Resistance determinants of emerging pathogens isolated from an intensive care unit as a parameter of population health conditions of the Legal Amazon microregion / Determinantes de resistência a patógenos emergentes isolados de uma unidade de terapia intensiva como parâmetro das condições de saúde da população da microrregião da Amazônia Legal

Bacteria responsible for causing infections are common in hospital environments, water, soil, and food products. The infection risk is intensified by the absence of public sanitation, poor quality of life, and food scarcity. These external factors promote the dissemination of pathogens by direct contamination or biofilm formation. In this work, we identified bacterial isolates obtained from intensive care units in the southern region of Tocantins, Brazil. We compared matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) techniques and 16S ribosomal ribonucleic acid (rRNA) molecular analysis; we also performed phenotypic characterization. Fifty-six isolates characterized using morphotinctorial tests were classified as gram-positive (80.4%; n = 45) and gram-negative (19.6%; n = 11) and were resistant to several antibiotic classes; notably, we identified the blaOXA-23 resistance gene in the ILH10 isolate. Microbial identification using MALDI-TOF MS resulted in the identification of Sphingomonas paucimobilis and Bacillus circulans. 16S rRNA sequencing revealed four isolates belonging to the genera Bacillus and Acinetobacter. The similarity was superior to 99% for Acinetobacter schindleri in the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), grouped in the clade superior to 90%. Several strains isolated from intensive care units (ICU) were resistant to various antibiotic classes. These techniques allowed for the identification of several microorganisms of importance in public health, enabling improvements in human infection control and proving the quality of inputs, food, and water.

As bactérias responsáveis por causar infecções são comuns em ambientes hospitalares, água, solo e produtos alimentícios. O risco de infecção é intensificado pela ausência de saneamento público, má qualidade de vida e escassez de alimentos. Esses fatores externos promovem a disseminação de patógenos por contaminação direta ou formação de biofilme. Neste trabalho, identificamos isolados bacterianos obtidos de unidades de terapia intensiva na região sul do Tocantins, Brasil. Comparamos técnicas de espectrometria de massa de tempo de voo com ionização por dessorção a laser assistida por matriz (MALDI-TOF MS) e análise molecular de ácido ribonucleico ribossômico 16S (rRNA); também realizamos caracterização fenotípica. Cinquenta e seis isolados caracterizados por testes morfotintoriais foram classificados como gram-positivos (80,3%; n = 45) e gram-negativos (19,6%; n = 11) e foram resistentes a várias classes de antibióticos; notavelmente, identificamos o gene de resistência blaOXA-23 no isolado de ILH10. A identificação microbiana usando MALDI-TOF MS resultou na identificação de Sphingomonas paucimobilis e Bacillus circulans. O sequenciamento do 16S rRNA revelou quatro isolados pertencentes aos gêneros Bacillus e Acinetobacter. A similaridade foi superior a 99% para Acinetobacter schindleri no BLAST, agrupado no clado superior a 90%. Várias cepas isoladas de ICU foram resistentes a várias classes de antibióticos. Essas técnicas permitiram a identificação de diversos microrganismos de importância em saúde pública, possibilitando melhorias no controle de infecções humanas e comprovando a qualidade dos insumos, alimentos e água.

Sphingomonas from petroleum-contaminated soils in Shenfu, China and their PAHs degradation abilities

Members of the Sphingomonas genus are often isolated from petroleum-contaminated soils due to their unique abilities to degrade polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), which are important for in situ bioremediation. In this study, a combined phenotypic and genotypic approach using streptomycin-containing medium and Sphingomonas -specific PCR was developed to isolate and identify culturable Sphingomonas strains present in petroleum-contaminated soils in the Shenfu wastewater irrigation zone. Of the 15 soil samples examined, 12 soils yielded yellow streptomycin-resistant colonies. The largest number of yellow colony-forming units (CFUs) could reach 105 CFUs g-1 soil. The number of yellow CFUs had a significant positive correlation (p 0.05) with the ratio of PAHs to total petroleum hydrocarbons (TPH), indicating that Sphingomonas may play a key role in degrading the PAH fraction of the petroleum contaminants at this site. Sixty yellow colonies were selected randomly and analyzed by colony PCR using Sphingomonas -specific primers, out of which 48 isolates had PCR-positive signals. The 48 positive amplicons generated 8 distinct restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns, and 7 out of 8 phylotypes were identified as Sphingomonas by 16S rRNA gene sequencing of the representative strains. Within these 7 Sphingomonas strains, 6 strains were capable of using fluorene as the sole carbon source, while 2 strains were phenanthrene-degrading Sphingomonas. To the best of our knowledge, this is the first report to evaluate the relationship between PAHs contamination levels and culturable Sphingomonas in environmental samples.(AU)

DINÂMICA DA COMUNIDADE BACTERIANA EM VOLUMOSOS A BASE DE PALMA FORRAGEIRA E FENO DE CAPIM-BUFFEL

Objetivou-se com o estudo avaliar a dinâmica da comunidade bacteriana de diferentes proporções de palma forrageira e feno de capim-buffel em função do período de exposição ao ar. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado, em arranjo fatorial 5 x 5 (cinco níveis de palma e feno de capim-buffel x cinco tempos de exposição ao ar), com cinco repetições. Os tratamentos consistiram em níveis de palma forrageira, variando de 20 a 100% na matéria natural, avaliados nos tempos 0, 3, 6, 12 e 24 horas. As variáveis analisadas foram: temperatura interna e superficial; composição química; população de Escherichia coli e comunidade bacteriana por metataxonomia do gene rRNA ribossomal 16S. Houve interação entre os níveis de palma na dieta e o tempo de exposição ao ar (P<0,001) para temperatura interna e superficial, pH e população de Escherichia coli. Verificou-se que quanto menor é o nível de palma mais elevada foi a temperatura interna e superficial dos volumosos, atingindo o pico de temperatura após 12,19 e 11,87 horas de exposição ao ar, respectivamente. Em todos os tratamentos o pH foi considerado de baixa acidez, entre 5,70 a 7,38. O pico de crescimento da população de E. coli foi após 16,06 horas de exposição ao ar. Para composição química, houve interação (P<0,001) dos níveis de palma e tempo de exposição ao ar para matéria seca, proteína bruta, capacidade tampão, carboidratos solúveis e nitrogênio amoniacal. O tempo de exposição ao ar influenciou significativamente (P<0,001) nos valores de matéria orgânica, matéria mineral e extrato etéreo, para os valores de fibra em detergente neutro observou efeito significativo (P<0,001) para os níveis de palma. Notou-se aumento na riqueza e na uniformidade microbiana de todos os tratamentos após seis horas. Os gêneros mais abundantes foram Weissella, Lactobacillus, Bacteroides, Pseudomonas, Sphingobacterium e Sphingomonas. Observou-se uma maior qualidade microbiana na dieta com 100% de palma, com predominância de Weissella, Lactobacillus e Leuconostoc. Com 80% de feno de capimbuffel verificou-se maior abundância aparente de Pseudomonas, Sphingomonas e Sphingobacterium. Com isso, conclui-se que a exposição aeróbica palma forrageira em combinação com o feno de capim-buffel aumenta a proliferação de microrganismos com potencial patogênico, em períodos superiores a 6 horas, influenciando negativamente na qualidade microbiológica e composição química dos volumosos. Essas mudanças são mais expressivas com maiores participações de feno na mistura.

The aim of this study was to evaluate the bacterial community dynamics of different proportions of forage cactus and buffel grass hay as a function of the period of exposure to air. The experimental design used was completely randomized, in a 5 x 5 factorial arrangement (five levels of palm and buffel grass hay x five times of exposure to air), with five replications. The treatments consisted of forage cactus levels, ranging from 20 to 100% in natural matter, evaluated at times 0, 3, 6, 12 and 24 hours. The variables analyzed were: internal and surface temperature; chemical composition; Escherichia coli population and bacterial community by 16S ribosomal rRNA gene metataxonomy. There was an interaction between the levels of palm in the diet and the time of exposure to air (P<0.001) for internal and surface temperature, pH and population of Escherichia coli. It was found that the lower the level of palm, the higher the internal and surface temperature of forages, reaching the peak temperature after 12.19 and 11.87 hours of exposure to air, respectively. In all treatments, the pH was considered as having low acidity, between 5.70 and 7.38. The peak of E. coli population growth was after 16.06 hours of exposure to air. For chemical composition, there was interaction (P<0.001) of palm levels and time of exposure to air for dry matter, crude protein, buffer capacity, soluble carbohydrates and ammonia nitrogen. The time of exposure to air significantly influenced (P<0.001) the values of organic matter, mineral matter and ether extract, for the values of neutral detergent fiber it observed a significant effect (P<0.001) for the levels of palm. An increase in microbial richness and uniformity of all treatments was noted after six hours. The most abundant genera were Weissella, Lactobacillus, Bacteroides, Pseudomonas, Sphingobacterium and Sphingomonas. A higher microbial quality was observed in the diet with 100% palm, with a predominance of Weissella, Lactobacillus and Leuconostoc. With 80% of buffel grass hay there was an apparent abundance of Pseudomonas, Sphingomonas and Sphingobacterium. Thus, it is concluded that forage cactus in combination with buffel grass hay increases the proliferation of microorganisms with pathogenic potential, when exposed to air for periods longer than 6 hours, negatively influencing the microbiological quality and chemical composition of forage.

Micro-organismos isolados em superfícies de mesas de exames e procedimentos descontaminadas de hospital veterinário e a inativação in vitro por desinfetantes / Microorganismos aislados en superficies de mesas de exámenes y procedimientos descontaminadas de hospital veterinario, y su inactivación in vitro por desinfectantes / Microorganisms isolated from decontaminated surfaces of exam and procedure tables of veterinary hospital and their in vitro inactivation by disinfectants

Superfícies fixas de hospitais e clínicas veterinárias podem servir como locais de infecção para micro-organismos, muitos potencialmente patogênicos comuns entre animais e seres humanos, promovendo riscos para a saúde tanto dos pacientes quanto dos profissionais veterinários. O presente estudo teve como objetivos isolar e identificar a microbiota presente em superfícies inox de mesas de exames e procedimentos de áreas do setor de pequenos animais de um hospital veterinário de ensino, sobre as quais rotineiramente é procedida a descontaminação (desinfecção sem prévia limpeza), e verificar in vitro a capacidade de inativação microbiana dos grupos químicos desinfetantes ácido peracético, iodóforo, hipoclorito de sódio, quaternário de amônio, fenol sintético, clorhexidina e álcool. Quinze coletas, em três dias de meses diferentes, procederam-se com swabs rolados sobre as superfícies, de onde foram isolados Staphylococcus spp. coagulase (+) e (-), Sphingomonas paucimobilis, Streptococcus spp. (não grupo D), Enterobacter spp., Acinetobacter Iwoffii, Bacillus cereus, Pseudomonas spp., Micrococcus spp., Enterococcus spp., Cocobacilo não fermentador, Bacillus spp., Citrobacter spp. e Candida guilliermondii. O método da avaliação desinfetante foi o de diluição, pela técnica de suspensão microbiana, composta por três pools de bactérias (um por dia de coleta) e uma cultura de levedura, em três concentrações dos desinfetantes nos tempos de contato 1, 5 e 10 minutos. Observou-se que todos os desinfetantes inativaram todos os micro-organismos, tendo quaternário de amônio, fenol sintético, clorhexidina e álcool inativado nas menores concentrações e tempos de contato testados. Concluiu-se que nas superfícies das mesas de todos os ambientes puderam ser isolados micro-organismos, muitos destes de importância à saúde humana e animal; os testes in vitro evidenciaram que todos os grupos químicos avaliados podem ser usados no procedimento de desinfecção para inativar os isolados; a descontaminação, adotada como único procedimento de higienização de rotina nas superfícies onde os veterinários e seus pacientes entram em contato, pareceu não ser segura para proteger a saúde dos animais e dos profissionais de saúde animal.

Inanimate surfaces of hospitals and veterinary clinics can be a source of infection by microorganisms, many potentially pathogenic common between animals and humans, promoting the health risks of both patients and veterinary professionals. The aims of the present study were to isolate and identify the microbiota found on stainless steel surfaces of exam and procedure tables of the small animal ward of a veterinary teaching hospital, on which decontamination (disinfection without prior cleaning) is carried out on a routine basis, and to check in vitro inactivation by chemical disinfectants. Fifteen collections in three days of different months, we proceeded with swabs rolled over the surfaces of which were isolated coagulase-positive and coagulase-negative Staphylococcus spp., Sphingomonas paucimobilis, (non-group D) Streptococcus spp., Enterobacter spp., Acinetobacter Iwoffii, Bacillus cereus, Pseudomonas spp., Micrococcus spp., Enterococcus spp., non-fermenting coccobacilli, Bacillus spp., Citrobacter spp. and Candida guilliermondii. The inactivation capacity of peracetic acid, iodophor, sodium hypochlorite, quaternary ammonium, synthetic phenol, chlorhexidine and alcohol was assessed. The dilution method by microbial suspension test was performed using an experimental design consisting of three pools of bacteria (one per collection day) and a yeast culture at three disinfectant concentrations at 1, 5 and 10 minutes. All disinfectants inactivate all microorganisms, with quaternary ammonium, synthetic phenol, chlorhexidine and alcohol inactivated at lower concentration and contact times. It may be concluded that microorganisms - many of them deleterious to human and animal health - could be isolated from all of the sampled surfaces; the in vitro tests showed that all of the assessed chemicals can be used to inactivate the isolates; decontamination, as a unique hygiene routine procedure used on surfaces in direct contact with health professionals and patients, did not seem to safely protect the health of animals and health professionals.

Superficies fijas de hospitales y clínicas veterinarias pueden servir de fuente de infección por microorganismos, muchos potencialmente patogénicos comunes entre animales y seres humanos, promoviendo riesgos para la salud tanto de los pacientes como de los profesionales veterinarios. El presente estudio tuvo como objetivos aislar e identificar la microbiota presente en superficies inox de mesas de exámenes y procedimientos de áreas del sector de pequeños animales de un hospital veterinario de enseñanza, sobre las cuales rutinariamente es procedida la descontaminación (desinfección sin previa limpieza), y verificar in vitro la capacidad de inactivación microbiana de los grupos químicos desinfectantes ácido peracético, yodóforo, hipoclorito de sodio, cuaternario de amonio, fenol sintético, clorhexidina y alcohol. Fueron realizadas quince colectas, en tres días de meses diferentes, con swabs rodados sobre las superficies, de donde fueron aislados Staphylococcus spp. coagulasa (+) y (-), Sphingomonas paucimobilis, Streptococcus spp. (no grupo D), Enterobacter spp., Acinetobacter Iwoffii, Bacillus cereus, Pseudomonas spp., Micrococcus spp., Enterococcus spp., Cocobacilo no fermentador, Bacillus spp., Citrobacter spp. y Candida guilliermondii. El método de la evaluación desinfectante fue el de dilución, por la técnica de suspensión microbiana, compuesta por tres pools de bacterias (uno por día de colecta) e una cultura de levadura, en tres concentraciones de los desinfectantes en los tiempos de contacto 1, 5 y 10 minutos. Fue observado que todos los desinfectantes inactivaron todos los microorganismos, teniendo el cuaternario de amonio, fenol sintético, clorhexidina y alcohol inactivado con las menores concentraciones y tiempos de contacto. Se concluye que en las superficies de las mesas de todos los ambientes pudieron aislarse microorganismos, muchos de los cuales de importancia para la salud humana y animal; las pruebas in vitro evidenciaron que todos los grupos químicos evaluados pueden ser usados en el procedimiento desinfección para inactivar los aislados; la descontaminación, adoptada como único procedimiento de higienización de rutina en las superficies donde los veterinarios y sus pacientes entran en contacto, pareció no ser seguro para proteger la salud de los animales y de los profesionales de salud animal.

A primary assessment of the endophytic bacterial community in a xerophilous moss (Grimmia montana) using molecular method and cultivated isolates

Investigating the endophytic bacterial community in special moss species is fundamental to understanding the microbial-plant interactions and discovering the bacteria with stresses tolerance. Thus, the community structure of endophytic bacteria in the xerophilous moss Grimmia montana were estimated using a 16S rDNA library and traditional cultivation methods. In total, 212 sequences derived from the 16S rDNA library were used to assess the bacterial diversity. Sequence alignment showed that the endophytes were assigned to 54 genera in 4 phyla (Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria and Cytophaga/Flexibacter/Bacteroids). Of them, the dominant phyla were Proteobacteria (45.9%) and Firmicutes (27.6%), the most abundant genera included Acinetobacter, Aeromonas, Enterobacter, Leclercia, Microvirga, Pseudomonas, Rhizobium, Planococcus, Paenisporosarcina and Planomicrobium. In addition, a total of 14 species belonging to 8 genera in 3 phyla (Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria) were isolated, Curtobacterium, Massilia, Pseudomonas and Sphingomonas were the dominant genera. Although some of the genera isolated were inconsistent with those detected by molecular method, both of two methods proved that many different endophytic bacteria coexist in G. montana. According to the potential functional analyses of these bacteria, some species are known to have possible beneficial effects on hosts, but whether this is the case in G. montana needs to be confirmed.

A primary assessment of the endophytic bacterial community in a xerophilous moss (Grimmia montana) using molecular method and cultivated isolates

Investigating the endophytic bacterial community in special moss species is fundamental to understanding the microbial-plant interactions and discovering the bacteria with stresses tolerance. Thus, the community structure of endophytic bacteria in the xerophilous moss Grimmia montana were estimated using a 16S rDNA library and traditional cultivation methods. In total, 212 sequences derived from the 16S rDNA library were used to assess the bacterial diversity. Sequence alignment showed that the endophytes were assigned to 54 genera in 4 phyla (Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria and Cytophaga/Flexibacter/Bacteroids). Of them, the dominant phyla were Proteobacteria (45.9%) and Firmicutes (27.6%), the most abundant genera included Acinetobacter, Aeromonas, Enterobacter, Leclercia, Microvirga, Pseudomonas, Rhizobium, Planococcus, Paenisporosarcina and Planomicrobium. In addition, a total of 14 species belonging to 8 genera in 3 phyla (Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria) were isolated, Curtobacterium, Massilia, Pseudomonas and Sphingomonas were the dominant genera. Although some of the genera isolated were inconsistent with those detected by molecular method, both of two methods proved that many different endophytic bacteria coexist in G. montana. According to the potential functional analyses of these bacteria, some species are known to have possible beneficial effects on hosts, but whether this is the case in G. montana needs to be confirmed.(AU)

METATAXONOMIA BACTERIANA DO LEITE CAPRINO POR SEQUENCIAMENTO DO GENE 16S rRNA

Objetivou-se por meio deste estudo a caracterização da microbiota do leite caprino através do sequenciamento do gene 16S rRNA associada a diferentes períodos de lactação e quando as cabras são criadas em diferentes regiões geográficas. No primeiro capítulo, apresentamos um referncial teórico que abrange um breve histórico sobre o estudo das comunidades microbianas e os métodos utilizados para tal e finalizando com uma apresentação de estudos metagenômicos com leite caprino e de outras espécies baseados no sequenciamento de DNA. No segundo capítulo, objetivou-se determinar a comunidade microbiana do leite caprino ao longo da lactação em animais livres de infecção intramamária. Foram coletadas amostras de leite de cabras mestiças e multíparas em uma propriedade localizada no semiárido paraibano em três períodos de lactação: inicial (50 dias), intermediário (100 dias) e final (150 dias). Nocardioides foi o gênero bacteriano mais abundante independente do período de lactação. Pseudomonas e Acinetobacter foram estatisticamente mais abundantes no período de lactação intermediário (FDR <0.05 na análise de expressão diferencial) e isto, possivelmente esteja associado ao teor de proteína significativamente superior neste mesmo período lactacional. Os gêneros Staphylococcus e Sphingomonas foram mais abundantes no final da lactação, sugestivamente, dado ao aumento do teor de gordura e CCS neste mesmo período de lactção. No terceiro capítulo, objetivou-se caracterizar comparativamente a microbiota do leite de cabras sem infecção intramamária criadas em duas microrregiões do estado da Paraíba. Foram coletadas amostras de leite caprino (cabras mestiças e multíparas) em uma propriedade localizada na microrregião Cariri e em uma propriedade localizada na microrregião Brejo da Paraíba aproximadamente aos 80 dias de lactação. A riqueza da comunidade bacteriana do leite caprino foi significativamente diferente (p<0,05) entre as regiões estudadas. Contudo, os gêneros Bacillus, Sphingomonas, Anoxybacillus e Escherichia-Shigella apresentaram abundância diferencial para as regiões avaliadas (FDR <0.05 na análise de expressão diferencial). Os dados gerados demonstram que a microbiota do leite caprino é complexa e que fatores fisiológicos (lactação) e geográficos (clima e alimentação) influenciam na composição e estrutura desta comunidade bacteriana.

The objective of this study was to characterize the goat milk microbiota by sequencing the 16S rRNA gene associated with different lactation periods and when goats are reared in different geographic regions. In the first chapter, we present a theoretical reference that covers a brief history about the study of microbial communities and the methods used for this and ending with a presentation of metagenomic studies with goat milk and other species based on DNA sequencing. In the second chapter, the objective was to determine the microbial community of goat milk throughout lactation in animals free of intramammary infection. Milk samples were collected from crossbred and multiparous goats on a farm located in the semiarid region of Paraiba in three lactation periods: initial (50 days), intermediate (100 days) and final (150 days). Nocardioides was the most abundant bacterial genus independent of the lactation period. Pseudomonas and Acinetobacter were statistically more abundant in the intermediate lactation period (FDR <0.05 in the differential expression analysis) and this is possibly associated with significantly higher protein content in the same lactation period. The genus Staphylococcus and Sphingomonas were more abundant at the end of lactation, suggestively, given the increase in fat content and CCS in this same period of lactation. In the third chapter, the objective was to characterize comparatively the microbiota of the milk of goats without intramammary infection created in two microregions of the state of Paraíba. Samples of goat milk (crossbred and multiparous goats) were collected from a property located in the Cariri micro region and at a property located in the Brejo da Paraíba micro region approximately 80 days after lactation. The richness of the bacterial community of goat milk was significantly different (p <0.05) among the studied regions. However, the genera Bacillus, Sphingomonas, Anoxybacillus and Escherichia-Shigella presented differential abundance for the regions evaluated (FDR <0.05 in the differential expression analysis). The data generated demonstrate that the goat milk microbiota is complex and that physiological (lactation) and geographic factors (climate and food) influence the composition and structure of this bacterial community.

Contagem, isolamento e caracterização de bactérias psicrotróficas contaminantes de leite cru refrigerado

This study aimed to quantify, isolate and characterize psychrotrophic bacteria from refrigerated raw milk produced at the ‘Mata Region of Minas Gerais State and Southeast of Rio de Janeiro State, Brazil. Raw milk samples, were collected at the farms, from 20 collective refrigerated tanks and 23 individual refrigerated tanks. The psychrotrophic bacteria counting ranged from 10² to 10(7) Colony Forming Units (CFU) ml-1 for both types of refrigerated tanks, but most of the collective tanks showed counts higher than 1 x 10(5) CFU ml-1. Predominance of psychrotrophic gram-negative bacteria (81.2%), that were identified by API 20E and API 20NE as belonging to genera: Aeromonas, Alcaligenes, Acinetobacter, Burkholderia, Chryseomonas, Enterobacter, Ewingella, Klebsiella, Hafnia, Methylobacterium, Moraxella, Pantoea, Pseudomonas, Serratia, Sphingomonas e Yersinia were oserved. The gram-positive bacteria (18.8%), were identified by API 50 CH, API Coryne and API Staph, to genera: Bacillus, Brevibacterium, Cellum/Microbacterium, Kurthia e Staphylococcus. The API systems utilized could not identify all the bacterial isolates. Pseudomonas was the genus most isolated with P. fluorescens as the predominant species. Most of the isolates presented proteolytic and/or lipolytic activity at 4°C, 7°C and 10°C showing high potential for milk and milk products spoilage. The results indicated that more attention must be taken to the procedures necessaries to reduce milk contamination with psychrotrophic bacteria.

Com os objetivos de quantificar, isolar e caracterizar bactérias psicrotróficas contaminantes de leite cru refrigerado, produzido na região da Zona da Mata de Minas Gerais e Sudeste do Rio de Janeiro, foram analisadas amostras de leite coletadas de 20 tanques coletivos e 23 tanques individuais. As contagens de bactérias psicrotróficas nas amostras de leite para os dois tipos de tanques de refrigeração variaram entre 10² e 10(7) Unidades Formadoras de Colônias (UFC) ml-1, porém, um maior número de tanques coletivos apresentou contagens acima de 1 x 10(5) UFC ml-1. Foi verificada a predominância de bactérias psicrotróficas gram-negativas (81,2%), que foram identificadas pelos sistemas API 20E e API 20NE nos gêneros: Aeromonas, Alcaligenes, Acinetobacter, Burkholderia,Chryseomonas, Enterobacter, Ewingella, Klebsiella, Hafnia, Methylobacterium, Moraxella, Pantoea, Pseudomonas, Serratia, Sphingomonas e Yersinia. As bactérias gram-positivas (18,8%) foram identificadas com API 50 CH, API Coryne e API Staph, nos gêneros: Bacillus, Brevibacterium, Cellum/Microbacterium, Kurthia e Staphylococcus. Os sistemas API utilizados não identificaram todos os isolados bacterianos. Pseudomonas foi o gênero mais isolado e P. fluorescens foi a espécie predominante. A maioria dos isolados bacterianos apresentou atividade proteolítica e/ou lipolítica a temperaturas de refrigeração de 4°C, 7°C e 10°C, evidenciando seu alto potencial de deterioração do leite e dos produtos lácteos. Os resultados ressaltam que maior atenção deve ser dada aos procedimentos que impeçam a contaminação do leite por esses microrganismos.

Contagem, isolamento e caracterização de bactérias psicrotróficas contaminantes de leite cru refrigerado

This study aimed to quantify, isolate and characterize psychrotrophic bacteria from refrigerated raw milk produced at the ‘Mata’ Region of Minas Gerais State and Southeast of Rio de Janeiro State, Brazil. Raw milk samples, were collected at the farms, from 20 collective refrigerated tanks and 23 individual refrigerated tanks. The psychrotrophic bacteria counting ranged from 10² to 10(7) Colony Forming Units (CFU) ml-1 for both types of refrigerated tanks, but most of the collective tanks showed counts higher than 1 x 10(5) CFU ml-1. Predominance of psychrotrophic gram-negative bacteria (81.2%), that were identified by API 20E and API 20NE as belonging to genera: Aeromonas, Alcaligenes, Acinetobacter, Burkholderia, Chryseomonas, Enterobacter, Ewingella, Klebsiella, Hafnia, Methylobacterium, Moraxella, Pantoea, Pseudomonas, Serratia, Sphingomonas e Yersinia were oserved. The gram-positive bacteria (18.8%), were identified by API 50 CH, API Coryne and API Staph, to genera: Bacillus, Brevibacterium, Cellum/Microbacterium, Kurthia e Staphylococcus. The API systems utilized could not identify all the bacterial isolates. Pseudomonas was the genus most isolated with P. fluorescens as the predominant species. Most of the isolates presented proteolytic and/or lipolytic activity at 4°C, 7°C and 10°C showing high potential for milk and milk products spoilage. The results indicated that more attention must be taken to the procedures necessaries to reduce milk contamination with psychrotrophic bacteria.

Com os objetivos de quantificar, isolar e caracterizar bactérias psicrotróficas contaminantes de leite cru refrigerado, produzido na região da Zona da Mata de Minas Gerais e Sudeste do Rio de Janeiro, foram analisadas amostras de leite coletadas de 20 tanques coletivos e 23 tanques individuais. As contagens de bactérias psicrotróficas nas amostras de leite para os dois tipos de tanques de refrigeração variaram entre 10² e 10(7) Unidades Formadoras de Colônias (UFC) ml-1, porém, um maior número de tanques coletivos apresentou contagens acima de 1 x 10(5) UFC ml-1. Foi verificada a predominância de bactérias psicrotróficas gram-negativas (81,2%), que foram identificadas pelos sistemas API 20E e API 20NE nos gêneros: Aeromonas, Alcaligenes, Acinetobacter, Burkholderia,Chryseomonas, Enterobacter, Ewingella, Klebsiella, Hafnia, Methylobacterium, Moraxella, Pantoea, Pseudomonas, Serratia, Sphingomonas e Yersinia. As bactérias gram-positivas (18,8%) foram identificadas com API 50 CH, API Coryne e API Staph, nos gêneros: Bacillus, Brevibacterium, Cellum/Microbacterium, Kurthia e Staphylococcus. Os sistemas API utilizados não identificaram todos os isolados bacterianos. Pseudomonas foi o gênero mais isolado e P. fluorescens foi a espécie predominante. A maioria dos isolados bacterianos apresentou atividade proteolítica e/ou lipolítica a temperaturas de refrigeração de 4°C, 7°C e 10°C, evidenciando seu alto potencial de deterioração do leite e dos produtos lácteos. Os resultados ressaltam que maior atenção deve ser dada aos procedimentos que impeçam a contaminação do leite por esses microrganismos.

Isolamento e caracterização de bactérias promotoras de crescimento em milho (Zea mays)

Estudos sobre a atividade microbiológica que ocorre na rizosfera de diversos vegetais levaram ao descobrimento de grupos de microrganismos importantes para o desenvolvimento vegetal. Dentre eles estão as rizobactérias que são capazes de colonizar as raízes, estimulando-a diretamente ou beneficiando o crescimento e o desenvolvimento de diversas plantas, essas bactérias são chamadas Rizobactérias Promotoras de Crescimento em Plantas ou RPCP. Este trabalho teve o objetivo de isolar, identificar, testar a capacidade da solubilização de fosfato, produção de ácido indol- acético (AIA) e fixação de nitrogênio de alguns isolados obtidos de quatro regiões diferentes do Brasil, assim como o efeito da inoculação destes em sementes de milho (híbrido Imapcto) testados na casa de vegetação. As metodologias utilizadas neste trabalho propiciaram a seleção de isolados que se destacaram positivamente. A análise parcial do gene 16S rRNA dos 87 isolados possibilitou a identificação dos gêneros, Bacillus, Burkholderia e Azospirillum, sendo os mais freqüentes totalizando 78% dos isolados, seguidos de Sphingomonas, Pseudomonas, Herbaspirillum, Pantoea e Bosea. Desses, 42 foram positivos no teste colorimétrico para detecção de produção do AIA e somente 24 apresentaram a capacidade de solubilização do fosfato. A partir destes resultados selecionou-se um organismo pertencente ao gênero Sphingomonas para ser testado em casa de vegetação como promotor de crescimento em conjunto com as estirpes de Azospirillum brasilense (AbV5 e AbV6). As plantas foram avaliadas quanto à altura, aos vinte e setenta dias após a germinação, e a massa seca da parte aérea e radicular foram quantificadas após setenta dias, no encerramento do experimento. Já a capacidade de redução do acetileno a etileno in vitro foi positiva somente para quatro organismos pertencentes aos gêneros Pseudomonas...

Studies on the microbial activity that occurs in the rhizosphere of different plants have led to the discovery of groups of important microorganisms to plant development. Among them are the rhizobacteria that are able to colonize the roots, stimulating it directly or benefiting the growth and development of many plants, these bacteria are called Plant Growth Promotion Rhizobacteria in plants or RPCP. This study aimed to isolate, identify, test the ability of phosphate solubilization, production of indoleacetic acid (IAA) and nitrogen fixation of some isolates from four different regions of Brazil, as well as the effect of inoculation in these maize seeds (hybrid Imapcto) tested in the greenhouse. The methods used in this study enabled the selection of isolates that stood out positively. The analysis of partial 16S rRNA gene of the 87 isolates allowed the identification of genera, Bacillus, Azospirillum and Burkholderia, with the most frequent totaling 78% of isolates, followed by Sphingomonas, Pseudomonas, Herbaspirillum, Pantoea and Bosea. Of these, 42 were positive in the colorimetric test for detection of production of the EIA and only 24 had the capacity of phosphate solubilization. From these results picked up a body belonging to the genus Sphingomonas to be tested in the greenhouse as promoter of growth together with the strains of Azospirillum brasilense (AbV5 and AbV6). The plants were then evaluated for the twenty and seventy days after germination and dry weight of shoot and root were quantified after seventy days, at the end of the experiment. The capacity of reduction of acetylene to ethylene in vitro were positive for only four bodies belonging to the genera Pseudomonas, Burkholderia, Sphingomonas and Herbaspirillum amid NFb. With these isolates tested was the ability to fix nitrogen evaluating the development of maize seedlings in a greenhouse for thirty days...

MICRORGANISMOS ISOLADOS EM SUPERFÍCIES DE MESAS DE EXAMES E PROCEDIMENTOS DESCONTAMINADAS DE HOSPITAL VETERINÁRIO, E A INATIVAÇÃO IN VITRO POR DESINFETANTES

Superfícies fixas de hospitais e clínicas veterinárias podem servir como fonte de infecção por microrganismos, muitos potencialmente patogênicos comuns entre animais e seres humanos, promovendo riscos para a saúde tanto dos pacientes quanto dos profissionais veterinários. O presente estudo teve como objetivos isolar e identificar a microbiota presente em superfícies inox de mesas de exames e procedimentos de áreas do setor de pequenos animais de um hospital veterinário de ensino, sobre as quais rotineiramente é procedida a descontaminação (desinfecção sem prévia limpeza), e verificar in vitro a capacidade de inativação microbiana dos grupos químicos desinfetantes ácido peracético, iodóforo, hipoclorito de sódio, quaternário de amônio, fenol sintético, clorhexidina e álcool. Quinze coletas, em três dias de meses diferentes, procedeu-se com swabs rolados sobre as superfícies, de onde foram isolados Staphylococcus sp. coagulase (+) e (-), Sphingomonas paucimobilis, Streptococcus sp. (não grupo D), Enterobacter sp., Acinetobacter iwoffii, Bacillus cereus, Pseudomonas sp., Micrococcus sp., Enterococcus sp., Cocobacilo não fermentador, Bacillus sp., Citrobacter sp. e Candida guilliermondii. O método da avaliação desinfetante foi o de diluição, pela técnica de suspensão microbiana, composta por três pools de bactérias (um por dia de coleta) e uma cultura de levedura, em três concent

Produção e avaliação de exopolissacarídeos sintetizados por rizóbios

Os exopolissacarídeos bacterianos (EPSs) são importantes biopolímeros utilizados industrialmente devido às suas propriedades no espessamento de soluções aquosas. Vários polissacarídeos têm sido isolados de diferentes microrganismos e nomeados, tais como: xantana (Xanthomomas campestris); gelana (Sphingomonas paucimobilis); dextrana (Leuconostoc mesenteroides); curdlana (Agrobacterium radiobacter); etc. Alguns gêneros das famílias da ordem Rhizobiales sintetizam grandes quantidades de EPSs. Este trabalho teve por objetivos utilizar quatro isolados de rizóbio (J1, J3, J5 e J6) para a avaliação e caracterização da produção de EPS, comparar a sua composição e as suas propriedades reológicas. O meio PGY foi utilizado para o cultivo das células, sendo rico em nitrogênio, e para a produção de EPS foi utilizado o meio PSY que é rico em carboidrato, contendo sacarose, como fonte de carbono e energia. Realizou-se o seqüenciamento da região do gene rRNA 16S para caracterização dos isolados. Os constituintes do EPS foram avaliados por CLAE e RMN e as propriedades físico-químicas e reológicas do material produzido foram comparadas com uma goma xantana comercial. Os isolados foram caracterizados como Rhizobium tropici (J1 e J3), Mesorhizobium sp (J5) e Rhizobium sp (J6). Quanto à produção de EPS a estirpe J5 apresentou maior produtividade e características de goma tipo gelana quando comparadas com o EPS dos outros isolados (goma tipo xantana). Por CLAE verificou-se a presença de ácido galacturônico apenas nas amostras da estirpe J5. A goma produzida pela estirpe de Rhizobium tropici J3 teve um comportamento viscoelástico e pseudoplástico melhor que a da estirpe J1 e semelhante à goma xantana podendo ser utilizada nos mais diversos segmentos industriais

The bacterial exopolysaccharides (EPSs) are important biopolymers with industrial use due to its properties able to turn aqueous solutions viscous. Several polysaccharides were isolated from different microorganisms and named as: xathan (Xanthomonas campestris), gelan (Sphingomonas paucimobilis), dextran (Leuconostoc mesenteroides), curdlana (Agrobacterium radiobacter), etc. Some genus from the Rhizobiales family are able to synthesize great quantities of EPSs. This work has as objective to use four rhizobia isolates (J1, J3, J5 and J6) to evaluate and characterize the EPSs production; to compare its composition and reologic properties. Medium PYG was used for cell cultivation, which is rich in nitrogen, and for the production of the EPSs medium PYS was used since it is rich in carbohydrates, containing sucrose as carbon source and energy. The sequencing of the 16S rRNA region was carried out to characterize the isolates. The EPSs constituents were analyzed by CLAE and RMN and their physicochemical and reological properties were compared to those of the commercial xanthan gum. The isolates were classified as Rhizobium tropici (J1 and J3), Mesorhizobium sp (J5) and Rhizobium sp (J6). As to the EPS production the strain J5 presented the highest production showing a gelan-like gum, while the gum produced by the J3 showed a viscous pseudoelastic behavior better then the one produced by strain J1 and similar to the observed for the commercial xanthan gum which can be used by several industrial segments