The role of the mitochondrial ribosomal protein family in detecting hepatocellular carcinoma and predicting prognosis, immune features, and drug sensitivity

Background Hepatocellular carcinoma (HCC) is one of the most common types of malignant tumors, with a slow onset, rapid progression, and frequent recurrence. Previous research has implicated mitochondrial ribosomal genes in the development, metastasis, and prognosis of various cancers. However, further research is necessary to establish a link between mitochondrial ribosomal protein (MRP) family expression and HCC diagnosis, prognosis, ferroptosis-related gene (FRG) expression, m6A modification-related gene expression, tumor immunity, and drug sensitivity. Methods Bioinformatics resources were used to analyze data from patients with HCC retrieved from the TCGA, ICGC, and GTEx databases (GEPIA, UALCAN, Xiantao tool, cBioPortal, STRING, Cytoscape, TISIDB, and GSCALite). Results Among the 82 MRP family members, 14 MRP genes (MRPS21, MRPS23, MRPL9, DAP3, MRPL13, MRPL17, MRPL24, MRPL55, MRPL16, MRPL14, MRPS17, MRPL47, MRPL21, and MRPL15) were significantly upregulated differentially expressed genes (DEGs) in HCC tumor samples in comparison to normal samples. Receiver-operating characteristic curve analysis indicated that all 14 DEGs show good diagnostic performance. Furthermore, TCGA analysis revealed that the mRNA expression of 39 MRPs was associated with overall survival (OS) in HCC. HCC was divided into two molecular subtypes (C1 and C2) with distinct prognoses using clustering analysis. The clusters showed different FRG expression and m6A methylation profiles and immune features, and prognostic models showed that the model integrating 5 MRP genes (MRPS15, MRPL3, MRPL9, MRPL36, and MRPL37) and 2 FRGs (SLC1A5 and SLC5A11) attained a greater clinical net benefit than three other prognostic models. Finally, analysis of the CTRP and GDSC databases revealed several potential drugs that could target prognostic MRP genes (AU)

Summation of peaks and L34 ribosomal protein in the presence and absence of antibiotics enables susceptibility testing using MALDI-TOF mass spectrometry in 2h from Escherichia coli-positive blood cultures / El sumatorio de picos y la proteína ribosómica L34, en presencia y ausencia de antimicrobianos, permiten conocer la sensibilidad a antimicrobianos mediante espectrometría de masas MALDI-TOF en 2h, en hemocultivos positivos para Escherichia coli

INTRODUCTION: We have developed a MALDI-TOF-mediated phenotypic method, which determines antibiotic susceptibility (AS) from positive blood cultures (BCs) in 2h. We developed a software for process automation. We report results on Escherichia coli-positive BCs with cefotaxime (CTX) and ciprofloxacin (CIP). METHODS: We studied CIP and CTX activity in 18 and 17 real E. coli-positive BCs, and in 56 and 45 spiked BCs, respectively. Positive BCs were incubated for 2 h without any antibiotics, and with 2 mg/l and 4 mg/l of CIP and CTX. The extraction was performed using ethanol/formic acid. Spectra were processed with specifically developed software which compares the peaks' intensity and the size of specific peaks. RESULTS: The set cut-off point was a 3-fold decrease in the summation of all peaks and/or the 5382 m/z peak value (ribosomal protein L34). In simulated BCs, the correlation of CIP 2mg/l and 4mg/l with Etest(R) was 94.6% and 98.2%, respectively; for CTX 2 mg/l and 4 mg/l, this correlation was 95.6%. In real BCs, the correlations were 100% for CIP (2mg/l and 4mg/l) and 88.2% and 94.1% for CTX 2 mg/l and 4 mg/l, respectively. Resistant isolates were always correctly classified. CONCLUSION: This method provides accurate, fast and inexpensive AS information. The method can be automated, making it easier to implement in a microbiology laboratory routine

INTRODUCCIÓN: Se ha desarrollado un método fenotípico basado en MALDI-TOF, que determina la sensibilidad a antibióticos en hemocultivos (HC) positivos en 2h. Se ha desarrollado un software que automatiza el proceso. Se presentan los resultados en HC positivos para Escherichia coli, con cefotaxima (CTX) y ciprofloxacino (CIP). MÉTODOS: Se estudió la actividad de CIP y CTX en 18 y 17HC positivos reales con E. coli, y en 56 y 45 HC simulados. Los HC positivos se incubaron durante 2h sin antibiótico, y con 2 y 4 mg/l de CIP y de CTX. La extracción se realizó con etanol/ácido fórmico. Los espectros se procesaron con un software específico, que compara la intensidad de los picos y el tamaño de los picos específicos. RESULTADOS: El punto de corte establecido fue una disminución de 3 veces en la suma de picos, y/o en el valor del pico de 5.382 m/z (proteína ribosómica L34). En hemocultivos simulados la correlación con Etest(R) para las concentraciones de CIP de 2 y 4 mg/l fueron 94,6 y 98,2%, respectivamente, y 95,6% para CTX (2 y 4 mg/l). En HC reales, la correlación con Etest(R) fue del 100% para CIP (2 y 4 mg/l), y del 88,2 y 94,1% para CTX 2 y 4 mg/l, respectivamente. Los aislados resistentes siempre se clasificaron correctamente. CONCLUSIÓN: Este método proporciona información sobre sensibilidad a antimicrobianos de manera precisa, rápida y barata. El método se puede automatizar e incluir en la rutina del laboratorio de microbiología

Estudio multicéntrico de prevalencia de anticuerpos antirribosomal P en lupus eritematoso sistémico de comienzo juvenil comparado con lupus eritematoso sistémico del adulto / Multicentric prevalence study of anti P ribosomal autoantibodies in juvenile onset systemic lupus erythematosus compared with adult onset systemic lupus erythematosus

Objetivo. Determinar la prevalencia y correlación clínica de los anticuerpos antirribosomal P en lupus eritematoso sistémico (LES) juvenil y compararlos con LES del adulto. Métodos. Se incluyeron en el estudio 30 pacientes con LES juvenil y 92 pacientes con LES del adulto. Consideramos LES de comienzo juvenil a todos aquellos pacientes que comenzaron su enfermedad antes de los 16 años. Se consideraron las manifestaciones clínicas y serológicas que presentaron los pacientes desde el diagnóstico hasta el momento de inclusión en el estudio (manifestaciones acumuladas). El anticuerpo antirribosomal P fue evaluado mediante la técnica de enzimo-inmunoensayo (ELISA). Resultados. La presencia de antirribosomal P fue significativamente mayor en el grupo de pacientes con LES juvenil comparado con LES del adulto (26,7% vs. 6,5%; OR = 5,21 [IC95% = 1,6-16,5], p = 0,003). La alopecía (OR = 10,11; IC95% = 1,25-97) y rash cutáneo (no discoide) (OR = 4,1; IC95% = 1,25-13,89) fueron las únicas manifestaciones clínicas que se asociaron en forma estadísticamente significativa con la presencia del anticuerpo antirribosomal P. Conclusión. Este estudio confirma una mayor prevalencia de anticuerpos antirribosomal P en pacientes con LES juvenil. La alopecia y el rash cutáneo fueros las únicas manifestaciones clínicas asociadas a la presencia de antirribosomal P (AU)

Objective. To investigate the prevalence and associations with clinical manifestations of anti- P ribosomal antibodies in patients with juvenile-onset and adult-onset systemic lupus erythematosus (SLE). Methods. Clinical and serological data of 30 patients with juvenile-onset SLE (age at onset younger than 16 years old) were compared with data of 92 patients with adult-onset SLE. Symptoms occurring during the entire disease course were considered. Anti- P ribosomal antibodies were tested by ELISA. Results. Anti- P ribosomal antibodies were found significantly more often in pediatric-onset SLE patients (26.7% vs. 6.5%; OR = 5.21 [CI95% = 1.6-16.5], p = 0.003). Alopecia (OR = 10.11, CI 95% = 1.25-97) and skin rash (non discoid) (OR = 4.1, CI 95% = 1.25-13.89) were significantly associated with anti- P ribosomal antibodies. Conclusion. Anti-ribosomal P antibodies are more often found in patients with juvenile SLE. Alopecia and skin rash were the only clinical manifestations associated to anti-ribosomal P antibodies (AU)

Selecting housekeepping genes as references for the normalization of quantitative PCR data in breast cancer

OBJECTIVE: The common reference genes of choice in relative gene expression studies based on quantitative real time polymerase chain reaction, ACTB and B2M, were shown to be regulated differently in respect to tissue type. In this study, the stability of the selected housekeeping genes for normalizing the qPCR data were identified in the tumor and its adjacent tissues in invasive breast cancer, and the variability of their levels according to the stages and the histopathologic subtypes was analyzed. METHODS: Four housekeeping genes: PUM1, RPL13A, B2M, and ACTB were analyzed in 99 surgically excised tissue specimens (50 tumor, 45 tumor adjacent and 4 normal breast tissues). Three of the most common softwares (GeNorm, NormFinder, and BestKeeper) were used for calculation purposes. RESULTS: When all of the tissue samples were included in analyses, PUM1 was the most stable gene according to calculations made with both NormFinder and BestKeeper; while PUM1/RPL13A combination was the most stable by GeNorm software. The PUM1 gene was also identified as the most stable gene among the four in all sample groups (in both Estrogen Receptor positive and Estrogen Receptor negative subgroups of invasive breast carcinoma and in normal breast tissue) according to calculations made using the NormFinder software. CONCLUSION: While suggesting PUM1 is one of the most stable single gene and the PUM1/RPL13A pair as one of the best housekeeping genes for the normalization of expression studies in invasive breast tumor studies, it will be more practical to evaluate stability once more and decide upon the reference gene accordingly within the sample group itself (AU)

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Descifrando la asociación de los anticuerpos antiproteína P ribosomal y el cuadro neuropsiquiátrico del lupus eritematoso sistémico / No disponible

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Nobel de Química 2009: estructura atómica de la maquinaria celular para sintetizar proteínas / Nobel Prize in Chemistry 2009: atomic structure of the cellular machinery for protein synthesis

El Premio Nobel de Química de 2009 ha sido otorgado a VenkatramanRamakrishnan (MRC Laboratory of Molecular Biology, ReinoUnido), Thomas Steitz (Yale University, Estados Unidos) y Ada Yonath(Weizmann Institute of Science, Israel) por sus estudios sobre laestructura y función del ribosoma, la máquina macromolecular quelleva a cabo la síntesis de proteínas dentro de la célula. Los científicos,en un extraordinario esfuerzo de más de veinte años, aplicaron lacristalografía de rayos X para determinar la estructura atómica de esteenorme complejo macromolecular, de forma aislada y en asociacióncon los principales componentes que intervienen en el proceso de síntesisproteica. Los modelos resultantes han sido esenciales para entenderlos mecanismos que subyacen a dicho proceso, en particular cómoel ribosoma es capaz de descifrar el ARN de mensajero (que porta lainformación genética contenida en el ADN), cómo procede la catálisisdel enlace peptídico, y el modo en que varios antibióticos nos defiendende las infecciones bacterianas(AU)

Nobel Prize in Chemistry 2009: atomic structure of thecellular machinery for protein synthesisThe 2009 Nobel Prize in Chemistry has been awarded toVenkatraman Ramakrishnan (MRC Laboratory of Molecular Biology,United Kingdom), Thomas Steitz (Yale University, United States)and Ada Yonath (Weizmann Institute of Science, Israel) for theirstudies in the structure and function of the ribosome, a macromolecularmachine that carries out protein synthesis within the cell.The scientists, in an incredible tour de force that took over twentyyears, applied X-ray crystallography in order to determine the atomicstructure of this large macromolecular complex, alone and inassociation with the major components in the protein synthesisprocess. The resulting models have been essential to understand themechanisms underlying this process, in particular how the ribosomeis able to decode messenger RNA (which carries the geneticinformation stored in DNA), how peptide bond catalysis proceeds,and the way in which several antibiotics protect us from bacterialinfections(AU)

Manifestaciones neuropsiquiátricas en el lupus eritematoso sistémico / Neuropsyquiatric manifestations in systemic lupus erythematosus

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Nigrina b: una proteína inactivadora de ribosomas no tóxica del saúco. Utilidad farmacéutica en la construcción de inmunotoxinas y conjugados para la terapia del cáncer* / Nigrin b: a ribosome-inactivating protein from elder. Pharmaceutical utility in the construction of inmmunotoxins and conjugates for cancer therapy

El saúco posee una colección de proteínas inactivadoras de ribosomas, en particular las nigrinas, que parecen ser responsables de su toxicidad. La nigrina b (corteza) posee isoformas en frutos (nigrina f) y hojas (nigrina l) que se encuentran a mayor concentración en las fases iniciales del desarrollo. Nigrina b es 103-104 veces menos tóxica que la ricina, una proteína inactivadora de ribosomas relacionada estructuralmente con la nigrina b y extremadamente tóxica presente en Ricinus communis L., que se utiliza para la construcción de inmunotoxinas para la terapia del cáncer. Nigrina b se internaliza en las células superiores por una vía intracelular distinta a la de la ricina independiente de temperatura y de brefeldina A. La administración de dosis letales de nigrina b produce lesiones intestinales irreversibles específicas por destrucción de las criptas y desaparición del epitelio intestinal lo que ocasiona hemorragias intestinales letales. Los datos sobre estructura primaria de las nigrinas indican que la diferencia de toxicidad con la ricina se basa en cambios de aminoácidos clave en los dominios de fijación de galactosa en las cadenas B de ambas proteínas. Esta característica de la nigrina b es de enorme utilidad en la construcción de los denominados "proyectiles mágicos" o fármacos inteligentes capaces de interaccionar y destruir blancos específicos. Como ejemplos de dichos proyectiles mágicos se han construido conjugados transferrina- nigrina b/ebulina l que han mostrado ser efectivos contra células cancerosas que sobreexpresan el receptor de transferrina y una inmunotoxina antitumoral contra el CD105 de ratón que identifica a la células CD105+ y las destruye de manera selectiva tanto in vitro como in vivo. Ello convierte a la nigrina b en una herramienta útil en la inmunotoxiterapia del cáncer (AU)

Acido fólico (II) / Folic Acid (II)

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La estreptomicina como fármaco de segunda líneaen la quimioterapia de la tuberculosis / Streptomycin as second-line chemotherapy for tuberculosis

La estreptomicina fue el primer antibiótico utilizado frente a Mycobacterium tuberculosis. Se empleó durante años en regímenes monoterápicos que determinaron la aparición de resistencias, relegando por ello su utilización. Ante las resistencias detectadas frente a los fármacos actualmente utilizados, se ha renovado el interés por este agente. Su mecanismo de actuación se centra en el ribosoma, inhibiendo la síntesis proteica de la micobacteria. La resistencia aparece cuando se producen mutaciones en los genes codificadores de RNAr 16S y de la proteína S12. Hemos estudiado 899 cepas de M. tuberculosis frente a la estreptomicina, de las cuales 713 eran pulmonares y 186 extrapulmonares. El método utilizado ha sido el sistema BACTEC 460 TB inicialmente y el sistema ESP II. Se usaron como control las cepas patrón ATCC27294 (sensibles a la estreptomicina, la rifampicina, el etambutol y la isoniazida) y ATCC35820 (resistente a la estreptomicina). Los resultados obtenidos mostraron una resistencia del 2,1 por ciento, secundaria en todos los casos. En 12 cepas se observó multirresistencia (AU)

Anticuerpos anti-ribosomales como marcadores de actividad en el LES / Anti-ribosomal antibodies as markers of activity in patients with erythematosus systemic lupus (ESL)

Objetivos: a) determinar la prevalencia de anticuerpos anti-riboso males P en pacientes con LES en nuestro medio; b) averiguar si existen asociaciones entre manifestaciones clínicas en el LES y estos autoanticuerpos; c) analizar si existe correlación entre la presencia de anti-P en pacientes con LES y otros parámetros de laboratorio determinados habitualmente, y d) valorar la utilidad de introducir, como determinación habitual los anticuerpos anti-P.Material y métodos: Se incluyeron en el estudio 60 pacientes diagnosticados de LES y 61 individuos sanos como grupo control. La determinación de anticuerpos anti-ribosomales se realizó mediante ELISA. En el análisis estadístico se utilizaron los test de Chi-cuadrado, Fisher y t de Student. Resultados: De los 60 pacientes con LES, 29 (48 por ciento) tenían anticuerpos anti-P mediante ELISA. No se observó asociación entre la presencia de anticuerpos anti-P y psicosis, depresión, afectación hepática, afectación renal o cualquier otra manifestación clínica del LES.Se encontró correlación entre los niveles de anticuerpos anti-P determinados por ELISA y los anticuerpos anti-histonas, ANA y AMA. Conclusiones: La prevalencia de los anticuerpos anti-P en nuestros enfermos de LES es elevada (48 por ciento). Su presencia no se asoció significativamente con ninguna manifestación clínica, pero sí con otros marcadores de laboratorio relacionados con la presencia de enfermedad activa. (AU)

Proteínas Inactivadoras de Ribosomas (RIPs) y sus aplicaciones en la construcción de inmunotoxinas para la terapia experimental del cáncer / Ribosome-Inactivating Proteins (RIPs) and their aplication to the construction of immunotoxins for the experimental cancer therapy

Las proteínas inactivadoras de ribosomas (RIPs) son inhibidoras de la síntesis de proteínas que inactivan a los ribosomas de manera irreversible. Las más conocidas son las RIPs vegetales de las cuales ricina es la más estudiada. El mecanismo de acción consiste en la depurinación del ARNr mayor de los ribosomas (28 S ARNr en el caso de los mamíferos). Las RIPs aceptan también otros substratos tales como ADN, ARN genómico viral y algunos polinucleótidos sintéticos que resultan multidepurinados. Diversas RIPs presentan actividad antiviral contra virus vegetales y animales y actividad topológica sobre el ADN. En nuestro laboratorio hemos descubierto un nuevo tipo de RIP que hemos denominado RIP de tipo 2 no tóxica. Entre estas RIPs cabe destacar nigrina b y nigrina b básica, de Sambucus nigra y ebulina, de Sambucus ebulus. Estas RIPs son entre 1.000 y 10.000 veces menos tóxicas para células cultivadas y ratones que la ricina. La aplicación más notable de las RIPs es la construcción de inmunotoxinas y conjugadospara la terapia experimental en particular la del cáncer humano. Hemos preparado conjugados activos contra las células de cáncer de colon e inmunotoxinas activas contra células CD105+ características de la neovasculatura tumoral (AU)