Comparison of saliva and oro-nasopharyngeal swab sample in the molecular diagnosis of COVID-19

ABSTRACT

SUMMARY BACKGROUND Healthcare personnel are at risk of becoming infected while taking upper and/or lower respiratory tract specimens. Therefore, there is a need for sampling methods that do not risk infecting them. In this study, we aimed to compare the saliva and Oro-Nasopharyngeal Swab (ONS) sampling methods. METHODS Patients were divided into three groups. Group 1 included patients whose diagnosis of COVID-19 was confirmed by polymerase chain reaction (PCR). Group 2 included patients with COVID-19 compatible findings in lung computed tomography (CT), but with a negative PCR. Group 3 included patients who presented to the emergency department with COVID-19 compatible complaints but had normal CT. Saliva and ONS samples were taken on the third day of hospitalization in groups 1 and 2, whereas in group 3, they were taken at the time of admission to the hospital. RESULTS A total of 64 patients were included in the study. The average age was 51.04 ± 17.9 years, and 37 (57.8%) were male. SARS-CoV-2 was detected in 27 (42.2%) patients' saliva samples. While the sensitivity and positive predictive value of saliva samples were 85.2%, specificity and negative predictive value were 89.2%. The value of kappa was in substantial agreement (0.744), and it was found statistically significant (<0.001). CONCLUSIONS Saliva samples can be used instead of ONS samples in detecting SARS-CoV-2. Investigating SARS-CoV-2 with saliva is cheaper, easier for the patient and overall, and, most importantly, it poses much less risk of SARS-CoV-2 contamination to healthcare personnel.

RESUMO

RESUMO OBJETIVO Funcionários da saúde correm risco de infecção ao coletar amostras do trato superior e/ou inferior. Portanto, existe a necessidade de métodos de coleta de amostras que não representem um risco de infecção. Neste estudo, nosso objetivo foi comparar as métodos de coleta de saliva e swab de naso e orofaringe (ONS). MÉTODOS Os pacientes foram divididos em três grupos. O Grupo 1 incluiu pacientes cujo diagnóstico de COVID-19 foi confirmado por reação em cadeia da polimerase (PCR). O Grupo 2 incluiu pacientes com achados compatíveis com COVID-19 em exames de tomografia computadorizada (TC), mas com PCR negativo. O Grupo 3 incluiu pacientes que compareceram ao departamento de emergência com queixas compatíveis com COVID-19, mas TC normal. Amostras de saliva e ONS foram coletadas no terceiro dia de internação, nos Grupos 1 e 2, já no Grupo 3, foram coletadas no momento da internação. RESULTADOS Um total de 64 pacientes foram incluídos no estudo. A média de idade foi de 51,04 ± 17,9 anos, e 37 (57,8%) eram do sexo masculino. SARS-CoV-2 foi detectado em 27 (42,2%) amostras de saliva dos pacientes. A sensibilidade e valor preditivo positivo foi de 85,2% nas amostras de saliva, já a especificidade e o valor preditivo negativo foi 89,2%. O valor de Kappa estava substancialmente de acordo (0,744) e era estatisticamente significante (<0,001). CONCLUSÃO Amostras de saliva podem ser usada em vez de ONS na detecção de SARS-CoV-2. O uso de amostras de saliva para detecção de SARS-CoV-2 é mais barato, mais fácil para o paciente e em geral e, mais importante, representa um risco muito menor de contaminação de SARS-CoV-2 para os profissionais da saúde.