Detalhe da pesquisa
1.
Deep Local Analysis deconstructs protein-protein interfaces and accurately estimates binding affinity changes upon mutation.
Bioinformatics;
39(39 Suppl 1): i544-i552, 2023 06 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37387162
2.
iBIS2Analyzer: a web server for a phylogeny-driven coevolution analysis of protein families.
Nucleic Acids Res;
50(W1): W412-W419, 2022 07 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35670671
3.
LEVELNET to visualize, explore, and compare protein-protein interaction networks.
Proteomics;
23(17): e2200159, 2023 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37403279
4.
Deep Local Analysis evaluates protein docking conformations with locally oriented cubes.
Bioinformatics;
38(19): 4505-4512, 2022 09 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35962985
5.
Soft disorder modulates the assembly path of protein complexes.
PLoS Comput Biol;
18(11): e1010713, 2022 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36395332
6.
From complete cross-docking to partners identification and binding sites predictions.
PLoS Comput Biol;
18(1): e1009825, 2022 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35089918
7.
MyCLADE: a multi-source domain annotation server for sequence functional exploration.
Nucleic Acids Res;
49(W1): W452-W458, 2021 07 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-34023906
8.
Crystal structure of chloroplast fructose-1,6-bisphosphate aldolase from the green alga Chlamydomonas reinhardtii.
J Struct Biol;
214(3): 107873, 2022 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35680033
9.
The complexity of protein interactions unravelled from structural disorder.
PLoS Comput Biol;
17(1): e1008546, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-33417598
10.
COVTree: Coevolution in OVerlapped sequences by Tree analysis server.
Nucleic Acids Res;
48(W1): W558-W565, 2020 07 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-32374885
11.
Phylogenetic Reconstruction Based on Synteny Block and Gene Adjacencies.
Mol Biol Evol;
37(9): 2747-2762, 2020 09 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-32384156
12.
Targeted domain assembly for fast functional profiling of metagenomic datasets with S3A.
Bioinformatics;
36(13): 3975-3981, 2020 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-32330240
13.
Multiple protein-DNA interfaces unravelled by evolutionary information, physico-chemical and geometrical properties.
PLoS Comput Biol;
16(2): e1007624, 2020 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-32012150
14.
Predicting substitutions to modulate disorder and stability in coiled-coils.
BMC Bioinformatics;
21(Suppl 19): 573, 2020 Dec 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-33349244
15.
GEMME: A Simple and Fast Global Epistatic Model Predicting Mutational Effects.
Mol Biol Evol;
36(11): 2604-2619, 2019 Nov 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-31406981
16.
A protein coevolution method uncovers critical features of the Hepatitis C Virus fusion mechanism.
PLoS Pathog;
14(3): e1006908, 2018 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29505618
17.
Decrypting protein surfaces by combining evolution, geometry, and molecular docking.
Proteins;
87(11): 952-965, 2019 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-31199528
18.
Blind prediction of homo- and hetero-protein complexes: The CASP13-CAPRI experiment.
Proteins;
87(12): 1200-1221, 2019 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-31612567
19.
Reconstruction of ancestral chromosome architecture and gene repertoire reveals principles of genome evolution in a model yeast genus.
Genome Res;
26(7): 918-32, 2016 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-27247244
20.
Protein-protein interaction specificity is captured by contact preferences and interface composition.
Bioinformatics;
34(3): 459-468, 2018 02 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29028884