Exploring short k-mer profiles in cells and mobile elements from Archaea highlights the major influence of both the ecological niche and evolutionary history.

Bize, Ariane; Midoux, Cédric; Mariadassou, Mahendra; Schbath, Sophie; Forterre, Patrick; Da Cunha, Violette

Bize, Ariane; Midoux, Cédric; Mariadassou, Mahendra; Schbath, Sophie; Forterre, Patrick; Da Cunha, Violette.

Afiliação

Bize A; Université Paris-Saclay, INRAE, PROSE, F-92761, Antony, France. ariane.bize@inrae.fr.
Midoux C; Université Paris-Saclay, INRAE, PROSE, F-92761, Antony, France.
Mariadassou M; Université Paris-Saclay, INRAE, MaIAGE, F-78350, Jouy-en-Josas, France.
Schbath S; Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility, F-78350, Jouy-en-Josas, France.
Forterre P; Université Paris-Saclay, INRAE, MaIAGE, F-78350, Jouy-en-Josas, France.
Da Cunha V; Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility, F-78350, Jouy-en-Josas, France.

BMC Genomics ; 22(1): 186, 2021 Mar 16.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33726663

Assuntos

Archaea; Vírus; Archaea/genética; Ecossistema; Filogenia; Plasmídeos; Vírus/genética

Palavras-chave

5-mer; Codon composition; Extrachromosomal element; Halophily; Host transfer; Hyperthermophily; Multivariate analysis; Plasmid; Signature; Virus

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Vírus / Archaea Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Revista: BMC Genomics Assunto da revista: GENETICA Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article País de afiliação: França

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