Detalhe da pesquisa
1.
Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery.
Nature;
602(7895): 142-147, 2022 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35082445
2.
Efficient mapping of accurate long reads in minimizer space with mapquik.
Genome Res;
33(7): 1188-1197, 2023 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37399256
3.
SVDSS: structural variation discovery in hard-to-call genomic regions using sample-specific strings from accurate long reads.
Nat Methods;
20(4): 550-558, 2023 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36550274
4.
Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges.
Nat Methods;
19(4): 429-440, 2022 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35396482
5.
Data structures based on k-mers for querying large collections of sequencing data sets.
Genome Res;
31(1): 1-12, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-33328168
6.
k mdiff, large-scale and user-friendly differential k-mer analyses.
Bioinformatics;
38(24): 5443-5445, 2022 12 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36315078
7.
The K-mer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers.
Bioinformatics;
38(18): 4423-4425, 2022 09 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35904548
8.
Recombination Marks the Evolutionary Dynamics of a Recently Endogenized Retrovirus.
Mol Biol Evol;
38(12): 5423-5436, 2021 12 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-34480565
9.
Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data.
Brief Bioinform;
21(4): 1164-1181, 2020 07 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-31232449
10.
yacrd and fpa: upstream tools for long-read genome assembly.
Bioinformatics;
36(12): 3894-3896, 2020 06 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-32315402
11.
REINDEER: efficient indexing of k-mer presence and abundance in sequencing datasets.
Bioinformatics;
36(Suppl_1): i177-i185, 2020 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-32657392
12.
Critical Assessment of Metagenome Interpretation-a benchmark of metagenomics software.
Nat Methods;
14(11): 1063-1071, 2017 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-28967888
13.
Graph analysis of fragmented long-read bacterial genome assemblies.
Bioinformatics;
35(21): 4239-4246, 2019 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-30918948
14.
A time- and cost-effective strategy to sequence mammalian Y Chromosomes: an application to the de novo assembly of gorilla Y.
Genome Res;
26(4): 530-40, 2016 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-26934921
15.
Practical dynamic de Bruijn graphs.
Bioinformatics;
34(24): 4189-4195, 2018 12 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29939217
16.
RecoverY: k-mer-based read classification for Y-chromosome-specific sequencing and assembly.
Bioinformatics;
34(7): 1125-1131, 2018 04 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29194476
17.
Assembly scaffolding with PE-contaminated mate-pair libraries.
Bioinformatics;
32(13): 1925-32, 2016 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-27153683
18.
Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory.
Bioinformatics;
32(12): i201-i208, 2016 06 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-27307618
19.
Reference-free detection of isolated SNPs.
Nucleic Acids Res;
43(2): e11, 2015 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-25404127
20.
Informed and automated k-mer size selection for genome assembly.
Bioinformatics;
30(1): 31-7, 2014 Jan 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-23732276