PCR-based quantification of taxa-specific abundances in microbial communities: Quantifying and avoiding common pitfalls.

Bonk, Fabian; Popp, Denny; Harms, Hauke; Centler, Florian

Bonk, Fabian; Popp, Denny; Harms, Hauke; Centler, Florian.

Afiliación

Bonk F; Department of Environmental Microbiology, UFZ - Helmholtz Centre for Environmental Research, Permoserstraße 15, 04318 Leipzig, Germany.
Popp D; Department of Environmental Microbiology, UFZ - Helmholtz Centre for Environmental Research, Permoserstraße 15, 04318 Leipzig, Germany. Electronic address: denny.popp@ufz.de.
Harms H; Department of Environmental Microbiology, UFZ - Helmholtz Centre for Environmental Research, Permoserstraße 15, 04318 Leipzig, Germany.
Centler F; Department of Environmental Microbiology, UFZ - Helmholtz Centre for Environmental Research, Permoserstraße 15, 04318 Leipzig, Germany.

J Microbiol Methods ; 153: 139-147, 2018 10.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-30267718

Asunto(s)

Bacterias/clasificación; Microbiota; Reacción en Cadena en Tiempo Real de la Polimerasa/métodos; ADN Bacteriano/genética; Genoma Bacteriano; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento/métodos; Modelos Teóricos; ARN Ribosómico 16S/genética; Especificidad de la Especie

Palabras clave

16S rRNA gene amplicon sequencing; 16S rRNA gene copy number variation; Absolute abundance quantification; Biomass quantification; Ploidy; Quantitative real-time PCR (qPCR)

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Bacterias / Reacción en Cadena en Tiempo Real de la Polimerasa / Microbiota Tipo de estudio: Incidence_studies Idioma: En Revista: J Microbiol Methods Año: 2018 Tipo del documento: Article País de afiliación: Alemania

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