Detalhe da pesquisa
1.
The shape of chromatin: insights from computational recognition of geometric patterns in Hi-C data.
Brief Bioinform;
24(5)2023 09 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37646128
2.
TAD cliques predict key features of chromatin organization.
BMC Genomics;
22(1): 499, 2021 Jul 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-34217222
3.
Carcinogen susceptibility is regulated by genome architecture and predicts cancer mutagenesis.
EMBO J;
36(19): 2829-2843, 2017 10 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-28814448
4.
The lipodystrophic hotspot lamin A p.R482W mutation deregulates the mesodermal inducer T/Brachyury and early vascular differentiation gene networks.
Hum Mol Genet;
27(8): 1447-1459, 2018 04 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29438482
5.
Galaxy Portal: interacting with the galaxy platform through mobile devices.
Bioinformatics;
32(11): 1743-5, 2016 06 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-26819474
6.
The genome sequence of Atlantic cod reveals a unique immune system.
Nature;
477(7363): 207-10, 2011 Aug 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-21832995
7.
Manifold Based Optimization for Single-Cell 3D Genome Reconstruction.
PLoS Comput Biol;
11(8): e1004396, 2015 Aug.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-26262780
8.
A statistical model of ChIA-PET data for accurate detection of chromatin 3D interactions.
Nucleic Acids Res;
42(18): e143, 2014 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-25114054
9.
HiBrowse: multi-purpose statistical analysis of genome-wide chromatin 3D organization.
Bioinformatics;
30(11): 1620-2, 2014 Jun 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-24511080
10.
The regulatory landscape of osteogenic differentiation.
Stem Cells;
32(10): 2780-93, 2014 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-24898411
11.
Handling realistic assumptions in hypothesis testing of 3D co-localization of genomic elements.
Nucleic Acids Res;
41(10): 5164-74, 2013 May 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-23571755
12.
The Genomic HyperBrowser: an analysis web server for genome-scale data.
Nucleic Acids Res;
41(Web Server issue): W133-41, 2013 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-23632163
13.
Alkbh1 and Tzfp repress a non-repeat piRNA cluster in pachytene spermatocytes.
Nucleic Acids Res;
40(21): 10950-63, 2012 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-22965116
14.
Multi-level 3D genome organization deteriorates during breast cancer progression.
bioRxiv;
2023 Nov 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-38076897
15.
Modeling the 3D Genome Using Hi-C and Nuclear Lamin-Genome Contacts.
Methods Mol Biol;
2301: 337-352, 2022.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-34415545
16.
MoDLE: high-performance stochastic modeling of DNA loop extrusion interactions.
Genome Biol;
23(1): 247, 2022 11 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36451166
17.
4D nucleome modeling.
Curr Opin Genet Dev;
67: 25-32, 2021 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-33253996
18.
Long-range interactions between topologically associating domains shape the four-dimensional genome during differentiation.
Nat Genet;
51(5): 835-843, 2019 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-31011212
19.
Rapid evolution of the intergenic T-P spacer in the mtDNA of Arctic cod Arctogadus glacialis.
Mar Biotechnol (NY);
10(3): 270-7, 2008.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-18214612
20.
Computational 3D genome modeling using Chrom3D.
Nat Protoc;
13(5): 1137-1152, 2018 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29700484