Re-purposing is needed for beneficial bugs, not for the drugs

Between 150 and 200 species of plants, insects, birds or mammals go extinct every day. We do not have any idea what the global extinction rate for microorganisms is. What is clear is that we have already lost a maximum number of the microbes that used to live in and on our skins. Many of our microbial partners are facing extinction as we apply selection pressures that are unprecedented in our long-standing relationships. Recent estimates are that we have lost at least one third of the diversity of our skin microbiome. Every day, most of us bath or shower in water that contains chlorine or fluorine; these additives do a great job of killing pathogenic microbes, but they are probably not helping our skin microbiome. Most of the people apply cosmetic products every day, as these products contain preservatives that prevent microbial growth on the shelf. These same chemicals may well kill microbes on the skin. The daily use of high-pH soaps probably will not help microbial life that is adapted to living on the skin's natural pH of 5. The rise in the rate of C-section births from around 5% in 1970 to more than 30% today is likely to be a contributing factor. Vaginal microbes seed our skins at birth and C-sections disrupt this process. The overuse of broad-spectrum antibiotics has contributed to the loss of our microbial partners in all body sites and the skin is no exception. It is now clear that skin is an ecosystem that is dependent on commensal microbes for optimal health. In general, a diverse ecosystem is a healthy ecosystem that is robust in the face of change. Low-diversity ecosystems are more fragile and susceptible to dysbiosis. Eczema and acne rates have increased rapidly over the last 50 years. These diseases are almost unknown in hunter-gatherer communities. Now, we face two exciting challenges: finding out which species matter and how to get them back

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Desinfectantes químicos. Factores que afectan la eficacia de la desinfección. Desinfección en situaciones especiales / No disponible

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Contribución de la microbiología al diagnóstico de la tuberculosis en Castilla y León: conclusiones del estudio GRUMICALE 2013 / Contribution of microbiology in the diagnosis of tuberculosis in Castile and León (Spain): Findings of the GRUMICALE 2013 study

Introducción y objetivos: Estudio retrospectivo que recoge datos microbiológicos de tuberculosis (TB) en Castilla y León durante el año 2013 para conocer los datos microbiológicos de incidencia y distribución de TB, resistencias a los fármacos antituberculosos y compararlos con los datos epidemiológicos ofrecidos por los servicios de vigilancia epidemiológica (SIVE). Material y métodos: Microbiólogos de los 14 hospitales de la red sanitaria pública de Castilla y León (GRUMICALE) han recogido datos epidemiológicos, microbiológicos y de funcionamiento de los laboratorios de microbiología de la comunidad durante el año 2013. Se consideró un solo aislamiento de Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) por paciente. Resultados: Se obtuvieron 270 aislamientos de MTC (tasa de incidencia de 11,63 casos/100.000 hab./año). Según datos epidemiológicos, se recogieron un total de 288 casos de TB (11,43 casos/100.000 hab./año), 243 confirmados, 29 sospechosos y 16 probables. Predomina la localización pulmonar, seguida de lejos por la pleural y por el resto. Se procesaron un total de 27.620 muestras para micobacterias. En un 3,46% de los medios de cultivos líquidos se obtuvo crecimiento de micobacterias, y en un 50,37% la tinción directa (baciloscopia) fue positiva. Dieciséis aislamientos de Mycobacterium tuberculosis (MT) presentaron resistencia a algún fármaco antituberculoso, predominando la resistencia a isoniazida (5,92%). La provincia con mayor incidencia y número de aislamientos fue León (24,23 casos/100.000 hab./año), siendo la máxima en el área sanitaria de El Bierzo (30,46 casos/100.000 hab./año). Conclusiones: Una adecuada recogida de la información microbiológica es fundamental para el conocimiento de la epidemiologia de la TB en nuestra comunidad (AU)

Introduction and objectives: A retrospective study was conducted by collecting microbiological tuberculosis (TB) data in Castile and León during the year 2013 in order to determine the incidence and distribution of TB, and resistance to the tuberculostatic drug, and compare them with the epidemiological data provided by the Department of Epidemiological Surveillance (SIVE). Material and methods: Microbiologists of the 14 hospitals of the Castile and León public health network (GRUMICALE) collected epidemiological, microbiological, and management data from the Microbiology laboratories in the community during the year 2013. A single isolate of Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) per patient was considered. Results: The study included a total of 270 MTC isolates (an incidence rate of 11.63 cases/100,000 inhab./year). A total of 288 cases of TB (11.43 cases/100,000 inhab. year) were recovered using epidemiological data, which included 243 confirmed, 29 suspected, and 16 as probable cases. Pulmonary TB was predominant, followed a long way off by the pleural TB and the remaining locations. A total of 27,620 samples were processed for mycobacterial detection. Mycobacterial growth was observed in 3.46% of automated fluid cultures, and 50.37% were positive by direct staining of the smear. Resistance to one tuberculostatic drug, mostly to isoniazid, was observed in 16 (5.92%) isolates of Mycobacterium tuberculosis (MT). The province with greater incidence and number of isolates was León (24.23 cases/100,000 inhab./year), with the highest being observed in El Bierzo health area (30.46 cases/100,000 inhab./year). Conclusions: An adequate collection of microbiological information is essential to determine the epidemiology of TB in our region (AU)

El microbiólogo clínico ante los cambios taxonómicos en el género Clostridium / The clinical microbiologist before the taxonomic changes in the genus Clostridium

Las especies incluidas en el género Clostridium son muy heterogéneas, tanto que desde un punto de vista fenotípico como filogenético. Los avances en la taxonomía polifásica y en particular en la filogenia están permitiendo resolver esta disfunción reclasificando a numerosas especies en otros géneros, aunque aún resta trabajo por hacer. Los cambios en las denominaciones genéricas son algo normal en taxonomía pero puede convertirse en un problema cuando afectan a especies con gran impacto clínico conocidas desde hace muchos años como es el caso de algunas especies tradicionales del género Clostridium. Tras conocerlos los microbiólogos clínicos, en cuyo quehacer la taxonomía es fundamental, deben valorar que está antes, la comunicación con los profesionales de la salud o la filogenia y valorar que quizás haya posibilidades de combinar ambos hechos. Este artículo revisa alguno de los cambios taxonómicos acaecidos en especies conocidas del género Clostridium, que genéticamente no pertenecen a este género, que pueden tener interés en clínica y evalúa, en lo posible, su trascendencia en la comunicación científica y sanitaria (AU)

The various species included in the genus Clostridium are very heterogeneous, both from a phenotypic and a phylogenetic point of view. The advances in polyphasic taxonomy, particularly in phylogeny, are allowing to resolve this dysfunction reclassifying several species in other genres, although there is still work to be done. Changes in generic denominations are quite normal in taxonomy, but can turn into a problem when they affect species with strong clinical impact and that have been recognised for a long time, as in the case of some traditional Clostridium species. After knowing these changes clinical microbiologists, in whose work taxonomy is an essential tool, should evaluate what matters most, if the communication with other health professionals or the phylogeny, and think about the possibility of combining both things. This paper reviews some of the taxonomic changes that have took place in well-known Clostridium species that can be clinically interesting and evaluates, as far as possible, their significance in the scientific and medical communication (AU)

Candidiasis asociada a biopelículas / Candida biofilm-related infections

El número de dispositivos biomédicos (catéteres intravasculares, válvulas cardíacas, prótesis articulares, etc.) que se colocan en nuestros hospitales ha aumentado de manera exponencial en los últimos años. Las especies de Candida son organismos patógenos que cada vez tienen mayor relevancia en este tipo de infecciones. Candida tiene dos formas de desarrollo: planctónica y en biopelícula. Una biopelícula es una comunidad de microorganismos adheridos a una superficie y englobados por una matriz extracelular. Esta forma de desarrollo confiere a los microorganismos una gran resistencia a los agentes antimicrobianos. Esto es la causa de que los tratamientos antibióticos fracasen habitualmente y haya que retirar los dispositivos en la mayor parte de las ocasiones. Los mecanismos de adherencia inespecíficos, los sistemas de adhesina-receptor, y el sistema de comunicación intercelular denominado quorum sensing juegan un papel esencial en el desarrollo de las biopelículas de Candida. En general, los azoles tienen poca actividad frente a las biopelículas de Candida, mientras que las equinocandinas y los polienos muestran una mayor actividad. Es necesario desarrollar nuevas estrategias terapéuticas debido a la elevada morbimortalidad y el gran gasto económico asociado a este tipo de infecciones. La mayor parte de los estudios realizados hasta la fecha se han centrado en las biopelículas bacterianas. El conocimiento del proceso de formación de las biopelículas de Candida, así como su composición, es fundamental para poder desarrollar nuevas estrategias preventivas o terapéuticas (AU)

The number of biomedical devices (intravascular catheters, heart valves, joint replacements, etc.) that are implanted in our hospitals has increased exponentially in recent years. Candida species are pathogens which are becoming more significant in these kinds of infections. Candida has two forms of development: planktonic and in biofilms. A biofilm is a community of microorganisms which adhere to a surface and are enclosed by an extracellular matrix. This form of development confers a high resistance to the antimicrobial agents. This is the reason why antibiotic treatments usually fail and biomedical devices may have to be removed in most cases. Unspecific adhesion mechanisms, the adhesion-receptor systems, and an intercellular communication system called quorum sensing play an essential role in the development of Candida biofilms. In general, the azoles have poor activity against Candida biofilms, while echinocandins and polyenes show a greater activity. New therapeutic strategies need to be developed due to the high morbidity and mortality and high economic costs associated with these infections. Most studies to date have focused on bacterial biofilms. The knowledge of the formation of Candida biofilms and their composition is essential to develop new preventive and therapeutic strategies (AU)

Microbiota intestinal / Intestinal microbiota

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Análisis de resultados del Programa Externo de Control de Calidad SEIMC. Año 2013 / Analysis of the results of the SEIMC External Quality Control Program. Year 2013

El Programa de Control de Calidad Externo de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica incluye las áreas de bacteriología trimestral y mensual, serología, micología, parasitología, micobacterias, virología, microbiología molecular y cargas virales del virus de la inmunodeficiencia humana-1, virus de la hepatitis C y virus de la hepatitis B. En este manuscrito se presenta el análisis de los resultados remitidos por los participantes en los controles enviados durante el año 2013, exceptuando los correspondientes a cargas virales, que se presentan en un manuscrito aparte. Los resultados obtenidos con- firman de nuevo la buena capacitación general de los laboratorios españoles de microbiología clínica, como ha venido sucediendo en los años anteriores. A pesar de ello, el programa muestra que es posible obtener un resultado erróneo, incluso en determinaciones de la mayor trascendencia y en cualquier laboratorio. Resaltamos la importancia de complementar el control interno que cada laboratorio lleva a cabo con estudios de intercomparación externos, como los que ofrece el Programa de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica

The External Quality Control Program of the Spanish Society of Infectious Diseases and Clinical Microbiology (SEIMC) include controls for bacteriology, serology, mycology, parasitology, mycobacteria, virology, molecular microbiology and HIV-1, HCV and HBV viral loads. This manuscript presents the analysis of results obtained of the participants from the 2013 SEIMC External Quality Control Programme, except viral loads controls, that they are summarized in a manuscript abroad. As a whole, the results obtained in 2013 confirm the excellent skill and good technical standards found in previous editions. However, erroneous results can be obtained in any laboratory and in clinically relevant determinations. Once again, the results of this program highlighted the need to implement both internal and external controls in order to assure the maximal quality of the microbiological tests

Efficacy of ravuconazole in a murine model of vaginitis by Candida albicans / Eficacia del ravuconazol en un modelo murino de vaginitis por Candida albicans

Background. The incidence of vulvovaginal candidiasis, a common infection among healthy women primarily caused by the yeast Candida albicans, has increased significantly in recent years. Aims. The purpose of this study was to compare the efficacy of ravuconazole (RVC) and fluconazole (FLC) in the treatment of experimental C. albicans vaginitis. Methods. Forty isolates of C. albicans were screened for their in vitro susceptibility to RVC and FLC. A strain of C. albicans that was resistant to FLC (minimum inhibitory concentration [MIC] of >64 μg/ml) was selected for the in vivo study. Treatment regimens for the murine vaginal infection model were (1) 1, 5, 10, and 20 mg/kg RVC once daily, (2) 20 mg/kg RVC twice daily, (3) 20 mg/kg FLC once daily, and (4) 20 mg/kg FLC twice daily. Results. The geometric means of the MIC values at 48 h for all isolates tested were 0.05 and 0.5 μg/ml for RVC and FLC, respectively. Regimens of either RVC or FLC at 20 mg/kg twice daily were more effective to reduce the load of FLC-resistant C. albicans than single dose administration. Conclusions. Complete eradication of C. albicans from the vagina was not observed with RVC or FLC treatment in the animal model, although RVC treatment showed a lower fungal concentration 14 days after drug administration (AU)

Antecedentes. En los últimos años, ha aumentado sustancialmente la incidencia de candidiasis vulvovaginal, una infección frecuente entre mujeres sanas, causada sobre todo por la levadura Candida albicans. Objetivos. El objetivo del presente estudio fue comparar la eficacia del ravuconazol (RVC) y del fluconazol (FLC) en el tratamiento de la vaginitis experimental inducida por C. albicans. Métodos. Se examinó la sensibilidad in vitro de 40 aislamientos de C. albicans frente a RVC y FLC. Para el estudio in vivo se seleccionó una cepa de C. albicans que fue resistente a FLC (concentración inhibitoria mínima [CIM] >64 μg/ml). Las pautas de tratamiento para el modelo murino de infección vaginal fueron 1) 1, 5, 10 y 20 mg/kg de RVC una vez al día, 2) 20 mg/kg de RVC dos veces al día, 3) 20 mg/de FLC una vez al día, y 4) 20 mg/kg de FLC dos veces al día. Resultados. Para todos los aislamientos las medias geométricas de los valores de la CIM a las 48 h fueron de 0,05 y 0,5 μg/ml para RVC y FLC, respectivamente. Las pautas de 20 mg/kg de RVC o FLC dos veces al día fueron más eficaces para reducir la carga infectiva de C. albicans resistente a FLC que las administradas una vez al día. Conclusiones. En el modelo animal no se eliminó completamente C. albicans del tracto vaginal estéril mediante tratamiento con RVC o FLC. Sin embargo, el tratamiento con RVC derivó en concentraciones fúngicas más bajas 14 días después de su administración (AU)

Sugerencias sobre el análisis molecular microbiológico post mortem / Suggestions on post mortem molecular microbiology analysis

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Yo soy yo y mi microbiota (parafraseando a Ortega y Gasset) / I'm me and my microbiota (paraphrasing Ortega y Gasset)

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Quorum sensing en bacterias y levaduras / Quorum sensing in bacteria and yeast

Los conjuntos bacterianos son sistemas dinámicos complejos que interactúan entre sí, y gracias a esa interacción, las bacterias coexisten, colaboran, compiten e intercambian información de forma coordinada. Una forma de comunicación de las bacterias es el quorum sensing. Mediante este mecanismo las bacterias pueden conocer su concentración en un ambiente determinado y decidir el momento en el que se va a poner en marcha la expresión de un determinado conjunto de genes con el fin de desarrollar una respuesta concreta y de forma simultánea. El resultado de estas interconexiones hace que surjan propiedades que no pueden explicarse a partir de una sola célula bacteriana aislada (AU)

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Microbiota autóctona, probióticos y prebióticos / No disponible

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Identificación fenotípica y molecular de Coccidioides posadasii en una paciente examinada para un trasplante bipulmonar / Phenotypic and molecular identification of Coccidioides posadasii in a patient evaluated for bilateral lung transplantation

Antecedentes. La coccidioidomicosis es una infección micótica endémica debida a Coccidioides immitis y Coccidioides posadasii. Su presencia en receptores de un trasplante puede revestir especial gravedad, en particular en pacientes con una infección activa o previa por Coccidioides. En este grupo de pacientes se han descrito casos letales de la infección. Objetivos. Describimos un caso grave de neumonía debida a C. posadassi en una mujer blanca de 29 años de edad, que fue ingresada en el hospital como parte de la valoración de un trasplante bipulmonar. La paciente había nacido y residía en Catamarca, Argentina. La metodología molecular contribuyó a la identificación de la especie. Métodos. Para establecer el diagnóstico de la infección e identificar C. posadasii, se efectuaron una exploración clínica, pruebas de laboratorio y exámenes microbiológicos. Resultados. A partir del cultivo del líquido de lavado broncoalveolar se aisló el hongo. La caracterización fenotípica, la reacción en cadena de la polimerasa específica y la inoculación experimental a un animal demostraron la presencia de C. posadasii. La paciente respondió al tratamiento con anfotericina B desoxicolato. El trasplante de pulmón se difirió. Conclusiones. La RCP específica puede ser una importante alternativa para la correcta identificación de C. immitis o C. posadasii en los laboratorios con medios implementados de biología molecular. El caso descrito destaca la necesidad de que, en las unidades de trasplante de órganos, se efectúe una valoración sistemática de los pacientes que viven en áreas endémicas de coccidioidomicosis(AU)

Background. Coccidioidomycosis is an endemic fungal infection caused by Coccidioides immitis and Coccidioides posadasii. It can be particularly severe in transplant recipients that have a current or a previous coccidioidal infection. Fatal case of coccidioidomycosis has been described in this group of patients. Aims. We report a severe case of pneumonia caused by C. posadassi in a 29 year-old white woman that had been admitted to hospital as part of the evaluation for bilateral lung transplantation. The patient was a native and resident of Catamarca, Argentina. Molecular methodologies contributed to the species identification. Methods. Clinical, laboratory records and microbiological tests were carried out to diagnose the infection and to identify C. posadasii. Results. A fungus was isolated from BAL culture. Phenotypic characterization, specific PCR and experimental animal inoculation demonstrated the presence of C. posadasii. The patient responded well to amphotericin B deoxycholate. Lung transplantation was postponed. Conclusions. Specific PCR can be an important alternative for the correct identification of C. immitis or C. posadasii in laboratories with implemented molecular biology tools. This case emphasizes the need for a systematic assessment in organ transplant units of patients inhabiting endemic areas of coccidioidomycosis(AU)

Crecimiento fúngico en medios de cultivo que simulan un ambiente extremo / Fungal growth in culture media simulating an extreme environment

Antecedentes. Hay un creciente interés por el estudio de los microorganismos que habitan ambientes extremos por razones que van desde incrementar el conocimiento sobre el origen de la vida hasta la búsqueda de nuevas aplicaciones biotecnológicas. Objetivos. En el presente trabajo se aborda el estudio de la tolerancia de hongos aislados del Arroyo de Aguas Agrias (AAS; Tharsis, Huelva, España), un ambiente ácido y rico en metales, frente a medios de cultivo preparados con agua procedente de este ecosistema extremo (medio AASW). También se investigó la posibilidad de crecimiento en estas condiciones de cepas de colección de hongos y levaduras. Métodos. Para los hongos miceliares se calculó un índice de tolerancia, definido como el cociente entre el diámetro de crecimiento de las colonias sobre AASW y el que se produce en un medio control. Para las levaduras se determinó la concentración mínima inhibitoria de AASW. Resultados. En general, los hongos aislados del AAS manifestaron diferencias en su capacidad para germinar y crecer sobre el medio AASW. Las cepas de colección del género Aspergillus fueron capaces de crecer sobre el medio AASW, pero mostraron diferencias en su tolerancia al mismo en comparación con los aislamientos ambientales. Conclusiones. Los hongos extremotolerantes pueden manifestar diferencias en su tolerancia a medios de cultivo que simulan las condiciones de su hábitat natural. Los resultados de nuestro trabajo sugieren que la capacidad de los hongos para crecer en ambientes ácidos, ricos en metales, puede ser más común de lo que pudiera pensarse, y pone de manifiesto la importancia de determinar los factores específicos que son responsables de la tolerancia a esos ambientes extremos(AU)

Background. There is an increasing interest in the study of microorganisms that inhabit extreme environments for reasons that vary from gaining insight into the origin of life to the searching of new biotechnological applications. Aims. In this work, we studied the tolerance of fungi isolated from the Aguas Agrias Stream (AAS; Tharsis, Huelva, Spain), an acidic metal-rich environment, to a culture medium prepared with water from this extreme ecosystem (AASW medium). The ability of some culture collection strains of moulds and yeasts to grow on AASW medium was also assessed. Methods. For moulds, a tolerance index was calculated by dividing the growth diameter of colonies on AASW medium by the diameter in the control medium, and their germinative potential was recorded. For yeasts and yeast-like fungi, the minimum inhibitory concentration of AASW was determined. Results. In general, the fungi isolated from the AAS showed differences in their ability to germinate and grow on AASW medium. Collection strains of the genus Aspergillus could grow on AASW medium, but showed some differences in tolerance when compared to environmental isolates. Conclusions. Extremotolerant fungi can manifest differences in their tolerance to culture media that simulate the conditions of their natural habitat. The results of this work suggest that the ability of fungi to grow in acidic, metal-rich environments might be more widespread than previously thought, and highlight the importance of determining the factors that are responsible for tolerance to these extreme environments(AU)