Virulence factors and phylotyping of Escherichia coli isolated from non-diarrheic and diarrheic water buffalo calves / Caracterização dos fatores de virulência e filogrupos de Escherichia coli isoladas de bezerros bubalinos sem diarreia e diarréicos

This study aimed to determine the virulence factors, phylogenetic groups, and the relationships between pathovars and phylogenetic groups of E. coli strains isolated from feces of buffalo calves. A total of 217 E. coli strains were obtained from feces after culture and were screened by PCR for detection of virulence factors EAST-1, enterohemolysin, Saa, CNF2, F41, F5, STa, intimin, Stx1 and Stx2. One hundred and thirty-four isolates were positive for one or more virulence factors: eighty-four from diarrheic animals, and fifty from non-diarrheic calves. The pathovars of E. coli identified in diarrheic feces were ETEC (F5+) (2/84), NTEC (16/84), STEC (20/84), EPEC (3/84), EHEC (3/84), and EAEC (EAST-1+) (33/84). Pathovars identified in non-diarrheic animals were NTEC (21/50), STEC (17/50), EHEC (1/50) and EAEC (7/50). E. coli strains positive for EAST-1 (P=0.008) and phylogroup C (P = 0.05) were associated with the presence of diarrhea. Phylogenetic analysis showed that 58.95% of the isolates belonged to phylogroup B1, followed by E (9.70%), B2 (5.90%), C (5.90%), D (5.22%), A (2.24%), and F (1.50%). Phylogroup B1 predominated in pathogenic E. coli isolated from water buffalo, and phylogroup C constituted an enteropathogenic E. coli for water buffalo calves.(AU)

O objetivo foi determinar os fatores de virulência, os grupos filogenéticos e as possíveis relações entre os patovares e os grupos filogenéticos identificados de cepas de Escherichia coli isoladas de fezes de bezerros bubalinos. Um total de 217 amostras de E. coli foram identificadas a partir de cultura das fezes e submetidas a reação em cadeia da polimerase (PCR) para detecção dos fatores de virulência EAST-1, enterohemolisina, Saa, CNF2, F41, F5, STa, intimina, Stx1 e Stx2. Foram identificadas 134 cepas positivas para um ou mais fatores de virulência: 84isoladas de bezerros bubalinos diarreicos e 50 de bezerros bubalinos saudáveis. Os patovares de E. coli obtidos de fezes diarreicas foram ETEC (F5+) (2/84), NTEC (16/84), STEC (20/84), EPEC (3/84), EHEC (3/84), e EAEC (EAST-1+) (33/84). Os patovares isolados de fezes não diarreicas foram NTEC (21/50), STEC (17/50), EHEC (1/50) e EAEC (7/50). Cepas de E. coli positivas para EAST-1 (P = 0,008) e filogrupo C (P = 0,05) foram associadas com a presença de diarreia. A análise de filogrupos revelou que 58,95% dos isolados pertencem ao filogrupo B1, seguido por E (9,70%), B2 (5,90%), C (5,90%), D (5,22%), A (2,24%) e F (1,50%). O filogrupo B1 predomina em cepas de E. coli patogênicas isoladas de bezerros búfalos e o filogrupo C constitui um filogrupo de E. coli patogênica entérica para bezerros.(AU)

Can the leaf age influence the susceptibility to bacterial-leaf-spot and bacterial-halo-blight on coffee seedlings? / A idade das folhas pode influenciar na suscetibilidade de cafeeiros à macha-foliar-bacteriana e à mancha-aureolada?

Pseudomonas syringae van Hall, 1902, causes yield losses in innumerous economic important crops. On coffee trees, P. syringae pv. garcae causes the bacterial-halo-blight (BHB) and P. syringae pv. tabaci the bacterial-leaf-spot (BLS). Recently, these diseases incidence has increase in occurrence areas and aggressiveness in Brazil. Although leaf age plays a role in the severity response of BHB, it is not known yet if this phenomenon also occurs in coffee-BLS interaction, and with highly virulent strains. So, we examined differences in the diseases severity by inoculation of P. syringae pv. garcae and P. syringae pv. tabaci strains on coffee leaves with different ages, to compare this aspect with coffee-BLS interaction. Our results showed that, for both pathovars, the severity was greater at the first internodes leaves, although for the most aggressive strains it was quite similar on any leaf age.(AU)

Bactérias da espécie Pseudomonas syringae van Hall, 1902, causam perdas na produção em inúmeras culturas de importância econômica. Em cafeeiros, P. syringae pv. garcae provoca a mancha-aureolada e P. syringae pv. tabaci ocasiona a mancha-foliar-bacteriana, doenças cuja ocorrência e agressividade têm aumentado nos últimos anos no Brasil. Embora a idade das folhas influencie na expressão da severidade de mancha-aureolada, não se sabe ainda se essa influência se mantém em plantas infectadas por estirpes altamente virulentas da bactéria. Desse modo, o presente estudo foi realizado com a finalidade de examinar diferenças na severidade de mancha-aureolada em folhas de cafeeiro com diferentes idades, bem como estudar comparativamente tais aspectos na interação entre cafeeiro e mancha-foliar-bacteriana, empregando-se isolados altamente virulentos. Os resultados evidenciaram que, assim como a mancha-aureolada, a severidade da mancha-bacteriana também é maior em folhas jovens do primeiro internódio, entretanto, as estirpes mais agressivas de P. syringae pv. garcae e P. syringae pv. tabaci provocaram danos de magnitude semelhantes em folhas de diferentes idades, do primeiro ao quinto internódio.(AU)

Can the leaf age influence the susceptibility to bacterial-leaf-spot and bacterial-halo-blight on coffee seedlings? / A idade das folhas pode influenciar na suscetibilidade de cafeeiros à macha-foliar-bacteriana e à mancha-aureolada?

Pseudomonas syringae van Hall, 1902, causes yield losses in innumerous economic important crops. On coffee trees, P. syringae pv. garcae causes the bacterial-halo-blight (BHB) and P. syringae pv. tabaci the bacterial-leaf-spot (BLS). Recently, these diseases incidence has increase in occurrence areas and aggressiveness in Brazil. Although leaf age plays a role in the severity response of BHB, it is not known yet if this phenomenon also occurs in coffee-BLS interaction, and with highly virulent strains. So, we examined differences in the diseases severity by inoculation of P. syringae pv. garcae and P. syringae pv. tabaci strains on coffee leaves with different ages, to compare this aspect with coffee-BLS interaction. Our results showed that, for both pathovars, the severity was greater at the first internodes leaves, although for the most aggressive strains it was quite similar on any leaf age.(AU)

Bactérias da espécie Pseudomonas syringae van Hall, 1902, causam perdas na produção em inúmeras culturas de importância econômica. Em cafeeiros, P. syringae pv. garcae provoca a mancha-aureolada e P. syringae pv. tabaci ocasiona a mancha-foliar-bacteriana, doenças cuja ocorrência e agressividade têm aumentado nos últimos anos no Brasil. Embora a idade das folhas influencie na expressão da severidade de mancha-aureolada, não se sabe ainda se essa influência se mantém em plantas infectadas por estirpes altamente virulentas da bactéria. Desse modo, o presente estudo foi realizado com a finalidade de examinar diferenças na severidade de mancha-aureolada em folhas de cafeeiro com diferentes idades, bem como estudar comparativamente tais aspectos na interação entre cafeeiro e mancha-foliar-bacteriana, empregando-se isolados altamente virulentos. Os resultados evidenciaram que, assim como a mancha-aureolada, a severidade da mancha-bacteriana também é maior em folhas jovens do primeiro internódio, entretanto, as estirpes mais agressivas de P. syringae pv. garcae e P. syringae pv. tabaci provocaram danos de magnitude semelhantes em folhas de diferentes idades, do primeiro ao quinto internódio.(AU)

Detection of virulence genes and the phylogenetic groups of Escherichia coli isolated from dogs in Brazil / Detecção de genes de virulência e grupos filogenéticos de amostras Escherichia coli isoladas de cães no Brasil

This study identified the virulence genes, pathovars, and phylogenetic groups of Escherichia coli strains obtained from the feces of dogs with and without diarrhea. Virulence genes and phylogenetic group identification were studied using polymerase chain reaction. Thirty-seven E. coli isolates were positive for at least one virulence factor gene. Twenty-one (57.8%) of the positive isolates were isolated from diarrheal feces and sixteen (43.2%) were from the feces of non-diarrheic dogs. Enteropathogenic E. coli (EPEC) were the most frequently (62.2%) detected pathovar in dog feces and were mainly from phylogroup B1 and E. Necrotoxigenic E. coli were detected in 16.2% of the virulence-positive isolates and these contained the cytotoxic necrotizing factor 1 (cnf1) gene and were classified into phylogroups B2 and D. All E. coli strains were negative for the presence of enterotoxigenic E. coli (ETEC) enterotoxin genes, but four strains were positive for ETEC-related fimbriae 987P and F18. Two isolates were Shiga toxin-producing E. coli strains and contained the toxin genesStx2 or Stx2e, both from phylogroup B1. Our data showed that EPEC was the most frequent pathovar and B1 and E were the most common phylogroups detected in E. coli isolated from the feces of diarrheic and non-diarrheic dogs.(AU)

Este estudo pesquisou genes de virulência, patovares e grupos filogenéticos de amostras de E. coli isoladas de fezes de cães com e sem diarreia. Os genes de virulência e a identificação de grupos filogenéticos foram estudados pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). 37 isolados de E. coli foram positivos para pelo menos um fator de virulência na análise de PCR. Destes, 21 (57,8%) foram isolados de fezes de cães com diarreia e 16 (43,2%) de fezes de cães não diarreicos. E. coli enteropatogênica (EPEC) (23/37, 62,2%) foi o patovar mais frequente detectado em fezes de cães e foram classificados principalmente como filogrupos B1 e E. E. coli necrotoxigênica (NTEC) positivos para CNF1 foram detectados (6/37, 16,2%) e classificados como B2 e D. Todas as amostras de E. coli foram negativas quanto à presença de genes de enterotoxinas de E. coli enterotoxigênica (ETEC), mas quatro amostras foram positivas para fimbrias relacionadas ao ETEC, 987P (2) e F18 (2). As amostras de E. coli (STEC) produtora de toxina Shiga foram positivas para a toxina Stx2 (1/37) e Stx2e (1/37), ambas do filogrupo B1. Nossos resultados indicaram que EPEC foi o patovar mais frequente e B1 e E foram os filogrupos mais comuns detectados em amostras E. coli isoladas de fezes de cães diarreicos e não diarreicos.(AU)

Caracterização de isolados de Xanthomonas sp. associados a sementes de arroz e diferenciação de estirpes de Xanthomonas oryzae / Isolates characterization of Xanthomonas sp. Associated with rice seed and differentiation of Xanthomonas oryzae strains

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) e X. oryzae pv. oryzicola (Xoc), são os agentes causais do crestamento bacteriano da folha (CBF) e da estria bacteriana da folha (EBF), respectivamente, são pragas transmitidas por sementes e sofrem restrição no comércio internacional de arroz, por estarem ausentes em muitos países e possuírem potencial de comprometer seriamente a produção de arroz. Vinte e um isolados oriundos de sementes de arroz do Uruguai e Argentina, Gram negativos, oxidase positiva, com pigmentação amarela típica do gêneroXanthomonas e positivos no ELISA para Xoo, foram caracterizados para determinar a associação destes, com X. oryzae e seus patovares. Os isolados foram caracterizados por métodos bioquímicos, biológicos e quanto à sensibilidade a antibióticos. Análises de PCR e qPCR foram realizadas para a confirmação do gênero Xanthomonas e identificação de Xoo e Xoc. A caracterização de 21 isolados de Xanthomonas sp., positivos no ELISA para Xoo, mostrou variabilidade entre os isolados e distinção de Xo.(AU)

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and X. oryzae pv. oryzicola (Xoc), causal agents of bacterial leaf blight (BLB) and bacterial leaf streak (BLS), respectively, are pests transmitted by seeds and suffer restriction on international rice trade, because are absent in many countries and have potential to compromise seriously rice production. Twenty-one isolates from rice seeds from Uruguay and Argentina, Gram negative, oxidase positive, with typical yellow pigmentation of genus Xanthomonas and positive in ELISA for Xoo, were characterized to determine their association with X. oryze pathovars. Isolates were characterized by biochemical, biological and antibiogram methods. PCR and qPCR analyzes were performed to confirm genus Xanthomonas and identification of Xoo and Xoc. Characterization of 21 Xanthomonas sp. isolates positive on ELISA to Xoo, showed variability among isolates and distinction of Xo.(AU)

Diversidade genética de Xanthomonas citri subsp. citri, caracterização molecular e patogênica de Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii e detecção de Xanthomonas alfalfae em citrumelo ?Swingle? (Citrus paradisi Macf. x Poncirus trifoliata L. Raf.) no Brasil

Um dos objetivos do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de isolados brasileiros de X. citri subsp. citri (Xcc) com base em genes efetores do Sistema de Secreção Tipo III (avrXacE1, avrXacE2, avrXacE3, avrBs2, hpaF, XAC3090 e pthA4). Um total de 49 haplótipos foi identificado entre os 157 isolados analisados por ?Southern blot?, e o maior polimorfismo genético observado nas análises com a sonda PthA4. Esses efetores estão amplamente distribuídos na população do patógeno e podem ser úteis para uma melhor compreensão da interação patógeno-hospedeiro. Outro objetivo desse trabalho foi a caracterização patogênica e genética de isolados de X. fuscans subsp. aurantifolii tipos B e C (Xfa-B e Xfa-C). Observou-se pequena agressividade dos isolados de Xfa-B e grande variação na patogenicidade de Xfa-C. Os isolados de Xfa-C produtores de pigmento escuro em meio de cultura foram menos agressivos que os isolados não produtores. Alguns isolados de Xfa-C foram patogênicos também a limões, limas ácidas, citrumelo ?Swingle? e tangerinas. Os isolados de Xfa-B e Xfa-C foram diferenciados pelas técnicas de AFLP, BOX e ERIC-PCR, com relativa diversidade entre isolados do mesmo patótipo, e análises da sequência do gene gyrB revelaram alta similaridade desses isolados com espécies de Xanthomonas patogênicas a outros hospedeiros (X. fuscans subsp. fuscans e X. axonopodis pvs. anacardii, dieffenbachiae, rhynchosiae, sesbaniae e vignicola). No presente estudo também foi descrito o primeiro relato de X. alfalfae (Xa) no Brasil. Os isolados investigados demonstraram limitada patogenicidade e agruparam-se geneticamente com X. alfalfae subsps. alfalfae e citrumelonis e X. axonopodis pvs. allii, cassiae, desmodii, patelii e ricini

In the present study, as one of the objectives, is showed the genetic diversity of Brazilian strains of X. citri subsp. citri (Xcc) based on effector genes of the Type III Secretion System (avrXacE1, avrXacE2, avrXacE3, avrBs2, hpaF, XAC3090 e pthA4). A total of 49 haplotypes were identified from 157 Xcc strains by Southern blot analysis using the cited genes as DNA probes. The highest polymorphism was observed with the PthA4. Those bacterium genes are extensively present in the Xcc population and can be used to a better comprehension of the Xcc-plant interaction. As a second objective, we present the genetic and pathogenic characterization of X. fuscans subsp. aurantifolii types B and C strains (Xfa-B e Xfa-C). In the pathogenic testes carried out Xfa-B presented a very limited pathogenicity, weaker than Xfa-C. Strains of this last pathotype presented a relatively high degree of pathogenicity variation, and those Xfa-C strains producers of dark pigment on culture medium were less pathogen than those not producers. Also some Xfa-C strains are pathogens to limes, lemons, Swingle citrumelo, and mandarins. Strains of Xfa-B and C were clearly differentiated by the molecular techniques AFLP, BOX and ERIC-PCR. Sequences of the gyrB gene revealed a high similarity of Xfa strains and other pathovars of Xanthomonas not pathogens of citrus. Finally, we presented the first detection of X. alfalfa (Xa) in Brazil, detected on a single Swingle citrumelo tree in São Paulo state. The Brazilian Xa strains showed a very limited pathogenicty, similar of a X. alfalfa subsp. citrumelonis