The importance of prevalence and pre-test probability on the microbiological diagnosis of SARS-CoV-2: the case of Spain in 2020 / La importancia de la prevalencia y de la probabilidad pre-test en el diagnóstico microbiológico de SARS-CoV-2: el caso de España en 2020

Objectives. The aim of this work was to estimate the con ditioned probability for the diagnosis of SARS-CoV-2 infection with reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), viral antigen rapid diagnostic tests (Ag-RDT), and antibody detection tests depending on the prevalence in the specific healthcare settings in Spain in 2020, and on the pre-test prob ability (PTP) according to the clinical situation, age and un known or close contacts of the patient. Material and methods. Performance parameters of tests were obtained from literature. Prevalence data and PTP were obtained from Spanish sources and a survey, respectively. The post-test probability is the positive predictive value (PPV) when test is positive. For negative result, we also calculated the probability of having the infection (false negatives). Results. For both RT-PCR and viral Ag-RDT, the lowest PPV values were for the population screenings. This strategy proved to be useful in ruling out infection but generates a high number of false positives. At individual level, both tools provided high PPV (≥ 97%) when the PTP values are over 35%. In seroprevalence studies, though the specificity of IgG alone tests is high, under low seroprevalence, false positives cannot be avoided. Total antibodies tests are useful for diagnosis of COVID-19 in those doubtful cases with RT-PCR or Ag-RDT tests being repeatedly negative. Conclusions. The interpretating of results depends not only on the accuracy of the test, but also on the prevalence of the infection in different settings, and the PTP associated to the patient before performing the test (AU)

bjetivos. En este trabajo estimamos la probabilidad con dicionada del diagnóstico de infección por SARS-CoV-2 con RT PCR, pruebas de antígenos virales (Ag-RDT) y pruebas de detec ción de anticuerpos, en función de la prevalencia en España en diferentes ámbitos durante 2020, y de la probabilidad pre-test (PPT) según la situación clínica, edad y contactos del paciente. Material y métodos. Los parámetros de rendimiento de las pruebas se obtuvieron de bibliografía. Los datos de preva lencia y PPT se obtuvieron de fuentes españolas y de una en cuesta, respectivamente. La probabilidad post-test es el valor predictivo positivo (VPP) cuando la prueba es positiva. Para el resultado negativo, también calculamos la probabilidad de te ner la infección (falsos negativos). Resultados. Tanto con RT-PCR como con Ag-RDT, los va lores más bajos de VPP se detectaron en los cribados poblacio nales, que demostraron ser útiles para descartar la infección, pero generan muchos falsos positivos. A nivel individual, am bas pruebas proporcionaron un VPP ≥ 97% cuando los valores de PPT son superiores al 35%. En estudios de seroprevalencia, aunque la especificidad de las pruebas de IgG sola es alta, si la seroprevalencia es baja, no se pueden evitar falsos positivos. Además, las pruebas de anticuerpos totales pueden ayudar al diagnóstico de COVID-19 en aquellos casos dudosos con prue bas de RT-PCR o Ag-RDT repetidamente negativas. Conclusiones. La interpretación de los resultados depen de no sólo del rendimiento de las pruebas, sino también de la prevalencia de la infección en diferentes ámbitos, y de la PPT asociada al paciente antes de realizar la prueba (AU)

Seguimiento de resultados de Test de Antígenos en trabajadores del ámbito sanitario con infección activa por SARS-CoV-2 / Monitoring of Antigen Test results in healthcare workers with active SARS-CoV-2 infection

Introducción: La introducción del Test de Antígenos como prueba válida para valorar el alta de un trabajador del ámbito sanitario afectado por SARS-CoV-2, supone un cambio importante para los Servicios de Prevención de centros sanitarios, por lo que se decide el estudio de los resultados obtenidos de dichas pruebas, en un hospital de la Comunidad de Madrid durante un tiempo determinado en un periodo de alta transmisibilidad, valorando el tiempo que tarda un trabajador con infección activa por SARS-CoV-2 en negativizar un Test de Antígenos. Método: Estudio observacional, descriptivo, retrospectivo realizado en el Hospital Universitario Infanta Cristina en Parla (Madrid) desde el 11 de enero del 2.022 hasta el 21 de febrero 2.022, en el que se estudian variables como sexo, edad, vacunación, categoría profesional e infección previa por SARS-CoV-2 y su influencia en el tiempo de negativización de un Test de Antígenos. Resultados: Un total de 164 trabajadores del ámbito sanitario se vieron afectados por Covid-19 durante el periodo estudiado, de los cuales 74 (45,1%) dieron positivo en Test de Antígenos a los 7 días del inicio de la infección, llegando hasta el 13º día 4 trabajadores (2,4 %). Conclusiones: Se pone de manifiesto que el haber tenido una infección previa por Covid-19, influye en el tiempo que tarda en negativizar un Test de Antígenos; disminuyéndolo, en trabajadores con infección activa por SARS-CoV-2 (AU)

Introduction: The introduction of the Antigen Test as a valid test to assess the discharge of a healthcare worker affected by SARS-CoV-2, represents an important change for the Prevention Services of health centers, for which it is decided to study the results obtained from these tests, in a hospital in the Community of Madrid for a certain time in a period of high transmissibility, assessing the time it takes for a worker with active SARS-CoV-2 infection to make an Antigen Test negative. Method: Observational, descriptive, retrospective study carried out at the Infanta Cristina University Hospital in Parla (Madrid) from January 11, 2022 to February 21, 2022, in which variables such as sex, age, vaccination, category professional and previous SARS-CoV-2 infection and its influence on the negative time of an Antigen Test. Results: A total of 164 healthcare workers were affected by Covid-19 during the period studied, of which 74 (45,1%) tested positive for Antigen Test 7 days after the start of the infection, reaching up to the 13th day 4 workers (2.4%). Conclusions: It is shown that having had a previous Covid-19 infection influences the time it takes for an Antigen Test to become negative; decreasing it, in health workers with active SARS-CoV-2 infection (AU)

Diagnóstico de SARS-CoV-2 mediante test de antígeno en un Servicio de Urgencias Pediátricas / Diagnosis of SARS-CoV-2 by antigen test in a Pediatric Emergency Service

Introducción. Encontrar un método diagnóstico para laenfermedad por SARS-CoV-2, eficiente y accesible ha sidouno de los grandes problemas a lo largo de la epidemia porCOVID 19.Pacientes y métodos. Estudio descriptivo retrospectivode los datos clínicos de los pacientes sometidos a test de antígenos para SARS-CoV-2 realizados en el Servicio de Urgencias Pediátricas de un hospital terciario, entre el 22/12/2021y el 10/02/2022, y su concordancia con el resultado de laRT-PCR de SARS-CoV-2 en caso de disponer de ésta.Resultados. Se realizaron 653 test de antígenos (53,9%varones), siendo positivos el 26,6%. La edad media fueestadísticamente mayor en aquellos con resultado positivo(67,3±51 meses, frente a a 51,95±51,3 meses). El síntomamás frecuente entre los pacientes positivos fue la fiebre en el79%. Entre los 387 pacientes con test negativo, se realizaron92 RT-PCR, resultando positivas 11 de ellas (12%) 9 de los 11pacientes con RT-PCR positivo tenían un contacto familiarestrecho y, de estas, 7 presentaban fiebre. Resulto significativa la relación entre tener un contacto familiar y un test deantígeno positivo (p<0,01), pero no con otro tipo de contacto.Discusión. Los pacientes que presentaron RT-PCR paraSARS-CoV-2 positiva, con test de antígeno negativo presentaban en su mayoría contacto familiar y fiebre. El contacto nofamiliar no tenía mayor porcentaje de falsos negativos queaquellos sin contacto conocido. La variación de positividadpuede deberse a las diferencias en la valoración de caso sospechoso y a la técnica de obtención de muestra. (AU)

Introduction. Finding an efficient and accessible diagnostic method for SARS-CoV-2 disease has been one of thebig problems throughout the COVID 19 epidemic.Patients and methods. Retrospective descriptive studyof the clinical data of patients undergoing antigen testsfor SARS-CoV-2 carried out in the Pediatric EmergencyDepartment of a tertiary hospital, between 22/12/2021and 10/02/2022, and its concordance with the result of theRT-PCR of SARS-CoV-2 if available.Result. 653 antigen tests were performed (53.9% male),26.6% were positive. The mean age was statistically higherin those with a positive result (67.3±51 months, comparedto 51.95±51.3 months). The most frequent symptom amongpositive patients was fever in 79%. Among the 387 patientswith a negative test, 92 RT-PCR were performed, resultingin positive 11 of them (12%) 9 of the 11 patients with positive RT-PCR had a close family contact and, of these, 7 hadfever. The relationship between having a family contact anda positive antigen test (p<0.01) was significant, but not with another type of contact. Discussion. Patients who presented RT-PCR for SARSCoV-2 positive, with negative antigen test had mostly familycontact and fever. Non-family contact had no higher percentage of false negatives than those with no known contact. The variation in positivity may be due to differencesin the assessment of suspected case and sample collection technique. (AU)

Tests de diagnòstic ràpid digestiu: gastroenteritis agudes víriques, bacterianes I parasitàries. Helicobacter pylori.Marcadors inflamatoris intestinals / No disponible

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Utilización del test de detección de antígeno de SARS-CoV-2 en exudado nasofaríngeo para el control de la infección por COVID-19 / Use of the SARS-CoV-2 antigen detection test in nasopharyngeal swab for COVID-19 infection control

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Recomendaciones sobre el uso de pruebas antigénicas en el diagnóstico de la infección aguda por SARS-CoV-2 en la segunda onda pandémica: actitud en distintos contextos clínicos / Recommendations for use of antigenic tests in the diagnosis of acute SARS-CoV-2 infection in the second pandemic wave: attitude in different clinical settings

La alta transmisibilidad del SARS-CoV-2 antes y poco después de la aparición de los síntomas sugiere que sólo diagnosticar y aislar a pacientes sintomáticos puede no ser suficiente para interrumpir la propagación de la infección; por ello son también necesarias medidas de salud pública como el distanciamiento social. Adicionalmente será importante detectar a los nuevos infectados que permanecen asintomáticos, que pueden ascender al 50% o más de los casos. Las técnicas moleculares son el patrón de referencia para el diagnóstico de infección por SARS-CoV-2. Sin embargo, el uso masivo de estas técnicas ha generado algunos problemas. Por un lado, la escasez de los recursos (analizadores, fungibles y reactivos), y por otro el retraso en la notificación de resultados. Estos dos hechos se traducen en un retraso en la aplicación de las medidas de aislamiento entre casos y contactos, lo que favorece la expansión de la infección. Las pruebas de detección de antígenos son también métodos de diagnóstico directo, con la ventaja de obtener el resultado en pocos minutos y en el mismo lugar de atención. Además, la sencillez y el bajo coste de estas pruebas permiten repetirlas en días sucesivos en determinados contextos clínicos. La sensibilidad de las pruebas de antígenos es generalmente menor que la de las que detectan ácidos nucleicos, si bien su especificidad es comparable. Se ha comprobado que las pruebas antigénicas tienen más validez en los días alrededor del inicio de síntomas, cuando la carga viral en nasofaringe es mayor. Disponer de un análisis de detección viral rápido y en tiempo real como la prueba de antígenos se ha demostrado más útil para controlar la expansión de la infección que pruebas más sensibles, pero de mayor coste y tiempo de respuesta, como son las pruebas moleculares. Las principales instituciones sanitarias como la OMS, los CDC y el propio Ministerio de Sanidad del Gobierno de España plantean el uso de las pruebas antigénicas en una amplia variedad de estrategias para responder a la pandemia. El presente documento pretende servir de apoyo a los médicos implicados en la atención de pacientes con sospecha de infección por SC2, en el contexto de una incidencia creciente en España desde septiembre de 2020 que representa ya la segunda onda pandémica de COVID-19

The high transmissibility of SARS-CoV-2 before and shortly after the onset of symptoms suggests that only diagnosing and isolating symptomatic patients may not be sufficient to interrupt the spread of infection; therefore, public health measures such as personal distancing are also necessary. Additionally, it will be important to detect the newly infected individuals who remain asymptomatic, which may account for 50% or more of the cases. Molecular techniques are the "gold standard" for the diagnosis of SARS-CoV-2 infection. However, the massive use of these techniques has generated some problems. On the one hand, the scarcity of resources (analyzers, fungibles and reagents), and on the other the delay in the notification of results. These two facts translate into a lag in the application of isolation measures among cases and contacts, which favors the spread of the infection. Antigen detection tests are also direct diagnostic methods, with the advantage of obtaining the result in a few minutes and at the very "pointof-care". Furthermore, the simplicity and low cost of these tests allow them to be repeated on successive days in certain clinical settings. The sensitivity of antigen tests is generally lower than that of nucleic acid tests, although their specificity is comparable. Antigenic tests have been shown to be more valid in the days around the onset of symptoms, when the viral load in the nasopharynx is higher. Having a rapid and real-time viral detection assay such as the antigen test has been shown to be more useful to control the spread of the infection than more sensitive tests, but with greater cost and response time, such as in case of molecular tests. The main health institutions such as the WHO, the CDC and the Ministry of Health of the Government of Spain propose the use of antigenic tests in a wide variety of strategies to respond to the pandemic. This document aims to support physicians involved in the care of patients with suspected SC2 infection, in the context of a growing incidence in Spain since September 2020, which already represents the second pandemic wave of COVID-19

Tests de diagnòstic ràpid del SARS-CoV-2 / No disponible

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Prospective, study comparing the accuracy of two different stool antigen tests (Premier Platinum HpSA and novel ImmunoCard STAT rapid test) for the diagnosis of Helicobacter pylori infection / Estudio prospectivo y comparativo entre la exactitud de 2 pruebas de antígenos en heces (Premier Platinum HpSA® y el nuevo test rápido ImmunoCard® STAT) para el diagnóstico de la infección por Helicobacter pylori

BACKGROUND: At present only monoclonal EIA (enzyme-immunoassay) stool antigen-tests have obtained optimal accuracy in the diagnosis of Helicobacter pylori. Our aim was to evaluate the accuracy of two stool antigen-tests, the validated Premier Platinum HpSA PLUS (EIA test) and the newly available ImmunoCard STAT! HpSA HD (rapid test) for the initial diagnosis and the confirmation of eradication of H. pylori infection. PATIENTS AND METHODS: Patients with indication of H. pylori diagnosis, or confirmation after treatment were included. Data were coded to protect personal data and ensure blindness between tests. Accuracy was considered as coincident diagnosis with the gold standard (13C-urea breath test, UBT). The EIA was used as a bench standard. All stool tests were performed in duplicate. RESULTS: 264 patients completed the protocol (100 naïve, 164 post-eradication). Average age was 52 years, 61% women, 11% ulcer. Positive diagnoses by UBT were 41% for naïve and 17% for post-eradication. Overall ImmunoCard and EIA accuracies were respectively 91% (95%C. I. =88-94%) and 89% (86-93%), sensitivities 72% (67-78%) and 72% (67-78%), and specificities 98% (96-100%), and 95% (92-97%). Concordance between ImmunoCard and EIA was 95% (93-98%). DISCUSSION: Our results indicate that the newly available ImmunoCard rapid stool antigen-test achieves 90% accuracy, with high specificity but suboptimal sensitivity. The ImmunoCard attained equivalent accuracies as the EIA bench standard, with 95% concordance

ANTECEDENTES: En la actualidad, únicamente los métodos de detección de antígenos en heces monoclonales basados en enzimoinmunoanálisis (ELISA) han obtenido una adecuada precisión para el diagnóstico de la infección por Helicobacter pylori. Nuestro objetivo fue evaluar la exactitud (sensibilidad y especificidad) de 2 métodos de antígenos en las heces, el previamente validado Premier Platinum HpSA® PLUS (ELISA) y el nuevo ImmunoCard® STAT! HpSA® HD (test rápido), para el diagnóstico inicial y la confirmación de la erradicación de la infección por H. pylori. PACIENTES Y MÉTODOS: Se incluyeron pacientes en los que estaba indicado el diagnóstico inicial de la infección por H. pylori o su confirmación tras el tratamiento. Los datos fueron codificados y los evaluadores de ambos test fueron ciegos para los resultados de las pruebas diagnósticas. El resultado principal fue la coincidencia con el resultado del patrón oro (prueba del aliento con 13C-urea). Los test en heces se realizaron por duplicado. RESULTADOS: Doscientos sesenta y cuatro pacientes completaron el protocolo (100 naïve, 164 posterradicación). La edad media fue de 52 años, el 61% fueron mujeres y el 11% tenían úlcera péptica. La prueba del aliento fue positiva en el 41% de los pacientes naïve y en el 17% posterradicación. La exactitud global del método rápido y del ELISA fue, respectivamente, 91% (IC 95%: 88-94%) y 89% (86-93%), la sensibilidad 72% (67-78%) y 72% (67-78%), y la especificidad 98% (96-100%) y 95% (92-97%). La concordancia entre el método ImmunoCard® y ELISA fue del 95% (93-98%). DISCUSIÓN: El nuevo método rápido de antígenos en heces (ImmunoCard® STAT! HpSA® HD) tiene una exactitud diagnóstica del 90%, con una elevada especificidad, pero una sensibilidad insuficiente. El método ImmunoCard® tiene una exactitud equivalente al método ELISA estándar, con una concordancia del 95%

Unexpected results in BK virus detection by real-time PCR due to polymorphisms in the T-antigen gene / / Resultados inesperados en la detección del virus BK mediante PCR en tiempo real debido a polimorfismos en el gen del antígeno T

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Análisis de la rentabilidad técnica de la prueba de detección antigénica rápida frente al Virus Respiratorio Sincitial / Analysis of the technical profitability of rapid-antigen detection testing against the Respiratory Syncytial Virus

Se ha estudiado de forma prospectiva la eficacia de una técnica de detección antigénica rápida tipo enzimoinmunoensayo (EIA) comparada con la técnica de aislamiento en cultivo celular tipo Shell-vial (Línea Hep-2), en la detección del VRS en muestras respiratorias pediátricas de 2007 a 2012. En este periodo se han estudiado 15.324 muestras, se han aislado 1.149 VRS (7,5%) y se han realizado 5,852 técnicas rápidas (38,1%). De ellas sólo 737 (12,5%) fueron positivas en la prueba de EIA. La sensibilidad de la detección antigénica frente al VRS debería restringirse a aquellos pacientes con altos índices de sospecha siguiendo las recomendaciones de las guías de consenso (AU)

We studied prospectively the efficacy of a rapid antigen detection technique type enzyme immunoassay (EIA) compared to cell culture isolation Shell-vial method (Line Hep-2), in the detection of RSV in pediatric respiratory samples from 2007-2012. During this period, 15,324 samples have been studied, 1.149 (7,5%) RSV have been isolated, and 5,852 (38,1%) rapid techniques have been maked. Of these, only 737 (12,5%) were positive in the EIA test. The overall sensitivity of the technique against RSV antigen was 64.1% (55,2%-73,1%). To increase profitability against RSV, antigen detection should be restricted to patients with high levels of suspicion as recommended by consensus guidelines (AU)

Análisis comparativo de las serologías realizadas a los inmigrantes en la región sanitaria de Lleida / Comparative analysis of serological tests performed in immigrants in the lleida health area

Objetivo: Evaluar el proceso de cribado y detección de virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), virus de la hepatitis B (VHB) y de la hepatitis C (VHC) y sífilis en los inmigrantes de nuestra región sanitaria, determinando las proporciones de resultados positivos entre colectivos durante un año. Diseño: Estudio descriptivo multicéntrico donde se analizaron todas las serologías realizadas a inmigrantes y autóctonos atendidos durante todo el año 2007. Emplazamiento: Provincia de Lleida (España). Participantes: Se incluyeron 255.410 usuarios. Mediciones principales: Edad, sexo, país de origen y tiempo de permanencia en nuestro país y los resultados para VIH, hepatitis B, hepatitis C y sífilis. Se evaluó si había asociación entre las tasas de marcadores positivos y la zona geográfica de procedencia. Se calcularon las tasas ajustadas por grupos de edad estandarizadas según el método directo. Resultados: El colectivo de origen inmigrante presenta 4,6 veces más probabilidades de tener VHB que el colectivo autóctono (razón de porcentajes [RP]=4,6), siendo el colectivo sudafricano y de Europa del Este el que presenta una mayor probabilidad de VHB (RP=11,7 y 4,5). En la sífilis el porcentaje de positivos es 3 veces mayor en el colectivo inmigrante con las diferencias mayores detectadas en el colectivo latinoamericano (RP=5,5). En el VIH la RP en inmigrantes fue de 2,3 (específicamente en subsaharianos una RP=7,4). En la hepatitis C los inmigrantes obtienen un menor riesgo de ser positivos que los autóctonos (RP=0,4). Conclusiones: Se constatan diferencias importantes en la probabilidad de detectar un resultado positivo de hepatitis B, sífilis o VIH en el cribado cuando el usuario es de origen inmigrante(AU)

Objective: Evaluate the process of screening and detection of HIV, HBV, HCV and syphilis in the province of Lleida by determining the proportions of positive results in the different groups during one year. Design: Descriptive, multicentre study of all the serological tests performed in immigrants and natives attended in 2007.SettingProvince of Lleida (Spain). Participants: 255,410 users. Main measurements: Age, sex, country of origin and period of residence in Spain, and the results for HIV, hepatitis B, hepatitis C and syphilis. We calculated the proportions in which a serological test had been requested, and examined the association between the rates of positive tests and the geographical area of origin, and calculated age-adjusted rates taking the age distribution of the native population as the reference. Results: Risk of HBV was 4.6 times higher in immigrants than in natives (11.7 times in sub-Saharan Africans). The rate of positive syphilis tests was three times higher in the immigrant group. For HIV the PR was 2.3 (sub-Saharan Africans 7.4). For hepatitis C the risk was lower in immigrants than in natives (PR=0.4). Conclusions: Immigrants have a higher probability of testing positive in screening in hepatitis B, syphilis and HIV. The rates differ significantly according to the origin of the immigrant(AU)

Técnicas de monitorización de la infección por citomegalovirus en los trasplantados de órgano sólido / Monitoring techniques in cytomegalovirus infection in solid organ transplant recipients

La introducción de los antivirales y los avances diagnósticos han atenuado sustancialmente los efectos negativos de la infección por el citomegalovirus humano (CMV), aunque continúa siendo una de las principales causas de morbilidad y mortalidad de origen infeccioso en los trasplantados de órgano sólido. La monitorización virológica ocupa un papel central. Hay muchas técnicas diagnósticas, pero no todas son aplicables al trasplante, ni todas se adaptan igualmente a las distintas situaciones clínicas. La elección de una u otra dependerá del objetivo que se persigue, de las características técnicas de la prueba y de las posibilidades del laboratorio. Las pruebas serológicas son fundamentales durante la evaluación pretrasplante de donante y receptor, siendo recomendable utilizar pruebas que detecten anticuerpos IgG. Una vez producido el trasplante, el protagonismo recae sobre los métodos de determinación de carga viral aplicados con fines diagnósticos, pronósticos (como guía del tratamiento anticipado), para la monitorización del tratamiento antiviral y como primera alerta de selección de mutantes resistentes. Aunque la prueba de antigenemia pp65 sigue siendo útil como medida de la carga viral, la mayor parte de laboratorios están adoptando los nuevos métodos de amplificación real time por sus ventajas técnicas. A pesar de los avances en la estandarización metodológica, no disponemos de valores de referencia con validez universal, y cada centro deberá obtenerlos a partir de su propia experiencia (AU)

The availability of antiviral drugs for cytomegalovirus (CMV) in clinical practice, along with advances in methods of laboratory diagnosis, has substantially alleviated the negative effects of CMV infection in solid organ transplant recipients. Nevertheless, CMV continues to be a significant cause of morbidity and mortality in these patients. Virological monitoring plays a crucial role in controlling these negative consequences. Several diagnostic techniques are now available but not all are applicable in the transplant setting, nor are they all suitable for different clinical situations. Selection of a particular method depends on the clinical objective, the technical profile of the test and the possibilities of the laboratory. Serological tests are useful during pretransplant evaluation of both donor and candidates, the most suitable for this purpose being those that detect IgG antibodies. After transplantation, methods for determining CMV viral load are the cornerstone of diagnosis, prognosis (e.g., as a guide for preemptive therapy), and antiviral treatment monitoring, as well as a first alert on the emergence of drug resistant mutants. The pp65 antigenemia test remains useful as a measure of CMV viral load, but molecular assays are progressively replacing antigenemia in most laboratories because of technical issues. Despite advances in methodological standardization, no reference breakpoint values for viral load interpretation are available, and each center should obtain these values based on their own experience (AU)

Estudio comparativo entre una técnica de reacción en cadena de la polimerasa en transcripción reversa en tiempo real, un método de enzimoinmunoanálisis y el cultivo shell-vial en la detección de virus gripales A y B en pacientes adultos / Comparison study of a real-time reverse transcription polymerase chain reaction assay with an enzyme immunoassay and shell vial culture for influenza A and B virus detection in adult patients

Introducción Uno de los principales problemas en el diagnóstico de la gripe es el tipo de muestra y la edad del paciente. En general, la mayoría de las técnicas diagnósticas se han mostrado muy efectivas en los pacientes pediátricos y en los aspirados nasofaríngeos. Sin embargo, su eficacia se ha mostrado mucho menor en la población adulta y los frotis faríngeos. Objetivo Se ha realizado un estudio prospectivo comparativo sobre la eficacia de una técnica de RT-PCRtr (reverse transcription polymerase chain reaction in real time ‘reacción en cadena de la polimerasa en transcripción reversa en tiempo real’) comercial, un enzimoinmunoanálisis (EIA) y el cultivo celular shell-vial (SV) en la detección de virus gripales A y B en 125 frotis faríngeos de pacientes adultos con sospecha clínica de gripe durante la temporada 2007–2008.Material y métodos A los frotis faríngeos se les realizó la detección antigénica gripal mediante un EIA dot-blot comercial. Para la RT-PCRtr se extrajo el ácido ribonucleico de 200μl de la muestra mediante el sistema de extracción automatizado EZ1 virus Mini Kit v2.0. La amplificación genómica se realizó mediante una RT-PCRtr utilizando el sistema comercial automatizado OneStep RT-PCR FluA + FluB y el SmartCycler como sistema de amplificación. Las muestras se inocularon en 2 viales de la línea celular Madin-Darby de riñón canino. El tiempo de respuesta se calculó como el transcurrido entre la llegada de la muestra hasta la obtención del resultado definitivo. Resultados El sistema EIA detectó 27 muestras positivas (21,6%), la RT-PCRtr 62 muestras positivas (49,6%) y el cultivo SV 56 muestras positivas (44,8%). De las 62 muestras positivas, el EIA detectó (..) (AU)

Introduction The age of the patients and the type of sample are major problems in the diagnosis of influenza. Most available diagnostic techniques are highly effective in pediatric patients and in nasopharyngeal aspirates. However, in the adult population and using throat swabs, these techniques are much less reliable. Aim We performed a prospective study comparing the efficacy of a commercial real-time reverse transcription PCR assay (RT-PCR) with that of an enzyme immunoassay (EIA) or shell vial culture (SV) in the detection of influenza A and B viruses in 125 throat swabs from adults with clinically suspected influenza during the 2007–2008 flu season. Material and methods Throat swabs were subjected to rapid antigen detection for influenza viruses by means of a commercial dot-blot EIA. For the RT-PCR technique, RNA was extracted from 200μL of each sample by the automated extraction system, EZ1 virus minikit (version 2.0). Genomic amplification of the extracted viral RNA was carried out using the OneStep RT-PCR FluA+FluB automated system with the SmartCycler amplification system. Each sample was inoculated into 2 SV of the MDCK cell line. Turnaround times were calculated from the time specimens were received in the laboratory to the time the result was reported to clinicians. Results The EIA system detected 27 (21.6%) positive samples, RT-PCR 62 (49.6%) positive samples, and SV 56 (44.8%) positive samples. Among the 62 positive samples, EIA detected 27 (43.5%), RT-PCR 62 (100%) and SV 56 (90.3%). With the use of RT-PCR, 38.4% of the (..) (AU)

Virología molecular del virus de la hepatitis B / Molecular virology of the hepatitis B virus

El virus de la hepatitis B (VHB) pertenece a la familia de los hepadnavirus. El genoma del virus, formado por una pequeña molécula de ADN de 3.200 pares de bases, consta de 4 regiones codificantes de proteínas (ORF) fuertemente solapadas: ORF preS/S, correspondiente a las proteínas de la envuelta que constituyen el antígeno de superficie del VHB (HBsAg); ORF preC/C, que codifica el componente de la cápside viral (antígeno core o HBcAg) y una proteína no estructural que tras su modificación postraduccional es secretada y constituye el denominado antígeno «e» (HBeAg); ORF P, que codifica la polimerasa viral (poliproteína con actividad ADN polimerasa, transcriptasa reversa y ARN-asa) y la ORF X, que codifica una proteína que actúa como regulador multifuncional, tanto para el ciclo viral como para el celular. El VHB presenta una tasa de mutación de 1,4-3,2 105 sustituciones/nucleótido/año. Como consecuencia de esta variabilidad, el virus circula como una mezcla compleja de variantes genéticas, constituyendo una quasiespecie, que evoluciona a lo largo de la infección dependiendo de la presión evolutiva de factores como la respuesta inmunológica y los tratamientos antivirales. Sobre la base de esta variabilidad, el VHB se ha clasificado en 8 genotipos (A-H) definidos por una diferencia > 8% en las secuencias del genoma viral completo. Esta variabilidad es, además, la causante de la resistencia del VHB a los tratamientos antivirales con análogos de nucleótidos y nucleósidos. El diagnóstico de la infección por VHB incluye la determinación de marcadores virológicos: antígenos víricos (HBsAg, HBeAg), anticuerpos específicos (anti-HBc, anti-HBe, anti-HBs) y el estudio del ADN-VHB para su detección, cuantificación y determinación de genotipos y variantes víricas

The hepatitis B virus (HBV) belongs to the hepadnavirus family. The genome of the virus, formed by a small DNA molecule with 3,200 base pairs, has 4 strongly overlapping protein coding regions: ORF preS/S, corresponding to the envelope proteins that constitute the HBV surface antigen (HBsAg); ORF preC/C, which encodes the viral capsid component (core antigen or HBcAg) and a non-structural protein that, after postranslation modification, is secreted and constitutes the «e» antigen (HBeAg); ORF P, which encodes the viral polymerase (polyprotein with DNA polymerase activity, reverse transcriptase and RNAase), and ORF X, which encodes a protein that acts as a multifunctional regulator for both the viral and cell cycles. HBV has a mutation rate of 1.4-3.2 x 105 substitutions/nucleotide/year. As a result of this variability, the virus circulates as a complex mixture of genetic variants, constituting a semi-species, that evolves throughout the infection depending on the evolutionary pressure of factors such as the immune response and antiviral treatments. Based on this variability, HBV has been classified into 8 genotypes (A-H) defined by a difference of more than 8% in the sequences of the complete viral genome. This variability is also responsible for HBV resistance to antiviral treatments with nucleotide and nucleoside analogs. Diagnosis of HBV infection includes determination of virological markers: viral antigens (HBsAg, HBeAg), specific antibodies (anti-HBc, anti-HBe, anti-HBs) and study of HBV-DNA for its detection and quantification and determination of genotypes and viral variants (AU)

Endoftalmitis posquirúrgica debida a Abiotrophia defectiva / Postoperative endophthalmitis due to Abiotrophia defectiva

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Evaluación de un sistema EIA-DB en la detección antigénica del virus Influenza B/Hong Kong/330/01 en pacientes pediátricos (2002-2003) / Evaluation of a dot-blot enzyme immunoassay system for the detection of Influenza B/Hong Kong/330/01 antigen in children (2002-2003)

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Shock séptico asociado a neumonía por Nocardia asteroides en paciente en tratamiento con glucocorticoides / Septic shock associated with pneumonia due to Nocardia asteroides in a patient receiving glucocorticoid treatment

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Utilidad de la colonografía por tomografía computarizada en la detección de pólipos colorrectales / Usefulness of tomographic computer colonography for colorectal polyp detection

FUNDAMENTO Y OBJETIVO: La colonoscopia es la técnica de elección para el diagnóstico de las neoplasias colorrectales. Últimamente se ha desarrollado la colonografía por tomografía computarizada (CTC), una técnica radiológica mínimamente invasiva que permite la identificación de tumoraciones colorrectales. El objetivo del presente estudio fue evaluar la eficacia diagnóstica de la CTC para la detección de pólipos colorrectales y establecer los factores que determinan su rendimiento diagnóstico. PACIENTES Y MÉTODO: Se incluyó en el estudio a pacientes ingresados para el tratamiento endoscópico de pólipos colorrectales. A todos se les practicó una CTC previa a la colonoscopia. Se recogieron los datos demográficos y clínicos de los pacientes, así como las características de los pólipos. El análisis del rendimiento diagnóstico se efectuó tanto individualmente para cada pólipo como por paciente. RESULTADOS: Se incluyó a 30 pacientes, en los que la colonoscopia identificó 87 pólipos colorrectales. La CTC tuvo una sensibilidad del 70 por ciento para la detección de pólipos de cualquier tamaño, y del 92, el 73 y el 55 por ciento para pólipos de 10 mm o más, de 5 a 9 mm y de 4 mm o menos, respectivamente. Por otra parte, su sensibilidad para la detección de pólipos pediculados, semipediculados y sésiles fue del 85, el 92 y el 56 por ciento, respectivamente. El rendimiento de la CTC se asoció al tamaño (p = 0,007) y a la morfología (p = 0,007) del pólipo. La CTC tuvo una sensibilidad del 88 por ciento y una especificidad del 100 por ciento para la identificación de los pacientes con pólipos de 10 mm o más. CONCLUSIONES: La CTC es una técnica de elevada precisión diagnóstica para la identificación de pólipos colorrectales y su rendimiento diagnóstico depende del tamaño y la morfología de la lesión (AU)