Inference of genomic lesions from single-cell RNAseq in myeloma improves functional intra- and inter-clonal analysis.

Smoldering Multiple Myeloma (SMM) is an asymptomatic plasma cell (PC) neoplasm that may evolve with variable frequency into multiple myeloma (MM). SMM is initiated by chromosomal translocations involving the IgH locus or by hyperdiploidy and evolves through acquisition of additional genetic lesions. In this scenario, we aimed at establishing a reliable analysis pipeline to infer genomic lesions from transcriptomic analysis, by combining single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) with B-cell receptor sequencing and copy- number abnormality (CNA) analysis to identify clonal PCs at the genetic level along their specific transcriptional landscape. We profiled 20,465 bone marrow (BM) PCs derived from five SMM/MM patients and unbiasedly identified clonal and polyclonal plasma cells. Hyperdiploidy, t(11;14) and t(6;14) were identified at the scRNA level by analysis of chimeric reads. Subclone functional analysis was improved by combining transcriptome with CNA analysis. As examples, we illustrate the different functional properties of a light chain escape subclone in SMM, and of different B-cell and PC subclones in a patient affected by Wäldenstrom Macroglobulinemia and SMM. Overall, our data provide a proof of principle for inference of clinically relevant genotypic data from scRNAseq, which in turn will refine functional annotation of the clonal architecture of PC dyscrasias.

Single-Cell RNA Sequencing for the Detection of Clonotypic V(D)J Rearrangements in Multiple Myeloma.

Multiple myeloma (MM) has a highly heterogeneous genetic background, which complicates its molecular tracking over time. Nevertheless, each MM patient's malignant plasma cells (PCs) share unique V(D)J rearranged sequences at immunoglobulin loci, which represent ideal disease biomarkers. Because the tumor-specific V(D)J sequence is highly expressed in bulk RNA in MM patients, we wondered whether it can be identified by single-cell RNA sequencing (scRNA-seq). To this end we analyzed CD138+ cells purified from bone marrow aspirates of 19 samples with PC dyscrasias by both a standard method based on bulk DNA and by an implementation of the standard 10x Genomics protocol to detect expressed V(D)J sequences. A dominant clonotype was easily identified in each sample, accounting on average for 83.65% of V(D)J-rearranged cells. Compared with standard methods, scRNA-seq analysis proved highly concordant and even more effective in identifying clonal productive rearrangements, by-passing limitations related to the misannealing of consensus primers in hypermutated regions. We next validated its accuracy to track 5 clonal cells with absolute sensitivity in a virtual sample containing 3180 polyclonal cells. This shows that single-cell V(D)J analysis may be used to find rare clonal cells, laying the foundations for functional single-cell dissection of minimal residual disease.

MGUS and clonal hematopoiesis show unrelated clinical and biological trajectories in an older population cohort.

Monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS) and clonal hematopoiesis (CH) are 2 preclinical clonal expansions of hematopoietic cells whose prevalence rises with age, reaching almost 10% in people of aged 70 years and older. The increased risk of myeloid malignancies in patients with myeloma is well defined, and the study of the association between CH and MGUS could help explain this phenomenon. Here, we analyzed a fully clinically annotated dataset of 777 older subjects (median age, 91 years) previously screened for prevalence of CH. The prevalence of MGUS and CH was 9.6% and 17.3%, respectively. We detected CH in 9.7% of the patients with MGUS and MGUS in 5.5% of the patients with CH. We did not find a significant correlation between the presence of MGUS and CH. Furthermore, the 2 conditions showed a differential association with clinical and laboratory covariates, suggesting that MGUS and CH may represent age-associated unrelated clonal drifts of hematopoietic cells. Confirmatory studies are needed to assess the relevance of CH in plasma cell disorders. This trial was registered at www.clinicaltrials.gov as #NCT03907553.

Correlates of HCV seropositivity among familial contacts of HCV positive patients.

BACKGROUND: Determinants of intrafamilial HCV transmission are still being debated. The aim of this study is to investigate the correlates of HCV seropositivity among familial contacts of HCV positive patients in Italy. METHODS: A cross-sectional study was conducted with 175 HCV positive patients (index cases), recruited from Policlinico Gemelli in Rome as well as other hospitals in Central Italy between 1995 and 2000 (40% female, mean age 57 +/- 15.2 years), and 259 familial contacts. Differences in proportions of qualitative variables were tested with non-parametric tests (chi2, Yates correction, Fisher exact test), and a p value < 0.05 was considered significant. A multivariate analysis was conducted using logistic regression in order to verify which variables statistically have an influence on HCV positivity in contact individuals. RESULTS: Seropositivity for HCV was found in 8.9% of the contacts. From the univariate analysis, risk factors significantly associated to HCV positivity in the contacts were: intravenous drug addiction (p = 0.004) and intercourse with drug addicts (p = 0.005). The only variables associated significantly and independently to HCV seropositivity in patients' contacts were intercourse with drug addicts (OR = 19.28; 95% CI: 2.01 - 184.94), the retirement status from work (OR = 3.76; 95% CI: 1.17 - 11.98), the time of the relationship (OR = 1.06; 95% CI: 1.00 - 1.11) and tattoos (OR = 7.68; 95% CI: 1.00 - 60.20). CONCLUSION: The present study confirms that having intercourse with a drug addict is the most significant risk factor for intrafamilial HCV transmission. The association with retirement status from work could be related to both a long-term relationship with an index case and past exposure to common risk factors.

Comparação entre os efeitos da associação gelatina-resorcina-formaldeído e do n-butil-2-cianoacrilato na síntese do parênquima hepático de coelhos / Comparison between the effects of the compound gelatin-resorsin-formaldeide and the n-butil-2-cianoacrilate in hepatectomy in rabbits

Considerando-se as particularidades anatômicas e funcionais do fígado e a dificuldade da realização de procedimentos cirúrgicos eficientes quanto a hemostasia, estudou-se comparativamente os efeitos de dois adesivos cirúrgicos, gelatina-resorsina-formaldeído e n-butil-2-cianoacrilato, como métodos auxiliares na síntese do órgão. A metodologia utilizada determinou rigoroso acompanhamento clínico dos animais estudados, assim como realização de análises macro e microscópica de feridas cirúrgicas experimentalmente induzidas, quanto à evolução do processo cicatricial. Os resultados obtidos demonstraram hemostasia rápida e eficiente em ambos grupos, e alterações celulares e teciduais mais significativas no grupo tratado com n-butil-2-cianoacrilato, quando comparadas àquelas observadas nos grupos controle e gelatina-resorcina-formaldeído. Em relação à proposição estudada, o composto gelatina-resorsina-formaldeído apresentou-se como método alternativo de escolha a ser utilizado nos casos cujas suturas aplicadas isoladamente não proporcionem hemostasia satisfatória.

Efeito do raio laser CO2 no pancreas de cäes: estudo a microscopia óptica e eletrônica de varredura / Effects of CO2 laser on the pancreas of dogs: study at light and scanning electronic microscopy

Foi realizado um estudo experimental em cäes com o objetivo de pesquisar o efeito do raio laser CO2 em comparaçäo com o bisturi comum na incisäo do parênquima pancreático. Foram operados quatro animais nos quais efetuou-se incisöes transversais no pâncreas: duas com o emprego do laser e uma com bisturi. As superfícies de corte foram estudadas à microscopia óptica e eletrônica de varredura. Constatou-se que a aplicaçäo do raio laser CO2 no pâncreas de cäes produziu uma evaporaçäo tecidual, resultando uma superfície irregular de material necrótico carbonizado com sulcos e forames, e em profundidade, camadas de células rotas com citoplasma coagulado, núcleos picnóticos e ácinos distorcidos, entremeados de espaços vazios resultantes da vaporizaçäo de células acinares. Os vasos e ductos pancreáticos se apresentam obliterados por um material amorfo eosinofílico resultante da coagulaçäo do tecido. A espessura da camada alterada pela açäo do laser é em média de 156,40 micrômetros. A secreçäo com o bisturi produz uma superfície lisa e regular com apenas uma camada de ácinos de creas de menor tamanho e algumas rupturas celulares. Concluiu-se que o emprego do raio laser CO2 no pâncreas de cäes provocou necrose e reaçäo tecidual mais intensa, porém obliterou pequenos vasos e ductos coletores

Vasectomia no cäo (canis familiaris): alteraçöes macro e microscópicas do epidídimo / Vasectomy in the dog (canis familiaris): macroscopic and microscopy alterations of epididymis

Em 20 cäes, distribuídos em 2 grupos numericamente iguais e selecionados por meio de exame andrológico, praticou-se vasectomia unilateral do lado esquerdo, empregando-se na ligadura do canal deferente, fio de algodäo ou categute cromado 00. Foi sacrificado un animal de cada grupo com 7, 14, 30 dias e depois mensalmente até o 8§ mês após a intervençäo cirúrgica. Todos os cäes foram necropsiados e os epidídimos, após isolamento e pesagem, foram analisados macro e microscopicamente. Os diâmetros externos do colo testicular do canal deferente do lado esquerdo tornaram-se maiores. Houve sensível alteraçäo na forma, tamanho, consistência, simetria e peso do epidídimo do lado operado, cuja cauda adquiriu forma esférica e mostrou progressivo achatamento do epitélio de revestimento, com perda dos estereocílios. O corpo assumiu forma de correia ligeiramente cilíndrica e a cabeça permaneceu praticamente inalterada. As médias dos pesos dos epidídimos dos lados esquerdo e direito, quando se empregou fio de algodäo, foram, respectivamente, 3,69 ñ 1,51 g e 2,46 ñ 0,76 g e para o categute cromado 3,90 ñ 1,58 g e 2,52 ñ0,71 g. A análise estatística dos pesos dos epidídimos revelou diferença significativa entre os lados operados e controle para ambos os grupos. Näo foi constatada nenhuma diferença quanto ao emprego do fio de algodäo ou categute cromado na ligadura do deferente seccionado

Vasectomia no cäo (canis familiaris): II. Alteraçöes macro e microscópicas do testiculo / Vasectomy in the dog (Canis familiaris): II. macroscopic and microscopic alterations of the testis

Em 20 cäes, distribuídos em 2 grupos numericamente iguais e selecionados por meio de exame andrológico, praticou-se vasectomia unilateral do lado esquerdo, empregando-se na ligadura do canal deferente fio de algodäo ou categute cromado 00. Foi sacrificado um animal de cada grupo com 7, 14, 30 dias e depois mensalmente até o 8§ mês após a intervençäo cirúrgica. Todos os cäes foram necropsiados e os testículos, após isolamento e pesagem, foram analisados macro e microscopicamente. O excame macroscópico dos testículos näo indicou alteraçöes na mobilidade, forma, tamanho, simetria e consistência. As médias dos pesos dos testículos dos lados esquerdo e direito foram, respectivamente, 9,26 ñ 4,29 g e 9,33 ñ 4,27 g, quando se utilizou fio de algodäo e 9,60 ñ 3,05 g e 10,06 ñ 3,03 g quando se utilizou categute cromado, näo sendo as diferenças estatisticamente significativas. A vasectomia induziu a degeneraçäo progressiva do epitélio germinativo, constatada com 14 dias e atingindo um máximo 60 dias após o ato cirúrgico, sem que houvesse a supressäo completa da espermatogênese. Noventa dias após a vasectomia houve início da regenereaçäo do epitélio germinativo e 30 dias mais tarde a espermatogênese tornou-se normal. O tecido intesticial manteve-se inalterado. Näo houve diferença com o emprego dos dois fios de sutura