Serotipos de Streptococcus pneumoniae con tropismo meníngeo en casos de enfermedad neumocócica invasora. Comunidad de Madrid, 2007-2018 / Streptococcus pneumoniae serotypes with meningeal tropism in cases of invasive pneumococcal disease. Community of Madrid, 2007-2018

INTRODUCCIÓN: Se describe la distribución de serotipos de Streptococcus pneumoniae aislados en líquido cefalorraquídeo (LCR) entre los años 2007-2018 en la Comunidad de Madrid (CM) identificando aquellos con mayor tropismo meníngeo. MÉTODOS: Se estudiaron las cepas de episodios de enfermedad neumocócica invasora enviadas al Laboratorio Regional de Salud Pública por los servicios de microbiología de hospitales públicos y privados de la CM. La frecuencia de serotipos procedentes de LCR se comparó con la observada en otras muestras. RESULTADOS: Se procesaron 6.115 cepas. El 5% (n = 304) se aislaron en LCR. Siete serotipos (11A, 19F, 23B, 10A, 24F, 23A y 35F) mostraron una frecuencia en LCR significativamente mayor que en otras muestras habitualmente estériles. Los serotipos 24F, 11A y 23B mostraron alta resistencia a la penicilina. CONCLUSIÓN: La frecuencia y la resistencia de determinados serotipos de neumococo con elevado tropismo meníngeo podría comprometer el tratamiento de las infecciones del sistema nervioso central

INTRODUCTION: To describe the distribution of Streptococcus pneumoniae serotypes isolated in cerebrospinal fluid (CSF) between 2007-2018 in the Community of Madrid (CM) and to identify those with higher meningeal tropism. METHODS: Strains isolated from invasive pneumococcal disease were sent to the Regional Laboratory of Public Health by Microbiology laboratories of public and private hospitals of the CM. The frequency of serotypes from CSF was compared with that observed in other samples. RESULTS: A total of 6,115 strains were processed and 5% (n=304) were isolated from CSF. Seven serotypes (11A, 19F, 23B, 10A, 24F, 23A and 35F) showed a frequency significantly higher in CSF than in other usually sterile samples. Serotypes 24F, 11A and 23B showed high penicillin-resistance. CONCLUSION: The frequency and resistance of certain pneumococcal serotypes with high meningeal tropism could compromise the treatment of central nervous system infections

The eye: "An organ that must not be forgotten in coronavirus disease 2019 (COVID-2019) pandemic"

The coronavirus family is a group of zoonotic viruses with some recognized reservoirs particularly some bats. A novel coronavirus emerged in the province of Wuhan (China) in December of 2019.The number of infected patient with serious respiratory infection quickly spread around the world to become a global pandemic. The clinical presentation and viral pathogenesis of the coronavirus disease named COVID-19 indicated that the virus is transmitted from person to person through infected droplets entering the respiratory mucosa. Close contact with infected individuals particularly in crowded environments has characterized the rapid spread of the infection. Clinical manifestations of the viral infection have mentioned the presence of some ocular findings such as conjunctival congestion, conjunctivitis and even corneal injury associated with the classical COVID-19 infection. Some animal models of different coronaviruses eye infections have described the viral pathogenesis through tear and conjunctival sampling. On the other hand, we are recommended protective measure to prevent contagion and limit the spread of the virus in health care professionals and contact lenses wearers

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Tropismo del VIH. Técnicas disponibles y utilidad / Methods for determination of HIV tropism and their clinical use

La necesidad de conocer previamente el tropismo constituye un requisito imprescindible para el uso de los fármacos antagonistas de los correceptores CCR5. Un fármaco de esta clase, maraviroc, está ya aprobado para el tratamiento de la infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH). Aunque en los ensayos de desarrollo de maraviroc, el tropismo se determinó mediante pruebas fenotípicas (Trofile®), la realización de éstas es compleja, tiene un coste elevado y su accesibilidad es limitada, lo que dificulta su utilización en la práctica clínica. Los métodos genotípicos basados en el análisis de la tercera región variable (V3) de la envuelta del VIH utilizando algoritmos de interpretación como geno2pheno y PSSM representan una alternativa rápida, barata y accesible en laboratorios diagnósticos para predecir el tropismo viral. En los análisis retrospectivos de los ensayos clínicos de maraviroc, las pruebas genotípicas realizadas mediante técnicas de genotipo convencional (o poblacional) o mediante las nuevas plataformas de secuenciación masiva (pirosecuenciación por 454) fueron capaces de predecir la respuesta virológica al fármaco con una exactitud similar a las pruebas fenotípicas y, actualmente, las recomendaciones españolas y europeas las incluyen como una alternativa aceptable para la determinación del tropismo viral en la práctica clínica (AU)

Determination of HIV-1 tropism is mandatory before using CCR5 antagonists in clinical practice. One drug of this class, maraviroc, has been approved for the treatment of HIV infection. The phenotypic assay, TrofileTM, was clinically validated in the clinical development program of maraviroc and has been widely used to select candidates for maraviroc therapy. Phenotypic tests, however, have the disadvantage of being complex, are costly and time-consuming, and their accessibility is limited, which hampers their routine use in clinical diagnosis. Genotypic assays, based on sequencing the third hypervariable (V3 loop) of the viral gene env, interpreted according to various genotypic bioinformatic tools, such as geno2pheno and PSSM, are faster and cheaper than phenotypic assays, and are also more accessible. In retrospective analyses of the maraviroc pivotal trials, genotypic methods using either conventional (“bulk”) or deep-sequencing technology predicted virologic response to maraviroc similarly to phenotypic assays and are now included within several European recommendations to guide the clinical use of CCR5 antagonists (AU)

Posibilidades actuales para predecir la respuesta a la terapia en pacientes con hepatitis C crónica por el genotipo 1 del virus de la hepatitis C / Current options for predicting therapeutic response in chronically infected patients with hepatitis C virus genotype 1

Únicamente el 50% de los pacientes con infección crónica por el genotipo 1 del virus de la hepatitis C responde con éxito a la terapia estándar con interferón alfa pegilado y ribavirina, y los recientemente aprobados inhibidores de la proteasa deberán administrarse conjuntamente con estos dos fármacos. En consecuencia, predecir la respuesta a la terapia estándar, idealmente antes de iniciarla, sigue siendo un reto importante. Aunque se han descrito varios factores basales predictivos del fallo terapéutico, tanto del hospedador como del virus, ninguno de ellos es capaz de proporcionar predicciones fiables a nivel individual. Por otro lado, el desarrollo de modelos multivariantes que agrupan varios factores predictivos, hasta el momento no ha permitido obtener predicciones con el grado de fiabilidad necesario para poder ser implementados en la práctica clínica. Por lo tanto es necesario seguir investigando para mejorar estos modelos predictivos y describir nuevos factores que nos ayuden a predecir la respuesta de manera más fiable y reproducible. El desarrollo de algoritmos de selección de candidatos a recibir las nuevas terapias en función de sus probabilidades de responder o no a la terapia estándar permitirá reducir los costes asociados al tratamiento y mejorar la calidad de vida de los pacientes. Con esta revisión hemos querido dar una visión de las posibilidades actuales para predecir la respuesta a la terapia estándar en los pacientes con hepatitis C crónica por el genotipo 1 del virus de la hepatitis C (AU)

Only about 50% of patients chronically infected with hepatitis C virus genotype 1 achieve a successful response to standard treatment with pegylated interferon-alfa and ribavirin. Moreover, the recently approved protease inhibitors will have to be administered together with these drugs. Consequently, predicting response to standard treatment, ideally before starting it, remains an important challenge. Although several baseline predictors of treatment failure have been described, including clinical and virological factors, none of them is able to provide reliable predictions at the individual level. In addition, the development of multivariate models combining several predictive factors has not yet yielded predictions with the requisite reliability for use in clinical practice. Therefore, further research is needed to improve predictive models and to describe new factors that would enable us to predict treatment outcome with greater reliability and reproducibility. The development of candidate selection algorithms that help clinicians to identify which patients could benefit from the new therapies on the basis of their chances of responding to standard therapy is of major interest for both patient well-being and healthcare expense. This review attempts to provide a view of the current options for predicting the response to pegylated interferon-alfa plus ribavirin therapy in patients chronically infected with hepatitis C virus genotype 1 (AU)

Variabilidad en la determinación del tropismo viral del VIH utilizando diferentes algoritmos genotípicos de interpretación en pacientes VIH-1 infectados con subtipos B versus no-B / Variability in HIV viral tropism determination using different genotypic algorithms in patients infected with B versus non-B HIV-1 subtypes

Antecedentes Las herramientas genotípicas basadas en el análisis de la región V3 de la envuelta viral se perfilan como la alternativa a los ensayos fenotípicos para la determinación del tropismo del VIH por los receptores de quimiocinas CCR5 y CXCR4 en la práctica clínica. Este trabajo evalúa la concordancia entre los distintos algoritmos de interpretación genotípica actualmente disponibles en pacientes VIH infectados con subtipo B versus subtipos no-B .Métodos Se seleccionaron pacientes VIH positivos, procedentes del Complexo Hospitalario Universitario de Santiago de Compostela (CHUS), España. A partir de muestras de plasma, se amplificó y secuenció la región V3 de la envuelta viral. El tropismo viral se determinó usando 8 algoritmos genotípicos distintos. La concordancia entre los distintos predictores se evaluó calculando el índice de concordancia kappa. El subtipo genético fue determinado por análisis filogenético. Resultados Se incluyeron un total de 92 pacientes, 72 infectados por subtipo B y 20 por no-B. En pacientes con subtipo B, se obtuvieron valores significativos de kappa para todas combinaciones posibles (n=28) entre los algoritmos genotípicos analizados. La mejores valores entre predictores no relacionados se obtuvieron para webPSSMSINSI/WetcatPART (k: 0,771) y webPSSMSINSI/geno2pheno (k: 0,574). En subtipos no-B solo se obtuvieron valores significativos para 13 combinaciones, correspondiendo los mejores a PSSMX4R5/WetcatPART (k: 0,600) y PSSMSINSI/Charge rule (k: 0,590) (..) (AU)

Background Genotypic tools based on the analysis of the V3 region are seen as an alternative to phenotypic assays for viral tropism determination before prescribing maraviroc. The concordance between different genotypic algorithms has been evaluated in HIV+ patients infected with B versus non-B subtypes. Methods HIV-infected patients on regular follow up at Hospital Universitario de Santiago de Compostela (Spain) were selected. The env-V3 region was sequenced from plasma samples and viral tropism was estimated using 8 different genotypic algorithms. Concordance among predictors was statistically evaluated by the calculation of the kappa index. Phylogenetic analyses were performed to determine the genetic subtype. Results A total of 92 HIV-infected patients were selected, 72 B and 20 non-B subtypes. Regarding the B subtype group, significant kappa values were obtained among all 28 possible combinations between the genotypic predictors evaluated. The best concordance among non-related predictors was observed for webPSSMSINSI/WetcatPART (k: 0.771) and webPSSMSINSI/geno2pheno (k: 0.574). Conversely, among non-B subtypes, a significative kappa index was only obtained for 13 combinations. Among non-B subtypes, the best concordance values were obtained for webPSSMX4R5/WetcatPART (k: 0.600) and webPSSMSINSI/Charge rule (k: 0.590).Conclusion A high concordance was observed between different genotypic algorithms to determine viral tropism among HIV-1 B subtypes infected patients, especially between webPSSMSINSI and geno2pheno or Wetcat. Conversely, the overall concordance among non-B subtypes was lower. This heterogeneity could be justified by the low prevalence of non B subtypes in the datasets in which the genotypic tropism predictors were trained (AU)

Características virológicas del VIH / Virological characteristics of HIV

El virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) es el agente productor del sida una enfermedad reconocida desde hace 30 años que ha alcanzado proporciones pandémicas. Su origen se remonta a la transmisión a humanos de retrovirus que infectan a poblaciones de chimpancés en África central hace aproximadamente 100 años. Desde esta localización su expansión a todo el mundo ha sido espectacular principalmente en las últimas décadas. La intensa investigación realizada nos permite disponer de un tratamiento eficaz para controlar la replicación del virus y evitar la progresión de la enfermedad sin embargo no disponemos aún de una vacuna que impida la continua extensión de la pandemia. No es posible entender estos fenómenos sin un conocimiento detallado de la biología del VIH-1 y los mecanismos que se han seleccionado en este asombroso agente para infectar una célula clave como el linfocito T CD4+ y evadir la respuesta inmune (AU)

The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) is the agent that causes AIDS, a disease known for 30 years that has reached pandemic proportions. Its origin dates back to human transmission of retroviruses infecting populations of chimpanzees in central Africa about 100 years ago. From this location its expansion to the whole world has been phenomenal, particularly in recent decades. Extensive research has led to an effective treatment for controlling virus replication and to prevent progression of the disease, but we do not yet have a vaccine to prevent the continuing spread of the pandemic. It is not possible to understand these phenomena without detailed knowledge of the biology of HIV-1 and the mechanisms that have been selected in this amazing agent to infect a key cell such as the CD4 + T cell and evade the immune response (AU)