Diversidad y afinidades biogeográficas de los tiburones, rayas y quimeras (Chondrichthyes: Elasmobranchii, Holocephali) de México / Diversity and biogeographic affinities of sharks, rays and chimaeras (Chondrichthyes: Elasmobranchii, Holocephali) of Mexico

Resumen:A pesar de la gran importancia ecológica, evolutiva y económica de los condrictios, su diversidad ha sido escasamente estudiada en México. En este estudio se describe la diversidad de especies de condrictios que se han registrado hasta el momento para México, la cual se compone de 214 especies (111 tiburones, 95 rayas y 8 quimeras) y representa el 17.3 % de las registradas a nivel mundial. Las familias con mayor diversidad de especies son Rajidae (14.5 %), Carcharhinidae (12.1 %), Pentanchidae, Triakidae y Urotrygonidae (5.1 %). En términos de su distribución geográfica, la diversidad del litoral del Pacífico mexicano contiene el 56.1 % del total de aquellas que habitan en las aguas marinas y salobres de México (120 spp., 62 géneros, 37 familias y 14 órdenes); porcentaje muy similar a las que habitan en el litoral del Atlántico con el 55.1 % de las especies (118 especies, 59 géneros, 35 familias y 13 órdenes). Las afinidades biogeográficas de la fauna de condrictios mexicanos son complejas, pues 19.7 % de las especies son circunglobales, 9.9 % trasatlánticas, 1.9 % transpacíficas y 9.4 % son endémicas de la zona económica exclusiva. Además, el 36.6 % de las especies son endémicas del Pacífico oriental, presentan mayor afinidad a la provincia de Cortés (27.7 %), seguida de la de California (20.7 %), Panamá (19.3 %), Galápagos (5.6 %) y Peruano-Chilena (8.9 %). Así mismo, el 33.3 % de las especies son endémicas del Atlántico occidental donde tienen mayor afinidad con la provincia Caribeña (31.9 %), seguido por la Caroliniana (24.4 %) y Brasileña (6.6 %).

Abstract:The diversity of chondrychthyans in Mexico is described. The fauna is composed by 214 species (111 sharks, 95 rays and 8 chimaeras) and represents 17.3 % of the total number of species recorded worldwide. The families with the highest diversity comprise: Rajidae (14.5 %), Carcharhinidae (12.1 %), Pentanchidae, Triakidae, and Urotrygonidae (5.1 %). In terms of geographical distribution, the diversity on the Mexican Pacific slope reaches up to 56.1 % of those species inhabiting Mexican marine and brackish waters (120 species, 62 genera, 37 families and 14 orders); the diversity in the Atlantic slope resulted similar to that on the Mexican Pacific with 55.1 % of the species (118 species, 59 genera, 35 families and 13 orders). The biogeographical affinities of the Mexican chondrychthyan fauna are complex with 19.7 % of the species being circumglobal, 9.9 % transatlantic, 1.9 % transpacific, and 9.4 % endemic to the exclusive economic zone. Additionally, 36.6 % of the species recorded so far are endemic to the Eastern Pacific coast where the species are similar to those found in the Cortez biogeographic province (27.7 %), followed by the Californian (20.7 %), Panamanian (19.3 %), Galapagos (5.6 %) and Peruvian-Chilean (8.9 %). Likewise, 33.3 % are endemic of the Atlantic coast, where species are similar to those found in the Caribbean province (31.9 %), followed by the Carolinean (24.4 %) and the Brazilian (6.6 %). Rev. Biol. Trop. 64 (4): 1469-1486. Epub 2016 December 01.

Ecophysiological responses to the effect of annual management on an endemic viviparous fish in central plateau of México

Studies on the biological aspects of fish typically focus on species that currently have commercial value, causing species that lack such market value to be ignored. This is the case of several freshwater fish, specifically of several members of the Goodeidae family. In the State of Querétaro there are several species of this family characterized for being viviparous and having distinctive sexual dimorphism that may have commercial potential. The subject of this study is Girardinichthys multiradiatus, a viviparous fish endemic to the upper-half of the Lerma River basin. The lack of knowledge regarding its biology and ecology has prevented the development of guidelines to manage its habitat and to preserve its population. The objective was to determine the ecophysiological responses of G. multiradiatus to its environmental management. From the sampling (24 hours every two months) population structure and dynamics were analyzed throughout a hydrological cycle using meristic data (standard length). Trophic and ecophysiological responses to fluctuations in environmental factors were also identified. Although the mexcalpique is a polytrophic species, results show that it prefers feeding on Diptera or Cladocera, while detritus is the third substance frequently found in their stomachs. Environmentally, the water regime is responsible for fluctuations in the population dynamics of the species, while temperature changes are the most influence its energy balance. These results can guide efforts to conserve this species and its habitat.

Los estudios sobre aspectos biológicos de los peces se centran, generalmente, en especies que actualmente tienen interés comercial, lo que ocasiona que las especies que carecen de tal valor en el mercado estén prácticamente olvidadas; tal es el caso de varios peces de agua dulce y más específicamente de algunos integrantes de la familia Godeidae. En el estado de Querétaro se encuentran varias especies pertenecientes a esta familia que se caracterizan por ser vivíparas y presentar un marcado dimorfismo sexual, aspectos que pudieran definir un potencial comercial. El pez objeto de este estudio es Girardinichthys multiradiatus, especie endémica de la parte alta-media de la cuenca del río Lerma; los lugares donde habita presentan procesos de degradación, fragmentación del hábitat y extracción de agua, que ponen en riesgo su existencia. Además, la falta de conocimiento sobre su biología y ecología, no permiten que se elaboren pautas de gestión de sus poblaciones o hábitats con fines de conservación y preservación de la especie o de los procesos ecológicos que mantienen la estabilidad del ecosistema que ocupa. En el presente trabajo se estudió la población de G. multiradiatus localizada en el bordo de San Martín, Amealco. El objetivo del presente trabajo fue determinar las respuestas ecofisológicas de G. multiradiatus debido al manejo de su ambiente. Se hicieron ciclos de 24 horas en muestreos bimensuales a lo largo de un ciclo hidrológico en el que se analizaron la estructura y dinámica de la población; asimismo, se determinaron las respuestas tróficas y ecofisiológicas de la población ante las fluctuaciones de los factores ambientales de su entorno. Los resultados muestran que aunque el mexcalpique es polítrofo, prefiere dípteros, cladóceros y detritus, habiendo diferencias alimentarias entre las clases de edades. G. multiradiatus presenta 12 clases de talla que van de 8 a 48 mm de longitud patrón. En el medio ambiente, el régimen de agua es responsable de las fluctuaciones en la dinámica poblacional de las especies, mientras que el cambio de temperatura es el factor de mayor influencia sobre su balance energético. Estos resultados pueden guiar los esfuerzos para conservar esta especie y su hábitat.

El Genoma en los Cordados: Introducción a la Genómica Comparada / The Genome in the Chordates: Introduction to Comparative Genomics

El objetivo del presente trabajo es describir brevemente conceptos de la genómica de los cordados así como de la genómica comparada y sus aspectos éticos. El genoma de los cordados cambió ligeramente dando lugar al genoma de los vertebrados, entre ellos el de los mamíferos, entre los que se incluye el ser humano. La genómica comparada estudia las semejanzas y diferencias entre genomas de diferentes organismos; trata de explicar la información proporcionada por la selección natural para entender la función y los procesos evolutivos que actúan sobre los genomas. La complejidad de los procesos evolutivos constituye todo un desafío a la hora de analizar e interpretar la información biológica generada; en este sentido, la Bioinformática y la Biología Computacional proporcionan un amplio abanico de técnicas estadísticas, matemáticas y algorítmicas para el análisis de datos biológicos. Un reto clave es analizar el caudal de datos de secuencias de ADN con el fin de comprender la información almacenada en términos de estructura, función y evolución proteicas. En Biología computacional BLAST y ClustalW2 son las herramientas más empleadas para el análisis de alineamientos múltiples de secuencias. La Genómica está resultando clave también en el campo de la medicina; conocer la cartografía del genoma humano proporciona una valiosa información a tener en cuenta a la hora de detectar genes implicados en ciertas enfermedades. Esto conlleva que en la actualidad nos centremos más en la predicción de patologías que en la prevención, por lo que la tendencia es que en el futuro la Medicina Genómica acabe desbancando a la Medicina Preventiva. El Proyecto Genoma Humano presenta diversas aplicaciones que, al no tener una clara cobertura legal, traen consigo un nuevo paradigma con problemas éticos, sociales y legales que la comunidad científica trata de resolver para compaginar los aspectos morales con el progreso en la investigación.

The aim of this paper is to briefly describe concepts of genomics of chordates and comparative genomics and its ethical aspects. The genome of chordates changed slightly resulting in the genome of vertebrates, including mammals. The human being belongs to the phylum chordates. Comparative genomics studies the similarities and differences between genomes of different organisms, trying to explain the information provided by natural selection to understand the function and evolutionary processes that act on genomes. Evolutive processes' complexity is considered a major challenge in terms of analyzing and interpreting all the biological information generated; in this sense, Bioinformatics and Computational Biology provide an enormous range of statistical, mathematical and algorythmical techniques for biological data analyses. A key challenge for bioinformatics is to analyze the flow of DNA sequence data to understand the information stored in terms of structure, function and protein evolution. BLAST and ClustalW2 tools are used for the analysis of multiple sequence alignments in Computational Biology. Genomics is also playing a key role in Medicine; human genome's cartography provides valuable information to detect genes involved in certain diseases. It entails that nowadays it is better to focus on prediction much more than on prevention. The current tendency is that in the future Genomic Medicine will displace Preventive Medicine. The Human Genome Project implies diverse applications that do not have clear legal coverage. This brings a new paradigm with ethical, social and legal problems that the scientific community is trying to resolve in order to combine morality and research progress.

Characterization and copy number of the S27 ribosomal protein gene from amphioxus Branchiostoma belcheri tsingtauense

A cDNA clone encoding ribosomal protein S27 (AmphiS27) was identified in the gut cDNA library of amphioxus Branchiostoma belcheri tsingtauense. This cDNA consists of 607 bp and contains a 255 bp open reading frame (ORF) corresponding to a deduced protein of 84 amino acids with a calculated molecular mass of 9,488 Da and an isoelectric point (pI) of 9.500. Alignment of the deduced AmphiS27 amino acid sequence with 12 known S27 protein sequences indicates that AmphiS27 shares 94-99% homology with its vertebrate homologue, 84-94% with invertebrate homologues and 69-72% with homologues from other eukaryotes, suggesting that AmphiS27 is more closely related to the vertebrate S27 protein than to its invertebrate counterpart. Southern blot analysis showed a single copy of the S27 gene present in the genome of amphioxus B. belcheri tsingtauense, indicating that amphioxus has a genome uncomplicated by extensive gene duplication