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1.
PLoS One ; 11(3): e0150273, 2016.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-26943165

RESUMO

Plantago ovata is an economically and medicinally important plant of the family Plantaginaceae. It is used extensively for the production of seed husk for its application in pharmaceutical, food and cosmetic industries. In the present study, the transcriptome of P. ovata ovary was sequenced using Illumina Genome Analyzer platform to characterize the mucilage biosynthesis pathway in the plant. De novo assembly was carried out using Oases followed by velvet. A total of 46,955 non-redundant transcripts (≥100 bp) using ~29 million high-quality paired end reads were generated. Functional categorization of these transcripts revealed the presence of several genes involved in various biological processes like metabolic pathways, mucilage biosynthesis, biosynthesis of secondary metabolites and antioxidants. In addition, simple sequence-repeat motifs, non-coding RNAs and transcription factors were also identified. Expression profiling of some genes involved in mucilage biosynthetic pathway was performed in different tissues of P. ovata using Real time PCR analysis. The study has resulted in a valuable resource for further studies on gene expression, genomics and functional genomics in P. ovata.


Assuntos
Perfilação da Expressão Gênica , Plantago/genética , Plantas Medicinais/genética , Análise de Sequência de RNA/métodos , Composição de Bases/genética , Regulação da Expressão Gênica de Plantas , Ontologia Genética , Genes de Plantas , Redes e Vias Metabólicas/genética , Repetições de Microssatélites/genética , Anotação de Sequência Molecular , Motivos de Nucleotídeos/genética , Proteoma/metabolismo , Controle de Qualidade , RNA Mensageiro/genética , RNA Mensageiro/metabolismo , RNA não Traduzido/genética , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real , Reprodução , Homologia de Sequência de Aminoácidos , Software , Fatores de Transcrição/metabolismo
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