Espectro de coinfecciones pulmonares fúngicas oportunistas en COVID-19: lo que el radiólogo debe saber / Spectrum of opportunistic fungal lung co-infections in COVID-19: What the radiologist needs to know

Las coinfecciones pulmonares fúngicas asociadas a la COVID-19 pueden ocurrir en pacientes gravemente enfermos o con comorbilidades subyacentes e inmunosupresión. Las infecciones fúngicas invasivas más comunes son causadas por aspergilosis, mucormicosis, y las debidas a Pneumocystis, criptococo y cándida. Los radiólogos integran las características clínicas de la enfermedad con el enfoque basado en patrones de TAC y desempeñan un papel crucial en la identificación de estas coinfecciones en la COVID-19 para ayudar a los médicos a realizar un diagnóstico seguro, iniciar el tratamiento y prevenir complicaciones.(AU)

Fungal lung co-infections associated with COVID-19 may occur in severely ill patients or those with underlying co-morbidities, and immunosuppression. The most common invasive fungal infections are caused by aspergillosis, mucormycosis, pneumocystis, cryptococcus, and candida. Radiologists integrate the clinical disease features with the CT pattern-based approach and play a crucial role in identifying these co-infections in COVID-19 to assist clinicians to make a confident diagnosis, initiate treatment and prevent complications.(AU)

Diagnóstico diferencial de la neumonía en los tiempos del COVID-19 / Differential diagnosis of pneumonia at the time of COVID-19

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Actualización sobre Aspergillus, Pneumocystis y otras micosis pulmonares oportunistas / Updates on Aspergillus, Pneumocystis and other opportunistic pulmonary mycoses

Las micosis son enfermedades graves y potencialmente letales. Con el desarrollo de terapias inmunosupresoras y técnicas de soporte vital, la inmunosupresión en sus diferentes grados es cada vez más prevalente. El deterioro de la respuesta inmune es el factor de riesgo principal para el desarrollo de las micosis oportunistas. El diagnóstico y tratamiento precoces son factores cruciales para mejorar el pronóstico de estas enfermedades. Sin embargo, los aislamientos mediante cultivos o las técnicas de detección antigénicas no son capaces de distinguir entre colonización e infección invasiva, y las biopsias rara vez se pueden realizar por la situación clínica. Ello sitúa al médico en una situación de incertidumbre en la que debe reconocer precozmente los signos clínicos y radiológicos e interpretar los resultados microbiológicos en su contexto. El objetivo de esta revisión es aportar una visión general del perfil de paciente que sufre estas infecciones, el papel de su sistema inmune, y de forma más detallada, los principales avances diagnósticos más reconocidos y recomendados por la comunidad científica

Mycoses are serious diseases with potentially fatal outcome. The introduction of immunosuppressive treatments and life support techniques has led to a growing prevalence of different degrees of immunosuppression. Compromised immune response is the primary risk factor for the development of opportunistic mycoses. Early diagnosis and treatment are crucial for improving prognosis. However, isolation in cultures or identification using antigen detection techniques cannot distinguish between colonization and invasive infection, and the clinical status of the patient often prevents biopsy sampling. Clinicians thus find themselves in an uncertain position, requiring them to quickly recognize clinical and radiological signs and interpret microbiological results in context. The aim of this review is to provide a general overview of the profile of patients susceptible to these infections, the role of the immune system and, in more detail, the major diagnostic developments that have gained most acceptance and recognition among the scientific community

Aerially transmitted human fungal pathogens: what can we learn from metagenomics and comparative genomics? / Hongos de transmisión aérea patógenos para el ser humano: conocimientos adquiridos a partir de su metagenómica y genómica comparativa

In the last few decades, aerially transmitted human fungal pathogens have been increasingly recognized to impact the clinical course of chronic pulmonary diseases, such as asthma, cystic fibrosis or chronic obstructive pulmonary disease. Thanks to recent development of culture-free high-throughput sequencing methods, the metagenomic approaches are now appropriate to detect, identify and even quantify prokaryotic or eukaryotic microorganism communities inhabiting human respiratory tract and to access the complexity of even low-burden microbe communities that are likely to play a role in chronic pulmonary diseases. In this review, we explore how metagenomics and comparative genomics studies can alleviate fungal culture bottlenecks, improve our knowledge about fungal biology, lift the veil on cross-talks between host lung and fungal microbiota, and gain insights into the pathogenic impact of these aerially transmitted fungi that affect human beings. We reviewed metagenomic studies and comparative genomic analyses of carefully chosen microorganisms, and confirmed the usefulness of such approaches to better delineate biology and pathogenesis of aerially transmitted human fungal pathogens. Efforts to generate and efficiently analyze the enormous amount of data produced by such novel approaches have to be pursued, and will potentially provide the patients suffering from chronic pulmonary diseases with a better management. This manuscript is part of the series of works presented at the "V International Workshop: Molecular genetic approaches to the study of human pathogenic fungi" (Oaxaca, Mexico, 2012) (AU)

En las últimas décadas se ha reconocido cada vez más la influencia de los hongos patógenos para el ser humano, y cuya transmisión es aérea, en el curso clínico de afecciones pulmonares crónicas, como el asma, la fibrosis quística o la enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Gracias al desarrollo reciente de métodos de secuenciación de alto rendimiento, que no requieren cultivo, en la actualidad los análisis metagenómicos permiten detectar, identificar e incluso cuantificar comunidades de microorganismos procariotas o eucariotas que habitan en las vías respiratorias del ser humano, y acceder a la complejidad de las comunidades microbianas cuya población es de baja densidad, que posiblemente desempeñan un papel en las enfermedades pulmonares crónicas. En la presente revisión examinamos cómo los estudios metagenómicos y genómicos comparativos pueden ayudar a superar los obstáculos de los cultivos de hongos, mejorar nuestros conocimientos sobre la biología fúngica, desvelar el diálogo cruzado (crosstalk) entre el pulmón del huésped y la microbiota fúngica asociada, y adquirir información sobre la influencia patogénica de estos hongos transmitidos por el aire que afectan al ser humano. Revisamos los estudios metagenómicos y los análisis genómicos comparativos de microorganismos cuidadosamente seleccionados, y confirmamos la utilidad de estas estrategias para definir mejor la biología y la patogenia de hongos de transmisión aérea que son patógenos para el ser humano. Los esfuerzos por generar y analizar eficientemente la ingente cantidad de datos obtenidos con estos nuevos métodos deberán continuar, y es posible que ofrezcan un mejor tratamiento de los pacientes portadores de enfermedades pulmonares crónicas.Este manuscrito forma parte de la serie de artículos presentados en el «V International Workshop: Molecular genetic approaches to the study of human pathogenic fungi» (Oaxaca, México, 2012) (AU)

Epidemiología general de la enfermedad fúngica invasora / General epidemiology of invasive fungal disease

Las micosis invasoras siguen aumentando su incidencia en pacientes inmunodeprimidos u hospitalizados con graves enfermedades de base originando elevadas tasas de morbi-mortalidad. Candida, Cryptococcus, Pneumocystis y Aspergillus son los patógenos más frecuentemente implicados. La distribución de los agentes causales varía en función de la geografía, condiciones de los pacientes y unidades de hospitalización. En el último estudio multicéntrico español Candida albicans fue la especie más frecuentemente aislada, seguida de Candida parapsilosis, Candida glabrata, Candida tropicalis y Candida krusei, a diferencia de otros estudios europeos o americanos donde C. glabrata continúa siendo la segunda especie aislada. Aspergillus spp. es la principal causa de micosis invasora por mohos seguida de Fusarium spp., Scedosporium spp. y zigomicetos. Aspergillus fumigatus es la causa más frecuente de aspergilosis invasora (incluso con aislados resistentes a triazoles), pero Aspergillus flavus, Aspergillus nidulans y Aspergillus terreus se aíslan cada vez con más frecuencia, dependiendo de factores geográficos, tipo de huésped o terapia antifúngica previa (AU)

Invasive mycoses associated with high morbidity and mortality rates are increasing among immunocompromised or severely ill patients. Candida, Cryptococcus, Pneumocystis and Aspergillus are most prevalent agents with varying distribution as regards geography, patient condition and hospital units. The latest multicentre candidaemia survey conducted in Spain, showed C. albicans as the most frequently isolated species followed by C. parapsilosis, C. glabrata, C. tropicalis and C. krusei in contrast with other European or American studies where C. glabrata was second in rank. Aspergillus spp. is the leading agent causing invasive mycoses among filamentous fungi followed by Fusarium spp., Scedosporium spp. and zygomycetes. Aspergillus fumigatus is the most common agent in invasive aspergillosis (and azole-resistant isolates have been reported) but in the last few years Aspergillus flavus, Aspergillus nidulans and Aspergillus terreus have been isolated with increasing frequency variable with geographical factors, patients’ underlying conditions or previous antifungal treatments (AU)

Neumonías neonatales / Neonatal pneumonia

El pulmón constituye el lugar más común de asentamiento de los microorganismos causales de sepsis del recién nacido. Este origen corresponde tanto a la vida prenatal y al parto como a la vida posnatal. Es por ello por lo que deben observarse estrechamente los signos sugerentes de dificultad respiratoria en el neonato, con el fin de llevar a cabo un diagnóstico y un tratamiento precoces. Estos cuadros se asocian a una gran morbilidad, pues se estima en unas 800.000 las muertes neonatales al año debidas a infecciones respiratorias en países en vías de desarrollo. En nuestro medio se estima que la incidencia es menor del 1%, pero sería cercana al 10% en niños con comorbilidad si se englobasen tanto los recién nacidos con peso adecuado para la edad gestacional como los de bajo peso. Además, en la práctica clínica se observa que casi en la totalidad de los cuadros sépticos existe afectación neumónica más o menos significativa tanto clínica como radiológica. En este artículo revisamos los diversos aspectos y retos que plantean las neumonías neonatales (en especial los gérmenes más habituales), y su enfoque terapéutico(AU)

The lung is the most common site of entry of the microorganisms causing sepsis in the newborn infant. This invasion can occur during the prenatal period and labor, as well as during the postnatal period. Thus, we must closely monitor signs suggestive of respiratory distress in the newborn infant in order to establish an early diagnosis and initiate treatment. These conditions are associated with a high rate of morbidity, and it is estimated that, in developing countries, approximately 800,000 neonatal deaths a year are due to respiratory infections. In our population, the incidence is calculated to be less than 1%, but it would be nearly10% in children with co-morbidity if the population includes those with a birth weight adequate for their gestational age and full term and premature infants. In addition, in clinical practice, it is observed that in nearly every case of sepsis, there is more or less significant evidence of pulmonary involvement in both the clinical and radiological examinations. In this article, we review the different aspects and challenges associated with neonatal pneumonia, focusing especially on the most common microorganisms and the therapeutic approach (AU)

Neumocistosis en pacientes venezolanos: diagnóstico y epidemiología (2001-2006) / Pneumocystosis in Venezuelan patients: epidemiology and diagnosis (2001-2006)

El objetivo de este trabajo fue conocer la epidemiología de la neumocistosis enpacientes venezolanos mediante un estudio retrospectivo en un período de seisaños. Se procesaron 129 muestras clínicas de pacientes con sida, cáncer,e infección respiratoria de vías bajas sin sida ni cáncer, por la técnica deinmunofluorescencia directa. Se diagnosticaron 30 casos de neumocistosis(23,3%), y la frecuencia de diagnóstico varió según el grupo de pacientes:36,6% en pacientes con sida, 38% en pacientes con cáncer y 10,4% enpacientes con infección respiratoria de vías bajas sin sida ni cáncer. Esteestudio demostró que existen diferencias en la presentación de laneumocistosis relacionada con la enfermedad de base de los pacientes, y queesta enfermedad es un problema de salud importante en individuosinmunosuprimidos en Venezuela. La neumocistosis debe ser sospechada enpacientes no inmunosuprimidos con signos y síntomas de infección respiratoriade vías bajas, y se debe ampliar el estudio de esta enfermedad en pacientescon cáncer y enfermedad pulmonar obstructiva crónica. La inmunofluorescenciadirecta es una técnica sumamente útil para el diagnóstico de la neumocistosis ysus resultados dependen de una muestra en óptimas condiciones y de laexperiencia del personal de laboratorio a cargo del diagnóstico(AU)

The objective of this work was to investigate the epidemiology ofpneumocystosis in Venezuelan patients utilizing a retrospective study during asix year period. One hundred and twenty nine clinical samples collected frompatients with AIDS, cancer and non-AIDS-non-cancer low respiratory tractinfection patients were processed by direct immunofluorescence technique.Pneumocystosis was diagnosed in 30 patients with a general frequency of23.3%, which varied according to the patient’s group: 36.6% in AIDS patients,38% in cancer patients, and 10.4% in non-AIDS-non-cancer low respiratorytract infection patients. This study demonstrated the existence of differences inpneumocystosis frequency related to the patient’s underlying disease, and thatthe illness is an important health problem in immunocompromised patients inVenezuela. Pneumocystosis must be suspected in non-immunocompromisedpatients with signs and symptoms of low respiratory tract infection, and thestudy of this illness must include COPD and cancer patients. Directimmunofluorescence is a useful technique for pneumocystosis diagnosis,however, it requires an optimal sample and skilled personnel in the laboratory(AU)