Genetic characterization of a hantavirus isolated from Heilongjiang province, China.

ABSTRACT

Hantavirus is the causative agent of hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS). Heilongjiang Province is experiencing an epidemic of HFRS, the main causative agent is a variant of hantavirus called Seoul virus (SEOV). In this study, the entire genome of one SEOV, the DN2 strain, was sequenced and analyzed. The alignment analysis of the sequences indicated that the DN2 strain shares the highest homology with the SEOV-LYO852 strain. The nucleotide identity is 97.6% for the S segment, 97.7% for the M segment, and 98.0% for the L segment. The corresponding amino acid sequence homologies are 99.1%, 98.9% and 99.8%. The phylogenetic analysis of the segments suggests that the DN2 strain has a high genetic relationship with SEOV strains and no genetic recombination occurs.

L'Hantavirus est l'agent causal de la fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR). La province d'Heilongjiang est au prise avec une épidémie de FHSR, l'agent causal principal est un variant de l'Hantavirus dénommé virus Séoul (SEOV). Dans la présente étude, les séquences complètes d'un SEOV, la souche DN2, ont été séquencées et analysées. L'analyse d'appariement des séquences a démontré que la souche DN2 partage la plus forte homologie avec la souche SEOV-LYO852. L'identité de nucléotides est de 97,6 % pour le segment S, 97,7 % pour le segment M, et de 98,0 % pour le segment L. L'homologie des séquences d'acides aminés correspondants est de 99,1 %, 98,9 %, et 99,8 %. L'analyse phylogénétique des segments suggéraient que la souche DN2 avait une parenté génétique la plus élevée avec les souches de SEOV et qu'aucune recombinaison génétique ne s'est produite.(Traduit par Docteur Serge Messier).