RESUMO
Resumen Introducción. Los departamentos de Chocó y Antioquia en Colombia presentan condiciones climáticas y de vegetación que favorecen el establecimiento de especies de vectores del género Lutzomyia y la transmisión de Leishmania spp. a poblaciones humanas que ingresan a ambientes selváticos conservados. Objetivo. Reportar las especies de flebotomíneos presentes en tres reservas naturales de las regiones del Darién y del Pacífico en Colombia. Materiales y métodos. Los flebotomíneos se recolectaron en las reservas naturales El Aguacate (Acandí, Chocó), Nabugá (Bahía Solano, Chocó) y Tulenapa (Carepa, Antioquia). La recolección se hizo con trampas de luz CDC, mediante búsqueda activa en sitios de reposo y con trampas Shannon. La determinación taxonómica de especies se basó en las claves taxonómicas. En algunas especies de interés taxonómico, se evaluó el uso de secuencias parciales de la región 5' del gen COI. Resultados. Se recolectaron 611 flebotomíneos adultos: 531 en Acandí, 45 en Carepa y 35 en Bahía Solano. Se identificaron 17 especies del género Lutzomyia, tres del género Brumptomyia y una del género Warileya. Las distancias genéticas (K2P) y los soportes de agrupación (>99 %) en el dendrograma de neighbor joining correspondieron a la mayoría de unidades taxonómicas operacionales moleculares (Molecular Operational Taxonomic Units, MOTU) establecidas para el grupo Aragaoi y confirmaron claramente la identidad de Lu. coutinhoi. Conclusión. Se identificaron especies que tienen importancia en la transmisión de la leishmaniasis en Acandí, Bahía Solano y Carepa. Se confirmó la presencia de Lu. coutinhoi en Colombia.
Abstract Introduction: The departments of Chocó and Antioquia in Colombia show climatic and vegetation conditions favoring the establishment of vector species of the genus Lutzomyia and the transmission of Leishmania spp. to human populations entering conserved forest environments. Objective: To report the species of Phlebotomine sandflies present in three natural reserves in the Darien and Pacific regions of Colombia. Materials and methods: Sand flies were collected specifically in the natural reserves El Aguacate (Acandí, Chocó), Nabugá (Bahía Solano, Chocó) and Tulenapa (Carepa, Antioquia). Sand flies were collected with CDC light traps, active search in resting places and Shannon traps. The taxonomic determination of species was based on taxonomic keys. For some species of taxonomic interest, we evaluated the partial sequences of the 5' region of COI gene. Results: A total of 611 adult sand flies were collected: 531 in Acandí, 45 in Carepa and 35 in Bahía Solano. Seventeen species of the genus Lutzomyia, three of the genus Brumptomyia and one of the genus Warileya were identified. The genetic distances (K2P) and grouping supported (>99%) in the neighbor joining dendrogram were consistent for most established molecular operational taxonomic units (MOTU) of the Aragaoi group and clearly confirmed the identity of Lu. coutinhoi. Conclusion: Species that have importance in the transmission of leishmaniasis in Acandí, Bahía Solano and Carepa were identified. The presence of Lu. coutinhoi was confirmed and consolidated in Colombia.
Assuntos
Animais , Psychodidae , Insetos Vetores , Filogenia , Psychodidae/classificação , Psychodidae/genética , Especificidade da Espécie , Sequência de Bases , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Florestas , Alinhamento de Sequência , Leishmaniose Cutânea/transmissão , Leishmaniose Cutânea/epidemiologia , Colômbia/epidemiologia , Complexo IV da Cadeia de Transporte de Elétrons/genética , Proteínas de Insetos/genética , Ecologia , Distribuição Animal , Parques Recreativos , Insetos Vetores/classificação , Insetos Vetores/genéticaRESUMO
Partial nucleotide sequences of ORF72 (glycoprotein D, gD), ORF64 (infected cell protein 4, ICP4) and ORF30 (DNA polymerase) genes were compared with corresponding sequences of EHV-1 reference strains to characterize the molecular variability of Brazilian strains. Virus isolation assays were applied to 74 samples including visceral tissue, total blood, cerebrospinal fluid (CSF) and nasal swabs of specimens from a total of 64 animals. Only one CSF sample (Iso07/05 strain) was positive by virus isolation in cell culture. EHV-1 Iso07/05 neurologic strain and two abortion visceral tissues samples (Iso11/06 and Iso33/06) were PCR-positive for ORF33 (glycoprotein B, gB) gene of EHV-1. A sequence analysis of the ORF72, ORF64 and ORF30 genes from three EHV-1 archival strains (A3/97, A4/72, A9/92) and three clinical samples (Iso07/05, Iso11/06 and Iso33/06) suggested that among Brazilian EHV-1 strains, the amplified region of the gD gene sequence is highly conserved. Additionally, the analysis of ICP4 gene showed high nucleotide and amino acid identities when compared with genotype P strains, suggesting that the EHV-1 Brazilian strains belonged to the same group. All the EHV-1 Brazilian strains were classified as non-neuropathogenic variants (N752) based on the ORF30 analysis. These findings indicate a high conservation of the gD-, ICP4- and ORF30-encoding sequences. Different pathotypes of the EHV-1 strain might share identical genes with no specific markers, and tissue tropism is not completely dependent on the gD envelope, immediate-early ICP4 and DNA polymerase proteins.
Assuntos
Animais , Variação Genética , Infecções por Herpesviridae/veterinária , Herpesvirus Equídeo 1/classificação , Herpesvirus Equídeo 1/genética , Doenças dos Cavalos/virologia , Brasil , Análise por Conglomerados , Sequência Conservada , DNA Viral/química , DNA Viral/genética , Genótipo , Cavalos , Infecções por Herpesviridae/virologia , Dados de Sequência Molecular , Fases de Leitura Aberta , Filogenia , Análise de Sequência de DNA , Homologia de Sequência de Aminoácidos , Homologia de Sequência do Ácido NucleicoRESUMO
Os tripanossomatídeos são organismos caracterizados pelo controle póstranscricional da expressão gênica, principalmente em nível de tradução. Na tradução em eucariotos, tem grande destaque o complexo eIF4F, sendo um de seus principais componentes o fator de iniciação da tradução eIF4E. Já foram descritos em tripanossomatídeos seis homólogos para o eIF4E, nomeados EIF4E1 a 6. Em um estudo com Leishmania amazonensis, focado no EIF4E3, percebeu-se que seu perfil de expressão se alterava rapidamente numa curva de crescimento, com este apresentando ao menos duas bandas. As mudanças observadas sugeriam modificações pós-traducionais do tipo fosforilação, algo posteriormente confirmado. Analisando-se a sequência do EIF4E3 de Leishmania, foi possível identificar a presença de possíveis sítios de fosforilação e de ligação a parceiros funcionais como homólogos do eIF4G, outro componente do complexo eIF4F, e da proteína de ligação á cauda poli-A (PABP). No presente estudo foi analisado o perfil de expressão e a capacidade de ligação a parceiros funcionais do EIF4E3 de Leishmania superexpresso em células transfectadas e no qual foram introduzidas mutações em motivos específicos. Os resultados mostraram um perfil de expressão de ao menos três bandas para o EIF4E3 de L. amazonensis e duas para L. infantum, com o sítio S75, presente apenas na primeira, sendo o responsável por esta diferença...
Assuntos
Humanos , Animais , Expressão Gênica , Leishmania infantum/genética , Leishmania infantum/metabolismo , Leishmania mexicana/genética , Leishmania mexicana/metabolismo , Proteínas de Ligação a Poli(A) , Ligação Proteica , Biossíntese de Proteínas , Proteínas de Protozoários , Homologia de Sequência do Ácido NucleicoRESUMO
Sucre municipality is a large, densely populated marginal area in the eastern part of Caracas, Venezuela that consistently has more cases of tuberculosis than other municipalities in the country. To identify the neighborhoods in the municipality with the highest prevalence of tuberculosis, and determine whether the Mycobacterium tuberculosis strain distribution in this municipality is different from that previously found in the western part of Caracas and the rest of Venezuela, we collected data on all tuberculosis cases in the municipality diagnosed in 2005-6. We performed two separate molecular epidemiological studies, spoligotyping 44 strains in a first study, and spoligotyping 131 strains, followed by MIRU-VNTR 15 on 21 clustered isolates in the second. With spoligotyping, the most common patterns were Shared International Type SIT17 (21%); SIT42 (15%); SIT93 (11%); SIT20 (7%); SIT53 (6%), a distribution similar to other parts of Venezuela, except that SIT42 and SIT20 were more common. MIRU-VNTR 15 showed that six of seven SIT17 strains examined belonged to a large cluster previously found circulating in Venezuela, but all of the SIT42 strains were related to a cluster centered in the neighborhoods of Unión and Maca, with a MIRU-VNTR pattern not previously seen in Venezuela. It appears that a large percentage of the tuberculosis in the Sucre municipality is caused by the active transmission of two strain families centered within distinct neighborhoods, one reflecting communication with the rest of the country, and the other suggesting the insular, isolated nature of some sectors.
El municipio Sucre es un área densamente poblada del este de Caracas, Venezuela, con más casos de tuberculosis que otros municipios del país. Para establecer las áreas en el municipio Sucre con la mas alta prevalencia de tuberculosis y determinar sí la distribución de cepas de Mycobacterium tuberculosis es diferente de las encontradas previamente en el Oeste de Caracas y el resto de Venezuela, se recolectaron los datos de todos los casos diagnosticados de tuberculosis en el municipio en el 2005-6. Además, se aplicaron dos estudios de epidemiología molecular, el primero con 44 aislados en 2006 y el segundo con 131 aislados del 2006 al 2011, todos caracterizados por spoligotyping. Fue aplicada la técnica MIRU VNTR15 sobre 21 aislados agrupados. Con spoligotyping, los patrones encontrados fueron SIT17 (21%); SIT42 (15%); SIT93 (11%); SIT20 (7%); SIT53 (6%), presentando una distribución similar en otras partes de Venezuela, con la diferencia de que el SIT42 y el SIT20 fueron comunes en el municipio. MIRU VNTR15 mostró que seis de las siete cepas SIT17 pertenecían a un gran grupo encontrado previamente en Venezuela, mientras las cepas SIT42, estaban relacionados a un grupo concentrado en los Barrios Unión y Maca, con un patrón MIRU VNTR no visto previamente en Venezuela. Los resultados indicarían que un gran porcentaje de tuberculosis en el municipio Sucre es causada por transmisión activa de dos familias, una reflejando comunicación con el resto del país, y otra sugiriendo que es un aislado propio de algunos Barrios del municipio.
Assuntos
Humanos , Mycobacterium tuberculosis/classificação , Tuberculose/microbiologia , Técnicas de Tipagem Bacteriana , Análise por Conglomerados , Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadas/genética , Mycobacterium tuberculosis/genética , Mycobacterium tuberculosis/isolamento & purificação , Projetos Piloto , Reação em Cadeia da Polimerase/métodos , Características de Residência , Estudos Retrospectivos , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Especificidade da Espécie , Tuberculose/epidemiologia , População Urbana , Venezuela/epidemiologiaRESUMO
Introducción. No existen reportes sobre las variaciones en la secuencia de los genes blanco de los medicamentos anti- Toxoplasma en aislamientos provenientes de Suramérica. Objetivo. Clonar y secuenciar los genes de la dihidrofolato-reductasa ( dhfr ) y la dihidropteroato-sintetasa ( dhps ) de la cepa de referencia RH y de dos aislamientos colombianos de Toxoplasma gondii. Materiales y métodos. Se obtuvieron dos aislamientos de T. gondii en líquido céfalorraquídeo de pacientes colombianos positivos para HIV con toxoplasmosis cerebral. Se extrajo el ADN de los genes dhfr y dhps y se amplificaron mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Los productos fueron clonados en el vector pGEM-T y secuenciados. Resultados. Se encontró un cambio de adenina por guanina (A « G) en la posición 235 del exón 2 del gen dhps , dos cambios de guanina por citocina (G « C) en las posiciones 259 y 260 y un cambio de timina por guanina (T « G) en la posición 371 del exón 4 del gen dhps. Por análisis bioinformático, en este último exón se identificó un polimorfismo no sinónimo en la región codificante, que podría llevar al cambio de una Glu (CAA o CAG) por una His (codificada por los codones AAU o AAC). Se calculó el modelo estructural de la enzima dihidropteroato-sintetasa (DHPS) de T. gondii y se identificaron las modificaciones en la estructura secundaria ocasionadas por las mutaciones. Conclusiones. La metodología estandarizada puede servir como base para la búsqueda de polimorfismos en muestras de pacientes con diferentes manifestaciones clínicas de toxoplasmosis y para establecer su posible relación con los cambios en la sensibilidad a los antifolatos y la reacción al tratamiento.
Introduction: There are no reports describing polymorphisms in target genes of anti- Toxoplasma drugs in South American isolates. Objective: This study sought to perform cloning and sequencing of the dihydrofolate reductase ( dhfr ) and dihydropteroate-synthase ( dhps ) genes of the reference Rh strain and two Colombian isolates of Toxoplasma gondii . Materials and methods: Two isolates were obtained from the cerebrospinal fluid of HIV-infected patients with cerebral toxoplasmosis. A DNA extraction technique and PCR assay for the dhfr and dhps genes were standardized, and the products of amplification were cloned into Escherichia coli and sequenced. Results: One polymorphism (A « G) was found at position 235 of exon 2 in the dhps gene. In addition, two polymorphisms (G « C) at positions 259 and 260 and one polymorphism (T « G) at position 371 within exon 4 of the dhps gene were detected. In this last exon, a bioinformatic analysis revealed a non-synonymous polymorphism in the coding region that could lead to the substitution of Glu (CAA or CAG) for His (encoded by codons AAU or AAC). A structural model of the T. gondii DHPS protein was calculated, and the results revealed modifications in secondary structure due to mutations. Conclusions: The methods described in this study can be used as a tool to search for polymorphisms in samples from patients with different clinical manifestations of toxoplasmosis and to examine their relationship with the therapeutic response.
Assuntos
Animais , Humanos , Masculino , Camundongos , Di-Hidropteroato Sintase/genética , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Proteínas de Protozoários/genética , Tetra-Hidrofolato Desidrogenase/genética , Toxoplasma/enzimologia , Infecções Oportunistas Relacionadas com a AIDS/líquido cefalorraquidiano , Infecções Oportunistas Relacionadas com a AIDS/parasitologia , Substituição de Aminoácidos , Sequência de Bases , Clonagem Molecular , Colômbia , Líquido Cefalorraquidiano/parasitologia , DNA de Protozoário/genética , DNA Recombinante/genética , Di-Hidropteroato Sintase/química , Éxons/genética , Modelos Moleculares , Dados de Sequência Molecular , Conformação Proteica , Proteínas de Protozoários/química , Alinhamento de Sequência , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Toxoplasma/genética , Toxoplasma/isolamento & purificação , Toxoplasmose Animal/parasitologia , Toxoplasmose Cerebral/líquido cefalorraquidiano , Toxoplasmose Cerebral/parasitologiaRESUMO
Institución donde se ejecutó el trabajo: Programa de Estudio y Control de Enfermedades Tropicales, PECET, Unidad de Malacología Médica y Trematodos (UMMT), Sede de Investigación Universitaria, Universidad de Antioquia, Medellín, Colombia Introducción. La fasciolosis es la enfermedad transmitida por vectores con mayor distribución latitudinal, longitudinal y altitudinal, debido a la capacidad colonizadora del parásito Fasciola hepatica y de sus huéspedes intermediarios, los moluscos limneidos. Estos caracoles se investigan por su importancia epidemiológica, pero su identificación taxonómica es difícil por la similitud fenotípica entre especies. En este sentido, con respecto a Lymnaea cousini , un huésped de F. hepatica en Colombia, existe incertidumbre en razón de su similitud morfológica con L. meridensis , descrita recientemente en Venezuela. Objetivo. Confirmar con el marcador del gen de la citocromo oxidasa I en el ADN mitocondrial COI (ADNmt), el estatus taxonómico de ejemplares morfológicamente caracterizados como L. cousini provenientes de Nariño, Norte de Santander y Santander (Colombia), depositados en la Colección de Moluscos Vectores de la Universidad de Antioquia, VHET N° 37. Materiales y métodos. Para la amplificación del COI mitocondrial, se extrajo ADN total del pie de cada ejemplar con el estuche DNeasy Blood and Tissue (Qiagen ® ). Los productos amplificados se enviaron a secuenciar a Macrogen Inc., Corea. Las 27 secuencias generadas en esta investigación se compararon con secuencias publicadas en el GenBank, incluidas las secuencias de la localidad tipo de L. cousini. Resultados. Se encontraron dos nuevos haplotipos de L. cousini para Colombia. Los especímenes de Nariño correspondían al haplotipo A, referenciado en Ecuador, y los especímenes de Santander y Norte de Santander, a un nuevo haplotipo al que se denominó D. Conclusión. Mediante el marcador mitocondrial del COI , se confirmó que los especímenes pertenecían a la especie L. cousini . Con el hallazgo se duplicó el número de haplotipos conocidos de la especie en Colombia y se amplió su distribución geográfica al suroeste y nordeste de la región altoandina colombiana.
Introduction: Fasciolosis is the disease transmitted by vectors with the highest latitudinal, longitudinal, and altitudinal distribution due to the colonizing capacity of the parasite Fasciola hepatica and its intermediate hosts, Lymnaeidae mollusks. These snails are under research due to their epidemiological importance, but their taxonomic identification is difficult given their interspecific phenotypical similarity. For this reason, there is uncertainty regarding Lymnaea cousini -a host of F. hepatica in Colombia- due to the morphological similarity it has with Lymnaea meridensis , recently described for Venezuela. Objective: To confirm with the COI marker (ADNmt) the taxonomic status of individuals morphologically identified as L. cousini from Nariño, Norte de Santander, and Santander (Colombia), deposited in the Vector Mollusks Collection VHET No. 37 of Universidad de Antioquia. Materials and methods: The amplification of the mitochondrial COI required total DNA extraction of each individual´s foot using the DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen®). Products amplified were sent for sequencing to Macrogen Inc., Korea. Twenty seven sequences generated in this research were compared to sequences published in the GenBank, including sequences of the type locality of L. cousini . Results: Two new haplotypes of L. cousini were obtained for Colombia. Specimens from Nariño correspond to haplotype A, referenced for Ecuador, and specimens from Santander and Norte de Santander belong to a new haplotype we called haplotype D. Conclusion : By using the mitochondrial COI marker, we confirmed that the species under study did correspond to L. cousini . The number of known haplotypes of the species for Colombia has been duplicated and its geographical distribution has been extended to the southwest and northeast of the Colombian high Andean region.
Assuntos
Animais , Vetores de Doenças/classificação , Complexo IV da Cadeia de Transporte de Elétrons/análise , Fasciola hepatica , Lymnaea/classificação , Sequência de Bases , Biomarcadores , Colômbia , DNA , DNA Mitocondrial/genética , Complexo IV da Cadeia de Transporte de Elétrons/genética , Haplótipos/genética , Lymnaea/enzimologia , Lymnaea/genética , Dados de Sequência Molecular , Filogenia , Subunidades Proteicas , Alinhamento de Sequência , Homologia de Sequência do Ácido NucleicoAssuntos
Animais , Feminino , Humanos , Camundongos , Adenocarcinoma/virologia , Neoplasias da Mama/virologia , Vírus do Tumor Mamário do Camundongo/genética , Infecções por Retroviridae/virologia , Infecções Tumorais por Vírus/virologia , Retrovirus Endógenos/genética , Neoplasias Mamárias Animais/virologia , Homologia de Sequência do Ácido NucleicoRESUMO
La resistencia a la combinación de ß-lactámico/inhibidor de ß-lactamasa en enterobacterias es un problema creciente que no ha sido estudiado intensamente en Argentina. En el presente trabajo, 54/843 enterobacterias recolectadas en un hospital universitario de la ciudad de Buenos Aires fueron resistentes a ampicilina-sulbactama, pero se mantuvieron sensibles a las cefalosporinas de segunda y tercera generación. Se analizaron los mecanismos enzimáticos presentes en los aislamientos que también fueron resistentes a amoxicilina-ácido clavulánico (AMC) (18/54). La secuenciación reveló dos variantes diferentes de blaTEM-1, donde blaTEM-1b es el alelo más frecuentemente detectado (10 Escherichia coli, 3 Klebsiella pneumoniae, 2 Proteus mirabilis y 1 Raoultella terrigena), seguidos por blaTEM-1a(1 K. pneumoniae). La resistencia a AMC parece estar asociada principalmente con la hiperproducción de TEM-1 (sobre todo en E. coli) o con la coexpresión con ß-lactamasas tipo OXA-2 y/o SHV (K. pneumoniae y P. mirabilis). Se describió una nueva variante de blaTEM(TEM-163) en un aislamiento de E. coli que presentó una CIM frente a AMC de 16/8 µg/ml. La enzima TEM-163 contiene dos sustituciones de aminoácidos respecto de TEM-1, Arg275Gln y His289Leu. Teniendo en cuenta la alta actividad específica observada y la baja IC50 para el ácido clavulánico, el patrón de resistencia de este aislamiento parece obedecer a la hiperproducción de la nueva variante de la ß-lactamasa de amplio espectro, en lugar de vincularse con un comportamiento similar al de una TEM resistente a inhibidores (IRT).
Resistance to ß-lactam/ß-lactamase inhibitors in enterobacteria is a growing problem that has not been intensively studied in Argentina. In the present work, 54/843 enterobacteria collected in a teaching hospital of Buenos Aires city were ampicillin-sulbactam-resistant isolates remaining susceptible to second-and third-generation cephalosporins. The enzymatic mechanisms present in the isolates, which were also amoxicillin-clavulanic acid (AMC)-resistant (18/54) were herein analyzed. Sequencing revealed two different variants of blaTEM-1, being blaTEM-1b the most frequently detected allelle (10 Escherichia coli, 3 Klebsiella pneumoniae, 2 Proteus mirabilis and 1 Raoultella terrigena) followed by blaTEM-1a(1 K. pneumoniae). Amoxicillin-clavulanate resistance seems to be mainly associated with TEM-1 overproduction (mostly in E. coli) or co-expressed with OXA-2-like and/or SHV ß-lactamases (K. pneumoniae and P. mirabilis). A new blaTEMvariant (TEM-163) was described in an E. coli strain having an AMC MIC value of 16/8 µg/ml. TEM-163 contains Arg275Gln and His289Leu amino acid substitutions. On the basis of the high specific activity and low IC50 for clavulanic acid observed, the resistance pattern seems to be due to overproduction of the new variant of broad spectrumß-lactamase rather than to an inhibitor-resistant TEM (IRT)-like behavior.
Assuntos
Humanos , Combinação Amoxicilina e Clavulanato de Potássio/farmacologia , Farmacorresistência Bacteriana/genética , Infecções por Enterobacteriaceae/microbiologia , Enterobacteriaceae/enzimologia , beta-Lactamases/isolamento & purificação , Substituição de Aminoácidos , Argentina/epidemiologia , Sequência de Bases , Infecção Hospitalar/epidemiologia , Infecção Hospitalar/microbiologia , Testes de Sensibilidade a Antimicrobianos por Disco-Difusão , DNA Bacteriano/genética , Infecções por Enterobacteriaceae/epidemiologia , Enterobacteriaceae/efeitos dos fármacos , Enterobacteriaceae/genética , Enterobacteriaceae/isolamento & purificação , Proteínas de Escherichia coli/genética , Proteínas de Escherichia coli/isolamento & purificação , Proteínas de Escherichia coli/metabolismo , Escherichia coli/efeitos dos fármacos , Escherichia coli/enzimologia , Escherichia coli/genética , Escherichia coli/isolamento & purificação , Genes Bacterianos , Hospitais de Ensino , Hospitais Urbanos , Dados de Sequência Molecular , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Especificidade por Substrato , beta-Lactamases/genética , beta-Lactamases/metabolismoRESUMO
Staphylococcus aureus antimicrobial resistance, especially to beta-lactams, favors treatment failures and its persistence in herd environment. This work aimed to develop a more specific primer for mecA gene detection based on the comparison of the conserved regions from distinct host origins and also investigated the presence of homologue mecA LGA251 in bovine strains. A total of 43 Staphylococcus spp. were included in this study, comprising 38 bovine S. aureus, two human and three equine coagulase-negative staphylococci (CNS). Phenotypical methicillin-resistance detection was performed through oxacillin agar-screening and cefoxitin disk-diffusion test. None isolate tested positive for mecA LGA251 gene. For mecA gene PCR, new primers were designed based on the sequences of human S. aureus (HE681097) and bovine S. sciuri (AY820253) mecA. The new primers based on the S. aureus mecA sequence amplified fragments of human and equine CNS and the ones based on S. sciuri mecA sequence only yielded fragments for S. aureus bovine strains. Multiples alignments of mecA gene sequences from bovine, human and equine revealed punctual but significant differences in bovine strains that can lead to the mecA gene detection impairment. The observed divergences of mecA gene sequences are not a matter of animal or human origin, it is a specificity of bovine samples.
Assuntos
Animais , Bovinos , Humanos , Proteínas de Bactérias/genética , Infecções Estafilocócicas/microbiologia , Infecções Estafilocócicas/veterinária , Staphylococcus aureus/genética , Staphylococcus aureus/isolamento & purificação , Primers do DNA/genética , DNA Bacteriano/genética , Variação Genética , Cavalos , Resistência a Meticilina , Testes de Sensibilidade Microbiana , Reação em Cadeia da Polimerase/métodos , Alinhamento de Sequência , Homologia de Sequência do Ácido NucleicoRESUMO
A mesophilic Enterobacter sp. Bn12 producing an alkaline thermostable lipase was isolated from soil in Tehran, Iran. The lipase gene (ELBn12) was identified from a genomic library. Sequence analysis of the DNA fragment revealed an open reading frame of 879 bp encoding a lipase with a molecular mass of 31.3 kDa. The deduced amino acid sequence showed 96% identity with a lipase of Enterobacter sp. Ag1 and the identity of their DNA sequences was 88.9%. ELBn12 belongs to the lipase subfamily I.1 and its catalytic triad consists of Ser82, Asp237 and His259. The lipase was expressed in Escherichia coli (BL21) pLysS and partially purified by anion exchange chromatography. The maximum activity of ELBn12 was obtained at temperature of 60 °C and pH 8.0 towards tricaprylin (C8) and its specific activity was around 2900 U/mg. ELBn12 was stable within a broad pH range from 6.0 to 11.0. The enzyme showed high stability in both polar and nonpolar organic solvents at 50% (v/v). The lipase activity was enhanced in the presence of 10 mM of Ca2+, Mg2+ and K+, while heavy metals (Fe3+ and Zn2+) had strong inhibitory effect. ELBn12 showed high activity in the presence of 1% (w/v) nonionic surfactants, however ionic surfactants inhibited the lipolytic activity. ELBn12 characteristics show that it has a potential to be used in various industrial processes.
Assuntos
Enterobacter/enzimologia , Lipase/isolamento & purificação , Lipase/metabolismo , Sequência de Aminoácidos , Técnicas de Tipagem Bacteriana , Sequência de Bases , Cromatografia por Troca Iônica , Clonagem Molecular , DNA Bacteriano/química , DNA Bacteriano/genética , Estabilidade Enzimática , Enterobacter/classificação , Enterobacter/genética , Enterobacter/isolamento & purificação , Ativadores de Enzimas/análise , Inibidores Enzimáticos/análise , Escherichia coli/genética , Expressão Gênica , Concentração de Íons de Hidrogênio , Irã (Geográfico) , Lipase/química , Lipase/genética , Dados de Sequência Molecular , Peso Molecular , Fases de Leitura Aberta , Proteínas Recombinantes/química , Proteínas Recombinantes/genética , Proteínas Recombinantes/isolamento & purificação , Proteínas Recombinantes/metabolismo , Análise de Sequência de DNA , Homologia de Sequência de Aminoácidos , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Microbiologia do Solo , TemperaturaRESUMO
Introducción. La terapia antibiótica combinada para la erradicación de Helicobacter pylori debería basarse en los patrones locales de resistencia. Objetivo. Determinar la resistencia de H. pylori a claritromicina en una población del departamento del Cauca mediante la identificación de mutaciones en el gen 23S r RNA en ADN obtenido de biopsias gástricas. Materiales y métodos. Se incluyeron en el estudio 162 pacientes con dispepsia funcional. El gen 23S rRNA se amplificó por PCR y el patrón de mutaciones se identificó por secuenciación directa. Resultados. La frecuencia de resistencia a claritromicina fue de 4 %. La mutación A2143G del gen se encontró en cuatro pacientes (2,46 %) y la mutación A2142G, en tres pacientes (1,85 %). Conclusiones. El estudio encontró que el genotipo más frecuente en los especímenes positivos para H. pylori fue 2143G, seguido por A2142G. La prevalencia observada de resistencia de H. pylori fue baja; por lo tanto, se considera que el tratamiento con claritromicina es una opción válida para la erradicación de H. pylori en la población objeto de estudio.
Introduction: Antibiotic combination therapy for the eradication of Helicobacter pylori should be based on local resistance patterns. Objective: To d etermine the resistance of H. pylori to clarithromycin in a population from Cauca province, through the identification of mutations in the 23S rRNA gene in DNA from gastric biopsies. Materials and methods: A total of 162 patients with functional dyspepsia were included in the study. The 23S rRNA gene and the DNA from 162 gastric specimens were amplified by PCR, and the mutation pattern was identified by direct sequencing. Results: The frequency of clarithromycin resistance was 4%. A2143G mutation was found in four patients (2.46%) and A2142G mutation was found in three patients (1.85%). Conclusions: Our study shows that the most frequent genotype in H. pylori -positive specimens was A2143G, followed by A2142G. The observed resistance prevalence of H. pylori was low; thus, we consider that clarithromycin treatment is a valid option for H. pylori eradication in the study population.
Assuntos
Adolescente , Adulto , Idoso , Feminino , Humanos , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Adulto Jovem , Claritromicina/farmacologia , DNA Bacteriano/genética , DNA Ribossômico/genética , Farmacorresistência Bacteriana/genética , Gastrite/microbiologia , Infecções por Helicobacter/microbiologia , Helicobacter pylori/genética , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , RNA Bacteriano/genética , /genética , Técnicas de Tipagem Bacteriana , Biópsia , Proteínas de Bactérias/genética , Colômbia/epidemiologia , Genes Bacterianos , Gastrite/epidemiologia , Gastrite/patologia , Infecções por Helicobacter/epidemiologia , Infecções por Helicobacter/patologia , Helicobacter pylori/classificação , Helicobacter pylori/efeitos dos fármacos , Helicobacter pylori/isolamento & purificação , Mutação de Sentido Incorreto , Estudos Prospectivos , Alinhamento de Sequência , Homologia de Sequência do Ácido NucleicoRESUMO
Lactic acid bacteria are non pathogenic organism widely distributed in nature typically involved in a large number of spontaneous food fermentation. The purpose of this study was to characterize the bacteriocinogenic lactobacilli from fermented idli batter which can find application in biopreservation and biomedicine. Eight most promising lactobacilli were chosen from twenty two isolates based on their spectrum of activity against other lactic acid bacteria and pathogens. The eight lactobacilli were characterized based on the various classical phenotypic tests, physiological tests and biochemical tests including various carbohydrate utilization profiles. All isolates were homo fermentative, catalase, and gelatin negative. Molecular characterization was performed by RAPD, 16S rRNA analysis, 16S ARDRA, and Multiplex PCR for species identification. RAPD was carried out using the primer R2 and M13. Five different clusters were obtained based on RAPD indicating strain level variation. 16S rRNA analysis showed 99 to 100% homology towards Lactobacillus plantarum. The restriction digestion pattern was similar for all the isolates with the restriction enzyme AluI. The subspecies were identified by performing Multiplex PCR using species specific primer. Among the five clusters, three clusters were clearly identified as Lactobacillus plantarum subsp. plantarum, Lactobacillus pentosus, and Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis.
Assuntos
Bacteriocinas/metabolismo , Microbiologia de Alimentos , Lactobacillus/classificação , Lactobacillus/metabolismo , Técnicas de Tipagem Bacteriana , Metabolismo dos Carboidratos , Análise por Conglomerados , DNA Bacteriano/química , DNA Bacteriano/genética , DNA Ribossômico/química , DNA Ribossômico/genética , Enzimas/análise , Lactobacillus plantarum , Lactobacillus/genética , Lactobacillus/isolamento & purificação , Dados de Sequência Molecular , Tipagem Molecular , Reação em Cadeia da Polimerase Multiplex , Filogenia , Técnica de Amplificação ao Acaso de DNA Polimórfico , /genética , Análise de Sequência de DNA , Homologia de Sequência do Ácido NucleicoRESUMO
A field experiment established in 1980 was conducted to evaluate the effects of open drainage ditch applied for water removal on bacterial and fungal communities of cold waterlogged paddy soils in 2011. In this experiment, traditional plate counting and temperature gradient gel electrophoresis were employed to characterize the abundance and diversity of soil bacterial and fungal communities. Four different distances from the open drainage ditch, 5, 15, 25 and 75 m with different degrees of drainage were designed for this study. Maximum populations of culturable aerobic bacteria and fungi were at 15-m distance while minimum populations were at 75-m distance. Significant differences (p < 0.05) in fungal populations were observed at all distances from open drainage ditch. The highest diversity of the bacterial community was found at a distance of 25 m, while that of the fungal community was observed at a distance of 5 m. Sequencing of excised TGGE bands indicated that the dominant bacteria at 75-m distance belonged to anaerobic or microaerobic bacteria. Relationships between microbial characteristics and soil physicochemical properties indicated that soil pH and available nitrogen contents were key factors controlling the abundance of culturable aerobic bacteria and fungi, while soil water capacity also affected the diversity of fungal community. These findings can provide the references for better design and advanced management of the drainage ditches in cold waterlogged paddy soils.
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Biota , Bactérias/classificação , Bactérias/isolamento & purificação , Fenômenos Químicos , Fungos/classificação , Fungos/isolamento & purificação , Microbiologia do Solo , Análise por Conglomerados , Temperatura Baixa , Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante , DNA Bacteriano/química , DNA Bacteriano/genética , DNA Fúngico/química , DNA Fúngico/genética , DNA Ribossômico/química , DNA Ribossômico/genética , Drenagem , Genes de RNAr , Concentração de Íons de Hidrogênio , Dados de Sequência Molecular , Nitrogênio/análise , Filogenia , RNA Bacteriano/genética , RNA Fúngico/genética , /genética , /genética , Análise de Sequência de DNA , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Solo/químicaRESUMO
Introducción. Los cuatro serotipos del virus del dengue circularon en el departamento de Santander entre 1998 y 2008. No existe información sobre el papel del serotipo 1 (DENV-1) en la epidemiología de la enfermedad. Objetivo. Analizar la relación entre el cambio de predominancia del (DENV-1) con su diversificación genética, predominancia de los otros serotipos y presentación del dengue grave. Materiales y métodos. La diversificación genética se estudió por análisis filogenético usando la secuencia del gen E de 12 cepas del virus. Para el análisis se utilizaron datos sobre predominancia de los serotipos obtenidos en estudios previos y datos oficiales de incidencia del dengue. Resultados. Los virus seleccionados se agruparon en el genotipo V junto a (DENV-1) de países de Latinoamérica y se evidenció segregación en cuatro linajes. Los cambios en la predominancia del virus coincidieron con el reemplazo de linaje y esto, a su vez, con incremento en la prevalencia de DENV-2 y DENV-3, e incremento del dengue grave. Conclusión. La diversificación genética podría contribuir a cambios de predominancia de (DENV-1), y la relación del virus con el DENV-2 y DENV-3 en situaciones que favorecen la presentación de casos graves. Se necesitan más estudios para precisar el papel de los serotipos en la epidemiología del dengue.
Introduction: Between 1998 and 2008 all dengue virus serotypes circulated in the Departamento de Santander, an endemic region in northeastern Colombia. No information is available as to the role of serotype 1 (DENV-1) with respect to epidemiology of dengue. Objective: To analyze the relationship between changes in DENV-1 predominance with respect to genetic diversity, prevalence of others serotypes and occurrence of severe dengue. Methods: Virus genetic diversity was studied by phylogenetic analysis comparing E gene sequences from 12 viral strains. Data about serotypes predominance obtained in previous studies and official data about dengue incidence were used for analysis. Results: Selected viruses grouped into genotype V together DENV-1 from Latin America countries, and segregation in four lineages was evidenced. Changes in virus predominance coincided with replacement of lineage, increase in prevalence of DENV-2 and DENV-3 and increase of severe dengue. Conclusion: Genetic divergence could have contributed to changes in DENV-1 predominance. The relationship of the virus with DENV-2 and DENV-3 could create scenarios that promote occurrence of severe cases. More studies are required to ascertain the precise role of serotypes in the epidemiology of dengue.
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Humanos , Vírus da Dengue/isolamento & purificação , Dengue/virologia , Colômbia/epidemiologia , Surtos de Doenças , Vírus da Dengue/classificação , Vírus da Dengue/genética , Vírus da Dengue/patogenicidade , Dengue/epidemiologia , Variação Genética , Genótipo , Incidência , Filogenia , Prevalência , RNA Viral/genética , Alinhamento de Sequência , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Sorogrupo , Sorotipagem , Dengue Grave/epidemiologia , Dengue Grave/virologia , Virulência , Proteínas do Envelope Viral/genética , Proteínas do Envelope Viral/fisiologiaRESUMO
Equid herpesvirus 1 (EHV-1) infection has a signifcant economic impact on equine production, causing abortion, respiratory disease, neonatal death and neurological disorders. The identifcation of specifc EHV-1 genes related to virulence and pathogenicity has been the aim of several research groups. The purpose of the present study was to analyze different genomic regions of Argentinean EHV-1 strains and to determine their possible relationship with virulence or clinical signs. Twenty-fve EHV-1 Argentinean isolates recovered from different clinical cases between 1979 and 2007 and two reference strains were amplifed and sequenced. The sequence alignments were carried out using Clustal X version 1.92 and the putative amino acid sequences were deduced using Bio-Edit version 7.05. Minor changes were observed. No changes that could be involved in the different virulence in the mouse model of three EHV-1 Argentinean strains were found. No genetic variants were observed. The genomic regions analyzed are unsuitable for differentiation between abortigenic strains and those isolated from neonatal deaths.
La infección por Herpesvirus equino 1 (EHV-1) tiene un signifcativo impacto económico en la producción equina mundial al causar abortos, enfermedad respiratoria, muertes perinatales y desórdenes neurológicos. La identifcación de genes específcos relacionados con la virulencia y patogenicidad de este virus ha sido el propósito de varios grupos de investigación. En este trabajo se analizaron diferentes regiones genómicas de cepas argentinas de EHV-1 para determinar la posible relación entre la estructura genómica y la virulencia o los signos clínicos producidos. Veinticinco cepas aisladas de diferentes casos clínicos observados entre los años 1979 y 2007 y dos cepas de referencia fueron amplifcadas y secuenciadas. El alineamiento de las secuencias se realizó con el programa Clustal X versión 1.92; el programa Bio-Edit versión 7.05 permitió deducir la secuencia de aminoácidos. Solo se observaron cambios menores, no se encontraron variaciones que pudieran estar relacionadas con la diferencia de virulencia observada previamente en el modelo ratón. No se hallaron variantes genómicas. Las regiones genómicas analizadas no permitieron diferenciar cepas abortigénicas de aquellas aisladas de muertes neonatales.
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Animais , Camundongos , Genoma Viral , Infecções por Herpesviridae/veterinária , Herpesvirus Equídeo 1/genética , Doenças dos Cavalos/virologia , Sequência de Aminoácidos , Aborto Animal/epidemiologia , Aborto Animal/virologia , Argentina/epidemiologia , Sequência de Bases , DNA Viral/genética , Genes Virais , Cavalos , Infecções por Herpesviridae/epidemiologia , Infecções por Herpesviridae/virologia , Herpesvirus Equídeo 1/classificação , Herpesvirus Equídeo 1/isolamento & purificação , Herpesvirus Equídeo 1/patogenicidade , Doenças dos Cavalos/epidemiologia , Dados de Sequência Molecular , Fases de Leitura Aberta/genética , Alinhamento de Sequência , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Especificidade da Espécie , Virulência/genéticaRESUMO
Bacillus anthracis es un bacilo gram positivo del grupo Bacillus cereus, que posee un genoma extremadamente monomórfco y comparte gran similitud fsiológica y de estructura genética con B. cereus y Bacillus thuringiensis. En este artículo se describen nuevos métodos moleculares para la identifcación y tipifcación de B. anthracis, basados en repeticiones en tándem de número variable o en diferencias genéticas detectadas por secuenciación, desarrollados en los últimos años. Los aspectos moleculares de los factores de virulencia tradicionales, cápsula, antígeno protector, factor letal y factor edema se describen en profundidad, junto con factores de virulencia recientemente propuestos, como los sideróforos, petrobactina y bacilibactina, la adhesina de la capa S y la lipoproteína MntA. También se detalla la organización molecular de los megaplásmidos pXO1 y pXO2, incluyendo la isla de patogenicidad de pXO1. El esqueleto genético de estos plásmidos se ha encontrado en otras especies relacionadas, probablemente debido a eventos de transferencia lateral. Finalmente, se presentan los dos receptores celulares del antígeno protector, ANTXR1/TEM8 y ANTXR2/CMG2, esenciales en la interacción del patógeno con el hospedador. Los estudios moleculares realizados en los últimos años han permitido aumentar enormemente el conocimiento de los diferentes aspectos de este microorganismo y su relación con el hospedador, pero a la vez han abierto nuevos interrogantes sobre este notorio patógeno.
Bacillus anthracis, a gram-positive rod belonging to the Bacillus cereus group, has an extremely monomorphic genome, and presents high structural and physiological similarity with B. cereus and Bacillus thuringiensis. In this work, the new molecular methods for the identifcation and typing of B. anthracis developed in the last years, based on variable number tandem repeats or on genetic differences detected through sequencing, are described. The molecular aspects of traditional virulence factors: capsule, protective antigen, lethal factor and edema factor are described in depth, together with virulence factors recently proposed, such as the siderophores petrobactin and bacillibactin, the S-layer adhesin and the MntA lipoprotein. It is detailed the molecular organization of megaplasmids pXO1 and pXO2, including the pathogenicity island of pXO1. The genetic skeleton of these plasmids has been observed in related species, and this could be attributed to lateral gene transfer. Finally, the two anthrax toxin protective antigen receptors, ANTXR1/TEM8 and ANTXR2/CMG2, essential for the interaction of the pathogen with the host, are presented. The molecular studies performed in recent years have greatly increased knowledge in different aspects of this microorganism and its relationship with the host, but at the same time they have raised new questions about this noted pathogen.
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Animais , Humanos , Antraz/microbiologia , Bacillus anthracis/fisiologia , Antraz/epidemiologia , Antraz/veterinária , Antígenos de Bactérias/imunologia , Antígenos de Bactérias/fisiologia , Toxinas Bacterianas , Técnicas de Tipagem Bacteriana , Sequência de Bases , Bacillus anthracis/classificação , Bacillus anthracis/genética , Bacillus anthracis/patogenicidade , Bacillus/classificação , Cápsulas Bacterianas/fisiologia , DNA Bacteriano/genética , Ilhas Genômicas/fisiologia , Repetições Minissatélites , Dados de Sequência Molecular , Proteínas de Membrana/genética , Proteínas de Membrana/fisiologia , Proteínas de Neoplasias/genética , Proteínas de Neoplasias/fisiologia , Plasmídeos , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Receptores de Superfície Celular/genética , Receptores de Superfície Celular/fisiologia , Alinhamento de Sequência , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Virulência/genética , Virulência/fisiologia , ZoonosesRESUMO
OBJETIVO: Caracterizar el ambiente genómico de las secuencias adyacentes al virus linfotrópico humano de células T tipo 1 (HTLV-1) en pacientes con paraparesia espßstica tropical y mielopatía asociada a la infección con HTLV-1 (PET/MAH) de diferentes regiones de Colombia y del Japón. MÉTODOS: Se enfrentaron 71 clones recombinantes con secuencias del genoma humano adyacentes al 5'-LTR de pacientes con PET/MAH, a las bases de datos del Genome Browser y del Gen-Bank. Se identificaron y analizaron estadísticamente 16 variables genómicas estructurales y composicionales mediante el programa informßtico R, versión 2.8.1, en una ventana de 0,5 Mb. RESULTADOS: El 43,0 por ciento de los provirus se localizaron en los cromosomas del grupo C; 74 por ciento de las secuencias se ubicaron en regiones teloméricas y subteloméricas (P < 0,05). Un anßlisis de conglomerados permitió establecer las relaciones jerßrquicas entre las características genómicas incluidas en el estudio; el anßlisis de componentes principales identificó las componentes que definieron los ambientes genómicos preferidos para la integración proviral en casos de PET/MAH. CONCLUSIONES: El HTLV-1 se integró con mayor frecuencia en regiones de la cromatina ricas en islas de citocina fosfato guanina (CpG), de alta densidad de genes y de repeticiones tipo LINE (elemento disperso largo [long interspersed element]) y transposones de ADN que, en conjunto, conformarían los ambientes genómicos blanco de integración. Este nuevo escenario promoverß cambios sustanciales en el campo de la salud pública y en el manejo epidemiológico de las enfermedades infecciosas, y permitirß desarrollar potentes herramientas para incrementar la eficiencia de la vigilancia epidemiológica.
OBJECTIVE: Characterize the genomic environment of the sequences adjacent to human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) in patients with HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP) in different regions of Colombia and Japan. METHODS: A total of 71 recombinant clones with human genome sequences adjacent to 5' LTR in patients with HAM/TSP were compared to the Genome Browser and GenBank databases. Sixteen structural and compositional genome variables were identified, and statistical analysis was conducted in the R computer program, version 2.8.1, in a 0.5 Mb window. RESULTS: A total of 43.0 percent of the proviruses were located in the group C chromosomes; 74 percent of the sequences were located in the telomeric and subtelomeric regions (P < 0.05). A cluster analysis was used to establish the hierarchical relations between the genome characteristics included in the study. The analysis of principal components identified the components that defined the preferred genome environments for proviral integration in cases of HAM/TSP. CONCLUSIONS: HTLV-1 was integrated more often in chromatin regions rich in CpG islands with a high density of genes and LINE type repetitions, and DNA transposons which, overall, would form the genomic environments targeted for integration. This new scenario will promote substantial changes in the field of public health and in epidemiological management of infectious diseases. It will also foster the development of powerful tools for increasing the efficiency of epidemiological surveillance.
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Adulto , Idoso , Feminino , Humanos , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Genoma Humano , Vírus Linfotrópico T Tipo 1 Humano/genética , Paraparesia Espástica Tropical/genética , Provírus/genética , Sequências Repetidas Terminais/genética , Integração Viral/genética , Mapeamento Cromossômico , Cromossomos Humanos/genética , Colômbia/epidemiologia , Ilhas de CpG , DNA Recombinante/genética , Paraparesia Espástica Tropical/epidemiologia , Paraparesia Espástica Tropical/virologia , Retroelementos/genética , Alinhamento de Sequência , Análise de Sequência de DNA , Homologia de Sequência do Ácido NucleicoRESUMO
El objetivo de este trabajo fue evaluar la resistencia a isoniacida (INH), rifampicina (RIF), estreptomicina (STR) y etambutol (EMB) de 59 cepas de Mycobacterium tuberculosis, aisladas en el período agosto 2005-diciembre 2006, en el estado Sucre, Venezuela, empleando el método de proporciones de Canetti y de nitrato reductasa. Se encontró 6,3% de resistencia primaria y 14,3% de adquirida. Una cepa fue considerada MDR, al presentar resistencia a RIF e INH. Se comparó la prueba de nitrato reductasa con el método de las proporciones, encontrándose 100% de concordancia entre los resultados de los dos métodos para INH, RIF y EMB, y 95,65% para STR. Además, la prueba nitrato reductasa produjo resultados en 10 a 14 días, comparado con 42 días para el método de proporciones, por lo que la primera se postula como una alternativa muy valiosa para acortar el tiempo de respuesta en la valoración de la susceptibilidad de M. tuberculosis. La secuencia del gen rpoB en la cepa resistente a RIF demostró la presencia de una mutación no descrita anteriormente en la región hipervariable de 81 pares de bases, donde se ha reportado el mayor número de mutaciones de cepas resistentes a RIF. Esta mutación produjo un cambio en el codón 456 de TCG > CAG. Al comparar nuestros resultados con los hallados en el último estudio de prevalencia de resistencia realizado en el estado, se demuestra una disminución en la circulación de cepas resistentes en la zona de estudio.
The objective of this study was to evaluate the resistance to isoniazid (INH), rifampicin (RIF), streptomycin (STR) and ethambutol (EMB), with the Canettis proportions method (PM) and the nitrate reductase assay (NRA) of 59 clinical strains of Mycobacterium tuberculosis, isolated in the period of august 2005 to december 2006, in Sucre state, Venezuela. Primary and acquired drug resistance was 6.3% and 14.3%, respectively. Only one strain was found to be multidrug resistant (MDR). The overall agreement between the NRA and PM was 100% for INH, RIF and EMB, and 96% for STR. The time to obtain results was 10 to 14 days for the NRA, compared to 42 days for the PM. The NRA was easy to perform and therefore represents a useful tool for rapid and accurate determination of drug-resistant M. tuberculosis. The sequence of the rpoB gene of the RIF resistant strain demonstrated a never described mutation (change in the codon 456; TCG > CAG) in the hypervariable region of 81 base pairs where most of the mutations of the RIF resistant strains have been reported. Comparison of our results with those of the last resistance prevalence study carried out in the years 1998-1999, shows a decrease in the studied area.
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Humanos , Antituberculosos/farmacologia , Resistência Microbiana a Medicamentos , Testes de Sensibilidade Microbiana/métodos , Mycobacterium tuberculosis/efeitos dos fármacos , Tuberculose/microbiologia , Sequência de Bases , Proteínas de Bactérias/análise , Proteínas de Bactérias/genética , Farmacorresistência Bacteriana Múltipla/genética , Etambutol/farmacologia , Isoniazida/farmacologia , Dados de Sequência Molecular , Mutação de Sentido Incorreto , Morbidade/tendências , Mycobacterium tuberculosis/enzimologia , Mycobacterium tuberculosis/genética , Nitrato Redutase/análise , Mutação Puntual , Prevalência , Rifampina/farmacologia , Alinhamento de Sequência , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Escarro/microbiologia , Estreptomicina/farmacologia , Tuberculose Resistente a Múltiplos Medicamentos/epidemiologia , Tuberculose Resistente a Múltiplos Medicamentos/microbiologia , Tuberculose/epidemiologia , Venezuela/epidemiologiaRESUMO
In the present study we have compared cattle isolates of Echinococcus granulosus from Argentina and Spain. The aim was to compare and determine if there exist phenotypic and genetic differences within E. granulosus cattle isolates between an endemic area of Spain (where the disease is mainly restricted to a sheep-dog cycle) and an endemic area of Argentina (where cattle are the most abundant intermediate hosts). The Spanish samples were previously identified as G1 genotype. The Argentinean samples were also identified as G1, but some variants were found for the cytochrome c oxidase-1 (CO1) and NADH dehydrogenase-1 (ND1) mitochondrial genes. When comparing the cyst features and the morphology of the larval rostellar hooks in both regions, some differences were found. The morphometric analyses of the larval rostellar hooks showed the existence of two distinct clearly separated groups (one corresponding to the Argentinean samples and the other to the Spanish ones). In conclusion, there are some genetic and phenotypic differences within E. granulosus cattle isolates from Argentina and Spain. Probably these differences, more important from an epidemiological point of view, are related to different steps in the disease control in both countries. Further studies involving other epidemiological, morphometric and molecular data, including other types of livestock, would contribute to clarify and expand the present work.
El objetivo del presente trabajo fue determinar si existen diferencias fenotípicas y genéticas entre los aislados de Echinococcus granulosus de origen bovino provenientes de dos regiones geográficas donde la hidatidosis es endémica, una de España (donde predomina el ciclo perro-oveja) y una de Argentina (donde el bovino es el hospedador intermediario más importante). Las muestras españolas fueron previamente identificadas como pertenecientes al genotipo G1. Las muestras argentinas también correspondían al genotipo G1, pero entre ellas se registraron algunas microvariantes de los genes mitocondriales citocromo c oxidasa-1 (CO1) y NADH deshidrogenasa- 1 (ND1). La comparación de las características de los quistes y de la morfología de los ganchos rostelares del metacestode mostró ciertas diferencias. En conclusión, existen algunas diferencias genéticas y fenotípicas entre los aislados de E. granulosus de Argentina y España. Probablemente estas diferencias, más importantes desde el punto de vista epidemiológico, podrían estar relacionadas con diferentes etapas en los programas de control de la enfermedad en los dos países. Estudios adicionales que involucren datos epidemiológicos, morfométricos y moleculares provenientes de otros tipos de ganado contribuirán a clarificar y ampliar la información aportada por este trabajo.
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Animais , Cães , Doenças dos Bovinos/parasitologia , Bovinos/parasitologia , Equinococose Hepática/veterinária , Equinococose Pulmonar/veterinária , Echinococcus granulosus/isolamento & purificação , Argentina/epidemiologia , Doenças dos Bovinos/epidemiologia , Reservatórios de Doenças/veterinária , Doenças Endêmicas , Equinococose Hepática/epidemiologia , Equinococose Hepática/parasitologia , Equinococose Pulmonar/epidemiologia , Equinococose Pulmonar/parasitologia , Echinococcus granulosus/classificação , Echinococcus granulosus/genética , Echinococcus granulosus/ultraestrutura , Genótipo , Haplótipos/genética , Larva/ultraestrutura , Fenótipo , Análise de Sequência de DNA , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Espanha/epidemiologiaRESUMO
Heat stress is one of the main problems in modern aviculture, since it affects birds especially in the final phase of rearing, causing bird mortality and economic losses to the aviculturist. The quail, as most birds, has difficulties in dissipating heat. However, little is known about the mechanism that controls the responses of the organism to stressor agents. Therefore, the study of heat shock proteins (HSPs) in these birds is important. A 960-bp portion of HSP70 was amplified using oligonucleotide primers specific for chickens. The fragment was sequenced, since it was the same protein, although some modifications have been observed. It showed 98% homology with HSP70 stress protein in Gallus gallus and 99% homology with Numida meleageris.
