Human virome in nasopharynx and tracheal secretion samples

BACKGROUND In Brazil the implementation of the Sentinel Surveillance System of Influenza began in 2000. Central public health laboratories use reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) for diagnosis of respiratory viruses, but this protocol identifies only specific targets, resulted in inconclusive diagnosis for many samples. Thus, high-throughput sequencing (HTS) would be complementary method in the identification of pathogens in inconclusive samples for RT-qPCR or other specific detection protocols. OBJECTIVES This study aimed to detect unidentified viruses using HTS approach in negative samples of nasopharynx/tracheal secretions by the standard RT-qPCR collected in the Federal District, Brazil. METHODS Nucleic acids were extracted from samples collected in winter period of 2016 and subjected to HTS. The results were confirmed by the multiplex PR21 RT-qPCR, which identifies 21 respiratory pathogens. FINDINGS The main viruses identified by HTS were of families Herpesviridae, Coronaviridae, Parvoviridae and Picornaviridae, with the emphasis on rhinoviruses. The presence of respiratory viruses in the samples was confirmed by the PR21 multiplex RT-qPCR. Coronavirus, enterovirus, bocavirus and rhinovirus were found by multiplex RT-qPCR as well as by HTS analyses. MAIN CONCLUSIONS Wide virus diversity was found by different methodologies and high frequency of rhinovirus occurrence was confirmed in population in winter, showing its relevance for public health.

Tracking viral particles in the intestinal contents of the American bullfrog, Lithobates catesbeianus, by Transmission Electron Microscopy / Pesquisa de partículas virais em conteúdo intestinal de rãs-touro americanas, Lithobates catesbeianus, por meio da microscopia eletrônica de transmissão

Feces are an important viral agent elimination route for infected carrier animals and in aquatic organisms these pathogenic agents can very rapidly propagate due to the habitation environment. The objective of this work is to track viral particles in the intestinal contents of bullfrogs (Lithobates catesbeianus) from five commercial frog farms in the region of Vale do Paraíba, in the State of São Paulo, Brazil, using negative contrast transmission electron microscopy (TEM). The Coronaviridae, Paramyxoviridae, Parvoviridae and Herpesviridae families were observed and photographed in specimens. This work emphasizes the importance of adopting sanitary measures in commercial farms and confirms that observing feces by TEM is an efficient and rapid diagnostic tool for detecting viral agents...

Sabendo-se que as fezes são uma importante via de eliminação de agentes virais pelos animais portadores e que, por estarem na água, os agentes patogênicos podem se propagar mais rapidamente, objetivou-se a pesquisa de vírus em conteúdo intestinal de rãs-touro (Lithobates catesbeianus) de cinco ranários comerciais na região do Vale do Paraíba, no estado de São Paulo, pela técnica de microscopia eletrônica de transmissão. As famílias Coronaviridae, Paramixoviridae, Parvoviridae e Herpesviridae foram observadas e fotografadas. Este trabalho ressalta a importância da adoção de medidas sanitárias nas criações, além da confirmação de que a observação de fezes pela microscopia eletrônica de transmissão é uma eficiente ferramenta de diagnóstico rápido para agentes virais...

Virus respiratorios emergentes / Emerging respiratory viruses

Con el desarrollo de técnicas de biología molecular se han descrito nuevos agentes respiratorios, algunos de ellos emergentes y otros en circulación desde hace años. La mayoría afecta a lactantes y producen cuadros respiratorios que requieren hospitalización. El espectro clínico aún no se encuentra completamente definido. Estos nuevos agentes deben incluirse en el diagnóstico de las infecciones respiratorias en Pediatría.

Modulation of the expression of the transcription factor Max in rat retinal ganglion cells by a recombinant adeno-associated viral vector

Exclusion of the transcription factor Max from the nucleus of retinal ganglion cells is an early, caspase-independent event of programmed cell death following damage to the optic axons. To test whether the loss of nuclear Max leads to a reduction in neuroprotection, we developed a procedure to overexpress Max protein in rat retinal tissue in vivo. A recombinant adeno-associated viral vector (rAAV) containing the max gene was constructed, and its efficiency was confirmed by transduction of HEK-293 cells. Retinal ganglion cells were accessed in vivo through intravitreal injections of the vector in rats. Overexpression of Max in ganglion cells was detected by immunohistochemistry at 2 weeks following rAAV injection. In retinal explants, the preparation of which causes damage to the optic axons, Max immunoreactivity was increased after 30 h in vitro, and correlated with the preservation of a healthy morphology in ganglion cells. The data show that the rAAV vector efficiently expresses Max in mammalian retinal ganglion cells, and support the hypothesis that the Max protein plays a protective role for retinal neurons.

Human parvovirus B 19 infection and hydrops fetalis in Rio de Janeiro, Brazil

Formalin-fixed paraffin embedded lung and liver tissue from 23 cases of non immune hydrops fetalis and five control cases, in which hydrops were due to syphilis (3) and genetics causes (2), were examined for the presence of human parvovirus B19 by DNA hybridisation. Using in situ hybridisation with a biotynilated probe one positive case was detected. Using 32 P-labelled probes in a dot blot assay format, five further positives were obtained. These were all confirmed as positive by a nested polymerase chain reaction assay. Electron microscopy revealed virus in all these five positive cases. The six B19 DNA positive cases of hydrops fetalis were from 1974, 1980, 1987 and 1988, four of which occurred during the second half of the year, confirming the seasonality of the disease.

The prevalence of antibody to human parvovirus B19 in Rio de Janeiro, Brasil

Amostras de soros coletadas da populaçäo do Rio de Janeiro durante os anos de 1985/1986 foram examinadas para a presença de anticorpos da classe IgG contra o parvovirus humano B19. Nenhuma diferença foi encontrada com relaçäo ao sexo. A prevalência de anticorpos aumenta a partir de 35% em crianças menores que 5 anos de idade até 80% nos indivíduos na faixa etária entre 11 e 15 anos. A prevalência de anticorpos seguiu aumentando até mais de 90% entre os indivíduos acima de 50 anos de idade

Fifth disease in children living in Belém, Brazil

Amostras de soro colhidas na fase aguda de doença exantemática, acometendo duas crianças, revelaram-se positivas quanto à presença de IgM específica para o vírus B 19, através do método de rádio-imuno-ensaio por mecanismo de captura. O primeiro paciente, um menino de dois anos, apresentou erupçäo cutânea com seis dias de duraçäo; o segundo foi uma menina de quatro anos de idade, irmä do primeiro paciente e que foi submetida a exame à mesma época em que se procedeu à avaliaçäo clínica do irmäo, e que exibia "rash" cutáneo que evoluía há três dias

Infecciones por Parvovirus en humanos / Infection by human Parvovirus

El Parvovirus humano (PVH), como otros Parvovirus, es capaz de replicarse autónomamente, mide 23mm y tiene ácido deoxiribonucléico de cadena sencilla como material genético. La infección en humanos da lugar a un cuadro viral no específico durante el prodromo seguido por viremia. Esta puede dar lugar a diferentes tipos de erupciones (incluyendo el síndrome de eritema infeccioso) y/o artropatías. También se le ha asociado a un aumento en abortos espontáneos en mujeres embarazadas con infección aguda y es la causa de las crisis aplásticas en pacientes con anemias hemolíticas. Múltiples Parvovirus serológicamente diferentes al PVH se encuentran en las heces fecales y son la causa principal de la gastroenteritis infecciosa aguda no bacteriana en personas mayores de cinco años de edad

Isolamento de parvovirus canino no Brasil / Isolation of canine parvovirus in Brazil

Foram examinadas 56 amostras de fezes, 10 de raspado de mucosa intestinal de 2 amostras de material vomitado de cäes doentes, além de 7 amostras de fezes de cäes normais, com o objetivo de isolar-se o parvovirus canino durante a epizootia de gastoenterite hemorrágica ocorrida em Säo Paulo. Das 56 amostras de fezes de cäes doentes foram isolados virus de 24 (42,8%) e das 7 amostras de fezes de cäes clinicamente normais foi isolado virus de apenas 1 (14,3%). Tanto o material vomitado quanto do raspado de mucosa intestinal obteve-se o isolamenteo de parvovirus de uma amostra apenas, correspondendo a 50% e 10%, respectivametne. A reaçäo de hemaglutinaçäo, realizada com os váios tipos de materiais clínicos, demonstrou concordância de 96,3% com o isolamento de virus nas 27 amostras positivas, evidenciando a grande utilidade prática desta reaçäo como método de triagem para determinar, nos casos de diarréia em cäes, a presença de particulas virais com esta caracteristica hemaglutinantes. Em 15 amostras de suspensäo fecal e em uma das culturas positivas foi observada, a microscopia eletrônica, a presença de particulas virais com a s características morfológicas dos parvovirus isolados e o parvovirus felino foi demonstrada pela reaçäo de inibiçäo de hemaglutinaçäo e pela imunofluorescência em 6 das amostras isoladas

Primera descripcion de un brote de gastroenteritis hemorragica aguda canina en Costa Rica. / First description of an acute hemorrhagic canine gastroenteritis outbreak in Costa Rica

Es la primera descripcion de un brote de gastroenteritis hemorragica aguda canina en Costa Rica. Se estudiaron doce perros con diarrea y vomitos, se les tomaron muestras de heces y de tejidos, destinadas tanto para microscopia de luz, como para microscopia electronica de barrido y de transmision. Macroscopica y microscopicamente se observaron grandes areas congestivas y hemoragicas en duodeno y yeyuno.Al microscopio de luz se observaron una marcada perdida y descamacion del epitelio de las vellosidades y dilatacion de las criptas. Con microscopia electronica de transmision y de barrido se observo una acentuada perdida de las microvellosidades,capilares con endotelio destruido, alteraciones en el microcaliz y en las mitocondrias. El analisis de las heces por microscopia electronica de transmision con tincion negativa, revelo la presencia de particulas virales semejantes a parvovirus, lo que confirma el diagnostico de gastroenteritis hemorragica aguda canina