Genome Sequencing and Characterization of an Avian Orthoavulavirus 1 VG/GA-like Isolate with a Unique Fusion Cleavage Site Motif.

ABSTRACT

A complete genome sequence of a VG/GA -like strain of avian orthoavulavirus 1 (AOAV-1) was identified by nontargeted next-generation sequencing of an oropharyngeal swab sample collected from a carcass of a 12-mo-old backyard chicken. The isolate has a fusion (F) protein cleavage site motif consistent with a low virulent AOAV-1, but it has a unique motif with phenylalanine at position 117 (112G-R-Q-G-R↓F117), which is typical for virulent AOAV-1 strains. The one nucleotide difference at the cleavage site compared to other low-virulence viruses made the isolate detectable by F-gene-specific real-time reverse transcription-PCR (rRT-PCR) developed as a diagnostic test to specifically detect virulent strains. The mean death time determined in eggs and intracerebral pathogenicity index determined in chickens classified the isolate as lentogenic. This is the first report of a lentogenic VG/GA-like virus with a phenylalanine residue at position 117 of the F protein cleavage site in the United States. In addition to concern for potential pathogenic shift of the virus through additional changes at the cleavage site, our finding warrants increased awareness of diagnosticians of potential false positive F-gene rRT-PCR tests.

RESUMEN

Secuenciación y caracterización del genoma de un aislado similar a VG/GA del ortoavulavirus aviar 1 con un motivo único en el sitio de disociación del gene de fusión. Se identificó una secuencia genómica completa de una cepa similar a la cepa Villegas-Glisson/Universidad de Georgia (VG/GA) del ortoavulavirus aviar 1 (AOAV-1) mediante secuenciación no dirigida de nueva generación de una muestra de hisopo orofaríngeo recolectada de una gallina muerta de traspatio de 12 meses. El aislado tiene un motivo en el sitio de disociación de la proteína de fusión (F) consistente con un ortoavulavirus aviar de baja virulencia, pero tiene un motivo único con fenilalanina en la posición 117 (112G-R-Q-G-R↓F117), que es típico para cepas virulentas del AOAV-1. La diferencia de un nucleótido en el sitio de escisión en comparación con otros virus de baja virulencia hizo que el aislado fuera detectable mediante transcripción reversa y PCR en tiempo real en tiempo real específica del gene F (rtRT-PCR) desarrollada como una prueba de diagnóstico para detectar específicamente a las cepas virulentas. El tiempo medio de muerte determinado en huevos y el índice de patogenicidad intracerebral determinado en pollos clasificaron al aislado como lentogénico. Este es el primer informe en los Estados Unidos de un virus lentogénico similar a VG/GA con un residuo de fenilalanina en la posición 117 del sitio de disociación de la proteína F. Además de la preocupación por el posible cambio patogénico del virus a través de cambios adicionales en el sitio de disociación, nuestro contribuye con un mayor conocimiento por parte del personal de diagnóstico acerca de posibles falsos positivos en las pruebas rtRT-PCR del gene F.