Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely SARS-CoV-2 is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the SARS-CoV-2 although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among SARS-CoV-2 and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that SARS-CoV-2 has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente SARS-CoV-2, foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o SARS-CoV-2, embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre SARS-CoV-2 e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que SARS-CoV-2 tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Morphological and molecular evidence of the occurrence of Artibeus amplus (Chiroptera: Phyllostomidae) in Brazil

Artibeus amplus Handley, 1987 is a little-known bat species endemic to northern South America. There are confirmed records of the species for Colombia, Venezuela, Guyana, and Suriname. In this study, we report the occurrence of A. amplus in Brazil based on the collection of two specimens captured in the municipalities of Cantá and Caracaraí in the state of Roraima. We also found a museum specimen from the state of Amazonas. The specimens were identified based on morphology and mitochondrial Cytochrome b gene analysis. After this contribution, the number of bat species in Brazil is 182. Surveys in other areas in the north of the country, such as the state of Pará, in addition to a comprehensive review of museum specimens, is needed to investigate the distribution of the species in areas where it has not been found yet.

Molecular identification of genus Pipistrellus (Mammalia: Chiroptera) from Fata region, Pakistan / Identificação molecular do gênero Pipistrellus (Mammalia: Chiroptera) da região de Fáta, Paquistão

A total of 10 specimens were captured from selected sites of Bajaur Agency FATA, Pakistan using mist nets. The captured specimens were morphologically identified and various morphometric measurements were taken. The head and Body length (HB) of Pipistrellus coromondra and Pipistrellus kuhlii lepidus (n=10) was 43±0.11 mm and 45±1.1 respectively. Morphologically identified Pipistrellus kuhlii confirmed as Pipistrellus kuhlii lepidus based on 16S rRNA sequences. The DNA sequences were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MN719478 and MT430902). The available 16S rRNA gene sequences of Pipistrellus coromondra and Pipistrellus kuhlii lepidus were retrieved from NCBI and incorporated in N-J tree analysis. Overall, the interspecific genetic variations among Pipistrellus coromondra and Pipistrellus kuhlii lepidus were 8% and 1% respectively. In our recommendation, a comprehensive molecular identification of bats is need of hour to report more cryptic and new species from Pakistan.

Um total de 10 espécimes foi capturado em locais selecionados da Bajaur Agency FATA, Paquistão, usando redes de neblina. Os espécimes capturados foram identificados morfologicamente e várias medidas morfométricas foram realizadas. O comprimento da cabeça e do corpo (HB) de Pipistrellus coromondra e Pipistrellus kuhlii lepidus (n = 10) foi de 43 ± 0,11 mm e 45 ± 1,1, respectivamente. Pipistrellus kuhlii identificado morfologicamente e confirmado como Pipistrellus kuhlii lepidus com base em sequências de rRNA 16S. As sequências de DNA foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MN 719478 e MT430902). As sequências do gene 16S rRNA disponíveis de Pipistrellus coromondra e Pipistrellus kuhlii lepidus foram recuperadas do NCBI e incorporadas na análise da árvore N-J. No geral, as variações genéticas interespecíficas entre Pipistrellus coromondra e Pipistrellus kuhlii lepidus foram de 8% e 1%, respectivamente. Em nossa recomendação, uma identificação molecular abrangente de morcegos precisa de uma hora para relatar mais espécies crípticas e novas do Paquistão.

Molecular identification of genus Pipistrellus (Mammalia: Chiroptera) from Fata region, Pakistan / Identificação molecular do gênero Pipistrellus (Mammalia: Chiroptera) da região de Fáta, Paquistão

A total of 10 specimens were captured from selected sites of Bajaur Agency FATA, Pakistan using mist nets. The captured specimens were morphologically identified and various morphometric measurements were taken. The head and Body length (HB) of Pipistrellus coromondra and Pipistrellus kuhlii lepidus (n=10) was 43±0.11 mm and 45±1.1 respectively. Morphologically identified Pipistrellus kuhlii confirmed as Pipistrellus kuhlii lepidus based on 16S rRNA sequences. The DNA sequences were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MN719478 and MT430902). The available 16S rRNA gene sequences of Pipistrellus coromondra and Pipistrellus kuhlii lepidus were retrieved from NCBI and incorporated in N-J tree analysis. Overall, the interspecific genetic variations among Pipistrellus coromondra and Pipistrellus kuhlii lepidus were 8% and 1% respectively. In our recommendation, a comprehensive molecular identification of bats is need of hour to report more cryptic and new species from Pakistan.(AU)

Um total de 10 espécimes foi capturado em locais selecionados da Bajaur Agency FATA, Paquistão, usando redes de neblina. Os espécimes capturados foram identificados morfologicamente e várias medidas morfométricas foram realizadas. O comprimento da cabeça e do corpo (HB) de Pipistrellus coromondra e Pipistrellus kuhlii lepidus (n = 10) foi de 43 ± 0,11 mm e 45 ± 1,1, respectivamente. Pipistrellus kuhlii identificado morfologicamente e confirmado como Pipistrellus kuhlii lepidus com base em sequências de rRNA 16S. As sequências de DNA foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MN 719478 e MT430902). As sequências do gene 16S rRNA disponíveis de Pipistrellus coromondra e Pipistrellus kuhlii lepidus foram recuperadas do NCBI e incorporadas na análise da árvore N-J. No geral, as variações genéticas interespecíficas entre Pipistrellus coromondra e Pipistrellus kuhlii lepidus foram de 8% e 1%, respectivamente. Em nossa recomendação, uma identificação molecular abrangente de morcegos precisa de uma hora para relatar mais espécies crípticas e novas do Paquistão.(AU)

Taxonomic re-evaluation of New World Eptesicus and Histiotus (Chiroptera: Vespertilionidae), with the description of a new genus

Eptesicus Rafinesque, 1820 is widely distributed in the Old and New World (26 species), and Histiotus Gervais, 1856 is a South American endemic (11 species). Molecular phylogenies have recovered Eptesicus (sensu lato) as polyphyletic, with New World Eptesicus and the sister genus Histiotus in a paraphyletic American clade sister to Old World Eptesicus. Based on these phylogenetic reconstructions, authors have treated Histiotus as either a subgenus of Eptesicus or restricted Eptesicus to the New World species, treating Histiotus as a full genus, and using the name Cnephaeus Kaup, 1829 at the generic rank to comprise Old World Eptesicus. Based on recently published molecular studies, and on novel qualitative and quantitative morphological comparisons of representatives of Histiotus and New and Old World Eptesicus, we provide evidence for restricting the name Eptesicus to the species E. fuscus (Palisot de Beauvois, 1796) and E. guadeloupensis Genoways & Baker, 1975, allocating the remaining New World species under a new genus, keeping Histiotus as a full genus, and raising Cnephaeus to generic rank to comprise all Old World taxa currently under Eptesicus. This arrangement resolves the paraphyly of New World Eptesicus, and promotes taxonomic stability for Histiotus, which is a well-established genus of easily recognizable Neotropical bats and treated separate from Eptesicus by most authorities.

Did Azara discover Myotis simus or Myotis midastacus (Mammalia: Chiroptera: Vespertilionidae) at least a century before their formal description?

The true identity of the "Chauve-Souris Onzieme ou Chauve-Souris Cannelle" of Azara (1801) and the "LXXXII Murcielago Acanelado" of Azara (1802) has never been clarified. Though it has historically been associated with the Red Myotis, Myotis ruber (É. Geoffroy St.-Hilaire, 1806), there are clear inconsistencies with that species. Unusual features of the description such as the position of the attachment of the wing membrane to the limbs confirm that the species described by Azara belongs to the Myotis simus Thomas, 1901 group. Two members of that group occur in Paraguay, from where Azara described his specimen: Myotis cf. simus and the recently described Myotis midastacus Moratelli & Wilson, 2014. Measurements and collection locality slightly favour its identity as the former, but it is not possible to conclusively state which of these species Azara had in his possession.(AU)

Diversity of fungi obtained from bats captured in urban forest fragments in Sinop, Mato Grosso, Brazil / Diversidade de fungos em morcegos de fragmentos florestais urbanos de Sinop, Mato Grosso, Brasil

Bats are important for the homeostasis of ecosystems and serve as hosts of various microorganisms including bacteria, viruses, and fungi with pathogenic potential. This study aimed to isolate fungi from biological samples obtained from bats captured in the city of Sinop (state of Mato Grosso, Brazil), where large areas of deforestation exist due to urbanization and agriculture. On the basis of the flow of people and domestic animals, 48 bats were captured in eleven urban forest fragments. The samples were processed and submitted to microbiological cultures, to isolate and to identify the fungal genera. Thirty-four (70.83%) of the captured bats were positive for fungi; 18 (37.5%) and 16 (33.33%) of these bats were female and male, respectively. Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp., and Candida sp., which may cause opportunistic infections, were isolated. The bat species with the highest number of fungal isolates was Molossus molossus: 21 isolates (43.8%). According to our results, bats captured in urban forest fragments in Sinop harbor pathogenic fungi, increasing the risk of opportunistic fungal infections in humans and domestic animals.

Os morcegos apresentam grande importância na homeostasia dos ecossistemas e são hospedeiros de uma rica diversidade de micro-organismos como bactérias, vírus e fungos com potencial patogênico. Portanto, este estudo visou isolar fungos presentes em amostras biológicas de morcegos na cidade de Sinop - MT, que possui grandes áreas de desmatamento devido à urbanização e agricultura. Foram capturados 48 morcegos de diferentes espécies, em onze fragmentos florestais urbanos definidos de acordo com fluxo de pessoas e animais domésticos, para obtenção de amostras biológicas. Essas amostras foram processadas e submetidas aos cultivos microbiológicos, para isolamento e identificação dos gêneros dos fungos. Dos 48 morcegos, 34 (70,83%) foram positivos para pelos menos um gênero de fungo, sendo 18 (37,5%) fêmeas e 16 (33,33%) machos, e os gêneros isolados a partir das amostras biológicas foram Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp. e Candida sp., que podem ser causadores de infecções oportunistas. Desse total, a espécie que apresentou maior positividade para pelo menos um gênero de fungo foi Molossus molossus com 21 (43,8%). Nossos resultados demonstram que os morcegos capturados nos fragmentos florestais urbanos na cidade de Sinop - MT, podem atuar como agentes veiculadores de fungos com potencial patogênico, aumentando assim o risco de exposição e aquisição de infecções fúngicas oportunistas por pessoas e animais domésticos.

Diversity of fungi obtained from bats captured in urban forest fragments in Sinop, Mato Grosso, Brazil / Diversidade de fungos em morcegos de fragmentos florestais urbanos de Sinop, Mato Grosso, Brasil

Bats are important for the homeostasis of ecosystems and serve as hosts of various microorganisms including bacteria, viruses, and fungi with pathogenic potential. This study aimed to isolate fungi from biological samples obtained from bats captured in the city of Sinop (state of Mato Grosso, Brazil), where large areas of deforestation exist due to urbanization and agriculture. On the basis of the flow of people and domestic animals, 48 bats were captured in eleven urban forest fragments. The samples were processed and submitted to microbiological cultures, to isolate and to identify the fungal genera. Thirty-four (70.83%) of the captured bats were positive for fungi; 18 (37.5%) and 16 (33.33%) of these bats were female and male, respectively. Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp., and Candida sp., which may cause opportunistic infections, were isolated. The bat species with the highest number of fungal isolates was Molossus molossus: 21 isolates (43.8%). According to our results, bats captured in urban forest fragments in Sinop harbor pathogenic fungi, increasing the risk of opportunistic fungal infections in humans and domestic animals.(AU)

Os morcegos apresentam grande importância na homeostasia dos ecossistemas e são hospedeiros de uma rica diversidade de micro-organismos como bactérias, vírus e fungos com potencial patogênico. Portanto, este estudo visou isolar fungos presentes em amostras biológicas de morcegos na cidade de Sinop - MT, que possui grandes áreas de desmatamento devido à urbanização e agricultura. Foram capturados 48 morcegos de diferentes espécies, em onze fragmentos florestais urbanos definidos de acordo com fluxo de pessoas e animais domésticos, para obtenção de amostras biológicas. Essas amostras foram processadas e submetidas aos cultivos microbiológicos, para isolamento e identificação dos gêneros dos fungos. Dos 48 morcegos, 34 (70,83%) foram positivos para pelos menos um gênero de fungo, sendo 18 (37,5%) fêmeas e 16 (33,33%) machos, e os gêneros isolados a partir das amostras biológicas foram Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp. e Candida sp., que podem ser causadores de infecções oportunistas. Desse total, a espécie que apresentou maior positividade para pelo menos um gênero de fungo foi Molossus molossus com 21 (43,8%). Nossos resultados demonstram que os morcegos capturados nos fragmentos florestais urbanos na cidade de Sinop - MT, podem atuar como agentes veiculadores de fungos com potencial patogênico, aumentando assim o risco de exposição e aquisição de infecções fúngicas oportunistas por pessoas e animais domésticos.(AU)

Streblid flies parasitizing cave bats in Carajás, Amazonia, with a new record for Brazil / Moscas estréblidas parasitando morcegos cavernícolas em Carajás, Amazônia, com um novo registro para o Brasil

Streblid flies (Diptera: Streblidae) are hematophagous and highly specialized parasitic insects, found only on bats (Chiroptera). Caves are important roosts for bats but, despite harboring high bat richness, relatively few studies exist on the ecology and biology of streblid flies in cave environments, especially in Amazonia, the largest domain in northern Brazil, with >140 bat species and thousands of caves. To fill some of the gaps in the geographical distribution and interspecific relationships for streblid flies in the region, we sampled bats in six caves in Carajás National Forest, a protected area in Pará state (Brazil). Thirteen of the 14 streblid species found are new records for Carajás, with three new records for Pará state and two for the northern region of Brazil. Nycterophilia fairchildi was recorded for the first time in Brazil. Most streblids had host-specific behavior, however, N. fairchildi, Trichobius caecus, and T. johnsonae were less host-specific, parasitizing different Pteronotus bat species. The gregarious behavior of Pteronotus species and the spatial distribution of their colonies within the caves may be important factors in the flies' exchange among congener hosts and deserve special attention in future studies. Furthermore, studies on ecological interaction networks between bats and their ectoparasitic flies in caves will be useful for a broader understanding of how this relationship is structured over time and space, as well as its impact on both bats and flies.(AU)

Moscas estréblidas (Diptera: Streblidae) são insetos hematófagos e parasitas encontrados apenas sobre morcegos (Chiroptera). As cavernas são abrigos importantes para morcegos, mas, apesar de abrigarem alta riqueza desses mamíferos, são relativamente poucos os estudos focados na ecologia e biologia de moscas estréblidas em ambientes cavernícolas, especialmente na Amazônia, o maior domínio no norte do Brasil, com >140 espécies de morcegos e milhares de cavernas. Para preencher algumas das lacunas na distribuição geográfica e nas relações interespecíficas de moscas estréblidas na região, amostramos morcegos cavernícolas em seis cavernas na Floresta Nacional de Carajás, uma área protegida no estado do Pará. Treze das 14 espécies de moscas estréblidas encontradas são novos registros para Carajás, com três novos registros para o Pará e dois para a região norte do Brasil. Nycterophilia fairchildi foi registrada pela primeira vez no Brasil. A maioria das espécies de moscas foi hospedeiro-específica; entretanto, N. fairchildi, Trichobius caecus e T. johnsonae foram menos específicas, parasitando diferentes espécies de morcegos do gênero Pteronotus. O comportamento gregário das espécies de Pteronotus e a distribuição espacial de suas colônias dentro das cavernas podem ser fatores importantes na troca de moscas entre hospedeiros congêneres e merecem atenção especial em estudos futuros. Adicionalmente, estudos sobre redes de interação ecológica entre morcegos e suas moscas ectoparasitas em cavernas serão úteis para uma compreensão mais ampla de como essa relação se estrutura no tempo e no espaço, bem como sobre o seu impacto, tanto sobre os morcegos como sobre as moscas.(AU)

Molecular identification of genus Pipistrellus (Mammalia: Chiroptera) from Fata region, Pakistan / Identificação molecular do gênero Pipistrellus (Mammalia: Chiroptera) da região de Fáta, Paquistão

Abstract A total of 10 specimens were captured from selected sites of Bajaur Agency FATA, Pakistan using mist nets. The captured specimens were morphologically identified and various morphometric measurements were taken. The head and Body length (HB) of Pipistrellus coromondra and Pipistrellus kuhlii lepidus (n=10) was 43±0.11 mm and 45±1.1 respectively. Morphologically identified Pipistrellus kuhlii confirmed as Pipistrellus kuhlii lepidus based on 16S rRNA sequences. The DNA sequences were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MN 719478 and MT430902). The available 16S rRNA gene sequences of Pipistrellus coromondra and Pipistrellus kuhlii lepidus were retrieved from NCBI and incorporated in N-J tree analysis. Overall, the interspecific genetic variations among Pipistrellus coromondra and Pipistrellus kuhlii lepidus were 8% and 1% respectively. In our recommendation, a comprehensive molecular identification of bats is need of hour to report more cryptic and new species from Pakistan.

Resumo Um total de 10 espécimes foi capturado em locais selecionados da Bajaur Agency FATA, Paquistão, usando redes de neblina. Os espécimes capturados foram identificados morfologicamente e várias medidas morfométricas foram realizadas. O comprimento da cabeça e do corpo (HB) de Pipistrellus coromondra e Pipistrellus kuhlii lepidus (n = 10) foi de 43 ± 0,11 mm e 45 ± 1,1, respectivamente. Pipistrellus kuhlii identificado morfologicamente e confirmado como Pipistrellus kuhlii lepidus com base em sequências de rRNA 16S. As sequências de DNA foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MN 719478 e MT430902). As sequências do gene 16S rRNA disponíveis de Pipistrellus coromondra e Pipistrellus kuhlii lepidus foram recuperadas do NCBI e incorporadas na análise da árvore N-J. No geral, as variações genéticas interespecíficas entre Pipistrellus coromondra e Pipistrellus kuhlii lepidus foram de 8% e 1%, respectivamente. Em nossa recomendação, uma identificação molecular abrangente de morcegos precisa de uma hora para relatar mais espécies crípticas e novas do Paquistão.

Current understanding of an Emerging Coronavirus usingin silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus usingin silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.(AU)

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.(AU)

Morphometric analysis and roosting ecology of bat species Pteropus Medius in Mansehra, Khyber Pakhtunkhwa, Pakistan / Análise morfométrica e ecologia de poleiro de espécies de morcegos Pteropus Medius em Mansehra, Khyber Pakhtunkhwa, Paquistão

Morphometric measurement and roosting ecology of Pteropus medius were aimed to find out in Mansehra district of KP, Pakistan. Total 3149 numbers of bats were found in eight biological spots visited; Baffa Doraha, Darband, Dadar, Jallu, Hazara University, Garhi Habibullah Chattar Plain and Jabori, in total 299 numbers of different species of trees including; Morus alba, Pinus raxburghi, Eucalyptus camaldulensis, Morus nigra, Grevillea robusta, Brousonetia papyrifera,Platanus orientalis, Ailanthus altissima, Hevea brasiliensis and Populus nigra. Morphometric features were measured and found vary according to sex of the bats. The average wing span, wing`s length from tip of wing to neck, from thumb to tip of wing and the body`s length from head and claws were recorded to be 102.98 cm, 49.07cm, 28.7 cm and 22.78 cm respectively in males while 93.67 cm, 44.83cm, 24.78cm and 22.78 cm respectively in female bats. Mean circumference of the body including wings and without wing were measured as 22.78 cm and 17.29 cm in males and that of female were 20.07 cm and 16.9 cm. Average length of thumb 3.64 cm, ear`s length 3.1 cm, snout 5.62cm, eye length were 1.07 cm for both sexes and length between the feet in extended position were16.3 cm. Generally different measurement of males bodies were found to be greater than female such as mean body surface area, mass, volume and pressure were found to be 2691.79 cm2, 855.7gm,1236.4 ml and 295.77 dyne/ c m 3for male and 2576.46 cm2, 852.71gm,1207 ml and 290.2 dyne/ c m 3 respectively for female. While weight and density for both males and females bats were same with mean of 8.59 newton and 0.701 g/m3. Findings of current reports can add valued information in literature about bats, which can be used for species identification and conservation.

A medição morfométrica e a ecologia de poleiro de Pteropus medius foram realizadas no distrito de Mansehra de KP, Paquistão. Foram encontrados 3.149 morcegos em 8 pontos biológicos visitados; Baffa Doraha, Darband, Dadar, Jallu, Universidade Hazara, Garhi Habibullah Chattar Plain e Jabori, no total 299 números de diferentes espécies de árvores, incluindo: Morus alba, Pinus raxburghi, Eucalyptus camaldulensis, Morus nigra, Grevillea robusta, Brousonetia papyrifera, Platanus orientalis, Ailanthus altissima, Hevea brasiliensis e Populus nigra. As características morfométricas foram medidas e variam de acordo com o sexo dos morcegos. A envergadura média da asa, o comprimento da asa da ponta da asa ao pescoço, do polegar à ponta da asa e o comprimento do corpo da cabeça e garras foram registrados em 102,98 cm, 49,07 cm, 28,7 cm e 22,78 cm, respectivamente, nos machos. Enquanto 93,67 cm, 44,83 cm, 24,78 cm e 22,78 cm respectivamente, nas fêmeas. As circunferências médias do corpo incluindo asas e sem asas foram medidas de 22,78 cm e 17,29 cm nos machos e as das fêmeas foram 20,07 cm e 16,9 cm. O comprimento médio do polegar 3,64 cm, comprimento da orelha 3,1 cm, focinho 5,62 cm, comprimento dos olhos 1,07 cm para ambos os sexos e comprimento entre os pés em posição estendida foi de 16,3 cm. Geralmente, as medidas diferentes dos corpos masculinos foram maiores que as femininas, como a área de superfície corporal média, massa, volume e pressão foram encontrados em 2691,79 cm2, 855,7 gm,1236,4 ml e 295,77 dines para masculino e 2576,46 cm2, 852,71 gm, 1207 ml e 290,2 dines respectivamente para fêmeas. Enquanto o peso e a densidade para machos e fêmeas de morcegos foram os mesmos com média de 8,59 N e 0,701 g/m3. Os achados de relatórios atuais podem agregar informações valiosas na literatura sobre morcegos, que podem ser utilizadas para identificação e conservação de espécies.

Diversity of fungi obtained from bats captured in urban forest fragments in Sinop, Mato Grosso, Brazil / Diversidade de fungos em morcegos de fragmentos florestais urbanos de Sinop, Mato Grosso, Brasil

Abstract Bats are important for the homeostasis of ecosystems and serve as hosts of various microorganisms including bacteria, viruses, and fungi with pathogenic potential. This study aimed to isolate fungi from biological samples obtained from bats captured in the city of Sinop (state of Mato Grosso, Brazil), where large areas of deforestation exist due to urbanization and agriculture. On the basis of the flow of people and domestic animals, 48 bats were captured in eleven urban forest fragments. The samples were processed and submitted to microbiological cultures, to isolate and to identify the fungal genera. Thirty-four (70.83%) of the captured bats were positive for fungi; 18 (37.5%) and 16 (33.33%) of these bats were female and male, respectively. Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp., and Candida sp., which may cause opportunistic infections, were isolated. The bat species with the highest number of fungal isolates was Molossus molossus: 21 isolates (43.8%). According to our results, bats captured in urban forest fragments in Sinop harbor pathogenic fungi, increasing the risk of opportunistic fungal infections in humans and domestic animals.

Resumo Os morcegos apresentam grande importância na homeostasia dos ecossistemas e são hospedeiros de uma rica diversidade de micro-organismos como bactérias, vírus e fungos com potencial patogênico. Portanto, este estudo visou isolar fungos presentes em amostras biológicas de morcegos na cidade de Sinop - MT, que possui grandes áreas de desmatamento devido à urbanização e agricultura. Foram capturados 48 morcegos de diferentes espécies, em onze fragmentos florestais urbanos definidos de acordo com fluxo de pessoas e animais domésticos, para obtenção de amostras biológicas. Essas amostras foram processadas e submetidas aos cultivos microbiológicos, para isolamento e identificação dos gêneros dos fungos. Dos 48 morcegos, 34 (70,83%) foram positivos para pelos menos um gênero de fungo, sendo 18 (37,5%) fêmeas e 16 (33,33%) machos, e os gêneros isolados a partir das amostras biológicas foram Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp. e Candida sp., que podem ser causadores de infecções oportunistas. Desse total, a espécie que apresentou maior positividade para pelo menos um gênero de fungo foi Molossus molossus com 21 (43,8%). Nossos resultados demonstram que os morcegos capturados nos fragmentos florestais urbanos na cidade de Sinop - MT, podem atuar como agentes veiculadores de fungos com potencial patogênico, aumentando assim o risco de exposição e aquisição de infecções fúngicas oportunistas por pessoas e animais domésticos.

Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Diversity of fungi obtained from bats captured in urban forest fragments in Sinop, Mato Grosso, Brazil

Abstract Bats are important for the homeostasis of ecosystems and serve as hosts of various microorganisms including bacteria, viruses, and fungi with pathogenic potential. This study aimed to isolate fungi from biological samples obtained from bats captured in the city of Sinop (state of Mato Grosso, Brazil), where large areas of deforestation exist due to urbanization and agriculture. On the basis of the flow of people and domestic animals, 48 bats were captured in eleven urban forest fragments. The samples were processed and submitted to microbiological cultures, to isolate and to identify the fungal genera. Thirty-four (70.83%) of the captured bats were positive for fungi; 18 (37.5%) and 16 (33.33%) of these bats were female and male, respectively. Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp., and Candida sp., which may cause opportunistic infections, were isolated. The bat species with the highest number of fungal isolates was Molossus molossus: 21 isolates (43.8%). According to our results, bats captured in urban forest fragments in Sinop harbor pathogenic fungi, increasing the risk of opportunistic fungal infections in humans and domestic animals.

Resumo Os morcegos apresentam grande importância na homeostasia dos ecossistemas e são hospedeiros de uma rica diversidade de micro-organismos como bactérias, vírus e fungos com potencial patogênico. Portanto, este estudo visou isolar fungos presentes em amostras biológicas de morcegos na cidade de Sinop - MT, que possui grandes áreas de desmatamento devido à urbanização e agricultura. Foram capturados 48 morcegos de diferentes espécies, em onze fragmentos florestais urbanos definidos de acordo com fluxo de pessoas e animais domésticos, para obtenção de amostras biológicas. Essas amostras foram processadas e submetidas aos cultivos microbiológicos, para isolamento e identificação dos gêneros dos fungos. Dos 48 morcegos, 34 (70,83%) foram positivos para pelos menos um gênero de fungo, sendo 18 (37,5%) fêmeas e 16 (33,33%) machos, e os gêneros isolados a partir das amostras biológicas foram Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp. e Candida sp., que podem ser causadores de infecções oportunistas. Desse total, a espécie que apresentou maior positividade para pelo menos um gênero de fungo foi Molossus molossus com 21 (43,8%). Nossos resultados demonstram que os morcegos capturados nos fragmentos florestais urbanos na cidade de Sinop - MT, podem atuar como agentes veiculadores de fungos com potencial patogênico, aumentando assim o risco de exposição e aquisição de infecções fúngicas oportunistas por pessoas e animais domésticos.

Seasonality effect on the physiological and productive responses of crossbred dairy cows to the equatorial Amazon climate / Efeito da sazonalidade sobre as respostas fisiológicas e produtivas de vacas leiteiras mestiças ao clima amazônico equatorial

The objective of this study was to evaluate the seasonal effect of months of the year upon the physiological and productive responses of crossbred dairy cows raised in an Amazonian climate. Twenty lactating cows were evaluated, fed on Brachiaria decumbens pasture, with free access to water and mineral supplementation. Data from climate variables air temperature (AT), relative humidity (RH), rainfall (RA) and temperature and humidity index (THI) were recorded dur ing the months of January to April 2019. The physiological data collected were: respiratory rate (RR, mov/min), heart rate (HR, beats/min), rectal temperature (RT, ºC), udder surface temperature (UST, ºC), body surface temperature (BST, ºC), dorsum surface temperature (DST, ºC), front surface temperature (FST, ºC) and rear shin temperature (RST). Milk production (MP) was also measured. There was a significant difference (P<0.05) of RST and RR with values ranging from 34.8 to 35.5°C and 32.0 to 36.2 mov/min, respectively. There were no significant difference (P>0.05) for BST, and the values for MP and THI were 3.8; 3.8; 4.6; 4.1 kg and 77.7; 79.7; 80.6; 80.1, respectively. It was concluded that there was a seasonal effect of the months of the year evaluated on the respiratory rate of animals, however, it did not change the MP and the THI. The Amazon environment is conducive to causing thermal stress in lactating cows raised on pasture, requiring the use of shading to facilitate the ability of these animals to dissipate heat.(AU)

O objetivo desse estudo foi avaliar os efeitos sazonais dos meses do ano sobre as respostas fisiológicas e produtivas de vacas leiteiras mestiças criadas em clima amazônico. Foram avaliadas 20 vacas lactantes, alimentadas com pasto de Brachiaria decumbens, com acesso livre a água e suplementação mineral. Foram registrados dados das variáveis climáticas temperatura do ar (TA), umidade relativa do ar (UR), precipitação pluviométrica (PP) e índice de temperatura e Umidade (ITU) durante os meses de janeiro a abril de 2019. Os dados fisiológicos coletados foram: frequência respiratória (FR, mov/min), frequência cardíaca (FC, bat./min), temperatura retal (TR, ºC), temperatura superficial do úbere (TSU, ºC), temperatura superfície corporal (TSC, ºC), temperatura superficial do dorso (TSD, ºC), temperatura superficial da fronte (TSF, ºC) e temperatura superficial da canela (TSCA, °C). Também foi mensurada a produção de leite (PL, kg). Houve diferença significativa (P<0,05) da TSCA e FR com valores variando de 34,8 a 35,5°C e 32,0 a 36,2 mov/min, respectivamente. Não houve diferença significativa (P>0,05) para TSC e os valores observados para PL e ITU foram 3,8; 3,8; 4,6; 4,1 kg e 77,7; 79,7; 80,6; 80,1, respectivamente. Houve efeito sazonal dos meses avaliados sobre a taxa respiratória dos animais, no entanto, isso não alterou a PL nem o ITU. O ambiente amazônico é propício a causar estresse térmico em vacas lactantes mantidas a pasto, sendo necessário o uso de sombreamento para facilitar a capacidade de dissipação de calor corporal desses animais.(AU)

Trypanosoma evansi in horses from Colombia - associated infection factors

Background: Trypanosoma evansi is the most common protozoan in tropical and subtropical regions of the world, due to its ability to maintain and be transmitted by vectors such as Stomoxys spp. and Tabanus spp. This protozoan causes high morbidity and mortality rates in horses in African, American and Asian countries. In the years 2021 and 2022, a high mortality rate was reported among horses with symptoms associated with Trypanosoma spp. in the municipality of Arauca, department of Arauca, Colombia. The investigation described here was therefore carried out, seeking to identify the pathogens and risk factors that led to the death of the horses in this region of Colombia. Cases: Blood samples were collected from Colombian criollo horses and dogs, as were samples of ticks, flies and horseflies that infested the horses. A variety of tissue samples were removed from the horses a few min after their death for histopathological analysis. Two questionnaires were applied to obtain information about the horses and the environment in which they live. The results of the clinical examination revealed pale mucous membranes, jaundice, high fever, dehydration and lethargy. The horses were also infested with Amblyomma mixtum (17.6%) and Dermacentor nitens (82.4%) ticks, and with Tabanus pungens (74%), Tabanus spp. (26%), and Stomoxys calcitrans flies (100%), while the dogs were infested with Rhipicephalus sanguineus s.l. (77.7%) and Amblyomma mixtum (22.2%) ticks. The blood smear test results revealed the presence of Trypanosoma spp. in 66.6% (n = 4) of the horse blood samples, and in 50% (n = 1) of the dog blood samples. PCR performed to identify the Trypanosoma species confirmed the presence of T. evansi. Histological examination of the spleen revealed the involvement and dissemination of T. evansi in the tissues. The horses also showed the presence of Equine Infectious Anemia Virus (EIAV). Discussion: This is the first updated specific report of T. evansi in criollo horses in the savannah flood zone of the municipality of Arauca, Colombia. The main risk associated with T. evansi infection in horses was found to be infestation with the natural vector T. pungens and the mechanical vector S. calcitrans, which are efficient ectoparasites for the transmission of this parasite. The presence of T. evansi in dogs represents a constant risk to horses, because dogs may serve as a reservoir for the maintenance of the hemoparasite in the population under study. Another risk factor for horses could be the presence of vampire bats (Desmodus rotundus), a species of bat that has been described as a vector and reservoir of T. evansi in Colombia. The presence of EIAV antibodies in the horses under study can be attributed to the exposure of sick horses to vectors of this virus, such as Tabanus spp., S. calcitrans and inanimate needle-shaped fomites. This is the first study that identifies the coinfection of T. evansi and EIAV in horses in the floodplain region of Colombia. In view of the importance of these 2 pathologies to the health of horses, a greater number of tests and a larger animal population will be required to determine if this coinfection is the cause of the death of criollo horses in this region of Colombia. Lastly, the owners reported that pharmacological control with trypanocides has not been successful in most of the outbreaks that occurred during the years 2021 and 2022. This may suggest that Trypanosoma evansi is developing resistance to these drugs; therefore, specific studies will be required in the future to test this hypothesis.

Bat fly (Diptera: Streblidae) and common vampire bat (Chiroptera: Phyllostomidae) association in Honduras: prevalence, mean intensity, infracommunities and influence of the biological characteristics of the host

ABSTRACT Bat species present a series of attributes that makes them prone to being parasitized. Bat flies (Streblidae) are hematophagous ectoparasites exclusive to bats. Our study aimed to investigate the association of bat flies with the Common vampire bat, Desmodus rotundus (É. Geoffroy, 1810), in Honduras. We analyzed the effect of sex and age of the host on parasitism. Eight localities belonging to six departments were sampled in an altitudinal range between 50 and 995 m. Field data were obtained between May 2018 to November 2019 and 80 individuals were captured, from which 395 bat flies were extracted. Four species of bat flies were registered: Strebla wiedemanni Kolenati, 1856, Trichobius parasiticus Gervais, 1844, T. joblingi Wenzel, 1966 and T. caecus Edwards, 1948. Trichobius parasiticus presented the highest prevalence and mean intensity, followed by S. wiedemanni. Trichobius joblingi and T. caecus are new records of parasitism on D. rotundus for Honduras, although we consider as an accidental association. We recorded six types of infracommunities that parasitized 85% of the hosts. The prevalence and mean intensity was not affected by age and sex of the host for any bat fly species.

One size doesn't fit all: Singularities in bat species richness and activity patterns in wind-energy complexes in Brazil and implications for environmental assessment

Wind energy is an important electricity source. Even though it is cleaner than other energy sources in terms of greenhouse gas emissions, gathering energy from the wind has impact on organisms that fly, including bats. Understanding whether and how bat activity patterns are affected by environmental variables may be useful when trying to mitigate these impacts, for example bat mortality from collisions with wind turbines. Northeastern Brazil concentrates one of the world's largest wind potentials and has thousands of wind turbines in operation. In spite of this scenario, there is a lack of basic information, such as the presence of bat species and their activity patterns in those wind farms. We used passive acoustic monitoring to assess species richness and species composition and obtain data on activity patterns of insectivorous bats in four wind farm complexes in northeastern Brazil. We also investigated the possible correlation between environmental variables (wind speed and direction, air temperature and humidity, and percentage of moon illumination) and bat activity. The acoustic monitoring carried out for 30 nights produced approximately 120,000 bat passes of 29 sonotypes and four families. Environmental variables may influence bat activity, but in a site-specific way, i.e., although the environmental conditions of wind-energy complexes were similar, there was not an activity pattern common to all. Considering such specificities, we strongly recommend long-term specific on-site monitoring in each wind complex, avoiding generalizations for the environmental licensing of wind energy in Brazil.(AU)