Detalhe da pesquisa
1.
Targeted Protein Degradation: Advances, Challenges, and Prospects for Computational Methods.
J Chem Inf Model;
63(17): 5408-5432, 2023 09 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37602861
2.
A Conserved Local Structural Motif Controls the Kinetics of PTP1B Catalysis.
J Chem Inf Model;
63(13): 4115-4124, 2023 07 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37378552
3.
Molecular Latent Space Simulators for Distributed and Multimolecular Trajectories.
J Phys Chem A;
127(25): 5470-5490, 2023 Jun 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37314375
4.
Accelerated molecular dynamics simulations of the octopamine receptor using GPUs: discovery of an alternate agonist-binding position.
Proteins;
84(10): 1480-9, 2016 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-27318014
5.
Evaluation of conformational changes in diabetes-associated mutation in insulin a chain: a molecular dynamics study.
Proteins;
83(4): 662-9, 2015 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-25641314
6.
A comparison of weighted ensemble and Markov state model methodologies.
J Chem Phys;
142(21): 214113, 2015 Jun 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-26049485
7.
Characterization of the Anopheles gambiae octopamine receptor and discovery of potential agonists and antagonists using a combined computational-experimental approach.
Malar J;
13: 434, 2014 Nov 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-25407998
8.
AWE-WQ: fast-forwarding molecular dynamics using the accelerated weighted ensemble.
J Chem Inf Model;
54(10): 3033-43, 2014 Oct 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-25207854
9.
Predicting the structural basis of targeted protein degradation by integrating molecular dynamics simulations with structural mass spectrometry.
Nat Commun;
13(1): 5884, 2022 10 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36202813
10.
Modeling conformational ensembles of slow functional motions in Pin1-WW.
PLoS Comput Biol;
6(12): e1001015, 2010 Dec 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-21152000
11.
MDLab: a molecular dynamics simulation prototyping environment.
J Comput Chem;
31(7): 1345-56, 2010 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-19882726
12.
Inferring protein-protein interactions from multiple protein domain combinations.
Methods Mol Biol;
541: 43-59, 2009.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-19381530
13.
A separable shadow Hamiltonian hybrid Monte Carlo method.
J Chem Phys;
131(17): 174106, 2009 Nov 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-19894997
14.
Predicting protein-protein interactions from protein domains using a set cover approach.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform;
4(1): 78-87, 2007.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-17277415
15.
A parallel implementation of the Cellular Potts Model for simulation of cell-based morphogenesis.
Comput Phys Commun;
176(11-12): 670-681, 2007 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-18084624
16.
From Genes to Organisms Via the Cell A Problem-Solving Environment for Multicellular Development.
Comput Sci Eng;
9(4): 50-60, 2007.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-19526065
17.
A framework for three-dimensional simulation of morphogenesis.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform;
2(4): 273-88, 2005.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-17044166
18.
Long Timestep Molecular Dynamics on the Graphical Processing Unit.
J Chem Theory Comput;
9(8): 3267-3281, 2013 Aug 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-24436689
19.
Identification of novel arthropod vector G protein-coupled receptors.
Parasit Vectors;
6: 150, 2013 May 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-23705687
20.
Folding Proteins at 500 ns/hour with Work Queue.
Proc IEEE Int Conf Escience;
2012: 1-8, 2012 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-25540799