A Benchmark of In-House Homologous Recombination Repair Deficiency Testing Solutions for High-Grade Serous Ovarian Cancer Diagnosis.

Homologous recombination deficiency (HRD) has become an important prognostic and predictive biomarker for patients with high-grade serous ovarian cancer who may benefit from poly-ADP ribose polymerase inhibitors (PARPi) and platinum-based therapies. HRD testing provides relevant information to personalize patients' treatment options and has been progressively incorporated into diagnostic laboratories. Here, we assessed the performance of an in-house HRD testing system deployable in a diagnostic clinical setting, comparing results from two commercially available next-generation sequencing (NGS)-based tumor tests (SOPHiA DDMTM HRD Solution and AmoyDx® (HRD Focus Panel)) with the reference assay from Myriad MyChoice® (CDx). A total of 85 ovarian cancer samples were subject to HRD testing. An overall strong correlation was observed across the three assays evaluated, regardless of the different underlying methods employed to assess genomic instability, with the highest pairwise correlation between Myriad and SOPHiA (R = 0.87, p-value = 3.39 × 10-19). The comparison of the assigned HRD status to the reference Myriad's test revealed a positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) of 90.9% and 96.3% for SOPHiA's test, while AmoyDx's test achieved 75% PPV and 100% NPV. This is the largest HRD testing evaluation using different methodologies and provides a clear picture of the robustness of NGS-based tests currently offered in the market. Our data shows that the implementation of in-house HRD testing in diagnostic laboratories is technically feasible and can be reliably performed with commercial assays. Also, the turnaround time is compatible with clinical needs, making it an ideal alternative to offer to a broader number of patients while maintaining high-quality standards at more accessible price tiers.

Descriptive anatomy of the anterior cruciate ligament femoral insertion / Anatomia descritiva da inserção femoral do ligamento cruzado anterior

ABSTRACT Objective: To evaluate the morphology of the anterior cruciate ligament (ACL) femoral insertion in order to describe its anatomical features and insertion site location, with the aim of verifying if the ACL femoral insertion has individual characteristics and to provide information for appropriate femoral tunnel placement on anatomic ACL reconstruction. Methods: Sixteen knees obtained from amputations were studied. The ACL femoral bundles and insertion shape were observed macroscopically, and the ligaments insertion length and thickness were measured with a digital caliper. The distances between the limits of the ligament to the articular cartilage, and the measurement of the area of insertion were checked using ImageJ software. Results: The ACL femoral insertion site was eccentric, closer to the deep condyle cartilage. In ten knees (62.5%), the ACL femoral insertion was oval; the mean length of the insertion was 16.4 mm, varying from 11.3 to 19.3 mm, the mean thickness varied from 7.85 to 11.23 mm, and the mean area of the insertion was 99.7 mm2, varying from 80.9 a 117.2 mm2. The mean distances between the limits of the ligament to the superficial, deep, and inferior articular cartilage were 9.77 ± 1.21, 2.60 ± 1.20, and 1.86 ± 1.15 mm, respectively. Conclusion: There was a 30% to 40% difference between the minimum and maximum results of measurements of ACL femoral insertion length, thickness, and area demonstrating an important individual variation. The insertion site was eccentric, closer to the deep cartilage of the lateral femoral condyle.

RESUMO Objetivo: Avaliar os aspectos morfológicos da inserção femoral do ligamento cruzado anterior (LCA) para definir suas características anatômicas e a localização de seu sítio de inserção, com a finalidade de verificar se essa inserção tem características individuais e para prover informações para o posicionamento adequado do túnel femoral na reconstrução anatômica do LCA. Métodos: Foram examinados 16 joelhos originados de amputações. Nesses, foram observados macroscopicamente o número de bandas e o formato das inserções ligamentares. Foram medidos, com um paquímetro digital, o comprimento e a espessura dessas inserções. As distâncias entre os limites do ligamento e a cartilagem articular e a medida da área de inserção ligamentar foram avaliadas com o software ImageJ. Resultados: A localização do sítio de inserção ligamentar do LCA no côndilo femoral lateral foi excêntrica, mais próxima da cartilagem condilar profunda. Em dez joelhos (62,5%) as inserções foram ovais; o comprimento médio das inserções foi de 16,4 mm, variou de 11,3 a 19,3 mm; a espessura variou de 7,85 a 11,23 mm (média de 9,62). A área média das inserções foi de 99,7 mm2, variou de 80,9 a 117,2 mm2. As distâncias médias entre os limites do ligamento até a cartilagem articular superficial, profunda e inferior foram, respectivamente, 9,77 ± 1,21; 2,60 ± 1,20 e 1,86 ± 1,15. Conclusão: Houve uma diferença de 30% a 40% entre os resultados mínimo e máximo das mensurações do comprimento, da espessura e da área das inserções femorais do LCA, evidenciou uma variação individual importante. O sítio de inserção do LCA foi excêntrico, mais próximo da cartilagem articular profunda do côndilo femoral lateral.

Descriptive anatomy of the anterior cruciate ligament femoral insertion.

OBJECTIVE: To evaluate the morphology of the anterior cruciate ligament (ACL) femoral insertion in order to describe its anatomical features and insertion site location, with the aim of verifying if the ACL femoral insertion has individual characteristics and to provide information for appropriate femoral tunnel placement on anatomic ACL reconstruction. METHODS: Sixteen knees obtained from amputations were studied. The ACL femoral bundles and insertion shape were observed macroscopically, and the ligaments insertion length and thickness were measured with a digital caliper. The distances between the limits of the ligament to the articular cartilage, and the measurement of the area of insertion were checked using ImageJ software. RESULTS: The ACL femoral insertion site was eccentric, closer to the deep condyle cartilage. In ten knees (62.5%), the ACL femoral insertion was oval; the mean length of the insertion was 16.4 mm, varying from 11.3 to 19.3 mm, the mean thickness varied from 7.85 to 11.23 mm, and the mean area of the insertion was 99.7 mm2, varying from 80.9 a 117.2 mm2. The mean distances between the limits of the ligament to the superficial, deep, and inferior articular cartilage were 9.77 ± 1.21, 2.60 ± 1.20, and 1.86 ± 1.15 mm, respectively. CONCLUSION: There was a 30% to 40% difference between the minimum and maximum results of measurements of ACL femoral insertion length, thickness, and area demonstrating an important individual variation. The insertion site was eccentric, closer to the deep cartilage of the lateral femoral condyle.

OBJETIVO: Avaliar os aspectos morfológicos da inserção femoral do ligamento cruzado anterior (LCA) para definir suas características anatômicas e a localização de seu sítio de inserção, com a finalidade de verificar se essa inserção tem características individuais e para prover informações para o posicionamento adequado do túnel femoral na reconstrução anatômica do LCA. MÉTODOS: Foram examinados 16 joelhos originados de amputações. Nesses, foram observados macroscopicamente o número de bandas e o formato das inserções ligamentares. Foram medidos, com um paquímetro digital, o comprimento e a espessura dessas inserções. As distâncias entre os limites do ligamento e a cartilagem articular e a medida da área de inserção ligamentar foram avaliadas com o software ImageJ. RESULTADOS: A localização do sítio de inserção ligamentar do LCA no côndilo femoral lateral foi excêntrica, mais próxima da cartilagem condilar profunda. Em dez joelhos (62,5%) as inserções foram ovais; o comprimento médio das inserções foi de 16,4 mm, variou de 11,3 a 19,3 mm; a espessura variou de 7,85 a 11,23 mm (média de 9,62). A área média das inserções foi de 99,7 mm2, variou de 80,9 a 117,2 mm2. As distâncias médias entre os limites do ligamento até a cartilagem articular superficial, profunda e inferior foram, respectivamente, 9,77 ± 1,21; 2,60 ± 1,20 e 1,86 ± 1,15. CONCLUSÃO: Houve uma diferença de 30% a 40% entre os resultados mínimo e máximo das mensurações do comprimento, da espessura e da área das inserções femorais do LCA, evidenciou uma variação individual importante. O sítio de inserção do LCA foi excêntrico, mais próximo da cartilagem articular profunda do côndilo femoral lateral.