisa de sinais, 13 categorias diferentes de sinais de urso foram registradas e a taxa de encontro foi calculada para cada sinal. Um total de 1858 sinais foi observado durante os levantamentos de campo. O total (81%) de espécies de coníferas foi recodificado entre as árvores, com maior aparecimento de Pinus wallichiana (34,22%) e Spruce spp (27,76%); árvores de folhas largas (18,56%) também foram recodificadas em parcelas de habitat. A maioria dos sinais foi encontrada em áreas com arbustos, enquanto um alto número de Viburnum spp (60,29%) estava presente. É indicado que o urso-negro prefere a mistura de árvores coníferas, espécies de viburnos e samambaias; provavelmente porque essas plantas fornecem alimento suficiente, proteção e abrigo meticuloso porque mais de 80% do habitat é composto por essas três espécies. Atualmente, a destruição do habitat e o aumento da população humana são questões crescentes para os animais selvagens, especialmente o urso-negro asiático, que é altamente sensível a esses problemas. Altos níveis de esforços de conservação são recomendados para a proteção do habitat do urso-negro e para evitar a interferência humana em seu território.

Description and phylogenetic position of a new species of Rhyacoglanis (Siluriformes: Pseudopimelodidae) from the Jamanxim River basin

In this study, a new species of Rhyacoglanis is described from the Jamanxim River basin, Tapajós River basin. The new species differs from congeners based on the combination of the following diagnostic characters: two oblique dark bands formed by an agglomerate of melanophores on the predorsal region; dorsal confluence between the dark subdorsal and subadipose bands in large juveniles and adults; ventral confluence between the dark subadipose and caudal peduncle bands; body without conspicuous dark brown spots; complete dark band on caudal peduncle; body with three dark bands; a thin dark caudal-fin band; pectoral-fin spine with anterior serrae distributed along the entire margin; the posterior tip of the post-cleithral process reaching vertical through the base of the dorsal-fin spine; and hypural 5 free of hypural 3 and 4 and pointed caudal-fin lobes. Additionally, our molecular phylogenetic results using ultraconserved elements (UCEs) corroborate the new species as Rhyacoglanis and sister to an undescribed species of Rhyacoglanis from the Xingu River basin. Moreover, as pointed out in previous studies, we confirm Cruciglanis as a sister group to Pseudopimelodus plus Rhyacoglanis.(AU)

Neste estudo, uma nova espécie de Rhyacoglanis é descrita para a bacia do rio Jamanxim, bacia do rio Tapajós. A nova espécie difere de congêneres com base na combinação dos seguintes caracteres diagnósticos: duas faixas escuras oblíquas formadas por um aglomerado de melanóforos na região predorsal, confluência dorsal entre as faixas subdorsais escuras e subadiposas em adultos grandes, confluência ventral entre as faixas subadiposas escuras e do pedúnculo caudal em adultos grandes, corpo sem manchas escuras proeminentes de cor marrom, faixa escura completa no pedúnculo caudal, corpo com três faixas escuras e uma fina faixa escura na nadadeira caudal, espinho da nadadeira peitoral com serrilhas anteriores distribuídas ao longo de toda a margem, extremidade posterior do processo pós-cleitral atingindo verticalmente a base do espinho da nadadeira dorsal, hipural 5 livre dos hipurais 3 e 4 e lobos da nadadeira caudal pontiagudos. Adicionalmente, nossos resultados filogenéticos moleculares utilizando elementos ultraconservados (UCEs) corroboram a nova espécie como Rhyacoglanis é irmã de uma espécie não descrita de Rhyacoglanis da bacia do rio Xingu. Além disso, como apontado em estudos anteriores, confirmamos que Cruciglanis é um grupo irmão de Pseudopimelodus mais Rhyacoglanis.(AU)

Habitat selection by Asiatic black bear (Ursus thibetanus) in Siran and Kaghan Valleys, Pakistan / Seleção de habitat pelo urso-negro asiático (Ursus thibetanus) nos vales Siran e Kaghan, Paquistão

Asiatic black bear is present in variety of habitats like broad-leaves and coniferous forests, extending form sea level to 4300m elevation and change their habitat for food purpose seasonally. The present study was conducted at Kaghan and Siran Valleys, District Mansehra, Khyber Pakhtunkhwa, Pakistan to assess habitat of black bear. Line transect method was used for observation of bear signs. Twelve meter circular radius plots were selected for the concern vegetation’s i.e. (trees, shrubs and herbs) and three to six plots were placed in each transect. At the result of sign survey, thirteen different categories of bear signs were recorded and encounter rate was calculated for each sign. A total of 1858 signs were observed during field surveys. Total (81%) coniferous species were recoded among trees, with the highest appearance of Pinus wallichiana (34.22%) and Spruce spp (27.76%), similarly broad leaves trees (18.56%) were also recoded from habitat plots. Most of the signs were encountered in bushy areas, whereas high number of Viburnum Spp (60.29%) was present. It is indicated that black bear prefers blend of Coniferous Trees, Viburnum and Ferns Species; probably because these plants provide enough food, protection, and meticulous shelter because more than 80% of habitat composed of these three species. Currently habitat destruction and increase in human population are the up-growing issues for wild animals (especially Asiatic black bear), which is highly sensitive to such problems. High levels of conservation efforts are recommended for the protection of black bear habitat and to avoid human interference in their territory.

O urso-negro asiático está presente em uma variedade de habitats, como folhas largas e florestas de coníferas, estendendo-se do nível do mar até 4.300 m de altitude e mudando seu habitat para fins alimentares sazonalmente. O presente estudo foi conduzido nos vales Kaghan e Siran, distrito de Mansehra, Khyber Pakhtunkhwa, Paquistão, para avaliar o habitat do urso preto. O método de transecto linear foi usado para a observação de sinais do urso. Parcelas de raio circular de 12 m foram selecionadas para a vegetação de preocupação, ou seja, árvores, arbustos e ervas, e 3 a 6 parcelas foram colocadas em cada transecto. No resultado da pesquisa de sinais, 13 categorias diferentes de sinais de urso foram registradas e a taxa de encontro foi calculada para cada sinal. Um total de 1858 sinais foi observado durante os levantamentos de campo. O total (81%) de espécies de coníferas foi recodificado entre as árvores, com maior aparecimento de Pinus wallichiana (34,22%) e Spruce spp (27,76%); árvores de folhas largas (18,56%) também foram recodificadas em parcelas de habitat. A maioria dos sinais foi encontrada em áreas com arbustos, enquanto um alto número de Viburnum spp (60,29%) estava presente. É indicado que o urso-negro prefere a mistura de árvores coníferas, espécies de viburnos e samambaias; provavelmente porque essas plantas fornecem alimento suficiente, proteção e abrigo meticuloso porque mais de 80% do habitat é composto por essas três espécies. Atualmente, a destruição do habitat e o aumento da população humana são questões crescentes para os animais selvagens, especialmente o urso-negro asiático, que é altamente sensível a esses problemas. Altos níveis de esforços de conservação são recomendados para a proteção do habitat do urso-negro e para evitar a interferência humana em seu território.

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): an Invasive species in Central Punjab Pakistan / Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): uma espécie invasora no centro de Punjab, Paquistão

Abstract Physids belong to Class Gastropoda; belong to Phylum Mollusca and being bioindicators, intermediate hosts of parasites and pests hold a key position in the ecosystem. There are three species of Genus Physa i.e. P. fontinalis, Physa acuta and P. gyrina water bodies of Central Punjab and were characterized on the basis of molecular markers High level of genetic diversity was revealed by polymorphic RAPD, however SSR markers were not amplified. The multivariate analysis revealed polymorphism ranging from 9.09 percent to 50 percent among the three Physid species. Total number of 79 loci were observed for the three species under study and 24 loci were observed to be polymorphic. These RAPD fragment(s) can be developed into co dominant markers (SCAR) by cloning and can be further sequenced for the development of the Physa species specific markers to identify the introduced and native species in Pakistan.

Resumo Os físidos pertencem à classe Gastropoda; pertencem ao filo Mollusca e, sendo bioindicadores, hospedeiros intermediários de parasitas e pragas, ocupam uma posição-chave no ecossistema. Existem três espécies do gênero Physa, ou seja, P. fontinalis, Physa acuta e P. gyrina em corpos d'água do Punjab Central e foram caracterizadas com base em marcadores moleculares. Alto nível de diversidade genética foi revelado por RAPD polimórfico, no entanto os marcadores SSR não foram amplificados. A análise multivariada revelou polimorfismo variando de 9,09% a 50% entre as três espécies de Physid. Um número total de 79 loci foi observado para as três espécies em estudo e 24 loci foram observados como polimórficos. Esses fragmentos RAPD podem ser desenvolvidos em marcadores codominantes (SCAR) por clonagem e podem ser posteriormente sequenciados para o desenvolvimento de marcadores específicos da espécie Physa para identificar as espécies introduzidas e nativas no Paquistão.

Evaluation of histo-toxicity of nimesulide in black kites (Milvus migrans): a pharmacodynamic study / Avaliação da histotoxicidade da nimesulida em milhafre-preto (Milvus migrans): um estudo farmacodinâmico

The present experimental work was conducted to elucidate the toxicity of nimesulide at three different doses in black kites (Milvus migrans). M. migrans is one of the most common raptors near human habitations. The goal of the current investigation was to determine whether nimesulide is similarly hazardous to raptors as was diclofenac sodium and to investigate the acute oral toxicity of nimesulide in these birds. For this study, eight adult male black kites (M. migrans) were randomly divided into four groups. M. migrans in the control group (n = 02) were not treated with nimesulide. The other three groups were given nimesulide doses. The birds in the first (n = 02) were declared the control group. The second (n = 02), third (n = 02), and fourth groups were administered nimesulide at a low, medium, and high dose of 2, 4, and 6 mg/kg live body weight of bird/day, respectively, for 10 days. Nimesulide-addled birds became listless and despondent, then anorexic. The birds were standing there with their eyes closed and showing no signs of life. There was an increase in saliva production, a slowing of breathing, and dilated pupils. No clinical signs were observed in the control group. No mortality was seen in the control or treated groups. The control group did not show lesions of gout, but black kites intoxicated with nimesulide at 2, 4, and 6 mg/kg live body weight of bird/day showed inflammation, apoptosis, hemorrhage, necrosis, and leukocytic infiltration tissues of the liver, kidney, and heart of black kites (M. migrans) treated with different concentrations of nimesulide. The treated groups also showed apoptosis of myofibrils and hyperplasia. The hypertrophy, atrophy, fibrosis, necrosis of skeletal muscles and hemorrhage were prominent in the muscles of black kites (M. migrans) intoxicated with nimesulide. All observed histological alterations got worse in a dose-related way. There was no significant difference in AST, ALT, ALP, serum uric acid, but a significant difference was observed in the values of serum urea (p = 0.001) and serum creatinine (p = 0.019).

O presente trabalho experimental foi conduzido para elucidar a toxicidade da Nimesulida em três doses diferentes em milhafres (Milvus migrans). M. migrans é uma das aves de rapina mais comuns perto de habitações humanas. O objetivo da presente investigação foi determinar se a Nimesulida é igualmente perigosa para as aves de rapina como foi o diclofenaco sódico e investigar a toxicidade oral aguda do fármaco nessas aves. Para este estudo, 8 milhafres machos adultos (M. migrans) foram aleatoriamente divididos em 4 grupos. M. migrans no grupo controle (n = 2) não foram tratados com Nimesulida. Os outros 3 grupos receberam doses do fármaco. As aves do primeiro grupo (n = 2) foram declaradas o grupo controle. O segundo (n = 2), terceiro (n = 2) e quarto grupos receberam Nimesulida nas doses baixa, média e alta de 2, 4 e 6 mg/kg de peso corporal vivo da ave/dia, respectivamente, por 10 dias. Aves confusas com Nimesulida tornaram-se apáticas e desanimadas, depois anoréxicas. Os pássaros estavam parados com os olhos fechados e sem sinais de vida. Houve um aumento na produção de saliva, lentidão na respiração e pupilas dilatadas. Nenhum sinal clínico foi observado no grupo controle. Nenhuma mortalidade foi observada nos grupos de controle ou tratados. O grupo controle não apresentou lesões de gota, mas os milhafres intoxicados com Nimesulida nas doses de 2, 4 e 6 mg/kg peso vivo da ave/dia apresentaram inflamação, apoptose, hemorragia, necrose e infiltração leucocitária nos tecidos do fígado, rim e coração de milhafre-preto tratados com diferentes concentrações de Nimesulida. Os grupos tratados também apresentaram apoptose de miofibrilas e hiperplasia. A hipertrofia, atrofia, fibrose, necrose da musculatura esquelética e hemorragia foram proeminentes nos músculos de milhafres negros intoxicados com o fármaco. Todas as alterações histológicas observadas pioraram de forma dose-dependente. Não houve diferença significativa em AST, ALT, ALP, ácido úrico sérico, no entanto, foi observada diferença significativa nos valores de ureia sérica (p = 0,001) e creatinina sérica (p = 0,019).

Effects of multimodal environmental modification in crystal-related feline lower urinary tract diseases / Efeitos da modificação ambiental multimodal em felinos com cristais doenças do trato urinário inferior relacionadas a cristais

This study aims to analyze the effects of multimodal environmental modification (MEMO) of cats with recurrence of lower urinary tract signs (LUTS). Treatment of FLUTD included pharmacological treatment, dietary management, and multimodal environmental modification approaches. Twenty client-owned indoor-housed cats with recurrence of lower urinary tract signs had been covered in this observation. Diagnosis of lower urinary tract was made primarily based on the cat's clinical signs, results of laboratory parameters, urinalysis and ultrasonographic examination. Cats were divided into two groups as cefovecin (8 mg/kg sc, single time use) + meloxicam (0.1mg/kg q24h, 3 days) + dry food including l-tryptophan and milk protein hydrolysate to dissolve struvite stones (Group 1) and cefovecin + meloxicam + dry food including l-tryptophan and milk protein hydrolysate to dissolve struvite stones + multimodal environmental modification (Group 2). Clinical and urinary parameters are scored as 0, 1, 2, 3 or 4 points on initial, third, seventh days. Scores of clinical parameters were significantly different between (p<0.05) group 2 and group 1 on the third and seventh days and scores of urinary parameters are significantly different between (p<0.05) group 2 than group 1 on the seventh day. Clients who were contacted after 1 year reported that they did not see any clinical signs of urinary tract diseases.

Este estudo tem como objetivo avaliar os efeitos da modificação ambiental multimodal (MEMO) em gatos com recorrência de sinais do trato urinário inferior (LUTS). O tratamento da FLUTD incluiu tratamento farmacológico, controle dietético e abordagens de modificação ambiental multimodal. Vinte gatos de propriedade de clientes, alojados em ambientes fechados, com recorrência de sinais do trato urinário inferior foram incluídos nessa observação. O diagnóstico do trato urinário inferior foi feito principalmente com base nos sinais clínicos do gato, nos resultados dos parâmetros laboratoriais, na urinálise e no exame ultrassonográfico. Os gatos foram divididos em dois grupos: cefovecina (8 mg/kg sc, uso único) + meloxicam (0,1mg/kg q24h, 3 dias) + ração seca incluindo l-triptofano e hidrolisado de proteína do leite para dissolver cálculos de estruvita (Grupo 1) e cefovecina + meloxicam + ração seca incluindo l-triptofano e hidrolisado de proteína do leite para dissolver cálculos de estruvita + modificação ambiental multimodal (Grupo 2). Os parâmetros clínicos e urinários foram pontuados como 0, 1, 2, 3 ou 4 pontos no primeiro, terceiro e sétimo dias. As pontuações dos parâmetros clínicos foram significativamente diferentes entre (p<0,05) o grupo 2 e o grupo 1 no terceiro e sétimo dias, e as pontuações dos parâmetros urinários foram significativamente diferentes entre (p<0,05) o grupo 2 e o grupo 1 no sétimo dia. Os clientes que foram contatados após um ano relataram que não observaram nenhum sinal clínico de doenças do trato urinário.

Behavioral repertoire of the Brazilian spiny-rats, Trinomys setosus and Clyomys laticeps: different levels of sociality / Repertório comportamental dos ratos-espinhos brasileiros, Trinomys setosus e Clyomys laticeps: diferentes níveis de socialidade

Abstract Behavior is a useful trait for comparative studies that provide the comprehension of phylogenetic relationships among species. Here, we present a description of two spiny-rats species' behavioral repertoire, Clyomys laticeps and Trinomys setosus (Rodentia: Echimyidae). The affiliative and agonistic behavioral patterns were sampled during a three-year study of captive populations of wild animals. Observational data were collected in two phases under different arrangements of individuals in groups. We also compare the behavioral traits of T. setosus and C. laticeps with the known behavioral patterns of Trinomys yonenagae. We add categories to the previous descriptions of T. setosus and a standard ethogram for C. laticeps. Trinomys setosus showed a visual and vocal display we called foot-trembling, which was not described in this form and function for other species studied until now. We discuss the differences in their sociality levels and similarities and differences among behavior patterns and repertoires.

Resumo O comportamento é uma característica útil para estudos comparativos que fornecem a compreensão das relações filogenéticas entre as espécies. Apresentamos aqui uma descrição do repertório comportamental de duas espécies de ratos-de-espinho Clyomys laticeps and Trinomys setosus (Rodentia: Echimyidae). Os padrões comportamentais afiliativos e agonísticos foram amostrados durante um estudo de três anos em populações de animais silvestres em cativeiro. Os dados foram coletados em duas fases sob diferentes arranjos de indivíduos em grupos sociais. Comparamos as características comportamentais de T. setosus e C. laticeps com as da espécie mais conhecida, T. yonenagae. Adicionamos categorias às descrições anteriores de T. setosus, e um etograma padrão para C. laticeps. Trinomys setosus mostrou uma exibição visual e vocal que chamamos de saltitar, que não foi descrito nesta forma e função para outras espécies do gênero estudado até agora. Discutimos diferenças nos níveis de socialidade e similaridades e diferenças entre os padrões comportamentais e repertórios.

Mycoviruses infecting Colletotrichum spp: A comprehensive review / Micoviroses em Colletotrichum spp: uma revisão abrangente

Abstract Colletotrichum is one of the most economically important fungal genera, which affects a wide range of hosts, specifically tropical and subtropical crops. Thus far, there have been several records of mycovirus infection in Colletotrichum spp., primarily by viruses of the Partitiviridae family. There have also been records of infections by mycoviruses of the Chrysoviridae family. Mycoviruses are (+)ssRNA and dsRNA genome viruses, which may or may not be enveloped. To date, no mycovirus with a DNA genome has been isolated from Colletotrichum spp. Typically, mycoviruses cause latent infections, although hypo- and hypervirulence have also been reported in Colletotrichum spp. In addition to its effects on pathogenic behavior, mycovirus infection can lead to important physiological changes, such as altered morphological characteristics, reduced vegetative growth, and suppressed conidia production. Therefore, research on mycoviruses infecting phytopathogenic fungi can help develop alternative methods to chemical control, which can cause irreversible damage to humans and the environment. From an agricultural perspective, mycoviruses can contribute to sustainable agriculture as biological control agents via changes in fungal physiology, ultimately resulting in the total loss of or reduction in the virulence of these pathogens.

Resumo Colletotrichum é um dos gêneros fúngicos mais importantes economicamente, afetando uma ampla gama de hospedeiros, especialmente em cultivos tropicais e subtropicais. Atualmente já existem diversos registros de infecção por micovírus em Colletotrichum spp., sendo a maioria dos já identificados classificados na família Partitiviridae. Ocorrem registros também de micovírus pertencentes à família Chrysoviridae. Compreendem vírus de genoma de (+)ssRNA e dsRNA que podem ser ou não envelopados. Ainda não foram identificados micovírus com genoma de DNA isolados de Colletotrichum. A infecção por micovírus pode ocorrer de forma latente, mas já foi observado em Colletotrichum spp. o fenômeno de hipo e hipervirulência. Além de influenciar no comportamento patogênico, a infecção pode causar mudanças fisiológicas importantes como alterações das características morfológicas, redução do crescimento vegetativo e redução na produção de conídios. O estudo com micovírus em fungos fitopatogênicos traz uma alternativa ao controle químico que é um método capaz de causar danos irreversíveis ao homem e o meio ambiente. Sob a perspectiva agrícola, os micovírus podem contribuir para agricultura sustentável como agentes de controle biológico. Isso porque obsevam-se mudanças importantes na fisiologia fúngica resultando na perda total ou redução da virulência desses patógenos.

Cross-genera amplification and identification of Colpodella sp. with Cryptosporidium primers in fecal samples of zoo felids from northeast China / Amplificação cruzada de gêneros e identificação de Colpodella sp. com iniciadores de Cryptosporidium em amostras fecais de zoofilia do nordeste da China

Abstract The protozoans include many intracellular human pathogens. Accurate detection of these pathogens is necessary to treat the diseases. In clinical epidemiology, molecular identification of protozoan is considered a more reliable and rapid method for identification than microscopy. Among these protozoans, Cryptosporidium considered being one of the important water-borne zoonotic pathogens and a major cause of a diarrheal disease named cryptosporidiosis in humans, domestic animals, and wild animals. This study was aimed to identify Cryptosporidium in zoo felids (N= 56) belonging to different zoo of China, but accidentlly Colpodella was encountered in the zoo felids sample and phylogenetic data confirmed this unexpected amplification from fecal samples using two-step nested-PCR. Phylogenetic analysis revealed the fact about the specific primers used previously by many researchers and cross-genera amplification. We came to know that genetically sequenced amplicon gives more accurate identification of species. This study suggests more investigation on Colpodella which has been neglected previously but gains the attention of researchers after identified from humans and animals and has been known to correlate with neurological symptoms in patients.

Resumo Os protozoários incluem muitos patógenos humanos intracelulares. A detecção acurada desses patógenos é necessária para tratar as doenças. Na epidemiologia clínica, a identificação molecular de protozoários é considerada o método de identificação mais confiável e rápido do que a microscopia. Entre esses protozoários, o Cryptosporidium é considerado um dos importantes patógenos zoonóticos transmitidos pela água e uma das principais causas de uma doença diarreica denominada criptosporidiose em humanos, animais domésticos e selvagens. Este estudo teve como objetivo identificar Cryptosporidium em zoofelídeos (N = 56) pertencentes a diferentes zoológicos da China, mas acidentalmente Colpodella foi encontrada na amostra de zoofelídeos e os dados filogenéticos confirmaram essa amplificação inesperada de amostras fecais usando nested-PCR em duas etapas. A análise filogenética revelou o fato sobre os primers específicos usados ​​anteriormente por muitos pesquisadores e a amplificação entre gêneros. Ficamos sabendo que o amplicon sequenciado geneticamente fornece uma identificação mais acurada das espécies. Este estudo sugere mais investigação sobre Colpodella, que foi negligenciada anteriormente, mas ganha a atenção dos pesquisadores depois de identificada em humanos e animais e é conhecida por se correlacionar com sintomas neurológicos em pacientes.

Identification by molecular techniques of halophilic bacteria producing important enzymes from pristine area in Campeche, Mexico / Identificação por técnicas moleculares de bactérias halofílicas que produzem enzimas importantes em área intocada de Campeche, México

Abstract Isla Arena is located in the coordinate 20° 70´ N - 90° 45´ W, from Campeche, Mexico. In these estuaries, the ocean mixes with fresh water, and ecosystems are concentrated where petenes and pink flamingos proliferate. Crustaceans and mollusks abound in the sea. Despite its enormous marine wealth, there are no studies carried out on which halophilic microorganisms are present in these waters. In this work, the diversity and structure of the microbial community was investigated through a metagenomics approach and corroborated for sequencing of 16S rRNA genes. It was found that the phylum Fimicutes predominates with more than 50%, in almost the same proportion of the class Bacilli and with almost 41% of relative abundance of the order Bacillales. The sequencing results showed that one of the samples presented a high percentage of similarity (99.75%) using the Nucleotide BLAST program with a peculiar microorganism: Bacillus subtilis. This microorganism is one of the best characterized bacteria among the gram-positive ones. Our results demonstrate that B. subtilis can be an efficient source of proteases, lipases and cellulases, from halophilic microbial communities located in poorly explored areas.

Resumo Isla Arena está localizada na coordenada 20°70'N - 90°45'W, de Campeche, México. Nesses estuários, o oceano se mistura com a água doce e os ecossistemas se concentram onde proliferam petenos e flamingos rosa. Crustáceos e moluscos abundam no mar. Apesar de sua enorme riqueza marinha, não há estudos realizados sobre a presença de microrganismos halofílicos nessas águas. Neste trabalho, a diversidade e estrutura da comunidade microbiana foram investigadas através de uma abordagem metagenômica e corroboradas para o sequenciamento de genes 16S rRNA. Verificou-se que o filo Fimicutes predomina com mais de 50%, quase na mesma proporção da classe Bacilli e com quase 41% de abundância relativa da ordem Bacillales. Os resultados do sequenciamento mostraram que uma das amostras apresentou alto percentual de similaridade (99,75%) pelo programa Nucleotide BLAST com um microrganismo peculiar: Bacillus subtilis. Nossos resultados demonstram que B. subtilis pode ser uma fonte eficiente de proteases, lipases e celulases, provenientes de comunidades microbianas halofílicas localizadas em áreas pouco exploradas.

Population level genetic divergence and phylogenetic placement of Mexican shortfin mollies (Mollienesia: Poecilia: Poeciliidae)

Mexico is a megadiverse region with a complex geological history, but it remains unclear to what extent the distribution of freshwater fish has been influenced by geographic barriers. This study examines the population level genetic divergence and phylogenetic relationships of species in the shortfin group of the subgenus Mollienesia (genus Poecilia), a group of live-bearing fishes that are widely distributed across Mexico, with sampling at a small geographic scale. Samples from over 50 locations were analyzed for six species by using phylogenetic and haplotype network approaches to assess genetic diversity across geographic ranges and to refine the distributions of species in this group. The results indicate that Mexican species have diversified following multiple, independent invasions from Middle America. Two species found north of the Trans-Mexican Volcanic Belt (TMVB) and one transversal species exhibited weak phylogenetic structure, likely due to the lack of physiographic barriers, recent colonization, and high dispersal rates among regions. In contrast, three species found south of the TMVB exhibited strong phylogenetic structure, reflecting a longer presence in the area and multiple physiographic barriers that isolated populations. This study identified mechanisms driving divergence and speciation, expanded the known range of several species, and resolved taxonomic uncertainties of populations.(AU)

México es una región megadiversa con una historia geológica compleja, pero se desconoce el nivel de influencia de las barreras geográficas sobre las distribuciones de los peces dulceacuícolas. Este estudio examina las relaciones filogenéticas, a escala geográfica pequeña, de las especies del grupo de aletas cortas del subgénero Mollienesia (género Poecilia), un grupo de peces vivíparos ampliamente distribuidos en México. Se analizaron muestras de seis especies en más de 50 localidades, utilizando métodos filogenéticos y de redes de haplotipos, para evaluar la diversidad genética y precisar las distribuciones de especies en este grupo. Los resultados indican que las especies mexicanas se han diversificado a partir de múltiples invasiones independientes desde Mesoamérica. Se detectó estructura filogenética débil en dos especies distribuidas al norte del Eje Neovolcánico y una especie que atraviesa el Eje Neovolcánico, posiblemente debido a la ausencia de barreras fisiográficas, colonización reciente y altas tasas de dispersión entre regiones. En contraste, se detectaron niveles altos de estructura filogenética en tres especies distribuidas del Eje Neovolcánico, lo que refleja una presencia más prolongada en el área y la existencia de múltiples barreras fisiográficas que aislaron a las poblaciones. Este estudio identificó mecanismos que promueven la divergencia y la especiación, expandió el rango conocido de varias especies y resolvió incertidumbres taxonómicas de algunas poblaciones.(AU)

Carbúnculo sintomático em bovino: evolução clínica e terapêutica / Symptomatic blackleg in bovine: clinical and therapeutic evolution

As clostridioses são infecções comuns em rebanhos bovinos, causadas por microrganismos do gênero Clostridium e que afetam principalmente animais mais jovens. O objetivo deste estudo é relatar a evolução clínica e tratamento de um bovino acometido com carbúnculo sintomático. A paciente não apresentava histórico vacinal para clostridiose, e pertencia a um lote de animais em que já haviam ocorrido três mortes súbitas em curto período de tempo. Na avaliação física do animal em decúbito esternal, foram constatados sinais clínicos típicos de carbúnculo sintomático, edema e crepitação em membro pélvico e região escapular, além de claudicação quando colocado em estação. Também foi observado edema na região da cabeça, porém este sinal clínico não é frequentemente relatado em literatura científica. Mesmo com prognóstico desfavorável devido à manifestação grave da doença e grande parte das pesquisas mostrarem taxa de letalidade de quase 100%, optou-se pela tentativa de realizar as medidas terapêuticas necessárias. Foi realizado tratamento suporte e administração de fármacos, destacando-se a antibioticoterapia com penicilina. Além disso, também foi conduzido o procedimento cirúrgico por meio de confecção de incisões na pele e no subcutâneo do membro afetado (método ainda não descrito na literatura científica) com objetivo de reduzir a proliferação do Clostridium. Após 32 dias de tratamento, o animal obteve a cura clínica completa. As medidas terapêuticas foram suficientes para recuperar da saúde da paciente.

Clostridial diseases are common infections in cattle herds, caused by microorganisms of the genus Clostridium that mainly affect younger animals. This study aims to report the clinical evolution and treatment of a bovine affected with symptomatic blackleg. The patient had no vaccination history for clostridial disease and belonged to a group of animals in which three sudden deaths had already occurred in a short time. In the physical evaluation of the animal in sternal recumbency, typical clinical signs of blackleg, edema and crackling in the pelvic limb and scapular region and lameness when placed in the station were determined. Edema was also observed in the head region, but this clinical sign is not frequently reported in the scientific literature. Even with an unfavorable prognosis due to the severe manifestation of the disease and a large part of the studies showing a lethality rate of almost 100%, it was decided to try to carry out the necessary therapeutic methods. Support treatment and drug administration were performed, especially antibiotic therapy with penicillin. In addition, a surgical procedure was carried out by making incisions in the skin and subcutaneous tissue of the affected limb (a method not yet described in the scientific literature) to reduce the proliferation of Clostridium. After thirty-two days of treatment, the animal got a complete clinical cure. Therapeutic measures were sufficient to recover the patient's health.

First detection of Trypanosoma vivax in dairy cattle from the northwest region of Minas Gerais, Brazil / Primeira detecção de Trypanosoma vivax em bovinos leiteiros da região noroeste de Minas Gerais, Brasil

A tripanossomíase bovina é causada pelo protozoário Trypanosoma vivax. A transmissão biológica ocorre apenas no continente africano pela mosca Tsé-tsé, de forma mecânica por dípteros hematófagos em todos os continentes, ou pelo compartilhamento de agulhas e por práticas associadas. O estudo teve como objetivo relatar o primeiro diagnóstico parasitológico, sorológico e molecular de T. vivax em bovinos leiteiros provenientes de cinco propriedades do município de Unai, Minas Gerais, Brasil. Cento e quinze animais selecionados por conveniência apresentavam sinais clínicos ou pertenciam a lotes de animais suspeitos. Foram detectados positivos pelos testes parasitológico (técnica de Woo), sorológico (ELISA) e molecular (LAMP). A maior prevalência global para T. vivax foi de 11,11% na propriedade A. O único sinal clínico dos animais positivos estudados foi baixa taxa de concepção. O primeiro diagnóstico de tripanossomíase no noroeste mineiro é extremamente importante, haja vista o tamanho do rebanho leiteiro da região e as possíveis perdas econômicas provocadas pela enfermidade. Ademais, faz-se necessário maior controle sanitário na região, uma vez que a transmissão no Brasil é intimamente ligada às práticas de compartilhamento de agulhas no manejo dos animais e ao parasitismo de moscas hematófagas.

Molecular characteristics and transcriptional regulatory of spermatogenesis-related gene RFX2 in adult Banna mini-pig inbred line (BMI)

RFX2 plays critical roles in mammalian spermatogenesis and cilium maturation. Here, the testes of 12-month-old adult boars of Banna mini-pig inbred line (BMI) were subjected to whole-transcriptome sequencing. The results indicated that the average expression (raw count) of RFX2 gene in BMI testes was 16138.25, and the average expression value of the corresponding transcript ENSSSCT00000043271.2 was 123.1898. The CDS of RFX2 obtained from BMI testes was 2,817 bp (GenBank accession number: OL362242). Gene structure analysis showed that RFX2 was located on chromosome 2 of the pig genome with 19 exons. Protein structure analysis indicated that RFX2 contains 728 amino acids with two conserved domains. Phylogenetic analysis revealed that RFX2 was highly conserved with evolutionary homologies among mammalian species. Other analyses, including PPI networks, KEGG, and GO, indicated that BMI RFX2 had interactions with 43 proteins involving various functions, such as in cell cycle, spermatid development, spermatid differentiation, cilium assembly, and cilium organization, etc. Correlation analysis between these proteins and the transcriptome data implied that RFX2 was significantly associated with FOXJ1, DNAH9, TMEM138, E2F7, and ATR, and particularly showed the highest correlation with ATR, demonstrating the importance of RFX2 and ART in spermatogenesis. Functional annotation implied that RFX2 was involved in 17 GO terms, including three cellular components (CC), six molecular functions (MF), and eight biological processes (BP). The analysis of miRNA-gene targeting indicated that BMI RFX2 was mainly regulated by two miRNAs, among which four lncRNAs and five lncRNAs competitively bound ssc-miR-365-5p and ssc-miR-744 with RFX2, respectively. Further, the dual-luciferase report assay indicated that the ssc-miR-365-5p and ssc-miR-744 significantly reduced luciferase activity of RFX2 3'UTR in the 293T cells, suggesting that these two miRNAs regulated the expression of RFX2. Our results revealed the important role of RFX2 in BMI spermatogenesis, making it an intriguing candidate for follow-up studies.(AU)

Genome-sequence, annotation and phylogenetic insights of the lactic acid bacterium Limosilactobacillus fermentum strain LAB1 obtained from the dairy beverage borhani

Limosilactobacillus fermentum is a promising probiotic with several documented health benefits. LAB1 is an antagonistic L. fermentum strain isolated from borhani, a traditional South Asian beverage prepared from dairy and plant ingredients. Here, I present the genome sequence of the L. fermentum LAB1 strain, its annotation, and phylogenetic features. The 2.01 Mb genome with a G+C content of 51.9% was assembled into 221 contigs and predicted to have 1,913 protein-coding genes, 98 pseudo genes, 7 rRNAs, 60 tRNAs, and 1 CRISPR array. As much as 91.1% of the coding sequences could be assigned to known functional genes. Determination of average nucleotide identity (ANI) of the genome sequence revealed 99.37% identity to that of the type strain ATCC 14931. Its 16S rRNA gene sequence extracted from the genome sequence showed close phylogenetic association with several L. fermentum strains. The genome sequence is expected to provide useful insights with regard to the phenotypic, metabolic and beneficial aspects of this lactic acid bacterium.(AU)

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.(AU)

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).(AU)

Habitat selection by Asiatic black bear (Ursus thibetanus) in Siran and Kaghan Valleys, Pakistan / Seleção de habitat pelo urso-negro asiático (Ursus thibetanus) nos vales Siran e Kaghan, Paquistão

Asiatic black bear is present in variety of habitats like broad-leaves and coniferous forests, extending form sea level to 4300m elevation and change their habitat for food purpose seasonally. The present study was conducted at Kaghan and Siran Valleys, District Mansehra, Khyber Pakhtunkhwa, Pakistan to assess habitat of black bear. Line transect method was used for observation of bear signs. Twelve meter circular radius plots were selected for the concern vegetations i.e. (trees, shrubs and herbs) and three to six plots were placed in each transect. At the result of sign survey, thirteen different categories of bear signs were recorded and encounter rate was calculated for each sign. A total of 1858 signs were observed during field surveys. Total (81%) coniferous species were recoded among trees, with the highest appearance of Pinus wallichiana (34.22%) and Spruce spp (27.76%), similarly broad leaves trees (18.56%) were also recoded from habitat plots. Most of the signs were encountered in bushy areas, whereas high number of Viburnum Spp (60.29%) was present. It is indicated that black bear prefers blend of Coniferous Trees, Viburnum and Ferns Species; probably because these plants provide enough food, protection, and meticulous shelter because more than 80% of habitat composed of these three species. Currently habitat destruction and increase in human population are the up-growing issues for wild animals (especially Asiatic black bear), which is highly sensitive to such problems. High levels of conservation efforts are recommended for the protection of black bear habitat and to avoid human interference in their territory.(AU)

O urso-negro asiático está presente em uma variedade de habitats, como folhas largas e florestas de coníferas, estendendo-se do nível do mar até 4.300 m de altitude e mudando seu habitat para fins alimentares sazonalmente. O presente estudo foi conduzido nos vales Kaghan e Siran, distrito de Mansehra, Khyber Pakhtunkhwa, Paquistão, para avaliar o habitat do urso preto. O método de transecto linear foi usado para a observação de sinais do urso. Parcelas de raio circular de 12 m foram selecionadas para a vegetação de preocupação, ou seja, árvores, arbustos e ervas, e 3 a 6 parcelas foram colocadas em cada transecto. No resultado da pesquisa de sinais, 13 categorias diferentes de sinais de urso foram registradas e a taxa de encontro foi calculada para cada sinal. Um total de 1858 sinais foi observado durante os levantamentos de campo. O total (81%) de espécies de coníferas foi recodificado entre as árvores, com maior aparecimento de Pinus wallichiana (34,22%) e Spruce spp (27,76%); árvores de folhas largas (18,56%) também foram recodificadas em parcelas de habitat. A maioria dos sinais foi encontrada em áreas com arbustos, enquanto um alto número de Viburnum spp (60,29%) estava presente. É indicado que o urso-negro prefere a mistura de árvores coníferas, espécies de viburnos e samambaias; provavelmente porque essas plantas fornecem alimento suficiente, proteção e abrigo meticuloso porque mais de 80% do habitat é composto por essas três espécies. Atualmente, a destruição do habitat e o aumento da população humana são questões crescentes para os animais selvagens, especialmente o urso-negro asiático, que é altamente sensível a esses problemas. Altos níveis de esforços de conservação são recomendados para a proteção do habitat do urso-negro e para evitar a interferência humana em seu território.(AU)