A three-gene signature and clinical outcome in pediatric acute myeloid leukemia

Background Although the 5-year survival rates in pediatric acute myeloid leukemia (AML) have improved over the last decades, there is a high relapse rate for Pediatric AML patients. Methods In the present study, we mainly combine PCA with the LASSO technique to identify prognostic markers for Pediatric AML patients coming from the NCI TARGET database. Results Three key genes (EEF1A1, RPLP2, RPL19) associated with poor prognosis of pediatric AML has been screened by both PCA and LASSO Cox regression analysis. Simultaneously, we developed a risk score model to predict the prognosis of pediatric AML, according to risk scores, the patients were divided into high‐ and low‐risk groups based on the median risk score. Kaplan–Meier survival analysis indicated that Pediatric AML patients with the high-risk group have a poorer survival rate than those with a low‐risk group (p < 0.000). The receiver operating characteristic (ROC) analysis showed that the risk model has a good performance (AUC:0.669). Moreover, the clinicopathologic correlation showed that the expression levels of three genes were related to the central nervous system (CNS) disease and chloroma. GSEA identified that those pathways including oxidative phosphorylation, apoptosis and TGFB signaling pathway were differentially enriched. Conclusion Taken together, those studies suggested that a gene panel that consists of three genes (EEF1A1, RPLP2, RPL19) may act as a potential prognostic marker (AU)

Estudio multicéntrico de prevalencia de anticuerpos antirribosomal P en lupus eritematoso sistémico de comienzo juvenil comparado con lupus eritematoso sistémico del adulto / Multicentric prevalence study of anti P ribosomal autoantibodies in juvenile onset systemic lupus erythematosus compared with adult onset systemic lupus erythematosus

Objetivo. Determinar la prevalencia y correlación clínica de los anticuerpos antirribosomal P en lupus eritematoso sistémico (LES) juvenil y compararlos con LES del adulto. Métodos. Se incluyeron en el estudio 30 pacientes con LES juvenil y 92 pacientes con LES del adulto. Consideramos LES de comienzo juvenil a todos aquellos pacientes que comenzaron su enfermedad antes de los 16 años. Se consideraron las manifestaciones clínicas y serológicas que presentaron los pacientes desde el diagnóstico hasta el momento de inclusión en el estudio (manifestaciones acumuladas). El anticuerpo antirribosomal P fue evaluado mediante la técnica de enzimo-inmunoensayo (ELISA). Resultados. La presencia de antirribosomal P fue significativamente mayor en el grupo de pacientes con LES juvenil comparado con LES del adulto (26,7% vs. 6,5%; OR = 5,21 [IC95% = 1,6-16,5], p = 0,003). La alopecía (OR = 10,11; IC95% = 1,25-97) y rash cutáneo (no discoide) (OR = 4,1; IC95% = 1,25-13,89) fueron las únicas manifestaciones clínicas que se asociaron en forma estadísticamente significativa con la presencia del anticuerpo antirribosomal P. Conclusión. Este estudio confirma una mayor prevalencia de anticuerpos antirribosomal P en pacientes con LES juvenil. La alopecia y el rash cutáneo fueros las únicas manifestaciones clínicas asociadas a la presencia de antirribosomal P (AU)

Objective. To investigate the prevalence and associations with clinical manifestations of anti- P ribosomal antibodies in patients with juvenile-onset and adult-onset systemic lupus erythematosus (SLE). Methods. Clinical and serological data of 30 patients with juvenile-onset SLE (age at onset younger than 16 years old) were compared with data of 92 patients with adult-onset SLE. Symptoms occurring during the entire disease course were considered. Anti- P ribosomal antibodies were tested by ELISA. Results. Anti- P ribosomal antibodies were found significantly more often in pediatric-onset SLE patients (26.7% vs. 6.5%; OR = 5.21 [CI95% = 1.6-16.5], p = 0.003). Alopecia (OR = 10.11, CI 95% = 1.25-97) and skin rash (non discoid) (OR = 4.1, CI 95% = 1.25-13.89) were significantly associated with anti- P ribosomal antibodies. Conclusion. Anti-ribosomal P antibodies are more often found in patients with juvenile SLE. Alopecia and skin rash were the only clinical manifestations associated to anti-ribosomal P antibodies (AU)

Phosphoproteomics and cancer research

Protein phosphorylation plays key roles in the regulation of normal and cancer cells. It is a highly dynamic process. Protein kinases are the targets of several new cancer drugs and drug candidates. However, some of the main issues related to new drugs are how they function and the selection of those patients that will likely respond best to a particular treatment regime. There is an urgent need to understand and monitor kinase signalling pathways. Phosphoproteomics requires the enrichment of phosphorylated proteins or peptides from tissue or bodily fluids, and the application of technologies such as mass spectrometry (MS) to the identification and quantification of protein phosphorylation sites. As the field develops it will provide pharmacodynamic readouts of disease states and cellular drug responses in tumour samples. There have been a number of recent advances, but there are still technical hurdles and bioinformatics challenges that need to be addressed (AU)

Metodologías fosfoproteómicas útiles en estudios clínicos / Phosphoproteomic methods useful in clinical studies

La fosforilación es una modificación post-traduccional (PTM) reversible, la cual juega un papel crucial en cascadas de señalización, controlando muy diversas respuestas biológicas, tales como el crecimientoy la diferenciación celular, y los procesos de invasión, metástasis y apoptosis(1-3). Más aún, la identificación de residuos fosforilados implica poder profundizar y entender diferentes mecanismos de transducción de señales. Además, la activación y desactivaciónmediante fosforilación de las cascadas de señalización, es relevante en el desarrollo de patologías como el cáncer(4,5).En esta revisión se exponen, discuten e ilustran algunas de las innovaciones proteómicas recientes y útiles para abordar estudios de investigación clínica, especialmente aquellos cuyo objetivo sea la identificación de proteínas fosforiladas a nivel funcional.Se detallará el fundamento y utilidad de diferentes cromatografías basadas en el uso de metales para enriquecer en péptidos fosforilados, junto con los distintos tipos de cromatografías de fase reversapara la limpieza de sales y concentración de los mismos. Más aún, se detallan posibles estrategias basadas en Espectrometría de Masas (MS) para la identificación de los residuos fosforilados

Phosphorylation is a reversible post-translational modification which plays a crucial role in the regulation of signalling pathways; therefore it controls many biological responses including cell growthand differentiation, as well as invasion, metastasis and apoptosis.Current phosphoproteomic approaches are a powerful tool for monitoring global molecular responses to the activation or deactivation of signal transduction pathways. Moreover, relevant advances in Proteomics and Mass Spectrometry (MS) technologies have enabledthe identification of thousands of known and novel phosphorylation targets. Indeed, today’s scientists take heed of those strategies for functional phosphoprofiling studies of signalling pathways, for drug discovery and for the understanding of the etiology of different diseases (AU)

Los genes Hox en la etiología de la hernia diafragmática congénita y la atresia de esófago / The etiology of congenital diaphragmatic hernia and esophageal atresia: the Hox genes

Introducción: La administración de adriamicina o nitrofena las ratas gestantes produce en su descencencia, respectivamente, atresiaesofágica (AE) con asociación VACTERL o hernia diafragmática congénita (HDC). La etiología de estas acciones no está clara, y han sido involucrados algunos genes como el Sonic hedgehog, la familia Gli, la cascada de los retinoides y algunos genes homeóticos. Los genes Hox son los encargados de la segmentación del embrión y de controlar aspectos fundamentales del desarrollo. Los ratones con pérdida de función para Hoxa3, Hoxb3, Hoxc3, Hoxc4 y Hoxa5 muestran fenotipos compatibles con la asociación VACTERL, malformaciones cardiacas, bronquiales y pulmonares, atresia esofágica y malformaciones diafragmáticas. El presente trabajo resume nuestros hallazgos en las alteraciones de expresión de estos genes en ambos modelos experimentales. Material y métodos: Para el modelo de AE usamos ratonas gestantes a las que se administró 4 mg/kg de adriamicina intraperitoneal en los días 7,5 y 8,5 de gestación (término=19 días). En el caso de la HDC se usó el mismo modelo, administrando nitrofen por vía intragástrica en el día 8. En ambos casos se usaron como grupo control animales alos que se dio por la misma vía el mismo volumen tan solo de excipiente. Los embriones fueron recuperados en los días 13, 14, 15 y 16 en el caso de la AE y en los días 14, 16 y 19 en el caso de la HDC. Los animales completos o sus pulmones y corazones se procesaron para técnicas morfológicas, inmunohistoquímicas y de biología molecular (RTPCR, reacción en cadena de la polimerasa a tiempo real), centrándonos en los genes Hoxa3, Hoxa5, Hoxb3, Hoxb5, Hoxc4 y Hoxd3.Resultados: AE: La inmunohistoquímica reveló grandes diferencias entre los fetos expuestos a adriaminica y los controles en la captación de los anticuerpos para Hoxa3, Hoxb3 y Hoxd3 en todos los tejidos salvo el corazón. La RT-PCR mostró una disminución en la expresión de esos genes en los pulmones pero no en el corazón en los animales tratados con el teratógeno. Lo mismo ocurrió además con Hoxc4.HDC: la expresión de Hoxa3 y Hoxb5 fue similar en los corazones delos 2 grupos. Sin embargo el nitrofen ocasionó un incremento en la expresión de Hoxa5 y Hoxb3 en el corazón de los fetos expuestos enlos días 14 y 19 y una disminución en el 16. En el análisis inmunohistoquímicono se encontraron diferencias entre los grupos. Conclusiones: En ambos modelos experimentales son evidentes las alteraciones de los genes Hox estudiados, especialmente en tejido pulmonar cardiaco. Las malformaciones de estos órganos asociadas a la AE y la HDC pueden ser debidas, entre otras causas, a alteraciones en la expresión de determinados genes Hox. Debido a su específica participación en la morfogénesis pulmonar y del intestino anterior, su estudio nos podría conducir a una mejor comprensión de la etiología de estas entidades (AU

Background: SP renatal administration of adriamycin ornitrofen to pregnant mice produce in the embryos, respectively, esophagealatresia/VACTERL association (EA) or congenital diaphragmatichernia (CDH). Various genes and signalling pathways like sonic hedgehog, Gli family, retinoic acid and homeotic genes have been pointed out in the origin of these malformations. Hox genes are master regulatory genes involved in embryo segmentation and other main development processes. Hoxa3, Hoxb3, Hoxc3, Hoxc4 and Hoxa5 knock-out mice show cardiac, tracheal, lung and diaphragmatic malformations, EA and phenotypes that resemble that of VACTERL syndrome. We present herein some of our findings in the expression of these genes in both experimental models. Material and methods: Pregnant mice were exposed either to 4 mg/kg of adriamycin or vehicle on embryonic days 7,5 and 8,5; embryos were recovered at four endpoints (E13 to 16). On the other hand, nitrofen was given to pregnant mice on embryonic day 8th and embryos were recovered at E14, E16 and E19. The embryos or, separately, their lungs and hearts, were randomly processed for immunohistochemical or molecularbiology studies (RT-PCR). We used antibodies for Hoxa3, Hoxb3and Hoxd3 proteins and specific primers for Hoxa3, Hoxa5, Hoxb3,Hoxb5, Hoxc4 and Hoxd3 genes. Results: EA: Upon immunohistochemistry, adriamycin-exposed embryos showed a severe decrease in expression of Hoxa3, Hoxb3 and Hoxb3proteins in heart, skin, foregut but not in the heart. RT-PCR studies showed a statistically significant decrease of the four genes studied in the lungs of OA mice when compared to controls. CDH: Upon RT-PCRassessment the expression of Hoxa5 and Hoxb3 were higher in nitrofen-exposed mice than in controls on E14 and E19 and weaker on E16.As regards immunohistochemical localization, expression of the three genes was similar in nitrofen and control animals. Conclusions: Both experimental models exhibit an alteration in the expression of several proximal Hox genes, specially in lung and cardiac tissues. The malformations in these organs associated with CDH and EA could be in part caused by these alterations. Due to their specific participation in lung and foregut morphogenesis, their study could let us to better understand the mechanisms of CDH and EA (AU)

La diversidad funcional de proteína fosfatasa-1 y el papel de nuevas subunidades reguladoras / The functional diversity of protein phosphatase-1 and the role of new regulatory subunits

La fosforilación reversible de proteínas es un mecanismo que regula una gran variedad de procesos celulares y en particular la transmisión de señal. La proteína fosfatasa-1 (PP1) representa el mayor grupo de serina/treonina proteína fosfatasas. PP1 regula el metabolismo del glucógeno, el transporte intracelular, la contracción muscular, la síntesis proteica y la división celular. Esta diversidad funcional es consecuencia de la unión de un pequeño número de subunidades catalíticas con una amplia diversidad de subunidades reguladoras. Describimos aquí la proteína SIPP1, un factor del procesamiento de pre-mRNA que se une a PP1 y a la proteína PQBP-1. Dado que mutaciones en PQBP-1 es una de las causas del síndrome de retraso mental ligado al cromosoma X y que por otra parte, PQBP-1 se une a ataxina- 1 y a otras proteínas con extensiones de poliglutamina causantes de enfermedades neurodegenerativas, SIPP-1 puede estar implicado en la patogénesis de estas enfermedades

Reversible protein phosphorylation is a mechanism that regulates many cellular processes and in particular signal transduction. Protein phosphatase-1 (PP1) is the major group of serin/threonin protein phosphatases. PP1 regulates glycogen metabolism, intracellular transport, muscle contraction, protein synthesis and cell division. The functional diversity of PP1 is due to a small number of catalytic subunits which bind to a large number of regulatory subunits. We describe here the identification of SIPP1, a new interactor, which is an splicing factor of premRNA ands binds also PQBP-1 protein. Since mutations in PQBP-1 have been reported in cases of X-linked mental retardation and PQBP-1 binds ataxin-1 and other poliglutamine disease proteins SIPP1 could be an element in the pathogenesis of neurodegenerative disease

Hepatitis C y diabetes / Hepatitis C and diabetes

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Diagnóstico de la enfermedad de Parkinson / Diagnosis of parkinson's disease

Introducción. En el presente artículo se realiza una revisión actualizada de la literatura sobre el diagnóstico de la enfermedad de Parkinson, y se consideran los aspectos clínicos, la neuroimagen y el diagnóstico genético. Desarrollo. La enfermedad de Parkinson es la segunda enfermedad neurodegenerativa más común y, a pesar del importante desarrollo que se ha producido en los últimos años, tanto en genética molecular como en neurorradiología, el diagnóstico de esta enfermedad es todavía eminentemente clínico; el conocimiento adecuado de los llamados 'signos cardinales' y su aplicación en el diagnóstico aumentan la posibilidad que éste acierte; lamentablemente, el criterio definitivo sólo se obtiene en la autopsia. Los estudios genéticos y de neurorradiología, sobre todo, se presentan como herramientas para un diagnóstico diferencial más fiable con respecto a otras formas de parkinsonismo, y el conocimiento de estas técnicas puede resultar útil en la toma de decisiones terapéuticas o en el tratamiento integral del paciente afectado. Además, se han encontrado formas monogénicas diferentes en origen a la forma esporádica de la enfermedad. Conclusión. El conocimiento y búsqueda de los signos clínicos preponderantes aumenta la capacidad de diagnóstico de la enfermedad, e, igualmente, el uso adecuado de métodos adicionales de investigación, sobre todo en el diagnóstico diferencial (AU)

Introduction. Presently article carried out an up-to-date revision of the literature on the diagnosis of the Parkinson’s disease, considering the clinical aspects, those of neuroradiology and the genetic diagnosis. Development. The Parkinson’s disease is the second most common neurodegenerative disorder and despite of the important development that has taken place in the last years as much in molecular genetics and neuroradiology, the diagnosis of this disease continuous being eminently clinical, the appropriate knowledge of the calls ‘cardinal signs’ and its application in the diagnosis increases the possibility that this it is guessed right, regrettably the definitive approach is only obtained in the autopsy. The genetic studies and of neuroradiology mainly are presented as tools for a more reliable differential diagnosis with other parkinsonism forms and the knowledge of these techniques can be useful in the taking of therapeutic decisions or of the affected patient’s integral treatment. They have also been different monogenics forms in origin to the sporadic form of the illness. Conclusion. The knowledge and search of the preponderant clinical signs increases the capacity of diagnostic of the illness, in the same way the appropriate use of additional methods of investigation, mainly in the differential diagnosis (AU)

Rendimiento del método de extracción con dextrano salino en la prueba de la antigenemia pp65 frente al citomegalovirus humano / Efficiency of saline dextran extraction method in the human cytomegalovirus pp65 antigenemia assay

Fundamento. Evaluar de forma prospectiva la eficacia del método de extracción con dextrano salino en la prueba de la antigenemia pp65 (Ag-pp65) frente al citomegalovirus humano (CMV). Material y métodos. Durante un período de dos meses se han analizado las muestras de sangre procedentes de pacientes inmunodeprimidos. La extracción de los leucocitos polimorfonucleares (LPMN) se realiza con una solución de dextrano al 6 por ciento en cloruro de sodio al 0,9 por ciento. Se realizó el recuento total de leucocitos obtenidos y el porcentaje correspondiente a los LPMN. Simultáneamente se realizó el cultivo de los LPMN extraidos por el método de shell vial (CSV) en la línea MRC-5. Resultados. Las 144 muestras de sangre analizadas se han dividido en tres grupos según la positividad en la prueba de la Ag-pp65 y/o el CSV. Los pacientes con ambas pruebas positivas presentaron el menor recuento global de leucocitos y de LPMN, mostrando significación estadística con el grupo de Ag-pp65 negativa. No se han observado diferencias en el recuento global de los grupos con Ag-pp65 negativa. El porcentaje global de LPMN obtenidos fue del 87 por ciento. El valor medio de las muestras Ag-pp65 positivas fue de 48/100.000. LPMN, que sería de 51/100.000 LPMN si se corrigiera en función del porcentaje real de LPMN (p>0,05). Conclusiones. El método de extracción leucocitario con dextrano salino ha mostrado un elevado rendimiento en la mayoría de las muestras analizadas. El estado inmunológico del paciente y la presencia de infección y/o enfermedad por CMV determinan el grado de rendimiento de este método. En general no es necesario ajustar el valor de la Ag-pp65 en función del porcentaje real de LPMN obtenidos. (AU)