Identificación directa de microorganismos a partir de hemocultivos positivos utilizando espectrometría de masas (MALDI-TOF MS) / Direct identification of microorganisms in positive blood culture bottles by mass spectrometry (MALDI-TOF MS)

Resumen La espectrometría de masas (MALDI-TOF MS) permite la identificación de microorganismos directamente de las colonias en pocos minutos. En este estudio se ha desarrollado y evaluado un protocolo reducido para identificar microorganismos directamente de las botellas de hemocultivos positivos en 30 minutos con una alta sensibilidad y especificidad, utilizando MALDITOF. Un total de 2535 hemocultivos positivos fueron estudiados por el método directo de MALDI-TOF MS, a partir de una alícuota de sangre de las botellas y el método de colonia, utilizando los cultivos desarrollados en medios sólidos. Del total de hemocultivos positivos incluidos en este estudio, 2381 (93,9%) fueron monomicrobianos y 146 (5,8%) polimicrobianos. Mil trescientos treinta (55,9%) de los aislamientos correspondieron a cocos gram positivos, 922 (38,7%) a bacilos gram negativos, 60 (2,5%) a anaerobios, 36 (1,5%) a bacilos gram positivos y 13 a levaduras. La concordancia global entre ambos métodos fue del 81,7% a nivel de especie (90,0% para bacilos gram negativos, 76,7% para cocos gram positivos y 33,3% para bacilos gram positivos). Se identificó al menos un germen en el 88% de las botellas positivas con desarrollo polimicrobiano. Los resultados del presente estudio demostraron que el protocolo basado en MALDI-TOF MS permite la identificación microbiana directamente de hemocultivos positivos en un tiempo corto, con una alta precisión, con excepción de los bacilos gram positivos.

Abstract Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) enables the identification of microorganisms directly from colonies within minutes. In this study this technology was adapted and tested for use with blood culture bottles, thus allowing identification in 30 minutes once the blood culture is detected as positive by the automate. A total of 2535 blood culture bottles reported as positive were tested by MALDI-TOF MS directly from positive blood culture bottles and colonies. A total of 2381 (93.9%) and 146 (5.8%) of the positive blood cultures were monomicrobial and polymicrobial, respectively. And 1330 (55.9%), 922 (38.7%), 60 (2.5%), 36 (1.5%) and 13 of the isolates were gram-positive cocci (GPC), gram-negative bacilli (GNB), anaerobic bacteria, gram-positive bacilli (GPB) and yeast respectively. Concordance between both methods was 81.7% (76.7% of GPC, 90% of GNB, 74.2% of anaerobic bacteria and 33.3% of GPB) in monomicrobial cultures. Eighty eight per cent of the polymicrobial cultures were identified correctly in at least one of the two bacteria. The results of the present study show that this fast, MALDI-TOF MS based method allows microbial identification directly from positive blood culture in a short time, with a high accuracy, with the exception of gram-positive bacilli.

Resumo A espectrometria de massa (MALDI-TOF MS) permite a identificação de microorganismos diretamente das colônias em minutos. Nesse estudo, foi desenvolvido um protocolo reduzido para identificar microrganismos diretamente das garrafas de hemoculturas positivas em 30 minutos com alta sensibilidade e especificidade, utilizando MALDI-TOF. Um total de 2535 hemoculturas positivas foram relatadas -o método direto de MALDI-TOF MS, a partir de uma alíquota de sangue dos vidros e o método de colônia, a partir das culturas desenvolvidas em meios sólidos. Do total de hemoculturas positivas incluídas neste estudo, 2.381 (93,9%) eram monomicrobianas e 146 (5,8%) eram polimicrobianas. Mil trezentos e trinta (55,9%) dos isolados corresponderam a cocos gram-positivos, 922 (38,7%) bacilos gram-negativos, 60 (2,5%) anaeróbios, 36 (1,5%) bacilos gram-positivos e 13 leveduras. A concordância geral entre os dois métodos foi de 81,7% em nivel de especie (90,0% para bacilos gram-negativos, 76,7% para cocos gram-positivos e 33,3% para bacilos gram-positivos). Pelo menos um germe foi identificado em 88% dos vidros positivos com desenvolvimento polimicrobiano. Os resultados do presente estudo demonstraram que o protocolo baseado em MALDI-TOF MS permite a identificação microbiana diretamente de hemoculturas positivas em um curto espaço de tempo, com alta precisão, com exceção de bacilos gram-positivos.

Evaluación de diversos métodos fenotípicos para la detección de carbapenemasas KPC en Klebsiella pneumoniae / Evaluation of phenotypic methods for the detection of KPC carbapenemases in Klebsiella pneumoniae

Se investigó el desempeño de diversos métodos fenotípicos para la detección de carbapenemasas KPC en 44 aislamientos de Klebsiella pneumoniae con sensibilidad disminuida a los carbapenems, 30 productores y 14 no productores de KPC. Se determinó la sensibilidad a imipenem, meropenem y ertapenem por dilución en agar y difusión por discos. Se evaluaron los siguientes métodos fenotípicos: sinergia entre discos de carbapenems y discos con los inhibidores amoxicilina/ácido clavulánico (AMC ) y ácido aminofenilborónico (APB); inhibición por "discos combinados" (según una técnica de predifusión diseñada a tal fin en nuestro laboratorio), comparando el efecto de los carbapenems solos o asociados con los inhibidores mencionados; y el test de Hodge modificado, para el cual se propone una lectura cuantificada. El método de Hodge detectó todos los aislamientos KPC positivos con los tres carbapenems evaluados, mientras que fue negativo para todos los aislamientos KPC negativos con imipenem y meropenem, y produjo dos resultados falsos positivos con ertapenem. Cuantificando la lectura de este método se pudieron discriminar objetivamente los resultados verdaderos positivos (≥ 8 mm) de los falsos positivos (< 5 mm). Se observó sinergia entre carbapenems y APB con todos los aislamientos KPC positivos, aunque esto requirió ajustar la distancia entre discos. En los aislamientos KPC negativos no se observó sinergia entre carbapenems y APB. Empleando el método con discos combinados con imipenem o meropenem más APB se detectaron la mayoría de los aislamientos KPC positivos y no se observaron falsos positivos. Por el contrario, las combinaciones carbapenem más AMC no fueron sensibles ni específicas.(AU)

We evaluated phenotypic methods for the detection of KPC carbapenemases in 44 clinical isolates of K. pneumoniae having reduced susceptibility to carbapenems, 30 of which were KPC-positive and 14 KPC-negative. Both the agar dilution and disk diffusion methods were performed for imipenem, meropenem and ertapenem. The following phenotypic methods were assayed: the double disk synergy test, using boronic acid or clavulanic acid as inhibitors, "combined" disks of carbapenem plus inhibitor (boronic acid, clavulanic acid and both boronic plus clavulanic acid), by using a pre-diffusion technique and the modified Hodge test. The double disk diffusion test using boronic acid could detect all KPC-positive isolates, but adjustment of disk distance was necessary for achieving such performance. The simulation of combined disks by our pre-diffusion technique detected all KPCpositive strains for all 3 carbapenems when using boronic acid as inhibitor, clavulanic acid was less susceptible and specific as compared with boronic acid. The modified Hodge test using any carbapenem was clearly positive for all KPC-producing isolates. This test was negative for all KPC-negative strains when imipenem or meropenem were used, but 2/14 isolates yielded a weak positive result when using ertapenem. By measuring the enhanced growth of E. coli ATCC 25922 observed in this test, we could objectively discriminate true-positive (≥ 8 mm) from false-positive results (< 5 mm). Our results show that the use of phenotypic methods is effective for the rapid detection of KPC producers in K. pneumoniae isolates with reduced susceptibility to carbapenems.(AU)

Queratitis infecciosa no viral: factores predisponentes, agentes etiológicos y diagnóstico de laboratorio. / [Non-viral infectious keratitis: predisposing factors, etiologic agents and laboratory diagnosis]

Infectious keratitis cause significant morbidity and, if it is not promptly and appropriately treated, can lead to severe ocular disability. Almost all cases of keratitis are associated to predisposing conditions. In occident, the main risk factor is contact lens wear, but previous ocular surgery or trauma are also important, as well as various ocular surface diseases. An enormous diversity of etiologic agents for infectious keratitis exist, including virus, bacteria, mycobacteria, fungi and parasites. This review provides literature and personal based information about main predisposing factors, etiologic agents and pathophysiology of infectious keratitis, excluding those of viral origin. Focus is made on microbiologic procedures, describing stains and media that should be used, and highlighting their utility. A special mention on particular situations is made, including laboratory diagnosis of Acanthamoeba keratitis, utility of lens cases analysis, keratitis in patients with previous treatment, as well as molecular biology techniques described in ophthalmology.