Genomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil.

The high numbers of COVID-19 cases and deaths in Brazil have made Latin America an epicentre of the pandemic. SARS-CoV-2 established sustained transmission in Brazil early in the pandemic, but important gaps remain in our understanding of virus transmission dynamics at a national scale. We use 17,135 near-complete genomes sampled from 27 Brazilian states and bordering country Paraguay. From March to November 2020, we detected co-circulation of multiple viral lineages that were linked to multiple importations (predominantly from Europe). After November 2020, we detected large, local transmission clusters within the country. In the absence of effective restriction measures, the epidemic progressed, and in January 2021 there was emergence and onward spread, both within and abroad, of variants of concern and variants under monitoring, including Gamma (P.1) and Zeta (P.2). We also characterized a genomic overview of the epidemic in Paraguay and detected evidence of importation of SARS-CoV-2 ancestor lineages and variants of concern from Brazil. Our findings show that genomic surveillance in Brazil enabled assessment of the real-time spread of emerging SARS-CoV-2 variants.

Aspectos gerais da Síndrome do X-Frágil: principal causa hereditária de retardo mental / General aspects of tha Fragile X Syndrome: main hereditary cause of mental retardation

Existe uma grande necessidade de divulgar informações sobre a Síndrome do X-frágil (SXF), não só para as famílias, mas principalmente para os profissionais da área de saúde. A SXF é considerada a principal causa hereditária e a segunda etiologia genética de retardo mental (RM). O indivíduo acometido pela SXF apresenta uma mutação no gene FMR-1 (Fragile Mental Retardation 1), localizado no cromossomo X. Além do RM, as principais características são: face alongada, orelhas grandes e macroorquidia. O tratamento atual disponível requer uma abordagem multidisciplinar, podendo combinar atendimentos terapêuticos, educação especial e uso de medicamentos de acordo com as necessidades específicas de cada portador. A SXF vem merecendo grande atenção, não apenas por sua prevalência, mas também pelas peculiaridades de sua transmissão e por distúrbios a ela associados. É de grande importância a identificação das famílias nas quais os alelos estão se segregando na forma de pré-mutação, para melhor orientação no aconselhamento genético.

Estudo dos alelos da região 5'UTR no gene FMR1 (Fragile X Mental Retardation) em homens da população geral de Salvador-Bahia / Study of the alleles in the 5'UTR region of the FMR1 gene (Fragile X Mental Retardation) in the male general population of Salvador, Bahia

A Síndrome do X-Frágil (SXF) é a principal causa hereditária de deficiência mental de herança dominante ligada ao cromossomo X. Em 1991, o gene FMR1 (Fragile X Mental Retardation 1) foi descoberto como responsável pela SXF. De acordo com o número de repetições, os alelos se dividem em: (a) alelo normal compreendendo 6 a 55 repetições (b) pré-mutado: 61 a 200 repetições e (c) mutado: com >200 repetições. Os alelos que apresentam 45 a 60 repetições são considerados como zona intermediária ou gray-zone. A base molecular dessa doença é bastante peculiar quando comparada com os padrões típicos observados em outras desordens de etiologia genética. As pré-mutações podem agregar-se de forma silenciosa por muitas gerações de uma família antes de se expandir para a mutação completa, levando aos sinais clínicos da doença. Na Bahia existem poucas pesquisas envolvendo esta doença, consequentemente, é desconhecida sua frequência nessa região. Portanto, este trabalho tem como objetivo detectar a frequência das classes alélicas do gene FMR1 em uma amostra de indivíduos do sexo masculino da população geral de Salvador-BA.

Este estudo foi realizado em 511 homens provenientes de outro amplo estudo desenvolvido pelo Instituto de Saúde Coletiva (ISC) da Universidade Federal da Bahia (UFBA) sendo utilizada a técnica da PCR e posterior classificação dos alelos baseando-se na relação entre o número de repetições CGG e o tamanho do fragmento obtido na PCR. Dos 511 homens analisados no presente estudo observou-se predominância de alelos normais pertencentes à classe 2 (11 a 26 repetições CGG) em 73,70% dos indivíduos analisados, seguido da classe 3 (27 a 40 repetições CGG) em 25,10% dos indivíduos. Apenas 1,20% foram incluídos na classe 1 (<10 repetições CGG) e nenhum alelo foi encontrado nas classes 4 (41 a 60 repetições CGG), classe 5 ( >60 repetições CGG) e classe 6 (>200 repetições CGG). Este é o primeiro estudo utilizando a técnica da PCR para detecção dos alelos do gene FMR1 em uma população geral de Salvador-BA, podendo direcionar futuros trabalhos envolvendo o gene FMR1 tanto para o estado da Bahia, quanto para a região Nordeste e também minimizar deficiências existentes em termos de diagnóstico da SXF na cidade de Salvador-BA.(AU)

Estudo dos alelos da região 5´UTR no gene FMR1 (Fragile X Mental Retardation 1) em homens da população geral de Salvador-BA

A Síndrome do X-Frágil (SXF) é a principal causa hereditária de deficiência mental de herança dominante ligada ao cromossomo X. Em 1991, o gene FMR1 (Fragile X Mental Retardation 1) foi descoberto como responsável pela SXF. De acordo com o número de repetições, os alelos se dividem em: (a) alelo normal compreendendo 6 a 55 repetições (b) pré-mutado: 61 a 200 repetições e (c) mutado: com >200 repetições. Os alelos que apresentam 45 a 60 repetições são considerados como zona intermediária ou gray-zone. A base molecular dessa doença é bastante peculiar quando comparada com os padrões típicos observados em outras desordens de etiologia genética. As pré-mutações podem agregar-se de forma silenciosa por muitas gerações de uma família antes de se expandir para a mutação completa, levando aos sinais clínicos da doença. Na Bahia existem poucas pesquisas envolvendo esta doença, consequentemente, é desconhecida sua frequência nessa região. Portanto, este trabalho tem como objetivo detectar a frequência das classes alélicas do gene FMR1 em uma amostra de indivíduos do sexo masculino da população geral de Salvador-BA. Este estudo foi realizado em 511 homens provenientes de outro amplo estudo desenvolvido pelo Instituto de Saúde Coletiva (ISC) da Universidade Federal da Bahia (UFBA) sendo utilizada a técnica da PCR e posterior classificação dos alelos baseando-se na relação entre o número de repetições CGG e o tamanho do fragmento obtido na PCR. Dos 511 homens analisados no presente estudo observou-se predominância de alelos normais pertencentes à classe 2 (11 a 26 repetições CGG) em 73,70% dos indivíduos analisados, seguido da classe 3 (27 a 40 repetições CGG) em 25,10% dos indivíduos. Apenas 1,20% foram incluídos na classe 1 (<10 repetições CGG) e nenhum alelo foi encontrado nas classes 4 (41 a 60 repetições CGG), classe 5 ( >60 repetições CGG) e classe 6 (>200 repetições CGG). Este é o primeiro estudo utilizando a técnica da PCR para detecção dos alelos do gene FMR1 em uma população geral de Salvador-BA, podendo direcionar futuros trabalhos envolvendo o gene FMR1 tanto para o estado da Bahia, quanto para a região Nordeste e também minimizar deficiências existentes em termos de diagnóstico da SXF na cidade de Salvador-BA.