Characterization of a putative metal-dependent PTP-like phosphatase from Lactobacillus helveticus 2126 / Caracterización de una supuesta fosfatasa similar a PTP dependiente de metales de Lactobacillus helveticus 2126

To date, there are very limited reports on sequence analysis and structure-based molecular modeling of phosphatases produced by probiotic bacteria. Therefore, a novel protein tyrosine-like phosphatase was characterized from L. helveticus 2126 in this study. The purified bacterial phosphatase was subjected to mass spectrometric analysis, and the identity of constructed sequence was analyzed using peptide mass fingerprint. The 3-D structure of protein was elucidated using homology modeling, while its stability was assessed using Ramachandran plot, VERIFY 3D, and PROCHECK. The bacterium produced an extracellular phosphatase of zone diameter 15 ± 0.8 mm on screening medium within 24 h of incubation. This bacterial phosphatase was highly specific towards sodium phytate as it yielded the lowest Km value of 299.50 ± 4.95 μM compared to other phosphorylated substrates. The activity was effectively stimulated in the presence of zinc, magnesium, and manganese ions thereby showing its PTP-like behavior. The phosphatase showed a molecular mass of 43 kDa, and the corresponding M/Z ratio data yielded 46% query coverage to Bacillus subtilis (3QY7). This showed a 61.1% sequence similarity to Ligilactobacillus ruminis (WP_046923835.1). The final sequence construct based on these bacteria showed a conserved motif “HCHILPGIDD” in their active site. In addition, homology modeling showed a distorted Tim barrel structure with a trinuclear metal center. The final model after energy minimization showed 90.9% of the residues in the favorable region of Ramachandran’s plot. This structural information can be used in genetic engineering for improving the overall stability and catalytic efficiency of probiotic bacterial phosphatases.(AU)

Protein and Peptide in Drug Targeting and its Therapeutic Approach / Las proteínas y péptidos en la orientación de fármacos y su abordaje terapéutico

Aim. The main aim of this review article is to provide information like advantages of protein and peptides via different routes of drug administration, targeted to a particular site and its implication in drug delivery system. Methods. To that aim, from the web sites of PubMed, HCAplus, Thomson, and Registry were used as the main sources to perform the search for the most significant research articles published on the subject. The information was then carefully analyzed, highlighting the most important results in the development of protein and peptide drug targeting as well as its therapeutic activity. Results. In recent years many researchers use protein and peptide as a target site of drug by a different delivery system. Proteins and peptides are used as specific and effective therapeutic agents, due to instability and side effects their use is complicated. Protein kinases are important regulators of most, if not all, biological processes. Abnormal activity of proteins and peptides has been implicated in many human diseases, such as diabetes, cancer and neurodegenerative disorders. Conclusions. It is concluded that the protein and peptide were used in drug targeting to specific site and also used in different diseased states like cancer, diabetes, immunomodulating, neurodegenerative effects and antimicrobial activity

Objetivo. El objetivo principal de este artículo de revisión es proporcionar información sobre las ventajas de las proteínas y péptidos a través de diferentes vías de administración de fármacos, dirigidos a un sitio en particular y su implicación en el sistema de administración de fármacos. Métodos. Con ese objetivo, los sitios web de PubMed, HCAplus, Thomson, se utilizaron como las principales fuentes para realizar la búsqueda de los artículos de investigación más importantes publicados sobre el tema. La información fue luego cuidadosamente analizada, destacando los resultados más importantes en el desarrollo de proteína y péptido de direccionamiento de drogas, así como su actividad terapéutica. Resultados. En los últimos años muchos investigadores utilizan las proteínas y los péptidos como un sitio diana de fármaco por un sistema de administración diferente. Las proteínas y los péptidos se utilizan como agentes terapéuticos específicos y eficaces, debido a la inestabilidad y los efectos secundarios de su uso es complicado. Las proteínas quinasas son reguladores importantes de la mayoría, si no todos, los procesos biológicos. La actividad anormal de proteínas y péptidos se ha implicado en muchas enfermedades humanas, tales como diabetes, cáncer y trastornos neurodegenerativos. Conclusión. Finalmente concluyó que la proteína y el péptido se utilizaron en fármaco que se dirige al sitio específico y también se utiliza en diferentes estados de enfermedad como el cáncer, la diabetes, como sustancias inmunomoduladora, efectos neurodegenerativos y actividad antimicrobiana

Papel del dominio V1/V2 de la glucoproteína 120 del virus de la inmunodeficiencia humana de tipo 1 en la inducción de anticuerpos neutralizantes / Role of the HIV-1 V1/V2 domains in the induction of neutralizing antibodies

El desarrollo de una vacuna preventiva contra el virus de la inmunodeficiencia humana de tipo 1 (VIH-1) es una de las mayores esperanzas para el control de la pandemia en los próximos años. Sin embargo, es claro que una de las mayores dificultades de una vacuna contra el virus es su alta tasa de mutación, lo que le permite evadir la respuesta inmune del húesped. La producción de anticuerpos neutralizantes (AcN) contra la envoltura vírica parece tener un papel importante en el control de la infección y en la ejecución de una protección eficaz luego de la inmunización. Diversos trabajos han mostrado que el dominio V1/V2 de la glucoproteína 120 del VIH-1 se encuentra involucrado en el tropismo vírico durante la infección, en el enmascaramiento de epítopes neutralizantes conservados, en los cambios conformacionales tras la unión a los correceptores y en la inducción de AcN. Sin embargo, hay pocos estudios enfocados sobre este dominio. Por otra parte, por ser uno de los dominios altamente glucosilados, numerosos estudios han determinado la influencia de los hidratos de carbono sobre la producción de AcN. Por tanto, la presente revisión está enfocada en la importancia de los AcN dirigidos contra epítopes de las regiones variables (principalmente V1/V2), su importancia en la protección contra la infección por el VIH-1, el papel que desempeñan esas regiones en la evasión de la respuesta inmune y, finalmente, se discute la importancia de los AcN en la búsqueda de una vacuna eficaz contra el virus (AU)

The development of a preventive vaccine against human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) provides hope for control of the pandemic over the coming years. Nevertheless, it is clear that one of the greatest difficulties in achieving this vaccine is the high mutation rate of the virus, which enables it to evade the host's immune response. The production of neutralizing antibodies (NAb) against the HIV-1 envelope proteins is believed to play an important role in controlling the infection and in providing effective protection following vaccination. Several studies have shown that the V1/V2 domain of the HIV-1 gp120 envelope protein is involved in viral tropism during infection, in masking conserved neutralizing epitopes, in the conformational changes occurring after coreceptor binding, and in NAb induction. Nonetheless, this domain has been poorly investigated. However, because the V1/V2 domain is highly glycosylated, numerous studies have determined the influence of carbohydrates on NAb production. The present review focuses on the importance of NAb directed against epitopes of the variable regions, mainly V1/V2, their importance in protecting against HIV-1 infection, and the role these regions play in evading the immune response. Lastly, we will discuss the importance of NAb in the search for an effective vaccine against HIV-1 (AU)

Identification of signature proteins that are distinctive of the Deinococcus-Thermus phylum

The members of the Deinococcus-Thermus phylum, which include many species that are resistant to extreme radiation, as well as several thermophiles, have been recognized solely on the basis of their branching patterns in 16S rRNA and other phylogenetic trees. No biochemical or physiological characteristic is currently known that is unique to this group of species. To identify genes/proteins that are exclusive of this group of species, systematic protein basic local alignment tool (Blastp) searches were carried out on each open reading frame (ORF) in the genome of Deinococcus radiodurans. These studies identified 65 proteins that were only found in all three sequenced Deinococcus-Thermus genomes (viz. D. radiodurans, D. geothermalis and Thermus thermophilus), but not in any other bacteria. In addition, these studies also identified 206 proteins that are exclusively found in the two Deinocococci species, and 399 proteins that are unique to D. radiodurans. The identified proteins, which represent a genetic repertoire distinctive to the Deinococcus-Thermus group, or to Deinococci species, provide novel molecular markers for their identification and characterization. The cellular functions of most of these proteins are not known and their studies should prove useful in identifying novel biochemical and physiological characteristics that are exclusive of these groups of bacteria and also those responsible for the extreme radiation resistance of Deinococci (AU)

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Las incretinas como nuevas dianas terapéuticas de la diabetes tipo 2 / Incretins as new therapeutic targets of type 2 diabetes

Las características epidémicas de la diabetes mellitus (DM) tipo 2 suponen un importante reto asistencial, por el elevado impacto en el uso de los recursos sanitarios requeridos en su tratamiento, así como en la prevención y tratamiento de las complicaciones cardiovasculares asociadas, causa principal de la morbimortalidad relacionada con la DM, sin olvidar su impacto social y personal. En la actualidad disponemos de un número creciente de herramientas terapéuticas que nos permiten alcanzar el control glucémico deseable en la mayoría de nuestros pacientes, aunque sólo de forma transitoria en buena parte de los mismos, debido a la progresión de esta enfermedad; además con frecuencia la terapéutica actual se asocia a efectos no deseados, tales como el incremento de peso o la aparición de hipoglucemias, que limitan la optimización. Recientemente se ha incorporado al tratamiento de la DM un nuevo grupo de fármacos: los incretín-miméticos. Estos nuevos agentes tienen un efecto similar a las hormonas intestinales secretadas de forma natural tras la ingesta de nutrientes, denominadas incretinas (como por ejemplo el péptido 1 similar al glucagón [GLP-1]), con la ventaja añadida de ser moléculas resistentes a la degradación enzimática de la enzima dipeptidil peptidasa IV (DPP-IV), ofreciendo una semivida que permite un tratamiento de carácter ambulatorio, a diferencia de las incretinas naturales que exhiben una semivida demasiado corta para poder ser utilizadas. Los incretín-miméticos se unen a receptores de GLP-1, incrementando la secreción de la insulina y reduciendo la secreción posprandial de glucagón, en ambos casos de forma glucosa-dependiente, ralentizando el vaciamiento gástrico y reduciendo la ingesta de alimentos, mecanismos, todos ellos con un importante impacto sobre la homeostasis de la glucosa y un efecto beneficioso sobre el peso corporal. Además, estudios en modelos experimentales sugieren que estas nuevas moléculas podrían tener un prometedor efecto sobre la función y masa de la célula β del islote pancreático. Exenatida es el primer incretín-mimético disponible hasta la fecha. Los datos sobre eficacia y seguridad del fármaco lo convierten en una alternativa terapéutica para el tratamiento de la DM tipo 2 (AU)

The epidemic characteristics of type 2 diabetes mellitus (DM) pose a formidable challenge in terms of healthcare, given the tremendous impact it has on the healthcare resources needed not only to treat it, but also to prevent and treat the associated cardiovascular complications. This makes up the number 1 cause of DM-associated morbidity-mortality in addition to its social and personal impact. We currently have a growing number of available treatment tools that make it possible to achieve the target glycemic control in most of our patients, albeit unfortunately, only temporarily in a good many of them, because of the progressive nature of the disease. Furthermore, current therapy often entails undesirable effects, such as weight gain or the emergence of hypoglycemias that limit their optimization. Recently, a new class of drugs has been incorporated into the treatment of DM ­ incretin mimetics. These new drugs act in very much the same way as the intestinal hormones that are naturally secreted following the intake of nutrients, called incretins (e.g., glucagon like peptide-1 [GLP-1]), with the added advantage that these molecules are resistant to enzymatic degradation by the DPP-IV enzyme. This provides them with a half-life that makes ambulatory treatment possible, unlike natural incretins whose half-life is too short to make them viable as treatment. The incretin mimetics bind to GLP-1 receptors, increasing glucose-dependent secretion of insulin and decreasing glucose-dependent posprandial secretion of glucagon, slowing gastric emptying, and reducing food intake. All these mechanisms have a significant impact on glucose homeostasis and a beneficial effect on body weight. Moreover, studies in experimental models suggest that these new molecules might have a promising effect on pancreatic β cell function and mass. Exenatide is the first incretin mimetic available to date. Efficacy and safety data of this drug show it as a therapeutic option for the treatment of type 2 DM (AU)

Identification of protein and mannoprotein antigens of Candida albicans of relevance for the serodiagnosis of invasive candidiasis

Antigens from Candida albicans blastoconidia and germ tubes were identified by two-dimensional electrophoresis and Western blotting and characterized by microsequencing, reactivity with concanavalin A, and a panel of human sera. Antigens identified included a polydispersed area in the acidic high-molecular-mass regions of blastoconidium and germ-tube extracts, and 16 antigens varying in molecular masses and isoelectric points (pIs). The majority of the detected antigens, especially those in the polydispersed region, showed mannosyl groups, as determined by concanavalin A reactivity. Antibodies present in sera from patients with invasive candidiasis showed high reactivity with a number of antigens not detected with sera from blood donors. Eight of the 16 antigens could be identified by reactivity with monoclonal antibodies or by microsequencing. Five antigens showed homology with five enzymes previously described as antigens in C. albicans: enolase, phosphoglycerate kinase, malate dehydrogenase, and two isoforms of the fructose biphosphate aldolase. However, to our knowledge, this is the first report of the immunogenic activity of a kexin precursor, a mitochondrial complex I chaperone, and a diacylglycerol kinase catalytic domain from C. albicans. Antigens described in this study may be of potential interest for the serodiagnosis of invasive candidiasis (AU)

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Telomerase and telomere dynamics in ageing and cancer: current status and future directions

This review will focus on the clinical utilities of telomerase for human cancer diagnosis and prognosis. Much attention has been focused on control of telomerase activity in early and late stage tumours. Telomerase stabilisation may be required for cells to escape replicative senescence and to proliferate indefinitely. Because of a very strong association between telomerase and malignancy, both clinicians and pathologists expect this molecule to be a useful diagnostic and prognostic marker and a new therapeutic target. These data have greatly inspired the development of various strategies to target telomere and telomerase for cancer therapy. Finally, evidence is now emerging that G-quadruplex ligands produce rapid senescence and selective cell death. A summary of recent experimental works with new small molecules as potential inhibitors of telomerase is presented (AU)

Signature sequences in diverse proteins provide evidence for the late divergence of the Order Aquificales / Las secuencias signatura de diversas proteínas demuestran la divergencia tardía del Orden Aquificales

The Aquificales species are presently believed to be the earliest branching lineage within Bacteria. However, the branching order of this group in different phylogenetic trees is highly variable and not resolved. In the present work, the phylogenetic placement of Aquificales was examined by means of a cladistic approach based on the shared presence or absence of definite signature sequences (consisting of conserved inserts or deletions) in many highly conserved and important proteins, e.g. RNA polymerase beta (RpoB), RNA polymerase beta (RpoC), alanyl-tRNA synthetase (AlaRS), CTP synthase, inorganic pyrophosphatase (PPase), Hsp70 and Hsp60. For this purpose, fragments of the above genes that contained the signature regions were cloned from different Aquificales species (Calderobacterium hydrogenophilum, Hydrogenobacter marinus, and Thermocrinis ruber) and the sequence data were compared with those available from all other species. The presence in Aquificales species of distinctive inserts in Hsp70 and Hsp60 that are not found in any Firmicutes, Actinobacteria, or Thermotoga-Clostridium species excluded them from these groups of Bacteria. The shared presence of prominent indels in the RpoB (>100 amino acids), RpoC (>100 amino acids) and AlaRS (4 amino acids) proteins, which are only found in the various Aquificales species, the Chlamydiae, the CFBG (Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides-green sulfur bacteria) group, and Proteobacteria, strongly suggests their placement within these groups of Bacteria. A specific relationship between Proteobacteria and Aquificales is suggested by the presence in inorganic pyrophosphatase of a 2-amino-acid insert that is uniquely found in these phyla. However, the Aquificales species lacked a number of other protein signatures (e.g. indels in CTP synthase and Hsp70) that are characteristic of Proteobacteria, indicating that they constitute a distinct phylum related to Proteobacteria. These results provide strong and consistent evidence that the Aquificales diverged after the branching of Firmicutes, Actinobacteria, Thermotoga, Deinococcus-Thermus, green nonsulfur bacteria, Cyanobacteria, Spirochetes, Chlamydiae, and CFBG group, but before the emergence of the Proteobacteria (AU)

Actualmente se cree que las especies de Aquificales son las que primero se separaron dentro del dominio Bacteria. No obstante, el orden de ramificación de este grupo no está resuelto y en los diferentes árboles filogenéticos es altamente variable. En este trabajo hemos examinado la posición filogenética de Aquificales mediante un enfoque cladístico basado en la presencia o ausencia de secuencias signatura definidas (consistentes en adiciones o deleciones conservadas) en muchas proteínas importantes y muy conservadas, como son la RNA polimerasa Beta (RpoB), la RNA polimerasa Beta´ (RpoC), la alanil-tRNA sintetasa (AlaRS), la CTP sintasa, la pirofosfatasa inorgánica (PPasa), Hsp70 y Hsp60. Con este objeto, se clonaron fragmentos de los genes de las proteínas enumeradas que contenían las regiones signatura provenientes de diferentes especies de Aquificales (Calderobacterium hydrogenophilum, Hydrogenobacter marinus y Thermocrinis ruber) y se compararon las secuencias con las disponibles del resto de las especies. La presencia de insertos distintivos en las proteínas Hsp70 y Hsp60 de las especies de Aquificales, no presentes en ninguna especie de Firmicutes, Actinobacteria o Thermotoga-Clostridium, las excluyen de estos grupos del dominio Bacteria. La presencia compartida de importantes inserciones-deleciones en las proteínas RpoB (>100 aa), RpoC (>100 aa) y AlaRS (4 aa) que sólo se encuentran en varias especies de Aquificales, así como de Clamidias, el grupo CFBG (Cytophaga-Flavobacterias-Bacteroides-Bacterias verdes del azufre) y las Proteobacterias indica su pertenencia a estos grupos de Bacteria. Un inserto de 2 aa en la pirofosfatasa inorgánica, únicamente presente en los genes homólogos de Aquificales y Proteobacterias, parece indicar una relación específica entre estos dos fílums. No obstante, las especies de Aquificales carecen de algunas otras signaturas de proteínas (por ejemplo, los indeles en CTP sintasa y Hsp70) características de las Proteobacterias, lo cual indica que constituyen un fílum separado pero relacionado con las Proteobacterias. Estos resultados prueban intensa y consistentemente que las Aquificales se separaron después de la ramificación de los grupos Firmicutes, Actinobacterias, Thermotoga, Deinococcus-Thermus, Bacterias verdes del azufre, Cianobacterias, Espiroquetas y Clamidias-CFBG, pero antes de la emergencia de las Proteobacterias (AU)

Detection of hepatitis B virus variants resistant to lamivudine and famciclovir among randomly selected chronic carriers from Spain / Detection of hepatitis B virus variants resistant to lamivudine and famciclovir among randomly selected chronic carriers from Spain

INTRODUCCIÓN. El tratamiento de la hepatitis B crónica con lamivudina se ve frecuentemente afectado por la emergencia de mutaciones en el motivo YMDDV de la ADN polimerasa viral que confieren resistencia a la droga. Este fenómeno acostumbra a aparecer tras varios meses de tratamiento, pero a veces sucede en momentos tempranos del mismo. Este hecho, junto con otros hallazgos realizados en Japón y Francia, sugiere que las variantes resistentes circulan entre la población y originan infecciones en las que existe resistencia primaria al tratamiento. MÉTODOS. Se utilizó una prueba de hibridación reversa en tira (line probe assay, LiPA) para estudiar la presencia de mutaciones asociadas a resistencia a lamivudina o famciclovir en fragmentos del genoma del virus de la hepatitis B (VHB) amplificados del suero de 79 portadores crónicos mediante la reacción en cadena de la polimerasa. Las muestras fueron remitidas desde diferentes centros sanitarios españoles para detección y cuantificación del ADN viral entre enero de 2001 y mayo de 2002, incluyéndose en el estudio una muestra, elegida al azar, de las que resultaron positivas en ese período. Se recogieron datos sobre tratamiento antiviral previo al momento de la toma de la muestra en pacientes seleccionados. RESULTADOS. Se detectó alguna de las mutaciones estudiadas en muestras procedentes de 10 pacientes. Tras revisar los datos disponibles y solicitar información adicional, se encontró que tres de ellos (3,8 por ciento de los 79 pacientes estudiados) carecían de antecedente de tratamiento antiviral. En 2 casos, se halló mezcla de secuencias salvajes y de las mutaciones rtM204l (M552I) y rtV207l (V555I), respectivamente. En el restante, se detectó la mutación rtV207l en ausencia de niveles detectables de la secuencia salvaje. CONCLUSIONES. Los hallazgos sugieren que un porcentaje significativo de los portadores crónicos de VHB que existen en nuestro medio sufren infecciones que involucran variantes potencialmente resistentes al tratamiento con lamivudina famciclovir. Toda vez que cabe esperar que el tratamiento con esos fármacos sea ineficaz en presencia de variantes resistentes, estas observaciones llevarían a tomar en consideración la posibilidad de estudiar rutinariamente la presencia de tales mutaciones antes de seleccionar la pauta terapéutica más adecuada para cada paciente (AU)

Péptidos antibióticos eucarióticos: ¿una nueva alternativa en clínica? / Eukaryotic antibiotic peptides. A new alternative

Los péptidos antibióticos de origen eucariótico (PAE) son componentes esenciales de la inmunidad innata. Actúan en secreciones, epitelios y fagocitos profesionales como primera barrera defensiva frente a las invasiones por patógenos. Su interés clínico se debe a dos de sus características generales: amplio rango de patógenos susceptibles y muy baja inducción de resistencias. Ambas se derivan de su mecanismo de acción: la permeabilización de la membrana del patógeno por interacción con los fosfolípidos aniónicos de la cara externa de la membrana. Se presenta una visión general de estos antibióticos, con especial énfasis en los de origen humano, incluyendo su mecanismo de acción, las estrategias de resistencia, así como otras actividades no relacionadas con su función microbicida. Finalmente se discuten las perspectivas e inconvenientes para su inclusión como nuevos agentes en terapias antiinfecciosas (AU)

Los factores de crecimiento para fibroblastos: relaciones estructura-función en una familia peculiar de proteínas con pluriempleo / Role of fibroblast growth factors: relations structure-function in a peculiar family of proteins with broad spectrum activity

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Las neurregulinas: una familia de factores con funciones críticas en el desarrollo del sistema nervioso y en la diferenciación y transformación celular / Neuregulins: a family of factors with critical functions during nervous system development and in the cellular transformation and differentiation

Introducción. Las neurregulinas son una familia de factores críticos para el desarrollo del sistema nervioso, sistema neuromuscular y corazón; también se ven involucradas en enfermedades del sistema nervioso y en la propagación del cáncer. Desarrollo. Se conocen cuatro genes y un gran número de isoformas, las cuales en su mayoría comparten una arquitectura molecular similar. Estos factores se expresan de manera diferencial y se unen con diferentes grados de afinidad a combinaciones determinadas de receptores ErbB. Este nivel de complejidad ha dirigido numerosas investigaciones para tratar de entender los mecanismos moleculares que regulan la especificidad de una determinada ruta de señalización. Conclusión. Una ruta intracelular determinada, iniciada por un complejo neurregulinareceptor, puede llevar a una célula a destinos tan opuestos como la diferenciación o proliferación

Introduction. The neuregulins are a family of factors that perform important functions during the development of the nervous system, neuromuscular junction and heart. These factors are also involved in nervous system disorders, and in the generation and progression of tumors. Development. There are four genes and many isoforms which share a similar molecular structure. The neuregulins are differentially expressed and bind with different affinities to specific combinations of ErbB receptors. This level of complexity is directing numerous researching in order to understand the molecular mechanisms that regulate a specific pathway. Conclusion. NeuregulinErbB receptor complexes activate specific intracellular pathways that culminate in very different fates: differentiation or proliferation

The branching order and phylogenetic placement of species from completed bacterial genomes, based on conserved indels found in various proteins

The presence of shared conserved inserts and deletions (indels or signature sequences) in proteins provides a powerful means for understanding the evolutionary relationships among the Bacteria. Using such indels, all of the main groups within the Bacteria can be defined in clear molecular terms and it has become possible to deduce that they branched from a common ancestor in the following order: Low G + C gram-positive --> High G+C gram-positive --> Deinococcus Thermus --> Cyanobacteria --> Spirochetes --> Aquifex-Chlamydia-Cytophaga --> Proteobacteria-1 (epsilon, delta) --> Proteobacteria-2 (alpha) --> Proteobacteria-3 (beta) --> Proteobacteria -4 (gamma). The usefulness of this approach for understanding bacterial phylogeny was examined here using sequence data from various completed bacterial genomes. By using 12 indels in highly conserved and widely represented proteins, the species from all 41 completed bacterial genomes were assigned to different groups; and the observed distribution of these indels in different species was then compared with that predicted by the signature sequence model. The presence or absence of these indels in various proteins in different bacteria followed the pattern exactly as predicted: and, in more than 450 observations, no exceptions or contradictions in the placement of indels were observed. These results provide strong evidence that lateral gene transfer events have not affected the genes containing these indels to any significant extent. The phylogenetic placement of bacteria into different groups based on signature sequences also showed an excellent correlation with the 16 S rRNA with 39 of the 41 species assigned to the same group by both methods. These results strongly vindicate the usefulness of the signature sequence approach to understanding phylogeny within the Bacteria and show that it provides a reliable and internally consistent means for the placement of bacterial species into different groups and for determining the relative branching order of the groups (AU)

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Estructura y función de las moléculas HLA de clase I "No clásicas" / Structure and function of "non-classical" HLA class I molecules

En los últimos años se han descubierto diversos genes relacionados con los que codifican las moléculas HLA de clase I a los que se ha denominado en conjunto genes HLA "no clásicos". Hasta el momento se han descrito 9 familias "no clásicas" diferentes que contabilizan un total de 17 genes funcionales. Solamente para una de estas familias, MR1, la función sigue siendo completamente desconocida. Además, la estructura tridimensional de al menos una molécula representativa ha sido descifrada en 6 familias. Aunque muestran importantes diferencias en términos de secuencia aminoacídica las distintas moléculas HLA de clase I no clásicas presentan una estructura tridimensional muy parecida. Sorprendentemente, estas moléculas tan parecidas en su forma llevan a cabo funciones muy heterogéneas que van desde la presentación de antígenos lipídicos a los linfocitos T hasta la regulación del metabolismo del hierro (AU)

Unusual characteristics of ciliate actins

Actin is a cytoskeletal protein that is ubiquitous in eukaryotes, hence the corresponding genes and proteins have been isolated from numerous organisms as different as animals, plants, fungi and protozoa. Several atomic models are available for the monomeric as well as the filamentous form, and more than 70 proteins that bind actin and control filament dynamics have been isolated from diverse eukaryotes. Moreover, the function and dynamics of the actin cytoskeleton in several eukaryotic systems have been depicted in depth. Unlike other protozoa, such as amoeba, actin is not an abundant protein in ciliates, whose cytoskeleton is mainly composed of microtubular arrays. Ciliate actin has been studied in several species, and it was established early on that this ciliate protein is very different from that of other eukaryotes. Similarly, the actin-binding proteins studied in ciliates display great differences with those of other eukaryotes. Consequently, ciliate actin has been considered as «unconventional», and this review focuses on molecular data leading to this conclusion (AU)

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