Dynamics and Energetics of a Bromodomain in complex with bromosporine from Leishmania donovani

Leishmaniasis continues to be a neglected tropical disease, affecting people and animals and causing significant economic losses. Therefore, there is interest in the study and evaluation of new drug targets. In fact, it has been shown that by interfering with lysine-reading proteins such as bromodomain (BMD) there is a decrease in parasite survival. In this study, we researched the dynamics and energetics of the Leishmania donovani BMD in complex with bromosporin, which is considered to be a pan-inhibitor of BMDs, with the aim of understanding the molecular recognition mechanism. Molecular dynamics (MD) and non-equilibrium free energy calculation guided by steered molecular dynamics (SMD) simulations showed that the BMD has three flexible amino acid regions and bromosporin exhibiting various recognition states during the interaction. These results corroborate the promiscuity of bromosporin for energetically favourable sites, with the possibility of expanding its inhibition to other bromodomains. Furthermore, these results suggest that Van der Waals interactions have more relevance for complex recognition and residues ASN-87 and TRP-93 are key in forming hydrophobic and H-bond interactions, respectively. This research provides new insights for understanding the recognition mechanism, dynamics and energetics of the complex for the development of new therapeutic strategies.

La leishmaniasis sigue siendo una enfermedad tropical desatendida, que afecta a personas y animales y causa importantes pérdidas económicas. De ahí el interés por estudiar y evaluar nuevas dianas farmacológicas. De hecho, se ha demostrado que al interferir con proteínas lectoras de lisina como el bromodominio ("bromodomain", BMD) se produce una disminución de la supervivencia del parásito. En este artículo estudiamos la dinámica y la energética del BMD de Leishmania donovani en complejo con bromosporina, que se considera un pan-inhibidor de BMD, con el objetivo de comprender el mecanismo de reconocimiento molecular. Las simulaciones de dinámica molecular (DM) y el cálculo de energía libre de no-equilibrio guiado por dinámica molecular de estiramiento (DMS) mostraron que BMD tiene tres regiones de aminoácidos flexibles y la bromosporina presenta varios estados de reconocimiento durante la interacción. Estos resultados corroboran la promiscuidad de la bromosporina por sitios energéticamente favorables, siendo posible expandir su inhibición a otros bromodominios. Además, los resultados sugieren que las interacciones de Van der Waals tienen más relevancia para el reconocimiento del complejo y los residuos ASN-87 y TRP-93 son clave en la formación de interacciones hidrofóbicas y de puentes de hidrógeno, respectivamente. Esta investigación proporciona nuevos conocimientos para comprender el mecanismo de reconocimiento molecular, la dinámica y la energética del complejo para el desarrollo de nuevas estrategias terapéuticas.

A leishmaniose continua a ser uma doença tropical negligenciada, que afeta os seres humanos e os animais e causa perdas econômicas significativas. Daí o interesse em estudar e avaliar novos alvos de medicamentos. De fato, a interferência com proteínas leitoras de lisina, como o bromo domínio ("bromodomain", BMD), tem demonstrado diminuir a sobrevivência do parasita. Neste trabalho, estudamos a dinâmica e a energética do BMD de Leish-mania donovani em complexo com a bro-mosporina, considerada um pan-inibidor da BMDs, com o objetivo de compreender o mecanismo de reconhecimento molecular. As simulações de dinâmica molecular (MD) e cálculo de energia livre de não-equilíbrio guiada por dinâmica molecular esticamento (MDS) mostraram que o BMD tem três regiões de aminoácidos flexíveis e que a bromosporina apresenta vários estados de reconhecimento durante a interação. Esses resultados corroboram a promiscuidade da bromosporina para locais energeticamente favoráveis, possibilitando a expansão de sua inibição para outros bromodomínios. Além disso, os resultados sugerem que as interações de Van der Waals são mais relevantes no momento do reconhecimento do complexo e os resíduos ASN-87 e TRP-93 são fundamentais na formação de interações hidrofóbicas e de ligações de hidrogênio, respectivamente. Essa pesquisa fornece novos insights para compreender o mecanismo de reconhecimento, a dinâmica e a energética do complexo para o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas.

Síntesis y actividad antiproliferativa de una mezcla de derivados de (+/_) 7-clo-ro-(4-tioalquilquinolina). Inducción de apoptosis y daño sobre el ADn/aRN

Después de las enfermedades cardiovasculares, el cáncer, una patología no transmisible, ha sido considerado como la segunda causa de muertes cada año a nivel global y como la barrera más importante para aumentar la esperanza de vida en el siglo 21. Se han alcanzado avances de gran relevancia en su prevención y tratamiento; sin embargo, existe aún un largo camino por recorrer para alcanzar un tratamiento efectivo para cada tipo de cáncer. En este trabajo se describen enfoques de reposicionamiento y síntesis de moléculas híbridas con potencial actividad antineoplásica. Para obtener el al-dehído intermediario clave, se empleó la metodología de oxidación de Dess-Martin, que fue acoplado con las cetonas correspondientes usando LDA; se generó así una mezcla racémica para cada uno de los compuestos híbridos propuestos. La actividad antiproliferativa in vitro de los compuestos finales se evaluó frente a ocho líneas celulares derivadas de tumores sólidos humanos, y cuatro líneas celulares no cancerosas. El compuesto 11d resulto ser el más efectivo y con mayor índice de seguridad. Los resultados sugirieron que estos compuestos podrían bloquear el ciclo celular e inducir la apop-tosis y la muerte en las células CCRF-CEM de forma dependiente de la dosis in vitro.

After cardiovascular diseases, cancer, a non-communicable pathology, has been considered the second cause of death each year globally and as the most important barrier to increasing life expectancy in the 21st century. Advances of great relevance have been made in its prevention and treatment, however, there is still a long way to go to achieve an effective treatment for each type of cancer. This paper describes approaches to reposition and synthesis of hybrid molecules with potential antineoplastic activity. To obtain the key intermediate aldehyde, the Dess-Martin oxidation methodology was used, which was coupled with the corresponding ketones using LDA. The final hybrid compounds were obtained as a racemic mixture. The in vitro antiproli-ferative activity of the final compounds was evaluated against eight cell lines derived from human solid tumors, and four non-cancerous cell lines. The compound 11d turned out to be the most effective and with the highest safety index. The results suggested that these compounds could block the cell cycle and induce apoptosis and death in CCRF-CEM cells in a dose-dependent manner in vitro.

Depois das doenças cardiovasculares, o câncer, uma patologia não transmissível, tem sido considerado como a segunda causa de mortes a cada ano em todo o mundo e como a barreira mais importante para o aumento da expectativa de vida no século 21. Avanços de grande relevância têm sido feitos na sua prevenção e tratamento, no entanto, ainda há um longo caminho a percorrer para alcançar um tratamento eficaz para cada tipo de câncer. Este artigo descreve abordagens para o reposicionamento e síntese de moléculas híbridas com potencial atividade antineoplásica. Para a obtenção do aldeído intermediário chave, foi utilizada a metodologia de oxidação de Dess-Martin, que foi acoplada com as cetonas correspondentes usando LDA. Os compostos híbridos finais foram obtidos como uma mistura racêmica. A atividade antiproliferativa in vitro dos compostos finais foi avaliada contra oito linhagens celulares derivadas de tumores sólidos humanos e quatro linhagens celulares não cancerosas. O composto 11d revelou-se o mais eficaz e com o maior índice de segurança. Os resultados sugeriram que estes compostos poderiam bloquear o ciclo celular e induzir apoptose e morte em células CCRF-CEM de forma dose-de-pendente in vitro.

Características principales del biocarbón derivado de restos de Theobroma cacao L. para su uso en suelos agrícolas

La incorporación de biocarbono para mejorar los suelos agrícolas está ganando popularidad, pero hay poca información sobre las propiedades del biocarbono derivado de los restos de la cosecha de cacao. En la investigación se determinaron varias características del biocarbono obtenido del proceso de pirólisis de la cáscara de las mazorcas de cacao. Los análisis realizados fueron: porcentajes de fibra lignocelulósica, análisis proximal, estructura microscópica y grupos funcionales. También se realizó con el biocarbón un ensayo de adsorción con Cd+2 mediante un sistema de recirculación con agua, con el fin de obtener las isotermas de Lang-muir y Freundlich (modelos matemáticos de adsorción de moléculas en superficies sólidas). Los contenidos fibrosos abarcaban 56,2% celulosa, 27,07% lignina y 3,15% hemicelulosa. Con 8,15% de humedad y pH 9,86 se obtuvo un promedio de 35,58% de biocarbón. La forma de los poros fue irregular, se confirmó la presencia de los grupos hidroxilo, carboxilo y carbonato. Los modelos de absorción indicaron una capacidad de adsorción máxima de 0,280 mL/g en Langmuir y una intensidad de absorción de Cd+2 de 0,06 en Freundlich. Si bien el biocarbón demostró propiedades adecuadas para suelos ácidos, su capacidad de adsorción resultó limitada en las condiciones evaluadas.

Using biochar to enhance agricultural soils is becoming more popular, but not much is known about the qualities of biochar made from cocoa crop leftovers. The study identified several traits of biochar created from cocoa pod husks through the pyrolysis method. The examination included the following evaluations: levels of lignocellulosic fibre, proximal analysis, microscopic structure, and functional groups. The Langmuir and Freundlich isotherms were evaluated through an aqueous recirculation Cd2+ adsorption assay. The fibrous contents consisted of 56.2% cellulose, 27.07% lignin, and 3.15% hemicellulose. At a moisture content of 8.15% and a pH of 9.86, 35.58% biochar was produced. The pores were not uniform in shape and contained hydroxyl, carboxyl and carbonate groups as identified. According to the isotherms, the Cd2+ that can be adsorbed is 0.280 mL/g at Langmuir, and the Cd2+ adsorption intensity is 0.06 at Freundlich. Even though the biochar had desirable properties for acidic soils, its ability to adsorb was restricted under the tested conditions.

O uso crescente do biocarvão em solos agrícolas justifica uma investigação mais aprofundada de suas propriedades menos conhecidas. Esta pesquisa concentrou-se no biocarvão produzido a partir de resíduos da colheita do cacau e teve como objetivo identificar seus atributos por meio da pirólise da casca da vagem do cacau. As análises realizadas incluíram fibra lignocelulósica, análise proximal, estrutura microscópica e grupos funcionais. As isotermas de Langmuir e Freundlich foram avaliadas por meio de um ensaio de adsorção de Cd2+ em recirculação aquosa. O conteúdo fibroso consistia em 56,2% de celulose, 27,07% de lignina e 3,15% de hemicelulose. Com um teor de umidade de 8,15% e um pH de 9,86, foram produzidos 35,58% de biochar. A estrutura porosa era irregular, indicando a presença de grupos hidroxila, carboxi-la e carbonato. As isotermas mostraram que o modelo de Langmuir tem uma capacidade máxima de adsorção (qmax) de 0,280 mL/g e uma intensidade de ad-sorção de Freundlich de 0,06 para Cd2+. Embora o biochar tenha demonstrado propriedades adequadas para uso agrícola, sua capacidade de adsorção foi limitada nas condições avaliadas.

Drogas emergentes: detección mediante sensores electroquímicos

La cantidad de nuevas sustancias psicoactivas (NSP) aumenta en el mercado global cada año. El uso de tecnologías para la producción y la comercialización de las sustancias sintéticas y una demanda exigente de efectos psicotrópicos más potentes son algunos de los factores que contribuyen al incremento de una oferta más variada, así como a la cantidad de consumidores de algún tipo de droga. El desarrollo de herramientas analíticas fiables con capacidad de respuesta in situ para una evaluación preliminar contribuye, significativamente, con la generación de información para atender casos de intoxicaciones, aplicar correctamente la legislación de los países e, inclusive, aportar datos reales para una reclasificación más objetiva de las drogas basada en criterios científicos. Los sensores electroquímicos han ganado terreno en áreas de las ciencias forenses como la toxicología. El uso de tecnologías especializadas para crear electrodos miniaturizados con modificaciones, principalmente con materiales nanoestructurados, guía el desarrollo de dispositivos portátiles de fácil manipulación, altamente versátiles y que requieren micro-cantidades de la muestra. Asimismo, algunos sensores electroquímicos presentan parámetros de desempeño -como límites de detección (LOD) de hasta 0,608 pg/mL, sensibilidad y precisión- que son analíticamente comparables, bajo ciertas condiciones, con las metodologías convencionales acopladas con la espectrometría de masas, las cuales muestran LOD del orden de magnitud entre 10-9 g/mL y 10-12 g/mL para la determinación de algunas drogas. Esta revisión se enfoca en la aplicación y comparación analítica de los sensores electroquímicos voltamperométricos para la determinación de bencilpiperazina (BZP), meta-clorofenilpiperazina (mCPP), 25B-NBO-Me, dimetiltriptamina (DMT), mefedrona (4-MMC), 4-metiletcatinona (4-MEC) y fentanilo (FYL) en representación de las drogas emergentes que se pueden conseguir actualmente en el mercado de las sustancias psicoactivas.

The number of new psychoactive substances (NPS) is increasing on the drug global market every year. New technologies for the production and marketing of synthetic substances, along with a rigorous demand for more powerful psychotropic effects, are some of the factors that contribute to the increase in a more varied supply, as well as the number of drug users. The development of reliable analytical tools with an on-site response capacity for a preliminary determination contributes significantly to the generation of data for the proper care of situations such as poisoning, the correct application of the country's legislation, and even the provision of objective criteria for the reclassification of the substances. Electrochemical sensors have gained ground in areas of forensic science. The use of specialized technologies to manufacture miniaturized electrodes based on modifications, mainly with nanostructured materials, guides the development of versatile easy-to-handle portable devices that require microquantities of the sample. Likewise, some electrochemical sensors have performance parameters such as detection limits (LOD) up to 0.608 pg/mL, sensitivity and precision that are analytically comparable, under certain conditions, with conventional methodologies coupled with mass detection, which show LOD of the order of magnitude between 10-9 g/mL and 10-12 g/mL for drug determination. This review focuses on the application and comparison of voltammetric electrochemical sensors for the determination of benzylpiperazine (BZP), meta-chlorophenylpiperazine (mCPP), 25B-NBO-Me, dimethyltryptamine (DMT), mephedrone (4-MMC), 4-methylethcathinone (4-MEC) and fentanyl (FYL) representing the emerging drugs available to date on the psychoactive substances market.

A quantidade de novas substâncias psicoativas (NSP) sintéticas aumenta a cada ano no mercado global. A utilização de novas tecnologias de produção e comercialização de substâncias, combinado com uma demanda exigente de efeitos psicotrópicos mais potentes, são alguns dos fatores que contribuem para o aumento de uma oferta mais ampla, assim como a quantidade dos números de consumidores de algum tipo de droga. O desenvolvimento de ferramentas analíticas confiáveis e com uma capacidade de resposta in situ para uma avaliação preliminar, contribuem significativamente para a geração de informações científicas para cuidar casos de envenenamento, aplicar corretamente a lei, e até fornecer dados reais para uma reclassificação mais objetiva de drogas com base em critérios científicos. Sensores eletroquímicos ganharam espaço em áreas da ciência forense. A utilização de tecnologias especializadas para criação de eletrodos miniaturizados com modificações, principalmente com materiais nanoestruturados, norteiam o desenvolvimento de dispositivos portáteis altamente versáteis, de fácil manuseio e que necessitam de microquantidades da amostra. Da mesma forma, alguns sensores eletroquímicos apresentam parâmetros de desempenho -como limites de detecção (LOD) até 0.608 pg/mL, sensibilidade e precisão- que são analiticamente comparáveis, sob certas condições, com metodologias convencionais com detecção de massa -mostram LOD de a ordem de grandeza entre 10-9g/mL e 10-12g/mL para a determinação de determinados medicamentos-. Esta revisão tem como foco a aplicação e comparação analítica de sensores eletro-químicos voltamétricos para determinação de benzilpiperazina (BZP), meta-clorofenilpiperazina (mCPP), 25B-NBOMe, dimetiltriptamina (DMT), mefedrona (4-MMC), 4-metilethcatinona (4-MEC) e fentanilo (FYL), que representam os drogas emergentes disponíveis até o momento no mercado de substâncias psicoativas.

Estudio computacional de las interacciones moleculares entre el timol y los residuos HIS41 y CYS145 presentes en el sitio activo de la proteasa 3CLpro

La proteína proteasa 3CLpro del SARS-CoV-2 es una enzima crucial para la replicación viral, razón por la cual se convierte en un blanco terapéutico de gran importancia. El timol (2-isopropil-5-me-tilfenol), un compuesto natural que se encuentra en el tomillo (Thymus vulgaris), exhibe potencial actividad antiviral contra la proteasa 3CLpro. En este estudio, usando acoplamiento molecular con AutoDockTools-1.5.6, se evaluaron las energías de interacción molecular entre el timol y los residuos de aminoácidos en el sitio activo de la proteína proteasa 3CLpro. Luego, con la teoría cuántica de Átomos en Moléculas (QTAIM) y la de Interacciones no covalentes (NCI) se analizaron los tipos de interacciones moleculares entre los residuos de aminoácidos identificados y el timol. Los cálculos cuánticos se llevaron con el software Orca-5.0.3, utilizando el método DFT con el funcional M06-2X y el conjunto base aug-cc-pVDZ en fase gaseosa. Los resultados de acoplamiento molecular indican que el timol se une a la proteína 3CL con una energía de interacción igual a -3,784 kcal/mol. El análisis QTAIM indica la presencia de puntos críticos de enlace entre el timol y los residuos HIS41 y CYS145. Además, se observa la formación de un enlace de hidrógeno entre el grupo OH del timol y el residuo CYS145, lo cual es corroborado por los análisis ELF (Electron Localization Function) y NCI (Non Covalent Interactions). Finalmente, el método NCI confirma la presencia de interacciones de Van der Waals con el residuo HIS41. Los resultados sugieren que el mecanismo de inhibición de la actividad de la proteína 3CLpro es controlado por interacciones moleculares tipo puente de hidrógeno e interacciones débiles.

The protease 3CLpro of the SARS-CoV-2 is a crucial enzyme for viral replication, becoming a highly important therapeutic target. Thymol (2-isopropyl-5-methyl-phenol), a naturally occurring compound found in thyme, exhibits potential antiviral activity against the 3CLpro protease. In this study, using molecular docking with AutoDockTools-1.5.6, the molecular interaction energies between thymol and amino acid residues in the active site of the protein protease 3CLpro were evaluated. Then, with the Atoms in Molecules (QTAIM) and Non-covalent Interactions (NCI) theories, the types of molecular interactions between identified amino acid residues and thymol were analyzed. Quantum calculations were carried out with the Orca-5.0.3 software using the DFT method with the M06-2X functional and the aug-cc-pVDZ basis set in the gas phase. The molecular docking results indicate that thymol is linked to the 3CL protein with an interaction energy equal to -3.784 kcal/mol. QTAIM analysis indicates the presence of critical binding sites between thymol and residues HIS41 and CYS145. In addition, the formation of a hydrogen bond between the OH group of thymol and the CYS145 residue is observed, which is corroborated by the ELF and NCI analyses. Finally, the NCI method confirms the presence of Van der Waals interactions with the HIS41 residue. The results suggest that the mechanism of inhibition of the activity of the 3CLpro protein is controlled by molecular interactions such as hydrogen bonding and weak interactions.

A protease 3CLpro do SARS-CoV-2 é uma enzima crucial para a replicação viral, tornando-se um alvo terapêutico de grande importÅncia. O timol (2-isopropil-5-me-tilfenol), um composto natural encontrado no tomilho, exibe potencial atividade antiviral contra a protease 3CLpro. Neste estudo, utilizando o docking molecular com o AutoDockTools-1.5.6, foram avaliadas as energias de interação molecular entre o timol e os residuos de aminoácidos no sítio ativo da proteína protease 3CLpro. Em seguida, com a teoria quantica de atomos em moleculas (QTAIM) e da interacões no-covalentes (NCI), foram analisados os tipos de interações moleculares entre os resíduos de aminoácidos identificados e o timol. Os cálculos quÅnticos foram realizados com o software Orca-5.0.3 usando o método DFT com o funcional M06-2X e a base aug-cc-pVDZ definida na fase gasosa. Os resultados do docking molecular indicam que o ti-mol está ligado à proteína 3CL com uma energia de interação igual a -3.784 kcal/ mol. A análise QTAIM indica a presença de sítios de ligação críticos entre o timol e os resíduos HIS41 e CYS145. Além disso, observa-se a formação de uma ponte de hidrogênio entre o grupo OH do timol e o resíduo CYS145, o que é corroborado pelas análises ELF e NCI. Finalmente, o método NCI confirma a presença das interações de Van der Waals com o resíduo HIS41. Os resultados sugerem que o mecanismo de inibição da atividade da proteína 3CLpro é controlado por interações moleculares como ligações de hidrogênio e interações fracas.

Síntesis de tioureas con isoniacida y niacida estructural: test frente a bacterias Gram + y Gram -

Se sintetizaron los compuestos N-(2-ni-cotinoilhidrazina-1-carbonotioil)benzamida (H3L1) y su isómero N-(2-isonicoti-noilhidrazina-1-carbonotioil)benzamida (H3L2) tipo N, S, O dadores, por reacción del isotiocianato de benzoilo con la hidracida nicotínica y la isoniacida, respectivamente. Los compuestos H3L1 y H3L2 fueron caracterizados por 1H-RM-N,13C-RMN, FT-IR y análisis elemental. Se realizó el análisis computacional utilizando las funciones de Fukui para determinar las razones por las cuales no se formaron los 1,2,4-triazoles. Se hicieron pruebas preliminares de los compuestos sintetizados frente a Staphylococcus aureus (Gram+) y Escherichia coli (Gram-). Se demostró importante actividad frente a las bacterias mencionadas.

The compounds N-(2-nicotinoylhydra-zine-1-carbonothioyl)benzamide (H3L1) and its isomer N-(2-isonicotinoylhydra-zine-1-carbonothioyl)benzamide (H3L2) type N, S, O donors, by reaction of benzoyl isothiocyanate with nicotinic hydrazide and isoniazid respectively were synthesized. The H3L1 and H3L2 compounds were characterized by 1H-NMR, 13C-NMR, FT-IR and elemental analysis. Computational analysis using the Fukui functions were performed to determine the reasons why the 1,2,4-triazoles were not formed. Preliminary tests of the synthesized compounds were carried out against Staphylo-coccus aureus (Gram+) and Escherichia coli (Gram-), having demonstrated significant activity against such bacteria.

Os compostos N-(2-nicotinoilhidrazina-1-carbonotioil)benzamida (H3L1) e seu isòmero N-(2-isonicotinoilhidrazina-1-carbonotioil)benzamida foram sintetizados. (H3L2) doadores tipo N, S, O, por reação de isotiocianato de benzoíla com hidrazida nicotínica e isoniazida, respectivamente. Os compostos H3L1 e H3L2 foram caracterizados por 1H-NMR, 13C-NMR, FT-IR e análise elementar. A análise computacional usando as funções de Fukui foi realizada para determinar as razões pelas quais os 1,2,4-triazóis não foram formados. Testes preliminares dos compostos sintetizados foram realizados contra Staphylococcus aureus (Gram+) e Escherichia coli (Gram-), tendo demonstrado atividade significativa contra as referidas bactérias.

Design, synthesis, in silico studies, and antidiabetic activity of several sulfanilamide incorporated 2,3-disubstitut-ed thiazolidin-4-ones

A panel of 2,3-disubstituted thiazolidin-4-ones 4a-n was synthesised from Schiff bases 3a-n derived from sulfanilamide, by reaction with thioglycolic acid. The compounds were characterised by means of IR, NMR, and Mass spectral data. Compounds 4a-n were screened for DPPH scavenging assay and compounds 4e, 4h, 4i, and 4n exhibited moderate activity. Compounds 4e, 4h, and 4i were tested at 200 mg/kg and 4e at 50 mg/kg b.w. orally for antidiabetic activity in fructose induced diabetic rats. They exhibited significant antidiabetic activity compared to the control group. Pioglitazone was used as a standard drug. The tested compounds exhibited better and ignificant serum cholesterol lowering activity when compared with the control and standard groups. They also reduced the triglyceride level after the 21st day; however, it was insignificant when compared to the control group. Compound 4n displayed the highest binding energy when docked with PPAR-γ followed by compounds 4e, 4h, and 4i when compared to pioglitazone. The physicochemical, drug likeness and ADME properties of the title compounds were found to be satisfactory.

Se sintetizó un panel de tiazolidinas-4-onas 2,3-disustituidas 4a-n a partir de las bases de Schiff 3a-n derivadas de la sulfanilamida por reacción con ácido tioglicólico. Los compuestos se caracterizaron por IR, RMN y datos espectrales de masa. Los compuestos 4a-n se analizaron para DPPH y los compuestos 4e, 4h, 4i y 4n mostraron una actividad moderada. Los compuestos 4e, 4h y 4i se probaron a 200 mg/kg y 4e a 50 mg/kg b.w. oralmente para la actividad antidiabética en ratas diabéticas, inducida por fructosa. Los compuestos mostraron una actividad antidiabética muy significativa en comparación con el grupo control. La pioglitazona se utilizó como fármaco estándar. Los compuestos ensayados mostraron una mejor y significativa actividad reductora del colesterol sérico en comparación con los grupos control y estándar. Estos compuestos también redujeron el nivel de triglicéridos después del 21° día, aunque fue insignificante en comparación con el grupo control. El compuesto 4n mostró la mayor afinidad de unión cuando se acopló a PPAR-γ, seguido de 4e, 4h y 4i en comparación con la pioglitazona. Las propiedades fisicoquímicas, la similitud con el fármaco y las propiedades ADME de los compuestos fueron satisfactorias, lo que los convierte en útiles agentes antidiabéticos.

Um painel de 2,3-disubstituído thiazolidina-4-ones 4a-n foram sintetizados a partir de bases Schiff 3a-n derivado da sulfanilamida por reacção com ácido tioglicólico. Os compostos eram caracterizado por IR, NMR e dados espectrais de massa. Os compostos 4a-n foram rastreados para O ensaio DPPH de limpeza radical e os compostos 4e, 4h, 4i e 4n exibiram actividade moderada. Os compostos 4e, 4h e 4i foram testados a 200 mg/kg e 4e a 50 mg/kg de peso corporal por via oral para antidiabéticos. actividade em ratos diabéticos induzidos por frutose. Exibiram uma actividade antidiabética altamente significativa actividade em comparação com o controlo. A pioglitazona foi utilizada como droga padrão. Os compostos testados exibiu uma melhor e significativa actividade de redução do colesterol sérico quando comparado comde triglicéridos após o 21° dia; no entanto, foi insignificante quando comparado com o controlo. O composto 4n mostrou a maior afinidade de ligação quando acoplado com PPAR-γ seguido de 4e, 4h, 4i quando comparado com pioglitazona. O propriedades físico-químicas, de semelhança com drogas e ADME dos compostos do título de propriedade também foram encontrados paraser satisfatórios, tornando-os agentes antidiabéticos úteis.

Síntesis y actividad antifúngica in vitro frente a Fusarium oxysporum de amidas N-alquilsustituidas derivadas de 2-aminoácidos

Una serie de amidas N-alquilsustituidas 1-16 fueron sintetizadas a partir de malonato de dietilo y ésteres de alquilo derivados de los aminoácidos L-triptófano, L-alanina, L-fenilalanina y L-tirosina. Los métodos de síntesis empleados involucraron calentamiento por irradiación de microondas empleando tanto un ácido de Lewis (AlCl3) o 4-dimetilaminopiridina (DMAP) como catalizador y auxiliar nucleofílico, respectivamente. Los resultados sugieren que el uso de irradiación de microondas y de DMAP conlleva mejores rendimientos en un tiempo de reacción más corto. Para ilustrar las diferencias observadas, se presentan las propuestas mecanísticas de cada método de reacción para la formación de amidas N-alquilsustituidas. Finalmente, las amidas sintetizadas se evaluaron en condiciones in vitro frente a Fusarium oxysporum; mostraron actividad antifúngica a diferentes niveles (0,40 mM < IC50 < 29,1 mM), lo cual indicó que las variaciones de la actividad observada de este grupo de compuestos pueden deberse al efecto de la amida acíclica como bioisóstero no clásico de algunas fitoalexinas heterocíclicas.

N-alkyl substituted amides 1-16 were synthesized from diethyl malonate and alkyl esters derived from the amino acids L -tryptophan, L -alanine, L -phenylalanine, and L -tyrosine. In addition, a microwave-assisted protocol was employed using a Lewis acid (AlCl3) or dimethylaminopyridine (DMAP) as a catalyst and nucleophilic auxiliary, respectively, affording the desired compounds. The results suggest that DMAP-catalyzed reactions under microwave irradiation yield higher during short reaction times. Each reaction method's mechanistic proposals for forming N-alkyl-substituted amides are presented to illustrate the observed differences. The synthesized amides were evaluated under in vitro conditions against Fusarium oxysporum. The compounds exhibited antifungal activity at different levels (0.40 mM < IC50 < 29.1 mM). These results indicated that the observed activity variations of this compound group might be due to the effect of acyclic amide as a non-classical bioisostere of some heterocyclic phytoalexins.

Uma série de amidas N-alquil substituídas foram sintetizadas a partir de malonato de dietila e ésteres alquílicos derivados dos aminoácidos ʟ-triptofano, L -alanina, L-fenilalanina e L-tirosina. Os métodos de síntese empregados foram realizados usando aquecimento por irradiação de micro-ondas empregando um ácido de Lewis (AlCl3) ou dimetilaminopiridina (DMAP) como catalisador. Os resultados sugerem que a irradiação de micro-ondas usando DMAP leva a melhores rendimentos em um tempo de reação mais curto. Para ilustrar as diferenças observadas, são apresentadas as propostas mecanísticas de cada método de reação para a formação de amidas N-alquilsubstituídas. Finalmente, as amidas sintetizadas foram avaliadas in vitro contra Fusarium oxysporum, mostrando atividade antifúngica em diferentes níveis (0.40 mM < IC50 < 29.1 mM), o que indica que as variações observadas na atividade desse grupo de compostos podem ser devidas ao efeito de amida acíclica como um bioisóstero não clássico de algumas fitoalexinas heterocíclicas.

A computational predicting of possible inhibitors of the main SARS-CoV-2 protease found in Algerian herbal medicines

COVID-19 is a zoonotic viral disease caused by the SARS-CoV-2 virus. Its abrupt outbreak has caused a tremendous challenge to public health systems due to the rapid spread of the virus. In this sense, a great deal of work has been focused on finding substances from herbal plants to be used against this virus. In order to investigate the molecular interactions between natural metabolites from Algerian herbal plants and the SARS-CoV-2 protease Mpro, computational docking and molecular dynamics were used, also the drug likeness degree and in silico ADMET prediction were carried out in this study. warfarin and catalponol preferentially binds to a pocket of the SARS-Cov-2 Mpro active site that is made up of residues His 41 to Glu 166 and Leu 27 to His 163 with a relatively low binding energy of -7.1 and -6.6 kcal/mol respectively. Dynamic molecular assay further established that only warfarin managed to stay in the active site. The results suggest that warfarin may be an interesting candidate for development as a medical treatment of COVID-19 and more research is proposed, without disregarding its toxicity which deserves to be well studied.

El COVID-19 es una enfermedad zoonótica causada por el virus SARS-CoV-2. Su abrupto brote en años recientes ha supuesto un tremendo desafío para los sistemas de salud pública, como resultado de la rápida propagación del virus. En tal sentido, muchos trabajos se han centrado en encontrar sustancias de origen vegetal, para ser utilizadas contra este virus. Se realizaron estudios de acoplamiento computacional y dinámica molecular para investigar las interacciones moleculares entre los metabolitos secundarios de las plantas herbales argelinas con la Proteasa Mpro del SARS-CoV-2, también se realizaron estudios de semejanza con drogas mediante ADMET computacional. La warfarina y el catalponol se unen preferentemente al sitio activo SARS-Cov-2 Mpro que se compone de residuos His 41 a Glu 166 y Leu 27 a His 163 con una energía de enlace relativamente baja, -7,1 y -6,6 kcal/mol respectivamente. Los ensayos de dinámica molecular establecieron además que sólo la warfarina logró permanecer en el sitio activo. Estos resultados sugieren que la warfarina puede ser un candidato interesante para el desarrollo como tratamiento médico de COVID-19 e instan a realizar más investigaciones, sin dejar de lado estudios de toxicidad respectivos.

A COVID-19 é uma doença zoonótica causada pelo vírus SARS-CoV-2, cujo surto abrupto nos últimos anos representou um tremendo desafio para os sistemas de saúde pública devido à rápida disseminação do vírus. Nesse sentido, muitos trabalhos têm se concentrado em encontrar substâncias de origem vegetal, para serem utilizadas contra esse vírus. Estudos de ancoragem computacional e dinâmica molecular foram conduzidos para investigar as interações moleculares entre metabólitos secundários de ervas argelinas com o SARS-CoV-2 Protease Mpro, estudos de similaridade de drogas também foram conduzidos usando ADMET in silico. A varfarina e o catalponol ligam-se preferencialmente ao sítio ativo SARS-Cov-2 Mpro que é composto pelos resíduos His 41 a Glu 166 e Leu 27 a His 163 com uma energia de ligação relativamente baixa, -7,1 e -6,6 kcal/mol, respectivamente. Ensaios de dinâmica molecular estabeleceram ainda que apenas a varfarina conseguiu permanecer no sítio ativo. Esses resultados sugerem que a varfarina pode ser um candidato interessante para desenvolvimento como tratamento médico para COVID-19 e exigem mais pesquisas, incluindo os respectivos estudos de toxicidade.

Análisis de la mezcla de alcoholes en motor diésel

Debido a que el futuro del petróleo es incierto, en la búsqueda de los combustibles alternativos se ha encontrado que el alcohol es un fuerte candidato como combustible; los alcoholes inferiores más representativos son el metanol y el etanol, los cuales han demostrado en general baja miscibilidad, por lo que pueden generar una separación de fases al ser mezclados después de un cierto tiempo. La única manera de emplearlos en un motor diésel es mezclándolos con biodiésel o con surfactantes. Por el contrario, los alcoholes superiores tienen características más adecuadas para ser mezclados o empleados en el motor diésel. Por su parte, los éteres son una buena opción cuando se trate de combustión piloto en que se considere emplear combustibles gaseosos como el biogás o el syngas en motor diésel dual. En esta investigación se exploran las alternativas que existen para mejorar las características del alcohol, por ejemplo, mezclarlo con biodiésel, biogás, agua o nanopartículas, y también se analizan las emisiones que se producen con las mezclas generadas. El objetivo es indagar las diferencias entre los alcoholes inferiores y los alcoholes superiores de cadena larga, así como las mezclas que se pueden generar para mejorar el rendimiento del motor. Los resultados afirman que los alcoholes de cadena larga tienen mejores propiedades físico-químicas que los alcoholes de cadena corta; el butanol es el único combustible que puede ser transportado y almacenado en las mismas redes de tuberías actuales de los productos petroleros existentes. También se cuenta con la opción de usar el alcohol como combustible piloto en un motor diésel dual; esto puede servir para aplicar una enorme variedad de combustibles tanto líquidos como gaseosos, lo cual hace que las opciones en su aplicación se incrementen. Como conclusión, se recomienda explorar nuevas mezclas analizando sus sinergias con varios combustibles alternativos. La posibilidad de realizar el diesterol-BED genera resultados muy alentadores, por lo que se recomienda seguir haciendo análisis sobre esa línea para encontrar la mezcla óptima.

As the future of oil is uncertain and in the search for alternative fuels, it has been found that alcohol is a strong candidate as a fuel. The most representative lower alcohols are methanol and ethanol, which have generally demonstrated low miscibility so that they can generate phase separation when mixed after a certain period of time. The only way to use them in a diesel engine is to mix them with biodiesel or surfactants. By contrast, higher alcohols have more suitable characteristics to be mixed or used in the diesel engine. In the case of ethers they are a good option when it comes to pilot combustion considering using gaseous fuels such as biogas or syngas in dual diesel engine. This research explores the alternatives that exist to improve the characteristics of alcohol as it can be mixed with biodiesel, biogas, water or nanoparticles and also analyzes the emissions that are generated with the mixtures. The aim of this research is to explore the differences between lower alcohols and long chain upper alcohols, as well as the mixtures that can be generated to improve engine performance. The results of this research claim that long-chain alcohols have better physico-chemical properties than short-chain alcohols, butanol being the only fuel that can be transported and stored in the same current pipeline networks of existing oil products. There is also the option to use alcohol as a pilot fuel in a dual diesel engine. The latter can be used to apply a huge variety of both liquid and gaseous fuels, this makes the options in its application increase. As a conclusion of this work, it is recommended to explore new mixtures analyzing their synergies with various alternative fuels. The possibility of performing diesterol-BED generates very encouraging results, therefore it is recommended to continue to perform analyses on that line to find the optimal mixture.

Na busca por combustíveis alternativos porque o futuro do petróleo é incerto, verificou-se que o álcool é um forte candidato como combustível, onde os álcoois inferiores mais representativos são o metanol e o etanol, que, em geral, demonstraram baixa miscibilidade, de modo que podem gerar separação de fase quando misturadas após um determinado período de tempo, a única forma de as utilizar num motor diesel é misturá-las com biodiesel ou tensioactivos, pelo contrário, os álcoois superiores têm características mais adequadas para serem misturados ou utilizados no motor diesel, no caso dos éteres, são uma boa opção quando se trata de combustão piloto, considerando a utilização de combustíveis gasosos, como biogás ou gás de síntese em motores a diesel duplos, esta pesquisa explora as várias alternativas que existem para melhorar as características do álcool, pois pode ser misturado com biodiesel, biogás, água ou nanopartículas e também analisa as emissões que são geradas com as misturas geradas, O objetivo desta pesquisa é explorar as diferenças entre álcoois inferiores e álcoois superiores de cadeia longa, bem como as misturas que podem ser geradas para melhorar o desempenho do motor. Os resultados desta pesquisa afirmam que os álcoois de cadeia longa têm melhores propriedades físico-químicas do que os álcoois de cadeia curta, sendo o butanol o único combustível que pode ser transportado e armazenado nas mesmas redes de gasodutos atuais que os produtos petrolíferos existentes, há também a opção de usar álcool como combustível piloto em um motor diesel duplo, Este último pode ser usado para aplicar uma enorme variedade de combustíveis líquidos e gasosos, o que aumenta as opções em sua aplicação. Como conclusão deste trabalho recomenda-se explorar novas misturas analisando suas sinergias com vários combustíveis alternativos, a possibilidade de realizar diesterol-BED gera resultados muito encorajadores, portanto, recomenda-se continuar a realizar análises nessa linha para encontrar a mistura ideal.

Biological potentialities and chemical composition of Tarenaya aculeata roots and stems

Plant extracts are rich in secondary metabolites responsible for numerous biological activities. This study aimed to evaluate the antioxidant, antibacterial and photoprotective potentials, toxicity and chemical composition of extracts and fractions of stems and roots of Tarenaya aculeata. Phytochemical analyses were performed at qualitative and quantitative levels to evaluate the classes of secondary metabolites. The sun protection factor (SPF) and antioxidant potentials were determined spectrophotometrically, the antibacterial activity was tested against seven bacteria and the toxicity was evaluated using Artemia salina assay. Phytochemical screening revealed the presence of alkaloids, phenolic compounds, flavonoids, glycosides, tannins and saponins. The levels of phenolic compounds, tannins and alkaloids, SPF and antioxidant potentials showed greater results in the stem (SF) and root (RF) fractions in relation to the stem (SE) and root (RE) extracts. All samples exhibited a broad spectrum of antibacterial activity, with MIC values ranging from 31.25 to 250 Hg mL-1. SE, SF and RF caused mortality in A. salina larvae, with LC50 of 347.06, 34.71 and 85.39 ng mL-1, respectively, whereas RE was non-toxic. Thus, T. aculeata is rich in bioactive secondary metabolites, although further studies will be needed to characterize its chemical constituents and investigate their adverse effects.

Los extractos de plantas son ricos en metabolitos secundarios responsables de numerosas actividades biológicas. Este estudio tuvo como objetivo evaluar el potencial antioxidante, antibacteriano y fotoprotector, ademas de la toxicidad y la composición química de extractos y fracciones de tallos y raíces de Tarenaya aculeata. Se realizaron análisis fitoquímicos a nivel cualitativo y cuantitativo para evaluar las clases de metabolitos secundarios. El factor de protección solar (SPF) y los potenciales antioxidantes se determinaron espectrofotométricamente, la actividad antibacteriana se probó contra siete bacterias y la toxicidad se evaluó mediante el ensayo con Artemia salina. El tamizaje fitoquímico reveló la presencia de alcaloides, compuestos fenólicos, flavonoides, glucósidos, taninos y saponinas. Los niveles de compuestos fenólicos, taninos y alcaloides, SPF y potencial antioxidante mostraron mayores resultados en las fracciones de tallo (SF) y raíz (RF) en relación a los extractos de tallo (SE) y raíz (RE). Todas las muestras exhibieron actividad antibacteriana de amplio espectro, con valores de MIC que oscilaron entre 31,25 y 250 Hg mL-1. SE, SF y RF causaron mortalidad en larvas de A. salina, con CL50 de 347,06; 34,71 y 85,39 µg mL-1, respectivamente, mientras que RE no fue tóxico. Por tanto, T. aculeata es rica en metabolitos secundarios bioactivos, aunque se necesitarán más estudios para caracterizar sus componentes químicos e investigar sus efectos adversos.

Extratos vegetais são ricos em metabólitos secundários responsáveis por inúmeras atividades biológicas. Este estudo teve como objetivo avaliar os potenciais antioxidante, antibacteriano e fotoprotetor, toxicidade e composição química de extratos e frações de caules e raízes de Tarenaya aculeata. Análises fitoquímicas foram realizadas em níveis qualitativo e quantitativo para avaliar as classes de metabólitos secundários. Fator de proteção solar (FPS) e potenciais antioxidantes foram determinados espectrofotometricamente, a atividade antibacteriana testada contra sete bactérias e a toxicidade avaliada pelo ensaio com Artemia salina. A triagem fitoquímica revelou a presença de alcaloides, compostos fenólicos, flavonoides, glicosídeos, taninos e saponinas. Os teores de compostos fenólicos, taninos e alcaloides, FPS e potencial antioxidante apresentaram maiores resultados nas frações caule (SF) e raiz (RF) em relação aos extratos de caule (SE) e raiz (RE). Todas as amostras exibiram atividade antibacteriana de amplo espectro, com valores de MIC variando de 31,25 a 250 µg mL-1. SE, SF e RF causaram mortalidade em larvas de A. salina, com LC50 de 347,06, 34,71 e 85,39 Hg mL-1, respectivamente, enquanto RE não foi tóxico. Portanto, T. aculeata é rico em metabólitos secundários bioativos, embora mais estudos sejam necessários para caracterizar seus constituintes químicos e investigar seus efeitos adversos.

Nuevas tecnologías de adsorción y factores de influencia para iones Cd (II) y Pb (II) - una revisión

La contaminación por metales pesados es un problema de salud pública y ambiental; la contaminación por plomo (Pb) y cadmio (Cd) causa graves daños a la salud humana y a los ecosistemas, especialmente a los acuáticos. En vista de este problema, el estudio tiene como objetivo buscar en la literatura investigaciones relevantes sobre tecnologías de adsorción para iones Cd (II) y Pb (II), en aguas superficiales y efluentes industriales. La búsqueda de trabajos se realizó en las bases de datos Scopus, Web of Science, CAB, ScienceDirect e Engineering Village, utilizando los términos "Tecnologías de adsorción", "Cd (II)", "Pb (II)", "Adsorción iónica", "Medios de influencia" y "Adsorción de Cd (II) y Pb (II)", y analizados con la ayuda del software Rayyan y el Microsoft Excel. El análisis de los estudios mostró una extensa diversidad de materiales con capacidad adsorbente, como nanocompuestos, aplicación de microorganismos y biomasas vegetales. Entre los materiales adsorbentes destacó el uso de bacterias del género Bacillus sp. y la aplicación de quitosano libre o asociado; los nanocompuestos basados en quitosano mostraron una capacidad de adsorción de hasta el 98% para el ion Pb (II). El uso del macrófito Potamogetón malaianus permite obtener altos resultados en la adsorción de cadmio en agua; por medio de la fitorremediación la adsorción se produce rápidamente (2 h) y logra un equilibrio dinámico en menos de 72 h. La adsorción media para iones Cd (II) es del 94%, con una capacidad de adsorción en equilibrio de 6,296,97 mg/kg. Entre los medios de influencia, el pH, la temperatura, la dosis de adsorbente, el tiempo de contacto y la concentración de iones son los principales factores que interfieren en la actividad adsorbente.

Heavy metal contamination is a public and environmental health problem, lead (Pb) and cadmium (Cd) contamination cause serious damage to human health and ecosystems, especially aquatic. In view of this problem, the study aimed to search the literature for relevant research on adsorption technologies for Cd (II) and Pb (II) ions, in surface water and industrial effluents. The search for works took place in the databases Scopus, Web of Science, CAB, ScienceDirect and Engineering Village, using the terms "Adsorptive Technologies", "Cd (II)", "Pb (II)", "Ion adsorption", "Means of influence" and "Adsorption of Cd (II) and Pb (II)", and analyzed with the help of Rayyan and Microsoft Excel software. The analysis of the studies showed an extensive diversity of materials with adsorbent capacity, such as nanocomposites, application of microorganism, and plant biomasses. Among the adsorbent materials highlighted the use of bacteria of the genus Bacillus sp. and application of chitosan freely or associated, nanocomposites based on chitosan showed adsorptive capacity of up to 98% for Pb ion (II). The use of the macrophyte Potamogetón malaianus allows to obtain high results in the adsorption of cadmium in water, through phytoremediation, adsorption occurs quickly (2 h) and achieves a dynamic equilibrium in less than 72 h. The average adsorption for Cd (II) ions is 94%, with an equilibrium adsorption capacity of 6.29-6.97 mg/kg. Among the means of influence, pH, temperature, adsorbent dosage, contact time and ion concentration are the main factors that interfere in adsorbent activity.

A contaminação por metais pesados é um problema de saúde pública e ambiental, contaminação por chumbo (Pb) e cadmio (Cd) provocam graves danos à saúde humana e aos ecossistemas, principalmente aquático. Em vista dessa problemática, o estudo objetivou buscar na literatura pesquisas relevantes sobre tecnologias de adsorção para íons Cd (II) e Pb (II), em águas superficiais e efluentes industriais. A busca por trabalhos se deu nas bases de dados Scopus, Web of Science, CAB, ScienceDirect e Engineering Village, com uso dos termos "Tecnologias adsortivas", "Cd (II)", "Pb (II)", "Adsorção de íons", "Meios de influência" e "Adsorção de Cd (II) e Pb (II)", e analisados com auxílio do software Rayyan e Microsoft Excel. A análise dos trabalhos demostrou uma extensa diversidade de materiais com capacidade adsorvente, como nanocompósitos, aplicação de microrganismo e biomassas vegetais. Entre os materiais adsorventes de destacou a utilização de bactérias do gênero Bacillus sp. e aplicação de quitosana de forma livre ou associada, nanocompósitos a base de quitosana demostraram capacidade adsortiva de até 98% para íon Pb (II). O uso da macrófita Potamogeton malaianus permite obter altos resultados na adsorção de cádmio em água, através da fitorremediação, a adsorção ocorre rapidamente (2 h) e atinge um equilíbrio dinâmico em menos de 72 h. A adsorção média para íons Cd (II) é de 94%, com uma capacidade de adsorção de equilíbrio de 6,296,97 mg/kg. Entre os meios de influência, o pH, temperatura, dosagem do adsorvente, tempo de contato e concentração de íons são os principais fatores que interferem na atividade adsorvente.

Evaluación y caracterización de la sirtuina 2.3 de Giardia duodenalis (CdSir2.3)

La giardiasis es la enfermedad gastrointestinal de mayor incidencia mundial, causada por el protozoario Giardia duodenalis, para la cual no se cuenta con una vacuna o tratamiento eficiente. En aras de buscar nuevos blancos farmacológicos contra este parásito, se han estudiado las enzimas del metabolismo energético, como las sirtuinas, deacetilasas dependientes del dinucleótido de adenina y nicotinamida (NAD). Previamente se identificó a GdSir2.1 y GdSir2.2 como deacetilasas dependientes de NAD, con localizaciones subcelulares diferentes. En este trabajo se estudió otro candidato a sirtuina (GdSir2.3) mediante herramientas bioinformáticas para la identificación de características típicas de la familia sirtuina en la secuencia del candidato, y experimentales como la obtención de la proteína recombinante 6xHis-GdSir2.3 que demostró actividad deacetilasa dependiente de NAD y que sirvió como antígeno en la producción de los IgY - α -6xHis-GdSir2.3 para la localización subcelular de la proteína endógena en G. duodenalis. Lo anterior concuerda con otros estudios donde se señala a GdSir2.3 como un importante regulador de la enquistación, debido a su aumento de expresión durante esta etapa del ciclo de vida, constituyéndola como un blanco farmacológico promisorio para el control de esta parasitemia.

Giardiasis is the gastrointestinal disease with the highest incidence worldwide, caused by the protozoan Giardia duodenalis, for which there is no vaccine or efficient treatment. In order to find new pharmacological targets against this parasite, energy metabolism enzymes such as sirtuins, deacetylases dependent on the nicotinamide adenine dinucleotide (NAD), have been studied. GdSir2.1 and GdSir2.2 were previously identified as NAD-dependent deacetylases, with different subcellular locations. In this work, another candidate for sirtuin (GdSir2.3) was studied using bioinformatic tools for the identification of typical characteristics of the sirtuin family in the sequence of the candidate; and experimental ones such as obtaining the recombinant protein 6xHis-GdSir2.3 that demonstrated NAD-dependent deacetylase activity; and that it served as an antigen in the production of IgY - α - 6xHis-GdSir2.3 for the subcellular localization of the endogenous protein in G. duodenalis. The foregoing is consistent with other studies where GdSir2.3 is indicated as an important regulator of encyst due to its increased expression during this stage of the life cycle, constituting it as a promising drug target for the control of this parasitaemia.

A giardíase é a doença gastrointestinal de maior incidência no mundo, causada pelo protozoário Giardia duodenalis, para a qual não existe vacina ou tratamento eficaz. Com o objetivo de encontrar novos alvos farmacológicos contra esse parasita, têm sido estudadas enzimas do metabolismo energético, como as sirtuínas, desacetilases dependentes do dinucleotídeo adenina nicotinamida (NAD). GdSir2.1 e GdSir2.2 foram previamente identificados como desacetilases dependentes de NAD, com diferentes localizações subcelulares. Neste trabalho, outro candidato a sirtuin (GdSir2.3) foi estudado usando ferramentas de bioinformática para a identificação de características típicas da família sirtuin na sequência do candidato; e experimentais, como a obtenção da proteína recombinante 6xHis-GdSir2.3 que demonstrou atividade desacetilase dependente de NAD; e que serviu como antígeno na produção de IgY - α - 6xHis-GdSir2.3 para a localização subcelular da proteína endógena em G. duodenalis. O exposto é consistente com outros estudos em que o GdSir2.3 é apontado como um importante regulador de encisto devido à sua expressão aumentada durante esta fase do ciclo de vida, constituindo-se como um alvo promissor para o controle dessa parasitemia.

Use of X-Ray Photoelectron Spectroscopy as an analytical tool for the study of contamination by Teflon in the synthesis of Mo(VI)Cl2O2Bipy/ TiO2 catalysts

The preparation of catalysts can involve various sources of contamination, which can seriously affect the quality of the prepared materials. In the present work, a case of fluorine contamination in a set of catalyst samples was studied, in which using the X-Ray Photoelectron Spectroscopy (XPS) technique, it was evidenced by the F 1s signal that this element was present in the form of Teflon, since its binding energy corresponded mainly to the CF2 species. Furthermore, using the C 1s signal, it was also possible to corroborate the presence of the CF2 group, which is associated with the main component of the Teflon carbon chains. The use of this information made it possible to identify that the solvent dehydration procedure (previous step to obtaining the catalysts) could lead to contamination with Teflon since it involved various accessories with Teflon, organic solvents and high temperature; the Teflon tape and the magnetic stirrer being the possible sources of contamination.

La preparación de catalizadores puede contener diversas fuentes de contaminación, las cuales pueden afectar seriamente las propiedades de los materiales preparados. En este artículo se estudió un caso de contaminación con flúor en una serie de muestras de catalizadores. Empleando la técnica de espectroscopia fotoelectrónica de rayos X (XPS) se evidenció la presencia de flúor en la superficie de los materiales, el cual estaba asociado al polímero teflón, ya que su energía de enlace correspondía principalmente con la de la especie CF2. Además, empleando la señal C 1s, se logró corroborar la presencia de la especie CF2, el cual está asociado al componente principal de las cadenas carbonadas de teflón. El uso de la información obtenida por XPS permitió determinar que durante la deshidratación del solvente (paso previo para la obtención de los catalizadores en el cual se emplean solventes orgánicos y alta temperatura) se podría estar llevando a cabo la contaminación con teflón, ya que este componente está presente en diversos accesorios empleados en el proceso de deshidratación, siendo la cinta de teflón y el agitador magnético las posibles fuentes de contaminación.

A preparação de catalisadores pode conter diversas fontes de contaminação, as quais podem afeitar seriamente as propriedades dos materiais preparados. No presente trabalho estudou-se um caso de contaminação com flúor numa série de amostras de catalisadores. Usando a técnica da espectroscopia fotoeletrônica de raios X (XPS), evidenciou-se a presença de flúor na superfície dos materiais, o qual estava associado ao polímero Teflon, já que sua energia de ligação correspondia principalmente à da espécie CF2. Além disso, usando a sinal C 1s, foi possível corroborar a presença do grupo CF2, o qual está associado ao componente principal das cadeias carbônicas do Teflon. O uso da informação obtida por XPS permitiu determinar que durante a desidratação do solvente (passo prévio para a obtenção dos catalisadores no qual são usados solventes orgânicos e alta temperatura) tem-se a contaminação com Teflon, já que este componente está presente em diversos acessórios utilizados no processo de desidratação, sendo a fita do Teflon e o agitador magnético as possíveis fontes da contaminação.

Validación de un método mul-tirresiduo para la determinación de medicamentos veterinarios en trucha y langostino

Este estudio se realizó con el objetivo de desarrollar y validar un método para la determinación de 30 medicamentos veterinarios en muestras de trucha y langostino. El método utiliza extracción en fase sólida dispersiva (dSPE) con C18 y detección por cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas. Se determinó linealidad, veracidad (porcentaje de recuperación), repetitividad y reproducibilidad intralaboratorio (porcentaje de desviación estándar relativa (% RSD)), límites de detección (LoD), límites de cuantificación (LoQ), selectividad e incertidumbre. La recuperación varió de 70 a 120% y la repetibilidad y la reproducibilidad fueron menores de 20% de la desviación estándar relativa. La selectividad fue adecuada, sin picos interferentes. Las relaciones iónicas cumplieron con los criterios de confirmación. Los coeficientes de determinación (R2) fueron mayores de 0,99, con excepción de la sulfaquinoxalina en langostino (R2 = 0,97). Los LoD y los LoQ variaron entre 0,6 µg/kg y 12,8 µg /kg y los valores de incertidumbre entre 6 µg/kg y 49 µg/ kg. Se analizaron adicionalmente 6 muestras de diferentes mercados de Lima y se detectaron trazas de algunos medicamentos incluidos en el ensayo. El método es adecuado para el análisis de residuos de medicamentos veterinarios y se recomienda su aplicación en los programas nacionales de monitoreo de la inocuidad de truchas y langostinos provenientes de acuicultura.

The study was aimed at developing and validate an analysis method to determine residues of 30 veterinary drugs in rainbow trout and shrimp specimens. The method involves extraction in dispersive solid phase with C18 and the subsequent detection through liquid chromatography coupled to mass spectrometry. Validation was done through determination of linearity, trueness (% of recovery), repeatability and intralaboratory reproducibility, limits of detection (LoD), limits of quantification (LoQ) selectivity and uncertainty. Recovery ranged from 70 to 120% and repeatability and intralaboratory reproducibility were lower than 20%. Selectivity was adequate, without interference peaks. Likewise, the ionic relationships met the confirmation criteria. The linearity was adequate, with determination coefficients (R2) above 0.99, except for sulfaquinolaxin in shrimp specimens (R2 = 0,97). LoD and LoQ varied from 0,6 µg /kg to 12,8 µg / kg. Limits of uncertainty ranged from 6 µg /kg to 49 µg /kg. The method was used to analyze 6 samples from different markets in Lima (Peru), identifying traces of some drugs included in the study. Our results show that the method is adequate for the analysis of veterinary drug residues and allow us to recommend its application in national monitoring programs, to assess the safety of rainbow trout and shrimp specimens from aquaculture.

O estudo foi realizado com o objetivo de desenvolver e validar um método para a determinação de 30 medicamentos veterinários, em amostras de truta e camarão. O método utiliza extração dispersiva em fase sólida com C18 e detecção por cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas. Foram determinados a linearidade, a veracidade (recuperação percentual), a repetibilidade, a reprodutibilidade intra-laboratorial, os limites de detecção (LoD) e de quantificação (LoQ), a linearidade, a selectividade e a incerteza. A recuperação variou de 70 a 120%, a repetibilidade e reprodutibilidade estiveram abaixo do 20% do desvio padrão relativo. A selectividade fio adequada, sem picos de interferentes. As proporções de íons atenderam aos critérios de confirmação. Os coeficientes de determinação (R2) foram superiores a 0,99, com excepção da sulfanoxalina em camarão (R2 = 0,97). LoD e LoQ variavam entre 0,6 µg /kg e 12,8 µg /kg e valores de incerteza entre 6 µg /kg e 49 µg / kg. Seis amostras de mercados do Lima foram adicionalmente analisadas e foram detectados vestígios de alguns medicamentos incluídos no estudo. O método é adequado para o análise de resíduos de medicamentos veterinários e sua aplicação é recomendada em programas nacionais de controlo da segurança da truta e do camarão provenientes da aquicultura.

Comportamiento de la amoxicilina en agua mediante métodos de solvatación implícita y explícita

El comportamiento molecular de la amoxicilina en agua fue explorado con solvatación implícita y explícita mediante dos estrategias que combinan diferentes técnicas de simulación molecular para evaluar el alcance de estos procedimientos. Con estas dos estrategias de cálculo computacional, la conformación molecular de la amoxicilina fue determinada en fase acuosa. En la primera estrategia se utilizó el generador de conformaciones Ballon-v1.8.2 y la estabilidad de las conformaciones en agua fue evaluada utilizando la energía libre de solvatación determinada con el método de solvatación implícita SMD. En la segunda estrategia, con la dinámica molecular tipo NVT fue evaluado el arreglo espacial de esta molécula en agua y, además, la interacción molecular entre la amoxicilina y el agua fue evaluada en esta simulación. Los resultados obtenidos muestran que la conformación de la amoxicilina más estable en fase acuosa es la plegada. Además, los valores de energías de solvatación de -121,42 y -14,58 kJ/mol obtenidos con solvatación implícita y dinámica molecular sugieren que esta molécula tiene una alta afinidad por el agua. Las funciones distribución radial y espacial sugieren que se forman 3 capas de solvatación alrededor de la amoxicilina y que esta molécula tiene una región altamente hidrofílica. Finalmente, la estrategia usando dinámica molecular permite obtener mejores conformaciones en equilibrio que la estrategia de simulación usando el generador de conformaciones Ballon-v1.8.2.

The molecular behavior of amoxicillin in water was explored with implicit and explicit solvation using two strategies that combine different molecular simulation techniques to assess the scope of these procedures. With these two computational calculation strategies, the molecular conformation of amoxicillin was determined in aqueous phase. In the first strategy, the conformation generator Ballon-v1.8.2 was used and the stability of the conformations in water was evaluated using the solvation free energy determined with the SMD implicit solvation method. In the second strategy, with NVT-type molecular dynamics, the spatial arrangement of this molecule in water was evaluated and, in addition, the molecular interaction between amoxicillin and water was evaluated in this simulation. The results obtained show that the most stable conformation of amoxicillin in the aqueous phase is the folded one. In addition, the solvation energy values of -121.42 and -14.58 kJ/mol obtained with implicit solvation and molecular dynamics suggest that this molecule has a high affinity for water. The radial and spatial distribution functions suggest that 3 solvation shells form around amoxicillin and that this molecule has a highly hydrophilic region. Finally, the strategy using molecular dynamics allows to obtain better equilibrium conformations than the simulation strategy using the Ballon-v1.8.2 conformation generator.

O comportamento da amoxicilina em água foi analisado com solvatação implícita e explícita mediante duas estratégias que combinam diferentes técnicas de simulação molecular para avaliar o escopo destes procedimentos. Com estas duas estratégias de cálculo computacional, a conformação molecular da amoxicilina foi determinada em fase aquosa. Na primeira estratégia, utilizou-se o gerador de conformação do software Ballon-v1.8.2 e avaliou-se a estabilidade das conformações em água a partir da energia livre de solvatação determinada pelo método de solvatação implícita SMD. Na segunda estratégia, avaliou-se o arranjo espacial da amoxicilina e sua interação com a água através de simulações de dinâmica molecular NVT. Os resultados obtidos mostram que a conformação dobrada é a mais estável em fase aquosa. Ademais, os valores de energía de solvatação de -121,42 e -14,58 kJ/mol obtidos com solvatação implícita e dinâmica molecular sugerem que esta molécula possui alta afinidade pela água. As funções de distribuição radial e espacial sugerem que se formam 3 camadas de solvatação ao redor da amoxicilina e que esta molécula possui uma região altamente hidrofílica. Finalmente, a estratégia usando dinâmica molecular permite obter melhores conformações de equilíbrio do que a estratégia de simulação usando o gerador de conformação do software Ballon-v1.8.2.

Reconocimiento de rutas biosintéticas para semioquímicos mediante técnicas de aprendizaje de máquina

En este trabajo consideramos 148 semioquímicos reportados para la familia Scarabaeidae, cuya estructura química fue caracterizada empleando un conjunto de 200 descriptores moleculares de cinco clases distintas. La selección de los descriptores más discriminantes se realizó con tres técnicas: análisis de componentes principales, por cada clase de descriptores, bosques aleatorios y Boruta-Shap, aplicados al total de descriptores. A pesar de que las tres técnicas son conceptualmente diferentes, seleccionan un número de descriptores similar de cada clase. Propusimos una combinación de técnicas de aprendizaje de máquina para buscar un patrón estructural en el conjunto de semioquímicos y posteriormente realizar la clasificación de estos. El patrón se estableció a partir de la alta pertenencia de un subconjunto de estos metabolitos a los grupos que fueron obtenidos por un método de agrupamiento basado en lógica difusa, C-means; el patrón descubierto corresponde a las rutas biosintéticas por las cuales se obtienen biológicamente. Esta primera clasificación se corroboró con el empleo de mapas autoorganizados de Kohonen. Para clasificar aquellos semioquímicos cuya pertenencia a una ruta no quedaba claramente definida, construimos dos modelos de perceptrones multicapa, los cuales tuvieron un desempeño aceptable.

In this work we consider 148 semiochemicals reported for the family Scarabaeidae, whose chemical structure was characterized using a set of 200 molecular descriptors from five different classes. The selection of the most discriminating descriptors was carried out with three different techniques: Principal Component Analysis, for each class of descriptors, Random Forests and Boruta-Shap, applied to the total of descriptors. Although the three techniques are conceptually different, they select a similar number of descriptors from each class. We proposed a combination of machine learning techniques to search for a structural pattern in the set of semiochemicals and then perform their classification. The pattern was established from the high belonging of a subset of these metabolites to the groups that were obtained by a grouping method based on fuzzy C-means logic; the discovered pattern corresponds to the biosynthetic pathway by which they are obtained biologically. This first classification was corroborated with Kohonen's self-organizing maps. To classify those semiochemicals whose belonging to a biosynthetic pathway was not clearly defined, we built two models of Multilayer Perceptrons which had an acceptable performance.

Neste trabalho consideramos 148 semioquímicos reportados para a família Scarabaeidae, cuja estrutura química foi caracterizada usando um conjunto de 200 descritores moleculares de 5 classes diferentes. A seleção dos descritores mais discriminantes foi realizada com três técnicas diferentes: Análise de Componentes Principais, para cada classe de descritores, Florestas Aleatórias e Boruta-Shap, aplicadas a todos os descritores. Embora as três técnicas sejam conceitualmente diferentes, elas selecionaram um número semelhante de descritores de cada classe. Nós propusemos uma combinação de técnicas de aprendizado de máquina para buscar um padrão estrutural no conjunto de semioquímicos e então realizar sua classificação. O padrão foi estabelecido a partir da alta pertinência de um subconjunto desses metabólitos aos grupos que foram obtidos por um método de agrupamento baseado em lógica fuzzy, C-means; o padrão descoberto corresponde às rotas biossintéticas pelas quais eles são obtidos biologicamente. Essa primeira classificação foi corroborada com o uso dos mapas auto-organizados de Kohonen. Para classificar os semioquímicos cuja pertença a uma rota não foi claramente definida, construímos dois modelos de Perceptrons Multicamadas que tiveram um desempenho aceitável.

The effect of the acid pretreatment temperature of natural diatomaceous earth on the Si/Al ratio of ZSM-5 zeolite

La tierra de diatomea boliviana es una fuente de silicio potencialmente más económica en comparación a los reactivos de alta pureza comúnmente utilizados para la síntesis de zeolitas. Dada su composición compleja es necesario realizarle un pretratamiento ácido con el fin de reducir las impurezas y regular el contenido de aluminio. En este artículo se realizaron múltiples experimentos durante la etapa de pretratamiento ácido. La temperatura del pretratamiento ácido fue modificada en un rango entre 50 y 155 °C esto con el fin de determinar su efecto en la relación Si/Al final. Los resultados mostraron que la relación Si/Al puede ser modulada en un rango entre 6,2 y 38,1. Posteriormente, se obtuvieron zeolitas a partir de la tierra de diatomea modificada. Las zeolitas obtenidas presentaron una relación Si/Al entre 9,6 y 40,2. Se aplicaron distintas técnicas de caracterización para la determinación de las propiedades. El grado de cristalinidad y el área superficial específica están directamente relacionadas con la relación Si/Al. Los sitios ácidos están conformados por ácidos fuertes de tipo Brönsted y ácidos fuertes y débiles de tipo Lewis. Para la zeolita con menor relación Si/Al se determinó una elevada acidez total (>0,51 molNH3/Kgzeolita), mientras que para la zeolita con mayor relación Si/Al la acidez total se redujo considerablemente (<0,38 molNH3/Kgzeolita).

Bolivian diatomaceous earth is a potentially lower cost silica source than conventional high purity reagents used in zeolite synthesis. Due to its complex composition, it is necessary to pre-treat it with sulfuric acid in order to reduce impurities and regulate the aluminum content. In the present work several experiments were carried out with natural Bolivian diatomaceous earth in the pre-treatment stage. In order to determine the effect on the final Si/Al ratio, the temperature of the acid pre-treatment was varied between 50 to 155 °C. The results show that the Si/Al ratio can be modulated from 6.2 up to 38.1. These treated diatomaceous earth samples were used to synthetise ZSM-5 zeolite. The obtained ZSM-5 zeolites have a Si/Al ratio in the following range: 9.6 to 40.2. XRD, NH3-TPD and Nitrogen Physisorption techniques were used to characterise the properties of the obtained zeolites. The degree of crystallisation and the specific surface area are directly related to the Si/Al ratio, resulting in high values at high Si/Al ratios. The acid sites are composed of strong Brönsted acid sites and, strong and weak Lewis acid sites. For the zeolite with a low Si/Al ratio a high total acidity was found (>0.51 molNH3/Kgzeolite), while at high Si/Al ratios the total acidity is reduced (<0.38 molNH3/Kgzeolite).

A terra diatomácea boliviana é uma fonte potencialmente mais barata de silício em comparação com os reagentes de alta pureza comumente usados para a síntese de zeólitas. Dada a sua composição complexa, é necessário realizar um pré-tratamento ácido para reduzir as impurezas e regular o teor de alumínio. No presente trabalho, vários experimentos foram realizados durante a etapa de pré-tratamento ácido. A temperatura do pré-tratamento ácido foi modificada em uma faixa entre 50 e 155 °C para determinar seu efeito na relação Si/Al final. Os resultados mostram que a razão Si/Al pode ser modulada em uma faixa entre 6,2 e 38,1. Posteriormente, as zeólitas foram obtidas a partir de terra diatomácea modificada. As zeólitas obtidas possuem uma razão Si/Al entre 9,6 e 40,2. Diferentes técnicas de caracterização foram aplicadas para determinar as propriedades. O grau de cristalinidade e a área superficial específica estão diretamente relacionados com a razão Si/Al. Os sítios ácidos são compostos por ácidos fortes do tipo Brönsted e ácidos fortes e fracos do tipo Lewis. Para a zeólita com menor relação Si/Al, foi determinada uma alta acidez total (>0,51 molNH3/Kgzeólita), enquanto para a zeólita com maior relação Si/Al, a acidez total foi consideravelmente reduzida (<0,38 molNH3/Kgzeolita).

Extraction and analysis of apoplastic phenolic metabolites in carnation roots and stems (Dianthus caryo-phyllus L) / Extracción y análisis de metabolitos fenólicos apoplásticos en raíz y tallo de clavel (Dianthus caryophyllus L) / Extração e análise do meta-bólitos fenólicos apoplásticos na raiz e caule do craveiro (Dianthus caryophyllus L)

Abstract The present study outlines the conditioning of various parameters for the efficient removal of the apoplastic fraction of carnation enriched in polar compounds, mainly phenolics. Several studies can apply the described workflow to different plant species in the particular or global analysis of those metabolites in this peripheral extracellular space. Hence, using carnation (Dianthus caryophyllus L) roots and stems, we evaluated different infiltration solutions for removing apoplastic metabolites. The best outcome was obtained by using the buffer solution NaH2PO4-Na2HPO4 0.1 M pH 6.5/NaCl 50 mM, since the highest amount of apoplastic phenolic metabolites can be obtained with the slightest contamination of intracellular compounds. The metabolites were separated using HPLC-DAD-ESI-MS, affording chromatographic profiles with reasonable quality parameters based on resolution, selectivity, and number of theoretical plates. It was possible to identify eight differential compounds (one flavone and seven flavonols), whose core moieties consisted of (iso)pratol, kaempferide, (dihydro)kaempferol, quercetin, and myricetin-type flavonoids according to the test organ and the cultivar. We deduced that identified flavonoids are related to phytoanticipin-type metabolites in carnation, such as hydroxy-methoxyflavone, di-o-benzoylquercetin, and kaempferide disalicyloylrhamnoside, which are abundantly present in the resistant cultivar. The conditions described in this work are fundamental for delving into the role of apoplastic phenolic metabolites related to the defense mechanisms of this ornamental plant.

Resumen En el presente estudio se describe el acondicionamiento de algunos parámetros con fines de obtención eficiente de extractos apoplásticos enriquecidos en compuestos polares, principalmente fenólicos. Este flujo de trabajo descrito, incluso, puede ser aplicado a diferentes especies vegetales para ser empleado en el análisis particular o global de metabolitos en este espacio extracelular periférico. Para ello, usando raíces y tallos de clavel (Dianthus cariophyllus L), se evaluaron diferentes soluciones de infiltración para la extracción de los metabolitos apoplásticos. El mejor resultado se logró con la disolución amortiguadora NaH2PO4-Na2HPO4 0,1 M pH 6,5/NaCl 50 mM, porque se obtiene la mayor cantidad de metabolitos fenólicos apoplásticos, con la menor contaminación de compuestos intracelulares. Los metabolitos se separaron mediante HPLC-DAD-ESI-MS, obteniendo perfiles cromatográficos con parámetros de calidad razonables basados en resolución, selectividad y número de platos teóricos. Con estas condiciones, fue posible identificar ocho compuestos diferenciales (una flavona y siete flavonoles), cuyas estructuras básicas comprendían flavonoides del tipo (iso)pratol, kaempférido, (dihidro) kaempferol, quercetina y miricetina, según el órgano de prueba y la variedad. Los flavonoides identificados están relacionados con metabolitos de tipo fitoanticipina en el clavel, como hidroxi-metoxiflavona, di-o-benzoilquercetina y kaempférido disaliciloilrhamnósido, abundantemente presentes en la variedad resistente. Las condiciones descritas en este trabajo son fundamentales para profundizar en el papel de los metabolitos fenólicos apoplásticos relacionados con los mecanismos de defensa de esta planta ornamental.

Resumo O presente estudo descreve o condicionamento de alguns parâmetros para a obtenção eficiente de extratos apoplásticos enriquecidos em compostos polares, principalmente fenólicos. Este fluxo de trabalho descrito pode até mesmo ser aplicado a diferentes espécies de plantas para serem usadas na análise particular ou global de metabólitos neste espaço extracelular periférico. Para isso, utilizando raízes e caules de craveiro (Dianthus cariophyllus L), diferentes soluções de infiltração foram avaliadas para a extração de metabólitos apoplásticos. O melhor resultado foi obtido com a solução tampão NaH2PO4-Na2HPO40 0.1 M pH 6.5/NaCl 50 mM, pois a maior quantidade de metabólitos fenólicos apoplásticos é extraída. Os metabólitos foram separados por HPLC-DAD-ESI-MS, obtendo-se perfis cromatográficos com parâmetros de qualidade razoáveis baseados na resolução, seletividade e número de pratos teóricos. Nessas condições, foi possível identificar oito compostos diferenciais (uma flavona e sete flavonóis), cujas estruturas básicas compreendem flavonóides do tipo (iso) pratol, kaempferida, (dihidro)kaempferol, quercetina e miricetina, de acordo com o órgão e a variedade de craveiro utilizado. Os flavonóides identificados estão relacionados a metabólitos do tipo fitoanticipinas no craveiro, como hidroxi-metoxiflavona, di-O-benzoilquercetina e kaempférido disaliciloilramnósido, abundantemente ocorridos na cultivar resistente. As condições descritas neste trabalho são essenciais para se aprofundar no papel dos metabólitos fenólicos apoplásticos relacionados aos mecanismos de defesa dessa planta ornamental.

Modelamiento in silica de la liasa organomercurial (MerB) de Pseudamanas fluarescens / In silico modeling of Pseudomonas fluoresceins organomercurial lyase (MerB) / Modelagem in silica da liase organomercurial (MerB) de Pseudamanas fluarescens

Resumen El modelamiento ¡n silíco ha sido de gran contribución en los procesos proteómicos, desarrollando estructuras de las secuencias proteicas ya existentes, que por motivos de altos costos y las diferentes tecnologías necesarias para el desarrollo de estas metodologías, se encuentran deficientes en el número de modelamientos de proteínas disponibles. Entre aquellas secuencias con carencia de estructura proteica se encuentra la proteína liasa organomercurial (MerB) de Pseudomonas /luorescens, importante en la resistencia al mercurio. En el presente artículo se analizó tanto estructural como funcionalmente la proteína MerB en Pseudomonas jluorescens, utilizando la herramienta de la química estructural "modelamiento por homología" mediante plataformas bioinformáticas, con el fin de obtener un modelo que represente la estructura 3D más precisa y que capturen las mejores variantes estructurales entre todas las posibles conformaciones de las proteínas en la familia. En este trabajo, se desarrolló un método comparativo de la secuencia estudiada con las reportadas en las bases de datos para las proteínas MerB del género Pseudomonas. Se propone un modelo tridimensional para la enzima (MerB) en P. jluorescens, mediante el modelamiento por homología, se muestra la caracterización en la estructura secundaria, terciaria, la caracterización del dominio catalítico y los motivos estructurales presentes.

Abstract In silico modeling has made a great contribution to proteomic processes, developing structures of the already existing protein sequences, which for reasons of high costs and the different technologies necessary for the development of these methodologies, are deficient in the number of models of available proteins. Among those sequences lacking protein structure is the organomercurial lyase (MerB) protein from Pseudomonas fluoresceins, important in mercury resistance. In this article, the MerB protein in Pseudomonas fluorescens was analyzed both structurally and functionally, using the structural chemistry tool "homology modeling" using bioinformatic platforms, in order to obtain a model that represents the most accurate 3D structure and that captures the best structural variants among all the possible conformations of the proteins in the family. In this work, a comparative method of the sequence studied with those reported in the databases for MerB proteins of the genus Pseudomonas was developed. A three-dimensional model for the enzyme (MerB) in P. fluorescens is proposed, through homology modeling, the characterization at the secondary and tertiary structure level, the characterization of the catalytic domain and the structural motifs present is shown.

Resumo A modelagem in silico tem dado um grande contributo para os processos proteómicos, desenvolvendo estruturas de sequências de proteínas já existentes, as quais, pelos elevados custos e pelas diferentes tecnologias necessárias ao desenvolvimento destas metodologias, são deficientes no número de modelos de proteínas disponíveis. Entre as sequências sem estrutura protéica está a proteína organomercurial liase (MerB) de Pseudomonas fluorescens, importante na resistência ao mercúrio. Neste artigo, a proteína MerB em Pseudomonas fluorescens foi analisada estrutural e funcionalmente, usando a ferramenta de química estrutural "modelagem de homologia" usando plataformas de bioinformática, a fim de obter um modelo que represente a estrutura 3D mais precisa e que capture as melhores variantes estruturais. entre todas as conformações possíveis das proteínas da família. Neste trabalho, foi desenvolvido um método comparativo da sequência estudada com aqueles relatados em bancos de dados para proteínas MerB do gênero Pseudomonas. Um modelo tridimensional para a enzima (MerB) em P. fluorescens é proposto, através de modelagem por homologia, a caracterização em nível de estrutura secundária e terciária, a caracterização do domínio catalítico e os motivos estruturais presentes são mostradas.