RESUMO
Somatic variant detection is an integral part of cancer genomics analysis. While most methods have focused on short-read sequencing, long-read technologies now offer potential advantages in terms of repeat mapping and variant phasing. We present DeepSomatic, a deep learning method for detecting somatic SNVs and insertions and deletions (indels) from both short-read and long-read data, with modes for whole-genome and exome sequencing, and able to run on tumor-normal, tumor-only, and with FFPE-prepared samples. To help address the dearth of publicly available training and benchmarking data for somatic variant detection, we generated and make openly available a dataset of five matched tumor-normal cell line pairs sequenced with Illumina, PacBio HiFi, and Oxford Nanopore Technologies, along with benchmark variant sets. Across samples and technologies (short-read and long-read), DeepSomatic consistently outperforms existing callers, particularly for indels.
RESUMO
PURPOSE: The role of repeat resection for recurrent glioblastoma (rGB) remains equivocal. This study aims to assess the overall survival and complications rates of single or repeat resection for rGB. METHODS: A single-centre retrospective review of all patients with IDH-wildtype glioblastoma managed surgically, between January 2014 and January 2022, was carried out. Patient survival and factors influencing prognosis were analysed, using Kaplan-Meier and Cox regression methods. RESULTS: Four hundred thirty-two patients were included, of whom 329 underwent single resection, 83 had two resections and 20 patients underwent three resections. Median OS (mOS) in the cohort who underwent a single operation was 13.7 months (95% CI: 12.7-14.7 months). The mOS was observed to be extended in patients who underwent second or third-time resection, at 22.9 months and 44.7 months respectively (p < 0.001). On second operation achieving > 95% resection or residual tumour volume of < 2.25 cc was significantly associated with prolonged survival. There was no significant difference in overall complication rates between primary versus second (p = 0.973) or third-time resections (p = 0.312). The use of diffusion tensor imaging (DTI) guided resection was associated with reduced post-operative neurological deficit (RR 0.37, p = 0.002), as was use of intraoperative ultrasound (iUSS) (RR 0.45, p = 0.04). CONCLUSIONS: This study demonstrates potential prolongation of survival for rGB patients undergoing repeat resection, without significant increase in complication rates with repeat resections. Achieving a more complete repeat resection improved survival. Moreover, the use of intraoperative imaging adjuncts can maximise tumour resection, whilst minimising the risk of neurological deficit.
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Neoplasias Encefálicas , Glioblastoma , Humanos , Glioblastoma/diagnóstico por imagem , Glioblastoma/cirurgia , Imagem de Tensor de Difusão , Neoplasias Encefálicas/diagnóstico por imagem , Neoplasias Encefálicas/cirurgia , Recidiva Local de Neoplasia/cirurgia , Prognóstico , Estudos RetrospectivosRESUMO
Persistence is a transient state that poses an important health concern in cancer therapy. The mechanisms associated with persister phenotypes are highly diverse and complex, and many aspects of persister cell physiology remain to be explored. We applied a melanoma cell line and panel of chemotherapeutic agents to show that melanoma persister cells are not necessarily preexisting dormant cells; in fact, they may be induced by cancer chemotherapeutics. Our metabolomics analysis and phenotype microarray assays further demonstrated a transient upregulation in Krebs cycle metabolism in persister cells. We also verified that targeting electron transport chain activity can significantly reduce melanoma persister levels. The reported metabolic remodeling feature seems to be a conserved characteristic of melanoma persistence, as it has been observed in various melanoma persister subpopulations derived from a diverse range of chemotherapeutics. Elucidating a global metabolic mechanism that contributes to persister survival and reversible switching will ultimately foster the development of novel cancer therapeutic strategies.
RESUMO
BACKGROUND: Sudden Unexpected Death in Epilepsy (SUDEP) has increased in awareness considerably over the last two decades and is acknowledged as a serious problem in epilepsy. However, the scientific community remains unclear on the reason or possible bio markers that can discern potentially fatal seizures from other non-fatal seizures. The duration of postictal generalized EEG suppression (PGES) is a promising candidate to aid in identifying SUDEP risk. The length of time a patient experiences PGES after a seizure may be used to infer the risk a patient may have of SUDEP later in life. However, the problem becomes identifying the duration, or marking the end, of PGES (Tomson et al. in Lancet Neurol 7(11):1021-1031, 2008; Nashef in Epilepsia 38:6-8, 1997). METHODS: This work addresses the problem of marking the end to PGES in EEG data, extracted from patients during a clinically supervised seizure. This work proposes a sensitivity analysis on EEG window size/delay, feature extraction and classifiers along with associated hyperparameters. The resulting sensitivity analysis includes the Gradient Boosted Decision Trees and Random Forest classifiers trained on 10 extracted features rooted in fundamental EEG behavior using an EEG specific feature extraction process (pyEEG) and 5 different window sizes or delays (Bao et al. in Comput Intell Neurosci 2011:1687-5265, 2011). RESULTS: The machine learning architecture described above scored a maximum AUC score of 76.02% with the Random Forest classifier trained on all extracted features. The highest performing features included SVD Entropy, Petrosan Fractal Dimension and Power Spectral Intensity. CONCLUSION: The methods described are effective in automatically marking the end to PGES. Future work should include integration of these methods into the clinical setting and using the results to be able to predict a patient's SUDEP risk.
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Epilepsia , Morte Súbita Inesperada na Epilepsia , Eletroencefalografia , Epilepsia/diagnóstico , Humanos , Medição de Risco , Convulsões/diagnósticoRESUMO
Resumen La neurosífilis es una presentación clínica de la sífilis y puede suceder en estadios tempranos o tardíos de la infección. Aunque el tratamiento específico para todas las formas clínicas de la sífilis existe desde hace mucho tiempo, los estadios avanzados de la enfermedad aún son prevalentes, con las secuelas neurológicas irreversibles que ocasionan. Este artículo revisa la evidencia actual, los métodos diagnósticos y el tratamiento específico para la sífilis terciaria.
Abstract Neurosyphilis is the clinical manifestation of syphilis that can arise during either the early or late stages of infection. Even though dedicated treatment for all clinical forms of syphilis has been available for many years, the advanced stages of the disease are still prevalent, with irreversible sequelae. This article reviews the current evidence, diagnostic methods and specific treatment for tertiary syphilis.
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Humanos , Masculino , Feminino , Doenças do Sistema Nervoso , Neurossífilis , Terapêutica , Sífilis , Infecções , MétodosRESUMO
Neurosyphilis is the clinical manifestation of syphilis that can arise during either the early or late stages of infection. Even though dedicated treatment for all clinical forms of syphilis has been available for many years, the advanced stages of the disease are still prevalent, with irreversible sequelae. This article reviews the current evidence, diagnostic methods and specific treatment for tertiary syphilis.
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Neurossífilis/diagnóstico , Sífilis/diagnóstico , Humanos , Neurossífilis/epidemiologia , Neurossífilis/terapia , Prevalência , Sífilis/epidemiologia , Sífilis/terapiaRESUMO
BACKGROUND: Most enterocutaneous fistulas are postoperative in origin. Sepsis, malnutrition, and hydroelectrolytic deficit are still the most important complications to which patients with postoperative enterocutaneous fistulas (PEF) are exposed. Knowledge of prognostic factors related to specific outcomes is essential for therapeutic decision-making processes. METHODS: We reviewed files of all consecutive patients with PEF treated in our hospital during a 10-year period. Our aim was to identify factors related to spontaneous closure, need for operative treatment, and mortality. Univariate and multivariate analyses were performed. RESULTS: A total of 174 patients were treated. The most frequent site of origin was the small bowel (90 patients: 48 jejunal, and 42 ileal), followed in frequency by the colon (50 patients). Postoperative enterocutaneous fistula closure was achieved in 151 patients (86%), being spontaneous in 65 (37%) and surgical in 86 (49%). Factors that significantly precluded spontaneous closure were jejunal site, multiple fistulas, sepsis, high output, and hydroelectrolytic deficit at diagnosis or referral. Origin of PEF at our hospital was the only factor significantly associated with spontaneous closure. The most frequent operative indication was PEF persistence without sepsis. Factors significantly associated with the need for operative treatment were high output, jejunal site, and multiple fistulas. Closure was achieved in 84% of patients who underwent operation. A total of 23 patients died (13%). Factors associated with mortality were serum albumin <3.0 g/dl (at diagnosis or referral), high output, hydroelectrolytic deficit, multiple fistulas, jejunal site, sepsis, and a complex fistulous tract. CONCLUSIONS: In spite of advances in management of PEF, the associated morbidity and mortality remain high. Among several variables influencing outcome, our multivariate analysis disclosed high output, jejunal site, multiple fistulas, and sepsis as independent adverse factors related to non-spontaneous closure, need for operative treatment, and/or death.
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Fístula Cutânea/terapia , Fístula Intestinal/terapia , Adolescente , Adulto , Idoso , Idoso de 80 Anos ou mais , Fístula Cutânea/etiologia , Fístula Cutânea/mortalidade , Procedimentos Cirúrgicos do Sistema Digestório/efeitos adversos , Feminino , Humanos , Fístula Intestinal/etiologia , Fístula Intestinal/mortalidade , Estudos Longitudinais , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Análise Multivariada , Cuidados Pós-Operatórios/métodos , Estudos Retrospectivos , Fatores de Risco , Análise de Sobrevida , Resultado do TratamentoRESUMO
BACKGROUND: Despite recent advances in diagnosis, antimicrobial therapy, and intensive care support, operative treatment remains the foundation of the management of patients with severe secondary peritonitis (SSP). This management is based on three fundamental principles: (1) Elimination of the source of infection; (2) reduction of bacterial contamination of the peritoneal cavity; and (3) prevention of persistent or recurrent intra-abdominal infection. Although recent studies have emphasized the role of open management of the abdomen and planned re-laparotomies to fulfill these principles, controversy surrounds the optimal approach because no randomized studies exist. METHODS: Patients with SSP, documented clinically, with calculated Sequential Organ Failure Assessment (SOFA) and Acute Physiology and Chronic Health Evaluation (APACHE II) scores and appropriate ancillary studies, were allocated randomly to two groups for the management of the abdomen after operation for SSP (group A: open; group B: closed). Both surgical strategies were standardized, and patients were followed up until cure or death. RESULTS: During a 24-month period, 40 patients with SSP were admitted for treatment. Patients in group A (n = 20) and group B (n = 20) did not differ in sex, age, site of origin (etiology), APACHE II score (24 vs. 22), SOFA score (15 vs. 15), or previous operative treatment (< or =1: 20 vs. 20). Postoperatively, there were no differences in the likelihood of acute renal failure (25% vs. 40%), duration of mechanical ventilatory support (10 vs. 12 days), need for total parenteral nutrition (80% vs. 75%), or rate of residual infection or need for reoperation because of the latter (15% vs. 10%). Although the difference in the mortality rate (55% vs. 30%) did not reach statistical significance (p < 0.05; chi-square and Fisher exact test), the relative risk and odds ratio for death were 1.83 and 2.85 times higher in group A. This clinical finding, as evidenced by the clear tendency toward a more favorable outcome for patients in group B, led to termination of the study at the first interim analysis. CONCLUSION: This randomized study from a single institution demonstrates that closed management of the abdomen may be a more rational approach after operative treatment of SSP and questions the recent enthusiasm for the open alternative, which has been based on observational studies.
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Peritonite/cirurgia , APACHE , Injúria Renal Aguda , Adulto , Idoso , Feminino , Humanos , Laparotomia , Tempo de Internação , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Nutrição Parenteral , Peritonite/mortalidade , Peritonite/fisiopatologia , Respiração ArtificialRESUMO
El diagnóstico de apendicitis aguda generalmente es clínico, el retardo en el mismo y el inicio del tratamiento médico son factores importantes que repercuten en la evolución y en el incremento de la morbimortalidad. Se revisan 480 casos con diagnóstico preoperatorio de apendicitis aguda, de junio de 1985 a junio de 1995; la edad varió de 11 a 87 años con una media de 40; fueron 236 mujeres y 244 hombres, el 30.4 por ciento (146 pacientes) tenían un antecedente personal patológico de importancia; 17 por ciento se reportaron como apéndices normales, 24 por ciento (n=115) presentaron complicaciones importantes, siendo la media de edad de estos casos de 59 años; 81 por ciento de los mismos habían tenido una apendicitis aguda abscesada o necrosada con peritonitis generalizada y 40 por ciento habían recibido tratamiento médico previo. Fallecieron 29 pacientes (25.5 por ciento) de los complicados siendo la causa principal sepsis abdominal y falla multiorgánica. Consideramos que el diagnóstico temprano juega un papel primordial en la evolución de este tipo de pacientes
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Humanos , Masculino , Feminino , Adolescente , Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Apendicite/complicações , Apendicite/diagnóstico , Apendicite/cirurgia , Complicações IntraoperatóriasRESUMO
El cáncer de páncreas se encuentra dentro de las principales causas de muerte por cáncer, con un pronóstico grave, ya que sólo 1 por ciento de los pacientes en nuestro medio se pueden curar con los procedimientos terapéuticos actuales, por lo que el diagnóstico temprano es de vital importancia. Se revisaron 85 pacientes en diez años; 51 masculino y 34 femeninos. Los antecentes más importantes fueron: alcoholismo, tabaquismo y diabetes mellitus. El dolor abdominal, pérdida de peso, ictericia, náusea, vómito y tumoración abdominal, fueron los síntomas y signos más frecuentes. El diagnóstico fue realizado en base a cuadro clínico, ultrasonido y tomografía computada. Quince pacientes fueron tratados médicamente por sus condiciones clínicas. En seis se realizó laparotomía exploradora sin otro procedimiento agregado; 58 pacientes fueron sometidos a cirugía paliativa y seis a cirugía curativa. Sobreviven actualmente tres pacientes. Después de estos resultaods se enfatiza la necesidad de un diagnóstico temprano
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Humanos , Masculino , Feminino , Idoso , Adenocarcinoma/diagnóstico , Neoplasias Pancreáticas/diagnóstico , Neoplasias Pancreáticas/fisiopatologia , Neoplasias Pancreáticas/cirurgia , SobreviventesRESUMO
Para analizar las características de los pacientes con pancreatitis aguda en los extremos de vida, realizamos un análisis retrospectivo de pacientes adolescentes y ancianos tratados en nuestro servicio. Incluimos pacientes menores de 20 y mayores de 60 años. Durante 36 meses tuvimos 150 pacientes con pancreatitis aguda de los cuales 20 cumplieron con los criterios de inclusión por edad. Fueron siete adolescentes entre 15 y 19 años y 13 ancianos entre 66 y 82 años. Hubo 16 hombres y 4 mujeres. En los ancianos, la etiología biliar fue en ocho casos, alcohólica y postoperatoria en dos cada uno e idiopática en el paciente restante. Tres pacientes adolescentes tuvieron patología biliar y en los cuatro restantes hubo un caso de cada una de las siguientes etiologías: alcohólica, postraumática, metabólica y asociada a enfermedad de la colágena. La presencia de necrosis pancreática se estableció con tomografía axial computada con reforzamiento vacular clasificando a los pacientes en cuatro grupos. Hubo cinco casos de necrosis pancreática en los ancianos y dos en los adolescentes lo que muestra una mayor tendencia a desarrollar esta complicación con la edad. Hubo necesidad de operar a 19 pacientes, ya sea para resolver patología biliar en siete casos o realizar necrosectomia en 13 casos, además de otro procedimiento. Dos adolescentes fallecieron (28 por ciento) y ocho ancianos (61 por ciento); la presencia de infección estuvo involucrada en la mitad de los casos fallecidos. En conclusión, la pancreatitis aguda puede presentarse en cualquier edad pero es poco frecuente en adolescentes y la aparición de complicación se relaciona más en pacientes ancianos
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Humanos , Masculino , Feminino , Adolescente , Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Mortalidade , Pancreatite/complicações , Pancreatite/mortalidade , Pancreatite/cirurgia , Fatores de Risco , Resultado do TratamentoRESUMO
Los tumores del intestino delgado son raros, correspondiendo al 5 por ciento de todas las neoplasias del tracto gastrointestinal. El objetivo del presente trabajo fue conocer la frecuencia, manifestaciones clínicas, tipos histológicos y evolución de esta patología en el Hospital de Especialidades del Centro Médico Nacional Siglo XXI del Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) de la ciudad de México, D.F. Se encontraron ocho pacientes en 10 años (1986-1995), entre 33 y 64 años de edad. Cuatro hombres y cuatro mujeres; cuatro neoplasias malignas y cuatro benignas; cuatro de tipo epitelial y cuatro mesenquimatosos. Se localizaron dos en el duodeno, tres en yeyuno y tres en íleon. El tiempo de evolución con media de seis meses. Melena, dolor abdominal, pérdida de peso, anemia, distensión abdominal y tumoración abdominal, fueron los síntomas y signos más frecuentes. El diagnóstico se basó en cuadro clínico, radiografías de abdomen, tomografía computada, tránsito intestinal, arteriografía y endoscopia. El tratamiento fue quirúrgico en los ocho pacientes; siete con fines curativos. Se presentaron tres complicaciones; dehiscencia de herida, pancreatitis y fístula intestinal. Todos los pacientes fueron egresados. La media de seguimiento para lesiones malignas fue de 24 meses
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Humanos , Masculino , Feminino , Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Neoplasias Intestinais/diagnóstico , Neoplasias Intestinais/cirurgia , Intestino Delgado/cirurgia , Resultado do TratamentoRESUMO
Se revisó la experiencia del Departamento de Cirugía Gastrointestinal del Hospital de Especialidades, Centro Médico nacional Siglo XXI, en el manejo quirúrgico de la pancreatitis aguda. Se examinaron los expedientes de los pacientes con diagnóstico de pancreatitis aguda de 1987 a 1990, se clasificaron de acuerdo con las definiciones establecidas y se dividieron en dos grupos según el tipo de procedimiento quirúrgico realizado. En total fueron estudiados 100 pacientes, 56 operados fuera del hospital, 38 en nuestro departamento de cirugía y en seis no se realizó cirugía. La etiología fue biliar en 58 casos, asociada a la ingestión de alcohol en 18, en otros 18 no se identificó el factor relacionado y el resto distribuyó en diferentes etiologías. Treinta y cinco pacientes tuvieron pancreatitis aguda intersticial y 65 infección pancreática secundaria. El tratamiento quirúrgico estuvo encaminado a la resolución de la enfermedad biliar, desbridación del tejido pancreático y peripancreático y mantenimiento del drenaje continuo. Se realizaron 32 colecistectomías y 62 necresectomías, dejando el abdomen empaquetado y abierto en todos los pacientes, ya sea que hubieran sido atendidos en forma primaria o recibidos de otra unidad. La mortalidad global fue de 35 por ciento, pero la infección pancreática secundaria se elevó a más de 50 por ciento. La utilización de una clasificación clínico-patológica permite identificar a los pacientes de mayor riesgo y también a los que se pueden beneficiar con una intervención quirúrgica.
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Humanos , Masculino , Feminino , Pancreatectomia , Pancreatite/terapia , Procedimentos Cirúrgicos Operatórios , Colecistectomia/efeitos adversos , Drenagem , Alcoolismo/complicações , NecroseRESUMO
Durante 4 años atendimos 341 casos de apendicitis, de los cuales 40 (11.7 por ciento) no tuvieron inflamación apendicular y el resto tuvo confirmación histológica. Del total de casos 28 se enviaron a nuestro departamento de cirugía para manejo de compliaciones; tuvimos 313 casos operados por nuestro grupo quirúrgico, 145 con etapas avanzadas de inflamación y el resto con inflamación incipiente; tuvimos 69 pacientes con complicaciones (20 por ciento) y el análisis de este estudio se basa en estos casos; 31 pacientes tuvieron absceso residual; 15 infección de herida; seis desarrollaron eventración; 5 pacientes oclusión intestinal y 3 con fístula enterocutánea. La mortalidad fue de 12 enfermos (3.5 por ciento), pero si consideramos al grupo complicado ésta se incrementó al 17 por ciento. Hubo que reintervenir a 44 enfermos (62.8 por ciento). Después de estos resultados es importante enfatizar la necesidad de un diagnóstico oportuno ya que cuando existe demora aparecen complicaciones con frecuencia alta y mortalidad nada despreciable
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Adulto , Masculino , Apêndice/cirurgia , Apendicectomia/efeitos adversos , Apendicectomia/estatística & dados numéricos , Apendicite/complicações , Apendicite/diagnóstico , Infecção da Ferida Cirúrgica , Peritonite/complicações , Peritonite/etiologiaRESUMO
La indicación para realizar la biopsia hepática es la confirmación de un diagnóstico de presunción o la instauración de un diagnóstico exacto. En pacientes con coagulación normal, la biopsia hepática es un procedimiento relativamente seguro con una morbilidad menor de 0.1 por ciento. En Cinco años se efectuaron 912 biopsias hepáticas por punción; cinco pacientes (o.5 por ciento) presentaron hemoperitoneo e hipovolemia por lo que fueron sometidos a intervencción quirúrgica. Tres pacientes requirieron empaquetamiento para control de la hemorragia. Un paciente falleció al cuarto día por choque irreversible. Aunque la hemorragia grave posterior a biopsia hepática por punción es poco frecuente, el médico debe estar alerta para diagnosticarla antes de que ocurra hipovolemia grave con choque irrecuperable
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Biópsia por Agulha , Biópsia por Agulha , Hemoperitônio/complicações , Hepatopatias/diagnóstico , Agulhas , Fígado/fisiopatologia , Testes de Função Hepática/métodosRESUMO
En el tratamiento de la Pancreatitis Aguda no existe acuerdo con respecto a cuáles son las medidas para evitar la progresión de la enfermdad, el tipo de cirugía y el momento oportuno de intervenir quirúrgicamente. En México han existido tres etapas en relación a su tratamiento: la primera, a base de tratamiento médico; la segunda, tiene como alternativa el tratamiento quirúrgico después de 48 a 120 horas de tratamiento médico. La tercera, fundamental del tratamiento, es pancreatectomía del 50 al 90 por ciento. Se realizó una revisión de la literatura nacional de 1970 a 1990, tomando en cuenta aquellos artículos relacionados con Pancreatitis Aguda y su enfoque terapéutico. Se analizaron 41 artículos, de los cuales solamente 10 cumplieron los criterios de inclusión. En los artículos analizados hubo 1200 pacientes diagnósticos de Pancreatitis Aguda; 637 fueron catalogados como Pancreatitis Aguda Grave. La etiología fue biliar en el 70 por ciento y alcohólica en 17 por ciento. El manejo de la Pancreatitis Aguda ha sido heterogéneo con una diversidad de estrategias terápeuticas. La complicación más frecuente fue sepsis persistente; hubo 52.6 por ciento de mortalidad. En 20 años de manejo de la pancreatitis aguda en nuestro país, y después de 1200 casos de este padecimiento la única conclusión es que no existe estrategia razonable para el abordaje de la Pancreatitis Aguda, y que los trabajos analizados no reúnen los criterios metodológicos para evaluar pronósticos y/o tratamiento. Surge la necesidad de desarrollar investigaciones con diseños sólidos que nos permitan concluir la efectividad de todas la intervenciones terapéuticas usadas.
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Pancreatite/diagnóstico , Pancreatite/cirurgiaRESUMO
Las infecciones de las heridas quirúrgicas representan una complicación que en algunos casos se asocia a muerte, por lo que el control de las mismas debe ser tarea cotidiana en los servicios de cirugía general. El sistema de vigilancia de heridas parece ser un método efectivo para disminuir las infecciones postoperatorias. Por lo anterior en 1983 se implantó el sistema de vigilancia de heridas quirúrgicas, evaluando los resultados cuatro años después. El primer año de vigilancia sirvió de línea base para analizar el conportamiento de la frecuencia de infecciones. Las heridas se catalogaron en cuatro grupos: I. herida limpia; II. herida limpia-contaminada; III. herida contaminada; IV. herida sucia. La frecuencia de infecciones durante el primer año del estudio fue de 6.3, y en el cuarto año de 4.7 por ciento. El tratamiento de las infecciones de cada grupo dio resultados satisfactorios en los grupos II, III, y IV, en que la reducción fue estadísticamente significativa; en el grupo I ayudó a mantener la frecuencia en cifras aceptables. Se recomienda la vigilancia de las heridas como método útil para el control de las infecciones