Detección de SARS-CoV-2 en contactos estrechos asintomáticos de casos confirmados por diagnóstico molecular, provincia de Buenos Aires, Argentina / Detection of SARS-CoV-2 in asymptomatic close contacts of cases confirmed by molecular diagnosis, Buenos Aires province, Argentina

Resumen La detección de SARS-CoV-2 y su implicancia en el diagnóstico de COVID-19 han sido muy debatidas en la pandemia. El objetivo de este estudio fue evaluar el costo/beneficio de la detección de SARS-CoV-2 en contactos estrechos asintomáticos (CE) mediante el uso de distintas pruebas de diagnóstico molecular. Se estudiaron 51 CE de personas con diagnóstico de SARS-CoV-2 confirmado por RTqPCR, clasificadas por el umbral de ciclos (Ct) (<20, entre 20 y 30 y >30) en hospitales públicos de la provincia de Buenos Aires. Del total de contactos estudiados el 15,7% resultó confirmado para SARS-CoV-2; no hubo contactos positivos de casos con Ct>30. La cantidad de contactos positivos de casos con Ct<20 fue significativamente mayor que la de casos con Ct>20. Las muestras con Ct<20 se asociaron a una carga viral estimada de entre uno a cuatro órdenes de magnitud de diferencia con los rangos de Ct>20. Un 13,7% de contactos positivos fueron casos con Ct<20. De las muestras positivas confirmadas por PCR, correspondientes a la semana epidemiológica 1 de 2021 (SE1), sólo un 19,35% correspondían a muestras con Ct<20 y un 50,7% con Ct entre 20 y 30. Estos datos muestran un incremento de sólo un 3,7% de casos detectados. El esfuerzo por parte del sistema de salud pública para esta estrategia, con bajo poder predictivo, puede tener un efecto negativo para el cumplimiento del aislamiento de los contactos y podría generar una demora en los resultados de los casos sospechosos, sin aportar significativamente en el control de la pandemia.

Abstract The detection of SARS-CoV-2 and its implication in the diagnosis of COVID-19 have been highly debated in the pandemic. The objective of this study was to evaluate the cost/benefit of detecting SARS-CoV-2 in asymptomatic close contacts (CC) using different molecular diagnostic tests. A total of 51 CC of people with a diagnosis of SARS-CoV-2 confirmed by RTqPCR, classified by the cycle threshold (Ct) (<20, between 20 and 30 and >30), were studied in public hospitals in the Province of Buenos Aires. Of the total contacts studied, 15.7% were confirmed for SARS-CoV-2; there were no positive contacts of cases with Ct>30 positive. The number of positive contacts of cases with Ct<20 was significantly higher than that of cases with Ct>20. Samples with Ct<20 were associated with an estimated viral load of one to four orders of magnitude difference with Ct ranges >20. A total of 13.7% of positive close contacts were from cases with Ct<20. When studying positive samples with confirmed diagnosis by PCR, corresponding to 1 epidemiological week of 2021 (EW1), only 19.35% corresponded to samples with Ct<20 and 50.7% with Ct between 20 and 30. From these data it is shown that with the CC test only 3.7% of the cases were detected. The effort by the public health system for this strategy, with low predictive power, may have a negative effect on the fulfillment of the isolation of contacts and could generate a delay in the results of suspected cases, without contributing significantly to controlling the pandemic.

Resumo A detecção do SARS-CoV-2 e seu envolvimento no diagnóstico da COVID-19 têm sido muito discutidos durante a pandemia. O objetivo desse estudo foi avaliar a relação custo/benefício na detecção de SARSCoV- 2 em casos de contatos próximos assintomático (CP), por meio do uso de diferentes testes de diagnóstico molecular. Foram estudados 51 casos de CP de pessoas com diagnóstico de SARS-CoV-2 confirmado pelo RTqPCR, sendo classificados pelo limiar de ciclos (Ct) (<20, entre 20 e 30 e >30), em hospitais públicos da província de Buenos Aires. Do total de contatos estudados, 15,7% foram confirmados para SARS-CoV-2, não houve contatos positivos de casos com Ct>30. O número de contatos positivos de casos com Ct<20, foi significativamente maior que os casos com Ct>20. As amostras com Ct<20 foram associadas a uma carga viral estimada de uma a quatro ordens de magnitude de diferença com os intervalos de Ct>20. Dos casos positivos, 13,7% foram com Ct<20. Das amostras positivas confirmadas por PCR, correspondentes à semana epidemiológica 1 de 2021 (SE1), apenas 19,35% correspondiam a amostras com Ct>20 e 50,7% com Ct entre 20 e 30. Esses dados mostram incremento de apenas 3,7% de casos detectados. O esforço por parte do sistema de saúde pública para essa estratégia, com baixo poder preditivo, pode ter um efeito negativo no cumprimento do isolamento dos contatos e poderia gerar uma demora nos resultados dos casos suspeitos, sem contribuir significativamente para o controle da pandemia.

Histopatología, inmunohistoquímica y metástasis en pacientes con carcinoma basocelular: Revisión Narrativa / Histopathology, immunohistochemistry, and metas-tasis in patients with basal cell carcinoma: A bibliographic review / Histopatologia, imunohistoquímica e metástases em pacientes com carcinoma basocelular: revisão narrativa

Introducción: El carcinoma basocelular (CBC)es una de las neoplasias más comunes de la piel. En nuestro país, por su localización, representa una entidad patológica de gran importancia, por la radiación ultravioleta elevada, que es inversamente proporcional a la latitud geográfica en la que nos encontramos en Ecuador. El objetivo del presente trabajo es revisar las características claves que distinguen al Carcinoma basocelular, y actualizar los conocimientos, incluyendo la evidencia disponible en hallazgos histopatológicos, marcadores de inmunohistoquímica y metástasis en esta patología

Introduction: Basal cell carcinoma BCC is one of the most common skin neoplasms. In our country, because of its location, it represents a pathological entity of great importance, due to the high ultraviolet radiation, that is inversely proportional to the geographical latitude we are in Ecuador. This paper objective is to review the key features that distinguish basal cellcarcinoma, and update knowledge, including the available evidence on histopathological findings, immunohistochemical markers and metastasis in this pathology.

Introdução: Carcinoma basocelular O CBC é uma das neoplasias cutâneas mais comuns. Em nosso país, por sua localização, representa uma entidade patológica de grande importância, devido à alta radiação ultravioleta, que é inversamente proporcional à latitude geográfica em que nos encontramos no Equador. O objetivo deste artigo é revisar as principais características que distinguem o carcinoma basocelular e atualizar o conhecimento, incluindo as evidências disponíveis sobre achados histopatológicos, marcadores imunohistoquímicos e metástases nessa patologia.

Serological and molecular detection of Theileria equi in horses from Sinop, Mato Grosso state, Brazil / Detecção sorológica e molecular de Theileria equi em equinos oriundos de Sinop, Mato Grosso, Brasil

Equine piroplasmosis is the most important tick-borne disease to affect horses in Brazil. Theileria equi is one of the causative agents of equine piroplasmosis. Chronic cases are expected, in which the animals show no apparent signs of infection and remain asymptomatic but constitute a source of the infectious agent that ticks can spread. This study was conducted across 81 ranches located in the municipality of Sinop, State of Mato Grosso, Brazil. A sample calculation was performed to estimate the apparent prevalence of T. equi among horses. A total of 1,853 animals were included in the sampling analysis based on the information available from the Institute of Agricultural and Livestock Defense of Mato Grosso State. The serological analysis of 367 serum samples using an indirect enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) to detect anti-T. equi antibodies revealed that 337 animals were positive, representing a frequency of 90.70%. The molecular analysis to amplify the EMA-1 gene showed positivity in 20 of 89 tested samples. The fragments of four samples were sequenced and analyzed to determine their similarities to sequences from other species, based on sequences deposited at GenBank. All showed 100% similarity with T. equi. Our study represents the first report of T. equi antibodies among the equids in north-central region of Mato Grosso, revealing the widespread distribution of seropositive animals.

A piroplasmose equina é a doença transmitida por carrapatos mais importante em cavalos no Brasil. Theileria equi é um dos agentes causadores da piroplasmose equina. São esperados casos crônicos, nos quais os animais não apresentam sinais aparentes de infecção e permanecem assintomáticos, mas constituem uma fonte de infecção e disseminação por carrapatos. Este estudo foi realizado em 81 fazendas localizadas no município de Sinop, Estado de Mato Grosso, Brasil. Um cálculo amostral foi realizado para estimar a prevalência aparente de T. equi entre cavalos. No total, 1.853 animais foram incluídos na análise amostral com base nas informações disponíveis no Instituto de Defesa Agropecuária do Estado de Mato Grosso. A análise sorológica de 367 amostras de soro por meio de ensaio imunoenzimático indireto (ELISA) para detecção de anticorpos anti-T. equi revelou que 337 animais eram positivos, representando uma frequência de 90,70%. A análise molecular para o gene EMA-1 mostrou positividade em 20 das 89 amostras testadas. Os fragmentos de quatro amostras foram sequenciados e analisados para determinar suas semelhanças com sequências de outras espécies, a partir das sequências depositadas no GenBank. Todos mostraram 100% de similaridade com T. equi. Nosso estudo representa o primeiro relato de anticorpos contra T. equi entre os equídeos na região centro norte de Mato Grosso, revelando a ampla distribuição de animais soropositivos.

Investigation of canine visceral leishmaniasis in a non-endemic area in Brazil and the comparison of serological and molecular diagnostic tests

Abstract INTRODUCTION: Visceral leishmaniasis (VL) is an important zoonosis in Brazil. Previous identification of parasitized dogs can also help prevent the disease in humans, even in non-endemic areas of the country. The Brazilian Ministry of Health recommends diagnosis in dogs using a DPP® (rapid test) as a screening test and an immunoenzymatic assay (ELISA) as a confirmatory test (DPP®+ELISA), and culling infected dogs as a legal control measure. However, the accuracy of these serological tests has been questioned. METHODS: VL in dogs was investigated in a non-endemic area of the São Paulo state for three consecutive years, and the performances of different diagnostic tests were compared. RESULTS: A total of 331 dog samples were collected in 2015, 373 in 2016, and 347 in 2017. The seroprevalence by DPP®+ELISA was 3.3, 3.2, and 0.3%, respectively, and by indirect immunofluorescence assay (IFA), it was 3.0, 5.6, and 5.5%, respectively. ELISA confirmed 18.4% of DPP® positive samples. The concordance between the IFA and DPP® was 83.9%. The concordance between IFA and DPP®+ELISA was 92.9%. A molecular diagnostic test (PCR) was performed in 63.2% of the seropositive samples, all of which were negative. CONCLUSIONS: In non-endemic areas, diagnostic tests in dogs should be carefully evaluated to avoid false results.

Patología y salud pública: Oportunidades para el avance / Pathology and public health: opportunities for progress

La patología y la salud pública son disciplinas que se complementan en múltiples formas, desde la información que aportan mutuamente a niveles individual y poblacional, hasta la elaboración de políticas públicas en salud y la gestión de la información en los biobancos, así como la articulación para respuesta en emergencias y brotes. En revisión no sistemática resaltamos que los dos campos de mayor colaboración con la salud pública son la patología forense (comprendiendo muertes violentas y no violentas) y la patología molecular, realizando aportes significativos a la planeación de los servicios de salud, la calidad de la información epidemiológica, la salud pública basada en la evidencia que permite una mejor toma de decisiones, y la gestión de la salud comunitaria y poblacional. A partir de la revisión realizada se identificaron como puntos de mejora el uso de los sistemas de información, la necesidad de un enfoque interdisciplinario más tangible, y la urgente transformación educativa que subyace a esta colaboración.

Pathology and public health are disciplines that complement each other in many ways, from the information they provide to each other at the individual and population levels, to the development of public health policies and the management of information in biobanks, as well as articulation in responding to emergencies and outbreaks. Our non-systematic review highlights that the two most relevant fields which collaborate with public health are forensic pathology (including violent and non-violent deaths) and molecular pathology, making significant contributions to health care planning, the quality of epidemiological information, evidence-based public health that enables better decision-making, and community and population health management. This review identified the use of information systems, the need for a more tangible interdisciplinary approach, and the urgent educational transformation that underlies this collaboration, as areas for improvement.

Are the anatomical, clinical, and ultrasound characteristics of thyroid nodules with Bethesda III or IV cytology and ACR TI-RADS 3, 4, or 5 able to refine the indications for molecular diagnostic tests?

ABSTRACT Objective: To analyze the association of clinical, anatomical, and ultrasound (US) characteristics of malignancies in Bethesda III or IV (III-B or IV-B) thyroid nodules. Subjects and methods: The association between malignancies and the following variables were analyzed: III-B or IV-B, age < 55 years and ≥ 55 years, sex, family history of thyroid cancer, history of irradiation, nodule size, and ACR TI-RADS classification in 62 participants who underwent thyroidectomy. Results: Of the 62 participants, 87.1% (54/62) were women, 74.2% were < 55 years old, 95.2% had no family history of thyroid cancer, 56.5% had nodules < 2 cm in size, 62.9% were IV-B, and 69.4% were ACR TI-RADS 4. Thirty-two patients had thyroid carcinoma, and 30 had benign histology. Among all factors associated with malignancy, only ACR TI-RADS 5 classification on US was found to be statistically significant (p = 0.014), while III-B with architectural atypia cytological classification was the only one significantly associated with benign status (p = 0.004). Conclusion: Only a high risk of malignancy as assessed using US was able to refine the indication for molecular tests in a group of patients with indeterminate nodules. We found 85% (53/62) of III-B or IV-B thyroid nodules would benefit from available molecular diagnostic tests.

Ependimoma intracraneal: apuntes clínicos, moleculares y anatomopatológicos / Intracranial ependymoma: clinical, molecular and pathological notes

RESUMEN Los ependimomas surgen de las células ependimarias que revisten los ventrículos y los pasajes en el encéfalo y el centro de la médula espinal. Las células ependimarias producen líquido cefalorraquídeo. Se decidió la realización de una revisión acerca del ependimoma intracraneal teniendo en cuenta que no existe artículo nacional que trate este tema, siendo la mayoría de los trabajos consultados referentes a la misma variante histológica pero en localización espinal, cuyo objetivo es describir la características clínicas, moleculares y anatomopatológicas del ependimoma intracraneal. Se realizó la búsqueda de artículos en revistas de las bases de datos: PubMed, Scielo y EBSCO. La búsqueda se limitó a artículos con el texto completo, publicados fundamentalmente en los últimos cinco años. El ependimoma intracraneal es un tumor frecuente en la edad pediátrica, sus manifestaciones clínicas dependen de su localización, presenta una gran diversidad molecular y anatomoptológica (AU).

SUMMARY Ependymomas arise from ependymal cells that line the ventricles and passages in the brain and center of the spinal cord. Ependymal cells produce cerebrospinal fluid. It was decided to conduct a review about intracranial ependymoma taking into account that there is no national article dealing with this issue, with most of the works consulted referring to the same histological variant but in spinal location, whose objective is to describe the clinical characteristics, Molecular and pathological pathways of intracranial ependymoma. We searched articles in journals of the databases: PubMed, Scielo and EBSCO. The search was limited to articles with the full text, published mainly in the last five years. Intracranial ependymoma is a frequent tumor in the pediatric age, its clinical manifestations depend on its location, it has a great molecular and anatomoptological diversity (AU).

Síndrome de Gorlin-Goltz. Diagnóstico molecular, nuevos tratamientos / Gorlin-Goltz syndrome. Molecular diagnosis, new treatments

Introducción: El síndrome de Gorlin-Goltz o síndrome de carcinoma de nevo basocelular es un desorden hereditario autosómico dominante que predispone principalmente a la proliferación de múltiples carcinomas basocelulares, queratoquistes odontogénicos y defectos del desarrollo, causados por la mutación del gen Patched localizado en el cromosoma 9. Presentación del caso: Se reporta un paciente con características de este síndrome, en la clínica de COMF de la UNAM. El diagnóstico fue basado en los estudios clínicos, imagenológicos y moleculares. Conclusiones: El conocimiento de esta enfermedad puede orientarnos a la sospecha diagnóstica de lesión quística o premaligna en forma oportuna, lo que permite prevenir complicaciones y brindar un tratamiento integral para así mejorar la calidad de vida de este tipo de pacientes (AU)

Introduction: Gorlin-Goltz syndrome or cell-based nevus carcinoma syndrome is an autosomal dominant inherited disorder that predisposes mainly to the proliferation of multiple basal cell carcinomas, maxillary keratocysts and developmental defects, caused by the mutation of the Patched gene located on chromosome 9. Case presentation: A patient with specific characteristics compatible with this syndrome was reported in the COMF Department of the UNAM. The diagnosis was based on clinical studies, radiology and genetic studies. Conclusions: Knowledge of this problem can guide us to the diagnostic suspicion in a timely manner, thus preventing complications, and to provide an improved integral treatment of the quality of life of this type of patients (AU)

Cost analysis of smear microscopy and the Xpert assay for tuberculosis diagnosis: average turnaround time

Abstract INTRODUCTION: Rapid and accurate tuberculosis detection is critical for improving patient diagnosis and decreasing tuberculosis transmission. Molecular assays can significantly increase laboratory costs; therefore, the average time and economic impact should be evaluated before implementing a new technology. The aim of this study was to evaluate the cost and average turnaround time of smear microscopy and Xpert assay at a university hospital. METHODS: The turnaround time and cost of the laboratory diagnosis of tuberculosis were calculated based on the mean cost and activity based costing (ABC). RESULTS: The average turnaround time for smear microscopy was 16.6 hours while that for Xpert was 24.1 hours. The Xpert had a mean cost of USD 17.37 with an ABC of USD 10.86, while smear microscopy had a mean cost of USD 13.31 with an ABC of USD 6.01. The sensitivity of smear microscopy was 42.9% and its specificity was 99.1%, while the Xpert assay had a sensitivity of 100% and a specificity of 96.7%. CONCLUSIONS: The Xpert assay has high accuracy; however, the turnaround time and cost of smear microscopy were lower than those of Xpert.

Sindrome de Ehlers-Danlos cifoescoliótico-FKBP14 en una paciente adolescente: primer reporte de caso colombiano / FKBP14 kyphoscoliotic Ehlers-Danlos Syndrome in adolescent patient: the first Colombian report

El síndrome de Ehlers-Danlos es un conjunto de trastornos hereditarios del tejido conectivo, clínica y genéticamente heterogéneos, caracterizados por hiperextensibilidad cutánea, pobre cicatrización, hipermovilidad articular y friabilidad tisular. Desde 1997, se han reportado variantes poco frecuentes del síndrome, entre las cuales se incluye el de tipo cifoescoliótico, causado por mutaciones en el gen PLOD1, caracterizado por hipotonía muscular grave al nacer, cifoescoliosis grave progresiva, osteopenia, ojos frágiles y fragilidad vascular. También ha sido descrita una rara variante recesiva que compromete el gen FKBP14, con hallazgos clínicos adicionales, que incluyen retardo del desarrollo psicomotor, miopatía, hipoacusia y una proporción normal de lisil-piridinolina a hidroxilisil-piridinolina en la orina. Se presenta el primer caso de una paciente colombiana con una mutación FKBP14 c.362dupC, caracterizada por hipotonía generalizada, retardo en el desarrollo de los hitos motores gruesos, hipoacusia, cifoescoliosis progresiva temprana, hipermovilidad articular y deformidades en los pies.

Ehlers-Danlos syndrome (EDS) is a group of clinically and genetically heterogeneous inherited connective tissue disorders, characterized by skin hyperextensibility, poor wound healing, joint hypermobility and tissue friability. Since 1997 a new spectrum of novel rare EDS-variants has been described, among which is included the EDS kyphoscoliotic type, characterized by severe muscular hypotonia at birth, severe progressive kyphoscoliosis, osteopenia, fragile eyeballs and vascular fragility. This EDS variant is caused by mutations in the PLOD1 gene; however, a rare recessive variant that compromises the FKBP14 gene has been reported, with additional clinical findings that includes gross motor developmental delay, myopathy, hearing impairment and a normal ratio of lysyl pyridinoline to hydroxylysyl pyridinoline in urine. We report the first Colombian patient with a FKBP14 c.362dupC mutation, with clinical features that include generalized hypotonia, delayed gross motor milestones, hearing loss, early-onset progressive kyphoscoliosis, joint hypermobility and foot deformities.

Diagnóstico molecular de larvas de Angiostrongylus spp. recuperadas de gastrópodes / Molecular diagnosis of Angiostrongylus spp. recovered from gastropods

Gastrópodes continentais atuam como hospedeiros intermediários de nematódeos de interesse para a saúde humana e animal, como Angiostrongylus spp. e outros pertencentes à superfamília Metastrongyloidea. O procedimento de digestão artificial é comumente utilizado para recuperar larvas de nematódeos em moluscos. Entretanto, essas formas imaturas não apresentam desenvolvidos os caracteres morfológicos necessários à sua identificação taxonômica. Como o produto da digestão artificial é ácido e contém restos de tecido do molusco, também surgem dificuldades para realizar o diagnóstico molecular destas larvas. Estudos pilotos mostraram ineficiência no diagnóstico molecular devido a variações na qualidade da amostra, baixa concentração de DNA e baixa eficiência nas Reações em Cadeia da Polimerase (PCR). O objetivo deste trabalho foi aprimorar o diagnóstico molecular de larvas de Angiostrongylus spp. obtidas de moluscos. Assim, inicialmente, foi padronizado um método de preparo das larvas (triagem das larvas com micropipeta, somado ao ajuste do pH com PBS 1X ). A partir destas amostras padronizadas quanto ao método de preparo, foram testados métodos de extração de DNA e diferentes iniciadores para a região do Citocromo c Oxidase subunidade I (COI). Foram utilizadas larvas L3 de Angiostrongylus cantonensis, A. costaricensis e A. vasorum provenientes de ciclos mantidos em laboratório.

Amostras do campo de Aelurostrongylus abstrusus também foram utilizadas para comparação. A importância do preparo da amostra foi testada através de reações de PCR realizadas em condições idênticas, com amostras padronizadas e não padronizadas quanto ao preparo. Quanto aos testes de extração, após a realização de pilotos com diferentes protocolos, foram selecionados para testes comparativos, até a etapa de sequenciamento, dois protocolos com choque térmico e um utilizando kit comercial. Estes foram avaliados quanto à quantidade de DNA, eficiência da amplificação, tempo de realização e qualidade da sequência. Em uma terceira etapa foram testados três diferentes iniciadores para o COI. Os resultados demonstraram que após uma lavagem com PBS o produto da digestão artificial torna-se neutro (pH 7,29 ± 0,13) e que estas amostras, devidamente triadas, apresentam taxa de amplificação 60% maior. Este passo mostrou-se essencial para o sucesso das demais etapas. As amostras que foram submetidas à extração de DNA com os três protocolos selecionados resultaram em um produto que permitiu a amplificação do fragmento do COI nas reações de PCR, apesar das baixas concentrações de DNA, tendo sido possível também o diagnóstico molecular, por sequenciamento de Sanger, de 100% dessas amostras.

Os protocolos com choque térmico apresentaram menor tempo de execução, custo e geração de resíduo químico. Os três iniciadores testados amplificaram com eficiência a região-alvo, viabilizando a identificação de Angiostrongylus spp. por sequenciamento. Os diferentes métodos de extração e iniciadores testados representam diferentes possibilidades para o diagnóstico de larvas de Angiostrongylus spp. e seu uso deverá levar em conta os recursos disponíveis (tempo e dinheiro) e o objetivo do estudo (diagnóstico ou pesquisa). A disponibilização de um protocolo eficiente e a possibilidade de redução dos custos no diagnóstico dos nematódeos associados a moluscos contribuem para incentivar as pesquisas na área e viabilizar estudos de vigilância epidemiológica e controle das angiostrongilíases. (AU)

Molecular detection of Mycoplasma suis in extensive pig production systems in the State of Maranhão, northeast Brazil / Detecção molecular de Mycoplasma suis em suínos de criações extensivas no estado do Maranhão, nordeste do Brasil

Mycoplasma suis is a bacterium that causes hemoplasmosis in pigs. This agent is capable of adhering to the surface of porcine erythrocytes, inducing structural changes on these cells. In Brazil, there are few reports about the disease, its causal agent, and the economic impact of this pathogen on pig production systems and farm sanitation. The present study aimed to investigate the occurrence of M. suis in extensive swine farms located in the counties of Itapecuru Mirim, Santa Rita and Rosario, State of Maranhão, northeast Brazil. For such purpose, 64 blood samples of pigs from these facilities were tested for M. suis using a 16S rRNA gene-based quantitative real-time PCR (qPCR); 82.3%, 65.2% and 25% of blood samples of swine from farms in the cities of Itapecuru Mirim, Santa Rita and Rosario were positive for M. suis by qPCR, respectively. This study shows, for the first time, that M. suis circulates in pig populations from the state of Maranhão, Northeast Brazil.

Mycoplasma suis é uma bactéria que causa a hemoplasmose em suínos. Este agente é capaz de se aderir à superfície dos eritrócitos de suínos, ocasionando deformações estruturais nestas células. No Brasil, poucos são os relatos acerca do parasita, da infecção e de seus impactos econômicos nas esferas produtiva e sanitária. O objetivo deste estudo foi investigar, por meio da PCR em tempo real quantitativa (qPCR) baseada no gene 16S rRNA, a ocorrência de M. suis em 64 amostras de sangue de suínos de criações extensivas dos municípios de Itapecuru Mirim, Santa Rita e Rosário, localizados no estado do Maranhão. Foram obtidos um percentual de 82,3%, 65,2% e 25% de amostras positivas na qPCR para M. suis nos municípios de Itapecuru Mirim, Santa Rita e Rosário, respectivamente. Este estudo mostra que M. suis circula entre os suínos de criações extensivas no estado do Maranhão.

Alterações germinativas em pacientes com câncer de reto em idade jovem / Germline alterations in patients with rectal cancer at a young age

O câncer colorretal (CCR) é o terceiro tipo de câncer mais comum no mundo e a segunda causa de morte por câncer. Dados atuais apontam que o câncer de reto (CaRe) contribui para a maior incidência de CCR observada em pacientes jovens e é responsável por um aumento destes tumores em cerca de 75% nos últimos 40 anos. As variantes germinativas são reportadas em 14 a 16% dos indivíduos jovens com CCR, independente de história familiar de câncer. Ainda assim, a causa do desenvolvimento de CCR na maioria dos casos de indivíduos jovens ou famílias com múltiplos indivíduos afetados permanece desconhecida. Neste estudo, foram investigadas variantes germinativas em 76 pacientes com CaRe incluindo 29 classificados pelos critérios de Amsterdam I/II para a Síndrome de Lynch (Grupo 1) e 47 pacientes com idade igual ou inferior 40 anos (Grupo 2). O objetivo principal foi identificar variantes em 93 genes relacionados ao câncer que possam contribuir para o risco de desenvolvimento da doença usando sequenciamento de alto desempenho. Quinze variantes foram selecionadas e avaliadas em membros de oito famílias. Foram identificadas 153 variantes envolvendo 65 genes. Pacientes com câncer de reto apresentaram alta frequência de variantes germinativas em ATM (19%), APC (10%) e BRCA2 (9%). Variantes patogênicas ou likely-patogênicas foram identificadas em genes de alta (MSH2, MSH6, MLH1, MUTYH e BRCA2), moderada (ATM) e baixa (MTHFR e NOTCH1) penetrância, em 18% (14/76) dos pacientes, concordante com dados da literatura. Variantes características da Síndrome de Lynch foram identificadas em seis pacientes (6/76) e variantes associadas à polipose no gene MUTYH, em dois pacientes (2/76). Variantes patogênicas ou likely-patogênicas foram identificadas em 17% (8/47) dos pacientes jovens, especialmente em MUTYH (3/47), MTHFR (2/47), ATM, MSH6 e MLH1 (1/47 cada). Dentre estes, dois de 14 pacientes não reportaram câncer na família e seis tiveram pelo menos um caso de câncer na família, mas não preencheram os critérios clínicos para síndrome de predisposição hereditária ao câncer. Este estudo revelou 25 variantes novas (não identificadas em bancos de dados públicos ou reportadas em literatura). Em adição, foram observadas variantes germinativas em diferentes genes das vias MMR e de recombinação homóloga, incluindo ATM, BRCA2 e POLD1. Foram identificadas 15 variantes candidatas e ou associadas ao fenótipo nos genes ATM, APC, MSH2, MTHFR, CDKN2A, MUTYH e POLD1. Essas variantes foram avaliadas em 20 indivíduos de 8 famílias, sendo confirmadas nos probandos e identificadas em mais de um membro das famílias investigadas. A identificação de genes associados à predisposição ao CaRe tem potencial importância para o delineamento de estratégias mais eficientes de diagnóstico e aconselhamento genético em famílias com um alto risco de desenvolver este tumor (AU)

Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer worldwide and the second leading cause of cancer-related death. Recent studies suggest that rectal cancer (ReCa) contributes to the higher CRC incidence observed in young patients, and it is responsible for 75% of the increased incidence in colorectal tumors over the last 40 years. Germline variants have been reported in 14-16% of patients with early-onset CRC, regardless of family history of cancer. Nonetheless, the causes of CRC onset in most young patients or families with multiple affected cases remain unknown. We investigated germline variants in 76 ReCa patients, including 29 cases classified by the Amsterdam I/II criteria for Lynch Syndrome (Group 1) and 47 early-onset ReCa patients (≤40 years old, Group 2). The main objective was to identify variants in 93 cancer-related genes that can contribute to increased risk of the disease development using next-generation sequencing. Fifteen candidate variants were evaluated in eight selected families. Next-generation sequencing revealed 153 variants involving 65 genes. ReCa patients showed high frequency of germline variants in ATM (19%), APC (10%) and BRCA2 (9%). Pathogenic or likely-pathogenic variants were observed in high (MSH2, MSH6, MLH1, MUTYH, and BRCA2), moderate (ATM) and low (MTHFR and NOTCH1) penetrance genes, in 18% (14/76) of the patients, consistent with the literature data. Variants associated with Lynch Syndrome were identified in six patients (6/76), and variants involved in MUTYH-associated polyposis in two patients (2/76). Pathogenic or likely-pathogenic variants were identified in 17% (8/47) of early-onset patients, especially in the MUTYH (3/47), MTHFR (2/47), ATM, MSH6, and MLH1 (1/47 each) genes. Among these, two of fourteen patients had no family history of cancer and six reported at least one case of cancer in the family, but none of them met clinical criteria for the hereditary cancer syndrome. This study revealed 25 new variants (not reported in public databases or previous studies). In addition, germline variants were observed in several genes involved in MMR and homologous recombination (HR) pathways, including ATM, BRCA2 and POLD1. Fifteen candidates and associated to the phenotype variants were identified in the ATM, APC, MSH2, MTHFR, CDKN2A, MUTYH, and POLD1 genes. These variants were evaluated in 20 individuals (8 families), being confirmed in the index cases and identified in more than one relative of the evaluated families. The identification of genes associated with ReCa predisposition is crucial for outlining more efficient diagnostic strategies and for improving genetic counseling for families with high risk to develop this tumor type (AU)

Guía de Procedimientos Operacionales y Recomendaciones en la Implementación de Secuenciación de Nueva Generación para Diagnóstico Clínico / Standard Operational Procedures and Rec ommendations on Next Generation Sequenc ing for Clinic al Diagnostics

La tecnología diagnóstica conocida como NGS por sus siglas en inglés, o Secuenciación de nueva generación, es relativamente nueva, y se está implementando en algunos hospitales de Panamá. Esta tecnología ha demostrado ser una herramienta muy eficiente para la detección de alteraciones genómicas o exómicas, tanto para la clínica como para la investigación. Dada la complejidad de esta prueba, requiere una infraestructura y un número importante de recursos humanos capacitados para poder implementar esta prueba. El propósito de este documento es establecer un marco de referencia para los procedimientos administrativos en cuanto a la realización de las pruebas de secuenciación por metodología NGS. Además, que el mismo sirva de guía para el establecimiento adecuado de programas internos de control y evaluación de calidad de esta tecnología en nuestro país y la región

The technology known as Next­Generation sequencing is relatively new, and it is been implemented in some Panamanian hospitals. It has demonstrated to be a very efficient tool to identify genomic and exomic variants in a clinical setting, as well for research purposes. Because of its complexity, it requires an important infrastructure and a significant number of trained health­care professionals to carry out this test. The purpose of this document is to establish a frame for the administrative and tec hnical aspects for NGS in a clinical setting. Moreover, it will serve as a guide to establish quality control procedures that the technology requires in our country and the region.

Toxoplasma gondii molecular and immunological identification and risk factors associated with infection in chicken slaughtered at Triângulo Mineiro region, Minas Gerais, Brazil / Identificação molecular e imunológica de Toxoplasma gondii e fatores de risco associados com infecção em galinhas abatidas na região do Triângulo Mineiro, Minas Gerais, Brasil

This study aimed to determine the occurrence of anti-Toxoplasma gondii antibodies in the serum of slaughtered chickens in the region of Triângulo Mineiro, Minas Gerais, Brazil, to detect the parasite in tissues (heart and brain) of serologically positive chickens, based on molecular analysis, and to investigate risk variables associated with the infection. Sera from 417 chickens raised in extensive, semi-intensive, and intensive production systems were tested by an indirect immunofluorescent antibody test (IFAT) and indirect hemagglutination antibody test (IHA). Polymerase chain reaction (PCR) was performed to detect T. gondii DNA in brain and heart tissues. Antibody anti-T. gondii were found in 37.65% (157/417) of chickens by IFAT, and in 75.06% (313/417) by IHA. The Kappa index showed a weak concordance between the techniques (0.087). Association was observed between seropositivity and the variables, age (p < 0.0001), type of feeding (p < 0.0001) and collective raising with other animal's species (p < 0.0001). Association, based on IFAT, was not observed between seropositivity and the variables, sex (p = 0.0526), presence of cats (p > 0.9999), and presence of rats (p > 0.9999). Presence of parasite DNA was detected in brain samples from two chickens, which were raised in intensive and semi-intensive production systems. The results suggest the meat of these slaughtered animals may serve as a transmission source of this protozoan to humans.(AU)

O objetivo do presente estudo foi determinar a frequência de anticorpos anti-Toxoplasma gondii em soro de galinhas abatidas na região do Triângulo Mineiro, Minas Gerais, detectar molecularmente o parasito em tecidos (coração e cérebro) de algumas das aves sorologicamente positivas e averiguar variáveis de risco associadas à infecção. Foram testados soros de 417 galinhas, criadas nos sistemas extensivo, semi-intensivo e intensivo. Para a pesquisa de anticorpos anti-T. gondii foi utilizada a Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI) e Hemaglutinação Indireta (HAI). A Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) foi utilizada para detectar o DNA de T. gondii em fragmentos de cérebro e coração. Anticorpos foram detectados no soro de 37,65% (157/417) das aves pela RIFI e em 75,06% (313/417) pela HAI. O índice Kappa mostrou uma fraca concordância entre as técnicas (0,087). Baseado na RIFI, foi verificada associação estatisticamente significativa (p < 0,0001) entre a soropositividade e as variáveis: idade, tipo de alimentação e criação em conjunto com outras espécies animais. Não foi observada associação estatística (p > 0,01) entre as variáveis: sexo, presença de gatos e presença de ratos. Pelo diagnóstico molecular DNA do parasito foi detectado em duas amostras de cérebro, de indivíduos diferentes criados em sistema intensivo e semi-intensivo. Os resultados indicam a possibilidade de a carne dessas aves poderem atuar como fonte de infecção deste protozoário para o homem.(AU)

La impronta como método no invasivo de toma de muestra para el diagnóstico molecular de la leishmaniosis cutánea en población militar de colombia / The imprint as a non-invasive method of sampling for the molecular diagnosis of cutaneous leishmaniasis in colombia's military population / In print como método não invasivo de coleta de amostra para o diagnóstico molecular da leishmaniose cutânea em população militar da colômbia

Resumen Teniendo en cuenta que los métodos tradicionales de toma de muestra y diagnóstico para la leishmaniosis cutánea presentan limitaciones, como el frotis directo, cuya sensibilidad depende de la pericia del profesional, el aspirado de lesión que puede ser usado para detección de parásitos en lámina, su ADN o para cultivos es demorado y exigente, y la biopsia de la lesión que es invasiva y dolorosa se comparó con el método de impronta en papel filtro de la lesión ulcerativa contra el método tradicional de aspirado mediante la técnica de POR convencional utilizando como blanco una región del ADN del kinetoplasto del parásito. En el presente trabajo, la por obtuvo una sensibilidad para impronta del 90,07% comparado con el aspirado, el 86,3%, que, además, por ser un método de toma de muestra no invasivo, con pocas exigencias para el transporte, se puede tomar directamente en el área de operaciones a muy bajo costo, resulta ser beneficioso para ser usado en los pacientes con leishmaniosis cutánea del Ejército Nacional de Colombia, que se encuentran en las diferentes áreas de operaciones.

Abstract Taking into account that the traditional methods of sampling and diagnosis for cutaneous leishmaniasis , have limitations, such as direct smear, whose sensitivity depends on the professional's expertise, the lesion aspiration that can be used to detect parasites in the lamina, DNA or cultures takes a long time and is demanding, and the biopsy of the lesion that is invasive and painful were compared with the imprinting method on the filter paper of the ulcerative lesion against the traditional method of aspiration by means of the conventional PCR technique using as a target a DNA region of the parasite kinetoplast. In this present work, PCR obtained an imprinting sensitivity of 90.07% compared to the aspirate of 86.3%, which, besides being a non-invasive sampling method, with few transport requirements, it can be taken directly in the area of operations at a very low cost, which turns out to be beneficial to be used in patients with cutaneous leishmaniasis of the National Army of Colombia, who are in different operations areas.

Resumo Considerando que os métodos tradicionais de coleta de amostra e diagnóstico para a leishmaniose cutânea apresentam limitações, como exame direto de esfregaços, cuja sensibilidade depende da perícia do profissional, o raspado de lesão que pode ser usado para a detecção de parasitas em lâmina, seu DNA ou para culturas é demorado e exigente, e a biopsia da lesão que é invasiva e dolorosa, comparou-se com o método in print em papel filtro da lesão ulcerativa contra o método tradicional de aspirado mediante a técnica de PCR convencional utilizando como alvo uma região do DNA do cinetoplasto do parasita. No presente trabalho, a PCR obteve uma sensibilidade para in print de 90,07% comparado com o aspirado, 86,3%, que, além disso, por ser um método de coleta de amostra não invasivo, com poucas exigências para o transporte, pode ser coletado diretamente na área de operações a muito baixo custo, resulta ser benéfico para ser usado nos pacientes com leishmaniose cutânea do Exército Nacional da Colômbia, que se encontram nas diferentes áreas de operações.

Caracterización del gen de fusión RUNX1-RUNX1T1 en pacientes cubanos con leucemia mieloide aguda, 2000-2016 / Characterization of RUNX1-RUNX1T1 fusion gene in Cuban patients with acute myeloid leukemia, 2000-2016

Introducción: el gen de fusión RUNX1-RUNX1T codifica para una proteína quimérica con múltiples efectos en la proliferación, diferenciación y viabilidad de las células leucémicas. Objetivo: describir el comportamiento del RUNX1-RUNX1T1 en pacientes cubanos con dicha enfermedad. Método: Para ello se estudió el gen de fusión RUNX1-RUNX1T1 en 251 pacientes con leucemia mieloide aguda, mediante la reacción en cadena de la polimerasa, en el Instituto de Hematología e Inmunología de La Habana, entre los años 2000 y 2016. Resultados: El 20,3 por ciento (51 pacientes) fue positivo para el gen de fusión RUNX1-RUNX1T1, con una edad comprendida entre los 11 meses y los 80 años, media de 26 años. En los pacientes pediátricos la frecuencia del transcrito fue casi el doble de la de los adultos (29,2 por ciento y 15,3 por ciento, respectivamente) (p= 0,009). Mayor cantidad de pacientes masculinos presentaron el gen quimérico. En menores de 25 años hubo una mayor frecuencia del transcrito (p=0,019) con predominio significativo de la mutación en los adolescentes (p=0,027). Cinco pacientes fueron positivos al RUNX1-RUNX1T1 y a la duplicación interna en tándem del gen FLT3 (12,2 por ciento). Ningún paciente positivo al RUNX1-RUNX1T1 presentó el gen de fusión CBFB-MYH11. La mayor asociación estuvo con la mutación A del gen NPM1 para un 25 por ciento. El debut de la enfermedad se caracterizó por anemia moderada (p= 0,024), trombocitopenia severa (p= 0,004) y gran infiltración medular. La mayor discrepancia entre diagnósticos se concentró entre las variantes morfológicas M2 y M3 (p= 0,000). Conclusiones: En pacientes cubanos la leucemia mieloide aguda con gen de fusión RUNX1-RUNX1T1 positivo, tiene un comportamiento similar a lo descrito internacionalmente con algunas particularidadesen las características hematológicas de presentación de la enfermedad. El estudio molecular es imprescindible para definir el diagnóstico, y la estrategia terapéutica en estos pacientes(AU)

Introduction: The RUNX1-RUNX1T fusion gene codes for a chimeric protein with multiple effects on the proliferation, differentiation and viability of leukemic cells. Objective: To describe the behavior of RUNX1-RUNX1T1 in Cuban patients with this disease. Method: The RUNX1-RUNX1T1 fusion gene was studied in 251 patients with acute myeloid leukemia, through the polymerase chain reaction, at the Institute of Hematology and Immunology of Havana, between 2000 and 2016. Results: The 20.3 percent (51 patients) were positive for the RUNX1-RUNX1T1 fusion gene, with an age between 11 months and 80 years, average of 26 years.In pediatric patients, the transcript frequency was almost twice that of adults (29.2 percent and 15.3 percent , respectively) (p= 0.009). More male patients presented the chimeric gene. There was a higher frequency of the transcript in children under 25 years of age (p= 0.019) with a significant predominance of the mutation in adolescents (p= 0.027).Five patients were positive for RUNX1-RUNX1T1 and for internal tandem duplication of the FLT3 gene (12.2 percent ).No patient positive for RUNX1-RUNX1T1 presented the CBFB-MYH11 fusion gene. The greatest association was with the A mutation of the NPM1 gene for 25 percent . The onset of the disease was characterized by moderate anemia (p= 0.024), severe thrombocytopenia (p= 0.004) and extensive bone marrow infiltration. The greatest discrepancy between diagnoses was concentrated between the morphological variants M2 and M3 (p= 0.000). Conclusions: In Cuban patients, acute myeloid leukemia with a positive RUNX1-RUNX1T1 fusion gene has a behavior similar to that described internationally with some peculiarities in the hematological characteristics of the disease presentation.The molecular study is essential to define the diagnosis, and the therapeutic strategy in these patients(AU)

Hipoacusia neurosensorial no sindrómica: caracterización molecular, desempeño auditivo y tratamiento en pacientes con mutaciones en las conexinas 26 y 30 / Non-syndromic sensorineural hearing loss: molecular characterization, auditory performance, and treatment in patients with connexin 26 and 30 mutations

La hipoacusia congénita o de aparición temprana es un trastorno sensorial muy frecuente en niños. Las causas son diversas, pueden intervenir factores genéticos y/o ambientales. El 80% de la sordera hereditaria es no sindrómica y de herencia autosómica recesiva. Hasta un 50% de estos casos se deben a mutaciones en el locus DFNB1 donde están localizados los genes GJB2 y GJB6, que codifican las conexinas 26 y 30, dos proteínas que se expresan predominantemente en la cóclea. Se han reportado más de 100 mutaciones en el gen GJB2, con una mutación muy frecuente, 35delG, que representa hasta un 85% de los alelos mutados. Una deleción en el gen GJB6, (delGJB6-D13S1830), surge como la segunda mutación más frecuente. La hipoacusia debida a mutaciones en estos genes es de inicio prelocutivo, con un grado de severidad que varía de moderado a profundo, existiendo casos leves en menor proporción, con variaciones inter e intrafamiliares. Es generalmente estable, bilateral, y afecta a todas las frecuencias. El conocimiento de las causas genéticas de la hipoacusia ha permitido contar con nuevas herramientas para el diagnóstico, y como consecuencia, se ha optimizado el asesoramiento genético y facilitado el diagnóstico precoz de los pacientes, incluso en el período prenatal. La detección precoz tiene un impacto inmediato en la implementación de terapias que permiten una estimulación auditiva temprana. En esta revisión se describe el papel de las conexinas en la fisiología auditiva, así como también las características moleculares y audiológicas y el desempeño auditivo con audífonos e implante coclear en pacientes que presentan mutaciones en las conexinas 26 y 30.

Congenital or early appearing hearing loss is a very common sensory disorder in children. The causes for the disorder are diverse and genetic as well as environmental factors may be involved. Overall, 80% of the hereditary deafness is non-syndromic and of autosomal recessive inheritance. Up to 50% of the cases are associated with mutations in the DFNB1 locus that contains the GJB2 and the GJB6 genes encoding connexins 26 and 30, two proteins that are predominantly expressed in the cochlea. More than 100 mutations of the GJB2 have been reported. The 35delG is a common mutation accounting for up to 85% of the mutated alleles. A deletion in the GJB6 gene, (delGJB6-D13S1830), is the second most frequent mutation found. Hearing loss due to mutations in these genes has an onset before speech develops and degree of severity varies from moderate to severe, with a lower incidence of mild cases and inter- and intrafamily variations. The condition is usually stable, bilateral, and affecting all frequencies. Increased knowledge on the genetic causes of hearing loss has allowed for the development of new diagnostic tools and consequently, improvement of genetic counseling and early, even prenatal, diagnosis. Early detection has an immediate impact with implementation of early auditory stimulation therapies. In this review the role of connexins in auditory physiology described, as well as molecular and audiological features and auditory performance with hearing aids and cochlear implants in patients with connexins 26 and 30 mutations.

Investigação molecular de Ehrlichia canis, Anaplasma platys, Anaplasma phagocytophilum e Rickettsia spp. em felídeos selvagens cativos / Molecular investigation of Ehrlichia canis, Anaplasma platys, Anaplasma phagocytophilum and Rickettsia spp. in captive wild felids

Doenças transmitidas por vetores estão emergindo e reemergindo em todo o mundo, representando um desafio na medicina humana e veterinária. Entre essas doenças estão aquelas causadas pelos agentes da ordem das Rickettsiales, que são bactérias Gram-negativas intracelulares obrigatórias, com capacidade de infectar vários animais e seres humanos. As Rickettsiales das espécies Ehrlichia spp. e Anaplasma spp. são observadas em vacúolos citoplasmáticos de leucócitos e plaquetas. As Rickettsiales da espécie Rickettsia spp. infectam livremente citoplasma ou núcleo de células hospedeiras. O objetivo do presente estudo foi investigar a infecção natural por Ehrlichia canis, Anaplasma platys, Anaplasma phagocytophilum e Rickettsia spp. em felídeos selvagens cativos no Distrito Federal e Goiás, Brasil. Além disso, também objetivou-se relacionar possíveis alterações hematológicas decorrentes da presença desses agentes. Amostras de sangue de 34 animais foram analisadas por meio da PCR para detecção de presença de DNA desses agentes. O DNA de Ehrlichia canis foi detectado em 5,8% (2/34) das amostras, A. platys foi detectado 64,7% (22/34), A. phagocytophilum foi detectado em 5,8% (2/34). O DNA de Rickettsia spp. não foi detectado em nenhuma amostra. Dois felídeos apresentaram coinfecção por E. canis e A. platys e dois apresentaram coinfecção por A. platys e A. phagocytophilum. Não houve diferenças significativas nos dados hematológicos das amostras positivas e negativas. Os dados sugerem que os felídeos selvagens cativos podem servir como potenciais reservatórios para Ehrlichia spp. e Anaplasma spp., a despeito de não ocasionarem alterações hematológicas.(AU)

Vector-borne diseases have been emerging and reemerging all over the world, causing a challenge to veterinary and human medicine. Among these diseases are those caused by agents of the order Rickettsiales, obligatory intracellular Gram-negative bacteria, with ability to infect several animals and humans. Rickettsiales of the species Ehrlichia spp. and Anaplasma spp. residing in cytoplasmic vacuoles of leukocytes and platelets. Rickettsiales of the species Rickettsia spp. freely infect cytoplasm or nucleus of host cells. The aim of the present study was to investigate the natural infection with Ehrlichia canis, Anaplasma platys, Anaplasma phagocytophilum and Rickettsia spp. in captive wild felids at the Federal District and Goiás, Brazil. In addition, it was also aimed to relate possible changes in hemogram with the presence of these agents. Blood samples from 34 animals were analyzed by PCR to detect the presence of DNA from these agents. The DNA of Ehrlichia canis was detected in 5.8% (2/34) of samples. A. platys was detected in 64.7% (22/34), A. phagocytophilum was detected in 5.8% (2/34). The DNA of Rickettsia spp. was not detected in any sample. Two felides presented co-infection with E. canis and A. platys, and two presented co-infection with A. platys and A. phagocytophilum. There were no significant differences in hematological data from positive and negative samples. The data suggest that captive wild felids can serve as potential reservoirs for Ehrlichia spp. and Anaplasma spp., despite hematological abnormalities were not observed.(AU)