Chemical composition, in vitro larvicidal and antileishmanial activities of the essential oil from Citrus reticulata Blanco fruit peel

Abstract Numerous studies have investigated the chemical composition and biological activities of essential oils from different Citrus species fruit peel, leaves and flowers. This paper aims to investigate the chemical composition, larvicidal and antileishmanial activities of essential oil from Citrus reticulata fruit peel (CR-EO). CR-EO was obtained by hydrodistillation in a Clevenger-type apparatus and its chemical composition was analyzed by GC-MS and GC-FID. Limonene (85.7%), -terpinene (6.7%) and myrcene (2.1%) were identified as its major components. CR-EO showed high activity against promastigote forms of Leishmania amazonensis (IC50 = 8.23 µg/mL). CR-EO also exhibited high larvicidal activity against third instar Aedes aegypti larvae at a lethal concentration (LC50 = 58.35 µg/mL) and 100% mortality at 150 µg/mL. This study suggests, for the first time, the potential use of CR-EO against this important mosquito-borne viral disease caused by the genus Aedes.

Resumo Numerosos estudos têm investigado a composição química e as atividades biológicas de óleos essenciais extraídos de cascas dos frutos, folhas e flores de diferentes espécies de Citrus. Este trabalho tem como objetivo investigar a composição química e as atividades larvicida e leishmanicida in vitro do óleo essencial das cascas dos frutos de Citrus reticulata (CR-EO). CR-EO foi obtido pela técnica de extração em aparelho Clevenger e sua composição química foi determinada por CG-EM e CG-DIC. Limoneno (85,7%), -terpineno (6,7%) and mirceno (2,1%) foram identificados como os constituintes majoritários. CR-EO mostrou alta atividade contra as formas promastigota de Leishmania amazonensis (CI50 = 8,23 µg/mL). CR-EO também exibiu alta atividade larvicida contra as larvas do terceiro estágio do Aedes aegypti com concentração letal (CL50 = 58,35 µg/mL) e mortalidade de 100% em 150 µg/mL. Este estudo sugere, pela primeira vez, o uso potencial de CR-EO contra esta importante doença viral transmitida por mosquitos do gênero Aedes.

Extraction of chitin from edible crab shells of Callinectes sapidus and comparison with market purchased chitin

Abstract Chitin and its derived products have immense economic value due to their vital role in various biological activities as well as biomedical and industrial application. Insects, microorganism and crustaceans are the main supply of chitin but the crustaceans shell like shrimp, krill, lobsters and crabs are the main commercial sources. Chitin content of an individual varies depending on the structures possessing the polymer and the species. In this study edible crabs shells (Callinectes sapidus) were demineralized and deproteinized resulting in 13.8% (dry weight) chitin recovery from chitin wastes. FTIR and XRD analyses of the experimental crude as well as purified chitins revealed that both were much comparable to the commercially purchased controls. The acid pretreatment ceded 54g of colloidal chitin that resulted in 1080% of the crude chitin. The colloidal chitin was exploited for isolation of eighty five chitinolytic bacterial isolates from different sources. Zone of clearance was displayed by the thirty five isolates (41.17%) succeeding their growth at pH 7 on colloidal chitin agar medium. Maximum chitinolytic activity i.e. 301.55 U/ml was exhibited by isolate JF70 when cultivated in extracted chitin containing both carbon and nitrogen. The study showed wastes of blue crabs can be utilized for extraction of chitin and isolation of chitinolytic bacteria that can be used to degrade chitin waste, resolve environmental pollution as well as industrial purpose.

Resumo A quitina e seus produtos derivados têm imenso valor econômico devido ao seu papel vital em várias atividades biológicas, bem como em aplicações biomédicas e industriais. Insetos, microrganismos e crustáceos são o principal suprimento de quitina, mas a casca dos crustáceos como camarão, krill, lagosta e caranguejo são as principais fontes comerciais. O conteúdo de quitina de um indivíduo varia dependendo das estruturas que possuem o polímero e da espécie. Neste estudo, as cascas de caranguejos comestíveis (Callinectes sapidus) foram desmineralizadas e desproteinizadas, resultando em 13,8% (peso seco) de recuperação de quitina a partir de resíduos de quitina. As análises de FTIR e XRD do bruto experimental, bem como das quitinas purificadas, revelaram que ambas eram muito comparáveis aos controles adquiridos comercialmente. O pré-tratamento com ácido cedeu 54 g de quitina coloidal que resultou em 1.080% da quitina bruta. A quitina coloidal foi analisada para isolamento de 85 isolados bacterianos quitinolíticos de diferentes fontes. A zona de eliminação foi exibida pelos 35 isolados (41,17%) que sucederam seu crescimento a pH 7 em meio de ágar de quitina coloidal. A atividade quitinolítica máxima, ou seja, 301,55 U / ml, foi exibida pelo isolado JF70 quando cultivado em quitina extraída contendo carbono e nitrogênio. O estudo mostrou que resíduos de caranguejos azuis podem ser utilizados para extração de quitina e isolamento de bactérias quitinolíticas que podem ser usadas para degradar resíduos de quitina, resolver a poluição ambiental e também para fins industriais.

Aeromonas from farmed tambaqui from North Brazil: molecular identification and pathogenic potential / Aeromonas de tambaqui de cultivo do norte do Brasil: identificação molecular e potencial patogênico

ABSTRACT: The aim of this study was to molecularly identify different species of Aeromonas isolated from farmed tambaqui (Colossoma macropomum) from North Brazil, and evaluate their pathogenic potential by the presence of virulence genes. From the extraction of bacterial DNA, PCR (polymerase chain reaction) of the primers 16S rDNA, aerA (cytolytic enterotoxin), ast (cytotoxic enterotoxin) and act (cytotoxic enterotoxin) were performed. Of 24 isolates evaluated, eight amplified the ast gene, one amplified the act gene, but the areA gene was not amplified in any isolate. Sequencing of the 16S rRNA primer revealed a predominance of Aeromonas jandaei specie (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), for the first time isolated from fish in Brazil, and Aeromonas hydrophila (4%) each appeared as just one isolate. Results showed that 32% of Aeromonas isolated from farmed tambaqui have considerable pathogenic potential for systemic damage, since the selected PCR primers are encoding the most common virulence genes in Aeromonas with high pathogenic intensity.

RESUMO: O objetivo deste estudo foi identificar molecularmente diferentes espécies de Aeromonas isoladas de tambaqui (Colossoma macropomum) de cultivo do norte do Brasil e avaliar seu potencial patogênico pela presença de genes de virulência. A partir da extração do DNA bacteriano, foi realizada a PCR (reação em cadeia da polimerase) dos primers 16S rDNA, aerA (enterotoxina citolítica), ast (enterotoxina citotóxica) e act (enterotoxina citotóxica). Dos 24 isolados avaliados, oito amplificaram o gene ast, um amplificou o gene act, mas o gene areA não foi amplificado em nenhum isolado. O sequenciamento do primer 16S rRNA revelou uma predominância da espécie Aeromonas jandaei (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), pela primeira vez isolada em peixes no Brasil, e Aeromonas hydrophila (4%) apareceram cada uma como apenas um isolado. Os resultados mostram que 32% das Aeromonas isoladas de tambaqui de cultivo apresentam considerável potencial patogênico para danos sistêmicos, uma vez que os primers de PCR selecionados estão codificando os genes de virulência mais comuns em Aeromonas com alta intensidade patogênica.

Extraction of chitin from edible crab shells of Callinectes sapidus and comparison with market purchased chitin / Extração de quitina de cascas de caranguejo comestíveis de Callinectes sapidus e comparação com quitina adquirida no mercado

Chitin and its derived products have immense economic value due to their vital role in various biological activities as well as biomedical and industrial application. Insects, microorganism and crustaceans are the main supply of chitin but the crustaceans shell like shrimp, krill, lobsters and crabs are the main commercial sources. Chitin content of an individual varies depending on the structures possessing the polymer and the species. In this study edible crabs’ shells (Callinectes sapidus) were demineralized and deproteinized resulting in 13.8% (dry weight) chitin recovery from chitin wastes. FTIR and XRD analyses of the experimental crude as well as purified chitins revealed that both were much comparable to the commercially purchased controls. The acid pretreatment ceded 54g of colloidal chitin that resulted in 1080% of the crude chitin. The colloidal chitin was exploited for isolation of eighty five chitinolytic bacterial isolates from different sources. Zone of clearance was displayed by the thirty five isolates (41.17%) succeeding their growth at pH 7 on colloidal chitin agar medium. Maximum chitinolytic activity i.e. 301.55 U/ml was exhibited by isolate JF70 when cultivated in extracted chitin containing both carbon and nitrogen. The study showed wastes of blue crabs can be utilized for extraction of chitin and isolation of chitinolytic bacteria that can be used to degrade chitin waste, resolve environmental pollution as well as industrial purpose.

A quitina e seus produtos derivados têm imenso valor econômico devido ao seu papel vital em várias atividades biológicas, bem como em aplicações biomédicas e industriais. Insetos, microrganismos e crustáceos são o principal suprimento de quitina, mas a casca dos crustáceos como camarão, krill, lagosta e caranguejo são as principais fontes comerciais. O conteúdo de quitina de um indivíduo varia dependendo das estruturas que possuem o polímero e da espécie. Neste estudo, as cascas de caranguejos comestíveis (Callinectes sapidus) foram desmineralizadas e desproteinizadas, resultando em 13,8% (peso seco) de recuperação de quitina a partir de resíduos de quitina. As análises de FTIR e XRD do bruto experimental, bem como das quitinas purificadas, revelaram que ambas eram muito comparáveis aos controles adquiridos comercialmente. O pré-tratamento com ácido cedeu 54 g de quitina coloidal que resultou em 1.080% da quitina bruta. A quitina coloidal foi analisada para isolamento de 85 isolados bacterianos quitinolíticos de diferentes fontes. A zona de eliminação foi exibida pelos 35 isolados (41,17%) que sucederam seu crescimento a pH 7 em meio de ágar de quitina coloidal. A atividade quitinolítica máxima, ou seja, 301,55 U / ml, foi exibida pelo isolado JF70 quando cultivado em quitina extraída contendo carbono e nitrogênio. O estudo mostrou que resíduos de caranguejos azuis podem ser utilizados para extração de quitina e isolamento de bactérias quitinolíticas que podem ser usadas para degradar resíduos de quitina, resolver a poluição ambiental e também para fins industriais.

Extraction of chitin from edible crab shells of Callinectes sapidus and comparison with market purchased chitin / Extração de quitina de cascas de caranguejo comestíveis de Callinectes sapidus e comparação com quitina adquirida no mercado

Chitin and its derived products have immense economic value due to their vital role in various biological activities as well as biomedical and industrial application. Insects, microorganism and crustaceans are the main supply of chitin but the crustaceans shell like shrimp, krill, lobsters and crabs are the main commercial sources. Chitin content of an individual varies depending on the structures possessing the polymer and the species. In this study edible crabs shells (Callinectes sapidus) were demineralized and deproteinized resulting in 13.8% (dry weight) chitin recovery from chitin wastes. FTIR and XRD analyses of the experimental crude as well as purified chitins revealed that both were much comparable to the commercially purchased controls. The acid pretreatment ceded 54g of colloidal chitin that resulted in 1080% of the crude chitin. The colloidal chitin was exploited for isolation of eighty five chitinolytic bacterial isolates from different sources. Zone of clearance was displayed by the thirty five isolates (41.17%) succeeding their growth at pH 7 on colloidal chitin agar medium. Maximum chitinolytic activity i.e. 301.55 U/ml was exhibited by isolate JF70 when cultivated in extracted chitin containing both carbon and nitrogen. The study showed wastes of blue crabs can be utilized for extraction of chitin and isolation of chitinolytic bacteria that can be used to degrade chitin waste, resolve environmental pollution as well as industrial purpose.(AU)

A quitina e seus produtos derivados têm imenso valor econômico devido ao seu papel vital em várias atividades biológicas, bem como em aplicações biomédicas e industriais. Insetos, microrganismos e crustáceos são o principal suprimento de quitina, mas a casca dos crustáceos como camarão, krill, lagosta e caranguejo são as principais fontes comerciais. O conteúdo de quitina de um indivíduo varia dependendo das estruturas que possuem o polímero e da espécie. Neste estudo, as cascas de caranguejos comestíveis (Callinectes sapidus) foram desmineralizadas e desproteinizadas, resultando em 13,8% (peso seco) de recuperação de quitina a partir de resíduos de quitina. As análises de FTIR e XRD do bruto experimental, bem como das quitinas purificadas, revelaram que ambas eram muito comparáveis aos controles adquiridos comercialmente. O pré-tratamento com ácido cedeu 54 g de quitina coloidal que resultou em 1.080% da quitina bruta. A quitina coloidal foi analisada para isolamento de 85 isolados bacterianos quitinolíticos de diferentes fontes. A zona de eliminação foi exibida pelos 35 isolados (41,17%) que sucederam seu crescimento a pH 7 em meio de ágar de quitina coloidal. A atividade quitinolítica máxima, ou seja, 301,55 U / ml, foi exibida pelo isolado JF70 quando cultivado em quitina extraída contendo carbono e nitrogênio. O estudo mostrou que resíduos de caranguejos azuis podem ser utilizados para extração de quitina e isolamento de bactérias quitinolíticas que podem ser usadas para degradar resíduos de quitina, resolver a poluição ambiental e também para fins industriais.(AU)

Novel Pathogenic Mutation Mapping of ASPM Gene in Consanguineous Pakistani Families with Primary Microcephaly

Abstract Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a neurodevelopmental disorder characterized by a congenitally reduced head circumference (-3 to -5 SD) and non-progressive intellectual disability. The objective of the study was to evaluate pathogenic mutations in the ASPM gene to understand etiology and molecular mechanism of primary microcephaly. Blood samples were collected from various families across different remote areas of Pakistan from February 2017 to May 2019 who were identified to be affected with primary microcephaly. DNA extraction was performed using the salting-out method; the quality and quantity of DNA were evaluated using spectrophotometry and 1% agarose gel electrophoresis, respectively in University of the Punjab. Mutation analysis was performed by whole exome sequencing from the Cologne Center for Genomics, University of Cologne. Sanger sequencing was done in University of the Punjab to confirm the pathogenic nature of mutation. A novel 4-bp deletion mutation c.3877_3880delGAGA was detected in exon 17 of the ASPM gene in two primary microcephaly affected families (A and B), which resulted in a frame shift mutation in the gene followed by truncated protein synthesis (p.Glu1293Lysfs*10), as well as the loss of the calmodulin-binding IQ domain and the Armadillo-like domain in the ASPM protein. Using the in-silico tools Mutation Taster, PROVEAN, and PolyPhen, the pathogenic effect of this novel mutation was tested; it was predicted to be disease causing, with high pathogenicity scores. One previously reported mutation in exon 24 (c.9730C>T) of the ASPM gene resulting in protein truncation (p.Arg3244*) was also observed in family C. Mutations in the ASPM gene are the most common cause of MCPH in most cases. Therefore, enrolling additional affected families from remote areas of Pakistan would help in identifying or mapping novel mutations in the ASPM gene of primary microcephaly.

Resumo Microcefalia primária autossômica recessiva (MCPH) é um distúrbio do neurodesenvolvimento caracterizado por uma redução congênita do perímetro cefálico (-3 a -5 DP) e deficiência intelectual não progressiva. O objetivo do estudo foi avaliar mutações patogênicas no gene ASPM a fim de compreender a etiologia e o mecanismo molecular da microcefalia primária. Amostras de sangue foram coletadas de várias famílias em diferentes áreas remotas do Paquistão de fevereiro de 2017 a maio de 2019, que foram identificadas como afetadas com microcefalia primária. A extração do DNA foi realizada pelo método salting-out; a qualidade e a quantidade de DNA foram avaliadas por espectrofotometria e eletroforese em gel de agarose a 1%, respectivamente, na Universidade de Punjab. A análise de mutação foi realizada por sequenciamento completo do exoma do Cologne Center for Genomics, University of Cologne. O sequenciamento de Sanger foi feito na Universidade do Punjab para confirmar a natureza patogênica da mutação. Uma nova mutação de deleção de 4 bp c.3877_3880delGAGA foi detectada no exon 17 do gene ASPM em duas famílias afetadas por microcefalia primária (A e B), que resultou em uma mutação de frame shift no gene seguida por síntese de proteína truncada (pGlu1293Lysfs * 10), bem como a perda do domínio IQ de ligação à calmodulina e o domínio do tipo Armadillo na proteína ASPM. Usando as ferramentas in-silico Mutation Taster, PROVEAN e PolyPhen, o efeito patogênico dessa nova mutação foi testado; foi previsto ser causador de doenças, com altos escores de patogenicidade. Uma mutação relatada anteriormente no exon 24 (c.9730C > T) do gene ASPM, resultando em truncamento de proteína (p.Arg3244 *) também foi observada na família C. Mutações no gene ASPM são a causa mais comum de MCPH na maioria dos casos . Portanto, a inscrição de famílias afetadas adicionais de áreas remotas do Paquistão ajudaria a identificar ou mapear novas mutações no gene ASPM da microcefalia primária.

Fixation of pfcrt chloroquine resistance alleles in Plasmodium falciparum clinical isolates collected from unrest tribal agencies of Pakistan

Abstract Plasmodium falciparum resistance to Chloroquine (CQ) is a significant cause of mortality and morbidity worldwide. There is a paucity of documented data on the prevalence of CQ-resistant mutant haplotypes of Pfcrt and Pfmdr1 genes from malaria-endemic war effected Federally Administered Tribal Areas of Pakistan. The objective of this study was to investigate the prevalence of P. falciparum CQ-resistance in this area. Clinical isolates were collected between May 2017 and May 2018 from North Waziristan and South Waziristan agencies of Federally Administrated Trial Area. Subsequently, Giemsa-stained blood smears were examined to detect Plasmodium falciparum. Extraction of malarial DNA was done from microscopy positive P. falciparum samples, and P. falciparum infections were confirmed by nested PCR (targeting Plasmodium small subunit ribosomal ribonucleic acid (ssrRNA) genes). All PCR confirmed P. falciparum samples were sequenced by pyrosequencing to find out mutation in Pfcrt gene at codon K76T and in pfmdr1 at codons N86Y, Y184F, N1042D, and D1246Y. Out of 121 microscopies positive P. falciparum cases, 109 samples were positive for P. falciparum by nested PCR. Pfcrt K76T mutation was found in 96% of isolates, Pfmdr1 N86Y mutation was observed in 20%, and 11% harboured Y184F mutation. All samples were wild type for Pfmdr1 codon N1042D and D1246Y. In the FATA, Pakistan, the frequency of resistant allele 76T remained high despite the removal of CQ. However, current findings of the study suggest complete fixation of P. falciparum CQ-resistant genotype in the study area.

Resumo A resistência do Plasmodium falciparum à cloroquina (CQ) é uma causa significativa de mortalidade e morbidade em todo o mundo. Há uma escassez de dados documentados sobre a prevalência de haplótipos mutantes CQ-resistentes dos genes Pfcrt e Pfmdr1 da guerra endêmica da malária em áreas tribais administradas pelo governo federal do Paquistão. O objetivo deste estudo foi investigar a prevalência de resistência a CQ de P. falciparum nesta área. Isolados clínicos foram coletados entre maio de 2017 e maio de 2018 nas agências do Waziristão do Norte e do Waziristão do Sul da Área de Ensaio Administrada Federalmente. Posteriormente, esfregaços de sangue corados com Giemsa foram examinados para detectar Plasmodium falciparum. A extração do DNA da malária foi feita a partir de amostras de P. falciparum positivas para microscopia, e as infecções por P. falciparum foram confirmadas por nested PCR (visando genes de ácido ribonucleico ribossômico de subunidade pequena de Plasmodium (ssrRNA)). Todas as amostras de P. falciparum confirmadas por PCR foram sequenciadas por pirosequenciamento para descobrir a mutação no gene Pfcrt no códon K76T e em pfmdr1 nos códons N86Y, Y184F, N1042D e D1246Y. De 121 microscopias de casos positivos de P. falciparum, 109 amostras foram positivas para P. falciparum por nested PCR. A mutação Pfcrt K76T foi encontrada em 96% dos isolados, a mutação Pfmdr1 N86Y foi observada em 20% e 11% abrigou a mutação Y184F. Todas as amostras eram do tipo selvagem para o códon N1042D e D1246Y de Pfmdr1. No FATA, Paquistão, a frequência do alelo resistente 76T permaneceu alta apesar da remoção de CQ. No entanto, as descobertas atuais do estudo sugerem a fixação completa do genótipo resistente a CQ de P. falciparum na área de estudo.

Cryptosporidium sp. in cultivated oysters and the natural oyster stock of the state of Maranhão, Brazil / Detecção de Cryptosporidium sp. em ostras de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão, Brasil

ABSTRACT: This study detected Cryptosporidium spp. in cultivated oysters and the natural oyster stock of the state of Maranhão and determine the elective tissue(s) to examine this protozoan. For this purpose, 200 cultivated oysters were purchased from the municipality of Raposa and another 100 from Paço do Lumiar. Additionally, 100 oysters were extracted from the natural stock of the municipality of Primeira Cruz, thus making up a total of 400 oysters. They were grouped into 80 pools consisting of 5 oysters each. From each pool, the gills and visceral mass were removed to obtain 160 pools, 80 pools for the gill group and another 80 for the visceral mass group. Then, DNA was extracted from each pool using a commercial kit with modifications. Subsequently, the protozoan DNA was detected using nested polymerase chain reaction. With this technique, the DNA of the protozoan under investigation was detected in 2.5% (n = 2/80) of the pools containing gills, with 1.25% of the pools (n = 1/80) belonging to the cultivation group of oysters and the other 1.25% (n = 1/80) to the natural stock. With the results obtained in this study, it was concluded that the analyzed oysters of the genus Crassostrea, from cultivation and natural stock groups, found in the state of Maranhão, were contaminated by Cryptosporidium spp. and may become potential sources of infection in humans and other animals. In addition, the gills are the elective tissue for the study of Cryptosporidium spp. in oysters.

RESUMO: Objetivou-se com o estudo detectar Cryptosporidium sp. em ostras de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão e determinar o(s) tecido(s) eletivo(s) para pesquisa desse protozoário. Para a realização do estudo foram adquiridas 200 ostras de cultivo do município de Raposa e 100 de Paço do Lumiar, além de 100 ostras extraídas de estoque natural do município de Primeira Cruz, totalizando 400 ostras. Estas foram agrupadas em 80 pools constituídos por cinco animais. De cada pool, as brânquias e a massa visceral foram removidas totalizando 160 pools, sendo 80 para o grupo das brânquias e 80 para o grupo de massa visceral. Na sequência, procedeu-se à extração de DNA de cada pool com a utilização de kit comercial com modificações. Posteriormente, realizou-se a detecção do DNA do protozoário por meio da técnica de Nested-PCR. Com a técnica utilizada, foi detectado o DNA do protozoário pesquisado em 2,5% (n=2/80) pools apenas de brânquias, sendo 1,25% pools (n=1/80) oriundos de cultivo e os outros 1,25% (n=1/80) de estoque natural. Com os resultados obtidos nesse estudo, conclui-se que as ostras analisadas do gênero Crassostrea sp., oriundas de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão, estavam contaminadas por Cryptosporidium sp. e podem se reverter em fontes potenciais para seres humanos e outros animais. Para a pesquisa de Cryptosporidium sp. em ostras, as brânquias são o tecido eletivo.

Pantoea ananatis in Oryza sativa in Brazil / Pantoea ananatis em Oryza sativa no Brasil

ABSTRACT: The state of Santa Catarina is the second-largest producer of rice seeds in Brazil. Research on phytopathogenicbacterias in this crop is scarce and the high frequency of panicle diseases leads to the hypothesis that seeds may be infected by bacteria. This research quantified the incidence of bacteria in the seeds, verified the bacteria viability during the storage period and characterized the associated bacteria. Seeds from the 2018/19 and 2019/20 seasons were analyzed. To check the incidence, the seeds were disinfected, plated on a nutrient agar + fungicide culture medium, and incubated for seven days at 27 °C. To assess viability, every 45 days, three cultivars stored in a processing unit were subjected to the same detection methodology. To characterize, prevalent colonies were isolated on semi-selective culture medium Pantoea genus-specific agar (PGSA), where the ones that showed growth were subjected to deoxyribonucleic acid (DNA) extraction and Polymerase Chain Reaction (PCR), DNA sequencing, and sequence comparison on GenBank. The hypersensitivity reaction (HR) in tobacco was performed using a bacterial suspension of each isolate. All seed samples had an average incidence of 83%. During storage, the seeds maintained stable bacterial viability, with an average incidence of 95% at the beginning of storage and 99% at the end of it. All isolates that grew in PGSA culture medium were identified by molecular characterization with 100% identity with two specimens of Pantoeaananatis and one of them induced RH in tobacco.

RESUMO: O estado de Santa Catarina é o segundo maior produtor de sementes de arroz do Brasil. As pesquisas com bactérias fitopatogênicas nesta cultura são escassas e a alta frequência de doenças da panícula leva à hipótese de que sementes podem estar infectadas por bactérias. O objetivo desta pesquisa foi quantificar a incidência de bactérias nas sementes, verificar a viabilidade das bactérias durante o período de armazenamento e caracterizar as bactérias associadas. Foram analisadas sementes das safras 2018/19 e 2019/20. Para verificar a incidência, as sementes foram desinfestadas, plaqueadas em meio de cultura ágar nutriente + fungicida e incubadas por sete dias a 27 °C. Para avaliar a viabilidade, a cada 45 dias, três cultivares armazenadas em uma unidade de beneficiamento foram submetidas à mesma metodologia de detecção. Para caracterizar, colônias prevalentes foram isoladas em meio de cultura semisseletivo Pantoea genus-specific ágar (PGSA), onde as que apresentaram crescimento foram submetidas à extração do ácido desoxirribonucléico (DNA) e Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), sequenciamento do DNA e comparação de sequências no GenBank. A reação de hipersensibilidade (HR) em tabaco foi realizada utilizando uma suspensão bacteriana de cada isolado. Todas as amostras de sementes apresentaram incidência média de 83%. Durante o armazenamento, as sementes mantiveram viabilidade bacteriana estável, com incidência média de 95% no início do armazenamento e 99% ao fim. Todos os isolados que cresceram no meio de cultura PGSA, foram identificados por caracterização molecular com 100% de identidade com dois espécimes de Pantoea ananatis e um deles induziu HR em tabaco.

Significant production of vanillin and in vitro amplification of ech gene in local bacterial isolates

Abstract Vanillin is the major component which is responsible for flavor and aroma of vanilla extract and is produced by 3 ways: natural extraction from vanilla plant, chemical synthesis and from microbial transformation. Current research was aimed to study bacterial production of vanillin from native natural sources including sewage and soil from industrial areas. The main objective was vanillin bio-production by isolating bacteria from these native sources. Also to adapt methodologies to improve vanillin production by optimized fermentation media and growth conditions. 47 soil and 13 sewage samples were collected from different industrial regions of Lahore, Gujranwala, Faisalabad and Kasur. 67.7% bacterial isolates produced vanillin and 32.3% were non-producers. From these 279 producers, 4 bacterial isolates selected as significant producers were; A3, A4, A7 and A10. These isolates were identified by ribotyping as A3 Pseudomonas fluorescence (KF408302), A4 Enterococcus faecium (KT356807), A7 Alcaligenes faecalis (MW422815) and A10 Bacillus subtilis (KT962919). Vanillin producers were further tested for improved production of vanillin and were grown in different fermentation media under optimized growth conditions for enhanced production of vanillin. The fermentation media (FM) were; clove oil based, rice bran waste (residues oil) based, wheat bran based and modified isoeugenol based. In FM5, FM21, FM22, FM23, FM24, FM30, FM31, FM32, FM34, FM35, FM36, and FM37, the selected 4 bacterial strains produced significant amounts of vanillin. A10 B. subtilis produced maximum amount of vanillin. This strain produced 17.3 g/L vanillin in FM36. Cost of this fermentation medium 36 was 131.5 rupees/L. This fermentation medium was modified isoeugenol based medium with 1% of isoeugenol and 2.5 g/L soybean meal. ech gene was amplified in A3 P. fluorescence using ech specific primers. As vanillin use as flavor has increased tremendously, the bioproduction of vanillin must be focused.

Resumo A vanilina é o principal componente responsável pelo sabor e aroma do extrato de baunilha e é produzida de três formas: extração natural da planta da baunilha, síntese química e transformação microbiana. A pesquisa atual teve como objetivo estudar a produção bacteriana de vanilina a partir de fontes naturais nativas, incluindo esgoto e solo de áreas industriais. O objetivo principal era a bioprodução de vanilina por meio do isolamento de bactérias dessas fontes nativas. Também para adaptar metodologias para melhorar a produção de vanilina por meio de fermentação otimizada e condições de crescimento. Foram coletadas 47 amostras de solo e 13 de esgoto de diferentes regiões industriais de Lahore, Gujranwala, Faisalabad e Kasur; 67,7% dos isolados bacterianos produziram vanilina e 32,3% eram não produtores. Desses 279 produtores, 4 isolados bacterianos selecionados como produtores significativos foram: A3, A4, A7 e A10. Esses isolados foram identificados por ribotipagem como fluorescência A3 Pseudomonas (KF408302), A4 Enterococcus faecium (KT356807), A7 Alcaligenes faecalis (MW422815) e A10 Bacillus subtilis (KT962919). Os produtores de vanilina foram posteriormente testados para produção aprimorada de vanilina e foram cultivados em diferentes meios de fermentação sob condições de crescimento otimizadas para produção aprimorada de vanilina. Os meios de fermentação (FM) foram: à base de óleo de cravo, à base de resíduos de farelo de arroz (resíduos de óleo), à base de farelo de trigo e à base de isoeugenol modificado. Em FM5, FM21, FM22, FM23, FM24, FM30, FM31, FM32, FM34, FM35, FM36 e FM37, as 4 cepas bacterianas selecionadas produziram quantidades significativas de vanilina. A10 B. subtilis produziu quantidade máxima de vanilina. Essa cepa produziu 17,3 g / L de vanilina em FM36. O custo desse meio de fermentação 36 foi de 131,5 rúpias / L. Esse meio de fermentação foi um meio à base de isoeugenol modificado com 1% de isoeugenol e 2,5 g / L de farelo de soja. O gene ech foi amplificado em A3 P. fluorescence usando primers específicos para ech. Como o uso da vanilina como sabor aumentou tremendamente, a bioprodução da vanilina deve ser focada.

Hepatitis C virus genotype diversity in Ningxia Hui autonomous region, Northwestern China / Diversidade genética do vírus da hepatite C na região autônoma de Ningxia Hui

Hepatitis C virus (HCV) genotypes vary greatly in different regions. The aim of this study is to investigate the distribution of HCV genotypes in HCV infected patients, in Ningxia Hui Autonomous Region. Nucleic acid extraction and amplification were performed with test kits on 153 HCV infected patients serum samples. The HCV viral load was measured using reverse transcriptase PCR (RT-PCR) and HCV genotypes were determined. Among the 153 HCV-infected patients, 56 had genotype (GT)1b (36.60%), 45 had GT2a (29.40%), 23 had GT3a (15.00%), 14 had GT3b (9.20%),13 had GT6a (8.50%), 1 had GT1g (0.70%), 1 had GT6xa (0.70%). In GT1b, 21.40% were female and 78.60% were male; in GT2a, 42.20% were female and 57.80% were male;Males were most prevalent in genotypes 1b(39.30%), while female were most prevalent in genotype 2a(46.30%). Rare GT1g and GT6xa were also detected in males. The 41-50 year age group had the highest HCV prevalence of 32.00%. HCV GT1b is the predominant HCV genotype in Ningxia Hui Autonomous Region.

Os genótipos do vírus da hepatite C (HCV) variam muito de acordo com a região. O objetivo deste estudo é investigar a distribuição do genótipo do vírus da hepatite C em pessoas infectadas pelo vírus na região autônoma de Ningxia Hui. A extração de ácido nucleico e a expansão de amostras séricas em 153 pacientes infectados com HCV foram realizadas utilizando kits de ensaio. A capacidade do vírus HCV foi medida pela reação em cadeia da polimerase retrotranscrição (RT-PCR) e o genótipo HCV foi determinado. Os genótipos (Gt) tiveram a seguinte distribuição entre os 153 casos de infecção HCV: 56 Gt 1-B (36, 60%), 45 Gt 2-A (29, 40%), 23 Gt 3-A (15, 00%), 14 Gt 3-B (9, 20%), 13 Gt 6-A (8, 50%), 1 Gt 1-G (0, 70%) e 1 Gt 6-Xa (0, 70%). Já o sexo dos indivíduos teve a seguinte distribuição: Gt 1-B, 21, 40% mulheres e 78, 60% homens; Gt 2-A, 42, 20% mulheres e 57, 80% homens. A presença de homens é mais comum no genótipo 1-B (39, 30%), enquanto as mulheres ocorrem mais comumente no genótipo 2-A (46, 30%). Gt 1-G e Gt 6-Xa raros também foram detectados em homens. A taxa de infecção com HCV para grupos etários de 41 a 50 anos é a mais alta, com 32,00%. HCV Gt 1-B é o genótipo dominante do HCV na região autônoma de Ningxia Hui.

Cryptosporidium sp. in cultivated oysters and the natural oyster stock of the state of Maranhão, Brazil / Detecção de Cryptosporidium sp. em ostras de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão, Brasil

This study detected Cryptosporidium spp. in cultivated oysters and the natural oyster stock of the state of Maranhão and determine the elective tissue(s) to examine this protozoan. For this purpose, 200 cultivated oysters were purchased from the municipality of Raposa and another 100 from Paço do Lumiar. Additionally, 100 oysters were extracted from the natural stock of the municipality of Primeira Cruz, thus making up a total of 400 oysters. They were grouped into 80 pools consisting of 5 oysters each. From each pool, the gills and visceral mass were removed to obtain 160 pools, 80 pools for the gill group and another 80 for the visceral mass group. Then, DNA was extracted from each pool using a commercial kit with modifications. Subsequently, the protozoan DNA was detected using nested polymerase chain reaction. With this technique, the DNA of the protozoan under investigation was detected in 2.5% (n = 2/80) of the pools containing gills, with 1.25% of the pools (n = 1/80) belonging to the cultivation group of oysters and the other 1.25% (n = 1/80) to the natural stock. With the results obtained in this study, it was concluded that the analyzed oysters of the genus Crassostrea, from cultivation and natural stock groups, found in the state of Maranhão, were contaminated by Cryptosporidium spp. and may become potential sources of infection in humans and other animals. In addition, the gills are the elective tissue for the study of Cryptosporidium spp. in oysters.

Objetivou-se com o estudo detectar Cryptosporidium sp. em ostras de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão e determinar o(s) tecido(s) eletivo(s) para pesquisa desse protozoário. Para a realização do estudo foram adquiridas 200 ostras de cultivo do município de Raposa e 100 de Paço do Lumiar, além de 100 ostras extraídas de estoque natural do município de Primeira Cruz, totalizando 400 ostras. Estas foram agrupadas em 80 pools constituídos por cinco animais. De cada pool, as brânquias e a massa visceral foram removidas totalizando 160 pools, sendo 80 para o grupo das brânquias e 80 para o grupo de massa visceral. Na sequência, procedeu-se à extração de DNA de cada pool com a utilização de kit comercial com modificações. Posteriormente, realizou-se a detecção do DNA do protozoário por meio da técnica de Nested-PCR. Com a técnica utilizada, foi detectado o DNA do protozoário pesquisado em 2,5% (n=2/80) pools apenas de brânquias, sendo 1,25% pools (n=1/80) oriundos de cultivo e os outros 1,25% (n=1/80) de estoque natural. Com os resultados obtidos nesse estudo, conclui-se que as ostras analisadas do gênero Crassostrea sp., oriundas de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão, estavam contaminadas por Cryptosporidium sp. e podem se reverter em fontes potenciais para seres humanos e outros animais. Para a pesquisa de Cryptosporidium sp. em ostras, as brânquias são o tecido eletivo.

Aeromonas from farmed tambaqui from North Brazil: molecular identification and pathogenic potential / Aeromonas de tambaqui de cultivo do norte do Brasil: identificação molecular e potencial patogênico

The aim of this study was to molecularly identify different species of Aeromonas isolated from farmed tambaqui (Colossoma macropomum) from North Brazil, and evaluate their pathogenic potential by the presence of virulence genes. From the extraction of bacterial DNA, PCR (polymerase chain reaction) of the primers 16S rDNA, aerA (cytolytic enterotoxin), ast (cytotoxic enterotoxin) and act (cytotoxic enterotoxin) were performed. Of 24 isolates evaluated, eight amplified the ast gene, one amplified the act gene, but the areA gene was not amplified in any isolate. Sequencing of the 16S rRNA primer revealed a predominance of Aeromonas jandaei specie (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), for the first time isolated from fish in Brazil, and Aeromonas hydrophila (4%) each appeared as just one isolate. Results showed that 32% of Aeromonas isolated from farmed tambaqui have considerable pathogenic potential for systemic damage, since the selected PCR primers are encoding the most common virulence genes in Aeromonas with high pathogenic intensity.

O objetivo deste estudo foi identificar molecularmente diferentes espécies de Aeromonas isoladas de tambaqui (Colossoma macropomum) de cultivo do norte do Brasil e avaliar seu potencial patogênico pela presença de genes de virulência. A partir da extração do DNA bacteriano, foi realizada a PCR (reação em cadeia da polimerase) dos primers 16S rDNA, aerA (enterotoxina citolítica), ast (enterotoxina citotóxica) e act (enterotoxina citotóxica). Dos 24 isolados avaliados, oito amplificaram o gene ast, um amplificou o gene act, mas o gene areA não foi amplificado em nenhum isolado. O sequenciamento do primer 16S rRNA revelou uma predominância da espécie Aeromonas jandaei (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), pela primeira vez isolada em peixes no Brasil, e Aeromonas hydrophila (4%) apareceram cada uma como apenas um isolado. Os resultados mostram que 32% das Aeromonas isoladas de tambaqui de cultivo apresentam considerável potencial patogênico para danos sistêmicos, uma vez que os primers de PCR selecionados estão codificando os genes de virulência mais comuns em Aeromonas com alta intensidade patogênica.

Anatomical characterization of black wattle wood for the pulp and paper production / Caracterização anatômica do lenho de acácia-negra para produção de celulose e papel

The growing worldwide demand in the pulp market has fostered research that evaluates alternative fiber sources with specific characteristics that attend the needs of the consumer market, with a view to add value to the final product and reduce production costs. Acacia mearnsii De Wild wood is a by-product of the extraction of tannin from the trunk bark, used for firewood, charcoal and pellets. However, its wood is still poorly studied, especially its anatomical characteristics, which can provide important information about its industrial potential. This study evaluated the anatomical characteristics of Acacia mearnsii wood for the production of pulp and paper. Ten trees at approximately seven years old were cut down, five from the seed production area (SPA) and five from the clonal population area (CPA). From each tree, one trunk disc was sectioned at the diameter at breast height (DBH), resulting in 10 (ten) wood samples. From each disc, a sapwood specimen was made oriented in the tangential longitudinal, radial longitudinal and transversal planes, for later obtaining the anatomical cuts and the macerates. The anatomical description of the wood followed the recommendations of the International Association of Wood Anatomists-IAWA. From the dimensions of the fibers, their quality evaluation ratios for the production of pulp and paper were calculated. Results obtained from the anatomical characterization allowed to conclude that the Acacia mearnsii woods from SPA and CPA are indicated as a source of raw material for the pulp and paper production.

A crescente demanda mundial do mercado de polpa celulósica tem fomentado pesquisas que avaliem fontes de fibras alternativas com características específicas que atendam às necessidades do mercado consumidor, visando agregar valor ao produto final e reduzir os custos de produção. No estado do Rio Grande do Sul, Brasil, o lenho de Acacia mearnsii De Wild é considerado um subproduto da extração de tanino da casca do tronco, utilizada como lenha, carvão e pellets. No entanto, ainda é pouco estudado, em especial suas características anatômicas, as quais podem fornecer informações importantes sobre suas potencialidades industriais. O presente estudo teve como objetivo avaliar as características anatômicas do lenho de Acacia mearnsii para a produção de celulose e papel. Foram coletadas dez árvores com aproximadamente sete anos de idade, sendo cinco provenientes da área de produção de sementes (APS) e cinco da área de povoamento clonal (APC). De cada árvore, foi seccionado um disco do tronco na altura do DAP, resultando em dez amostras de lenho. De cada disco, foi confeccionado um corpo de prova do alburno, orientado nos planos longitudinal tangencial, longitudinal radial e transversal, para posterior obtenção dos cortes anatômicos e dos macerados. A descrição anatômica do lenho seguiu as recomendações da Associação Internacional de Anatomistas da Madeira-IAWA. A partir das dimensões das fibras, foram calculados os seus índices de avaliação da qualidade para a produção de celulose e papel. Os resultados obtidos da caracterização anatômica permitiram concluir que os lenhos de Acacia mearnsii provenientes de APS e APC são indicados como matérias-primas para a produção de celulose e papel.

Molecular detection of hemoplasmas in rescued blackeared opossums (Didelphis aurita Wied-Neuwied, 1826) from southeastern Brazil, with evidence of a novel genotype infecting marsupials / Detecção molecular de hemoplasmas em gambás-de-orelha-preta (Didelphis aurita Wied-Neuwied, 1826) resgatados do sudeste do Brasil, com evidência de um novo genótipo infectando marsupiais

There is a growing concern about the participation of wild hosts and reservoirs in the epidemiology of several pathogens, particularly within the context of environmental changes and the expansion of the One Health concept. The aim of this study was to investigate the presence of hemoplasmas in opossums rescued from the metropolitan region of Rio de Janeiro state, Brazil. Blood samples were collected from 15 Didelphis aurita and subjected to DNA extraction and PCR using primers for the 16S rRNA and 23S rRNA genes. Physical examination and hematological analysis were also performed. Three out of 15 opossums tested positive for hemotropic Mycoplasma spp. by PCR and showed hematological alterations such as anemia and leukocytosis. Clinical signs were non-specific and associated to traumatic lesions. The phylogenetic analysis indicated that the hemoplasma detected was positioned between 'Ca. Mycoplasma haemodidelphis' detected in D. virginiana from North American and hemoplasmas recently detected in D. aurita from the state of Minas Gerais, Brazil. This study indicates the existence of hemoplasma infections in D. aurita from the metropolitan region of Rio de Janeiro, and reinforce the need for new epidemiological inquiries to clarify the participation of these in the dynamics of circulation of tick-borne pathogens.(AU)

Há uma crescente preocupação com a participação de hospedeiros e reservatórios silvestres na epidemiologia de diversos patógenos, principalmente no contexto das mudanças ambientais e da expansão do conceito "One Health". O objetivo deste estudo foi investigar a presença de hemoplasmas em gambás resgatados da região metropolitana do estado do Rio de Janeiro, Brasil. Amostras de sangue foram coletadas de 15 Didelphis aurita e submetidas à extração de DNA e PCR utilizando-se "primers" para os genes 16S rRNA e 23S rRNA. O exame físico e a análise hematológica também foram realizados. Três dos 15 gambás testaram positivo para Mycoplasma spp. hemotrópico por PCR. Os sinais clínicos eram inespecíficos e associados a lesões traumáticas. Anemia e leucocitose foram detectadas em animais positivos. A análise filogenética indicou que o hemoplasma detectado estava posicionado entre 'Ca. Mycoplasma haemodidelphis' detectado em D. virginiana da América do Norte e hemoplasmas recentemente detectados em D. aurita do estado de Minas Gerais, Brasil. Este estudo indica a existência de infecções por hemoplasmas em D. aurita, da região metropolitana do Rio de Janeiro, e reforça a necessidade de novos inquéritos epidemiológicos, para esclarecer a participação destes na dinâmica de circulação de patógenos transmitidos por carrapatos.(AU)

Eugenia uniflora: a promising natural alternative against multidrug-resistant bacteria / Eugenia uniflora: uma alternativa natural promissora contra bactérias multirresistentes

This work aimed to evaluate the chemical composition, antioxidant and antimicrobial activities from crude extract and fractions from leaves of Eugenia uniflora Linn. The crude extract was obtained by turbo extraction and their fractions by partitioning. Chromatographic analysis were performed, and the antioxidant capacity was verified by two methods (DPPH• and ABTS•+). The Minimal Inhibitory/Bactericidal Concentration were conducted against twenty-two bacteria, selecting five strains susceptible to extract/fractions and resistant to the antibiotics tested. Ampicillin, azithromycin, ciprofloxacin, and gentamicin were associated with Ethyl Acetate Fraction (EAF) against multidrug-resistant strains in modulatory and checkerboard tests. The chromatographic data showed gallic acid, ellagic acid, and myricitrin in crude extract, with enrichment in the EAF. The electron transfer activity demonstrated in the antioxidant tests is related to the presence of flavonoids. The Gram-positive strains were more susceptible to EAF, and their action spectra were improved by association, comprising Gram-negative bacilli. Synergisms were observed to ciprofloxacin and gentamicin against Pseudomonas aeruginosa colistin-resistant. The results demonstrate that the extract and enriched fraction obtained from the leaves of E. uniflora act as a promising natural alternative against multidrug-resistant bacteria.

Este trabalho teve como objetivo avaliar a composição química, as atividades antioxidantes e antimicrobianas do extrato bruto e frações de folhas de Eugenia uniflora Linn. O extrato bruto foi obtido por turbólise e suas frações por partição. Foram realizadas análises cromatográficas e a capacidade antioxidante foi verificada por dois métodos (DPPH• e ABTS•+). A Concentração Inibitória/Bactericida Mínima foi realizada contra vinte e duas bactérias, selecionando cinco cepas suscetíveis a extração/frações e resistentes aos antibióticos testados. Ampicilina, azitromicina, ciprofloxacina e gentamicina foram associados à Fração Acetato de Etila (FAE) contra cepas multirresistentes em testes modulatórios e de checkboard. Os dados cromatográficos mostraram ácido gálico, ácido elágico e miricitrina em extrato bruto, com enriquecimento na FAE. A atividade de transferência de elétrons demonstrada nos testes antioxidantes está relacionada com a presença de flavonoides. As cepas de Gram-positivas foram mais suscetíveis à FAE, e seus espectros de ação foram melhorados por associação, compreendendo bacilos Gram-negativos. Foram observados sinergismos de ciprofloxacina e gentamicina contra Pseudomonas aeruginosa resistente à colistina. Os resultados demonstram que o extrato e a fração enriquecida obtida das folhas de E. uniflora atuam como uma alternativa natural promissora contra bactérias multirresistentes.

Fixation of pfcrt chloroquine resistance alleles in Plasmodium falciparum clinical isolates collected from unrest tribal agencies of Pakistan / Fixação de alelos de resistência à cloroquina pfcrt em isolados clínicos de Plasmodium falciparum coletados de agitações de agências tribais do Paquistão

Plasmodium falciparum resistance to Chloroquine (CQ) is a significant cause of mortality and morbidity worldwide. There is a paucity of documented data on the prevalence of CQ-resistant mutant haplotypes of Pfcrt and Pfmdr1 genes from malaria-endemic war effected Federally Administered Tribal Areas of Pakistan. The objective of this study was to investigate the prevalence of P. falciparum CQ-resistance in this area. Clinical isolates were collected between May 2017 and May 2018 from North Waziristan and South Waziristan agencies of Federally Administrated Trial Area. Subsequently, Giemsa-stained blood smears were examined to detect Plasmodium falciparum. Extraction of malarial DNA was done from microscopy positive P. falciparum samples, and P. falciparum infections were confirmed by nested PCR (targeting Plasmodium small subunit ribosomal ribonucleic acid (ssrRNA) genes). All PCR confirmed P. falciparum samples were sequenced by pyrosequencing to find out mutation in Pfcrt gene at codon K76T and in pfmdr1 at codons N86Y, Y184F, N1042D, and D1246Y. Out of 121 microscopies positive P. falciparum cases, 109 samples were positive for P. falciparum by nested PCR. Pfcrt K76T mutation was found in 96% of isolates, Pfmdr1 N86Y mutation was observed in 20%, and 11% harboured Y184F mutation. All samples were wild type for Pfmdr1 codon N1042D and D1246Y. In the FATA, Pakistan, the frequency of resistant allele 76T remained high despite the removal of CQ. However, current findings of the study suggest complete fixation of P. falciparum CQ‑resistant genotype in the study area.

A resistência do Plasmodium falciparum à cloroquina (CQ) é uma causa significativa de mortalidade e morbidade em todo o mundo. Há uma escassez de dados documentados sobre a prevalência de haplótipos mutantes CQ-resistentes dos genes Pfcrt e Pfmdr1 da guerra endêmica da malária em áreas tribais administradas pelo governo federal do Paquistão. O objetivo deste estudo foi investigar a prevalência de resistência a CQ de P. falciparum nesta área. Isolados clínicos foram coletados entre maio de 2017 e maio de 2018 nas agências do Waziristão do Norte e do Waziristão do Sul da Área de Ensaio Administrada Federalmente. Posteriormente, esfregaços de sangue corados com Giemsa foram examinados para detectar Plasmodium falciparum. A extração do DNA da malária foi feita a partir de amostras de P. falciparum positivas para microscopia, e as infecções por P. falciparum foram confirmadas por nested PCR (visando genes de ácido ribonucleico ribossômico de subunidade pequena de Plasmodium (ssrRNA)). Todas as amostras de P. falciparum confirmadas por PCR foram sequenciadas por pirosequenciamento para descobrir a mutação no gene Pfcrt no códon K76T e em pfmdr1 nos códons N86Y, Y184F, N1042D e D1246Y. De 121 microscopias de casos positivos de P. falciparum, 109 amostras foram positivas para P. falciparum por nested PCR. A mutação Pfcrt K76T foi encontrada em 96% dos isolados, a mutação Pfmdr1 N86Y foi observada em 20% e 11% abrigou a mutação Y184F. Todas as amostras eram do tipo selvagem para o códon N1042D e D1246Y de Pfmdr1. No FATA, Paquistão, a frequência do alelo resistente 76T permaneceu alta apesar da remoção de CQ. No entanto, as descobertas atuais do estudo sugerem a fixação completa do genótipo resistente a CQ de P. falciparum na área de estudo.

Novel Pathogenic Mutation Mapping of ASPM Gene in Consanguineous Pakistani Families with Primary Microcephaly / Novo mapeamento de mutações patogênicas do gene ASPM em famílias consanguíneas com microcefalia primária do Paquistão

Abstract Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a neurodevelopmental disorder characterized by a congenitally reduced head circumference (-3 to -5 SD) and non-progressive intellectual disability. The objective of the study was to evaluate pathogenic mutations in the ASPM gene to understand etiology and molecular mechanism of primary microcephaly. Blood samples were collected from various families across different remote areas of Pakistan from February 2017 to May 2019 who were identified to be affected with primary microcephaly. DNA extraction was performed using the salting-out method; the quality and quantity of DNA were evaluated using spectrophotometry and 1% agarose gel electrophoresis, respectively in University of the Punjab. Mutation analysis was performed by whole exome sequencing from the Cologne Center for Genomics, University of Cologne. Sanger sequencing was done in University of the Punjab to confirm the pathogenic nature of mutation. A novel 4-bp deletion mutation c.3877_3880delGAGA was detected in exon 17 of the ASPM gene in two primary microcephaly affected families (A and B), which resulted in a frame shift mutation in the gene followed by truncated protein synthesis (p.Glu1293Lysfs*10), as well as the loss of the calmodulin-binding IQ domain and the Armadillo-like domain in the ASPM protein. Using the in-silico tools Mutation Taster, PROVEAN, and PolyPhen, the pathogenic effect of this novel mutation was tested; it was predicted to be "disease causing," with high pathogenicity scores. One previously reported mutation in exon 24 (c.9730C>T) of the ASPM gene resulting in protein truncation (p.Arg3244*) was also observed in family C. Mutations in the ASPM gene are the most common cause of MCPH in most cases. Therefore, enrolling additional affected families from remote areas of Pakistan would help in identifying or mapping novel mutations in the ASPM gene of primary microcephaly.

Resumo Microcefalia primária autossômica recessiva (MCPH) é um distúrbio do neurodesenvolvimento caracterizado por uma redução congênita do perímetro cefálico (-3 a -5 DP) e deficiência intelectual não progressiva. O objetivo do estudo foi avaliar mutações patogênicas no gene ASPM a fim de compreender a etiologia e o mecanismo molecular da microcefalia primária. Amostras de sangue foram coletadas de várias famílias em diferentes áreas remotas do Paquistão de fevereiro de 2017 a maio de 2019, que foram identificadas como afetadas com microcefalia primária. A extração do DNA foi realizada pelo método salting-out; a qualidade e a quantidade de DNA foram avaliadas por espectrofotometria e eletroforese em gel de agarose a 1%, respectivamente, na Universidade de Punjab. A análise de mutação foi realizada por sequenciamento completo do exoma do Cologne Center for Genomics, University of Cologne. O sequenciamento de Sanger foi feito na Universidade do Punjab para confirmar a natureza patogênica da mutação. Uma nova mutação de deleção de 4 bp c.3877_3880delGAGA foi detectada no exon 17 do gene ASPM em duas famílias afetadas por microcefalia primária (A e B), que resultou em uma mutação de frame shift no gene seguida por síntese de proteína truncada (pGlu1293Lysfs * 10), bem como a perda do domínio IQ de ligação à calmodulina e o domínio do tipo Armadillo na proteína ASPM. Usando as ferramentas in-silico Mutation Taster, PROVEAN e PolyPhen, o efeito patogênico dessa nova mutação foi testado; foi previsto ser "causador de doenças", com altos escores de patogenicidade. Uma mutação relatada anteriormente no exon 24 (c.9730C > T) do gene ASPM, resultando em truncamento de proteína (p.Arg3244 *) também foi observada na família C. Mutações no gene ASPM são a causa mais comum de MCPH na maioria dos casos . Portanto, a inscrição de famílias afetadas adicionais de áreas remotas do Paquistão ajudaria a identificar ou mapear novas mutações no gene ASPM da microcefalia primária.

Pantoea ananatis in Oryza sativa in Brazil / Pantoea ananatis em Oryza sativa no Brasil

The state of Santa Catarina is the second-largest producer of rice seeds in Brazil. Research on phytopathogenicbacterias in this crop is scarce and the high frequency of panicle diseases leads to the hypothesis that seeds may be infected by bacteria. This research quantified the incidence of bacteria in the seeds, verified the bacteria viability during the storage period and characterized the associated bacteria. Seeds from the 2018/19 and 2019/20 seasons were analyzed. To check the incidence, the seeds were disinfected, plated on a nutrient agar + fungicide culture medium, and incubated for seven days at 27 °C. To assess viability, every 45 days, three cultivars stored in a processing unit were subjected to the same detection methodology. To characterize, prevalent colonies were isolated on semi-selective culture medium Pantoea genus-specific agar (PGSA), where the ones that showed growth were subjected to deoxyribonucleic acid (DNA) extraction and Polymerase Chain Reaction (PCR), DNA sequencing, and sequence comparison on GenBank. The hypersensitivity reaction (HR) in tobacco was performed using a bacterial suspension of each isolate. All seed samples had an average incidence of 83%. During storage, the seeds maintained stable bacterial viability, with an average incidence of 95% at the beginning of storage and 99% at the end of it. All isolates that grew in PGSA culture medium were identified by molecular characterization with 100% identity with two specimens of Pantoeaananatis and one of them induced RH in tobacco.

O estado de Santa Catarina é o segundo maior produtor de sementes de arroz do Brasil. As pesquisas com bactérias fitopatogênicas nesta cultura são escassas e a alta frequência de doenças da panícula leva à hipótese de que sementes podem estar infectadas por bactérias. O objetivo desta pesquisa foi quantificar a incidência de bactérias nas sementes, verificar a viabilidade das bactérias durante o período de armazenamento e caracterizar as bactérias associadas. Foram analisadas sementes das safras 2018/19 e 2019/20. Para verificar a incidência, as sementes foram desinfestadas, plaqueadas em meio de cultura ágar nutriente + fungicida e incubadas por sete dias a 27 °C. Para avaliar a viabilidade, a cada 45 dias, três cultivares armazenadas em uma unidade de beneficiamento foram submetidas à mesma metodologia de detecção. Para caracterizar, colônias prevalentes foram isoladas em meio de cultura semisseletivo Pantoea genus-specific ágar (PGSA), onde as que apresentaram crescimento foram submetidas à extração do ácido desoxirribonucléico (DNA) e Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), sequenciamento do DNA e comparação de sequências no GenBank. A reação de hipersensibilidade (HR) em tabaco foi realizada utilizando uma suspensão bacteriana de cada isolado. Todas as amostras de sementes apresentaram incidência média de 83%. Durante o armazenamento, as sementes mantiveram viabilidade bacteriana estável, com incidência média de 95% no início do armazenamento e 99% ao fim. Todos os isolados que cresceram no meio de cultura PGSA, foram identificados por caracterização molecular com 100% de identidade com dois espécimes de Pantoea ananatis e um deles induziu HR em tabaco.

The level and distribution of selected organochlorine pesticides in water of River Satluj Pakistan / Nível e distribuição de pesticidas organoclorados selecionados na água do Rio Satluj Paquistão

The study was aimed to identify different environmental factors (selected organochlorine pesticides) affecting the river water of Satluj. River Sutlej is about 1400 kilometers long and its water is extensively used for irrigation in Punjab, located both in India and Pakistan, which was also a reason of dispute between both countries for its water share. The study area was divided into four zones, Sulemanki Zone, Islam Zone, Mailsi Syphone Zone and Panjnad Zone. Liquid Liquid Extraction (LLE) technique was used for the collected water samples followed by high performance liquid chromatography (HPLC) UV-Visible detector The current finding revealed that aldrin was not detected during summer period in water samples of SZ-1 (Sulemanki Barrage), SZ-2 and SZ-3 (Maisli Siphon) of the study area. Lindane and DDE were found more in the samples of sediments from the study area at SZ-4 ranging from 2.238-8.226 ppb and 4.234-6.876 ppb, respectively. Heaptachlor (in sediments) was found to be0.032-234 ppb only at SZ-4.Endosulfan concentrations in water (winter) at SZ-3 was 0.06 ppb and at SZ-4,it was 0.05 ppb; dieldrin in water (winter) at SZ-4 was 0.0314 ppb and heptachlor was detected at SZ-1 (0.0315 ppb) and SZ-2 (0.0310 ppb) in water during winter season, were reaching to the Maximum Concentrations Limits (MCL), while all other residues investigated were found below the MCLin all the compartments of the study area set by various agencies like WHO/FAO- Codex Alimenterious. Present findings revealed that although the organochlorine pesticides are banned for agricultural use in many countries, including Pakistan, their presence in various samples might be due to illegal use of these pesticides in the study area and its neighboring regions. The overall study area comprises of mainly urban, suburban and agricultural land being the largest cotton growing area of the country. There is a need to take serious steps to minimize water pollution caused by pesticides to achieve a healthy lifestyle.

O estudo teve como objetivo identificar diferentes fatores ambientais (pesticidas organoclorados selecionados) que afetam a água do rio Satluj. O rio Sutlej tem cerca de 1.400 quilômetros de extensão e sua água é amplamente utilizada para irrigação no Punjab, localizado tanto na Índia quanto no Paquistão, o que também foi motivo de disputa entre os dois países por sua cota de água. A área de estudo foi dividida em quatro zonas, Zona Sulemanki, Zona Islam, Zona Mailsi Syphone e Zona Panjnad. A técnica de extração líquida líquida (LLE) foi usada para as amostras de água coletadas seguida de cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) Detector UV-Visível, SZ-2 e SZ-3 (Sifão Maisli) da área de estudo. Lindano e DDE foram mais encontrados nas amostras de sedimentos da área de estudo na SZ-4 variando de 2.238-8.226 ppb e 4.234-6.876 ppb, respectivamente. O heptacloro (em sedimentos) foi encontrado em 0,032-234 ppb apenas em SZ-4. As concentrações de endosulfan na água (inverno) em SZ-3 foram de 0,06 ppb, e em SZ-4, de 0,05 ppb; dieldrin em água (inverno) em SZ-4 foi de 0,0314 ppb e heptacloro foi detectado em SZ-1 (0,0315 ppb) e SZ-2 (0,0310 ppb) em água durante o inverno, atingindo os Limites Máximos de Concentrações (LCM), enquanto todos os demais resíduos investigados foram encontrados abaixo do MCL em todos os compartimentos da área de estudo definidos por diversos órgãos, como OMS/FAO ­ Codex Alimenterious. Os resultados atuais revelaram que, embora os pesticidas organoclorados sejam proibidos para uso agrícola em muitos países, incluindo o Paquistão, sua presença em várias amostras pode ser devido ao uso ilegal desses pesticidas na área de estudo e regiões vizinhas. A área total de estudo compreende principalmente áreas urbanas, suburbanas e agrícolas, sendo a maior área de cultivo de algodão do país. Há uma necessidade de tomar medidas sérias para minimizar a poluição da água causada por pesticidas para alcançar um estilo de vida saudável.