Detalhe da pesquisa
1.
Simulations of Sequence Evolution: How (Un)realistic They Are and Why.
Mol Biol Evol;
41(1)2024 Jan 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-38124381
2.
Evaluation of Methods to Detect Shifts in Directional Selection at the Genome Scale.
Mol Biol Evol;
40(2)2023 02 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36510704
3.
Relative Time Constraints Improve Molecular Dating.
Syst Biol;
71(4): 797-809, 2022 06 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-34668564
4.
Treerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Bioinformatics;
36(18): 4822-4824, 2020 09 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-33085745
5.
CAARS: comparative assembly and annotation of RNA-Seq data.
Bioinformatics;
35(13): 2199-2207, 2019 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-30452539
6.
Integrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life.
Proc Natl Acad Sci U S A;
114(23): E4602-E4611, 2017 06 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-28533395
7.
Accurate Detection of Convergent Amino-Acid Evolution with PCOC.
Mol Biol Evol;
35(9): 2296-2306, 2018 09 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29986048
8.
RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees.
Bioinformatics;
34(21): 3646-3652, 2018 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29762653
9.
Gene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated.
Mol Biol Evol;
33(2): 305-10, 2016 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-26541173
10.
RevBayes: Bayesian Phylogenetic Inference Using Graphical Models and an Interactive Model-Specification Language.
Syst Biol;
65(4): 726-36, 2016 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-27235697
11.
Genome-scale coestimation of species and gene trees.
Genome Res;
23(2): 323-30, 2013 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-23132911
12.
The inference of gene trees with species trees.
Syst Biol;
64(1): e42-62, 2015 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-25070970
13.
Assessing approaches for inferring species trees from multi-copy genes.
Syst Biol;
64(2): 325-39, 2015 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-25540456
14.
Probabilistic graphical model representation in phylogenetics.
Syst Biol;
63(5): 753-71, 2014 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-24951559
15.
Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.
Proc Natl Acad Sci U S A;
109(43): 17513-8, 2012 Oct 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-23043116
16.
Bio++: efficient extensible libraries and tools for computational molecular evolution.
Mol Biol Evol;
30(8): 1745-50, 2013 Aug.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-23699471
17.
Efficient exploration of the space of reconciled gene trees.
Syst Biol;
62(6): 901-12, 2013 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-23925510
18.
Parallel adaptations to high temperatures in the Archaean eon.
Nature;
456(7224): 942-5, 2008 Dec 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-19037246
19.
Efficient selection of branch-specific models of sequence evolution.
Mol Biol Evol;
29(7): 1861-74, 2012 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-22319139
20.
Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies.
Bioinformatics;
28(18): i382-i388, 2012 Sep 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-22962456