Results of the implementation of a pharmacogenomics platform based on NGS technologies. Combining clinical and research approaches.

RESUMEN

OBJETIVO: A medida que se incorporan más genes a los procesos  farmacogenómicos asistenciales y se otorga más importancia a las variantes raras, el uso de paneles de secuenciación dirigida por captura se ha  propuesto como una alternativa muy eficiente atendiendo a sus costes, su  rendimiento y la cobertura profunda, característica de los datos de  secuenciación de nueva generación de alta calidad. El objeto de este trabajo es  describir la prevalencia de variantes farmacogenéticas clínicamente  procesables descritas previamente en la literatura científica, así como de  nuevas variantes identificadas mediante tecnologías de secuenciación de nueva  generación y evaluar los fármacos potencialmente afectados por estas  variantes.Método: Se evaluó un panel de 18 genes relacionados con la  farmacogenómica clínicamente procesables en 41 individuos con diagnóstico de  cáncer de mama que van a recibir tratamiento adyuvante y neoadyuvante.  Se estudió  la literatura científica, así como de los fenotipos farmacogenéticos  clasificados según los estándares de interpretación actuales. Asimismo, se  evaluaron los tratamientos farmacológicos potencialmente afectados por las  variantes identificadas. Se estimó la prevalencia de variantes posiblemente  deletéreas no descritas previamente seleccionadas con criterios  bioinformáticos. RESULTADOS: Todos los individuos fueron portadores de variantes clínicamente procesables, con una media de 4,02 genes afectados por alguna variante por individuo. Los genes VKORC1, CYP4F2, CYP2C19, CYP2D6 y CYP2B6 fueron los más polimórficos, con más de un 50% de  pacientes con fenotipos procesables; un 15-50% en UGT1A1, SLCO1B1,  CYP2C9 y TPMT y un 2-15% HLA-B, CYP3A5, HLA-A y DPYD. No se  identificaron variantes procesables en RYR1, CACNA1S, G6PD, F5 y NUDT15.  Estas variantes afectarían a la respuesta de un 84% de los fármacos descritos  en las principales guías de farmacogenética. Las variantes posiblemente  deletéreas no descritas previamente supusieron un 11,4% del total de  variantes clínicamente procesables y están presentes en un 12,2% de los  pacientes. CONCLUSIONES: Los resultados obtenidos constatan una alta prevalencia de  variantes clínicamente procesables tanto comunes, previamente descritas en la  literatura, como raras, no estudiadas con abordajes tecnológicos convencionales y candidatas a una caracterización molecular y/o  clínica más exhaustiva.