Detalhe da pesquisa
1.
Large-scale clustering of AlphaFold2 3D models shines light on the structure and function of proteins.
Mol Cell;
83(22): 3950-3952, 2023 Nov 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37977115
2.
Novel machine learning approaches revolutionize protein knowledge.
Trends Biochem Sci;
48(4): 345-359, 2023 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36504138
3.
Chainsaw: protein domain segmentation with fully convolutional neural networks.
Bioinformatics;
40(5)2024 May 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-38718225
4.
Characterizing and explaining the impact of disease-associated mutations in proteins without known structures or structural homologs.
Brief Bioinform;
23(4)2022 07 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35641150
5.
CATHe: detection of remote homologues for CATH superfamilies using embeddings from protein language models.
Bioinformatics;
39(1)2023 01 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36648327
6.
CATH: increased structural coverage of functional space.
Nucleic Acids Res;
49(D1): D266-D273, 2021 01 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-33237325
7.
Pex24 and Pex32 are required to tether peroxisomes to the ER for organelle biogenesis, positioning and segregation in yeast.
J Cell Sci;
133(16)2020 08 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-32665322
8.
Clustering FunFams using sequence embeddings improves EC purity.
Bioinformatics;
37(20): 3449-3455, 2021 Oct 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-33978744
9.
SARS-CoV-2 structural coverage map reveals viral protein assembly, mimicry, and hijacking mechanisms.
Mol Syst Biol;
17(9): e10079, 2021 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-34519429
10.
ICBdocker: a Docker image for proteome annotation and visualization.
Bioinformatics;
34(22): 3937-3938, 2018 11 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29931249
11.
Planctomycetes attached to algal surfaces: Insight into their genomes.
Genomics;
110(5): 231-238, 2018 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29074368
12.
Biocontrol traits of Bacillus licheniformis GL174, a culturable endophyte of Vitis vinifera cv. Glera.
BMC Microbiol;
18(1): 133, 2018 10 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-30326838
13.
CATH 2024: CATH-AlphaFlow Doubles the Number of Structures in CATH and Reveals Nearly 200 New Folds.
J Mol Biol;
: 168551, 2024 Mar 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-38548261
14.
Predicting human and viral protein variants affecting COVID-19 susceptibility and repurposing therapeutics.
Sci Rep;
14(1): 14208, 2024 06 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-38902252
15.
The opportunities and challenges posed by the new generation of deep learning-based protein structure predictors.
Curr Opin Struct Biol;
79: 102543, 2023 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36807079
16.
KinFams: De-Novo Classification of Protein Kinases Using CATH Functional Units.
Biomolecules;
13(2)2023 02 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36830646
17.
Broad functional profiling of fission yeast proteins using phenomics and machine learning.
Elife;
122023 10 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37787768
18.
AlphaFold2 reveals commonalities and novelties in protein structure space for 21 model organisms.
Commun Biol;
6(1): 160, 2023 02 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36755055
19.
Contrastive learning on protein embeddings enlightens midnight zone.
NAR Genom Bioinform;
4(2): lqac043, 2022 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35702380
20.
Detection and enumeration of Lak megaphages in microbiome samples by endpoint and quantitative PCR.
STAR Protoc;
3(1): 101029, 2022 03 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35059650