Aplicación de PCR a partir de cultivo en la identificación de subespecies del complejo Mycobacterium Tuberculosis / The use of culture-based PCR for the identification of subspecies of the mycobacterium tuberculosis complex

Los métodos diagnósticos clásicos de tuberculosis (TB) se basan en la utilización de baciloscopía y cultivo. La identificación del agente etiológico desde la positivización del cultivo requiere entre 10 y 15 días, mientras que el empleo de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) disminuye el tiempo a 24 h, lo que permite no solo identificar las subespecies del complejo Mycobacterium tuberculosis (CMTB) sino también diferenciarlas de otras especies ambientales clínicamente importantes (MOTT) facilitando el diagnóstico y tratamiento. El objetivo del presente trabajo fue determinar la utilidad de la PCR en la identificación temprana de las micobacterias pertenecientes al CMTB, a partir de cultivos positivos, de pacientes con sospecha de TB, atendidos en un hospital pediátrico de alta complejidad, durante un período de cuatro años. A cada muestra, se le realizó baciloscopía y cultivo en medio líquido. A los cultivos positivos, una inmunocromatografía lateral (TBIDR) y luego PCR. El 4,6% del total de muestras (510/11.162) pertenecientes a 198 pacientes presentó cultivos positivos. Cuatrocientos veintiseis (84%) correspondieron a muestras respiratorias. El rendimiento de la baciloscopía directa fue del 41% (194/470). Cuatrocientos treinta y ocho (86%) resultaron M. tuberculosis, 21 (4%) Mycobacterium bovis, 7 (1%), M. bovis-BCG y 44 (9%) MOTT. La utilización de medios de cultivos líquidos junto con el empleo de PCR favorecen una rápida orientación microbiológica y constituye una estrategia útil para optimizar el manejo clínico de estas infecciones, desde el punto de vista terapéutico y epidemiológico, especialmente en pediatría (AU)

Classical diagnostic methods for tuberculosis (TB) are based on the use of smear microscopy and culture. The identification of the etiological agent from positive culture requires 10 to 15 days, while the use of the polymerase chain reaction (PCR) reduces the time to 24 h, which allows not only to identify the subspecies of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) but also to differentiate them from clinically important environmental mycobacteria other than tuberculosis (MOTT), facilitating diagnosis and treatment. The aim of this study was to determine the usefulness of PCR in the early identification of mycobacteria belonging to the MTC, from positive cultures of patients with suspected TB seen in a pediatric tertiary hospital over a 4-year period. For each sample, smear microscopy and culture in liquid medium was performed. Positive cultures were subjected to lateral immunochromatography (TBIDR) and then PCR. Of the total number of samples (510/11,162) belonging to 198 patients, 4.6% showed positive cultures; 426 (84%) were respiratory samples. The direct smear microscopy yield was 41% (194/470). Overall, 438 (86%) were found to be M. tuberculosis, 21 (4%) Mycobacterium bovis, 7 (1%), M. bovis-BCG, and 44 (9%) MOTT. The use of liquid culture media together with the use of PCR favors a rapid microbiological orientation and is a useful strategy to optimize the clinical management of these infections, from a therapeutic and epidemiological point of view, especially in children (AU)

Infecciones por Chlamydia trachomatis en una unidad de cuidados intensivos neonatales / Chlamydia trachomatis infections in a neonatal intensive care unit

Las infecciones por Chlamydia trachomatis han aumentado su prevalencia, especialmente en jóvenes embarazadas. Esto adquiere relevancia en pediatría por el elevado riesgo de transmisión vertical al neonato y su potencial gravedad en el lactante. Estas infecciones requieren de un alto índice de sospecha, por cuadro clínico atípico y signos radiológicos inespecíficos. Los métodos diagnósticos convencionales presentan limitaciones para su detección. Las técnicas moleculares son las recomendadas por su elevada sensibilidad, especificidad y rapidez, lo cual permite una terapéutica adecuada y oportuna. En este estudio, desarrollado en una unidad de cuidados intensivos neonatales de un hospital de alta complejidad durante 12 años, se describieron las características de la población, su presentación clínica y evolución. La detección microbiológica se realizó por métodos moleculares. Se incluyeron 29 pacientes (p) con infección por C. trachomatis (3,9% del total de muestras enviadas),13 p con infección respiratoria y 16 p con compromiso ocular. La mediana de edad fue de 19 días al momento del diagnóstico y el 65% de las gestantes tenía <25 años. Veinticuatro p (83%) eran recién nacidos a término y 23 p (79%) previamente sanos. Nueve p (31%) presentaron fiebre al momento del ingreso y 12 (41%) eosinofilia. De los 13 p con enfermedad respiratoria, 9 (69%) consultaron por tos y 11 (85%) con hipoxemia, con requerimientos de oxígeno en 8 (61%), asistencia respiratoria mecánica en 3 (23%) y uno (16%) requirió ECMO. Los hallazgos radiológicos mostraron un patrón intersticial inespecífico. Nueve p (31%) presentaron coinfección y uno falleció asociado a influenza A (AU)

The prevalence of Chlamydia trachomatis infections has increased, especially among young pregnant women. This is of particular relevance in pediatrics due to the high risk of motherto-child transmission and the potential severity of the infection in infants. A high index of suspicion is required for these infections due to the atypical clinical features and non-specific radiological signs. The usefulness of conventional diagnostic methods is limited. Molecular techniques are recommended because of their high sensitivity, specificity, and speed, allowing for adequate and timely treatment. In this 12-year study conducted in a neonatal intensive care unit of a tertiary-care hospital, patient characteristics, clinical presentation, and outcome are described. Microbiological detection was performed using molecular methods. Twenty-nine patients with C. trachomatis infection (3.9% of the total samples submitted), of whom 13 had respiratory tract infection and 16 ocular involvement, were included. The median age at diagnosis was 19 days and 65% of the mothers were <25 years old. Twenty-four p (83%) were term newborns and 23 patients (79%) were previously healthy. On admission, 9 patients (31%) had fever and 12 (41%) had eosinophilia. Of the 13 patients with respiratory tract involvement, 9 (69%) consulted for cough and 11 (85%) had hypoxemia, requiring oxygen in 8 (61%), mechanical ventilation in 3 (23%), and ECMO in 1 (16%). Radiological findings showed a nonspecific interstitial pattern. Nine patients (31%) presented with coinfection, one of whom died due to an associated influenza A infection (AU)

Evolución de las infecciones por Pneumocystis Jirovecii en el Hospital de Pediatría Juan P. Garrahan / Evolution of Pneumocystis Jirovecii infections at Hospital de Pediatría Juan P. Garrahan

Pneumocystis jirovecii es un hongo oportunista, causante de neumonía en huéspedes inmunocomprometidos. Es una infección grave con elevada tasa de mortalidad en pacientes oncohematológicos y receptores de trasplante de células progenitoras hematopoyéticas. La administración de corticosteroides es el principal factor de riesgo para adquirir esta infección. Actualmente las infecciones ocurren en aquellos pacientes que no reciben adecuada profilaxis. Las técnicas de diagnóstico molecular son las recomendadas por su elevada sensibilidad, especificidad y rapidez. La frecuencia global de P. jirovecii en pacientes inmunocomprometidos de nuestro hospital, durante el período evaluado fue de 4,8%, con una mortalidad global del 20%. Como factores de mal pronóstico se reportan la presencia de coinfecciones y la necesidad de asistencia respiratoria mecánica. Es importante la sospecha precoz en pacientes de riesgo, confirmada con un diagnóstico preciso mediante métodos moleculares para una intervención adecuada y oportuna (AU)

Pneumocystis jirovecii is an opportunistic fungus, causing pneumonia in immunocompromised hosts. It is a severe infection with a high mortality rate in oncology/hematology patients and hematopoietic stem cell transplant recipients. The administration of corticosteroids is the main risk factor for acquiring this infection. Currently infections occur in patients who do not receive adequate prophylaxis. Molecular diagnostic techniques are recommended because of their high sensitivity, specificity, and speed. In the study period, the overall incidence of P. jirovecii in immunocompromised patients at our hospital was 4.8%, with an overall mortality rate of 20%. Factors of a poor prognosis are the presence of coinfections and the need for mechanical respiratory assistance. Early suspicion in high-risk patients is important to confirm the diagnosis through molecular studies and start adequate and early treatment (AU)