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1.
Ciênc. rural (Online) ; 53(7): e20220043, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1404282

Resumo

ABSTRACT: The development process of a new wheat cultivar requires time between obtaining the base population and selecting the most promising line. Estimating genetic parameters more accurately in early generations with a view to anticipating selection means important advances for wheat breeding programs. Thus, the present study estimated the genetic parameters of F2 populations of tropical wheat and the genetic gain from selection via the Bayesian approach. To this end, the authors assessed the grain yield per plot of 34 F2 populations of tropical wheat. The Bayesian approach provided an adequate fit to the model, estimating genetic parameters within the parametric space. Heritability (h2) was 0.51. Among those selected, 11 F2 populations performed better than the control cultivars, with genetic gain of 7.80%. The following populations were the most promising: TbioSossego/CD 1303, CD 1303/TbioPonteiro, BRS 254/CD 1303, Tbio Duque/Tbio Aton, and Tbio Aton/CD 1303. Bayesian inference can be used to significantly improve tropical wheat breeding programs.


RESUMO: O processo de desenvolvimento de uma nova cultivar de trigo requer tempo entre a obtenção da população base e a seleção da linhagem mais promissora. Estimar parâmetros genéticos com mais precisão nas primeiras gerações com vistas a antecipar a seleção significa avanços importantes para os programas de melhoramento de trigo. Assim, o presente estudo estima os parâmetros genéticos de populações F2 de trigo tropical e o ganho genético da seleção via abordagem Bayesiana. Para tanto, os autores avaliaram a produtividade de grãos por parcela de 34 populações F2 de trigo tropical. A abordagem Bayesiana proporcionou um ajuste adequado ao modelo, estimando parâmetros genéticos dentro do espaço paramétrico. A herdabilidade (h2) foi de 0,51. Dentre as selecionadas, 11 populações F2 obtiveram desempenho superior às cultivares controle, com ganho genético de seleção de 7,80%. As seguintes populações foram as mais promissoras: Tbio Sossego/CD 1303, CD 1303/Tbio Ponteiro, BRS 254/CD 1303, Tbio Duque/Tbio Aton e Tbio Aton/CD 1303. A inferência Bayesiana pode ser usada para melhorar significativamente programas de melhoramento de trigo tropical.

2.
Ciênc. rural (Online) ; 53(6): e20220031, 2023. tab
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1404267

Resumo

ABSTRACT: Genotype x environment interactions represent a major challenge in identifying and selecting genotypes responsive to different climate and soil conditions. This research evaluated and selected pre-cultivars of carioca bean and early carioca bean based on adaptability, stability, and grain yield. In the 2014 crop season, two regional competition trials were conducted in the state of Pernambuco: carioca beans (14 genotypes in Arcoverde, Belém de São Francisco, Caruaru and São João) and early carioca beans (11 genotypes in Araripina, Arcoverde, and Caruaru) and, in the 2015 crop season, with early carioca beans (11 genotypes in Araripina, Arcoverde, and Brejão). Parameters were estimated by mixed models, and the selection was performed using the Harmonic Mean of Relative Performance of Genetic Values (HMRPGV) method following three strategies: i) selection based on predicted genetic value with no interaction; ii) selection according to predicted genetic value considering each location; and iii) simultaneous selection for grain yield, adaptability, and stability. The environments influenced the phenotypic expression of the carioca and early carioca bean genotypes, representing a specific adaptation. The genotypes BRS Notável, BRS Estilo and BRS Pérola, of carioca beans, and CNFC 15875, BRS Notável and CNFC 15630, of early carioca beans, had the best results in the environments tested, regarding, simultaneously, adaptability to different soil and climate conditions, performance stability, and grain yield.


RESUMO: A interação genótipo x ambiente representa um grande desafio na identificação e seleção de genótipos responsivos às diversas condições de clima e solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar e selecionar pré-cultivares de feijão carioca e feijão carioca precoce com base na adaptabilidade, estabilidade e produtividade de grãos. Na safra 2014 foram conduzidos dois ensaios regionais de competição no estado de Pernambuco: feijão carioca (14 genótipos em Arcoverde, Belém de São Francisco, Caruaru e São João) e feijão carioca precoce (11 genótipos em Araripina, Arcoverde e Caruaru) e na safra de 2015 com feijão carioca precoce (11 genótipos, em Araripina, Arcoverde e Brejão). Os parâmetros foram estimados por meio de modelos mistos e a seleção foi realizada pelo método da Média Harmônica do Desempenho Relativo dos Valores Genéticos (MHPRVG), adotando-se três estratégias: i) seleção com base no valor genético predito, sem interação; ii) seleção com base no valor genético predito, considerando cada local; iii) seleção simultânea quanto à produtividade de grãos, adaptabilidade e estabilidade. Observou-se que os ambientes influenciaram na expressão fenotípica dos genótipos de feijão carioca e carioca precoce, configurando adaptação específica. Os genótipos BRS Notável, BRS Estilo e BRS Pérola, de feijão carioca, e CNFC 15875, BRS Notável e CNFC 15630, de feijão carioca precoce, apresentaram os melhores desempenhos nos ambientes testados, considerando-se, simultaneamente, a adaptabilidade a diferentes condições edafoclimáticas, estabilidade de desempenho e produtividade de grãos.

3.
Ciênc. rural (Online) ; 53(7): e20210742, 2023. tab
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1404289

Resumo

ABSTRACT: Physalisperuviana L. (physalis) has significant economic potential by virtue of the unique flavor of its fruit. However, the productivity of Brazilian plantations is low because of the limited number of varieties or cultivars available. The main obstacle in the selection of superior genotypes is the lack of information about genetic variability within- and between- populations and limited genetic basis that has likely resulted from evolutionary, domestication and selection processes of the natural or artificial populations. Physalis currently cultivated in Brazil is tetraploid, and such polyploidy may have led to the reproductive isolation of the species, preventing the occurrence of intraspecific hybridization. Moreover, cultivated populations derive from a common gene pool and have undergone a long process of domestication and selection carried out empirically by farmers. In Colombia and other Andean countries there are wild populations that exhibit genetic diversity which; although, fundamental for the conservation of the species, have low potential for the development of genotypes with superior agronomic traits. In order to create and expand the genetic variability of physalis, breeders have employed various strategies including induction of mutation, chromosome duplication, and interspecific and intraspecific hybridization. Furthermore, the production of double haploid lines from in vitro anther cultures has shown good results in the selection of hybrids. The mutant genotypes and/or hybrids obtained using these methods in association with those of wide genomic selection can generate cultivars with superior agronomic traits.


RESUMO: Physalis peruviana L. (fisális) apresenta grande potencial econômico devido ao sabor diferenciado de seus frutos. A produtividade dos pomares brasileiros é baixa em função do número limitado de variedades ou cultivares disponíveis. O principal entrave na seleção de genótipos superiores é a falta de informação sobre a variabilidade genética dentro e entre as populações de fisális e, possivelmente, a base genética limitada das mesmas, que pode ser explicada pelos processos evolutivos, de domesticação e de seleção das populações naturais ou artificiais. A fisális cultivada atualmente no Brasil é tetraploide e tal poliploidia pode ter levado ao isolamento reprodutivo da espécie, o qual impede a ocorrência de hibridação intraespecífica. As populações cultivadas provêm de um pool genético comum e, além disso, sofreram um longo processo de domesticação e seleção realizadas empiricamente pelos agricultores. Porém, na Colômbia e em outros países andinos existem populações silvestres que exibem diversidade genética que, embora sejam fundamentais para a conservação da espécie, apresentam baixo potencial para o desenvolvimento de genótipos com características agronômicas superiores. A fim de criar e ampliar a variabilidade genética de fisális, os melhoristas tem empregado várias estratégias incluindo a indução de mutação, a duplicação cromossômica e a hibridação inter e intraespecífica. Além disso, a produção de linhagens duplo-haploides a partir da cultura de anterasin vitro vem demonstrando bons resultados para a seleção de híbridos. Os genótipos mutantes e/ou híbridos obtidos através dos métodos citados em associação com os de seleção genômica ampla podem gerar cultivares com características agronômicas superiores.

4.
Ciênc. rural (Online) ; 53(10): e20220350, 2023.
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1418799

Resumo

The use of molecular information in breeding programs contributed to important advances in the improvement of traits of economic interest in livestock production. The advent of single nucleotide polymorphism (SNP) panels applied to genome-wide selection (GWS) and genome-wide association studies (GWAS), along with computational advances (e.g., use of powerful software and robust analyses) allowed a better understanding of the genetic architecture of farm animals and increased the selection efficiency. In this context, the statistic method single-step GBLUP has been frequently used to perform GWS, and more recently GWAS analyses, providing accurate predictions and QTL detection, respectively. Nevertheless, in developing countries, species such as sheep and goats, whose genomic data are more difficult to be obtained, the use of data simulation has been efficient in the study of the major factors involved in the selection process, such as size of training population, density of SNP chips, and genotyping strategies. The effects of these factors are directly associated with the prediction accuracy of genomic breeding values. In this review we showed important aspects of the use of genomics in the genetic improvement of production traits of animals, the main methods currently used for prediction and estimation of molecular marker effects, the importance of data simulation for validation of those methods, as well as the advantages, challenges and limitations of the use of GWS and GWAS in the current scenario of livestock production.


Em programas de melhoramento genético, o uso de informações moleculares garantiu importantes avanços para a melhoria de características de interesse econômico, no âmbito da produção animal. O advento da tecnologia de painéis de SNPs aplicados à seleção genômica ampla (GWS) e associação genômica ampla (GWAS), aliado ao avanço computacional, com o uso de softwares e análises robustas, permitiram melhor compreensão sobre a arquitetura genética dos animais de produção e, consequentemente, maior eficiência na seleção. Nesse contexto, o método estatístico single-step GBLUP tem sido utilizado, frequentemente, na execução da GWS e, mais recentemente, em GWAS, possibilitando predições acuradas e detecção de QTLs, respectivamente. No entanto, em países em desenvolvimento e, em espécies como os ovinos e caprinos, que existe maior dificuldade para a aquisição de dados genômicos, o uso da simulação de dados tem se mostrado eficiente para estudar os principais fatores envolvidos no processo de seleção, como o tamanho da população de treinamento, densidade de chipde SNPs e estratégias de genotipagem, cujos efeitos estão diretamente associados à acurácia da predição de valores genéticos genômicos. Nesta revisão, serão abordados pontos importantes sobre o uso da genômica no melhoramento genético de características produtivas em animais, principais métodos de predição e estimação de efeitos de marcadores moleculares na atualidade, a importância da simulação de dados para a validação desses métodos, bem como as vantagens, os desafios e as limitações no cenário atual da produção animal com o uso da seleção e associação genômica ampla.


Assuntos
Animais , Seleção Genética , Genoma , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Melhoramento Genético
5.
Ciênc. rural (Online) ; 53(6): 1-8, 2023. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1413089

Resumo

Genotype x environment interactions represent a major challenge in identifying and selecting genotypes responsive to different climate and soil conditions. This research evaluated and selected pre-cultivars of carioca bean and early carioca bean based on adaptability, stability, and grain yield. In the 2014 crop season, two regional competition trials were conducted in the state of Pernambuco: carioca beans (14 genotypes in Arcoverde, Belém de São Francisco, Caruaru and São João) and early carioca beans (11 genotypes in Araripina, Arcoverde, and Caruaru) and, in the 2015 crop season, with early carioca beans (11 genotypes in Araripina, Arcoverde, and Brejão). Parameters were estimated by mixed models, and the selection was performed using the Harmonic Mean of Relative Performance of Genetic Values (HMRPGV) method following three strategies: i) selection based on predicted genetic value with no interaction; ii) selection according to predicted genetic value considering each location; and iii) simultaneous selection for grain yield, adaptability, and stability. The environments influenced the phenotypic expression of the carioca and early carioca bean genotypes, representing a specific adaptation. The genotypes BRS Notável, BRS Estilo and BRS Pérola, of carioca beans, and CNFC 15875, BRS Notável and CNFC 15630, of early carioca beans, had the best results in the environments tested, regarding, simultaneously, adaptability to different soil and climate conditions, performance stability, and grain yield.


A interação genótipo x ambiente representa um grande desafio na identificação e seleção de genótipos responsivos às diversas condições de clima e solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar e selecionar pré-cultivares de feijão carioca e feijão carioca precoce com base na adaptabilidade, estabilidade e produtividade de grãos. Na safra 2014 foram conduzidos dois ensaios regionais de competição no estado de Pernambuco: feijão carioca (14 genótipos em Arcoverde, Belém de São Francisco, Caruaru e São João) e feijão carioca precoce (11 genótipos em Araripina, Arcoverde e Caruaru) e na safra de 2015 com feijão carioca precoce (11 genótipos, em Araripina, Arcoverde e Brejão). Os parâmetros foram estimados por meio de modelos mistos e a seleção foi realizada pelo método da Média Harmônica do Desempenho Relativo dos Valores Genéticos (MHPRVG), adotando-se três estratégias: i) seleção com base no valor genético predito, sem interação; ii) seleção com base no valor genético predito, considerando cada local; iii) seleção simultânea quanto à produtividade de grãos, adaptabilidade e estabilidade. Observou-se que os ambientes influenciaram na expressão fenotípica dos genótipos de feijão carioca e carioca precoce, configurando adaptação específica. Os genótipos BRS Notável, BRS Estilo e BRS Pérola, de feijão carioca, e CNFC 15875, BRS Notável e CNFC 15630, de feijão carioca precoce, apresentaram os melhores desempenhos nos ambientes testados, considerando-se, simultaneamente, a adaptabilidade a diferentes condições edafoclimáticas, estabilidade de desempenho e produtividade de grãos


Assuntos
Seleção Genética , Phaseolus/genética , Perfil Genético , Genótipo
6.
Ciênc. rural (Online) ; 53(10): e20220350, 2023.
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1430199

Resumo

ABSTRACT: The use of molecular information in breeding programs contributed to important advances in the improvement of traits of economic interest in livestock production. The advent of single nucleotide polymorphism (SNP) panels applied to genome-wide selection (GWS) and genome-wide association studies (GWAS), along with computational advances (e.g., use of powerful software and robust analyses) allowed a better understanding of the genetic architecture of farm animals and increased the selection efficiency. In this context, the statistic method single-step GBLUP has been frequently used to perform GWS, and more recently GWAS analyses, providing accurate predictions and QTL detection, respectively. Nevertheless, in developing countries, species such as sheep and goats, whose genomic data are more difficult to be obtained, the use of data simulation has been efficient in the study of the major factors involved in the selection process, such as size of training population, density of SNP chips, and genotyping strategies. The effects of these factors are directly associated with the prediction accuracy of genomic breeding values. In this review we showed important aspects of the use of genomics in the genetic improvement of production traits of animals, the main methods currently used for prediction and estimation of molecular marker effects, the importance of data simulation for validation of those methods, as well as the advantages, challenges and limitations of the use of GWS and GWAS in the current scenario of livestock production.


RESUMO: Em programas de melhoramento genético, o uso de informações moleculares garantiu importantes avanços para a melhoria de características de interesse econômico, no âmbito da produção animal. O advento da tecnologia de painéis de SNPs aplicados à seleção genômica ampla (GWS) e associação genômica ampla (GWAS), aliado ao avanço computacional, com o uso de softwares e análises robustas, permitiram melhor compreensão sobre a arquitetura genética dos animais de produção e, consequentemente, maior eficiência na seleção. Nesse contexto, o método estatístico single-step GBLUP tem sido utilizado, frequentemente, na execução da GWS e, mais recentemente, em GWAS, possibilitando predições acuradas e detecção de QTLs, respectivamente. No entanto, em países em desenvolvimento e, em espécies como os ovinos e caprinos, que existe maior dificuldade para a aquisição de dados genômicos, o uso da simulação de dados tem se mostrado eficiente para estudar os principais fatores envolvidos no processo de seleção, como o tamanho da população de treinamento, densidade de chipde SNPs e estratégias de genotipagem, cujos efeitos estão diretamente associados à acurácia da predição de valores genéticos genômicos. Nesta revisão, serão abordados pontos importantes sobre o uso da genômica no melhoramento genético de características produtivas em animais, principais métodos de predição e estimação de efeitos de marcadores moleculares na atualidade, a importância da simulação de dados para a validação desses métodos, bem como as vantagens, os desafios e as limitações no cenário atual da produção animal com o uso da seleção e associação genômica ampla.

7.
Ciênc. rural (Online) ; 53(2): e20210798, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1384561

Resumo

ABSTRACT: Canonical correlation analysis based on genotypic correlations allows determining the associations between groups of traits and carrying out the direct or indirect selection of superior genotypes. This study investigated the existence of linear and multivariate relationships between high and low heritability traits via canonical correlation analysis based on genotypic correlations. The experiment was conducted at the Professor Diogo Alves de Melo Experimental Field at the Universidade Federal de Viçosa, in Viçosa, MG. 90 wheat cultivars were evaluated under a 9 × 10 alpha-lattice design, with three replications and plots consisting of four rows of three meters spaced at 0.20 meters. Canonical groups were established between spike height and plant height, days for heading, number of spikelets per spike, and number of grains per spike (Group I) and, spike weight, spike grain mass, 100-grain mass, hectoliter weight, and grain yield (Group II). There was dependence between the established groups, which allowed the investigation of the relationships between traits based on their genotypic values. The traits cycle and plant height can be used for indirect selection of genotypes superior in hectoliter weight and grain yield, which are important factors for industries and farmers.


RESUMO: As análises de correlações canônicas baseadas nas correlações genotípicas, permitem determinar associações entre grupos de caracteres e realizar a seleção direta ou indireta de genótipos superiores. Objetivou-se com este trabalho investigar a existência de relações lineares e multivariadas entre caracteres de alta e baixa herdabilidade via análise de correlações canônicas com base nas correlações genotípicas. O experimento foi conduzido no Campo Experimental Professor Diogo Alves de Melo da Universidade Federal de Viçosa, em Viçosa, Minas Gerais. 90 cultivares de trigo foram avaliadas sob o delineamento alpha-lattice 9 × 10, com três repetições e parcelas constituídas por quatro linhas de três metros espaçadas a 0.20 metros. Os grupos canônicos foram estabelecidos entre altura de espiga e planta, dias para o espigamento, número de espiguetas por espiga e número de grãos por espiga (Grupo I) e, peso de espiga, massa de grãos da espiga, massa de 100 grãos, peso hectolitro e produtividade de grãos (Grupo II). Houve dependência entre os grupos estabelecidos, o que permitiu a investigação das relações entre os caracteres com base em seus valores genotípicos. Os caracteres ciclo e altura de plantas podem ser utilizados para a seleção indireta de genótipos superiores em peso hectolitro e produtividade, fatores estes importantes para indústrias e produtores.

8.
Rev. Ciênc. Agrovet. (Online) ; 22(2): 346-352, mai. 2023. ilus, tab
Artigo em Português | VETINDEX | ID: biblio-1451453

Resumo

A seleção de sementes com qualidade fisiológicaé fundamental para pequenos agricultores, que selecionam e salvam as sementes para a próxima safra. O objetivo do trabalho foi avaliar a qualidade fisiológica de sementes em três posições na espiga, de duas variedades de milho crioulo. Oexperimento foi realizado no município de Bagé, no ano de 2020, com sementes da safra 2019/2020 na Faculdade IDEAU. Foram utilizadas sementes das variedades Ferrinho e Amarelão, no delineamento inteiramente casualizado, com quatro repetições e os tratamentos foram compostos pela separação das sementes em três posições da espiga: Basal, Intermediária e Apical. Foram realizados os testes de germinação, primeira contagem da germinação, comprimento de plântula e massa seca de plântula. As sementes das posiçõesBasal e Intermediária apresentam germinação entre 94 e 98%, superior a posição Apical. A primeira contagem da germinação e os testes de comprimento e massa seca de plântula mostraram baixo nível de vigor para todos os tratamentos. As sementes das posiçõesBasal e Intermediária das var. de milho crioulo Amarelão e Ferrinho apresentaram maior viabilidade, mostrando que sua seleção, com descarte das sementes Apicais, demonstra potencial como método de seleção para agricultores familiares. Entretanto, independentemente da posição na espiga, as sementes analisadas apresentaram baixo nível de vigor.(AU)


The selection of seeds with physiological quality is essential for smallfarmers, who select and save seeds for the next crop. The objective of this work was to evaluate the physiological quality of seeds in three positions on the ear of two varieties landrace maize. The experiment was carried out in the municipality of Bagé, in the year 2020, with seeds from the 2019/2020 harvest at Faculdade IDEAU. Seeds of the Ferrinho and Amarelão varieties were used, in a completely randomized design, with four replications and the treatments were composed by separating the seeds in three positions of the ear: Basal, Intermediate and Apical. Tests for germination, first germination count, seedling length and seedling dry mass were performed. The seeds of the Basal and Intermediate positions present germination between 94 and 98%, higher than the Apical position. The first germination count and the tests of seedling length and dry mass showed a low level of vigour for all treatments. The seeds of the Basal and Intermediate positions of var. of landrace maize Amarelão and Ferrinho showed higher viability, showing that their selection, with the disposal of Apical seeds, demonstrates potential as selection method for small farmers. However, regardless of the position on the ear, the seeds analyzed showed a low level of vigour.(AU)


Assuntos
Sementes , Zea mays/química , Preferências Alimentares/fisiologia
9.
Ciênc. rural (Online) ; 53(2): 1-8, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1410779

Resumo

Canonical correlation analysis based on genotypic correlations allows determining the associations between groups of traits and carrying out the direct or indirect selection of superior genotypes. This study investigated the existence of linear and multivariate relationships between high and low heritability traits via canonical correlation analysis based on genotypic correlations. The experiment was conducted at the Professor Diogo Alves de Melo Experimental Field at the Universidade Federal de Viçosa, in Viçosa, MG. 90 wheat cultivars were evaluated under a 9 × 10 alpha-lattice design, with three replications and plots consisting of four rows of three meters spaced at 0.20 meters. Canonical groups were established between spike height and plant height, days for heading, number of spikelets per spike, and number of grains per spike (Group I) and, spike weight, spike grain mass, 100-grain mass, hectoliter weight, and grain yield (Group II). There was dependence between the established groups, which allowed the investigation of the relationships between traits based on their genotypic values. The traits cycle and plant height can be used for indirect selection of genotypes superior in hectoliter weight and grain yield, which are important factors for industries and farmers.


As análises de correlações canônicas baseadas nas correlações genotípicas, permitem determinar associações entre grupos de caracteres e realizar a seleção direta ou indireta de genótipos superiores. Objetivou-se com este trabalho investigar a existência de relações lineares e multivariadas entre caracteres de alta e baixa herdabilidade via análise de correlações canônicas com base nas correlações genotípicas. O experimento foi conduzido no Campo Experimental Professor Diogo Alves de Melo da Universidade Federal de Viçosa, em Viçosa, Minas Gerais. 90 cultivares de trigo foram avaliadas sob o delineamento alpha-lattice 9 × 10, com três repetições e parcelas constituídas por quatro linhas de três metros espaçadas a 0.20 metros. Os grupos canônicos foram estabelecidos entre altura de espiga e planta, dias para o espigamento, número de espiguetas por espiga e número de grãos por espiga (Grupo I) e, peso de espiga, massa de grãos da espiga, massa de 100 grãos, peso hectolitro e produtividade de grãos (Grupo II). Houve dependência entre os grupos estabelecidos, o que permitiu a investigação das relações entre os caracteres com base em seus valores genotípicos. Os caracteres ciclo e altura de plantas podem ser utilizados para a seleção indireta de genótipos superiores em peso hectolitro e produtividade, fatores estes importantes para indústrias e produtores.


Assuntos
Triticum , Análise de Correlação Canônica , Genótipo
10.
Ciênc. rural (Online) ; 53(3): e20210703, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1384580

Resumo

ABSTRACT: High consanguinity among equines has negative effects on semen quality, thus resulting in low motility and high levels of abnormality in the spermatozoa. However, such a relationship has not been studied in Colombian Creole horses, which have been subjected to particular selection practices focusing mainly on their gait. This research assessed the relationship of semen quality to inbreeding and gait of Colombian Creole horses. Semen was collected from 50 horses using the artificial vagina method. Sperm motility and kinematics were assessed with a computerized analysis system (SCA®). Sperm vitality (SV) and abnormal morphology (AM) were assessed via the eosin-nigrosin staining test. Functional membrane integrity (FMI) was assessed via the hypo-osmotic swelling test (HOST). Genealogies and consanguinity analysis was conducted using the Breeders Assistant for Horses program. An average of 3.6 ± 0.4 % was reported for the inbreeding coefficient (Ft). A decrease in sperm motility and kinematics was reported, which was associated with an increase in consanguinity (P < 0.05). Furthermore, differences in consanguinity were found based on gait. Similarly, a relationship between horse gait and semen quality (P < 0.05) was found. Authors concluded that semen quality of Colombian Creole horses has been affected by inbreeding and its relationship with genetic selection based on gait.


RESUMO: A alta consanguinidade entre equinos tem efeitos negativos na qualidade do sêmen, resultando em baixa motilidade e altos níveis de anormalidade nos espermatozóides. No entanto, tal relação não foi estudada em cavalos crioulos colombianos, que tem sido submetidos a práticas de seleção específicas com foco principalmente em sua marcha. O objetivo desta pesquisa foi avaliar o relação da qualidade do sêmen com endogamia e marcha de cavalos crioulos colombianos. O sêmen foi coletado de 50 cavalos pelo método da vagina artificial. A motilidade e a cinética dos espermatozoides foram avaliadas com um sistema de análise computadorizado (SCA®). A vitalidade do esperma (VE) e a morfologia anormal (MA) foram avaliadas por meio do teste de coloração com eosina-nigrosina. A integridade funcional da membrana (IFM) foi avaliada por meio do test hipo-osmótico (HOST). A análise de genealogias e consanguinidade foi conduzida usando o programa Breeders Assistant for Horses. Uma média de 3,6 ± 0,4% foi encontrada para o coeficiente de endogamia (Ft). Uma diminuição na motilidade e cinética dos espermatozoides, que foi associada a um aumento na consanguinidade (P < 0,05). Além disso, diferenças na consanguinidade foram encontradas com base na marcha. Da mesma forma, foi encontrada uma relação entre a marcha do cavalo e a qualidade do sêmen (P < 0,05). Os autores concluíram que a qualidade do sêmen de cavalos crioulos colombianos foi afetada pela endogamia e sua relação com a seleção genética baseada na marcha.

11.
Ciênc. rural (Online) ; 53(10): e20220327, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1418792

Resumo

Quantile Random Forest (QRF) is a non-parametric methodology that combines the advantages of Random Forest (RF) and Quantile Regression (QR). Specifically, this approach can explore non-linear functions, determining the probability distribution of a response variable and extracting information from different quantiles instead of just predicting the mean. This evaluated the performance of the QRF in the genomic prediction for complex traits (epistasis and dominance). In addition, compare the accuracies obtained with those derived from the G-BLUP. The simulation created an F2 population with 1,000 individuals and genotyped for 4,010 SNP markers. Besides, twelve traits were simulated from a model considering additive and non-additive effects, QTL (Quantitative trait loci) numbers ranging from eight to 120, and heritability of 0.3, 0.5, or 0.8. For training and validation, the 5-fold cross-validation approach was used. For each fold, the accuracies of all the proposed models were calculated: QRF in five different quantiles and three G-BLUP models (additive effect, additive and epistatic effects, additive and dominant effects). Finally, the predictive performance of these methodologies was compared. In all scenarios, the QRF accuracies were equal to or greater than the methodologies evaluated and proved to be an alternative tool to predict genetic values in complex traits.


Quantile Random Forest (QRF) é uma metodologia não paramétrica, que combina as vantagens do Random Forest (RF) e da Regressão Quantílica (QR). Especificamente, essa abordagem pode explorar funções não lineares, determinando a distribuição de probabilidade de uma variável resposta e extraindo informações de diferentes quantis em vez de apenas prever a média. O objetivo deste trabalho foi avaliar o desempenho do QRF em predizer o valor genético genômico para características com arquitetura genética não aditiva (epistasia e dominância). Adicionalmente, as acurácias obtidas foram comparadas com aquelas advindas do G-BLUP. A simulação criou uma população F2 com 1.000 indivíduos genotipados para 4.010 marcadores SNP. Além disso, doze características foram simuladas a partir de um modelo considerando efeitos aditivos e não aditivos, com número de QTL (Quantitative trait loci) variando de oito a 120 e herdabilidade de 0,3, 0,5 ou 0,8. Para treinamento e validação foi usada a abordagem da validação cruzada 5-fold. Para cada um dos folds foram calculadas as acurácias de todos os modelos propostos: QRF em cinco quantis diferentes e três modelos do G-BLUP (com efeito aditivo, aditivo e epistático, aditivo e dominante). Por fim, o desempenho preditivo dessas metodologias foi comparado. Em todos os cenários, as acurácias do QRF foram iguais ou superiores às metodologias avaliadas e mostrou ser uma ferramenta alternativa para predizer valores genéticos em características complexas.


Assuntos
Seleção Genética , Genoma , Genômica , Epistasia Genética , Algoritmo Florestas Aleatórias
12.
Ciênc. rural (Online) ; 53(3): e20210703, 2023. tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1412114

Resumo

High consanguinity among equines has negative effects on semen quality, thus resulting in low motility and high levels of abnormality in the spermatozoa. However, such a relationship has not been studied in Colombian Creole horses, which have been subjected to particular selection practices focusing mainly on their gait. This research assessed the relationship of semen quality to inbreeding and gait of Colombian Creole horses. Semen was collected from 50 horses using the artificial vagina method. Sperm motility and kinematics were assessed with a computerized analysis system (SCA®). Sperm vitality (SV) and abnormal morphology (AM) were assessed via the eosin-nigrosin staining test. Functional membrane integrity (FMI) was assessed via the hypo-osmotic swelling test (HOST). Genealogies and consanguinity analysis was conducted using the Breeders Assistant for Horses program. An average of 3.6 ± 0.4 % was reported for the inbreeding coefficient (Ft). A decrease in sperm motility and kinematics was reported, which was associated with an increase in consanguinity (P < 0.05). Furthermore, differences in consanguinity were found based on gait. Similarly, a relationship between horse gait and semen quality (P < 0.05) was found. Authors concluded that semen quality of Colombian Creole horses has been affected by inbreeding and its relationship with genetic selection based on gait.


A alta consanguinidade entre equinos tem efeitos negativos na qualidade do sêmen, resultando em baixa motilidade e altos níveis de anormalidade nos espermatozóides. No entanto, tal relação não foi estudada em cavalos crioulos colombianos, que tem sido submetidos a práticas de seleção específicas com foco principalmente em sua marcha. O objetivo desta pesquisa foi avaliar o relação da qualidade do sêmen com endogamia e marcha de cavalos crioulos colombianos. O sêmen foi coletado de 50 cavalos pelo método da vagina artificial. A motilidade e a cinética dos espermatozoides foram avaliadas com um sistema de análise computadorizado (SCA®). A vitalidade do esperma (VE) e a morfologia anormal (MA) foram avaliadas por meio do teste de coloração com eosina-nigrosina. A integridade funcional da membrana (IFM) foi avaliada por meio do test hipo-osmótico (HOST). A análise de genealogias e consanguinidade foi conduzida usando o programa Breeders Assistant for Horses. Uma média de 3,6 ± 0,4% foi encontrada para o coeficiente de endogamia (Ft). Uma diminuição na motilidade e cinética dos espermatozoides, que foi associada a um aumento na consanguinidade (P < 0,05). Além disso, diferenças na consanguinidade foram encontradas com base na marcha. Da mesma forma, foi encontrada uma relação entre a marcha do cavalo e a qualidade do sêmen (P < 0,05). Os autores concluíram que a qualidade do sêmen de cavalos crioulos colombianos foi afetada pela endogamia e sua relação com a seleção genética baseada na marcha.


Assuntos
Animais , Seleção Genética , Análise do Sêmen/veterinária , Marcha , Cavalos , Endogamia
13.
Ciênc. rural (Online) ; 53(1): e20210609, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1384543

Resumo

ABSTRACT: In this study, the share of land rent in the fixed costs of wheat production was examined, and the aim of the study was to find land values using cost tables. To this purpose, we showed the effect of these on land values from the difference between field rents and net income. The study covered the district of Polatlı in Ankara province. Data on wheat production in Polatlı in 2017 was collected from six villages and 37 farms by means of a questionnaire. In selecting the farms, the ability to determine the land rent was taken into account as a selection criterion. The farms examined used on average per hectare, 11.9 hours of labor, 7.7 hours of draft power, 354.3 kg of fertilizer, 205.5 kg of seed, and 1.5 liters of agricultural chemicals. The average wheat production cost per hectare was $865.42; the average unit production cost was $0.23, and the production value was reported to be $1012.40/da. In this study, the land rent was of $225.40, and the net income from the land was reported to be $372.42. It was reported an evaluation performed using the taxation tables that land values according to rental incomes were $4508.80/ha, and $7448.40 when the land was worked by the landowner. Land rent constituted 26.05% of total production costs, and were equivalent to 22.26% of production value. When crop prices increased by 1%, income from the land increased by 4.49%.


RESUMO: Neste estudo, a participação do arrendamento da terra nos custos fixos da produção de trigo foi examinada, e o objetivo do estudo foi encontrar os valores da terra usando tabelas de custos. Para tanto, buscou-se mostrar o efeito destes nos valores dos terrenos a partir da diferença entre os aluguéis dos campos e a receita líquida. O estudo cobriu o distrito de Polatlı na província de Ancara. Os dados sobre a produção de trigo em Polatlı, em 2017, foram coletados em seis aldeias e 37 fazendas por meio de um questionário. Na seleção das fazendas, a capacidade de determinar o aluguel da terra foi levada em consideração como um critério de seleção. As fazendas examinadas consumiam em média por hectare 11,9 horas de mão de obra, 7,7 horas de força de tracção, 354,3 kg de fertilizante, 205,5 kg de semente e 1,5 litro de agroquímicos. O custo médio de produção de trigo por hectare foi de $ 865,42; o custo de produção unitário médio foi de $ 0,23, e o valor de produção foi de $ 1.012,40 / da. Neste estudo, o arrendamento da terra foi determinado em $ 225,40 e a renda líquida da terra em $ 372,42. A partir de uma avaliação realizada com base nas tabelas de tributação, verificou-se que os valores dos terrenos de acordo com a renda do arrendamento eram de $ 4508,80 / ha e $ 7.448,40 quando a terra era trabalhada pelo proprietário. A renda da terra constituiu 26,05% dos custos totais de produção e foi equivalente a 22,26% do valor da produção. Quando os preços das safras aumentaram 1%, a renda da terra aumentou 4,49%.

14.
Ciênc. rural (Online) ; 53(5): e20220036, 2023. tab
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1394272

Resumo

ABSTRACT: This study was designed to test the two alfalfa advanced populations (L-1737 and L-1738) with four control cultivars (Bilensoy-80, Gözlü, Savaş and Plato) for agromorphological, yield and quality properties under irrigated conditions in two various locations in Ankara, Turkey in the years of 2013, 2014, and 2015. The experiments were arranged in a randomized block design with four replications. Results of the study showed that there were statistically significant differences in plant height and stem diameter as well as stem number among the study materials. Statistically significant differences were observed for green forage yield (P < 0.05), while not in dry matter yield among the study materials. The average green forage and dry matter yields were reported as 67.0 t ha-1 and 13. 0 t ha-1, respectively. Green forage and dry matter yields in the advanced populations of L-1737 and L-1738 were 69.2 and 67.4 t ha-1; 13.7 and 13.6 t ha-1, respectively. Those yield values were 6.5 and 3.7%; 4.3 and 3.4% higher in green forage and dry matter yields of the advanced populations of L-1737 and L-1738 compared to the control cultivar Bilensoy-80, respectively. These increases in green forage and dry matter yields were due to the effect of the mass selection method. Statistically significant differences were observed for acid detergent fiber, neutral detergent fiber, and relative feeding value among the study materials, except crude protein contents. It was concluded that the two advanced populations had good adaptation ability, high yield and good quality performance under irrigated conditions and could be used as commercial cultivars.


RESUMO: Este estudo foi desenhado para testar duas populações avançadas de alfafa (L-1737 e L-1738) com quatro cultivares controle (Bilensoy-80, Gözlü, Savaş e Plato) para propriedades agromorfológicas, produtividade e qualidade sob condições irrigadas em dois locais diferentes em Ancara, Turquia, nos anos de 2013, 2014 e 2015. Os experimentos foram dispostos em delineamento de blocos casualizados com quatro repetições. Os resultados do estudo mostraram que houveram diferenças estatisticamente significativas na altura das plantas e diâmetro do colmo, bem como no número de colmos entre os materiais avaliados. Foram observadas diferenças estatisticamente significativas para a produtividade de forragem verde (P < 0.05), enquanto não foram observadas diferenças na produção de matéria seca entre os materiais estudados. As produtividades médias de forragem verde e matéria seca foram de 67.0 t ha-1 e 13.0 t ha-1, respectivamente. Os rendimentos de forragem verde e matéria seca nas populações avançadas de L-1737 e L-1738 foram 69.2 e 67.4 t ha-1; 13.7 e 13.6 t ha-1, respectivamente. Esses valores de rendimento foram 6.5 e 3.7%; 4.3 e 3.4% maiores em rendimentos de forragem verde e matéria seca das populações avançadas de L-1737 e L-1738 em relação à cultivar controle Bilensoy-80, respectivamente. Esses aumentos nos rendimentos de forragem verde e matéria seca foram devidos ao efeito do método de seleção massal. Diferenças, estatisticamente significativas, foram observadas para fibra em detergente ácido, fibra em detergente neutro e valor alimentar relativo entre os materiais estudados, exceto nos teores de proteína bruta. Concluiu-se que as duas populações avançadas apresentaram boa capacidade de adaptação, alta produtividade e bom desempenho em condições irrigadas, podendo ser utilizadas como cultivares comerciais.

15.
Semina ciênc. agrar ; 44(1): 97-112, jan.-fev. 2023. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1418811

Resumo

The aim was to estimate the genetic correlations between residual feed intake (RFI) and dry matter intake (DMI) with carcass finish (CF), rib eye area (REA), and marbling (MAR) of Nellore cattle. Data from 7,808 animals were considered. In addition, data from 2,261 females included in the complete database were also considered. Estimates of variance and covariance components, as well as heritabilities and genetic correlations were obtained by means of two-character analysis under animal model. Heritability estimates were found to be moderate for the RFI (0.22) and DMI (0.29) traits. It was observed that genetic correlation was close to zero for all traits, except between RFI and REA (-0.11). However, considering the female population, there was an increase in the estimated genetic correlation between RFI and DMI, although still a favorable genetic association of low magnitude (-0.30). There was also an increase in the genetic association of REA with RFI (-0.21). It can be concluded that the direct selection for RFI and DMI will not influence the CF, MAR, or REA of Nellore cattle. However, this selection may generate some favorable responses in MAR and REA in Nellore females.


Objetivou-se estimar as correlações genéticas entre consumo alimentar residual (CAR) e ingestão de matéria seca com acabamento de carcaça (ACAB), área de olho de lombo (AOL) e marmoreio (MAR) para bovinos da raça Nelore. Foram consideradas informações de 7.808 animais. Além disso foram consideradas informações de 2.261 animais fêmeas que compunham o banco de dados completo. As estimativas dos componentes de variâncias e covariâncias, bem como das herdabilidades e correlações genéticas foram obtidas por meio de análises bicaracterísticas sob modelo animal. Verificou-se que as estimativas de herdabilidade foram moderadas para as características de CAR (0,22) e IMS (0,29). Observou-se que as estimativas de correlação genética foram próximos a zero para todas as Características, exceto entre CAR e AOL (-0,11). No entanto, considerando a população de fêmeas, houve um aumento na estimativa de correlação genética com CAR e IMS, apesar de ainda ser uma associação genética favorável de baixa magnitude (-0,30). Também houve um aumento na associação genética da AOL com o CAR (-0,21). Conclui-se, assim, que a seleção direta para o CAR e IMS não influenciará no ACAB, MAR e AOL de bovinos da raça Nelore. No entanto, essa seleção poderá gerar alguma resposta favorável em MAR e AOL em fêmeas Nelore.


Assuntos
Animais , Bovinos , Bovinos/genética , Ingestão de Alimentos
16.
Ciênc. rural (Online) ; 53(11): e20210541, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1427350

Resumo

The objective of this research was to estimate genetic parameters and genetic trends (GT) for 305-day milk yield (MY305) and 305-day fat yield (FY305) of purebred Dairy Gir animals of the National Dairy Gir Breeding Program. The restricted maximum likelihood method was used in an animal model. GT were obtained via linear regression and divided into two periods (1935-1992 and 1993-2013 for PL305; 1935-1992 and 1993-2010 for MY305). The estimated heritabilities were 0.23 (MY305) and 0.10 (FY305). The GT (kg/year) values for MY305 in the 2nd period for measured females (25.49), females (26.11), and males (35.13) were higher than those found in the 1st period (2.52; 2.06, and 1.00, respectively). The heritability estimated for MY305 confirmed the possibility of genetic improvement by selection and indicated a lower additive genetic effect on FY305 of purebred animals. The genetic progress for MY305 in all purebred population is denoted by the more expressive gains found from 1990's, when the first bull catalogs were published.


Objetivou-se estimar os parâmetros genéticos e tendências genéticas (GT) para produção de leite (MY305) e produção de gordura (FY305), ambas em 305 dias, de animais puros Gir Leiteiro, integrantes do Programa Nacional de Melhoramento do Gir Leiteiro. Foi utilizada a metodologia da máxima verossimilhança restrita em modelo animal. As GT foram obtidas via regressão linear e divididas em dois períodos (1935-1992 e 1993-2013 para PL305; 1935-1992 e 1993-2010 para MY305). As herdabilidades foram de 0,23 (MY305) e 0,10 (FY305). Para PL305, as GT (kg/ano) do 2º período para fêmeas mensuradas (25,49), fêmeas (26,11) e, machos (35,13) foram claramente superiores às do 1º período (2,52; 2,06 e 1,00; respectivamente). A estimativa de herdabilidade para MY305 reafirma ser possível melhoramento genético por meio de seleção, enquanto para FY305 sugere uma menor influência genética aditiva em animais puros. O progresso genético para MY305 em toda a população pura está evidenciado pelos ganhos mais expressivos, observados a partir da década de 90, quando foram divulgados os primeiros sumários de touros.


Assuntos
Animais , Bovinos , Seleção Genética , Bovinos/genética , Melhoramento Genético
17.
Rev. bras. reprod. anim ; 47(3): 524-529, jul.-set. 2023. tab
Artigo em Português | VETINDEX | ID: biblio-1436653

Resumo

A presente revisão propôs analisar quais características são desejáveis para seleção de reprodutores caprinos e ovinos, visando à produção de sêmen. A escolha dos reprodutores deve ser feita de acordo com os padrões exigidos da raça, além da higidez reprodutiva dos animais. Biotecnologias reprodutivas oferecem oportunidades consideráveis para a produção animal, como a inseminação artificial, transferência de embriões e congelamento de sêmen. Análises da produção de espermatozoides são de grande importância, pois está diretamente relacionada com a atividade sexual. A genética do criatório é um fator crítico que influencia o resultado final e a saúde animal. A utilização de marcadores moleculares é uma ferramenta que temos para selecionar características desejáveis em uma prole, através da identificação de biomarcadores. Técnicas de genética molecular potencializam o efeito de biotécnicas reprodutivas e consequentemente a lucratividade da pecuária intensiva.(AU)


The present review proposed to analyze which characteristics are desirable for the selection of goat and sheep breeders, aiming at the production of semen. The choice of breeders must be made in accordance with the standards required for the breed, in addition to the reproductive health of the animals. Reproductive biotechnologies offer considerable opportunities for animal production, such as artificial insemination, embryo transfer and semen freezing. Analyzes of sperm production are of great importance, as it is directly related to sexual activity. Farm genetics is a critical factor that influences the end result and animal health. The use of molecular markers is a tool that we have to select desirable characteristics in an offspring, through the identification of biomarkers. Molecular genetic techniques enhance the effect of reproductive biotechniques and consequently the profitability of intensive livestock farming.(AU)


Assuntos
Animais , Masculino , Ruminantes/fisiologia , Análise do Sêmen , Biotecnologia , Fertilidade/genética
18.
Anim. Reprod. (Online) ; 20(2): e20230064, 2023.
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1444264

Resumo

Genomic selection has transformed the livestock industry, enabling early-life selection of animals. Biopsy sampling of pre-implantation embryos has been described since 1968. However, it was only after 2010, with the advancement of molecular biology techniques such as whole genomic amplification and SNP Chips, that next-generation sequencing became commercially available for bovine embryos. It is now possible to make decisions about which embryos to transfer not only based on recipients' availability or embryo morphology but also on genomic estimates. This technology can be implemented for a wide spectrum of applications in livestock. In this review, we discuss the use of embryo biopsy for genomic selection and share our experience with Gir and Girolando Brazilian breeding programs, as well as future goals for implementing it in Brazilian bovine in vitro embryo production practices.(AU)


Assuntos
Animais , Feminino , Biópsia/veterinária , Bovinos/embriologia , Seleção Genética , Melhoramento Genético/métodos
19.
Braz. j. biol ; 832023.
Artigo em Inglês | LILACS-Express | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1469027

Resumo

Abstract The inheritance of the seedless fruit characteristic of Annona squamosa has not yet been explained. Molecular techniques may aid breeding programs, mainly in the assisted selection of the target gene. The INO gene may be related to seed development in these fruits. The objective of the present paper was to investigate the inheritance of seedlessness in the 'Brazilian seedless' sugar apple and INO gene conservation in Annona squamosa and Annona cherimola x Annona squamosa genotypes by assessing their homology with the INO database genes. The F1 generation was obtained by crossing the mutant 'Brazilian seedless' (male genitor) (P1) with the wild-type A. squamosa with seeds (M1 and M2, female genitors). The INO gene was studied in mutant and wild-type A. squamosa (P1, M1, M2 and M3) and in the Gefner atemoya (A. cherimola x A. squamosa) (M4) cultivar. The DNA was extracted from young leaves, and four sets of specific primers flanking the INO gene were amplified. The seedless characteristic was identified as stenospermatic in the fruits of parental P1, suggesting monogenic inheritance with complete dominance. High sequence similarity of the INO gene amplifications in the sugar apple accessions (M1, M2, M3) and the atemoya cultivar Gefner (M4) reinforces the hypothesis of their conservation.


Resumo A herança da característica de fruto sem sementes de Annona squamosa ainda não foi esclarecida. Técnicas moleculares podem auxiliar em programas de melhoramento, principalmente na seleção assistida do gene de interesse. O gene INO pode estar relacionado ao desenvolvimento da semente dessas frutas. O objetivo foi investigar a herança da ausência de sementes em Annona squamosa e a conservação do gene INO nos genótipos Annona squamosa e Annona cherimola x Annona squamosa avaliando sua homologia com banco de dados de genes INO. A geração F1 foi obtida pelo cruzamento do mutante 'Brazilian seedless' (genitor masculino) (P1) com o tipo selvagem com sementes (A. squamosa) (M1 e M2, genitores femininos). O gene INO foi estudado em A. squamosa, mutante e selvagem (P1, M1, M2 e M3) e na cultivar Gefner atemoya (A. cherimola x A. squamosa) (M4). O DNA foi extraído de folhas jovens, e quatro conjuntos de primers específicos flanqueando o gene INO foram amplificados. A característica sem sementes foi identificada como estenospermática nos frutos do parental P1, sugerindo herança monogênica com dominância completa. A alta similaridade de sequência das amplificações do gene INO nos acessos de pinha (M1, M2, M3) e na cultivar de atemóia Gefner (M4) reforça a hipótese de sua conservação.

20.
Ciênc. rural (Online) ; 53(10): e20220327, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1430203

Resumo

ABSTRACT: Quantile Random Forest (QRF) is a non-parametric methodology that combines the advantages of Random Forest (RF) and Quantile Regression (QR). Specifically, this approach can explore non-linear functions, determining the probability distribution of a response variable and extracting information from different quantiles instead of just predicting the mean. This evaluated the performance of the QRF in the genomic prediction for complex traits (epistasis and dominance). In addition, compare the accuracies obtained with those derived from the G-BLUP. The simulation created an F2 population with 1,000 individuals and genotyped for 4,010 SNP markers. Besides, twelve traits were simulated from a model considering additive and non-additive effects, QTL (Quantitative trait loci) numbers ranging from eight to 120, and heritability of 0.3, 0.5, or 0.8. For training and validation, the 5-fold cross-validation approach was used. For each fold, the accuracies of all the proposed models were calculated: QRF in five different quantiles and three G-BLUP models (additive effect, additive and epistatic effects, additive and dominant effects). Finally, the predictive performance of these methodologies was compared. In all scenarios, the QRF accuracies were equal to or greater than the methodologies evaluated and proved to be an alternative tool to predict genetic values in complex traits.


RESUMO: Quantile Random Forest (QRF) é uma metodologia não paramétrica, que combina as vantagens do Random Forest (RF) e da Regressão Quantílica (QR). Especificamente, essa abordagem pode explorar funções não lineares, determinando a distribuição de probabilidade de uma variável resposta e extraindo informações de diferentes quantis em vez de apenas prever a média. O objetivo deste trabalho foi avaliar o desempenho do QRF em predizer o valor genético genômico para características com arquitetura genética não aditiva (epistasia e dominância). Adicionalmente, as acurácias obtidas foram comparadas com aquelas advindas do G-BLUP. A simulação criou uma população F2 com 1.000 indivíduos genotipados para 4.010 marcadores SNP. Além disso, doze características foram simuladas a partir de um modelo considerando efeitos aditivos e não aditivos, com número de QTL (Quantitative trait loci) variando de oito a 120 e herdabilidade de 0,3, 0,5 ou 0,8. Para treinamento e validação foi usada a abordagem da validação cruzada 5-fold. Para cada um dos folds foram calculadas as acurácias de todos os modelos propostos: QRF em cinco quantis diferentes e três modelos do G-BLUP (com efeito aditivo, aditivo e epistático, aditivo e dominante). Por fim, o desempenho preditivo dessas metodologias foi comparado. Em todos os cenários, as acurácias do QRF foram iguais ou superiores às metodologias avaliadas e mostrou ser uma ferramenta alternativa para predizer valores genéticos em características complexas.

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