Identificación directa de microorganismos a partir de hemocultivos positivos utilizando espectrometría de masas (MALDI-TOF MS) / Direct identification of microorganisms in positive blood culture bottles by mass spectrometry (MALDI-TOF MS)

Resumen La espectrometría de masas (MALDI-TOF MS) permite la identificación de microorganismos directamente de las colonias en pocos minutos. En este estudio se ha desarrollado y evaluado un protocolo reducido para identificar microorganismos directamente de las botellas de hemocultivos positivos en 30 minutos con una alta sensibilidad y especificidad, utilizando MALDITOF. Un total de 2535 hemocultivos positivos fueron estudiados por el método directo de MALDI-TOF MS, a partir de una alícuota de sangre de las botellas y el método de colonia, utilizando los cultivos desarrollados en medios sólidos. Del total de hemocultivos positivos incluidos en este estudio, 2381 (93,9%) fueron monomicrobianos y 146 (5,8%) polimicrobianos. Mil trescientos treinta (55,9%) de los aislamientos correspondieron a cocos gram positivos, 922 (38,7%) a bacilos gram negativos, 60 (2,5%) a anaerobios, 36 (1,5%) a bacilos gram positivos y 13 a levaduras. La concordancia global entre ambos métodos fue del 81,7% a nivel de especie (90,0% para bacilos gram negativos, 76,7% para cocos gram positivos y 33,3% para bacilos gram positivos). Se identificó al menos un germen en el 88% de las botellas positivas con desarrollo polimicrobiano. Los resultados del presente estudio demostraron que el protocolo basado en MALDI-TOF MS permite la identificación microbiana directamente de hemocultivos positivos en un tiempo corto, con una alta precisión, con excepción de los bacilos gram positivos.

Abstract Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) enables the identification of microorganisms directly from colonies within minutes. In this study this technology was adapted and tested for use with blood culture bottles, thus allowing identification in 30 minutes once the blood culture is detected as positive by the automate. A total of 2535 blood culture bottles reported as positive were tested by MALDI-TOF MS directly from positive blood culture bottles and colonies. A total of 2381 (93.9%) and 146 (5.8%) of the positive blood cultures were monomicrobial and polymicrobial, respectively. And 1330 (55.9%), 922 (38.7%), 60 (2.5%), 36 (1.5%) and 13 of the isolates were gram-positive cocci (GPC), gram-negative bacilli (GNB), anaerobic bacteria, gram-positive bacilli (GPB) and yeast respectively. Concordance between both methods was 81.7% (76.7% of GPC, 90% of GNB, 74.2% of anaerobic bacteria and 33.3% of GPB) in monomicrobial cultures. Eighty eight per cent of the polymicrobial cultures were identified correctly in at least one of the two bacteria. The results of the present study show that this fast, MALDI-TOF MS based method allows microbial identification directly from positive blood culture in a short time, with a high accuracy, with the exception of gram-positive bacilli.

Resumo A espectrometria de massa (MALDI-TOF MS) permite a identificação de microorganismos diretamente das colônias em minutos. Nesse estudo, foi desenvolvido um protocolo reduzido para identificar microrganismos diretamente das garrafas de hemoculturas positivas em 30 minutos com alta sensibilidade e especificidade, utilizando MALDI-TOF. Um total de 2535 hemoculturas positivas foram relatadas -o método direto de MALDI-TOF MS, a partir de uma alíquota de sangue dos vidros e o método de colônia, a partir das culturas desenvolvidas em meios sólidos. Do total de hemoculturas positivas incluídas neste estudo, 2.381 (93,9%) eram monomicrobianas e 146 (5,8%) eram polimicrobianas. Mil trezentos e trinta (55,9%) dos isolados corresponderam a cocos gram-positivos, 922 (38,7%) bacilos gram-negativos, 60 (2,5%) anaeróbios, 36 (1,5%) bacilos gram-positivos e 13 leveduras. A concordância geral entre os dois métodos foi de 81,7% em nivel de especie (90,0% para bacilos gram-negativos, 76,7% para cocos gram-positivos e 33,3% para bacilos gram-positivos). Pelo menos um germe foi identificado em 88% dos vidros positivos com desenvolvimento polimicrobiano. Os resultados do presente estudo demonstraram que o protocolo baseado em MALDI-TOF MS permite a identificação microbiana diretamente de hemoculturas positivas em um curto espaço de tempo, com alta precisão, com exceção de bacilos gram-positivos.

Evaluación de diversos métodos fenotípicos para la detección de carbapenemasas KPC en Klebsiella pneumoniae / Evaluation of phenotypic methods for the detection of KPC carbapenemases in Klebsiella pneumoniae

Se investigó el desempeño de diversos métodos fenotípicos para la detección de carbapenemasas KPC en 44 aislamientos de Klebsiella pneumoniae con sensibilidad disminuida a los carbapenems, 30 productores y 14 no productores de KPC. Se determinó la sensibilidad a imipenem, meropenem y ertapenem por dilución en agar y difusión por discos. Se evaluaron los siguientes métodos fenotípicos: sinergia entre discos de carbapenems y discos con los inhibidores amoxicilina/ácido clavulánico (AMC ) y ácido aminofenilborónico (APB); inhibición por "discos combinados" (según una técnica de predifusión diseñada a tal fin en nuestro laboratorio), comparando el efecto de los carbapenems solos o asociados con los inhibidores mencionados; y el test de Hodge modificado, para el cual se propone una lectura cuantificada. El método de Hodge detectó todos los aislamientos KPC positivos con los tres carbapenems evaluados, mientras que fue negativo para todos los aislamientos KPC negativos con imipenem y meropenem, y produjo dos resultados falsos positivos con ertapenem. Cuantificando la lectura de este método se pudieron discriminar objetivamente los resultados verdaderos positivos (≥ 8 mm) de los falsos positivos (< 5 mm). Se observó sinergia entre carbapenems y APB con todos los aislamientos KPC positivos, aunque esto requirió ajustar la distancia entre discos. En los aislamientos KPC negativos no se observó sinergia entre carbapenems y APB. Empleando el método con discos combinados con imipenem o meropenem más APB se detectaron la mayoría de los aislamientos KPC positivos y no se observaron falsos positivos. Por el contrario, las combinaciones carbapenem más AMC no fueron sensibles ni específicas.(AU)

We evaluated phenotypic methods for the detection of KPC carbapenemases in 44 clinical isolates of K. pneumoniae having reduced susceptibility to carbapenems, 30 of which were KPC-positive and 14 KPC-negative. Both the agar dilution and disk diffusion methods were performed for imipenem, meropenem and ertapenem. The following phenotypic methods were assayed: the double disk synergy test, using boronic acid or clavulanic acid as inhibitors, "combined" disks of carbapenem plus inhibitor (boronic acid, clavulanic acid and both boronic plus clavulanic acid), by using a pre-diffusion technique and the modified Hodge test. The double disk diffusion test using boronic acid could detect all KPC-positive isolates, but adjustment of disk distance was necessary for achieving such performance. The simulation of combined disks by our pre-diffusion technique detected all KPCpositive strains for all 3 carbapenems when using boronic acid as inhibitor, clavulanic acid was less susceptible and specific as compared with boronic acid. The modified Hodge test using any carbapenem was clearly positive for all KPC-producing isolates. This test was negative for all KPC-negative strains when imipenem or meropenem were used, but 2/14 isolates yielded a weak positive result when using ertapenem. By measuring the enhanced growth of E. coli ATCC 25922 observed in this test, we could objectively discriminate true-positive (≥ 8 mm) from false-positive results (< 5 mm). Our results show that the use of phenotypic methods is effective for the rapid detection of KPC producers in K. pneumoniae isolates with reduced susceptibility to carbapenems.(AU)

Coloración de Gram de muestras tomadas por punción: ¿sigue siendo útil? / Grams stain in needle aspiration specimens. is it yet useful?

Para contribuir a aclarar la frecuente discusión con respecto a la utilidad de la coloración de Gram en el diagnóstico preliminar de un proceso infeccioso, se determinó su utilidad, estudiando 455 muestras tomadas por punción. Se efectuó coloración de Gram, examen microscópico en fresco y cultivo semicuantitativo de 287 muestras provenientes de piel y partes blandas: (celulitis y pie diabético, líquidos abdominales, líquidos sinoviales, heridas quirúrgicas y bilis) y de 168 sitios estériles (LCR, líquido pleural, líquidos ascíticos). La sensibilidad (S), especificidad (E), valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN) fueron: 43,1 por ciento, 97,2 por ciento, 90,4 por ciento y 73,6 por ciento respectivamente para el primer grupo y de 45,5 por ciento, 99,4 por ciento, 83,3 por ciento y 96,3 por ciento respectivamente para el segundo. En las muestras en las que no se observaron microorganismos en la coloración de Gram, en su mayoría se obtuvo desarrollo sólo en medio líquido. Al considerar estos aislamientos como no significativos, la sensibilidad de la coloración de Gram aumentó a 51,7 por ciento para el primer grupo y 66,7 por ciento para el segundo. El grado de concordancia entre la observación de microorganismos en la coloración de Gram y el cultivo fue del 92,2 por ciento. A pesar de su baja S, por su aceptable E, VPP y VPN, bajo costo y rapidez, la coloración de Gram de muestras tomadas por punción constituye un importante aporte para predecir infección y orientar a un adecuado y temprano tratamiento antimicrobiano (AU)

Prevalencia de infección por Chlamydia trachomatis en una población hospitalaria de mujeres adolescentes / Chlamydia infections prevalence in adolescent women of one hospital population

Objetivos: 1) Determinar la prevalencia de infección por Chlamydia trachomatis (CT) en una población hospitalaria de mujeres adolescentes. 2) Analizar factores epidemiológicos asociados. Materiales y métodos: Población: se realizó un estudio prospectivo en 126 mujeres adolescentes seleccionadas al azar que concurrieron a la Sección Adolescencia entre octubre de 2000 a febrero de 2002. Se incluyeron de hasta 21 años de edad inclusive, no embarazadas y que hayan iniciado relaciones sexuales. Métodos: las mujeres fueron interrogadas utilizando un cuestionario diseñado previamente, evaluando sintomatología (disuria, dispareunia, prurito, ardor o dolor vulvar, algia pelviana), conducta sexual y factores demográficos. Se consideraron pacientes sintomáticas a aquellas que presentaron al menos uno de los síntomas antes mencionados. Se recogieron muestras de primer chorro miccional (20 ml) para investigar CT. La detección de este microorganismo se efectuó por la técnica de LCR (reacción en cadena de la ligasa) con LCx Chlamydia trachomatis Assay (Laboratorios Abbott, Argentina). Resultados: La prevalencia de infección por CT en la población estudiada fue del 9.5 por ciento (12/126). Las pacientes sintomáticas fueron 58 (46 por ciento) y las asintomáticas 68 (54 por ciento). No hubo diferencia significativa entre prevalencias de infección en mujeres sintomáticas y asintomáticas (10.3 por ciento y 8.8 por ciento, respectivamente; p>0.05). Sólo el 50 por ciento de las pacientes infectadas presentaron síntomas. El promedio de edad fue de 18.4 años (rango: 14-21). El promedio de edad de mujeres infectadas por CT no difirió significativamente del de las mujeres no infectadas (18.4 vs 18.8; p>0.05). El promedio de IRS en la población infectada y en la no infectada fue de 15.5 y 16.1 años respectivamente. Conclusiones: Las prevalencias de infección por CT en los grupos de pacientes sintomáticas y asintomáticas fue semejante. De esto se desprende la necesidad de realizar un "screening" universal en poblaciones adolescentes sexualmente activas para prevenir el impacto en la fertilidad futura. Es importante destacar la practicidad de utilizar el primer chorro miccional para la detección de CT en una institución hospitalaria (AU)

Utilidad de la espectrometría de masas MALDI-TOF en la identificación de bacterias anaerobias. / [Utility of MALDI-TOF MS for the identification of anaerobic bacteria].

The analysis by MALDI-TOF MS (Matrix-assited laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry) has become a reference method for the identification of microorganisms in Clinical Microbiology. However, data on some groups of microorganisms are still controversial. The aim of this study is to determine the utility of MALDI-TOF MS for the identification of clinical isolates of anaerobic bacteria. One-hundred and six anaerobic bacteria isolates were analyzed by MALDI-TOF MS and by conventional biochemical tests. In those cases where identification by conventional methodology was not applicable or in the face of discordance between sequencing methodologies, 16 S rRNA gene sequence analysis was performed. The conventional method and MALDI-TOF MS agreed at genus and species level by 95.3

. Concordance in gram-negative bacilli was 91.4

and 100

among gram-positive bacilli; there was also concordance both in the 8 isolates studied in gram-positive cocci and in the single gram-negative cocci included. The data obtained in this study demonstrate that MALDI-TOF MS offers the possibility of adequate identification of anaerobic bacteria.

Erythromycin-resistant Streptococcus pyogenes in Argentina.

Erythromycin (ERY) resistance in Streptococcus pyogenes has recently emerged as a problem of growing concern all through the world. We are presenting the comparison of results of the continuous surveillance of erythromycin resistance in S. pyogenes performed since 1989 in the Hospital de Pediatría J.P.Garrahan of Buenos Aires City, with independently observed rates in other five centers of Buenos Aires and seven centers of six other Argentinian cities, obtained between 1999 and 2001. A significant increase of erythromycin resistance was observed among S. pyogenes isolated in the Hospital Garrahan (6.6

in 1998-1999 to 9.9

in 2000). Similar trends were also detected in other centers of other Argentinian cities when recent data were compared to results of a multicenter study performed in 1995. However, lower rates of resistance were recorded in Mendoza, Cipolletti and Neuquén in comparison with data of 1995, 1998 and 1998 respectively. The reason of such decreasing resistance rates deserves to be investigated. The average of ERY-resistance rates obtained in the surveyed centers was 6.7

(range 0.5-14.1

). Control of antimicrobial use should be performed to warrant the future effectiveness of macrolide antibiotics regarding the positive association between use and resistance. These results also suggest that susceptibility tests for macrolides should be performed whenever S. pyogenes is isolated in Argentina.