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Ann N Y Acad Sci ; 1387(1): 95-104, 2017 01.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-27862010

RESUMO

Access to experimental X-ray diffraction image data is important for validation and reproduction of macromolecular models and indispensable for the development of structural biology processing methods. In response to the evolving needs of the structural biology community, we recently established a diffraction data publication system, the Structural Biology Data Grid (SBDG, data.sbgrid.org), to preserve primary experimental datasets supporting scientific publications. All datasets published through the SBDG are freely available to the research community under a public domain dedication license, with metadata compliant with the DataCite Schema (schema.datacite.org). A proof-of-concept study demonstrated community interest and utility. Publication of large datasets is a challenge shared by several fields, and the SBDG has begun collaborating with the Institute for Quantitative Social Science at Harvard University to extend the Dataverse (dataverse.org) open-source data repository system to structural biology datasets. Several extensions are necessary to support the size and metadata requirements for structural biology datasets. In this paper, we describe one such extension-functionality supporting preservation of file system structure within Dataverse-which is essential for both in-place computation and supporting non-HTTP data transfers.


Assuntos
Acesso à Informação , Pesquisa Biomédica , Biologia Computacional/métodos , Redes de Comunicação de Computadores , Sistemas de Gerenciamento de Base de Dados , Bases de Dados de Proteínas , Animais , Pesquisa Biomédica/tendências , Biologia Computacional/instrumentação , Biologia Computacional/tendências , Redes de Comunicação de Computadores/instrumentação , Redes de Comunicação de Computadores/tendências , Cristalografia por Raios X , Mineração de Dados/tendências , Sistemas de Gerenciamento de Base de Dados/tendências , Bases de Dados de Proteínas/tendências , Humanos , Interpretação de Imagem Assistida por Computador , Internet , Publicações Periódicas como Assunto , Conformação Proteica , Software
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