Plasmid carriage and the natural complexity of bacterial populations contributes to plasmid persistence / El transporte de plásmidos y la complejidad natural de las poblaciones bacterianas contribuyen a la persistencia del plásmido

Introduction: Plasmids carry and transport genes that assist their hosts to survive in many environments. Many studies have examined the conditions for plasmid persistence in bacterial populations. A limitation includes that a majority of the mathematical models for examining plasmid persistence only included bacteria from similar colonies. However, most bacterial cells inhabit complex communities where plasmids disseminate between varied bacterial host cells. Thus, there is a gap in knowledge concerning the persistence of plasmids in natural bacterial populations. To address a few of these gaps in knowledge, the present study attempted to examine the effects of plasmid carriage on intrinsic stages of bacterial populations in Bacillus subtilis co-cultures. Material and methods: B. subtilis cells were transformed with CRISPR-hCas-9 plasmid vectors where the natural phases of bacterial growth, biofilm production, and antibiotic resistance were examined in relation to plasmid carriage. These three natural phases were measured in relation to plasmid carriage through in vitro co-culture assays. Results: After calculating the CFU/mL, bacterial growth in the B. subtilis-Carrier with Escherichia coli (B. sub-C-E. coli) and Vibrio harveyi (B. sub-C-VH) co-cultures significantly decreased with a paired-t-test two-tailed P=0. The WT B. subtilis-V.H samples, the B. subtilis Carrier-V.H co-cultures, and the controls each scored a total of 40, 47, and 46 of crystal violet (CV) intensity of biofilm, respectively. Biofilm formation decreased after co-culturing E. coli with the B. subtilis-Carrier, yielding a P<0.001. The antibiotic resistance levels of the co-cultures increased by 3% for the B. sub-C-V.H samples while the B. sub-C-E. coli co-cultures decreased in antibiotic sensitivity by approximately 1.5%. Conclusions: Plasmid carriage contributes to plasmid persistence via altering the natural phases of bacterial populations (AU)

Introducción: Los plásmidos portan y transportan genes que ayudan a sus huéspedes a sobrevivir en muchos entornos. Muchos estudios han examinado las condiciones para la persistencia de plásmidos en poblaciones bacterianas. Una limitación incluye que la mayoría de los modelos matemáticos para examinar la persistencia de plásmidos solo incluyeron bacterias de colonias similares. Sin embargo, la mayoría de las células bacterianas habitan en comunidades complejas donde los plásmidos se diseminan entre diversas células huésped bacterianas. Por lo tanto, existe un vacío en el conocimiento sobre la persistencia de plásmidos en poblaciones bacterianas naturales. Para abordar algunas de estas lagunas en el conocimiento, el presente estudio intentó examinar los efectos del transporte de plásmidos en las etapas intrínsecas de las poblaciones bacterianas en cocultivos de Bacillus subtilis. Material y métodos: Células de B. subtilis se transformaron con vectores plasmídicos CRISPR-hCas-9 donde se examinaron las fases naturales de crecimiento bacteriano, producción de biopelículas y resistencia a los antibióticos en relación con el transporte del plásmido. Estas tres fases naturales se midieron en relación con el transporte de plásmidos a través de ensayos de cocultivo in vitro. Resultados: Después de calcular las UFC/mL, el crecimiento bacteriano en los cocultivos de B. subtilis-Carrier con Escherichia coli (B. sub-C-E. coli) y Vibrio harveyi (B. sub-C-VH) disminuyó significativamente con un -t-test de dos colas P=0. Las muestras WT B. subtilis-V.H, los cocultivos B. subtilis Carrier-V.H y los controles obtuvieron cada uno un total de 40, 47 y 46 de intensidad de biopelícula cristal violeta (CV), respectivamente. La formación de biopelículas disminuyó después de cocultivar E. coli con B. subtilis-Carrier, lo que arrojó un P<0,001 (AU)

Evaluación de desinfectantes para uso en el entorno farmacéutico / Evaluation of disinfectants for use in the pharmaceutical environment

INTRODUCCIÓN: Los desinfectantes son utilizados en las empresas farmacéuticas para garantizar la disminución o eliminación de los microorganismos que puedan estar presentes en las líneas de producción, equipamiento, personal o ambiente. Aunque el fabricante garantiza la efectividad de los mismos es necesario probarlos en el entorno farmacéutico donde se van a utilizar. MÉTODO: se evaluaron tres desinfectantes, NDP-Surfaplus en concentración del 70%, NDP-Surfaclin en concentración del 2% y 0,5% y Tristel Jet gel activado a la concentración 0,12%. Se practicaron hisopados antes y después de la aplicación del desinfectante a tramos de superficies de paredes, pisos, mesetas de mármol y fregaderos de acero inoxidable, De cada superficie se escogieron los tramos que presentaban mayor dificultad para realizar los procesos de limpieza y desinfección. El método de conteo utilizado fue el de placa vertida. RESULTADOS: se demostró que los desinfectantes cumplieron con la reducción del 90% de la población microbiana inicial, exceptuando la concentración del 0,5% del desinfectante NDP-Surfaclin. Se aisló mayor número de microorganismos en las superficies que tenían tendencia a formar poros debido a la erosión de los procesos de limpieza y desinfección, así mismo se demostró que los desinfectantes tenían una mejor actividad en las superficies de acero inoxidable. CONCLUSIONES: se demostró la efectividad de los desinfectantes en el entorno farmacéutico de la línea de formulación aprobándose su uso para los procesos de limpieza y desinfección. El desinfectante de mejor actividad fue el NDP-Surfaplus a la concentración del 70%

INTRODUCTION: Disinfectants are used in pharmaceutical companies to guarantee the reduction or elimination of microorganisms that may be present in production lines, equipment, personnel or the environment. Although the manufacturer guarantees their effectiveness, it is necessary to test them in the pharmaceutical environment where they are to be used. METHOD: Three disinfectants were evaluated, NDP-Surfaplus in 70% concentration, NDP-Surfaclin in 2% and 0,5% concentration and Tristel Jet gel activated at 0,12% concentration. Swabs were performed before and after the application of the disinfectant to sections of wall surfaces, floors, marble plateaus and stainless-steel sinks. From each surface the sections that were most difficult to carry out the cleaning and disinfection processes were chosen. The counting method used was the poured plate method. RESULTS: The disinfectants were shown to meet the stipulated acceptance criteria with a 90% reduction in the initial microbial population, except for the 0,5% concentration of the NDP-Surfaclin disinfectant. A greater number of microorganisms were isolated on surfaces that had a tendency to form pores due to erosion from cleaning and disinfection processes, and it was also shown that disinfectants had a better activity on stainless steel surfaces. CONCLUSIONS: The effectiveness of disinfectants in the pharmaceutical environment of the formulation line was demonstrated, approving their use for cleaning and disinfection processes. The best-performing disinfectant was NDP-Surfaplus at the 70% concentration

Etiología de las infecciones urinarias en nuestra área sanitaria y perfil de sensibilidad de los uropatógenos más frecuentes / Etiology of urinary tract infections in our health area and susceptibility profile of the most common uropathogens

ANTECEDENTES Y OBJETIVO: Se debe establecer un tratamiento empírico adecuado que acabe con la mayor parte de las infecciones del tracto urinario (ITU), teniendo en cuenta la prevalencia de los microorganismos más frecuentes en cada área geográfica y la sensibilidad de estos a los distintos antibióticos. El objetivo del estudio es analizar la epidemiología de las ITU en nuestra Área Sanitaria, así como conocer la sensibilidad antibiótica de los microorganismos aislados más prevalentes para orientar el tratamiento empírico. PACIENTES Y MÉTODOS: Se realizó un estudio descriptivo-retrospectivo a partir de los resultados de12.204 urocultivos del año 2018. Se calculó la actividad empírica global de los antibióticos ensayados, diferenciando entre episodios de la comunidad y de pacientes hospitalizados, adultos y niños. RESULTADOS: Escherichia coli fue el microorganismo más frecuentemente aislado en todos los grupos estudiados. Los siguientes microorganismos en frecuencia, en los adultos, fueron Enterococcus faecalis, Klebsiella pneumoniae y levaduras (8%). En el grupo de los niñosestos fueron Enterococcus faecalis y Proteus mirabilis.N o hubo diferencia en la actividad de los antibióticos frente a Escherichia coli, en adultos o en niños, de la comunidad u o hospitalizado, con sensibilidad a fosfomicina y nitrofurantoína superior al 96%; a imipenem y piperacilina-tazobactam superior al 94% y cefalosporinas de tercera generación superior al 90%. Sin embargo,la actividad empírica global, sin distinción por microorganismo, fue para fosfomicina del 77,96-80,60% en adultos y del 92,73-94,50% en niños; para imipenem del 77,70-78,74% en adultos y del 92,36-91,28% en niños; para piperacilina-tazobactam del 77,57-80,03% en adultos y del 89,09-94,04% en niños; y para cefotaxima del 53,28-54,76% en adultos y del 68,73-74,77% en niños. CONCLUSIONES: Fosfomicina, piperacilina-tazobactame imipenem fueron la mejor opción de tratamiento empírica, sin cubrir todos los episodios en los adultos. Cada centro de trabajo debe establecer un perfil razonado de tratamiento empírico de la infección, que además deben tener en cuenta los factores de riesgo para un microorganismo y la gravedad clínica

BACKGROUND AND OBJECTIVE: Adequate empirical treatment should be established for treatment urinary tract infections, considering the prevalence of the most frequent microorganisms in each geographic area and their susceptibility to different antibiotics. The objective of the study is to analyze the epidemiology of UTIs in our Health Area as well as to understand the antibiotic susceptibility of the most prevalent isolated microorganisms to guide empirical treatment. The objective was to establish a reasoned system for recommending ITU empirical therapy, based on the microorganisms causing episodes assisted in a Regional Hospital, knowing their antibiotic susceptibility. PATIENTS AND METHODS: A descriptive-retrospective study was carried out based on the results of 12,204 urine cultures of the year 2018. The overall empirical activity of the antibiotics tested was calculated, differentiating between episodes of the community and of inpatients, adults and children. RESULTS: Escherichia coli was the most frequently isolated microorganism in all studied groups. The following microorganisms in frequency, in adults, were Enterococcus faecalis, Klebsiella pneumoniae and yeasts (8%). In the group of children these were Enterococcus faecalis and Proteus mirabilis. There was no difference in the activity of antibiotics against Escherichia coli, in adults or in children, of the community or inpatients, with sensitivity to fosfomycin and nitrofurantoin greater than 96%; at imipenem and piperacillin-tazobactam greater than 94% and third generation cephalosporins greater than 90%. However, the overall empirical activity, without distinction by microorganism, was for fosfomycin 77.96-80.60% in adults and 92.73-94.50% in children; to prevent 77.70-78.74% in adults and 92.36-91.28% in children; for piperacillin-tazobactam of 77.57-80.03% in adults and 89.09-94.04% in children; and for cefotaxime of 53.28-54.76% in adults and 68.73-74.77% in children. CONCLUSIONS: Fosfomycin, piperacillin-tazobactam or imipenem were the best option for empirical treatment without covering all episodes in adults. Each Center must establish a reasoned profile of empirical treatment of the infection, which should also take into account risk factors for a microorganism and clinical severity

In Vitro Biofilm Formation in Mycobacterium avium-intracellulare Complex / Formación in vitro de biopelículas en el complejo Mycobacterium avium-intracellulare

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Quantitative interactions between Candida albicans and the mutans streptococci in patients with Down Syndrome

BACKGROUND: Oral microorganisms produce damage through the transfer to bloodstream, colonizing other tissues or direct damage in the oral cavity. Aim to study the quantitative interactions between C. albicans and the mutans streptococci and ms serotypes in the saliva of the oral cavity of patients with Down syndrome (DS). MATERIAL AND METHODS: Included 120 patients of both genders, 60 patients with Down syndrome (DS) and 60 patients as a control group (CG). Samples of saliva were taken, and bacteria and fungi were grown on TYCSB and Saboureaud agar. Microbiological, serological and quantitative analyses were performed to determine the kind of isolated of microorganisms corresponding to the ms c, e, f and k for species S. mutans and d and g for S. sobrinus and C. albicans. Electronic scanning microscopy was employed to visualize and confirm the colonies under study. Statistics analysis included t-test proofs for matched data test, Scheffé and ANOVA. RESULTS: Forming units (CFU) per mL of saliva of C. albicans a significant difference was observed among DS < CG groups. A correlation of the C. albicans quantity and the ms count was found by age intervals however, tendencies were different in SD and CG. Also, the CFU of C. albicans was different among the serotypes of ms (c, e, f, k < d, g, h, < notyped). CONCLUSIONS: These results show a significant non-random association between these two commensal microorganisms in different patient groups

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Colonización bacteriana de las cánulas de succión en cirugía ortopédica / Bacterial colonisation of suction cannulas in orthopaedic surgery

INTRODUCCIÓN: Las infecciones osteoarticulares representan una complicación mayor en cirugía ortopédica. Se pretende identificar el porcentaje de cánulas de succión colonizadas y determinar la relación entre el tiempo de uso en cirugía y la colonización de estas. MATERIALES Y MÉTODOS: Estudio descriptivo y prospectivo que analiza 546 cánulas de succión utilizadas en cirugía ortopédica limpia en un centro de trauma, entre noviembre del 2017 a marzo del 2018. El extremo distal de la cánula fue cultivado para determinar la proporción de colonización. RESULTADOS: El 7,3% de las cánulas cultivadas tuvieron cultivos positivos para gérmenes patógenos, de los cuales el más frecuente fue Staphylococcus epidermidis con 27,5%. Además, se encontró asociación entre la colonización y el tiempo de uso de la cánula. La posibilidad de colonización de cánulas usadas entre 60 minutos o más, es mayor que en las que se usaron menos de 60 minutos; entre 60 y 90 minutos la posibilidad es dos veces mayor OR= 2,2 (IC:95% 1,1 - 4,1) y en las cánulas usadas por más de 90 minutos es 8 veces mayor OR= 8,49 (IC:95% 1,77 - 40,86). CONCLUSIONES: La proporción de colonización de las cánulas es menor a lo reportado en la literatura. El mayor tiempo de uso de la cánula en la cirugía aumenta el riesgo de la colonización de estas. Se considera realizar estudios de seguimiento para determinar si la colonización de las cánulas de succión se asocia a un incremento de infección postoperatoria

INTRODUCTION: Osteoarticular infections represent a major complication in orthopaedic surgery. The aim is to identify the percentage of suction cannulas colonised and to determine the relationship between the time they are used in surgery and the colonisation of these cannulas. MATERIALS AND METHODS: Descriptive and prospective study that analysed 546 suction cannulas used in clean orthopaedic surgery in a trauma centre, between November 2017 and March 2018. The distal end of the cannula was cultured to determine the colonisation rate. RESULTS: 7.3% of the cultured cannulas were positive for pathogens, the most frequent being Staphylococcus epidermidis at 27.5%. In addition, an association was found between colonisation and the length of time the cannula was used. The possibility of colonisation of cannulas used for between 60minutes or more, is greater than those used for less than 60 minutes; between 60 and 90 minutes the possibility is twice as high OR= 2.2 (CI:95% 1.1 - 4.1) and in cannulas used for more than 90 minutes it is 8 times higher OR= 8.49 (CI:95% 1.77 - 40.86). CONCLUSIONS: The colonisation rate of cannulas is lower than reported in the literature. The longer the cannula is used in surgery increases the risk of their colonisation. Follow-up studies are being considered to determine whether suction cannula colonisation is associated with increased postoperative infection

Risk factors related to oral candidiasis in patients with primary Sjögren's síndrome

BACKGROUND: Candidiasis is the most frequent mycotic infection of the oral cavity. The aim of this study was to investigate the presence of clinical oral candidiasis and Candida albicans yeast in a population diagnosed of primary Sjögren's syndrome (pSS) and to study the possible factors associated with this infection. MATERIAL AND METHODS: An observational cross-sectional study was conducted in 61 pSS patients (60 women, 1 man, mean age 57.64 ± 13.52) where patient based information (demographic and medical, tobacco and alcohol consumption history), intraoral parameters (presence of dentures, clinical signs of candidiasis), salivary analytical information (number of Candida albicans as colony-forming units per millilitre (CFU/mL), salivary pH levels, unstimulated whole saliva (UWS) and stimulated whole saliva (SWS) were collected. RESULTS: 13.1% of pSS patients presented oral signs of candidiasis. Denture stomatitis and angular cheilitis were the most common lesions. 87.5% of patients with clinical candidiasis presented reduced pH levels and salivary flow in both UWS and SWS. A significant statistical negative correlation was found between CFU/mL of Candida albicans and levels of UWS and SWS. A negative correlation was found between pH levels and CFU/mL, although not statistically significant. CONCLUSIONS: A reduced salivary flow may predispose pSS patients to Candida albicans overgrowth, which may show with clinical signs. Preventive measures are of great importance to avoid and to treat this condition promptly

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Colonización por ESKAPES y características clínicas de pacientes en estado crítico / Colonization by ESKAPES and clinical characteristics of critically ill patients / Colonização por ESKAPES e características clínicas de pacientes críticos

OBJETIVO: Identificar la colonización por ESKAPES y las características clínicas de los pacientes hospitalizados en una Unidad de Cuidados Intensivos para Adultos de un hospital mixto en Paraná. MÉTODO: Investigación de campo, descriptiva, documental y experimental con enfoque cuantitativo, desarollada en una Unidad de Cuidados Intensivos adultos de un hospital mixto en el suroeste de Paraná, Brasil. La población del estudio consistió en pacientes con ingreso de 48 horas en la Unidad de Cuidados Intensivos, de abril a agosto de 2018 y de abril a agosto de 2019. La muestra totalizó 102 individuos. Para la recopilación de datos clínicos, se utilizó un Checklist y para el análisis microbiológico se recogieron muestras de las cavidades nasales y orales y la secreción traqueal. El análisis de los datos clínicos se produjo a través del software Statistical Package for the Social Sciences. Se realizaron pruebas de frecuencia y chi-cuadrado, teniendo en cuenta la p < 0,05 significativa. RESULTADOS: Se evaluaron un total de 102 pacientes ingresados en la Unidad de Cuidados Intensivos durante el período estudiado. De ellos, 57 (55,8%) fueron colonizados por microorganismos patógenos. En cuanto a la colonización por microorganismos, predominan Staphylococcus aureus (61,4%), seguido de Klebsiella pneumoniae (40,4%), Pseudomonas aeruginosa (26,3%) y Staphylococcus epidermidis (21,1%). Cabe destacar que Klebsiella pneumoniae y Staphylococcus aureus estuvieron presentes en las tres regiones evaluadas. CONCLUSIÓN: El estudio identificó la presencia de colonización en pacientes en estado crítico estudiados, siendo esta colonización, en su mayoría, por bacterias resistentes pertenecientes al grupo ESKAPE

OBJECTIVE: To identify colonization by ESKAPES and clinical characteristics of patients admitted in Adult Intensive Care Unit of a mixed hospital in Paraná. METHOD: Field research, descriptive, documentary and experimental quantitative approach, developed in adult Intensive Care Unit of a mixed hospital in Southwest Paraná, Brazil. The study population consisted of patients with admission from 48 hours in the Intensive Care Unit, from April to August 2018 and April to August 2019. The sample has 102 individuals. For the collection of clinical data, a checklist was used and for microbiological analysis the sample was collected from nasal and oral cavities and tracheal secretion. The analysis of clinical data occurred through the Statistical Package for the Social Sciences software. Descriptive frequency and chi-square test, considering significant p <0,05. RESULTS: A total of 102 patients admitted to the Intensive Care Unit during the period studied were evaluated. On these ones, 57 (55,8%) were colonized by pathogenic microorganisms. Regarding the colonization of microorganisms, there was predominance of Staphylococcus aureus (61,4%), followed by Klebsiella pneumoniae (40,4%), Pseudomonas aeruginosa (26,3%) and Staphylococcus epidermidis (21,1%). It is noteworthy that Klebsiella pneumoniae and Staphylococcus aureus were present in the three regions evaluated. CONCLUSION: The study identified the presence of colonization in critically ill patients studied, being this colonization, mostly, resistant bacteria belonging to the ESKAPE group

OBJETIVO: Identificar a colonização por ESKAPES e características clínicas de pacientes internados em uma Unidade de Terapia Intensiva Adulto de um hospital misto do Paraná. MÉTODO: Pesquisa de campo, descritiva, documental e experimental com abordagem quantitativa, desenvolvida em uma Unidade de Terapia Intensiva adulto de um hospital misto do Sudoeste do Paraná, Brasil. A população do estudo constituiu-se pelos pacientes com admissão a partir de 48 horas na Unidade de Terapia Intensiva, no período de abril a agosto de 2018 e de abril a agosto de 2019. A amostra totalizou 102 indivíduos. Para a coleta de dados clínicos foi utilizado um Checklist e para a análise microbiológica foram coletadas amostras das cavidades nasal e oral e secreção traqueal. A análise dos dados ocorreu por meio do software Statistical Package for the Social Sciences. Realizou-se frequência descritiva e teste de qui-quadrado, considerando significativo p <0,05. RESULTADOS: Foram avaliados 102 pacientes admitidos na Unidade de Terapia Intensiva durante o período pesquisado. Destes, 57 (55,8%) estavam colonizados por microrganismos patogênicos. Em relação à colonização de microrganismos, houve predominância de Staphylococcus aureus (61,4%), seguido por Klebsiella pneumoniae (40,4%), Pseudomonas aeruginosa (26,3%) e Staphylococcus epidermidis (21,1%). Vale ressaltar que, Klebsiella pneumoniae e Staphylococcus aureus estiveram presentes nas três regiões avaliadas. CONCLUSÃO: O estudo identificou a presença de colonização nos pacientes criticamente enfermos pesquisados, sendo essa colonização, em sua maioria, por bactérias resistentes pertencentes ao grupo ESKAPE

Etiology of bloodstream infections at a population level during 2013-2017 in the Autonomous Community of Valencia, Spain / Etiología de las bacteriemias a nivel poblacional durante 2013-2017 en la Comunidad Autónoma de Valencia, España

INTRODUCTION: Bloodstream Infections has become in one of the priorities for the antimicrobial stewardship teams due to their high mortality and morbidity rates. Usually, the first antibiotic treatment for this pathology must be empirical, without microbiology data about the microorganism involved. For this reason, the population studies about the etiology of bacteremia are a key factor to improve the selection of the empirical treatment, because they describe the main microorganisms associated to this pathology in each area, and this data could facilitate the selection of correct antibiotic therapy. MATERIAL AND METHODS: This study describes the etiology of bloodstream infections in the Southeast of Spain. The etiology of bacteremia was analysed by a retrospective review of all age-ranged patients from every public hospital in the Autonomous Community of Valencia (approximately 5,000,000 inhabitants) for five years. RESULTS: A total of 92,097 isolates were obtained, 44.5% of them were coagulase-negative staphylococci. Enterobacteriales was the most prevalent group and an increase in frequency was observed along the time. Streptococcus spp. were the second microorganisms more frequently isolated. Next, the most prevalent were Staphylococcus aureus and Enterococcus spp., both with a stable incidence along the study. Finally, Pseudomonas aeruginosa was the fifth microorganism more frequently solated. CONCLUSIONS: These data constitute a useful tool that can help in the choice of empirical treatment for bloodstream infections, since the knowledge of local epidemiology is key to prescribe a fast and appropriate antibiotic therapy, aspect capital to improve survival

INTRODUCCIÓN: Las bacteriemias se han convertido en una de las prioridades de los Programas de Optimización de uso de Antimicrobianos (PROA) debido a sus altas tasas de morbimortalidad. Normalmente, el tratamiento antibiótico tiene que ser pautado de forma empírica, sin datos del microorganismo implicado. Por esto, los estudios poblacionales sobre la etiología de las bacteriemias son un factor clave para mejorar la elección del tratamiento empírico, ya que describen los principales microorganismos asociados a esta patología en cada área, lo que facilita en gran medida la selección del antibiótico correcto. MATERIAL Y MÉTODOS: Este estudio describe la etiología de las bacteriemias en el sureste de España durante los años 2013-2017. La etología fue analizada de forma retrospectiva estudiando los microorganismos implicados en todas las bacteriemias diagnosticadas en la Comunidad Valenciana (5.000.000 de habitantes). RESULTADOS: Se obtuvieron un total de 92.097 aislados clínicos, de los cuales un 44,5% fueron Staphylococcus coagulasa negativos. Las enterobacterias fueron el grupo más prevalente, su frecuencia se incrementó durante el estudio. Los cocos grampositivos, tipo Streptococcus, fueron los siguientes microorganismos que se aislaron de forma más frecuente, su frecuencia disminuyó a lo largo del periodo estudiado. A continuación, Staphylococcus aureus y Enterococcus spp. les siguieron en prevalencia, manteniéndose sus tasas estables a lo largo del estudio. Por último, el quinto microorganismo más prevalente fue Pseudomonas aeruginosa. CONCLUSIONES: Los datos obtenidos en este estudio constituyen una herramienta que puede facilitar la elección correcta del tratamiento empírico inicial que debe aplicarse en estos procesos

Phylogenetic diversity of aerobic spore-forming Bacillalles isolated from Brazilian soils

The phylum Firmicutes comprises seven classes where most species are either aerobic or anaerobic endospore former. Inside Firmicutes, species allocated in the genus Bacillus and related genera are collectively named aerobic endospore-forming bacteria (AEFB), and the soil is their major reservoir. AEFB have great importance in health, agriculture, and biotechnology although the more studied species are Bacillus subtilis and the human pathogens Bacillus cereus and Bacillus anthracis. AEFB have great importance in health, agriculture, and biotechnology; although the knowledge about these organisms is based on few species, notably, Bacillus subtilis, Bacillus cereus, and Bacillus anthracis. In this work, we generated partial 16S rRNA gene sequences of both strands of 192 AEFB strains isolated from soils of Distrito Federal, Brazil (SDF strains). The resulting consensus sequences were used to obtain taxonomic assignment and establish the phylogenetic relationships among these strains. Through this approach, we could observe that classified SDF strains were distributed among genera Bacillus (169 strains; 88.02%), Paenibacillus (11; 5.73%), Lysinibacillus (6; 3.13%), Brevibacillus (4; 2.08%), Terribacillus (1; 0.52%), and Rummeliibacillus (1; 0.52%). Phylogenetic trees revealed these 192 SDF strains can be segregated into eight groups spanning families Bacillaceae and Paenibacillaceae belonging to the order Bacillales. To expand the knowledge about the diversity of these SDF strains, further studies regarding characterization with different methodologies are underway

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BAHNG score: predictive model for detection of subjects with the oropharynx colonized by uncommon microorganisms / Escala BAHNG: modelo predictivo para la detección de sujetos colonizados en la orofaringe por microorganismos menos habituales

Objective. Pneumonia is most frequently produced by the microaspiration of flora that colonizes the oropharynx. Etiological diagnosis of pneumonia is infrequent in clinical practise and empirical treatment should be prescribed. The aims of the present study were to determine the factors associated with oropharynx colonization by uncommon microorganisms (UM) and to develop a predictive model. Methods. A cross-sectional study that included all patients living in one long-term care facilities was developed. Demographic, comorbidities, basal functional status and clinical data were collected. To determinate the oropharyngeal colonization, a single sample of pharynx was obtained for each subject using a cotton swab. Results. A total of 221 subjects were included, mean age 86.27 (SD 8.05) years and 157 (71%) were female. In 32 (14.5%) subjects UM flora was isolated, Gram-negative bacilli in 16 (7.2%) residents, and Staphylococcus aureus in 16 (7.2%). The predictive model included the presence of hypertension, neuromuscular disease, Barthel < 90 and use of PEG. The BAHNG score (BArthel, Hypertension, Neuromuscular, Gastrostomy), showed an area under the curve of 0.731 (CI 95% 0.643-0.820; p<0.001). We have classified patients according to this score in low (0-2 points), intermediate (3-5 points) and high risk (≥ 6). The probability of UM colonization in the oropharyngeal based on this classification is 4.1%, 15.8% and 57.1% for low, intermediate and high risk, respectively. Conclusion. The BAHNG score could help in the identifications of elderly patients with high risk of colonization by UM. In case of pneumonia the evaluation of the subject through this score could help in the initial decisions concerning antibiotic treatment (AU)

Objetivo. La neumonía se produce, con mayor frecuencia, por la microaspiración de la flora que coloniza la orofaringe. Su diagnóstico etiológico es infrecuente en la práctica clínica, prescribiéndose el tratamiento empíricamente. El objetivo del presente estudio fue determinar los factores asociados con la colonización de la orofaringe por microorganismos menos habituales y desarrollar un modelo predictivo. Métodos. Se realizó un estudio transversal que incluyó a todos los pacientes ingresados en una residencia de larga estancia. Se recogieron datos demográficos, comorbilidades, estado funcional basal y datos clínicos. Para determinar la colonización orofaríngea, se obtuvo una muestra única de la faringe para cada sujeto con un hisopo de algodón. Resultados. Se incluyeron un total de 221 sujetos, con una edad media de 86,27 (DE 8,05) años y 157 (71%) fueron mujeres. En 32 (14,5%) sujetos se aisló flora menos habitual: bacilos gramnegativos en 16 (7,2%) residentes y Staphylococcus aureus en 16 (7,2%). El modelo predictivo incluyó la presencia de hipertensión, enfermedad neuromuscular, Barthel <90 y tener gastrostomía endoscópica percutánea. La escala BAHNG (BArthel, Hipertensión, Neuromuscular, Gastrostomía) mostró un área bajo la curva de 0,731 (IC 95% 0,643-0,820; p <0,001). Se clasificó a los pacientes según la puntuación en bajo (0-2 puntos), intermedio (3-5 puntos) y alto riesgo (≥ 6). La probabilidad de colonización de la orofaringe por microorganismos menos habituales según esta clasificación fue del 4,1%, 15,8% y 57,1% para el riesgo bajo, intermedio y alto, respectivamente. Conclusión. La escala BAHNG podría ayudar en la identificación de pacientes ancianos con alto riesgo de colonización de la orofaringe por microorganismos menos habituales. En caso de neumonía, la evaluación del sujeto a través de esta escala podría ayudar en las decisiones iniciales sobre el tratamiento antibiótico a instaurar (AU)

Useful independent factors for distinguish infection and colonization in patients with urinary carbapenemase-producing Enterobacteriaceae isolation / Factores independientes útiles para distinguir colonización e infección en pacientes con aislamiento urinario de enterobacterias portadoras de carbapenamasas

Objective. The aim of this study is to know epidemiologic and clinical differences among those patients colonized or infected by carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) and develop a predictive model to facilitate the clinical approach concerning to start antimicrobial therapy. Methods. Observational retrospective cohort study was performed involving all patients with Urine carbapenemase-producing Enterobacteriaceae isolation (UCPEI) between November 2013 and July 2015. Patients were classifieds as colonized or infected considering Center for Disease Control and Prevention (CDC) definition for urinary tract infection (UTI). Results. A total of 72 patients were included, mean age 76.4 (IQR 23-99) years and 40 (55.6%) were women. Thirty-four (47.2%) were colonized and 38 (52.8%) met the criteria of UTI and were considered infected. The independent variables associated to infection were female sex, peripheral vascular disease, admission in medical ward, permanent urinary catheter carrier, previous antimicrobial therapy, and length of stay. Isolation of OXA-48 carbapenemase-producing Enterobacteriaceae behaved as a non UTI (colonization) factor in comparison with KPC or VIM CPE. The developed predictive model showed an area under the curve (AUC) of 0.901 (95% CI: 0.832-0.970; p < 0.001). Conclusion. The predictive model that includes all this factors has demonstrated a good accuracy for infection diagnosis in these patients, an important issue considering that establishing the diagnosis of infection is not always easy in the profile of patients in which a CPE is isolated (AU)

Objetivo. El objetivo de este estudio es conocer las diferencias epidemiológicas y clínicas entre los pacientes colonizados e infectados por Enterobacterias productoras de carbapenemasa y desarrollar un modelo predictivo para facilitar el abordaje clínico para iniciar la terapia antimicrobiana. Métodos. Estudio de cohorte retrospectivo observacional que incluyó a todos los pacientes con aislamiento de Enterobacterias productoras de carbapenemasa de la orina entre noviembre de 2013 y julio de 2015. Los pacientes fueron clasificados como colonizados o infectados considerando la definición de CDC para la infección del tracto urinario (UTI). Resultados. Se incluyeron un total de 72 pacientes, con edad media de 76,4 años (IQR 23-99) y 40 (55,6%) mujeres. Treinta y cuatro (47,2%) fueron colonizados y 38 (52,8%) cumplieron con los criterios de UTI y se consideraron infectados. Las variables independientes asociadas a la infección fueron el sexo femenino, la enfermedad vascular periférica, el ingreso en una planta de medicina, el ser portador de catéter urinario permanente, haber recibido terapia antimicrobiana previa y una estancia media prolongada. El aislamiento de Enterobacterias productoras de carbapenemasa tipo OXA-48 se comportó como un factor de colonización en comparación con el aislamiento de KPC o VIM. El modelo predictivo desarrollado mostró un área bajo la curva (AUC) de 0,901 (IC del 95%: 0,832-0,970, p <0,001). Conclusión. El modelo predictivo que incluye todos estos factores ha demostrado una buena precisión para el diagnóstico de infección en estos pacientes, una cuestión importante teniendo en cuenta que establecer el diagnóstico de infección Eurono siempre es fácil en el perfil clínico de los pacientes con aislamiento de una enterobacteria portadora de carbapenemasa (AU)

Recuento en saliva de Streptococcus mutans en niños de 6 a 12 años con y sin tinciones cromógenas / Counting of Streptococcus mutans in saliva of 6 to 12 years old children with and without black stain

Introducción: Las tinciones cromógenas o 'Black Stain' (BS) se han asociado a una baja experiencia de caries y un menor recuento de bacterias cariogénicas. El objetivo es determinar si existe diferencia en el número de pacientes que presenten un alto recuento de S. mutans (>105 UFC/ml saliva) entre niños con BS y sin ellas. Material y métodos: Estudio observacional analítico de corte transversal. Se incluyeron 158 escolares entre 6 y 12 años de establecimientos educacionales de la ciudad de Valdivia, Chile. Luego de un examen clínico se determinó la prevalencia de individuos con BS y se conformó un grupo con ausencia de tinciones para comparar el recuento de S. mutans. Se calculó la proporción del número de pacientes con valores >105 UFC/ ml en ambos grupos para establecer los sujetos con alto riesgo cariogénico, evaluando si las diferencias fueron significativas (p<0,05) mediante el test exacto de Fisher. Resultados: Se diagnosticó BS en 15 niños (6 hombres y 9 mujeres), estimando una prevalencia de 9,5% del total de examinados. De esta forma, los grupos de estudio se conformaron por 15 niños con BS y 30 sin la tinción. No hubo diferencia estadísticamente significativa (p=0,538) en la proporción de niños con recuento >105 UFC/ml de S. mutans entre los grupos. Discusión: La presencia de BS en pacientes de 6 a 12 años no se asocia a mayor o menor riesgo cariogénico (AU)

Introduction: Chromogenic staining or 'Black Stain'(BS) has been associated with a low caries frequency and less cariogenic bacteria count. The aim of the study was to determine the difference in the number of patients who have a high count of S. mutans (>105 CFU/ml saliva) among children with BS and without them. Material and methods: Analytical observational cross-sectional study. In this study were included 158 children between 6 and 12 years old, from educational establishments in the city of Valdivia, Chile. After clinical muexamination, the prevalence of individuals with BS was determined and a group was formed with no stains to compare the count of S. mutans. We calculate the ratio of patients with values> 105 CFU/ml in the two groups to identify the patients with high cariogenic risk. Statistical differences were evaluated by Fisher’s test (p <0.05). Results: BS was diagnosed in 15 children (6 men and 9 women), estimating a prevalence of 9.5% of all examined. Thus, the groups studied were formed by 15 children with BS and 30 without staining. There was no statistically significant difference (p=0.538) in the proportion of children with >105 CFU/ml of S. mutans between groups. Discussion: The presence of BS in patients aged 6 to 12 years is not associated with cariogenic risk (AU)

Diagnóstico microbiológico de mastitis: ¿qué sabemos sobre recuentos y microorganismos significativos? / Diagnostic microbiology in mastitis. What do we know about counts and significant microorganisms?

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Valoración de 2 técnicas automatizadas de microdilución frente a dilución en agar en la determinación de la sensibilidad a fosfomicina en cepas de Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenémicos / Assessment of 2 automated microdilution techniques compared to an agar dilution method in determining sensitivity to fosfomycin in strains of carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa

Los aislamientos de Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenémicos se producen cada vez con más frecuencia, haciendo conveniente establecer tratamientos combinados de los que fosfomicina puede formar parte. Los criterios para establecer la sensibilidad de Pseudomonas aeruginosa a fosfomicina han sido aprobados utilizando un método de dilución en agar. Sin embargo, los sistemas de microdilución comercializados son los más utilizados en la práctica diaria. Los resultados de este estudio indican que estos métodos resultan aceptables cuando se quiera conocer el comportamiento de estos microorganismos frente a fosfomicina

Carbapenems-resistance in Pseudomonas aeruginosa isolates has been widely reported. Fosfomycin has been shown to act synergistically with other antimicrobials. The agar dilution method was approved for susceptibility testing for fosfomycin and Pseudomonas aeruginosa. However, broth microdilution methods are the basis of systems currently used in clinical microbiology laboratories. The results of this study indicate that these methods are acceptable as susceptibility testing methods for fosfomycin against these organisms

Functional ecology of soil microbial communities along a glacier forefield in Tierra del Fuego (Chile)

A previously established chronosequence from Pia Glacier forefield in Tierra del Fuego (Chile) containing soils of different ages (from bare soils to forest ones) is analyzed. We used this chronosequence as framework to postulate that microbial successional development would be accompanied by changes in functionality. To test this, the GeoChip functional microarray was used to identify diversity of genes involved in microbial carbon and nitrogen metabolism, as well as other genes related to microbial stress response and biotic interactions. Changes in putative functionality generally reflected succession-related taxonomic composition of soil microbiota. Major shifts in carbon fixation and catabolism were observed, as well as major changes in nitrogen metabolism. At initial microbial dominated succession stages, microorganisms could be mainly involved in pathways that help to increase nutrient availability, while more complex microbial transformations such as denitrification and methanogenesis, and later degradation of complex organic substrates, could be more prevalent at vegetated successional states. Shifts in virus populations broadly reflected changes in microbial diversity. Conversely, stress response pathways appeared relatively well conserved for communities along the entire chronosequence. We conclude that nutrient utilization is likely the major driver of microbial succession in these soils (AU)

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Evaluación de contaminantes microbianos en muestras de cannabis incautadas en Costa Rica / Evaluation of microbial contamination in samples of cannabis seized in Costa Rica

Diferentes literaturas sugieren que el consumo de cannabis es un importante problema para la salud pública. El cannabis, por su naturaleza ilegal, llega a sus usuarios sin cumplimiento de normas adecuadas de cultivo, almacenamiento, procesamiento y tráfico; lo que puede generar diversos contaminantes, que pueden ser químicos, físicos o microbianos. La presencia de contaminantes microbianos es un riesgo para la salud de los usuarios, sobre todo en pacientes con el sistema inmune comprometido. Costa Rica no cuenta con estudios sobre la presencia de contaminantes microbianos en el cannabis comercializado, por lo que este estudio pretendía establecer si los hay en las muestras incautadas en seis regiones del territorio costarricense y relacionar este hecho con riesgos para la salud de sus consumidores. En dichas muestras se realizaron pruebas de conteo total de bacterias aeróbicas, levaduras y hongos según los procedimientos establecidos por la Farmacopea de los Estados Unidos de América (USP). Para la identificación de microorganismos potencialmente patógenos, se realizaron los procedimientos descritos por la USP, el uso del sistema API y metodología de identificación morfológica de hongos. Los conteos totales de bacterias, de levaduras y hongos superan los límites establecidos por USP en la mayoría de las muestras. Se hallaron cuatro tipos de hongos: Aspergillus sp., Scopulariopsis sp, Fusarium sp y Penicillum sp y cinco especies bacterianas: Staphylococcus aureus, S. xylosus, S. lentus, Enterobacter cloacae y E. sakazakki. La contaminación hallada requiere de un debate para el establecimiento de una verdadera política de regulación, tanto para fin terapéutico como para fines recreativos

Different literature suggests that cannabis use is a major problem for public health. Cannabis, through its illegal nature, reaches its users without complying with any suitable standards of growth, storage, processing and transport, which may generate diverse pollutants, which can be chemical, physical or microbial. The presence of microbial pollutants is a risk for the user’s health, especially in patients whose immune system is compromised. In Costa Rica there are no studies on the presence of microbial pollutants in commercialized cannabis, which is why the aim of this study was to establish the presence of the aforementioned pollutants in cannabis samples seized in six regions of Costa Rican territory and to relate this fact to risks for the health of its consumers. These samples were tested for their total count in aerobic bacteria, yeast and fungi according to procedures established by the Pharmacopoeia of the United States (USP). Identification of potentially pathogenic microorganisms was performed using methods described by USP; using the API system and methodology for morphological identification of fungi. The total counts of bacteria, yeast and fungus exceed limits set by USP on most of the seized samples. Four types of fungus were found: Aspergillus sp, Scopulariopsis sp, Fusarium sp and Penicillium sp, and five bacterial species: Staphylococcus aureus, S. xylosus, S. lentus, Enterobacter cloacae and E. sakazakki. The contamination found requires a debate for establishing a genuine policy of cannabis regulation, both for therapeutic or recreational purposes

A two-hour procedure for determining the susceptibility of enterococci and staphylococci to antibiotics by a colourimetric method / Un procedimiento de dos horas para determinar la sensibilidad de estaficolococos y enterococos a los antibióticos en dos horas mediante un método colorimétrico

Introduction. Rapid determination of the antibiotic susceptibility test in bacteria remains a challenge for Clinical Microbiology laboratories. Methods. An improvement in the colorimetric antimicrobial susceptibility testing performed with resazurin in enterococci and staphylococci has been carried out. The design of method was performed using two collection strains, which have a known susceptibility. This procedure was then validated against standard commercial methods on 15 strains of staphylococci and 15 strains of enterococci from patients. Results. The essential agreement between the colorimetric method and commercial methods (E-test, MicroScan and VITEK2) was 100%. Conclusion. Resazurin allows us to obtain a reliable antibiotic susceptibility test in staphylococci and enterococci in less than two hours (AU)

Introducción. La realización de un antibiograma rápido sigue siendo un reto para los laboratorios de Microbiología Clínica. Métodos. Se ha realizado una mejora en el antibiograma colorimétrico realizado mediante resazurina en estafilococos y enterococos. El diseño del método se realizó mediante el uso de dos cepas de colección que presentan una sensibilidad conocida. Este procedimiento se validó posteriormente frente a los métodos comerciales mediante el procesamiento de 15 cepas de estafilococos y 15 de enterococos aisladas de pacientes. Resultados. Se ha obtenido un 100% de concordancia entre la sensibilidad obtenida mediante resazurina y la obtenida mediante los métodos comerciales (E-test, MicroScan and VITEK2). Conclusión. Mediante el uso de resazurina es posible obtener un antibiograma en estafilococos y enterococos en menos de dos horas de forma fiable (AU)

Candida dubliniensis and Candida albicans differentiation by colony morphotype in Sabouraud-triphenyltetrazolium agar / Discriminación entre Candida dubliniensis y Candida albicans evaluando el morfotipo de las colonias en agar Sabouraud-trifeniltetrazolio

Background: Candida dubliniensis is a germ tube and chlamydoconidia producing Candida species that may be misidentified as Candida albicans. Molecular-based methods are the most reliable techniques for C. albicans and C. dubliniensis differentiation. However, accurate, quick and inexpensive phenotypic tests are needed to be used in low-complexity mycology laboratories. Aims: To evaluate colony morphotypes on Sabouraud-triphenyltetrazolium agar as a tool for C. dubliniensis and C. albicans differentiation. Methods: The morphology of 126 C. albicans and C. dubliniensis strains was evaluated and compared with their identification by molecular methods. Results: The method showed 100% sensitivity and specificity when color and the presence or absence of large white mycelial halo was evaluated. Conclusions: Colony morphotype on Sabouraud-triphenyltetrazolium agar should be considered as a new tool to differentiate C. dubliniensis and C. albicans (AU)

Antecedentes: Candida dubliniensis es una especie del género Candida capaz de producir tubos germinativos y clamidoconidios, y puede ser identificada erróneamente como Candida albicans. Las técnicas moleculares de identificación son consideradas las más específicas para diferenciar estas especies. Sin embargo, se siguen necesitando métodos exactos, rápidos y de bajo coste para ser utilizados en laboratorios de micología de baja complejidad. Objetivos: Evaluar el morfotipo de las colonias de levaduras en agar Sabouraud-trifeniltetrazolio como una herramienta para diferenciar C. dubliniensis de C. albicans. Métodos: Se evaluó la morfología de 126 aislamientos de C. albicans y C. dubliniensis y los resultados fueron comparados con los obtenidos utilizando métodos moleculares. Resultados: El método utilizado mostró una sensibilidad y una especificidad del 100% cuando se evaluó el color y la presencia o ausencia de un gran halo de micelio blanco. Conclusiones: La evaluación del morfotipo de las colonias en agar Sabouraud-trifeniltetrazolio puede ser utilizada como una nueva herramienta para diferenciar C. dubliniensis de C. albicans (AU)

¿Cuál es el valor real de los cultivos como herramienta diagnóstica en las onicomicosis? / Which is the role of cultures in the diagnosis of onychomycosis?

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