Distribution of polymorphism rs693 of ApoB gene in a sample of Colombian Caribbeans.

INTRODUCTION: Several studies have reported that the single nucleotide polymorphism rs693 of Apo lipoprotein B gene is associated with high levels of plasma lipids and high body mass index, which are risk factors for cardiovascular diseases. The distribution of this single nucleotide polymorphism and its association with the phenotype depend on the genetic background of each population. OBJECTIVE: To evaluate the distribution of single nucleotide polymorphism rs693 and its association with lipid profile and body mass index in a sample of Colombian Caribbeans. METHODS: 108 non-related adult subjects of both gender were included in this study. Body mass index and lipid profile that included total cholesterol, triglycerides, Low Density Lipoprotein and High Density Lipoprotein were determined. The single nucleotide polymorphism rs693 was determined by Polymerase Chain Reaction/Restriction Fragment Length Polymorphism from genomic DNA followed by digestion with the restriction enzyme XbaI. The chi-square test was used to analyze the genotype distribution of rs693 and the genotype-phenotype association was evaluated through different inheritance model. RESULTS: The genotype frequencies for single nucleotide polymorphism rs693 were CC (45.0%), TT (16.5%) and CT (38.5%). The allele frequencies were C (64.0%) and T (36.0%). The single nucleotide polymorphism was in Hardy-Weinberg equilibrium in the studied sample. No association of the single nucleotide polymorphism rs693 with lipid profile nor the body mass index was found (p >0.05). CONCLUSION: There is no significant association between single nucleotide polymorphism rs693 and body mass index nor lipid profile, in a sample of Colombian Caribbeans.

INTRODUCCIÓN: Varios estudios han informado que el polimorfismo de un solo nucleótido rs693 del gen de la apolipoproteína B se asocia con altos niveles de lípidos plasmáticos e índice de masa corporal, los cuales son factores de riesgo para enfermedades cardiovasculares. La distribución de este polimorfismo y su asociación con el fenotipo dependen del antecedente genético de cada población. La población caribeña colombiana es producto de la mezcla de tres grupos étnicos principales: africano, amerindio y caucásico. OBJETIVO: Evaluar la distribución del polimorfismo rs693 y su asociación con el perfil lipídico y el índice de masa corporal en una muestra de sujetos caribeños colombianos. MÉTODOS: Fueron incluidos en este estudio 108 sujetos adultos de ambos sexos y no relacionados. Se determinaron el índice de masa corporal y el perfil lipídico; de éste se incluyó colesterol total, triglicéridos, lipoproteínas de baja densidad y lipoproteína de alta densidad. El polimorfismo rs693 se determinó mediante Reacción en Cadena de la Polimerasa del ADN genómico seguida por digestión con la enzima de restricción XbaI. Se utilizó la prueba de ji cuadrado para analizar la distribución del genotipo de rs693 y se evaluó la asociación genotipo-fenotipo a través de diferentes modelos de herencia. RESULTADOS: Las frecuencias genotípicas para rs693 fueron CC (45.0%), TT (16.5%) y TC (38.5%). Las frecuencias alélicas fueron C (64.0%) y T (36.0%). El polimorfismo rs693 estaba en equilibrio de Hardy-Weinberg en la muestra estudiada y no presentó asociación con el perfil lipídico ni con el índice de masa corporal (p >0.05). CONCLUSIÓN: No existe asociación significativa del polimorfismo rs693 con el índice de masa corporal ni con el perfil lipídico en una muestra de caribeños colombianos.

Distribution of polymorphism rs693 of ApoB gene in a sample of Colombian Caribbeans / Distribución del polimorfismo rs693 en el gen de la apolipoproteína B en una muestra caribeños colombianos

Abstract Introduction: Several studies have reported that the single nucleotide polymorphism rs693 of Apo lipoprotein B gene is associated with high levels of plasma lipids and high body mass index, which are risk factors for cardiovascular diseases. The distribution of this single nucleotide polymorphism and its association with the phenotype depend on the genetic background of each population. Objective: To evaluate the distribution of single nucleotide polymorphism rs693 and its association with lipid profile and body mass index in a sample of Colombian Caribbeans. Methods: 108 non-related adult subjects of both gender were included in this study. Body mass index and lipid profile that included total cholesterol, triglycerides, Low Density Lipoprotein and High Density Lipoprotein were determined. The single nucleotide polymorphism rs693 was determined by Polymerase Chain Reaction/Restriction Fragment Length Polymorphism from genomic DNA followed by digestion with the restriction enzyme XbaI. The chi-square test was used to analyze the genotype distribution of rs693 and the genotype-phenotype association was evaluated through different inheritance model. Results: The genotype frequencies for single nucleotide polymorphism rs693 were CC (45.0%), TT (16.5%) and CT (38.5%). The allele frequencies were C (64.0%) and T (36.0%). The single nucleotide polymorphism was in Hardy-Weinberg equilibrium in the studied sample. No association of the single nucleotide polymorphism rs693 with lipid profile nor the body mass index was found (p >0.05). Conclusion: There is no significant association between single nucleotide polymorphism rs693 and body mass index nor lipid profile, in a sample of Colombian Caribbeans.

Resumen Introducción: Varios estudios han informado que el polimorfismo de un solo nucleótido rs693 del gen de la apolipoproteína B se asocia con altos niveles de lípidos plasmáticos e índice de masa corporal, los cuales son factores de riesgo para enfermedades cardiovasculares. La distribución de este polimorfismo y su asociación con el fenotipo dependen del antecedente genético de cada población. La población caribeña colombiana es producto de la mezcla de tres grupos étnicos principales: africano, amerindio y caucásico. Objetivo: Evaluar la distribución del polimorfismo rs693 y su asociación con el perfil lipídico y el índice de masa corporal en una muestra de sujetos caribeños colombianos. Métodos: Fueron incluidos en este estudio 108 sujetos adultos de ambos sexos y no relacionados. Se determinaron el índice de masa corporal y el perfil lipídico; de éste se incluyó colesterol total, triglicéridos, lipoproteínas de baja densidad y lipoproteína de alta densidad. El polimorfismo rs693 se determinó mediante Reacción en Cadena de la Polimerasa del ADN genómico seguida por digestión con la enzima de restricción XbaI. Se utilizó la prueba de ji cuadrado para analizar la distribución del genotipo de rs693 y se evaluó la asociación genotipo-fenotipo a través de diferentes modelos de herencia. Resultados: Las frecuencias genotípicas para rs693 fueron CC (45.0%), TT (16.5%) y TC (38.5%). Las frecuencias alélicas fueron C (64.0%) y T (36.0%). El polimorfismo rs693 estaba en equilibrio de Hardy-Weinberg en la muestra estudiada y no presentó asociación con el perfil lipídico ni con el índice de masa corporal (p >0.05). Conclusión: No existe asociación significativa del polimorfismo rs693 con el índice de masa corporal ni con el perfil lipídico en una muestra de caribeños colombianos.

Análisis de los polimorfismos europeos en el gen lactasa entre grupos étnicos del Caribe Colombiano / Analysis of the european polymorphisms in lactase gene between ethnic groups in the Colombian Caribbean / Análise dos polimorfismos europeus no gene lactasa entre os grupos etnicos do Caribe Colombiano

La prevalencia de hipolactasia tipo adulto está influenciada por la etnicidad y la geografía. Los genotipos CC y GG, de los SNPs C/T-13910 y G/A-22018, respectivamente determinan hipolactasia en ciertos grupos étnicos y países del mundo. El objetivo de este estudio fue analizar estos SNPs en muestras de los tres grupos étnicos que habitan el Caribe Colombiano. Trescientos sesenta y un sujetos, agrupados como afrodescendientes, indígenas y mestizos, fueron genotipificados usando PCR/RFLP. El análisis genético se hizo mediante Arlequin 3.11 y las frecuencias genotípicas fueron comparadas con Statgraphics Centurion XVI. Solamente el SNP C/T-13910 mostró equilibrio de Hardy- Weinberg y no hubo desequilibrio de ligamiento entre los SNPs estudiados. La frecuencia del genotipo CC-13910 fue 90% en afrodescendientes, 95% en indígenas y 80% en mestizos. En indígenas la frecuencia de GG-22018 fue 23% pero dicho genotipo no se halló en afrodescendientes y mestizos. El genotipo AA-22018 no se halló en indígenas. Ningún grupo presentó el genotipo TT-13910. Las frecuencias genotípicas fueron estadísticamente diferentes entre los grupos estudiados y las de los genotipos CC-13910 y GG-22018 no concordaron con las frecuencias fenotípicas reportadas en otros estudios. Los resultados sugieren que la posibilidad diagnóstica de hipolactasia mediante genotipificación de estos polimorfismos es escasa en el Caribe Colombiano.

The prevalence of adult-type hypolactasia is influenced by ethnicity and geography. The CC and GG genotypes of the SNPs C/T-13910 and G/A-22018, respectively indicate hypolactasia in certain ethnic groups worldwide. The aim of this study was to analyse these SNPs in samples of the three ethnic groups that inhabit the Colombian Caribbean. Three hundred and sixty-one subjects were genotyped using PCR/RFLP. These subjects were grouped as being of African descent, Indigenous and Mestizo. The genetic analysis was performed through Arlequin 3.11 and genotype frequencies were compared with Statgraphics Centurion XVI. Only SNP C/T-13910 showed Hardy-Weinberg equilibrium and there was no linkage disequilibrium between the SNPs. The frequency of CC-13910 was 90% in Afro-descendant, 95% in indigenous people and 80% in mestizos.The frequency of GG-22018 was 23% in indigenous people, but this genotype was not present in afro-descendants and Mestizos. The indigenous people did not have AA-22018, and none of the groups had TT-13910. The genotype frequencies were statistically different among the groups studied and the frequencies of CC-13910 and GG-22018 were not in concordance with the phenotype frequencies reported in other papers. The results suggest that diagnostic possibility of hypolactasia by genotyping of those polymorphisms in the Colombian Caribbean population is scarce.

A prevalência da hipolactasia primária tipo adulto é influenciada pela etnicidade e a geografia. Os genótipos CC e GG, dos SNPs C/T-13910 e G/A-22018, respectivamente, são determinantes da hipolactasia em alguns grupos étnicos e países do mundo. O objetivo do presente estudo foi analisar estes SNPs em amostras dos três grupos étnicos do Caribe Colombiano. Trezentas e sessenta e uma pessoas reunidas como afrodescendentes, indígenas e mestiços foram genotipificadas utilizando PCR/RFLP. A análise genética foi realizada usando o software Arlequin 3.11 e as frequências genotípicas foram comparadas com o Statgraphics Centurion XVI. Somente o SNP C/T-13910 mostrou equilíbrio de Hardy-Weinberg e não houve desequilíbrio de ligamento entre os SNPs estudados. A frequência do genótipo CC-13910 foi de 90% para afrodescendentes, 95% para indígenas e 80% em mestiços. Nos indígenas a frequência de GG-22018 foi de 23% mas tal genótipo não esteve presente na população de afrodescendentes e mestiços. O genótipo AA-22018 não foi encontrado em indígenas. Nenhum grupo apresentou o genótipo TT-13910. As frequências genotípicas foram estatisticamente diferentes entre os grupos avaliados e as dos genótipos CC-13910 e GG-22018, não concordaram com as frequências fenotípicas relatados em outros estudos. Os resultados sugerem que a possibilidade diagnóstica de hipolactasia através de genotipificação destes polimorfismos é escassa em populações do Caribe Colombiano.