Hallazgos incidentales en medicina genómica / Incidental Findings in Genomic Medicine

Las técnicas de Biología Molecular de última generación, como es la secuenciación masiva en paralelo o NGS (Next Generation Sequencing), permite obtener gran cantidad de información genómica, la cual muchas veces va más allá de la detección de una variante patogénica en un gen que explique la patología (hallazgo primario). Es así como surgió desde hace años la discusión internacional respecto a la decisión a tomar frente a los hallazgos secundarios accionables, es decir, aquellos hallazgos de variantes clasificadas como patogénicas o probablemente patogénicas que no están relacionadas con el fenotipo del paciente, pero que tiene alguna medida preventiva o tratamiento posible y, por lo tanto, podría ser de utilidad para la salud del paciente. Luego de revisar la bibliografía internacional y debatir entre los expertos del Hospital de Pediatría Garrahan, se logró establecer una política institucional y reforzar el hecho de que se trata de una disciplina multidisciplinaria. Así, fue posible definir que solo se atenderá las cuestiones relacionadas con la edad pediátrica, dejando para un tratamiento posterior aquellas variantes detectadas en genes que sean accionables en edad adulta. En el Hospital Garrahan, ha sido posible definir claramente cómo proceder frente a los hallazgos secundarios, al adaptar el consentimiento informado a esta necesidad, definiendo cuándo serán informados, y sabiendo que serán buscados intencionalmente en los genes clínicamente accionables enlistados en la última publicación del American College of Medical Genetics and Genomics, siempre y cuando el paciente/padre/tutor lo consienta (AU)

The latest generation of molecular biology techniques, including massive parallel sequencing or NGS (Next Generation Sequencing), allows us to obtain a whealth of genomic information, which often goes beyond the detection of a pathogenic variant in a gene that explains the pathology (primary finding). As a result, an international discussion has arisen over the years regarding the decision-making concerning actionable secondary findings, it means, those findings of variants classified as pathogenic or probably pathogenic that are not related to the patient's phenotype, but which have some possible preventive measure or treatment and, therefore, could be useful for the patient's health. After reviewing the international literature and discussing among the experts of the Hospital de Pediatría Garrahan, an institutional policy was established and the concept that this is a multidisciplinary discipline was reinforced. Consequently, it has been defined that only issues related to children will be addressed, reserving those variants detected in genes that are actionable in adulthood for later treatment. At Garrahan Hospital, we were able to clearly define how to proceed with secondary findings by adapting the informed consent to this need, defining when they will be reported, and knowing that they will be intentionally searched for in the clinically actionable genes listed in the latest publication of the American College of Medical Genetics and Genomics, as long as the patient/parent/guardian consents (AU)

Implementación asistencial de estudios genómicos aplicados al diagnóstico molecular / Implementation of genomic studies applied to molecular diagnostics

El Hospital Garrahan ha sido pionero en el diagnóstico molecular de patologías pediátricas en Argentina. Los avances tecnológicos de las últimas décadas en el área de la biología molecular, sentaron las bases para la optimización y ampliación del diagnóstico molecular a partir de la secuenciación masiva en paralelo de múltiples genes. El presente trabajo describe el proceso de implementación de los estudios de secuenciación de nueva generación y el desarrollo de la Unidad de Genómica en un hospital público pediátrico de alta complejidad, así como su impacto en las capacidades diagnósticas de enfermedades poco frecuentes de origen genético. La creación del Grupo Interdisciplinario de Estudios Genómicos constituyó la vía institucional para la toma de decisiones que implican la implementación de nuevos estudios genómicos y el establecimiento de prioridades diagnósticas, extendiendo la disponibilidad del diagnóstico molecular a más disciplinas. La Unidad de Genómica trabaja en diseñar las estrategias que permitan la mayor optimización de los recursos con los que cuenta el hospital, teniendo en cuenta el equipamiento disponible, las prioridades establecidas y la frecuencia de las distintas patologías. Se demuestra el salto significativo operado en nuestras capacidades diagnósticas, tanto en la variedad de enfermedades como en el número de genes analizados, habiendo estudiado a la fecha alrededor de 2.000 pacientes, muchos de los cuales ven de este modo finalizada su odisea diagnóstica. Los estudios de NGS se han convertido en una herramienta de la práctica diaria para la atención de un número importante de pacientes de nuestro hospital. Continuaremos trabajando para ampliar su aplicación a la mayor cantidad de patologías, a través de los mecanismos institucionales ya existentes (AU)

The Garrahan Hospital has been a pioneer in the molecular diagnosis of pediatric diseases in Argentina. The technological advances of the last decades in the area of molecular biology have laid the foundations for the optimization and expansion of molecular diagnostics through massive parallel sequencing of multiple genes. This study describes the process of implementation of next-generation sequencing studies and the development of the Genomics Unit in a public pediatric tertiary hospital, and its impact on the capacity to diagnose rare diseases of genetic origin. The creation of the Interdisciplinary Group of Genomic Studies constituted the institutional pathway for decision-making involving the implementation of new genomic studies and the establishment of diagnostic priorities, extending the availability of molecular diagnostics to additional disciplines. The Genomics Unit is working to design strategies that allow for optimization of the resources available to the hospital, taking into account the equipment available, the priorities established, and the frequency of the different diseases. It demonstrates the significant leap in our diagnostic capabilities, both in the variety of diseases and in the number of genes analyzed. To date, around 2,000 patients have been studies, many of whom have thus completed their diagnostic odyssey. NGS studies have become a tool in daily practice for the care of a significant number of patients in our hospital. We will continue working to expand its application to as many diseases as possible, through the existing institutional mechanisms (AU)

Niveles de Interferón Tipo I en pacientes con Lupus Eritematoso Sistémico / Type I interferon levels in patients with systemic lupus erythematosus

Introducción: El interferón (IFN) tipo I es una citoquina que juega un rol fundamental en la patogenia del Lupus Eritematoso Sistémico (LES). Diferentes niveles de esta citoquina podrían explicar la heterogeneidad de esta patología y ser útil para evaluar la actividad de la misma. Objetivos: Determinar los niveles de IFN tipo I sérico en pacientes con LES y evaluar su utilidad como biomarcador de actividad. Material y Métodos: 16 pacientes con LES (ACR 1997) y 16 controles. Métodos: Actividad de la enfermedad (SLEDAI-2K), daño orgánico (SLICC), IFN tipo I (HEK-Blue-IFNα/β), anticuerpos anti-DNAdc (Inmunofluorescencia Indirecta), anticuerpos anti-ENA (ELISA), C3-C4 (Inmunoturbidimetría). Estadística: InfoStat/Instat/MedCalc. Valores de p<0,05 fueron considerados estadísticamente significativos. Resultados: Se observó un aumento de la concentración de IFN en el grupo LES con respecto al control (p<0,05). Los pacientes con valores de IFN superiores al punto de corte, se asociaron con la presencia de anticuerpos anti-DNAdc (OR:13,33; p<0,05). Pacientes con hipocomplementemia y aquellos con puntaje de SLEDAI-2K mayor a 8 presentaron mayores niveles de IFN comparados con pacientes con complemento normal y menor puntaje de índice, respectivamente (p<0,05). Conclusiones: Estos resultados sugieren la importancia que podría tener la determinación de IFN tipo I para el monitoreo de la actividad del LES.

Introduction: Type I interferon (IFN) is a cytokine that plays a fundamental role in the pathogenesis of Systemic Lupus Erythematosus (SLE). Different levels of this cytokine could explain the heterogeneity of this pathology and be useful to evaluate its activity. Objectives: To determine the serum type I IFN levels in patients with SLE and evaluate its usefulness as a biomarker of activity. Material and Method: 16 patients with SLE (ACR 1997) and 16 controls. Methods: Disease activity (SLEDAI-2K), organ damage (SLICC), type I IFN (HEK-Blue-IFNα/β), anti-dsDNA antibodies (Indirect Immunofluorescence), anti-ENA antibodies (ELISA), C3-C4 (Immunoturbidimetry). Statistics: InfoStat/Instat/MedCalc. P values <0.05 were statistically significant. Results: An increase in IFN concentration was observed in the SLE group respect to the control (p <0.05). Patients with IFN values above the cut-off point were associated with the presence of anti-dsDNA antibodies (OR: 13.33; p<0.05). Hypocomplementemic patients and those with a SLEDAI-2K score greater than 8 had higher IFN levels compared to patients with normal complement and a lower index score, respectively (p<0.05). Conclusions: These results suggest the importance that the determination of IFN type I could have for the monitoring of SLE activity.

Polineuropatía desmielinizante inflamatoria crónica como forma de presentación de lupus eritematoso sistémico / Chronic inflammatory demyelinating polyneuropathy such as presentation of systemic lupus erythematosus

Se describe el caso de una mujer de 35 años que presenta polineuropatía desmielinizante inflamatoria crónica como compromiso neurológico en su diagnóstico inicial de lupus eritematoso sistémico (LES). Si bien el compromiso neurológico es de una prevalencia variable en lupus, la asociación que se describe no es frecuente y tiene importantes connotaciones en el tratamiento.

We described a 35 years old female, who developed Chronic inflammatory demyelinating polyneuropathy as neurologic commitment during the early diagnosis in Systemic Lupus Erithematosus (SLE). While the neuropsychiatric commitment has a variable prevalence in SLE, the association that we describe is infrequent and it has important concerns during its treatment.

Polineuropatía desmielinizante inflamatoria crónica como forma de presentación de lupus eritematoso sistémico / Chronic inflammatory demyelinating polyneuropathy as a form of presentation of systemic lupus erythematosus

Se describe el caso de una mujer de 35 años que presenta polineuropatía desmielinizante inflamatoria crónica como compromiso neurológico en su diagnóstico inicial de lupus eritematoso sistémico (LES). Si bien el compromiso neurológico es de una prevalencia variable en lupus, la asociación que se describe no es frecuente y tiene importantes connotaciones en el tratamiento.

We described a 35 years old female, who developed Chronic inflammatory demyelinating polyneuropathy as neurologic commitment during the early diagnosis in Systemic Lupus Erithematosus (SLE). While the neuropsychiatric commitment has a variable prevalence in SLE, the association that we describe is infrequent and it has important concerns during its treatment.

Leucemias agudas pediátricas de inmunofenotipo inusual / Childhood acute leukemias of unusual phenotype

La mayoría de las Leucemias Agudas (LA) pediátricas pueden clasificarse como Linfoblásticas (principalmente de fenotipo B o T) o Mieloblásticas dependiendo del linaje celular de los blastos, recibiendo tratamiento específico de acuerdo a esta caracterización. La inmunotipificación de las LA se basa en la evaluación de la expresión de antígenos de superficie y/o intracitoplasmáticos de diferenciación linfoide (B o T) o mieloide (My) en los blastos, lo cual permite definir la estirpe celular y clasificar la LA de acuerdo al grado de maduración. Sin embargo, existen grupos particulares poco frecuentes de LA cuya clasificación resulta dificultosa y por eso se las denomina LA de linaje ambiguo (fenotipo mixto/indiferenciadas) y LA de linaje dendrítico. Las de fenotipo mixto son aquellas en las que los blastos expresan marcadores de más de un linaje, y las indiferenciadas aquellas que no expresan antígenos específicos para ningún linaje. Diferentes convenciones se han ido desarrollando para definir y clasificar estos fenotipos inusuales, siendo la más actualizada la propuesta por la Organización Mundial de la Salud (2008). De acuerdo a estas pautas, de 1301 casos de LA diagnosticados entre abril de 1994 y abril de 2009, 28 fueron re-clasificados como LA de linaje Ambiguo, 3 como leucemia mieloide aguda minimamente diferenciadas y 3 como LA de células dendríticas. Debido a lo infrecuente de estos casos, su caracterización resulta relevante, ya que la bibliografía presenta, en general, sólo comunicaciones esporádicas de estos fenotipos particulares. Dada la importante casuística del Hospital Garrahan y el amplio seguimiento de los pacientes, el relevamiento de estos casos inusuales permite caracterizarlos desde el inmunofenotipo, la morfología/citoquímica, la citogenética/biología molecular y evaluar su presentación clínica, evolución, respuesta al tratamiento y sobrevida libre de eventos con la finalidad de colaborar con la definición de su pronóstico y eventualmente con la elaboración de protocolos de tratamiento diferenciados para estos subgrupos de LA (AU)

The majority of childhood acute leukemias (AL) can be classified as lymphoblastic (mainly phenotype B or T) or myeloblastic, depending on the cell lineage of the blasts, requiring specific treatment according to this characterization. Immunotypification of AL is based on surface and/or intracytoplasmic antigen expression with lymhoid (B or T) or myeloide (My) blast differentiation, allowing definition of cell lineage and classification of the AL according to the grade of maturation. Nevertheless, there are rare cases of AL that are difficult to classify, denominated AL of ambiguous lineage (mixed/undifferentiated lineage) and acute dendritic cell leukemia. In AL of the mixed phenotype, the blasts express markers of more than one lineage and in undifferentiated AL, the blasts lack antigen expression of any specific lineage. Different conventions have tried to define and classify these unusual phenotypes, among which the most recent proposal of the World Health Organization (2008). According to the criteria of the latter, of 1301 cases of AL diagnosed between April 1994 and April 2009, 28 were re-classified as AL of ambiguous lineage, 3 as minimally differentiated acute myeloid leukemia, and 3 as acute dendritic cell leukemia. Characterization of these cases is important, as in the literature only sporadic reports of these rare phenotypes are found. Given the large number of patients with a long follow-up of the Garrahan Hospital, a review of these unusual cases allowed characterization from the point of view of the immunophenotype, morphology/cytochemistry, cytogenetics/molecular biology and to evaluate clinical presentation, evolution, response to treatment, and event-free survival to help define the prognosis and develop protocols for the treatment of these subgroups of AL (AU)

Nuevos blancos terapéuticos en leucemia aguda pediatrica: caracterización de las mutaciones del gen FLT3 / Newer therapeutic targets in acute limphoblastic leukemia: characterization of mutations of the gene FLT3

El tratamiento de elección para las leucemias agudas pediátricas es la quimioterapia convencional, que ha permitido obtener tasas de sobrevida que actualmente parecen difíciles de superar. En los últimos años se han intensificado las investigaciones dirigidas a descubrir nuevos blancos terapéuticos, entre los que se encuentra el receptor FLT3. Los blastos leucémicos puede presentar formas mutadas de dicho receptor, siendo las más frecuentes mutaciones internas en tándem (FLT3 ITD) y mutaciones puntuales en la zona de activación (FLT3 ALM). Objetivos: Poner a punto la detección de mutacoines de FLT3, analizar su prevalencia en nuestra población de pacientes con diagnóstico de Leucemia Mieloblástica Aguda (LMA) o de Leucemia Linfoblática Aguda en infantes (LLA I), y evaluar su asociación con parámetros clínicos y de laboratorio. Pacientes y Método: El estudio de las mutaciones se realizó por RT PCR, en un total de 122 pacientes (92 LMA y 30 LLA 1). Resultados: Se detectaron mutaciones en el 15,2 de las LMA y en 10 de las LLA -1. La prevalencia de las FLT3 ITD mostró un aumento gradual con la edad de los pacientes, y la media de edad fue significativamente mayor. Con respecto a asociaciones con recuentos leucocitarios, alteraciones genéticas, subtipos FAB y valor pronóstico, si bien hubo difrencias éstas no furon significtivas. Conclusiones: Este es el primer estuido de mutaciones en FLT3 realizado en población pediátrica en nuestro país. La detección de estas mutaciones permitirá individualizar, en el futuro, a los niños candidatos a recibir drogas inhibidoras de FLT3, actualmente en desarrollo.

Efecto del hábito de fumar sobre las lipoproteínas plasmáticas / Effedt of smoking on the plasmas lipoproteins

Las lipoproteínas plasmáticas han sido objeto de estudios tendientes a poner de mainfiesto al tabaquismo como un factor de riesgo en el desarrollo de la aterosclerosis. Con tal fin en este trabajo se estudian las LP en dos poblaciones cuya única diferencia manifiesta es que una de ellas está compuesta por fumadores de más de 20 cigarrillos por día por más de 3 años. Los resultados muestran un aumento de las LP aterogénicas, de la familia LP B y una disminución de las LP antiaterogénicas de la familia LP A1, con un descenso significativo de los índices de riesgo aterogénico. En suma, esto revela un aumento del poder aterogénico metabólico del plasma de los fumadores. Se concluye que las variaciones producidas en un factor de riesgo aterogénico, las LP, por un factor de riesgo coronario, el tabaquismo, llevan a una alteración metabólica de las mismas que acelera el proceso aterosclerótico en los fumadores. Se plantean los posibles mecanismos actuantes (AU)

Effect of supragingival plaque control on subgingival microflora and gingivo-periodontal tissues

The aim of this study was to carry out a short term evaluation of the effect of supragingival plaque control on the subgingival microflora and gingivoperiodontal tissues in patients with moderate and severe periodontitis. A total of 92 sites from 23 patients were studied; patients ranged between 35 and 60 years of age (x 46.4 +/- 1.71). Plaque Index (PI), Gingival Index (GI), Bleeding on Probing (BP), Probing Depth (PD), and Attachment Level (AL) were measured. Subgingival microflora of the same sites was studied by dark field microscopy, and cultures in non-selective and selective media for Actinobacillus actinomycetemcomitans (Aa), Prevotella intermedia/nigrescens (Pi/n), Porphyromonas gingivalis (Pg) and Fusobacterium nucleatum (Fn). The patients were included in a supragingival plaque control program which included oral hygiene training and assessment, and professional control of supragingival plaque and calculus. After 28 days, measurement of clinical parameters and the microbiological study were repeated. The sites were divided according to baseline PD values into: Group 1 (5 mm), Group 2 (6 mm) and Group 3 (> or = 7 mm). Results revealed a significant reduction in PI scores, GI scores, PB and PD in groups 2 and 3. No significant difference in AL was observed in any of the three groups. PI scores were found to decrease significantly in group 1, and GI scores, BP and PD tended to decrease. A significant increase in coccoid cells and a significant decrease in motile rods and spirochetes, both small and total, was observed in groups 2 and 3. Group 1 showed a significant decrease in medium and total spirochetes. At the end of the study, a significant decrease in Pi/n was found in all three groups. Significant decreases were found in Pg and Fn in Groups 3 and 2 respectively. Although it holds true that supragingival plaque control reduced a potentially pathogenic subgingival microbiota, this effect was not sufficient to be compatible with healthy gingivoperiodontal tissues.

Effect of supragingival plaque control on subgingival microflora and gingivo-periodontal tissues.

The aim of this study was to carry out a short term evaluation of the effect of supragingival plaque control on the subgingival microflora and gingivoperiodontal tissues in patients with moderate and severe periodontitis. A total of 92 sites from 23 patients were studied; patients ranged between 35 and 60 years of age (x 46.4 +/- 1.71). Plaque Index (PI), Gingival Index (GI), Bleeding on Probing (BP), Probing Depth (PD), and Attachment Level (AL) were measured. Subgingival microflora of the same sites was studied by dark field microscopy, and cultures in non-selective and selective media for Actinobacillus actinomycetemcomitans (Aa), Prevotella intermedia/nigrescens (Pi/n), Porphyromonas gingivalis (Pg) and Fusobacterium nucleatum (Fn). The patients were included in a supragingival plaque control program which included oral hygiene training and assessment, and professional control of supragingival plaque and calculus. After 28 days, measurement of clinical parameters and the microbiological study were repeated. The sites were divided according to baseline PD values into: Group 1 (5 mm), Group 2 (6 mm) and Group 3 (> or = 7 mm). Results revealed a significant reduction in PI scores, GI scores, PB and PD in groups 2 and 3. No significant difference in AL was observed in any of the three groups. PI scores were found to decrease significantly in group 1, and GI scores, BP and PD tended to decrease. A significant increase in coccoid cells and a significant decrease in motile rods and spirochetes, both small and total, was observed in groups 2 and 3. Group 1 showed a significant decrease in medium and total spirochetes. At the end of the study, a significant decrease in Pi/n was found in all three groups. Significant decreases were found in Pg and Fn in Groups 3 and 2 respectively. Although it holds true that supragingival plaque control reduced a potentially pathogenic subgingival microbiota, this effect was not sufficient to be compatible with healthy gingivoperiodontal tissues.