RESUMEN
Cancer is a multifaceted genetic disease characterized by the acquisition of several essential hallmarks. Notably, certain cancers exhibit horizontal transmissibility, observed across mammalian species and diverse bivalves, the latter referred to as hemic neoplasia. Within this complex landscape, epigenetic mechanisms such as histone modifications and cytosine methylation emerge as fundamental contributors to the pathogenesis of these transmissible cancers. Our study delves into the epigenetic landscape of Cerastoderma edule, focusing on whole-genome methylation and hydroxymethylation profiles in heathy specimens and transmissible neoplasias by means of Nanopore long-read sequencing. Our results unveiled a global hypomethylation in the neoplastic specimens compared to their healthy counterparts, emphasizing the role of DNA methylation in these tumorigenic processes. Furthermore, we verified that intragenic CpG methylation positively correlated with gene expression, emphasizing its role in modulating transcription in healthy and neoplastic cockles, as also highlighted by some up-methylated oncogenic genes. Hydroxymethylation levels were significantly more elevated in the neoplastic samples, particularly within satellites and complex repeats, likely related to structural functions. Additionally, our analysis also revealed distinct methylation and activity patterns in retrotransposons, providing additional insights into bivalve neoplastic processes. Altogether, these findings contribute to understanding the epigenetic dynamics of bivalve neoplasias and shed light on the roles of DNA methylation and hydroxymethylation in tumorigenesis. Understanding these epigenetic alterations holds promise for advancing our broader understanding of cancer epigenetics.
Asunto(s)
Cardiidae , Metilación de ADN , Epigénesis Genética , Metilación de ADN/genética , Animales , Cardiidae/genética , Islas de CpG/genética , Genoma/genética , Neoplasias/genética , Neoplasias/patologíaRESUMEN
Resumen Introducción: Spiraxidae es la familia de gasterópodos terrestres más diversa de México con una distribución principalmente neotropical. Sin embargo, la influencia de las condiciones ambientales de esta región en su distribución aún es poco conocida. Objetivo: Determinar las afinidades zoogeográficas y la influencia de factores ambientales en la distribución de Spiraxidae en México. Métodos: Compilamos registros de distribución de museos y usamos modelos para establecer áreas con composición de especies, concentración de especies, afinidades y relaciones con variables ambientales similares. Resultados: Encontramos 231 especies y subespecies, 96 en el estado de Veracruz y 74 en la Sierra Madre Oriental. La principal afinidad zoogeográfica fue neotropical. El bosque mesófilo de montaña tuvo la mayor cantidad de especies y subespecies (93). Tres de los grupos zonales tienen una composición particular de especies y el 67 % de las especies son especialistas de hábitat. La presencia de especies sigue un gradiente ambiental, con la cubierta de árboles de hoja perenne de hoja ancha y la precipitación media anual como variables determinantes. Las especies del norte tuvieron mayor tolerancia a la aridez y menor cobertura de hojas. Conclusiones: Spiraxidae tiene su mayor diversidad en los estados del Sur de México; sin embargo, la zona nororiental tiene más registros de especies. Estos caracoles se encuentran principalmente en bosques mesófilos de montaña y bosques tropicales siempre verdes. Las especies del norte de México tuvieron una mayor tolerancia a los sitios con poca lluvia y menos cobertura de árboles de hoja perenne de hoja ancha que las especies del sur.
Abstract Introduction: Spiraxidae is the most diverse family of terrestrial gastropods in Mexico with a mainly neotropical distribution. However, the influence of environmental conditions in this region on its distribution is still poorly known. Objective: To determine zoogeographic affinities and the influence of environmental factors on the distribution of Spiraxidae in Mexico. Methods: We compiled museum distribution records and used models to establish areas with similar species composition, species concentration, affinities and relationship with environmental variables. Results: We found 231 species and subspecies, 96 in Veracruz state and 74 in Sierra Madre Oriental. The main zoogeographic affinity was neotropical. Mountain mesophyll forest had the most species and subspecies (93). Three of zone groups have a particular species composition and 67 % of the species are habitat specialists. Species presence follows an environmental gradient, with broadleaf evergreen tree cover and average annual precipitation as determining variables. Northern species had greater tolerance to aridity and reduced leaf cover. Conclusions: Spiraxidae has its greatest diversity in the Southern states of Mexico; however, the Northeastern zone has more species records. These snails mostly occur in mesophyll mountain forest and tropical evergreen forest. Species from Northern Mexico had greater tolerance to sites with low rainfall and less broadleaf evergreen tree cover than Southern species.
Asunto(s)
Animales , Caracoles/clasificación , Distribución Animal , MéxicoRESUMEN
RESUMEN La captura promedio anual de la pesquería de la jaiba azul (Callinectes sapidus) (JA) en Tamaulipas, México se estima en 2 733 T, de la cual, el 82 % se pesca en la Laguna Madre, sitio que se considera aprovechado al máximo de su capacidad. El objetivo de la presente investigación fue modelar la captura anual de la JA en la Laguna Madre, Tamaulipas, mediante el ajuste de funciones matemáticas de tipo lineal y no lineal (o curvilínea), a la serie de tiempo de 1998 a 2012, además de identificar las fases de desarrollo de la pesquería, de acuerdo a varios modelos generalizados. Se utilizó el enfoque de la teoría de la información y el procedimiento de la inferencia multimodelo (IMM). Se ajustaron 11 modelos de regresión lineal y no lineal. Para la selección de modelos se utilizaron los criterios de información Akaike corregido (CIAc) y bayesiano (CIB). Para el IMM se consideró el nivel ∆i <2de plausibilidad de CIAc y CIB. Los modelos elegidos para el IMM fueron compuesto, crecimiento, exponencial, logístico, potencial y el sigmoideo, considerándose como más adecuados los primeros cuatro modelos citados. Los modelos promedio del IMM presentaron valores de β 0 y β 1 de 0.939 y 0.377 respectivamente, según CIAc; y de 0.952 y 0.344 respectivamente, de acuerdo al CIB. Solo los modelos compuesto y logístico mostraron significancia estadística en sus dos parámetros de regresión (β 0 y β 1). El índice de sustentabilidad pesquera reveló seis periodos de la captura y una disminución en magnitud de los cambios de la captura. La serie de datos analizada incluye dos ciclos de vida de acuerdo a los modelos de Csirke y Caddy. Los resultados mostraron que al final del periodo estudiado la pesquería se encontraba en colapso y decadencia.
ABSTRACT The average annual catch of the blue crab (Callinectes sapidus) (BC) fishery in Tamaulipas, Mexico is estimated at 2 733 T, of which the 82 % is caught in the Laguna Madre, which is considered to be exploited to the maximum of its capacity. The objective of the present investigation was to model the annual catch of the BC in the Laguna Madre, Tamaulipas, by adjusting mathematical functions of the linear and nonlinear (or curvilinear) type, to the time series from 1998 to 2012. In addition, the phases of development of the fishery, according to several generalized models, were identified. We used the information theory approach and multimodel inference procedure (MMI). Eleven linear and nonlinear regression models were fitted. For the selection of models, the corrected Akaike corrected (AICc) and Ba-yesian (BIC) information criteria were used. For the MMI, the level ∆i < 2 of plausibility of AICc and BIC was considered. The models chosen for the MMI were compound, growth, exponential, logistic, potential and the sigmoid, with the first four models being considered the most suitable of all those cited. The average models of the MMI presented values of β 0 and β 1: 0.939 and 0.377 respectively, according to CIAc; and 0.952 and 0.344 respectively, according to the CIB. Only the composite and logistic models showed statistical significance in their two regression parameters (β 0 and β 1). The fishery sustainability index revealed six catch periods and a decrease in magnitude of catch changes. The data series analyzed includes two life cycles according to the Csirke and Caddy models. The results showed that at the end of the studied period the fishery was in collapse and decay.
RESUMEN
ResumenLa captura de la jaiba azul (Callinectes sapidus) es una de las principales del Estado de Tamaulipas, México, tanto por su volumen y precio de venta, como por la generación de empleo, pero se cuenta con escasa información de sus características biológicas. El objetivo del presente estudio fue evaluar los parámetros de crecimiento de la jaiba azul, estableciendo el método más adecuado para realizarlo. Se estimó la frecuencia de tallas de 17 814 jaibas de muestreos realizados de enero a junio 2009, provenientes de la captura comercial de trece localidades, comprendidas en cuatro lagunas costeras: Laguna El Barril, Laguna Madre, Laguna de Morales y Laguna de San Andrés. Los parámetros de crecimiento se estimaron usando los métodos indirectos ELEFAN, PROJMAT y SLCA en combinación con la técnica jackknife para establecer la incertidumbre de las estimaciones inherentes a cada método. Los parámetros de crecimiento L∞ y k se unificaron para efectos comparativos mediante el índice de crecimiento phi prima (Φ’). Con una moda de 110 mm, el intervalo de longitud de caparazón varió entre 60 y 205 mm. Los valores de los parámetros de crecimiento variaron de acuerdo al método utilizado. Utilizando SLCA, L∞ varió entre 259 y 260 mm y k osciló entre 0.749 y 0.750/año; con PROJMAT, L∞ registró valores entre 205 y 260 mm y k fluctuó entre 0.550 y 0.740/año, y con ELEFAN, L∞ osciló entre 156 y 215 mm y k varió entre 0.479 y 0.848/año. Las estimaciones mediante jackknife detectaron nula variabilidad en Φ’ entre localidades y diferencias significativas entre métodos. Los rangos de valores de Φ’ estimados por SLCA y PROJMAT (4.70 a 4.71 y 4.66 a 4.70, respectivamente) se ubicaron en el rango reportado por la literatura (4.201-4.798), mientras que ELEFAN aportó valores significativamente menores (3.87 a 4.27). Los métodos SLCA y PROJMAT en combinación con la técnica jackknife, resultaron ser los más adecuados para estimar los parámetros de crecimiento de C. sapidus.
AbstractThe capture blue crab (Callinectes sapidus) is one of the major fisheries of the state of Tamaulipas, Mexico; both in volume and selling price, as well as employment generation, but there is little information on its biological characteristics. The aim of this study was to evaluate the growth parameters of the blue crab, establishing the most appropriate method. We estimated the length frequency of 17 814 crabs from commercial catch of thirteen locations, including four coastal lagoons. The lagoons were El Barril, Madre, Morales and San Andrés from Tamaulipas, State. Growth parameters were evaluated using indirect methods ELEFAN, PROJMAT and SLCA in combination with the jackknife technique to establish the uncertainty of estimates inherent in each method. The growth parameters L∞ and k were consolidated for purposes of comparison with the growth index phi prime (Φ’). With a mode of 110 mm, the interval carapace length varied between 60 and 205 mm. The values of the growth parameters varied according to the method used. Using SLCA, L∞ varied between 259 and 260 mm and k ranged between 0.749 and 0.750 /year; with PROJMAT, L∞ recorded values between 205 and 260 mm, k fluctuated between 0.550 and 0.740/year, and with ELEFAN, L∞ ranged between 156 and 215 mm and k varied between 0.479 and 0.848/year. Estimates by jackknife detected no variability in Φ’ between locations and significant differences between methods. The ranges of values of Φ’ and PROJMAT estimated SLCA (4.70 to 4.71 and 4.66 to 4.70, respectively) were in the range reported in the literature (4.201-4.798), while lower values ELEFAN contributed significantly (3.87 to 4.27). The SLCA and PROJMAT methods in combination with the jackknife technique, proved to be the most suitable to estimate the growth parameters of C. sapidus. Rev. Biol. Trop. 64 (2): 821-836. Epub 2016 June 01.