Metagenomic analysis of carbohydrate-active enzymes and their contribution to marine sediment biodiversity.

Marine sediments constitute the world's most substantial long-term carbon repository. The microorganisms dwelling in these sediments mediate the transformation of fixed oceanic carbon, but their contribution to the carbon cycle is not fully understood. Previous culture-independent investigations into sedimentary microorganisms have underscored the significance of carbohydrates in the carbon cycle. In this study, we employ a metagenomic methodology to investigate the distribution and abundance of carbohydrate-active enzymes (CAZymes) in 37 marine sediments sites. These sediments exhibit varying oxygen availability and were isolated in diverse regions worldwide. Our comparative analysis is based on the metabolic potential for oxygen utilisation, derived from genes present in both oxic and anoxic environments. We found that extracellular CAZyme modules targeting the degradation of plant and algal detritus, necromass, and host glycans were abundant across all metagenomic samples. The analysis of these results indicates that the oxic/anoxic conditions not only influence the taxonomic composition of the microbial communities, but also affect the occurrence of CAZyme modules involved in the transformation of necromass, algae and plant detritus. To gain insight into the sediment microbial taxa, we reconstructed metagenome assembled genomes (MAG) and examined the presence of primary extracellular carbohydrate active enzyme (CAZyme) modules. Our findings reveal that the primary CAZyme modules and the CAZyme gene clusters discovered in our metagenomes were prevalent in the Bacteroidia, Gammaproteobacteria, and Alphaproteobacteria classes. We compared those MAGs to organisms from the same taxonomic classes found in soil, and we found that they were similar in its CAZyme repertoire, but the soil MAG contained a more abundant and diverse CAZyme content. Furthermore, the data indicate that abundant classes in our metagenomic samples, namely Alphaproteobacteria, Bacteroidia and Gammaproteobacteria, play a pivotal role in carbohydrate transformation within the initial few metres of the sediments.

Analysing the dynamics of the bacterial community in pozol, a Mexican fermented corn dough.

Pozol is a traditional prehispanic Mexican beverage made from fermented nixtamal dough; it is still part of everyday life in many communities due to its nutritional properties. It is the product of spontaneous fermentation and has a complex microbiota composed primarily of lactic acid bacteria (LAB). Although this is a beverage that has been used for centuries, the microbial processes that participate in this fermented beverage are not well understood. We fermented corn dough to produce pozol and sampled it at four key times to follow the community and metabolic changes (0, 9 24 and 48 h) by shotgun metagenomic sequencing to determine structural changes in the bacterial community, as well as metabolic genes used for substrate fermentation, nutritional properties and product safety. We found a core of 25 abundant genera throughout the 4 key fermentation times, with the genus Streptococcus being the most prevalent throughout fermentation. We also performed an analysis focused on metagenomic assembled genomes (MAGs) to identify species from the most abundant genera. Genes involving starch, plant cell wall (PCW), fructan and sucrose degradation were found throughout fermentation and in MAGs, indicating the metabolic potential of the pozol microbiota to degrade these carbohydrates. Complete metabolic modules responsible for amino acid and vitamin biosynthesis increased considerably during fermentation, and were also found to be abundant in MAG, highlighting the bacterial contribution to the well-known nutritional properties attributed to pozol. Further, clusters of genes containing CAZymes (CGCs) and essential amino acids and vitamins were found in the reconstructed MAGs for abundant species in pozol. The results of this study contribute to our understanding of the metabolic role of micro-organisms in the transformation of corn to produce this traditional beverage and their contribution to the nutritional impact that pozol has had for centuries in the traditional cuisine of southeast Mexico.

Corrigendum: Diversity of Weissella confusa in Pozol and Its Carbohydrate Metabolism.

[This corrects the article DOI: 10.3389/fmicb.2021.629449.].

Diversity of Weissella confusa in Pozol and Its Carbohydrate Metabolism.

The genus Weissella is composed of a group of Gram-positive facultative anaerobe bacteria with fermentative metabolism. Strains of this genus have been isolated from various ecological niches, including a wide variety of fermented cereal foods. The present study aimed to determine the relative abundance and fermentation capabilities of Weissella species isolated from pozol, a traditional maya product made of lime-cooked (nixtamalized) fermented maize. We sequenced the V3-V4 regions of 16S rDNA; Weissella was detected early in the fermentation process and reached its highest relative abundance (3.89%) after 3 h of culture. In addition, we evaluated five Weissella strains previously isolated from pozol but reported as non-amylolytic, to define alternative carbon sources such as xylan, xylooligosaccharides, and sucrose. While no growth was observed on birch xylan, growth did occur on xylooligosaccharides and sucrose. Strains WcL17 and WCP-3A were selected for genomic sequencing, as the former shows efficient growth on xylooligosaccharides and the latter displays high glycosyltransferase (GTF) activity. Genomes of both strains were assembled and recorded, with a total of 2.3 Mb in 30 contigs for WcL17 and 2.2 Mb in 45 contigs for WCP-3a. Both strains were taxonomically assigned to Weissella confusa and genomic analyses were performed to evaluate the gene products encoding active carbohydrate enzymes (CAZy). Both strains have the gene content needed to metabolize sucrose, hemicellulose, cellulose, and starch residues, all available in pozol. Our results suggest that the range of secondary enzymatic activity in Weissella confusa strains confer them with wide capabilities to participate in fermentative processes of natural products with heterogeneous carbon sources.

Morbilidad y mortalidad por abdomen agudo quirúrgico en el niño / Morbidity and mortality of sulrgical acute abdomen in children

Se estudiaron 1 519 pacientes egresados de los servicios de Cirugía Pediátrica y Neonatología del Hospital Pediátrico Provincial Docente "José Luis Miranda" de Santa Clara, con el diagnóstico de abdomen agudo quirúrgico, desde enero de 1982 hasta diciembre de 1989. La causa más frecuente en nuestra serie fue la apendicitis aguda (73,7 por ciento ), seguida de la oclusión por bridas (56 por ciento ). La oclusión intestinal ocupó el primer lugar en las tasas de morbilidad y mortalidad posoperatorias. Los recién nacidos fueron los de mayor índice de mortalidad en este medio (31,5 por ciento )

Atresia esofágica en el recien nacido / Esophageal atresia in the newborn

Se presenta una serie de 58 pacientes afectados de atresia esofágica, los cuales fueron atendidos en el servicio de cirugía infantil del Hospital Pediátrico Docente "José Luis Miranda" de Santa Clara, durante los años 1976 a 1986. Es de destacar los valores altamente significativos de las variables peso y malformaciones congénitas graves que presentaron nuestros enfermos (51 pacientes en los grupos B y C de la clasificación de Waterston). Se analizaron las peculariedades de la atresia esofágica según peso al nacer, anomalias concomitantes, mortalidad según tipo de operación y causas principales de muerte. La supervivencia global alcanzada fue del 46,6

Quiste congénito del páncreas: presentación de 1 caso / Congenital cyst of the pancreas: report of a case

Se dio a conocer el resultado del tratamiento aplicado a un recién nacido de 19 días de edad, multiformado, que ingresa en el Servicio de Cirugía Pediátrica por la presencia de una masa tumoral abdominal palpable. Se estudio y comprobó ultrasonográficamente que es de características ecolúcidas, nose pudo precisar por este examen a expensas de qué órgano se desarrolló la localización de la tumoración en la cola del páncreas. Se realizó pancreatectomía distal que incluye la tumoración quística, sin esplenectomía. Se comprueba anatomopatológicamente, que se trata de un quiste congénito del páncreas. El paciente evolucionó favorablemente

Tumor carcinoide del apendice cecal en el niño: presentación de 10 pacientes / Carcinoid tumor of the cecal appendix in the child: presentation of 10 patients

Se presentaron 10 pacientes con carcinoide apendicular diagnosticados durante un período de 15 años en el Hospital Pediátrico Provincial Docente "José Luis Miranda" para una frecuencia del 0,5 % del total de apendicectomías practicadas. Se recogió edad, sexo, forma de presentaciín clínica y tipo de intervención quirúrgica. Se revisaron las preparaciones histológicas para determinar localización, tamaño, sospecha microscópica del tumor, grado de infiltración parietal, invasión del mesoapéndice, tipo histológico y lesiones apendiculares asociadas. En ningún caso se detectaron lesiones metastásicas a distancia del tumor carcinoide, ni síndrome carcinoide maligno. Todos los pacientes comenzaron con cuadro de apendicitis aguda y en 7 se le hubo de practicar hemicolectomía derecha por su localización en el tercio proximal o infiltración del mesoapéndice. En todos los apéndices enfermos el histopatólogo determinó macroscópicamente la existencia del tumor. El seguimiento de los enfermos varió de 6 meses a 8 años y no ha habido que lamentar complicación alguna

Nuevos métodos de preparación preoperatoria del colon en niños / New methods of colon preoperative preparation in children

Se estudiaron 28 pacientes que requieren preparatoria del colon, los cuales fueron atendidos en el Servicio de Cirugía Pediátrica del Hospital, de emero a octubre de 1986. Como método de preparación se utilizó manitol al 5 % o solución salina. El 53,6% de los casos tenía edades entre 5 y 14 años y el 46,7% entre 1 y 4 años. El sangramiento digestivo fue la afecciòn más frecuente. Hubo pocas reacciones adversas, y fue el vómito la más común. Se verificaron resultados satisfactorios en el 60,8% y adecuados en el 26,8% El 71,4% de los familiares encuestados considera como buenos estos métodos de preparación recientes, y aquellos que los consideran malos, los prefieren cuando se les compara con el método clásico de administración repetida de enemas

Pseudoquiste pancreático en el niño: aspectos clínicos, radiográficos y terapéuticos / Pancreatic pseudocyst in the child: clinical, radiographic and therapeutical aspects

Se presentan 2 casos de pseudoquiste pancreático en niños de 2 y 6 años de edad, ambos del sexo masculino: el primero, con antecedentes nobien definidos de traumatismo abdominal y el segundo politraumatizado por accidente del tránsito.El dolor abdominal, los vómitos y la fiebre se presentaron en ambos pacient4es y la masa tumoral palpable se hizo evidente a la tercera y quinta semanas de ocurrido el accidente, respectivamente. Ambos pacientes mostraron cifras elevadas de amilasa en sangre y orina. El diagnóstico positivo se hizo mediante estudios contrastados de estómago-duodeno en el primer paciente y en el segundo caso -más reciente- se hizo, además, ultrasonido abdominal para el diagnóstico inicial y para su seguimiento evolutivo pre y posoperatorio. En ambos casos se realizó drenaje interno (cistogastrostomía transgástrica) con evolución posoperatoria favorable sin recurrencia del pseudoquiste. Se comentan los aspectos clínicos, radiográficos y terapéuticos de esta afección en el niño

Anorrectoplastia sagital posterior: nuestra experiencia en 8 casos / Posterior sagittal anorectoplasty: our experience in 8 cases

Se presentan los resultados obtenidos en nuestro hospital en el tratamiento de 8 pacientes con imperforación anal, operados con la técnica de anorrectoplastia sagital posterior. El 62,5 % de los pacientes tenían edades entre 1 y 2 años al momento de la operación

Valor diagnóstico del abdomen simple en la apendicitis aguda de la infancia / Diagnostic value of simple abdomen in acute appendicitis of the childhood

Se revisan 690 historias clínicas de los pacientes operados de apendicitis aguda en el Hospital Provincial Docente "José Luis Miranda" de Santa Clara, en los años comprendidos de 1979 a 1983; se escogieron aquellos a los cuales se les había realizado rayos X de abdomen simple en el período preoperatorio. Se lograron recopilar 70 expedientes, en los que se analizó y relacionó los grupos etáreos, cuadro clínico, hallazgos radiológicos y anatomopatológicos, principalmente. En la revisión efectuada se detectó que en el 47,2

Cuerpos extraños intrabronquiales en el niño / Intrabronchial foreign bodies in the child

Se presentan los resultados de 8 niños operados por presentar cuerpos extraños intrabronquiales, en quienes la extracción endoscópica fue infructuosa y debieron ser extraídos mediante una toracotomía. La naturaleza delos cuerpos extraños fue metálica en 6 pacientes y no metálica en 2, una cucaracha entre ellos. La técnica de extracción consistió en bronquiotomía transpleural en 5 casos y resección pulmonar en 3. La broncoaspiración de cuerpos extraños en el niño es un accidente relativamente frecuente y según nuestras estadísticas fueron atendidos 167 pacientes entre el año 1968 y 1983 en el Hospital Pediátrico Docente Provincial "José Luis Miranda" de Santa Clara, Villa Clara de ellos sólo 8 pacientes debieron ser intervenidos quirúrgicamente

Morbimortalidad por apendicitis aguda infantil en 12 años / Morbimortality due to acute appendicitis in infants during a 12 year period

Se presentan 1 362 pacientes operados de urgencia con el diagnóstico de apendicitis aguda durante 12 años. Se informa que la edad de mayor presentación fue entre los 9 y los 14 años (52,8%). Predominó el sexo masculino con 67,6%. Se indica que la estadía fue de menos de 7 días en el 64,7% de los casos, lo que está en relación con un tiempo de evolución de la sintomatología al ingreso, de menos de 24 horas en el 57,6% de los pacientes. Se expresa que presentó perforación apendicular el 22,8% de los casos. Se comprueba que los antibióticos más utilizados fueron el cloranfenicol y la penicilina en el 66,9%

Leiomiosarcoma del recto en el niño: presentación de 1 caso / Leiomyosarcoma of the rectum in the infant: report of a case

Se informa el caso de un leiomiosarcoma del recto en una niña de 5 años, blanca, con historia de astenia, anorexia, pérdida de peso y sangramiento digestivo bajo de 2 meses de evolución, que le produjo anemia, por lo que necesitó transfusiones repetidas. Se señala que el error diagnóstico inicial de una amebiasis, por no realizar el tacto rectal, dilató el diagnóstico positivo y la conducta quirúrgica adecuada, que se llevó a cabo ante el informe hitopatológico

Incidencia de quistes y tumores del ovario en nuestro medio: revisión de diez años / Incidence of ovarian cysts and tumores: diez year review

Se revisan las historias clínicas de 32 pacientes que presentan quistes o tumores del ovario, y que son atendidas en nuestro servicio durante los años 1972-1982.Se expresa que la edad de mayor incidencia de estas afecciones fue por encima de los 11 años (53,2), y que predominaron las pacientes de la raza blanca (78,2). Se señala que el síntoma principal fue el dolor abdominal (78,2), seguido por los vómitos (50.0), y que el 65,6 de las pacientes tenían un tumor palpable. Se informa que el hallazgo más común en el urograma descendente resulto ser la compresión extrinseca de la vejiga (29,4), y que el 25,0 de los casos fueron operados con el diagnóstico de apendicitis aguda más frecuentes con el 56,2 de los casos, y que hubo 3 disgerminomas, 2 teratocarcinomas y un linfoma de ovario, como tumoraciones malignas en nuestra serie