Improving Peptide-Spectrum Matching by Fragmentation Prediction Using Hidden Markov Models.

Kirik, Ufuk; Refsgaard, Jan C; Jensen, Lars J

Kirik, Ufuk; Refsgaard, Jan C; Jensen, Lars J.

Afiliação

Kirik U; Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, Faculty of Health and Medical Science , University of Copenhagen , Blegdamsvej 3B , DK-2200 Copenhagen , Denmark.
Refsgaard JC; Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, Faculty of Health and Medical Science , University of Copenhagen , Blegdamsvej 3B , DK-2200 Copenhagen , Denmark.
Jensen LJ; Intomics A/S , Lottenborgvej 26 , DK-2800 Kongens Lyngby , Denmark.

J Proteome Res ; 18(6): 2385-2396, 2019 06 07.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-31074280

Assuntos

Fragmentos de Peptídeos/química; Peptídeos/química; Proteômica/métodos; Espectrometria de Massas em Tandem; Algoritmos; Humanos; Cadeias de Markov; Fragmentos de Peptídeos/classificação; Peptídeos/classificação; Software

Palavras-chave

HMM; bottom-up proteomics; hidden Markov models; machine learning; peptide fragmentation inference; peptide identification; software; stochastic modeling; tandem mass spectrometry

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Fragmentos de Peptídeos / Peptídeos / Proteômica / Espectrometria de Massas em Tandem Tipo de estudo: Health_economic_evaluation / Prognostic_studies / Risk_factors_studies Limite: Humans Idioma: En Revista: J Proteome Res Assunto da revista: BIOQUIMICA Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Dinamarca

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